Name: identification of rare bacterial pathogens by 16s rrna gene sequencing and maldi-tof ms
Uploaded: 2016-07-11T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS at JoVE.com

The authors would like to thank Prof. Enno Jacobs for his continuing support.

Bakteriyel DNA 1. Ekstraksiyon <ol><li> PBS çözeltisi hazırlanması <ol><li> 1.65 g bir şişede 2 HPO 4 x 2H 2, O, 0.22 g NaH 2 PO 4 x 2H 2 O ve 8.80 g NaCI Na tartılır ve 1000 ml&#39;lik bir son hacme kadar damıtılmış su ile doldurun. PH 7.4 ayarlayın. son kullanım için bakteri geçirmez (0.22 um) aracılığıyla filtre çözelti süzülür. </li></ol></li><li> DNA ekstraksiyonu Gram-negatif bakteriler <ol><li> Streak uygun kültür ortam...

-TOF MS ve 16S rRNA gen sıralama Hem farklı bakteri çok sayıda tespit imkanı sunuyoruz. MALDI-TOF MS kolu ve bakteriyel kütle spektrumları büyük veri tabanları kullanılabilir kolay, hızlı ve ucuz bir yöntemdir. Bu nedenle, MALDI-TOF MS nadir bakteriyel patojenler 17,20,39,51 odaklanmış tarama çalışmaları yapmak için hızlı, uygun maliyetli ve güvenilir bir yöntemdir. Diğer fenotipik tanımlama yöntemleri, Seng ve ark. Göstermiştir maliyet etkinliği ve MALDI-TOF MS 59...

Rutin teşhis nadir patojenlerin güvenli kimlik klasik kültürel ve biyokimyasal yöntemler hantal ve bazen tartışmalı olduğu gerçeği ile engellenmektedir. Bundan başka, bir teşhis mikrobiyoloji laboratuar otomatik sistemlerin kullanılmasını gerektirir günlük olarak birkaç bin birkaç yüz kadar patojenlerin çok sayıda, işleme alır. Bir günlük yüksek verim yönetiminde ek olarak, bakteri türleri kesin tanımlanması gereklidir. Onların antibiyotik duyarlılık paterni farklı ve bu nedenle doğru tanımlama, uygun antibiyotik seçmek için gerekli bilgileri (örneğin, Enterococcus spp., Acinetobacter spp.) 12,43 ile klinisyene sağlar çünkü bu garanti edilir. Otomatik mikrobiyal tanıma sistemleri (Amis) bakteriyel izolatların metabolik özelliklerini karakterize etmek için enzimatik reaksiyonların standart setleri uygulamak <sup&gt; 13,15,16,26,27. Bu sistemlerde kullanılan kartuşlar farklı biyokimyasal reaksiyonların çok sayıda, örneğin, bu çalışmada 52 kullanılan Amis GN kartı 47, sadece bakterilerin sınırlı kümesi için bu strateji izin güvenli kimlik kullanmak rağmen. Ayrıca, veritabanı, gelişmiş bir uzman sistem, açıkça tıbbi önemi 13,15,16,36 ilgili ve son derece alakalı bakterilerin saptanması üzerine odaklanmıştır. yaygın laboratuarlarda kullanılan iki başka sistemler de bakteriyel tanımlama için biyokimyasal bir yaklaşım geçerlidir. Türler 35 level üzerinde 3. Amis sadece% 82.4 bir kimlik doğruluğunu sahipken Son çalışmalar, bu çalışmada kullanılan Amis ve rakiplerinden biri (% 93.7 ve sırasıyla% 93.0) arasında bir mukayese kimlik doğruluğunu göstermektedir. Bu tür farklılıklar altta yatan kimlik verileri referanslar, kitler ve yazılım METABO farklılıklar versiyonları kalitesi ile açıklanabilirtutumların ve teknik personel 35,36 yeterlilik. İki otomatik -TOF MS sistemleri (-TOF mikrobik tanımlama sistemi, MMIS) çoğunlukla kullanılır. Bu sistemler, protein, parmak izi kütle spektrumları göre bakteri türlerinin çok sayıda tespiti için verir. Örneğin, kullanılan MMİS veritabanı 6000, referans spektrumları içerir. Kütle spektrometresi dayalı tanımlama sistemleri nadir patojenler 11,48,51 dahil mikroorganizmaların büyük bir çeşitlilik hızlı ve güvenilir şekilde algılanmasını sunuyoruz. Bugüne kadar sadece bir kaç doğrudan karşılaştırmalar bu çalışmada kullanılan MMIS ve rakiplerinin 19,33 arasında mevcuttur. Dæk göre ve ark., Her iki sistem de tanımlama doğruluğu benzer yüksek oranda sağlar, ancak bu çalışmada kullanılan MMİS türlerin belirlenmesi 19 daha güvenilir olduğu görülmektedir. Benzer bir şekilde, moleküler teknikler de, aynı zamanda korunmuş ama adresleme ayrı genler ( <em&gt; örneğin, 16S rDNA veya rpoB) berrak tür kimlik 3,22,61 izin verir. Bunlar arasında, 16S rDNA çünkü tüm bakteriler 34 varlığını en yaygın olarak kullanılan temizlik gendir. Bunun işlevi, biyo-bilişim 14,34 için müsait olması için yeterince uzun olan, yaklaşık 1500 bp ile değişmeden ve son olarak kalır. Birçok araştırmacı bakteri tanımlama 21 &quot;altın standart&quot; olarak 16S rRNA gen analizi görüyoruz. Bu az laboratuar az ya da yeni bakteri 14,34 tanımlanması için bugüne kadar DNA-DNA hibridizasyon teknikleri kullanmak olmasından kaynaklanmaktadır. Buna ek olarak, daha fazla veri tabanı 16S rRNA gen analizinde 50 için kullanılabilir temin edilebilmektedir. Bununla birlikte, 16S rDNA bazlı algılama sistemleri, standart PCR protokollerine göre sınırlı bir duyarlılığa sahip olduğu dikkate alınmalıdır. Dahası, moleküler yaklaşım zaman alıcı, sofistike ve yüksek eğitimli personel yanı sıra gerektirirözel laboratuvar olanakları ve, bu nedenle, kolayca rutin teşhis 55 içine uygulanmadı. Bundan başka, bakteri kimlik, en az iki farklı yöntem kombinasyonu son derece hassas soy tanımlanmasına neden olduğu gösterilmiştir. MALDI-TOF MS ile 16S rDNA sekanslama kombinasyonu, yüksek hassasiyetle farklı bakteri türlerinin çok sayıda tanımlanmasına izin verir. Son zamanlarda -TOF MS ve 16S rRNA gen analizinin kombinasyonu epidemiyolojik soruları ve nadir patojenler 56 okuyan bakteri tanımlama için sunuldu.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>CHROMASOLV, HPLC grade water, 1 L</td>
			<td>Sigma-Aldrich Chemie, M&#252;nchen, Germany</td>
			<td>270733</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue Lyser LT</td>
			<td>Qiagen, Hilden, Germany</td>
			<td>85600</td>
			<td>Oscillating Homogenizer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass-beads 1,0mm</td>
			<td>VWR International, Darmstadt, Germany</td>
			<td>412-2917</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermomixer 5436</td>
			<td>Eppendorf, Hamburg, Germany</td>
			<td>2050-100-05</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAamp DNA Mini Kit (250)</td>
			<td>Qiagen, Hilden, Germany</td>
			<td>51306</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taq PCR Core Kit (1000 U)</td>
			<td>Qiagen, Hilden, Germany</td>
			<td>201225</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">Forward Primer TPU1 (5&#180;-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3&#8217;)</td>
			<td rowspan="2">biomers.net GmbH, Ulm, Germany&#160;</td>
			<td rowspan="2">-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">Reverse Primer RTU4 (5&#180;-TAC CAG GGT ATC TAA TCC TGT T-3&#180;)</td>
			<td rowspan="2">biomers.net GmbH, Ulm, Germany&#160;</td>
			<td rowspan="2">-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mastercycler&#160;</td>
			<td>Eppendorf, Hamburg, Germany</td>
			<td>-&#160;</td>
			<td>Thermocylcer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reaction tube 1.5 mL</td>
			<td>SARSTEDT, N&#252;mbrecht, Germany</td>
			<td>72,692</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reaction tube 2 mL</td>
			<td>SARSTEDT, N&#252;mbrecht, Germany</td>
			<td>72,693,005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR 8er-CapStrips</td>
			<td>Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany</td>
			<td>711040X</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR 8er-SoftStrips</td>
			<td>Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany</td>
			<td>711030X</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sharp R-ZV11&#160;</td>
			<td>Sharp Electronics, Hamburg, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td>Microwave</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Titriplex III (EDTA Na2-salt dehydrate; 1 kg)</td>
			<td>Merck, Darmstadt, Germany</td>
			<td>1084211000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SeaKem LE Agarose</td>
			<td rowspan="2">Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany</td>
			<td rowspan="2">849006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>(2 x 500 g)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SmartLadder SF - 100 to 1000 bp</td>
			<td>Eurogentec, L&#252;ttich, Belgium</td>
			<td>MW-1800-04</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromphenol blue (25 g)</td>
			<td>Sigma-Aldrich Chemie, M&#252;nchen, Germany</td>
			<td>B0126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene cyanol FF (10 g)</td>
			<td>Sigma-Aldrich Chemie, M&#252;nchen, Germany</td>
			<td>X4126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ComPhor L Maxi&#160;</td>
			<td>Biozym, Hessisch Oldendorf, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethidium bromide solution 1&#160;%(10 mL)</td>
			<td>Carl Roth, Karlsruhe, Germany</td>
			<td>2218.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel Doc 2000</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories, M&#252;nchen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td>Gel-documentation system&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ExoSAP-IT (500 reactions)</td>
			<td>Affymetrix UK, Wooburn Green, High Wycombe, United Kingdom</td>
			<td>78201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Buffer (10 x) with EDTA&#160;</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>402824</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BigDye Terminator Kit v1.1</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4337450</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hi-Di formamide (25 mL)</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4311320</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DyeEx 2.0 Spin Kit (250)</td>
			<td>Qiagen, Hilden, Germany</td>
			<td>63206</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td>Sequenzer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroAmp optical 96-well reaction plate with barcode</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4306737</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, plate base 96-well</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4317237</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, plate retainer 96-well</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4317241</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, well plate septa</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4315933</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, POP-7 Polymer, 7 mL</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4352759</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3130 Genetic Analyzer, 4-Capillary Array, 50 cm</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>4333466</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencing Analysis Software 5.4</td>
			<td>Life Technologies, Darmstadt, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>microflex (the MALDI TOF MS maschine)</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI Biotyper (the MALDI TOF MS system)</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td>our mMIS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>VITEK MS&#160;</td>
			<td>bioM&#233;rieux, N&#252;rtingen, Germany&#160;</td>
			<td></td>
			<td>2nd mMis&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>flexControl 3.4 (control software)</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biotyper Realtime Classification 3.1 (RTC), (analysis software)</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#945;-cyano-4-hydroxycinnamic acid, HCCA, 1&#160;g</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>201344</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Peptide Calibration Standard II</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>222570</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSP 96 target polished steel</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>8224989</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>peqgreen&#160;</td>
			<td>peqlab&#160;</td>
			<td>37-5010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI Biotyper Galaxy&#160;</td>
			<td>Bruker Daltonik, Bremen, Germany</td>
			<td>Part No. 1836007&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vitek 2&#160;</td>
			<td>bioM&#233;rieux, N&#252;rtingen, Germany&#160;</td>
			<td></td>
			<td>our aMis&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroScan&#160;</td>
			<td>Beckman Coulter&#160;</td>
			<td></td>
			<td>2nd aMis&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BD Phoenix&#8482; Automated Microbiology System</td>
			<td>BD</td>
			<td></td>
			<td>3rd aMis&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Staphylococcus aureus&#160;subsp.&#160;aureus&#160;Rosenbach (ATCC&#174;&#160;25923&#8482;)</td>
			<td>ATCC&#160;</td>
			<td></td>
			<td>postive control for PCR&#160;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of rare bacterial pathogens by 16s rrna gene sequencing and maldi-tof ms

Özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda ciddi enfeksiyonlara neden bildirilmiştir nedenle, yetersiz tarif, nadir ve bakteriyel patojenler bir dizi vardır. Çoğunlukla olgu sunumları olarak yayınlanan çoğu durumda sadece birkaç veri, içinde, bir enfeksiyöz ajan gibi patojenlerin rolünü araştırmak hangi mevcuttur. Bu nedenle, bu tür mikroorganizmaların patojenik karakterini açıklamak için, bakterilerin büyük sayılardan epidemiyolojik çalışmalar yapmak gerekmektedir. suşlarının tanımlanması, bunlar rutin tanı, (sağlamlık) işlemek için kolay, ekonomik olmalıdır geçerli terminolojisine göre doğru olmalı ve onlar karşılaştırılabilir üretmek zorunda: Böyle bir sürveyans çalışmasında kullanılan yöntemler aşağıdaki kriterleri karşılamak için var laboratuvarlar arası sonuçları. Genellikle rutin bir ortamda bakteri suşları tanımlamak için üç strateji vardır: Bıochemıca karakterize 1) fenotipik tanımlamaBakterilerin l ve metabolik özellikleri, 2) bu tür yeni bir proteom göre bir yaklaşım olarak 16S rRNA gen dizilimi ve 3) kütle spektrometrisi gibi moleküler teknikler. kütle spektrometrisi ve moleküler yaklaşımların bakteriyel türlerinin büyük bir çeşitlilik belirlemek için en umut verici olduğu için, bu iki yöntem tarif edilmiştir. Bu teknikler kullanılarak Gelişmeler, sınırlamalar ve potansiyel problemler tartışılmıştır.

-TOF MS bir roman, mikrobiyolojik rutin teşhis için hızlı ve ucuz bir yöntemdir. MALDI-TOF MS tarafından bakteri türleri tanımlama özellikle ribozomal proteinler, aynı zamanda diğer &quot;çevre koşullarından en az bir ölçüde etkilenen ev tutma işlevleri ile çok korunmuş protein&quot; oluşan spektrumları üreten bu MMİS 17 .bir veritabanı başvurusu spektrumları büyük bir kümesini içerir ve genelde klinik izolatlarda bulunan bile bakteri güvenli <s...

Watch this Scientific Journal Video about Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS at JoVE.com

Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS

Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and molecular techniques (16S rRNA gene sequencing) permit the identification of rare bacterial pathogens in routine diagnostics. The goal of this protocol lies in the combination of both techniques which leads to more accurate and reliable data.

16S rRNA gen Sıralama ve MALDI-TOF MS tarafından Nadir Bakteriyel patojenlerin tanımlanması

There are a number of rare and, therefore, insufficiently described bacterial pathogens which are reported to cause severe infections especially in ...

The overall goal of this MALDI-TOF Mass Spectrometry protocol is to improve typing of rare pathogens through a rapid and cost-effective procedure. This method can help to answer key questions in the field of diagnostic microbiology, it allows rapid edification of rare bacterial pathogens. Today, we want to talk about odoratimimus and bacteria of the genus Myroides.To demonstrate the method and to talk about the interpretation of the results. Generally, individuals new to this method might find it difficult since transfer of bacteria, overlay with metrics, and interpretation of results require technical skills and microbiological expertise. We first had the idea to use MALD-TOF MS to screen for rare bacteria when we had a patient in our hospital suffering from a diabetic food infection caused by myroides odoratimus.Begin this protocol with the extraction of bacterial DNA, 16S ribosomal DNA PCR and Sanger sequencing as described in the text protocol. Use a wooden toothpick to transfer a single bacterial colony to a well of a 96 well steel target. Spot one microliter of 70%formic acid on top of the air-dried organism on the steel target, and leave to dry for approximately two to three minutes.Overlay the spot with one microliter of matrix solution containing 50 mg/ml of CHCA in an organic solvent composed of 50%acetonitrile, 2.5 trifluoroacetic acid, and 47.5%water. Let the smear and overlaid matrix air dry for about five minutes in a hood. To introduce the samples, aerate the sample loading port of the mass spectrometer by pressing the in/out button of the instrument.Open the loading port and insert the MALDI-TOF MS target plate with the dried bacterial smear plus matrix. Close the port and evacuate again. Observe the vacuum and when it reaches 4.5 million millibar start the measurement.Open the MMIS analysis software and click the file menu. Select New Classification"and a new window called MALDI Biotyper Real Time Classification Wizard"should open. Type the project name in the field Project Name"and click New, under the new dialogue box named New Project, check the project name and proceed by clicking the Okay"button.In the MALDI Biotyper Real Time Classification Wizard, observe the Analyte placement window. Select target positions, right click any selected position, and select Add samples. In the automatically opened table view, type in the sample name, sample ID, and optionally, a comment.Click the Next"button to proceed. Next, observe the selection of MALDI Biotyper methods window. Select Bruker Taxonomy"from the MSPs from Taxonomy Trees and click Next"to continue.Then, observe the project summary window. Check the inserted entries given above for the actual classification project. Start the classification run by clicking the Finish"button.Measurements start automatically when the appropriate vacuum is reached. Follow the classification run until the measurement is successfully completed. Once the measurement is complete, open the menu View"and click Results"to view the results table in the MALDI Biotyper Real Time Classification Project One.View the Bruker-Daltonik MALDI Biotyper classification results as an html file in the default web browser. Print and save the results. Shown here are spectra obtained by MALDI-TOF MS that are measured and classified in real time.The spectra are assigned a species name and a score value reflecting the quality of the measurement. Scores above 2.300 represent a highly-probable species identification. A score between 2.000 and 2.300 indicates a secure species identification.A score below 1.700 and 2.000 designates a probable species identification. And a score below 1.700 is non-reliable. The identification of bacterial pathogens grown on a pure culture on a solid medium takes two to three minutes.It is important to remember that rare bacteria pathogens can only be found with MALDI-TOF MS when the instruments reliably contains the appropriate spectra. Otherwise, it has to be expunged by integrating MaSDA spectra from typed strains of their characterized isolates. In the case where score results do not lead to an unequivocal strain identification, further methods, such as biochemical profiling or 16S rDNA sequencing can be applied.Though this method can provide insight into bacterial detection, it can also be applied to other microorganisms such as fungi or anaerobes. Furthermore, bacteria-resistance can be measured. Don't forget working with a matrix which is a hazardous substance, wear gloves, protective goggles, and work under a hood.Furthermore, it is absolutely necessary to dry the matrix and smear thoroughly to avoid splash overs in the analyzation chamber.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

'Bioluminescent' Reporter Phage for the Detection of Category A Bacterial Pathogens

Kategori Algılama Bir Bakteriyel Patojenler &#39;Bioluminescent&#39; Muhabir Faj

Yersinia pestis and Bacillus anthracis are Category A bacterial pathogens that are the causative agents of the plague and anthrax, respectively 1. ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Infection of Zebrafish Embryos with Intracellular Bacterial Pathogens

Hücre içi bakteriyel patojenler ile Zebra balığı Embryolarının Enfeksiyon

Zebrafish (Danio rerio) embryos are increasingly used as a model for studying the function of the vertebrate innate immune system in host-pathogen ...

Single Cell Measurements of Vacuolar Rupture Caused by Intracellular Pathogens

Vakuolar Kopma Tek Hücre ölçümleri Hücre içi patojenlerin neden

Shigella flexneri are pathogenic bacteria that invade host cells entering into an endocytic vacuole. Subsequently, the rupture of this membrane-enclosed ...

Whole-cell MALDI-TOF Mass Spectrometry is an Accurate and Rapid Method to Analyze Different Modes of Macrophage Activation

Tüm hücre MALDI-TOF Kütle Spektrometre Makrofaj Aktivasyon Farklı Modu analiz için Doğru ve Hızlı Yöntem

MALDI-TOF is an extensively used mass spectrometry technique in chemistry and biochemistry. It has been also applied in medicine to identify molecules and ...

Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

MALDI-TOF kütle spektrometrisi kullanılarak kan kültür besi yerinden, Gram negatif bakterilerin hızlı belirlenmesi

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

Biolistic Transformation of a Fluorescent Tagged Gene into the Opportunistic Fungal Pathogen Cryptococcus neoformans

Biolistic Transformation of a Fluorescent Tagged Gene into the Opportunistic Fungal Pathogen Cryptococcus neoformans

Fırsatçı mantar patojenlere bir Floresan etiketli geninin biyolistik transformasyonu<em&gt; Cryptococcus neoformans</em

The basidiomycete Cryptococcus neoformans, an invasive opportunistic pathogen of the central nervous system, is the most frequent cause of fungal ...

In Situ Detection of Bacteria within Paraffin-embedded Tissues Using a Digoxin-labeled DNA Probe Targeting 16S rRNA

In Situ Detection of Bacteria within Paraffin-embedded Tissues Using a Digoxin-labeled DNA Probe Targeting 16S rRNA

16S rRNA Hedefleme Digoksin-etiketli DNA probu kullanılarak Parafine gömülmüş dokular içinde Bakterilerin in situ tespiti

The presence of bacteria within the pocket epithelium and underlying connective tissue in gingival biopsies from patients with periodontitis has been ...

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants

Üretim ve Çok fenotipik Yüksek içerik Eleme<em&gt; Coxiella burnetii</em&gt; Transposon Mutantlar

Invasion and colonization of host cells by bacterial pathogens depend on the activity of a large number of prokaryotic proteins, defined as virulence ...

High-throughput Detection of Respiratory Pathogens in Animal Specimens by Nanoscale PCR

Nano PCR ile Hayvan Örnekler Solunum Patojenler yüksek verimlilik Algılama

Nanoliter scale real-time PCR uses spatial multiplexing to allow multiple assays to be run in parallel on a single plate without the typical drawbacks of ...

A Method for Targeted 16S Sequencing of Human Milk Samples

Hedeflenen 16S sıralama insan sütü örnekleri için bir yöntem

Studies of microbial communities have become widespread with the development of relatively inexpensive, rapid, and high throughput sequencing. However, as ...