Name: soil sampling and isolation of entomopathogenic nematodes (steinernematidae, heterorhabditidae)
Uploaded: 2014-07-11T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes Steinernematidae, Heterorhabditidae at JoVE.com

Авторы хотели бы поблагодарить бывших членов Фондовой лаборатории: Сэм-Кю Ким, Кэтрин Plichta и Виктория Миранда-Томпсон за их вклад в улучшение многие из этих протоколов. Мы признаем поддержку Национального научного фонда (гранты IOS-0840932 и IOS-0724978) в SP складе.

1. Почва Коллекция Образец <ol><li> Рассмотрим охватывающих площадь не менее 2 - 4 м 2 для каждого места отбора. </li><li> Сбор образцов почвы на глубине не менее 15 см (рис. 4). </li><li> Возьмем по крайней мере 5 случайных выборок в пределах этой области. </li><li> Принимать 3 подвыборки на обр?...

<ol>
	<li>Bedding, R. A., Akhurst, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+technique+for+the+detection+of+insect+parasitic+rhabditid+nematodes+in+soil.">A simple technique for the detection of insect parasitic rhabditid nematodes in soil.</a> Nematologica. 21, 109-110 (1975).</li><li>Boemare, N. E., Akhurst, R. A., Dworkin, M., Falkow, S., Rosenberg, E., Schleifer, K. -. H., Stackebrandt, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Genera Photorhabdus and Xenorhabdus. In The Prokaryotes. , 473-488 (2007).</li><li>Gaugler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Entomopathogenic Nematology. , (2002).</li><li>Gaugler, R., Kaya, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Entomopathogenic Nematode s in Biological Control. , (1990).</li><li>Hazir, S., Keskin, N., Stock, S. P., Kaya, H. K., &#214;zcan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+and+distribution+of+entomopathogenic+nematodes+(Rhabditida:+Steinernematidae+and+Heterorhabditidae)+in+Turkey.">Diversity and distribution of entomopathogenic nematodes (Rhabditida: Steinernematidae and Heterorhabditidae) in Turkey.</a> Biodiversit., &amp; Conservation. 12, 375-386 (2003).</li><li>Kaya, H. K., Gaugler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Entomopathogenic+nematodes.">Entomopathogenic nematodes.</a> Annual Review of Entomology. 38, 181-206 (1993).</li><li>Kaya, H. K., Stock, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Techniques in insect nematology. In Manual of techniques in insect pathology. , 281-324 (1997).</li><li>Lacey, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Manual of techniques in invertebrate pathology. , (2012).</li><li>McCoy, C. W., Shapiro-Ilan, D., Duncan, L., Nguyen, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Entomopathogenic+nematodes+and+other+natural+enemies+as+mortality+factors+for+larvae+of+Diaprepes+abbreviatus+(Coleoptera:+Curculionidae).">Entomopathogenic nematodes and other natural enemies as mortality factors for larvae of Diaprepes abbreviatus (Coleoptera: Curculionidae).</a> Biological Control. 19, 182-190 (2000).</li><li>Meyling, N. V., Eilenberg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Occurrence+and+distribution+of+soil+borne+entomopathogenic+fungi+within+a+single+organic+agroecosystem.">Occurrence and distribution of soil borne entomopathogenic fungi within a single organic agroecosystem.</a> Agriculture, ecosystem., &amp; environment. 113, 336-341 (2006).</li><li>Poinar, G. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Taxonomy and biology of Steinernematidae and Heterorhabditidae. In: Entomopathogenic Nemtaodes in Biological. , 23-61 (1990).</li><li>Stock, S. P., Gress, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+and+phylogenetic+relationships+of+entomopathogenic+nematodes+(Steinernematidae+and+Heterorhabditidae)+from+the+Sky+Islands+of+southern+Arizona.">Diversity and phylogenetic relationships of entomopathogenic nematodes (Steinernematidae and Heterorhabditidae) from the Sky Islands of southern Arizona.</a> Journal of invertebrate pathology. 92, 66-72 (2006).</li><li>Stock, S. P., Hunt, D. J., Grewal, P. S., Ehlers, R. U., Shapiro-Ilan, D. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nematode+morphology+and+systematics.">Nematode morphology and systematics.</a> Nematodes as biological control agents. CAB International Publishing. , 3-43 (2005).</li><li>Stock, S. P., Goodrich&#8211;Blair, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Entomopathogenic+nematodes+and+their+bacterial+symbionts:+The+inside+out+of+a+mutualistic+association.">Entomopathogenic nematodes and their bacterial symbionts: The inside out of a mutualistic association.</a> Symbiosis. 46, 65-75 (2008).</li><li>Stuart, R. J., Gaugler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Patchiness+in+populations+of+entomopathogenic+nematodes.">Patchiness in populations of entomopathogenic nematodes.</a> Journal of Invertebrate Pathology. 64, 39-45 (1994).</li><li>White, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+obtaining+infective+nematode+larvae+from+cultures.">A method for obtaining infective nematode larvae from cultures.</a> Science. 66, 302-303 (1927).</li></ol>

Эта демонстрация является первым из двух презентаций, описывающих ряд методов, которые обычно используются для изучения EPN и их симбиотические бактерии. Эти методы представляют собой ключевые шаги для успешного создания EPN культур в лаборатории, а также стать основой для других биопро...

Многие нематоды связаны с насекомыми, и принимающими их взаимодействия в диапазоне от выгодно ущерб. При этом мы ориентируемся на группу нематод, которые возбудители насекомых, также известный как энтомопатогенных нематод (или EPN). Две семьи нематод принадлежат к этой группе нематод: Steinernematidae и Heterorhabditidae 11,13. Их патогенный эффект, на самом деле, предоставляемой их взаимодействия с факультативно-анаэробных кишечных бактерий (Xenorhabdus бактерии связать с steinernematids и Photorhabdus бактерий связывают с heterorhabditids) 2. Бактерии векторением от одного хозяина насекомых к другому единственной стадии свободной жизни нематод, третьей ступени инфекционного несовершеннолетних (также известный как DauER несовершеннолетнего, инфекционного несовершеннолетнего или IJ), который живет в почве. Оказавшись внутри насекомого, нематоды освободить бактерии в гемолимфе насекомого, которые убивают хозяина насекомых массивными септицемии. Бактерии такжеухудшить ткани насекомого и стать источником пищи нематоды », что позволяет им развиваться и размножаться. Как правило, один или два поколения взрослых нематод производятся внутри трупа насекомых. Потомство последние повторно ассоциирует поколения взрослых с нескольких бактериальных клеток в более специализируются манеру, чем их предыдущий питательной отношений, и развивать эти клетки в кишечнике, как они двигаются из насекомых туши в почву, где они будет ждать еще один насекомое паразитировать 6,11,14 (рис. 1). Со времени их открытия в 1927, EPN были рассмотрены ценные альтернативы химических пестицидов, поскольку они могут паразитировать широкий спектр насекомых, которые вредителей сельского хозяйства 3,4,5. Тем не менее, в течение последних двух десятилетий, эти нематоды и их симбиотические бактерии были признаны как податливый модельной системы для изучения биологических, экологических и эволюционных аспектов хост-микроба ВЗАИМОДЕЙСТВИЕнс 14. Целью данной презентации является показать методы и приемы наиболее часто используемые для отбора проб почвы и изоляции EPN. Разнообразные инструменты доступен и может быть использован для сбора образцов грунта в том числе: почвы пробоотборников, мастерки, пост-луночное старателей, шнеки, отбор проб труб, ручные лопаты, среди прочих (рис. 2). В зависимости от цели исследования, две стратегии выборки можно считать: а) расслаиваются, б) случайная выборка (рис. 3). Стратифицированная выборка обычно используется как часть интенсивного изучения в конкретном или демаркированы области за данный период времени. В общем, разрез в демаркированы и образцы почвы берутся в предусмотренных интервалами в разрезе в течение периода времени (фиг.3А) 15. Случайная выборка обычно используется при фокусировке на обширной территории. Эта стратегия выборки был использован для изучения разнообразия EPN ером большие географические области или региона (рис. 3В) 12. Ряд факторов может рассматриваться в зависимости от направленности исследования в том числе разнообразных фасады, почвы текстур и мест обитания (например., Возделанные поля, леса, пастбища, парки, морские побережья, прибрежные районы, и т.д.). Мы показываем технику насекомых травля, которая была первоначально описанный Постельные принадлежности и Akhurst 1 и представляет собой простое и избирательное альтернативу для восстановления EPN из образцов почвы. Это отборочной процедурой, которая основана на предпосылке, что нематоды (И.Я. этап) будут привлечены к хосту насекомых и паразитировать его. Этот метод также может рассматриваться для выделения других насекомых патогенов, таких как грибов и бактерий 8,10. Мы также демонстрируют технику модифицированный белый ловушки, которая используется для извлечения нематод потомство от зараженных насекомых хостов 7,14. Это усилий встретилсяХод, который предлагает преимущество получения &quot;чистой&quot; нематод потомство должно быть мусора от унизительных трупов насекомых. Наконец, способы, описанные и показанные в этой статье соответствуют тем, которые задумал и / или выполняются в нашей лаборатории, а также те, которые описаны различные коллегами и сотрудниками.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1119">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:309px;">Company</td>
			<td style="width:241px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:299px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:271px;">Galleria mellonella</td>
			<td style="width:309px;">Timberline</td>
			<td style="width:241px;">http://www.timberlinefisheries.com/ProductDetails.asp?ProductCode=WAXLG</td>
			<td>for insect baiting technique</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:271px;">Filter Paper, 55mm Grade 1 Cellulose</td>
			<td style="width:309px;">Whatman/VWR</td>
			<td>28450-048</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">60 x 15 mm Petri Dishes</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td>25384-092</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">100 x 15 Petri Dishes</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td style="width:241px;">25384-088</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:271px;">ZIPloc Plastic Bags</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;width:271px;">Mechanical Pipettor P1000, P200 ml</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td>89130-562; 89130-566&#160;</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">pippetor tips 1000ml, 200 ml</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td style="width:241px;">16466-004 ; 53510</td>
			<td>infection chamber and White trap assembly</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Bleach</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td>N/A</td>
			<td>soil sampling , desisnfecting</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Sodium Hypochlorite</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td>N/A</td>
			<td>soil sampling , desisnfecting</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">70% Ethyl alochol</td>
			<td style="width:309px;">AAPER</td>
			<td>17212945</td>
			<td>soil sampling , desisnfecting</td>
		</tr>
		<tr height="18">
			<td height="18" style="height:18px;width:271px;">Shovels</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Tubular soil sampler</td>
			<td>Accuproducts</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Soil Probe, long handle</td>
			<td>Nupla&#160;</td>
			<td style="width:241px;">PRB4T 69401 Classic</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:271px;">Measuring tape</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">Flagging tape, various colors</td>
			<td style="width:309px;">Ace Hardware or local hardware store</td>
			<td style="width:241px;">N/A</td>
			<td>soil sampling</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:271px;">tissue culture flasks</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td style="width:241px;">Falcon, 29185-304&#160;</td>
			<td>White trap, collection of EPN</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:271px;">wash bottles, Polyethylene, Wide Mouth</td>
			<td style="width:309px;">VWR</td>
			<td>16650-107</td>
			<td>White trap, collection of EPN</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

soil sampling and isolation of entomopathogenic nematodes (steinernematidae, heterorhabditidae)

Энтомопатогенные нематоды (ака EPN) представляют собой группу почвенных обитающих нематод, паразитирующих широкий спектр насекомых. Эти нематоды относятся к двум семействам: Steinernematidae и Heterorhabditidae. До сих пор, более 70 видов не были описаны в Steinernematidae и есть около 20 видов в Heterorhabditidae. Нематоды имеют мутуалистических партнерство с Enterobacteriaceae бактерий и вместе они действуют как мощный инсектицидных комплекса, который убивает широкий спектр видов насекомых. При этом мы ориентируемся на наиболее распространенных методов, рассмотренных для сбора EPN из почвы. Вторая часть этой презентации основное внимание уделяется технике насекомых-травля, широко используемого подхода для выделения EPN из проб почвы и технике модифицированного Белый ловушки, которая используется для восстановления этих нематод от инфицированных насекомых. Эти методы и способы являются ключевыми шагами для успешного создания EPN культаОЭС в лаборатории, а также стать основой для других биопробы, которые считают эти нематоды в качестве модельных организмов для исследований в других биологических дисциплин. Методы, приведенные в настоящей презентации соответствуют тем, которые выполняются и / или разработаны членами SP фондовой лаборатории, а также те, которые описаны различными авторами.

Почва Коллекция Образец Третьей ступени инфекционные молодь EPN единственные свободные жилые этапы этих нематод жизненного цикла, которые проживают в почве (рис. 1). Поэтому, собирая образцы грунта является очень эффективным методом для восстановления этих нема...

Watch this Scientific Journal Video about Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes Steinernematidae, Heterorhabditidae at JoVE.com

Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes Steinernematidae, Heterorhabditidae

Энтомопатогенные нематоды в почве обитающих круглые черви, которые паразитируют широкий спектр насекомых. Мы демонстрируем методы отбора проб, используемые для выделения этих нематод из почвы с помощью двух методов: насекомое травли и модифицированный Белый ловушки, для восстановления нематод из проб почвы и инфицированных трупов насекомых, соответственно.

Отбор проб почвы и изоляция энтомопатогенных нематод (Steinernematidae, Heterorhabditidae)

Entomopathogenic nematodes (a.k.a. EPN) represent a group of soil-inhabiting nematodes that parasitize a wide range of insects. These nematodes belong to ...

Research

JoVE Journal

Environment

Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes (Steinernematidae, Heterorhabditidae)

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Устройство и принцип действия непрерывного<sup&gt; 13</sup&gt; С и<sup&gt; 15</sup&gt; N Маркировка палата для Uniform или дифференциальный, Метаболический и структурная, завод Изотоп Маркировка

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes ...

Integrated Field Lysimetry and Porewater Sampling for Evaluation of Chemical Mobility in Soils and Established Vegetation

Интегрированный полевой Lysimetry и поровой воде Отбор проб для оценки химической мобильности в почвах и создания растительности

Potentially toxic chemicals are routinely applied to land to meet growing demands on waste management and food production, but the fate of these chemicals ...

An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates

An Optimized Enrichment Technique for the Isolation of Arthrobacter Bacteriophage Species from Soil Sample Isolates

Оптимизированная Техника по обогащению для изоляции<em&gt; Arthrobacter</em&gt; Бактериофаг Виды из образца почвы изолирует

Bacteriophage isolation from environmental samples has been performed for decades using principles set forth by pioneers in microbiology. The isolation of ...

Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes

Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes

Опробование Хищные кормления поведений<em&gt; Pristionchus</em&gt; И другие нематоды

This protocol provides multiple methods for the analysis and quantification of predatory feeding behaviors in nematodes. Many nematode species including ...

A Gusseted Thermogradient Table to Control Soil Temperatures for Evaluating Plant Growth and Monitoring Soil Processes

A Таблица складками термоградиентный для управления температуры почвы для оценки роста растений и мониторинга почвенных процессов

Thermogradient tables were first developed in the 1950s primarily to test seed germination over a range of temperatures simultaneously without using a ...

Protocols for Quantifying Transferable Pesticide Residues in Turfgrass Systems

Протоколы для Количественная переводных остаточным пестицидам в системах Turfgrass

Plant canopies in established turfgrass systems can intercept an appreciable amount of sprayed pesticides, which can be transferred through various routes ...

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management

Измерение и сопоставление моделей осаждения, относящиеся к концентрации карбоната почвы под управление сельским хозяйством и эрозии почвы

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes ...

Wastewater Irrigation Impacts on Soil Hydraulic Conductivity: Coupled Field Sampling and Laboratory Determination of Saturated Hydraulic Conductivity

Орошения воздействие сточных вод на гидравлической проводимости почвы: сочетании области выборки и лабораторного определения насыщенных гидравлической проводимости

Since the early 1960s, an alternative wastewater discharge practice at The Pennsylvania State University has been researched and its impacts monitored. ...

Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments

Изоляция и анализ микробных сообществ в почве, ризосфере и корни в экспериментах многолетние травы

Plant and soil microbiome studies are becoming increasingly important for understanding the roles microorganisms play in agricultural productivity. The ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

Использование основных компонентов для масштабирования Топографическая модели для сопоставления перераспределения земли и почвы органического углерода

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...