ड्रोसोफिला ऊतकों अक्सर सेल प्रकार की एक विषम मिश्रण होते हैं. एक विशेष ऊतकों से विशेष प्रकार की कोशिकाओं में जीन की अभिव्यक्ति की जांच करने के लिए, नाभिक आनुवंशिक रूप में चिह्नित है और बाद में एक समानता आधारित दृष्टिकोण का उपयोग कर अलग किया जा सकता है. पृथक नाभिक ऐसे जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण और chromatin immunoprecipitation रूप में बहाव के अनुप्रयोगों के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है.