Name: identification of rare bacterial pathogens by 16s rrna gene sequencing and maldi-tof ms
Uploaded: 2016-07-11T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS at JoVE.com

The authors would like to thank Prof. Enno Jacobs for his continuing support.

1. Utvinning av bakterie-DNA <ol><li> Framställning av PBS-lösning <ol><li> Väg 1,65 g Na 2 HPO 4 x 2 H2O, 0,22 g NaH 2 PO 4 x 2 H2O och 8,80 g NaCl i en kolv och fyll med destillerat vatten till en slutvolym av 1000 ml. Justera pH till 7,4. För slutlig användning filtrera lösningen genom ett bakteriesäkert (0,22 | im) filter. </li></ol></li><li> DNA Extraktion av gramnegativa bakterier <ol><li> Streak patientmaterial på lämpligt odlingsmedier ...

Både MALDI-TOF MS och 16S rRNA gensekvenser erbjuder möjligheten att identifiera ett stort antal olika bakterier. MALDI-TOF MS är en snabb och billig metod, vilken är enkel att hantera och stora databaser av bakteriellt masspektra är tillgängliga. Av denna anledning är MALDI-TOF MS en snabb, kostnadseffektiv och tillförlitlig metod för att genomföra screening studier inriktade på sällsynta bakteriella patogener 17,20,39,51. I en prospektiv studie som jämförde MALDI-TOF MS med andra fenotypiska m...

Säker identifiering av sällsynta patogener i rutindiagnostik hämmas av det faktum att klassiska kulturella och biokemiska metoder är besvärliga och ibland tvivelaktig. Vidare har en diagnostisk mikrobiologiska laboratoriet för att bearbeta ett stort antal patogener, som sträcker sig från några hundra till flera tusen, dagligen, vilket kräver användning av automatiserade system. Utöver hanteringen av en hög daglig genomströmning krävs exakt identifiering av bakteriearter. Detta är motiverat eftersom de skiljer sig i sina resistensmönster och därför korrekt identifiering ger läkaren viktig information för att välja lämpliga antibiotika (t.ex. Enterococcus spp., Acinetobacter spp.) 12,43. Automatiserade mikrobiella identifieringssystem (AMIS) tillämpa standardiserade uppsättningar av enzymatiska reaktioner för att karakterisera de metaboliska egenskaperna hos bakterieisolat <sup&gt; 13,15,16,26,27. Även om patronerna som används i dessa system använder ett stort antal olika biokemiska reaktioner, t.ex., 47 i GN kortet i AMIS användes i denna studie 52, denna strategi tillåter säker identifiering endast för ett begränsat antal bakterier. Vidare är databasen, ett avancerat expertsystem, klart inriktad på detektering av relevanta och högst relevanta bakterier av medicinsk betydelse 13,15,16,36. Ytterligare två system, ofta används i laboratorier, även tillämpa denna biokemiska tillvägagångssätt för bakteriell identifiering. Nyligen genomförda studier visar en jämförbar identifieringsnoggrannhet mellan AMIS användes i denna studie och en av konkurrenterna (93,7% och 93,0% respektive), medan den 3: e Amis har en identifieringsnoggrannhet på endast 82,4% på artnivå 35. Sådana skillnader kan förklaras av kvaliteten på de underliggande identifieringsdatareferenser, versionerna av byggsatser och programvara, skillnader i metabolism och skicklighet av teknisk personal 35,36. Två automatiska MALDI-TOF MS-system (MALDI-TOF mikrobiell identifieringssystem, MMI) används främst. Dessa system medger detektering av ett stort antal bakteriearter baserat på deras proteinfingeravtrycks masspektra. Exempelvis databasen av de MMI används innehåller 6000 referensspektra. Identifieringssystem baserade på masspektrometri erbjuder snabb och tillförlitlig detektering av en stor mångfald mikroorganismer inklusive sällsynta patogener 11,48,51. Hittills har endast ett fåtal direkta jämförelser finns mellan MMI används i denna studie och dess konkurrent 19,33. Enligt Dæk et al. Båda systemen ger en liknande hög grad av identifiering noggrannhet, men de MMI användes i denna studie verkar vara mer tillförlitliga i artidentifiering 19. På samma sätt, adresse molekylära tekniker väl bevarade men också distinkta gener ( <em&gt; t ex 16S rDNA eller rpoB) tillåta en tydlig artbestämning 3,22,61. Bland dessa är 16S rDNA den mest använda housekeeping-gen på grund av sin närvaro i alla bakterier 34. Dess funktion är oförändrad och slutligen, med ungefär 1500 bp, det är tillräckligt lång för att vara lämpliga för bioinformatik 14,34. Många forskare anser 16S rRNA genanalys som &quot;guldstandard&quot; för bakteriell identifiering 21. Detta beror på det faktum att få laboratorier använder DNA-DNA hybridiseringstekniker hittills för identifiering av sällsynta eller nya bakterier 14,34. Dessutom, fler och fler databaser finns tillgängliga som kan användas för 16S rRNA genanalys 50. Emellertid måste man ta hänsyn till att 16S rDNA baserade detektionssystem har en begränsad känslighet jämfört med standard-PCR-protokoll. Dessutom är den molekylära tillvägagångssätt sofistikerade, tidskrävande och kräver högt utbildad personal samtdedikerade laboratorier och är därför inte lätt implementeras i rutindiagnostik 55. Dessutom har det visat sig att kombinationen av åtminstone två olika metoder för bakteriell identifiering leder till mycket noggrann stamidentifiering. Kombinationen av MALDI-TOF MS och 16S rDNA-sekvensering möjliggör identifiering av ett stort antal olika bakteriearter med hög noggrannhet. Nyligen kombinationen av MALDI-TOF MS och 16S rRNA genanalys presenterades för bakteriell identifiering studera epidemiologiska frågor och sällsynta patogener 56.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>CHROMASOLV, HPLC grade water, 1 L</td>
			<td>Sigma-Aldrich Chemie, M&#252;nchen, Germany</td>
			<td>270733</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue Lyser LT</td>
			<td>Qiagen, Hilden, Germany</td>
			<td>85600</td>
			<td>Oscillating Homogenizer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass-beads 1,0mm</td>
			<td>VWR International, Darmstadt, Germany</td>
			<td>412-2917</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermomixer 5436</td>
			<td>Eppendorf, Hamburg, Germany</td>
			<td>2050-100-05</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAamp DNA Mini Kit (250)</td>
			<td>Qiagen, Hilden, Germany</td>
			<td>51306</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taq PCR Core Kit (1000 U)</td>
			<td>Qiagen, Hilden, Germany</td>
			<td>201225</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">Forward Primer TPU1 (5&#180;-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3&#8217;)</td>
			<td rowspan="2">biomers.net GmbH, Ulm, Germany&#160;</td>
			<td rowspan="2">-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">Reverse Primer RTU4 (5&#180;-TAC CAG GGT ATC TAA TCC TGT T-3&#180;)</td>
			<td rowspan="2">biomers.net GmbH, Ulm, Germany&#160;</td>
			<td rowspan="2">-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mastercycler&#160;</td>
			<td>Eppendorf, Hamburg, Germany</td>
			<td>-&#160;</td>
			<td>Thermocylcer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reaction tube 1.5 mL</td>
			<td>SARSTEDT, N&#252;mbrecht, Germany</td>
			<td>72,692</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reaction tube 2 mL</td>
			<td>SARSTEDT, N&#252;mbrecht, Germany</td>
			<td>72,693,005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR 8er-CapStrips</td>
			<td>Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany</td>
			<td>711040X</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR 8er-SoftStrips</td>
			<td>Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany</td>
			<td>711030X</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sharp R-ZV11&#160;</td>
			<td>Sharp Electronics, Hamburg, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td>Microwave</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Titriplex III (EDTA Na2-salt dehydrate; 1 kg)</td>
			<td>Merck, Darmstadt, Germany</td>
			<td>1084211000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SeaKem LE Agarose</td>
			<td rowspan="2">Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany</td>
			<td rowspan="2">849006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>(2 x 500 g)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SmartLadder SF - 100 to 1000 bp</td>
			<td>Eurogentec, L&#252;ttich, Belgium</td>
			<td>MW-1800-04</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromphenol blue (25 g)</td>
			<td>Sigma-Aldrich Chemie, M&#252;nchen, Germany</td>
			<td>B0126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene cyanol FF (10 g)</td>
			<td>Sigma-Aldrich Chemie, M&#252;nchen, Germany</td>
			<td>X4126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ComPhor L Maxi&#160;</td>
			<td>Biozym, Hessisch Oldendorf, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethidium bromide solution 1&#160;%(10 mL)</td>
			<td>Carl Roth, Karlsruhe, Germany</td>
			<td>2218.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel Doc 2000</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories, M&#252;nchen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td>Gel-documentation system&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ExoSAP-IT (500 reactions)</td>
			<td>Affymetrix UK, Wooburn Green, High Wycombe, United Kingdom</td>
			<td>78201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Buffer (10 x) with EDTA&#160;</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>402824</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BigDye Terminator Kit v1.1</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4337450</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hi-Di formamide (25 mL)</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4311320</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DyeEx 2.0 Spin Kit (250)</td>
			<td>Qiagen, Hilden, Germany</td>
			<td>63206</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td>Sequenzer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroAmp optical 96-well reaction plate with barcode</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4306737</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, plate base 96-well</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4317237</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, plate retainer 96-well</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4317241</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, well plate septa</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4315933</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, POP-7 Polymer, 7 mL</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4352759</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, 4-Capillary Array, 50 cm</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4333466</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencing Analysis Software 5.4</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>microflex (the MALDI TOF MS maschine)</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI Biotyper (the MALDI TOF MS system)</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td>our mMIS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>VITEK MS&#160;</td>
			<td>bioM&#233;rieux, N&#252;rtingen, Germany&#160;</td>
			<td></td>
			<td>2nd mMis&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>flexControl 3.4 (control software)</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biotyper Realtime Classification 3.1 (RTC), (analysis software)</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#945;-cyano-4-hydroxycinnamic acid, HCCA, 1&#160;g</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>201344</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Peptide Calibration Standard II</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>222570</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSP 96 target polished steel</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>8224989</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>peqgreen&#160;</td>
			<td>peqlab&#160;</td>
			<td>37-5010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI Biotyper Galaxy&#160;</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>Part No. 1836007&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vitek 2&#160;</td>
			<td>bioM&#233;rieux, N&#252;rtingen, Germany&#160;</td>
			<td></td>
			<td>our aMis&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroScan&#160;</td>
			<td>Beckman Coulter&#160;</td>
			<td></td>
			<td>2nd aMis&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BD Phoenix&#8482; Automated Microbiology System</td>
			<td>BD</td>
			<td></td>
			<td>3rd aMis&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Staphylococcus aureus&#160;subsp.&#160;aureus&#160;Rosenbach (ATCC&#174;&#160;25923&#8482;)</td>
			<td>ATCC&#160;</td>
			<td></td>
			<td>postive control for PCR&#160;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of rare bacterial pathogens by 16s rrna gene sequencing and maldi-tof ms

Det finns ett antal sällsynta och följaktligen inte tillräckligt beskrivna bakteriella patogener som rapporteras orsaka allvarliga infektioner, särskilt i patienter med nedsatt immunförsvar. I de flesta fall bara några data, mestadels publicerade som fallrapporter, finns som undersöka vilken roll sådana patogener som ett smittämne. Därför, i syfte att klargöra den patogena karaktären av sådana mikroorganismer, är det nödvändigt att genomföra epidemiologiska studier som omfattar ett stort antal av dessa bakterier. De metoder som används i ett sådant uppföljningsstudie måste uppfylla följande kriterier: identifiering av stammarna måste vara korrekt enligt gällande nomenklatur, bör de vara lätta att hantera (robusthet), ekonomisk i rutindiagnostik och de måste generera jämförbara resultat mellan olika laboratorier. Generellt finns det tre strategier för att identifiera bakteriestammar i en rutin inställning: 1) fenotypisk identifiering karaktäriserar BioChemical och metaboliska egenskaper av bakterierna, 2) molekylära tekniker, såsom 16S rRNA-genen sekvensering och 3) masspektrometri som ett nytt proteom baserad metod. Eftersom masspektrometri och molekylära metoder är de mest lovande verktygen för att identifiera ett stort antal bakteriearter, är dessa två metoder som beskrivs. Förskott, begränsningar och potentiella problem när du använder dessa tekniker diskuteras.

MALDI-TOF MS är en ny, snabb och billig metod för mikrobiologisk rutindiagnostik. Bakteriell artbestämning av MALDI-TOF MS producerar spektra huvudsakligen består av ribosomproteiner men även andra &quot;mycket konserverade proteiner med hushållning funktioner påverkas i minimal grad av miljöförhållanden&quot; 17 .Det databas denna MMI innehåller ett stort antal referensspektra och även bakterier som sällan förekommer i kliniska isolat kan säkert identifieras <s...

Watch this Scientific Journal Video about Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS at JoVE.com

Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS

Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and molecular techniques (16S rRNA gene sequencing) permit the identification of rare bacterial pathogens in routine diagnostics. The goal of this protocol lies in the combination of both techniques which leads to more accurate and reliable data.

Identifiering av sällsynta mängden sjukdomsalstrande bakterier från 16S rRNA Gene sekvensering och MALDI-TOF MS

There are a number of rare and, therefore, insufficiently described bacterial pathogens which are reported to cause severe infections especially in ...

The overall goal of this MALDI-TOF Mass Spectrometry protocol is to improve typing of rare pathogens through a rapid and cost-effective procedure. This method can help to answer key questions in the field of diagnostic microbiology, it allows rapid edification of rare bacterial pathogens. Today, we want to talk about odoratimimus and bacteria of the genus Myroides.To demonstrate the method and to talk about the interpretation of the results. Generally, individuals new to this method might find it difficult since transfer of bacteria, overlay with metrics, and interpretation of results require technical skills and microbiological expertise. We first had the idea to use MALD-TOF MS to screen for rare bacteria when we had a patient in our hospital suffering from a diabetic food infection caused by myroides odoratimus.Begin this protocol with the extraction of bacterial DNA, 16S ribosomal DNA PCR and Sanger sequencing as described in the text protocol. Use a wooden toothpick to transfer a single bacterial colony to a well of a 96 well steel target. Spot one microliter of 70%formic acid on top of the air-dried organism on the steel target, and leave to dry for approximately two to three minutes.Overlay the spot with one microliter of matrix solution containing 50 mg/ml of CHCA in an organic solvent composed of 50%acetonitrile, 2.5 trifluoroacetic acid, and 47.5%water. Let the smear and overlaid matrix air dry for about five minutes in a hood. To introduce the samples, aerate the sample loading port of the mass spectrometer by pressing the in/out button of the instrument.Open the loading port and insert the MALDI-TOF MS target plate with the dried bacterial smear plus matrix. Close the port and evacuate again. Observe the vacuum and when it reaches 4.5 million millibar start the measurement.Open the MMIS analysis software and click the file menu. Select New Classification"and a new window called MALDI Biotyper Real Time Classification Wizard"should open. Type the project name in the field Project Name"and click New, under the new dialogue box named New Project, check the project name and proceed by clicking the Okay"button.In the MALDI Biotyper Real Time Classification Wizard, observe the Analyte placement window. Select target positions, right click any selected position, and select Add samples. In the automatically opened table view, type in the sample name, sample ID, and optionally, a comment.Click the Next"button to proceed. Next, observe the selection of MALDI Biotyper methods window. Select Bruker Taxonomy"from the MSPs from Taxonomy Trees and click Next"to continue.Then, observe the project summary window. Check the inserted entries given above for the actual classification project. Start the classification run by clicking the Finish"button.Measurements start automatically when the appropriate vacuum is reached. Follow the classification run until the measurement is successfully completed. Once the measurement is complete, open the menu View"and click Results"to view the results table in the MALDI Biotyper Real Time Classification Project One.View the Bruker-Daltonik MALDI Biotyper classification results as an html file in the default web browser. Print and save the results. Shown here are spectra obtained by MALDI-TOF MS that are measured and classified in real time.The spectra are assigned a species name and a score value reflecting the quality of the measurement. Scores above 2.300 represent a highly-probable species identification. A score between 2.000 and 2.300 indicates a secure species identification.A score below 1.700 and 2.000 designates a probable species identification. And a score below 1.700 is non-reliable. The identification of bacterial pathogens grown on a pure culture on a solid medium takes two to three minutes.It is important to remember that rare bacteria pathogens can only be found with MALDI-TOF MS when the instruments reliably contains the appropriate spectra. Otherwise, it has to be expunged by integrating MaSDA spectra from typed strains of their characterized isolates. In the case where score results do not lead to an unequivocal strain identification, further methods, such as biochemical profiling or 16S rDNA sequencing can be applied.Though this method can provide insight into bacterial detection, it can also be applied to other microorganisms such as fungi or anaerobes. Furthermore, bacteria-resistance can be measured. Don't forget working with a matrix which is a hazardous substance, wear gloves, protective goggles, and work under a hood.Furthermore, it is absolutely necessary to dry the matrix and smear thoroughly to avoid splash overs in the analyzation chamber.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

'Bioluminescent' Reporter Phage for the Detection of Category A Bacterial Pathogens

&quot;Bioluminescent&quot; Reporter Phage för detektion av kategori A mängden sjukdomsalstrande bakterier

Yersinia pestis and Bacillus anthracis are Category A bacterial pathogens that are the causative agents of the plague and anthrax, respectively 1. ...

Infection of Zebrafish Embryos with Intracellular Bacterial Pathogens

Infektion av zebrafiskembryon med intracellulära mängden sjukdomsalstrande bakterier

Zebrafish (Danio rerio) embryos are increasingly used as a model for studying the function of the vertebrate innate immune system in host-pathogen ...

Single Cell Measurements of Vacuolar Rupture Caused by Intracellular Pathogens

Single Cell Mätningar av vakuolär Ruptur Orsakas av intracellulära patogener

Shigella flexneri are pathogenic bacteria that invade host cells entering into an endocytic vacuole. Subsequently, the rupture of this membrane-enclosed ...

Whole-cell MALDI-TOF Mass Spectrometry is an Accurate and Rapid Method to Analyze Different Modes of Macrophage Activation

MALDI-TOF is an extensively used mass spectrometry technique in chemistry and biochemistry. It has been also applied in medicine to identify molecules and ...

Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

Snabb identifiering av gramnegativa bakterier från Blood Culture Broth Använda MALDI-TOF masspektrometri

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

Biolistic Transformation of a Fluorescent Tagged Gene into the Opportunistic Fungal Pathogen Cryptococcus neoformans

Biolistic Transformation of a Fluorescent Tagged Gene into the Opportunistic Fungal Pathogen Cryptococcus neoformans

Biolistisk Transformation av en fluorescerande taggade gen i Opportunistic svamppatogen<em&gt; Cryptococcus neoformans</em

The basidiomycete Cryptococcus neoformans, an invasive opportunistic pathogen of the central nervous system, is the most frequent cause of fungal ...

In Situ Detection of Bacteria within Paraffin-embedded Tissues Using a Digoxin-labeled DNA Probe Targeting 16S rRNA

In Situ Detection of Bacteria within Paraffin-embedded Tissues Using a Digoxin-labeled DNA Probe Targeting 16S rRNA

In Situ Upptäckt av bakterier inom paraffininbäddade vävnader med hjälp av en Digoxin-märkt DNA-sond Inriktning 16S rRNA

The presence of bacteria within the pocket epithelium and underlying connective tissue in gingival biopsies from patients with periodontitis has been ...

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants

Generation och multi fenotypisk Hög halt Screening av<em&gt; Coxiella burnetii</em&gt; Transposon Mutanter

Invasion and colonization of host cells by bacterial pathogens depend on the activity of a large number of prokaryotic proteins, defined as virulence ...

High-throughput Detection of Respiratory Pathogens in Animal Specimens by Nanoscale PCR

Hög genomströmning Upptäckt av luftvägspatogener i Animal Prover av nano PCR

Nanoliter scale real-time PCR uses spatial multiplexing to allow multiple assays to be run in parallel on a single plate without the typical drawbacks of ...

A Method for Targeted 16S Sequencing of Human Milk Samples

En metod för riktade 16S sekvensering av bröstmjölk prover

Studies of microbial communities have become widespread with the development of relatively inexpensive, rapid, and high throughput sequencing. However, as ...