Name: phage phenomics: physiological approaches to characterize novel viral proteins
Uploaded: 2015-06-11T14:00:00
Duration: 9 min 40 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Phage Phenomics: Physiological Approaches to Characterize Novel Viral Proteins at JoVE.com

We thank Benjamin Knowles, Yan Wei Lim, Andreas Haas, and members of the Viral Dark Matter consortium for their help and constructive input on this manuscript. This research is funded by the National Science Foundation (DEB-1046413) and is part of the Dimensions: Shedding Light on Viral Dark Matter project.

<ol>
	<li>Wommack, K. E., Colwell, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virioplankton:+Viruses+in+Aquatic+Ecosystems.">Virioplankton: Viruses in Aquatic Ecosystems.</a> Microbiology and Molecular Biology Reviews. 64 (1), 69-114 (2000).</li><li>Hendrix, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recoding+in+Bacteriophages.">Recoding in Bacteriophages.</a> Recoding: Expansion of decoding rules enriches gene expression. 24, 249-258 (2010).</li><li>Breitbart, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+analysis+of+uncultured+marine+viral+communities.">Genomic analysis of uncultured marine viral communities.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 99 (22), 14250-14255 (2002).</li><li>Breitbart, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+and+population+structure+of+a+near-shore+marine-sediment+viral+community.">Diversity and population structure of a near-shore marine-sediment viral community.</a> Proceedings. Biological sciences / The Royal Society. 271 (1539), 565-574 (2004).</li><li>Dinsdale, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+metagenomic+profiling+of+nine+biomes.">Functional metagenomic profiling of nine biomes.</a> Nature. 452 (7187), 629-632 (2008).</li><li>Vega Thurber, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metagenomic+analysis+indicates+that+stressors+induce+production+of+herpes-like+viruses+in+the+coral+Porites+compressa.">Metagenomic analysis indicates that stressors induce production of herpes-like viruses in the coral Porites compressa.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (47), 18413-18418 (2008).</li><li>Pedulla, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Origins+of+highly+mosaic+mycobacteriophage+genomes.">Origins of highly mosaic mycobacteriophage genomes.</a> Cell. 113 (2), 171-182 (2003).</li><li>Calendar, R., Abedon, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The bacteriophages. , (2006).</li><li>Breitbart, M., Miyake, J. H., Rohwer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+distribution+of+nearly+identical+phage-encoded+DNA+sequences.">Global distribution of nearly identical phage-encoded DNA sequences.</a> FEMS microbiology letters. 236 (2), 249-256 (2004).</li><li>Klenk, H. -. P., Palm, P., Zillig, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA-Dependent+RNA+Polymerases+as+Phylogenetic+Marker+Molecules.">DNA-Dependent RNA Polymerases as Phylogenetic Marker Molecules.</a> Systematic and Applied Microbiology. 16 (4), 638-647 (1993).</li><li>Breitbart, M., Thompson, L., Suttle, C., Sullivan, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+the+Vast+Diversity+of+Marine+Viruses.">Exploring the Vast Diversity of Marine Viruses.</a> Oceanography. 20 (2), 135-139 (2007).</li><li>Mann, N. H., Cook, A., Millard, A., Bailey, S., Clokie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Marine+ecosystems:+bacterial+photosynthesis+genes+in+a+virus.">Marine ecosystems: bacterial photosynthesis genes in a virus.</a> Nature. 424 (6950), 741 (2003).</li><li>Mann, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genome+of+S-PM2,+a+&#8220;photosynthetic&#8221;+T4-type+bacteriophage+that+infects+marine+Synechococcus+strains.">The genome of S-PM2, a &#8220;photosynthetic&#8221; T4-type bacteriophage that infects marine Synechococcus strains.</a> Journal of bacteriology. 187 (9), 3188-3200 (2005).</li><li>Lindell, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transfer+of+photosynthesis+genes+to+and+from+Prochlorococcus+viruses.">Transfer of photosynthesis genes to and from Prochlorococcus viruses.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (30), 11013-11018 (2004).</li><li>Millard, A., Clokie, M. R. J., Shub, D. A., Mann, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+organization+of+the+psbAD+region+in+phages+infecting+marine+Synechococcus+strains.">Genetic organization of the psbAD region in phages infecting marine Synechococcus strains.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (30), 11007-11012 (2004).</li><li>Sullivan, M. B., Coleman, M. L., Weigele, P., Rohwer, F., Chisholm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three+Prochlorococcus+cyanophage+genomes:+signature+features+and+ecological+interpretations.">Three Prochlorococcus cyanophage genomes: signature features and ecological interpretations.</a> PLoS biology. 3 (5), e144 (2005).</li><li>Rohwer, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+complete+genomic+sequence+of+the+marine+phage+Roseophage+SIOI+shares+homology+with+nonmarine+phages.">The complete genomic sequence of the marine phage Roseophage SIOI shares homology with nonmarine phages.</a> Limnology and Oceanography. 45 (2), 408-418 (2000).</li><li>Miller, E. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complete+genome+sequence+of+the+broad-host-range+vibriophage+KVP40:+comparative+genomics+of+a+T4-related+bacteriophage.">Complete genome sequence of the broad-host-range vibriophage KVP40: comparative genomics of a T4-related bacteriophage.</a> Journal of bacteriology. 185 (17), 5220-5233 (2003).</li><li>Thompson, L. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phage+auxiliary+metabolic+genes+and+the+redirection+of+cyanobacterial+host+carbon+metabolism.">Phage auxiliary metabolic genes and the redirection of cyanobacterial host carbon metabolism.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (39), E757-E764 (2011).</li><li>Paterson, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antagonistic+coevolution+accelerates+molecular+evolution.">Antagonistic coevolution accelerates molecular evolution.</a> Nature. 464 (7286), 275-278 (2010).</li><li>Seguritan, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Artificial+neural+networks+trained+to+detect+viral+and+phage+structural+proteins.">Artificial neural networks trained to detect viral and phage structural proteins.</a> PLoS computational biology. 8 (8), e1002657 (2012).</li><li>Neidhardt, F. C., Bloch, P. L., Smith, D. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture+Medium+for+Enterobacteria.">Culture Medium for Enterobacteria.</a> Journal of Bacteriology. 119 (3), 736-747 (1974).</li><li>Khlebnikov, A., Datsenko, K. A., Skaug, T., Wanner, B. L., Keasling, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homogeneous+expression+of+the+P(BAD)+promoter+in+Escherichia+coli+by+constitutive+expression+of+the+low-affinity+high-capacity+AraE+transporter.">Homogeneous expression of the P(BAD) promoter in Escherichia coli by constitutive expression of the low-affinity high-capacity AraE transporter.</a> Microbiology (Reading, England). 147 (Pt 2), 3241-3247 (2001).</li><li>Cuevas, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Elucidating+genomic+gaps+using+phenotypic+profiles.">Elucidating genomic gaps using phenotypic profiles.</a> F1000Research. , (2014).</li><li>Zwietering, M. H., Jongenburger, I., Rombouts, F. M., van&#8217;t Riet, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+of+the+bacterial+growth+curve.">Modeling of the bacterial growth curve.</a> Applied and environmental microbiology. 56 (6), 1875-1881 (1990).</li><li>Schmieder, R., Lim, Y. W., Rohwer, F., Edwards, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TagCleaner:+Identification+and+removal+of+tag+sequences+from+genomic+and+metagenomic+datasets.">TagCleaner: Identification and removal of tag sequences from genomic and metagenomic datasets.</a> BMC bioinformatics. 11, 341 (2010).</li><li>Schmieder, R., Edwards, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality+control+and+preprocessing+of+metagenomic+datasets.">Quality control and preprocessing of metagenomic datasets.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 27 (6), 863-864 (2011).</li><li>Schmieder, R., Edwards, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+identification+and+removal+of+sequence+contamination+from+genomic+and+metagenomic+datasets.">Fast identification and removal of sequence contamination from genomic and metagenomic datasets.</a> PloS One. 6 (3), e17288 (2011).</li><li>Welch, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+parameters+to+control+synthetic+gene+expression+in+Escherichia+coli.">Design parameters to control synthetic gene expression in Escherichia coli.</a> PloS One. 4 (9), e7002 (2009).</li><li>Fiehn, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality+control+for+plant+metabolomics:+reporting+MSI-compliant+studies.">Quality control for plant metabolomics: reporting MSI-compliant studies.</a> The Plant journal: for cell and molecular biology. 53 (4), 691-704 (2008).</li><li>Zeng, Q., Chisholm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Marine+viruses+exploit+their+host&#8217;s+two-component+regulatory+system+in+response+to+resource+limitation.">Marine viruses exploit their host&#8217;s two-component regulatory system in response to resource limitation.</a> Current biology: CB. 22 (2), 124-128 (2012).</li><li>Shindy, W. W., Smith, O. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+plant+hormones+from+cotton+ovules.">Identification of plant hormones from cotton ovules.</a> Plant physiology. 55 (3), 550-554 (1975).</li><li>Lee, H. I., Leon, J., Raskin, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biosynthesis+and+metabolism+of+salicylic+acid.">Biosynthesis and metabolism of salicylic acid.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 92 (10), 4076-4079 (1995).</li><li>Chappell, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Biochemistry+and+Molecular+Biology+of+Isoprenoid+Metabolism.">The Biochemistry and Molecular Biology of Isoprenoid Metabolism.</a> Plant Physiology. 107 (1), 1-6 (1995).</li><li>Kitagawa, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complete+set+of+ORF+clones+of+Escherichia+coli+ASKA+library+(a+complete+set+of+E.+coli+K-12+ORF+archive):+unique+resources+for+biological+research.">Complete set of ORF clones of Escherichia coli ASKA library (a complete set of E. coli K-12 ORF archive): unique resources for biological research.</a> DNA research: an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes. 12 (5), 291-299 (2005).</li><li>Baran, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+footprinting+of+mutant+libraries+to+map+metabolite+utilization+to+genotype.">Metabolic footprinting of mutant libraries to map metabolite utilization to genotype.</a> ACS chemical biology. 8 (1), 189-199 (2013).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

כאן, אנו מציגים גישות phenomic לאפיון הפונקציונלי של גני הפאג משוערים. טכניקות כוללות assay פיתח מסוגל חילוף חומרים אנאבוליים מארח ניטור, צלחות Assay Multi-פנוטיפ (מפות), בנוסף לשיטה המבוססת של metabolomics, מסוגל למדוד השפעות לחילוף חומרי קטבולי. אנחנו סיפקנו כלים נוספים כדי לנהל את ערכות נתונים הגדולות הנובעות מטכנולוגיות אלה, המאפשרים לעיבוד תפוקה גבוה וניתוח 24. לבסוף, באמצעות ההשוואה של חלבון מבואר קפסיד הפאג, thioredoxin הפאג, שני גני הפאג חילוף חומרים משוערים, והתגובה הניסיונית הממוצעת אנו מציעים אסטרטגיות שונות לפרש את שני מערכי נתונים וכיתות גן, בדגש על זיהוי מגמות וזיהוי חריגים פנוטיפי. כאמור, שתי גישות כמותית למדוד רק מחצית מחילוף חומרי מארח. לפרש את התפקוד היחסי של כל אחד מחלבוני רומן תחת חקירה, הנתונים משני השיטות נדרש לספק ראיות של פונקציה. אמנם זה לא פוקוס של כתב היד הנוכחית שלנו, יציאות נתונים מכל שיטת phenomic היא לשים בניתוחים combinatory המתמקדים בטכניקות אשכולות כגון יער אקראי וניתוח מרכיבים ראשי. יתר על כן, השערות כתוצאה מהניתוח המשולב חייבים להיות מאומתות לאחר מכן על ידי שיטות גנטיות מסורתיות. לבסוף, השיטות שהוצגו מושפעים במידה רבה על ידי פיזיולוגיה של חיידקים ולכן בצעו את אותם הסטנדרטים. כאשר התחייבות או שיטה, שיקולים צריכים להיעשות כדי להבטיח קבוצות עצמאיות, משובטים הם התנסו ב; זיהום נמנע; משתנה אחד נבדק; והבקרות מתאימות שרצו בו זמנית. אי חשבון לנקודות אלה יגרמו לתוצאות לא ברורות, דומות לכל assay פיסיולוגי. צלחות Assay רב-פנוטיפ(מפות) הפיתוח של מפות מספק תפוקה גבוהה וassay להתאמה בהשוואה לטכנולוגיות זמינות כרגע (איור 5 א ושולחנות 1,2). Assay משתמש אספקה, ציוד, וטכניקות בסיסיות זמינה בכל מעבדות מיקרוביולוגיה. השילוב של צינור חישובית, 24 PMAnalyzer, לעיבוד וניתוח נתונים שלאחר מכן מבטיח פרשנות נתונים מהירה. בנוסף, שני ההיבטים ניסיוניים ואנליטיות של הגישה יכולים להיות מותאמים בקלות או מכוון למטרות מותאמות אישית. לדוגמא, אם חלק גדול מהנתונים לא מצליח לעבור סינון המפורטים בסעיף 4, אפשר לנפות ידני באמצעות עקומות הגדילה לזהות בעיות. אם מתעוררת הבעיה בשל פרמטרים מסנן מחמירים, התאמות לתסריט יכולה להתבצע. לחלופין, (כלומר עיבוי אם בעיות קשורות בתהליך הניסוי, ממושך; לא תקין של העברת חיידקי celLS, וכו &#39;) ולאחר מכן משכפל נוסף ניתן לחזור בקלות. כפי שתואר בCuevas et al. 24, PMAnalyzer היא תכנית יחידה bash נכתבה כתסריט מעטפת שמבצע את הניתוח וניתוח התסריטים כצינור מלוכד, אוטומטי. כל התסריטים נגישים באופן חופשי ממאגר Git ב 25 על ידי לקיחת הערך החציוני עבור כל נקודה על פני נתוני שלושה עותקים זמן, ולאחר מכן parameterizes העקומה לוגיסטית להשיג זמן ההשהיה, שיעור צמיחה מרבי, אסימפטוטה, וטווח רומן, צמיחת רמה. ערך החציון נבחר על הממוצע במחקר שלנו כדי להפחית את ההשפעה של חריגים גדולים, לעומת זאת, התסריט ניתן להתאים בקלות לחשב את הממוצע של הנתונים לשכפל. בשל וריאציה מופחתת (SE) ראה על פני נתונים לשכפל (איור 2 א) שמרנו את השימוש בחציון בPMAnalyzer להתקנת עקומה לוגיסטית. בנוסף, נותק לצמיחה במחקר זה (GL ≥ 0.4) היה Determined ידי השוואת נתונים כיצד הופרדו על פני רמת צמיחה ושיעור צמיחה המרבית (איור 1 א &#39;, ב&#39;). בהתאם למערכת המכשירים והמודל השתמשה במונח זה עשוי להשתנות, דורשת הגדרה מחדש של זה מנותק ערך. יתרון עיקרי של assay שלנו הוא היכולת להשוות פנוטיפים באמצעות פרמטר יחיד המאפיין את התפתחותם של חיידקים כללי, שבו אנו מגדירים כצמיחה רמה (GL). GL הוא ממוצע הרמוני, ולכן מפחית את ההשפעות של חריגים גדולים בנתונים. השימוש בממוצע הרמוני עם ערכים מצויד לוגיסטיים עברו לספק סיכום של הצמיחה הגיע בדרך של ניסוי וטעייה. שיטות אחרות ניסו לבדל את הצמיחה כללה: זמן שלקח להגיע פרמטרים ספציפיים עקומה (מחצית μ מקסימום, μ מקסימום, ויכולת נשיאה), המקדם של נחישות (R 2), ושילובים של R 2 מוכפל בפרמטרים עקומה ספציפיים. שימוש בממוצע הרמוני עם עברערכים לוגיסטי-כשירים לGL סיפקו את מגוון הגדול ביותר בהערכת צמיחה, וכך היא הפכה לשיטה של ​​בחירה. שיקול אחד שיש לשים לב כי יש דפוסי עקומת צמיחה דינמיים הפוטנציאל של איבוד בעת שימוש בפרמטר אחד או מודל מצויד. לדוגמא, הפרמטרים העקומה הבודדים של העקומה לוגיסטית וGL אינם מסוגלים גידול biphasic. בסביבת פחמן בודדת, השפעה זו על צמיחה מרמזת תיווכו של החלבון הנגיפי משני ההמרה של המצע או שינוי בניצול מצע. השפעות נוספות שעלולים להיות לאיבוד כאשר לא שוקלים פרמטרים צמיחה מרובים כוללות: זמן השהיה ממושך, מציע נטל מוגבר של מכונות או של מוצרים נגיפיים; במהירות מואצת שלב מעריכי, המצביע על חלבונים נגיפיים בשילוב לארח מסלולי הפקת אנרגיה; רמות גבוהות יותר של היווצרות או ביומסה, רומזים תמיכה נגיפית בספיגת חומרים מזינים מארח ואנאבוליזם (מידע לא מוצג). לפיכך, זומם עקומות גדילה המתהווה ( <stRong&gt; איור 2 א, ב) מספק מידע לגבי מגמות לאורך זמן ואילו GL לוקח בחשבון את המשתנים העיקריים של המודל לוגיסטי, מתן מספר הכמותי יחיד לייצג הצלחה כוללת של שיבוט. כאשר בוחנים את התגובות השונות שנתרמו על ידי גנים מבניים וחילוף חומרים במפות, הוא ציין כי שיעורי המצע השונים בשאלה לספק הראיות הגדולות ביותר לתפקוד חלבון. לדוגמא, חלבוני חילוף חומרים הקשורים לעתים קרובות עם רכישה של חומרים מזינים הגבלה, שהם נוקבים לארח 16,32 חילוף חומרים מרכזיים. ניסויים ראשוניים עולים כי MAP יש שיבוטים מחסה גני הפאג חילוף חומרים משוערים שלב פיגור מוגבר כאשר גדלו על מקורות מרכזיים פחמן חילוף חומרים (איור 2 א). לעומת זאת, שיבוטים נושאים גנים מבניים משוערים, הדורשים פרופורציות גדולות של בריכות אנרגיית המארח וdNTP, לגרום לתגובה חיובית כוזבת על צמיחה לסנאטמצעי פחמן חילוף חומרים RAL וחומצות אמינו. זה כנראה עקב ההצטברות של חלבונים מסיסים וכתוצאה מכך filamentation מארח ו / או גופי הכללה, כפי שנצפה באמצעות מיקרוסקופ (איור 2 א ומידע לא מוצג). בעוד נדרש ניתוח נוסף כדי לאמת את התוצאות הראשוניות אלה, המפות מסוגלות אחזור תגובות פנוטיפי המתואמים להשערת פונקציות של כיתות גן הפאג ספציפיות. בנוסף להבהרה של חלבונים נגיפיים בלתי ידועים, המפות הן משאב רומן לחקור את המגוון הפונקציונלי וחילוף חומרים של חיידק בודד או קהילה של חיידקים. רכיבי MAP מיועדים לשינוי קל כדי לתמוך בצמיחה של מגוון רחב של חיידקים; כולל ימי, auxotrophic, וחיידקים אנאירוביים. כדי להקל על מאמצים אלה התקשורת הבסיסית ומראש צמיחה המוגדרת דורשות מינים כימיים נוספים או הותאמו לפני סוג חיידקים שונה יכול להיות נתמכת במפות.הערה אחת בשימוש זה של המפות היא לשמור על תקשורת מוגדרת, האוסר על השימוש במרכיבים כגון tryptone, תמצית שמרים וpeptone. Metabolomics תחום metabolomics תלוי במאגרי מידע המטבוליט, הכוללים מטבוליטים מבודדים המזוהים על ידי ספקטרומטריית מסה. יש מתקן הליבה נבחר כאן אחד ממאגרי המידע הגדולים ביותר metabolomics. מעניין, יותר ממחצית מטבוליטים וכתוצאה מexperimentations היתה בלתי מזוהות (~ 65%), בעוד שאחרים מעולם לא לפני שנרשמו במארח שלנו, Escherichia coli (דוגמאות כוללות: אינדול 3 חומצה אצטית 33, חומצה סליצילית 34, וחומצת dihydroabietic 35). עובדה זו ניתן לייחס לשתי הטיה חזקה של בסיס הנתונים למטבוליטים צמח, או החלבונים הספציפיים תחת חקירה. ללא קשר, התוצאה הוא מספר מצומצם של מטבוליטים ידועים זמינים לייצוג נתונים וניתוח. בפוture, שיטות metabolomics מרובות באמצעות מאגרי מידע שונים יאפשר לכיסוי המטבוליט יותר. נכון להיום, ידוע והן מטבוליטים ידועים המשמשים בעת השוואה והנגדה החלבונים הנגיפיים הרומן שלנו. שימוש בגישה זו, אנו משערים כי שיבוטים מחסה חלבונים פונקציונלי דומים יחלקו דמיון מוגבר בפרופיל metabolomic המלא שלהם. ניתוח metabolomics ראשוני עולה כי בעוד גנים מבניים וחילוף חומרים לא להפריד אחד מהשני בצורה ברורה, גנים אלה מציגים השפעות דומות על המארח כאשר ביטוי יתר אין לתאם (איור 6). לדוגמא, אשכולות גני capsid על מבואר עם הדוק גני הטבולים המשוערים מודגשים במחקר זה, EDT2440 וEDT2441. חקירות באמצעות תכנית מנבא טופולוגיה הטרנסממברני ופפטיד האות זמינה לציבור הראו ראיות לכך ששניהם גני הטבולים המשוערים נמל תחום הטרנסממברני יחיד. מעניין 5 מתוך ה9 שיבוטים דואר בקבוצה הראשונה האשכול (משמאל החלק מdendrogram ביותר) היו לחזות תחומים הטרנסממברני באמצעות אותה תכנית טופולוגיה. יש צורך בבדיקות נוספות, עם זאת, סביר להניח כי מטבוליטים בביטוי היתר של שיבוטים אלה הקשורים לתגובת לחץ סלולרית כתוצאה מקרום או נטל מבני. עדות זו תומכת שבזמן שנתוני metabolomics בעל כמות מוגברת של רעש, השיטה היא מסוגלת הדגשת אותות שמבדילים השפעות כלליות של הגנים, הן בתוך ועל פני כיתת גן. כדי לקבוע אם השיטה היא מסוגלת להוציא את מידע ספציפי של תפקוד גן, מטבוליטים קובצו למסלולים מטבוליים ספציפיים. בן ההשערה, אם שיבוט משפיע מטבוליטים ספציפיים למסלול אחד, ולאחר מכן גן ביטוי יתר הוא פעיל באותו מסלול. לפני הקמת צינור אבטחת איכות metabolomics, נתונים ראשוניים עולים כי מעלמטבוליטים underrepresented ד היו בדרך כלל &quot;לא ידועים&quot;, המספקים מידע מועט על המסלולים הם קשורים עם (מידע לא מוצג). נתונים metabolomics מעובד, לעומת זאת, מגלים כי הרוב המכריע של פרופילי המטבוליט דומים ורק מספר מצומצם של שכיחות המטבוליט ידועה וידועה להשתנות על פני שיבוטים, לדוגמא פוטרסין ואורציל (איור 6). כדי לספק רזולוציה גדולה יותר של מאמצי תפקוד חלבון נעשים כדי להשוות ניסוי גני הפאג הרומן נגד גני הפאג ידועים, אשר ניתן להשתמש בי למלא &quot;החורים&quot; של המטבוליט אפיון פונקציונלי מבוססים. שימוש בטכניקה זו, הפונקציה שהוקצתה של גנים נגיפיים ידועים מספקת התייחסות לפונקציה של גנים לא ידועים. עם זאת, הגורם של ניתוח metabolomic הגבלה הוא בגודל ואת הרלוונטיות של מסד הנתונים. כדי לתקן את המגבלות האלה, מסדי נתונים metabolomic אפשר להתייחס אליה למחקר זה צריכים להיות מפותחים; כזהכבסיס נתונים של מטבוליטים ושכיחותם ספציפיים לאוסף ASKA של א &#39; השיבוטים coli בי ORF אחת מבוטא ביתר 36. ראיות לצורך של מסדי נתונים מסוג זה הניתנות בשנת 2013, כאשר חוקרים במעבדה הלאומית ברקלי Lawerence מלוקט מסד נתונים המקיף הראשונים של מטבוליטים ספציפיים לספריות מוטציה שלמות של חיידקי מודל 37. מחקר זה סיפק תובנה חדשה לגנים הנדרשים לניצול של מטבוליטים מסוימים, חושף את הקשר ברור בין הפנוטיפ וגנוטיפ. כאשר שוקלים metabolomics ככלי, חשוב להגדיר את משטר העיבוד ואחרי במתקן הגרעין. חפץ של רוב הליכי ניסוי הוא שונות היום-יום הקשורים למכשירים של שימוש. עד כה כל ניתוח GC-MS מיישם את השימוש בסטנדרטים פנימיים שכלולים בכל ריצה אנליטיים; עם זאת, תוספת של דגימות פנימיות ספציפיות פרויקט &lt;/ Em&gt; רץ בכל יום של ניסויים מסיר שונות נוסף. שיקולים אלה יש לטפל מוקדם כדי להימנע מבעיות נורמליזציה והטיות. פתרון נוסף הוא לעבד את כל הדגימות במתקן גרעין באותו מחשב וכיצווה אחת, אפשרות זמינה בכל מתקן גרעין. הכלים השונים הציג שני ובחנו מחדש בכתב היד הזה מספק רומן פירוש מסך ולאפיין גני הפאג תפקודי לא ידועים. הפשטות וההתאמה של השיטות הניסיוניות עם השימוש לייעל צינורות חישובית מבטיחים שיטות אלו חלות על מגוון רחב של מאמצי מחקר ושדות. המטרה שלנו היא שגישות phenomic מוצגות כאן תסייע חקירות נוספות של חלבוני הפאג רומן בנוסף למערכות שנמצאות באותה מידה תפקודית מוגדרים.

וירוסים שמדביקים חיידקים (aka bacteriophage או הפאג) מוערכים להתקיים על יותר מ 10 31 וירוס כמו חלקיקים (VLPs) בעולם והמספר בכל אורגניזמים אחרים בסביבה 1,2. מחקר metagenomic הראשון חוקר את קהילות ויראלי כרוכות בסביבות ימיות התמקד בכימות המגוון ראה בתוך שבריר הנגיפי 3. בנוסף, ברייטברט ועמיתיו מצאו כי מעל 65% מרצפי הקהילה הנגיפיים משותפים לא הומולוגיה לכל רצפים זמינים במאגרי מידע ציבוריים. מחקרי metagenomic לאחר מצאו עדויות דומות: metagenomes ממשקעים ימיים בסן דייגו, קליפורניה מכילה רצפי ויראלי ידועים 75% 4; metagenomes מימות המלוחות של ים סלטון מכיל רצפי ויראלי ידועים 98% 5; וmetagenomes הקשורים אלמוגים מכילים 95 - רצפי ויראלי ידועים 98% 6. הצטברות זו של מידע unannotated הביאהחומר גנטי הפאג להיות &quot;החומר האפל של היקום הביולוגי&quot; 7. אפיון גנטי של הפאג מסתמך על זיהוי דמיון רצף באמצעות השוואה מול מסדי נתונים חומצת גרעין וחלבונים קיימים. מכיוון שהמידע גנטי מקודד הפאג הוא בעיקר ידוע, שיטות המבוססת על הומולוגיה אינן יעילות. בתוך הגנום שלהם, בדרך כלל פאגים לקודד שלושה סוגים עיקריים גן: גני שעתוק ושכפול, גני חילוף חומרים, והגנים מבניים. גני השעתוק ושכפול (בכיתה I / II גנים 8) כוללים polymerases, primases, אנדו / Exo-nucleases, וקינאז. גנים אלה השמורים ביותר בשל חשיבותם בזיהום הפאג, תמלול ומשכפלים את החומר גנטי הפאג. polymerases הפאג קלות מזוהה באמצעות שיטות הומולוגיה רצף מסורתיות בשל השימור העולמי שלהם 9 והוכח לשמש כסמני פילוגנטי יעילים כמו 10.לעומת זאת, חילוף חומרים הפאג וגנים מבניים (כיתה השנייה / שלישי גנים 8) הם מסתעף יותר ויותר, ולעתים קרובות מבואר כגנים היפותטי. גני טבולי הפאג להשפיע על יכולת חילוף חומרים של המארח ולא נדרשים בהכרח לשכפול נגיפי. גנים אלו, המכונים לעתים קרובות גני עזר כמו חילוף חומרים 11 (AMGs), מופיעים לווסת את חילוף החומרים של מארח ולאפשר התקדמות אופטימלית של זיהום והצלחה של התבגרות virion. AMGs נקשר עם הניצול והספיגה של חומרים מזינים הגבלה או במסלולי הפקת אנרגיה. כמה דוגמאות כוללות photosystem גנים שנמצאו בגנום של cyanophage השונים 12-16, גנים הקשורים לחילוף חומרים ומוסדרים על ידי פוספט 17,18, וניצול של מסלול פנטוז פוספט לביוסינתזה dNTP הפאג 18,19. לשם השוואה, גנים מבניים הם בין אמצע לסוף גנים הופקו במהלך הזיהום ולהשתנות על פני הפאג-הו שוניםמערכות st. הייצור של חלבונים מבניים תלוי בזמינות של dNTP הנגיפית, ובריכות אנרגיה לשעתוק, התרגום, והרכבתם 8. חלבוני קפסיד וזנב סיבים מבניים נחשבים כסוטים ביותר של כל הגנים מקודדי החלבונים הנגיפיים ונדרשים לייצור virion מוצלח. הסטייה שלהם מיוחסת בדרך כלל לתפקיד הפעיל שהם משחקים בעיצוב אבולוציה משותף-מארח וירוס 20. חלבונים מסתעפים, ללא קשר למעמד הגן, הם בקלות להתעלם בעת השימוש בטכניקות הומולוגיה ויישור רצף מסורתיות. מאמץ לתקן את המגבלות ראו בהשוואות רצף קפדניות הביא כלים ביואינפורמטיקה מסוגלים באמצעות מאפייני רצף כדי לקבוע עמותה, כגון רשתות עצביות מלאכותיות 21. רשתות עצביות מלאכותיות (Anns) לאפשר החיזוי של גנים מבניים וחילוף חומרים, לעומת זאת, דורש אימות ניסיוני במורד הזרם לאפיין ישירותתפקוד גן. המטרה של כתב היד הזה היא לספק פרוטוקולי phenomic מסוגלים ניטור שני חילוף החומרים קטבולי ואנבוליים של חיידק מארח בביטוי של גן הפאג רומן, חזה תפקודי באמצעות Anns. תחום Phenomics, הביולוגיה קשורה עם פנוטיפים סלולריים, מבוסס היטב בביולוגיה מערכות כדי לסייע בחקירה של חלבונים עם פונקציה לא ידועה או pleiotropic. כלים Phenomic משמשים לקשר מידע פנוטיפי למידע genotypic. אנו משערים לגנים הפאג משוערים שתפקידם (ים) ניתן לקבוע דרך השפעות פיסיולוגיות מארח התבוננות בביטוי גני הפאג. כדי לחקור את ההשערה הזאת, שתי שיטות כמותיות נבחרו. צלחות Assay רב-פנוטיפ (מפות) שמשו כדי לפקח על ניצול מצע מארח והיווצרות ביומסה הבאה תוך metabolomics נמדד גיוון המטבוליט מארח ושפע יחסי בצמיחה בסביבה וספציפיתתנאים נפשיים. חלבונים מבניים וחילוף חומרים משוערים היו ביטוי יתר בEscherichia coli ותוצאות נציג משני הניסויים בהשוואה. טכניקות חזותיות רבות וצינורות עיבוד תפוקה גבוהה מוצגות כדי להקל על שכפול ניסיוני. לבסוף, שחזור והדיוק של השיטות שהוצגו הם דנו בהקשר של השפעות פיסיולוגיות צפויות לחלבון מבואר קפסיד וחלבון מטבולי הפאג, thioredoxin, בתוספת שתי AMGs משוער.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.22&#181;m Sterivex Filter</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>SVGP01050</td>
			<td>Millipore</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.22&#181;m Millex Filters</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>SLGV033RS</td>
			<td>Millipore</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.22&#181;m SteriCap Filter</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>SCGPS02RE</td>
			<td>Millipore</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.22 &#181;m Omnipore membrane filters</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>JHWP02500</td>
			<td>Millipore</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96 well micro-titer plates&#160;</td>
			<td>VWR</td>
			<td>82050-764</td>
			<td>Standard F-Bottom 96 well Microplates</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2 mL 96 well plate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adhesive Seal Plate Film</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Z369667</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2 L Nalgene square bottles</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>T-06040-70</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>125 mL Nalgene square bottles</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>T-06040-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1/4inch Panel Mount Lock Nut, black nylon&#160;</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>EW-45509-04</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Female Luer Thread Style Panel Mount to 200 Series Barb&#160; 1/16inch&#160;</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>EW-45500-30</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Female Luer Thread Style Panel Mount to 200 Series Barb, 1/8inch</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>EW-45500-34</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Male Luer Integral Lock Ring to 500 Series Barb, 1/16inch ID tubing</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>EW-45505-31</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Male Luer with Lock Ring x Female Luer Coupler</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>T-45508-80</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Barbed Bulkhead Fittings 1/4inch OD&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>6149-0002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sanipure Tubing 1/16inch ID x 1/8inch OD&#160;</td>
			<td>SaniPure</td>
			<td>AR400002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sanipure Tubing 1/4inch OD x 1/8inch ID&#160;</td>
			<td>SaniPure</td>
			<td>AR400007</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Variable Flow Mini Pump (Peristaltic pump)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-876-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnetic Stirrer</td>
			<td>Velp Scientifica</td>
			<td>F203A0160</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forceps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-512-141</td>
			<td>&#160;Millipore* Filter Forceps&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multi-plate spectrophotometer plate reader</td>
			<td>Molecular Devices Analyst GT</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter manifold</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>&#160;XX10 025 02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Software:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Python version 2.7.5</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.python.org/">http://www.python.org/</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PyLab module</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://wiki.scipy.org/PyLab">http://wiki.scipy.org/PyLab</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R version 3.0.1&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.r-project.org/">http://www.r-project.org/</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>reshape2 library</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://had.co.nz/reshape">http://had.co.nz/reshape</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ggplot2 library</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://ggplot2.org/">http://ggplot2.org/</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gene Composer</td>
			<td>PSI Tech Portal</td>
			<td></td>
			<td>http://www.genecomposer.net</td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Services:</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>West Coast Metabolomics Center</td>
			<td>UC Davis</td>
			<td></td>
			<td><a href="http://metabolomics.ucdavis.edu/">http://metabolomics.ucdavis.edu</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA 2.0</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>https://www.dna20.com</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

phage phenomics: physiological approaches to characterize novel viral proteins

חקירות נוכחי לאינטראקציות הפאג-מארח תלויות באקסטרפולציה ידע מהגנום (meta). מעניין לציין, 60-95% מכל רצפי הפאג לשתף אין הומולוגיה לחלבונים מבואר הנוכחיים. כתוצאה מכך, חלק גדול מהגנים הפאג הוא מבואר כהיפותטי. מציאות זו משפיעה במידה רבה את הביאור של שני גני חילוף חומרים מבניים ועזר. כאן אנו מציגים שיטות phenomic נועדו ללכוד את התגובה הפיזיולוגית (ים) של מארח נבחר במהלך הביטוי של אחד הגנים הפאג ידועים אלה. צלחות Assay רב-פנוטיפ (מפות) משמשות כדי לפקח על המגוון של ניצול מצע מארח והיווצרות ביומסה לאחר מכן, בזמן שmetabolomics מספק ניתוח דו-מוצר על ידי ניטור שפע המטבוליט וגיוון. שני כלים המשמשים בו זמנית כדי לספק פרופיל פנוטיפי הקשורים לביטוי של מסגרת אחת הפאג משוער קריאה פתוחה (ORF). תוצאות עבור נציג שני השיטות הן בהשוואה, highlighting הבדלי פרופיל פנוטיפי של מארח ביצוע או גני הפאג מבניים או חילוף חומרים משוערים. בנוסף, הטכניקות להדמיה וצינורות חישובית תפוקה גבוהה שאפשרו ניתוח ניסיוני מוצגות.

Watch this Scientific Journal Video about Phage Phenomics: Physiological Approaches to Characterize Novel Viral Proteins at JoVE.com

Phage Phenomics: Physiological Approaches to Characterize Novel Viral Proteins

Here, we present phenomic approaches for the functional characterization of putative phage genes. Techniques include a developed assay capable of monitoring host anabolic metabolism, the Multi-phenotype Assay Plates (MAPs), in addition to the established method of metabolomics, capable of measuring effects to catabolic metabolism.

Phenomics הפאג: גישות פיזיולוגיות לאפיין חלבונים חדשים ויראלי

Current investigations into phage-host interactions are dependent on extrapolating knowledge from (meta)genomes. Interestingly, 60 - 95% of all phage ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

באמצעות assay הפאן ויראלי microarray (Virochip) אל מסך דוגמאות קליניות עבור פתוגנים ויראליים

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

Use of Interferon-&gamma; Enzyme-linked Immunospot Assay to Characterize Novel T-cell Epitopes of Human Papillomavirus

Use of Interferon-&#947; Enzyme-linked Immunospot Assay to Characterize Novel T-cell Epitopes of Human Papillomavirus

השימוש באינטרפרון-γ Assay האנזים המקושר Immunospot לאפיין רומן T-cell אפיטופים של וירוס הפפילומה האנושי

A protocol has been developed to overcome the difficulties of isolating and characterizing rare T cells specific for pathogens, such as human ...

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

הקמת תרבות הנוזלית מכוסית של Airway האנושי המקוטב-3 Calu תאי אפיתל ללמוד תגובת תא מארחת לפתוגנים נשימה<em&gt; במבחנה</em

The  apical and basolateral surfaces of airway epithelial cells demonstrate  directional responses to pathogen exposure in  vivo. Thus, ideal in vitro ...

Viral Concentration Determination Through Plaque Assays: Using Traditional and Novel Overlay Systems

קביעת ריכוז נגיפית באמצעות לוחית מבחני: מערכות כיסוי שימוש מסורתיות וחדשני

Plaque assays remain one of the most accurate methods for the direct quantification of infectious virons and antiviral substances through the counting of ...

Biomimetic Materials to Characterize Bacteria-host Interactions

חומרי Biomimetic לאפיין אינטראקציות חיידקים-מארח

Bacterial attachment to host cells is one of the earliest events during bacterial colonization of host tissues and thus a key step during infection. The ...

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

התפתחות Lyophilized Loop בתיווך ריאגנטים הגברה איזו תרמים לצורך זיהוי של<em&gt; Burnetii Coxiella</em

Coxiella burnetii, the agent causing Q fever, is an obligate intracellular bacterium. PCR based diagnostic assays have been developed for detecting C. ...

Measuring Influenza Neuraminidase Inhibition Antibody Titers by Enzyme-linked Lectin Assay

מדידת טיטר נוגדנים עיכוב Neuraminidase שפעת ידי enzyme-linked Assay לקטינים

Antibodies to neuraminidase (NA), the second most abundant surface protein on influenza virus, contribute toward protection against influenza. Traditional ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

שיטת הדגימה ספוגית לצורך זיהוי של norovirus האדם על משטחים

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...

Screening Assays to Characterize Novel Endothelial Regulators Involved in the Inflammatory Response

הקרנת מבחני לאפיין הרגולטורים אנדותל הרומן מעורבים בתגובה דלקתית

The endothelial layer is essential for maintaining homeostasis in the body by controlling many different functions. Regulation of the inflammatory ...

Purification of Viral DNA for the Identification of Associated Viral and Cellular Proteins

טיהור של ה-DNA הנגיפי לצורך זיהוי חלבונים הקשורים ויראלי וסלולריות

The goal of this protocol is to isolate herpes simplex virus type 1 (HSV-1) DNA from infected cells for the identification of associated viral and ...