Name: analysis of translation initiation during stress conditions by polysome profiling
Uploaded: 2014-05-19T14:00:00
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PAは、ラバル大学の医学部からの奨学金の受取人 &quot;ピエール·デュラン」です。ポリソーム精留塔をRMに自然科学とカナダの工学研究会（MOP-CG095386）によってサポートされていたこの作品は、RMR Mにイノベーション助成金のためのカナダの財団（MOP-GF091050）を通じて取得した新しいCIHR研究者の給与賞を保持している。 私たちは、博士に感謝しています。有益な助言のためのE. Khandjian、I. Gallouzi、S.ジ - マルコとA. Cammas。

プロトコルは、ガイドラインに従っています ラバルの倫理審査委員会により承認されました。 1。細胞培養の準備と脳の操作<ol><li>哺乳類とショウジョウバエ細胞<ol><li>アメリカン·タイプ·カルチャー·コレクションが推奨するようにしたHeLa子宮頸癌細胞とシュナイダーショウジョウバエの胚細胞を増殖させる。低継代の細胞を操作します。 <...

<ol>
	<li>Gebauer, F., Hentze, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+mechanisms+of+translational+control.">Molecular mechanisms of translational control.</a> Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 5 (10), 827-835 (2004).</li><li>Jackson, R. J., Hellen, C. U. T., Pestova, T. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mechanism+of+eukaryotic+translation+initiation+and+principles+of+its+regulation.">The mechanism of eukaryotic translation initiation and principles of its regulation.</a> Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 11 (2), 113-127 (2010).</li><li>Fournier, M. -. J., Gareau, C., Mazroui, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+chemotherapeutic+agent+bortezomib+induces+the+formation+of+stress+granules.">The chemotherapeutic agent bortezomib induces the formation of stress granules.</a> Cancer Cell International. 10 (12), (2010).</li><li>Holcik, M., Sonenberg, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translational+control+in+stress+and+apoptosis.">Translational control in stress and apoptosis.</a> Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 6 (4), 318-327 (2005).</li><li>Mazroui, R., Huot, M. -. E., Tremblay, S., Filion, C., Labelle, Y., Khandjian, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trapping+of+messenger+RNA+by+Fragile+X+Mental+Retardation+protein+into+cytoplasmic+granules+induces+translation+repression.">Trapping of messenger RNA by Fragile X Mental Retardation protein into cytoplasmic granules induces translation repression.</a> Human Molecular Genetics. 11 (24), 3007-3017 (2002).</li><li>Mazroui, R., Huot, M. -. E., Tremblay, S., Boilard, N., Labelle, Y., Khandjian, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fragile+X+Mental+Retardation+protein+determinants+required+for+its+association+with+polyribosomal+mRNPs.">Fragile X Mental Retardation protein determinants required for its association with polyribosomal mRNPs.</a> Human Molecular Genetics. 12 (23), 3087-3096 (2003).</li><li>Farny, N. G., Kedersha, N. L., Silver, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=a+Metazoan+stress+granule+assembly+is+mediated+by+P-eIF2alpha-dependent+and+-independent+mechanisms.">a Metazoan stress granule assembly is mediated by P-eIF2alpha-dependent and -independent mechanisms.</a> RNA. 15 (10), 1814-1821 (2009).</li><li>Gareau, C., Houssin, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+fragile+x+mental+retardation+protein+recruitment+and+dynamics+in+Drosophila+stress+granules.">Characterization of fragile x mental retardation protein recruitment and dynamics in Drosophila stress granules.</a> PLoS ONE. 8 (2), (2013).</li><li>Brackett, D. M., Qing, F., Amieux, P. S., Sellers, D. L., Horner, P. J., Morris, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FMR1+transcript+isoforms:+association+with+polyribosomes;+regional+and+developmental+expression+in+mouse+brain.">FMR1 transcript isoforms: association with polyribosomes; regional and developmental expression in mouse brain.</a> PLoS ONE. 8 (3), (2013).</li><li>Khandjian, E. W., Huot, M. -. E., Tremblay, S., Davidovic, L., Mazroui, R., Bardoni, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biochemical+evidence+for+the+association+of+fragile+X+mental+retardation+protein+with+brain+polyribosomal+ribonucleoparticles.">Biochemical evidence for the association of fragile X mental retardation protein with brain polyribosomal ribonucleoparticles.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (36), 13357-13362 (2004).</li><li>Erikson, A., Winblad, B., Wallace, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translational+control+of+gene+expression+in+the+human+brain.">Translational control of gene expression in the human brain.</a> Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry. 13 (3-4), 469-479 (1989).</li><li>Stephens, S. B., Nicchitta, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=V+In+vitro+and+tissue+culture+methods+for+analysis+of+translation+initiation+on+the+endoplasmic+reticulum.">V In vitro and tissue culture methods for analysis of translation initiation on the endoplasmic reticulum.</a> Methods in Enzymology. 431, 47-60 (2007).</li><li>Koritzinsky, M., Wouters, B. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hypoxia+and+regulation+of+messenger+RNA+translation.">Hypoxia and regulation of messenger RNA translation.</a> Methods in Enzymology. 435, 247-273 (2007).</li><li>Khandjian, E. W., Corbin, F., Woerly, S., Rousseau, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fragile+X+mental+retardation+protein+is+associated+with+ribosomes.">The fragile X mental retardation protein is associated with ribosomes.</a> Nature Genetics. 12, 91-93 (1996).</li><li>Sivan, G., Kedersha, N., Elroy-Stein, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribosomal+slowdown+mediates+translational+arrest+during+cellular+division.">Ribosomal slowdown mediates translational arrest during cellular division.</a> Molecular and Cellular Biology. 27 (19), 6639-6646 (2007).</li><li>Thomas, J. D., Johannes, G. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+mRNAs+that+continue+to+associate+with+polysomes+during+hypoxia.">Identification of mRNAs that continue to associate with polysomes during hypoxia.</a> RNA. 13, 1116-1131 (2007).</li><li>Kumaraswamy, S., Chinnaiyan, P., Shankavaram, U. T., L&#252;, X., Camphausen, K., Tofilon, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Radiation-induced+gene+translation+profiles+reveal+tumor+type+and+cancer-specific+components.">Radiation-induced gene translation profiles reveal tumor type and cancer-specific components.</a> Cancer Research. 68 (10), 3819-3826 (2008).</li><li>Fournier, M. -. J., Coudert, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inactivation+of+the+mTORC1-eIF4E+Pathway+alters+Stress+Granules+Formation.">Inactivation of the mTORC1-eIF4E Pathway alters Stress Granules Formation.</a> Molecular and Cellular Biology. 33 (11), 2285-2301 (2013).</li><li>Sanchez, G., Dury, A. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+function+for+the+survival+motoneuron+protein+as+a+translational+regulator.">A novel function for the survival motoneuron protein as a translational regulator.</a> Human Molecular Genetics. 22 (4), 668-684 (2013).</li><li>B&#233;chade, C., Rostaing, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subcellular+distribution+of+survival+motor+neuron+(SMN)+protein:+possible+involvement+in+nucleocytoplasmic+and+dendritic+transport.">Subcellular distribution of survival motor neuron (SMN) protein: possible involvement in nucleocytoplasmic and dendritic transport.</a> The European Journal of Neuroscience. 11 (1), 293-304 (1999).</li><li>Goulet, I., Boisvenue, S., Mokas, S., Mazroui, R., C&#244;t&#233;, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TDRD3,+a+novel+Tudor+domain-containing+protein,+localizes+to+cytoplasmic+stress+granules.">TDRD3, a novel Tudor domain-containing protein, localizes to cytoplasmic stress granules.</a> Human Molecular Genetics. 17 (19), 3055-3074 (2008).</li><li>Nottrott, S., Simard, M. J., Richter, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+let-7a+miRNA+blocks+protein+production+on+actively+translating+polyribosomes.">Human let-7a miRNA blocks protein production on actively translating polyribosomes.</a> Nature Structural &amp; Molecular Biology. 13 (12), 1108-1114 (2006).</li><li>Genolet, R., Araud, T., Maillard, L., Jaquier-Gubler, P., Curran, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+approach+to+analyse+the+specific+impact+of+rapamycin+on+mRNA-ribosome+association.">An approach to analyse the specific impact of rapamycin on mRNA-ribosome association.</a> BMC Medical Genomics. 1 (33), (2008).</li><li>Del Prete, M. J., Vernal, R., Dolznig, H., M&#252;llner, E. W., Garcia-Sanz, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=a+Isolation+of+polysome-bound+mRNA+from+solid+tissues+amenable+for+RT-PCR+and+profiling+experiments.">a Isolation of polysome-bound mRNA from solid tissues amenable for RT-PCR and profiling experiments.</a> RNA. 13 (3), 414-421 (2007).</li><li>Thoreen, C. C., Chantranupong, L., Keys, H. R., Wang, T., Gray, N. S., Sabatini, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+unifying+model+for+mTORC1-mediated+regulation+of+mRNA+translation.">A unifying model for mTORC1-mediated regulation of mRNA translation.</a> Nature. 485 (7396), 109-113 (2012).</li><li>Ingolia, N. T., Brar, G. A., Rouskin, S., Mcgeachy, A. M., Weissman, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ribosome+profiling+strategy+for+monitoring+translation+in+vivo+by+deep+sequencing+of+ribosome-protected+mRNA+fragments.">The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments.</a> Nature Protocols. 7 (8), 1534-1550 (2012).</li><li>Morris, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribosomal+footprints+on+a+transcriptome+landscape.">Ribosomal footprints on a transcriptome landscape.</a> Genome Biology. 10 (4), (2009).</li></ol>

スクロース勾配上のポリソームプロファイル解析は、細胞または組織から単離したポリソーム9,11-14の濃度を分析することによって、翻訳開始の測定を可能にする。この手法は、 生体内で翻訳開始を測定するのに最適な（ない場合は一意の）アプローチである。これは、細胞周期15の間、細胞を増殖させるの並進状態を監視するために、及び翻訳開始には、ウイルス感?...

真核細胞は、常に迅速な適応細胞応答を必要とする有害な生理学的および環境ストレス条件の範囲に遭遇する。細胞ストレス応答は、抗生存と生存促進作用性因子との間の正確なバランスを必要とする。このバランスを崩壊させることは、癌や神経変性疾患などのヒトの病理の発展をリードする不可逆的な結果をもたらす可能性がある。ストレス反応の第一段階の間、細胞は、mRNAの翻訳のレベルでの遺伝子発現の変化の協調制御を伴う生存促進経路を活性化する。 真核生物のmRNAの翻訳は、翻訳開始因子（EIFS）、特異的なRNA結合タンパク質（のRBD）と、RNA分子の1との間の協調的な相互作用を伴う複雑な細胞プロセスである。開始、伸長、および終結：mRNA翻訳、3つの異なるフェーズに分割される。すべての3つのフェーズがレギュレーションの対象となりますがlatory機構は、翻訳制御メカニズムは、主にこのようにしてタンパク質合成2の律速段階を構成する翻訳の開始位相を、標的とする。 翻訳開始は 、 私は開始前複合体の形成につながる、三元複合体と40Sリボソームサブユニットへのその後の結合に会った eIF2a.GTP.Met-tRNAの形成に始まる高度に秩序プロセスです。次のステップは、そのようなeIF4F複合eIF3と、翻訳開始因子の活性が関与するmRNAに前開始複合体の動員である。このように形成された48S開始前複合体は、開始コドンAUGを認識するまで、mRNAの5 &#39;非翻訳領域のスキャンを開始するには、この機械を有効に特定の立体構造変化を受ける。翻訳開始因子の多くは、その後解放され、60Sサブユニットが翻訳のために、複雑な有能なリボソーム80Sを形成するために動員され、Aトンその時点でタンパク質合成を開始する（ 図1）。一染色体は、いわゆるポリソーム（またはポリリボソーム）の製造時に同じmRNAを翻訳することができ、複数の80S。ポリソームmRNA上の密度は、開始、伸長および終結率を反映し、したがって、特定の転写物の翻訳可能性の尺度である。しかしながら、ポリソームプロファイルは、主に開始段階におけるmRNA翻訳の変化を評価するために使用される。ここでは、翻訳開始阻害剤としてのプロテアソーム阻害剤を使用している。この薬物による癌細胞の処理は、翻訳開始因子eIF2a をリン酸化し、3 HRIというストレスキナーゼの活性化によって特徴付けストレス応答を誘導する。 eIF2aのリン酸化は、哺乳動物細胞4における翻訳開始の阻害を引き起こす主要なイベントの一つです。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="875">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td style="width:311px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Cells</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:279px;">HeLa cervical cancer cells</td>
			<td style="width:311px;">American Type Culture Collection (Manassas, VA; ATCC)</td>
			<td>CCL-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:279px;">Schneider Drosophila embryonic cells</td>
			<td style="width:311px;">American Type Culture Collection (Manassas, VA; ATCC)</td>
			<td>CRL-1963</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td style="width:311px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Culture medium and Supplements</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Schneider&#8217;s Drosophila Medium</td>
			<td style="width:311px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>SO146-500ml</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">DMEM</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>11995-073</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">FBS</td>
			<td>Fisher Scientist Scientist</td>
			<td>SH30396-03</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">penicillin/streptomycin</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td style="width:119px;">15140122</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td style="width:311px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Sucrose solutions</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">D-Sucrose</td>
			<td>Fisher Scientist</td>
			<td>BP220-212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Glycerol</td>
			<td style="width:311px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>49767</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Blue Bromophenol</td>
			<td>Fisher Scientist</td>
			<td>B3925</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td style="width:311px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Lysis buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Tris Hydrochloride</td>
			<td>Fisher Scientist</td>
			<td>BP153-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:279px;">MgCl2 </td>
			<td style="width:311px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">M2670-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">NaCl</td>
			<td>Tekniscience</td>
			<td>3624-05</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">DTT</td>
			<td style="width:311px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>D 9779</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Nonidet P40 (Igepal CA-630 )</td>
			<td>MJS Biolynx</td>
			<td>19628</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">SDS</td>
			<td>Tekniscience</td>
			<td>4095-02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:279px;">RNase inhibitor (RnaseOUT Recombinant Ribonuclease Inhibitor)</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>10777-019</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Antiproteases (complete, mini, EDTA free)</td>
			<td>Roche</td>
			<td>11,836,170,001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td style="width:311px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Proteinase K</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td style="width:119px;">AM2542</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Phenol: Chloroforme</td>
			<td>Fisher Scientist</td>
			<td style="width:119px;">BP1754I-400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Chloroforme</td>
			<td style="width:311px;">Fisher Scientist</td>
			<td style="width:119px;">C298-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Glycogen</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>10814-010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Isopropanol</td>
			<td style="width:311px;">Acros organics</td>
			<td>327270010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td style="width:311px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Antibodies</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">anti-FMRP antibody</td>
			<td colspan="2" style="width:429px;">Fournier et al., Cancer Cell International, 2010</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">anti-Ribosomal Protein L28 antibody</td>
			<td style="width:311px;">Santa Cruz Biotechnology, Inc.</td>
			<td style="width:119px;">SC-50362</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td style="width:311px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Others</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Proteasome inhibitor : Bortezomib</td>
			<td style="width:311px;">LC Laboratories</td>
			<td style="width:119px;">B-1408</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">DEPC (Diethylpyrocarbonate)</td>
			<td style="width:311px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td>D5758-25ml</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">RNaseZAP Solution</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td style="width:119px;">AM9780</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td style="width:311px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Materials</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">T25 cell culture flask</td>
			<td style="width:311px;">Corning</td>
			<td style="width:119px;">430639</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">1cc U100 Insulin Syringe 28 G1/2</td>
			<td>Fisher Scientist</td>
			<td>148291B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Tube ultra-centrifugation, PA, 12ml</td>
			<td>Fisher Scientist</td>
			<td>FSSP9763205</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Isco Model 160 gradient former</td>
			<td style="width:311px;">Teledyne Isco, Lincoln, NE, USA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ultracentrifuge Sorvall OTD Combi</td>
			<td style="width:311px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Thermo Scientific Sorvall Rotor TH-641</td>
			<td style="width:311px;">Thermo scientific</td>
			<td style="width:119px;">54295</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Automated Density Fractionation System</td>
			<td style="width:311px;">Teledyne Isco, Lincoln, NE, USA</td>
			<td style="width:119px;">67-9000-177</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Isco UA-6 UV-vis detector</td>
			<td style="width:311px;">Teledyne Isco, Lincoln, NE, USA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:279px;">NanoDrop 2000 UV-Vis Spectrophotometer</td>
			<td style="width:311px;">Thermo scientific</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Ultracentrifuge C 5415</td>
			<td style="width:311px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:279px;">Optical Microscope</td>
			<td style="width:311px;">Olympus CK2</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of translation initiation during stress conditions by polysome profiling

mRNA翻訳の正確な制御は、特に、生理学的および病理学的ストレスに応答して、真核細胞の恒常性に必須である。このプログラムの変更は、損傷した細胞の増殖、癌発生の顕著な特徴、または例えば神経変性疾患において見られるような時期尚早の細胞死につながることができる。翻訳調節の分子基盤について知られていることの多くは、密度勾配分画システムを用いてポリソーム分析から得られた。この手法は、線形スクロース勾配上で細胞質抽出物の超遠心分離に依存しています。回転が完了すると、システムは、異なる翻訳に対応し、遠心分離ゾーンの分画および定量化は、このようにポリソームプロファイルをもたらす、リボソーム集団を可能にする。ポリソームプロフィールの変化は、ストレスの種々のタイプに応答して生じる翻訳開始の変化や欠陥の指標である。この技術は、目を評価することができ電子翻訳開始の特定のタンパク質の役割、および特定のmRNAの翻訳活性を測定する。ここでは、正常または応力のいずれかの培養条件で、真核細胞および組織の翻訳開始を評価するために、ポリソームプロファイルを実行するために我々のプロトコルが記載されている。

前述のように、ポリソームプロフィールはストレス条件下で翻訳開始の変化の分析を可能にする。 図1は、前述のように、翻訳開始の簡略図が翻訳開始複合体の順序付けられたアセンブリーを含む多段階プロセスである。正常な成長条件下で、翻訳開始複合体は、その検出ソームプロファイルによる活性翻訳開始のための証明（;未処理図2）ポリリボソームに変換さ?...

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Analysis of Translation Initiation During Stress Conditions by Polysome Profiling

ここでは、ストレス条件に応答する真核細胞のmRNA翻訳の開始の変化を分析するための方法を記載している。このメソッドは、非翻訳リボソームからリボソームを翻訳するショ糖勾配に速度の分離に基づいています。

ポリソームプロファイリングによってストレス状態の間に翻訳開始の分析

Precise control of mRNA translation is fundamental for eukaryotic cell homeostasis, particularly in response to physiological and pathological stress. ...

Research

JoVE Journal

Biology

Monitoring Plant Hormones During Stress Responses

ストレス応答時には植物ホルモンのモニタリング

Plant hormones and related signaling compounds play an important role in the regulation of plant responses to various environmental stimuli and stresses. ...

Antibody Profiling by Luciferase Immunoprecipitation Systems (LIPS)

Antibody Profiling by Luciferase Immunoprecipitation Systems LIPS

ルシフェラーゼ免疫系による抗体のプロファイリング（LIPS）

Technologies for comprehensively understanding and quantifying antibody profiles to autoantigens and infectious agents may yield new insights into disease ...

Intravital Microscopy of the Microcirculation in the Mouse Cremaster Muscle for the Analysis of Peripheral Stem Cell Migration

末梢血幹細胞移動の解析のためのマウス精巣挙筋で微小循環の生体顕微鏡

In the era of intravascular cell application protocols in the context of regenerative cell therapy, the underlying mechanisms of stem cell migration to ...

Analysis of Oxidative Stress in Zebrafish Embryos

ゼブラフィッシュ胚における酸化ストレスの分析

High levels of reactive oxygen species (ROS) may cause a change of cellular redox state towards oxidative stress condition. This situation causes ...

Profiling Individual Human Embryonic Stem Cells by Quantitative RT-PCR

定量的RT-PCRによって個々のヒト胚性幹細胞のプロファイリング

Heterogeneity of stem cell population hampers detailed understanding of stem cell biology, such as their differentiation propensity toward different ...

Polysome Fractionation and Analysis of Mammalian Translatomes on a Genome-wide Scale

ゲノム規模で哺乳類Translatomesのソーム分画および分析

mRNA translation plays a central role in the regulation of gene expression and represents the most energy consuming process in mammalian cells. ...

Assessment of Selective mRNA Translation in Mammalian Cells by Polysome Profiling

ポリソームプロファイリングによる哺乳動物細胞における選択的mRNAの翻訳の評価

Regulation of protein synthesis represents a key control point in cellular response to stress. In particular, discreet RNA regulatory elements were shown ...

Fecal Glucocorticoid Analysis: Non-invasive Adrenal Monitoring in Equids

糞便グルココルチコイド分析：ウマにおける非侵襲性副腎モニタリング

Adrenal activity can be assessed in the equine species by analysis of feces for corticosterone metabolites. During a potentially aversive situation, ...

An Easy Method for Plant Polysome Profiling

工場ポリソームプロファイリングのための簡単​​な方法

Translation of mRNA to protein is a fundamental and highly regulated biological process. Polysome profiling is considered as a gold standard for the ...

Analysis of the Gap Junction-dependent Transfer of miRNA with 3D-FRAP Microscopy

3D-FRAP顕微鏡によるmiRNAのギャップジャンクション依存的転写の解析

Small antisense RNAs, like miRNA and siRNA, play an important role in cellular physiology and pathology and, moreover, can be used as therapeutic agents ...