Name: a novel strategy combining array-cgh, whole-exome sequencing and in utero electroporation in rodents to identify causative genes for brain malformations
Uploaded: 2017-12-01T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations at Jo

Wij danken Dr. G. McGillivray, Pr. J. Clayton-Smith, Pr. W.B. Dobyns, Pr. P. Striano, Pr. D.W.Z. Scheffer, Pr. S.P. Roberston en Pr. S.F. Berkovic voor het verstrekken van MCD patiënten. Wij danken Dr. F. Michel en D. Mei voor technische adviezen en hulp. Dit werk werd gesteund door financiële middelen van de zeven kaderprogramma van de EU, wens project, contractnummer: gezondheid-F2-602531-2013 (naar V.C., R.G., A.F., A.R. en C.C.), INSERM (te A.R. C.C.), Fondation Jérôme Lejeune (R13083AA A.F, E.P.P en C.C) en Région Provence Alpes Côte d'Azur (APO2014 - DEMOTISCH C.C. en A.A.D). D.A.K is een onderzoeker van de jonge EMBO en wordt ondersteund door FWF verleent (I914 en P24367).

Ethische verklaring: Wistar ratten werden gekruist, onderhouden en gebruikt in de INMED dierlijke faciliteiten, in overleg met de Europese Unie en de Franse wetgeving.
1. DNA-extractie en kwantificering voor Array-CGH en WES
<ol><li>Pak Genomic DNA (gDNA) uit menselijk bloed leukocyten van patiënten met behulp van een geautomatiseerde DNA isolatie robot of commercieel beschikbare handmatige DNA-extractie kits volgens protocol van de fabrikant. Kwantificeren van alle monsters met behulp van ...

<ol>
	<li>Meencke, H. J., Veith, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Migration+disturbances+in+epilepsy.">Migration disturbances in epilepsy.</a> Epilepsy Res. 9, 31-39 (1992).</li><li>Shorvon, S., Stefan, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overview+of+the+safety+of+newer+antiepileptic+drugs.">Overview of the safety of newer antiepileptic drugs.</a> Epilepsia. 38 (1), 45-51 (1997).</li><li>Parrini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia:+phenotypic+heterogeneity+and+correlation+with+Filamin+A+mutations.">Periventricular heterotopia: phenotypic heterogeneity and correlation with Filamin A mutations.</a> Brain. 129 (7), 1892-1906 (2006).</li><li>Fox, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+filamin+1+prevent+migration+of+cerebral+cortical+neurons+in+human+periventricular+heterotopia.">Mutations in filamin 1 prevent migration of cerebral cortical neurons in human periventricular heterotopia.</a> Neuron. 21 (6), 1315-1325 (1998).</li><li>Sheen, V. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+ARFGEF2+implicate+vesicle+trafficking+in+neural+progenitor+proliferation+and+migration+in+the+human+cerebral+cortex.">Mutations in ARFGEF2 implicate vesicle trafficking in neural progenitor proliferation and migration in the human cerebral cortex.</a> Nat Genet. 36 (1), 69-76 (2004).</li><li>Cappello, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+genes+encoding+the+cadherin+receptor-ligand+pair+DCHS1+and+FAT4+disrupt+cerebral+cortical+development.">Mutations in genes encoding the cadherin receptor-ligand pair DCHS1 and FAT4 disrupt cerebral cortical development.</a> Nat Genet. 45 (11), 1300-1308 (2013).</li><li>Moro, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+in+fragile+X+syndrome.">Periventricular heterotopia in fragile X syndrome.</a> Neurology. 67 (4), 713-715 (2006).</li><li>Ferland, R. J., Gaitanis, J. N., Apse, K., Tantravahi, U., Walsh, C. A., Sheen, V. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+nodular+heterotopia+and+Williams+syndrome.">Periventricular nodular heterotopia and Williams syndrome.</a> Am J Med Genet A. 140 (12), 1305-1311 (2006).</li><li>van Kogelenberg, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+in+common+microdeletion+syndromes.">Periventricular heterotopia in common microdeletion syndromes.</a> Mol Syndromol. 1 (1), 35-41 (2010).</li><li>Sheen, V. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+associated+with+chromosome+5p+anomalies.">Periventricular heterotopia associated with chromosome 5p anomalies.</a> Neurology. 60 (6), 1033-1036 (2003).</li><li>Neal, J., Apse, K., Sahin, M., Walsh, C. A., Sheen, V. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion+of+chromosome+1p36+is+associated+with+periventricular+nodular+heterotopia.">Deletion of chromosome 1p36 is associated with periventricular nodular heterotopia.</a> Am J Med Genet A. 140 (15), 1692-1695 (2006).</li><li>Cardoso, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia,+mental+retardation,+and+epilepsy+associated+with+5q14.3-q15+deletion.">Periventricular heterotopia, mental retardation, and epilepsy associated with 5q14.3-q15 deletion.</a> Neurology. 72 (9), 784-792 (2009).</li><li>Cellini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+with+white+matter+abnormalities+associated+with+6p25+deletion.">Periventricular heterotopia with white matter abnormalities associated with 6p25 deletion.</a> Am J Med Genet A. 158 (7), 1793-1797 (2006).</li><li>Bertini, V., De Vito, G., Costa, R., Simi, P., Valetto, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolated+6q+terminal+deletions:+an+emerging+new+syndrome.">Isolated 6q terminal deletions: an emerging new syndrome.</a> Am J Med Genet A. 140 (1), 74-81 (2006).</li><li>Dobyns, W. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Consistent+chromosome+abnormalities+identify+novel+polymicrogyria+loci+in+1p36.3,+2p16.1-p23.1,+4q21.21-q22.1,+6q26-q27,+and+21q2.">Consistent chromosome abnormalities identify novel polymicrogyria loci in 1p36.3, 2p16.1-p23.1, 4q21.21-q22.1, 6q26-q27, and 21q2.</a> Am J Med Genet A. 146 (13), 1637-1654 (2008).</li><li>Conti, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+in+6q+terminal+deletion+syndrome:+role+of+the+C6orf70+gene.">Periventricular heterotopia in 6q terminal deletion syndrome: role of the C6orf70 gene.</a> Brain. 136 (11), 3378-3394 (2013).</li><li>Sheen, V. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Etiological+heterogeneity+of+familial+periventricular+heterotopia+and+hydrocephalus.">Etiological heterogeneity of familial periventricular heterotopia and hydrocephalus.</a> Brain Dev. 26 (5), 326-334 (2004).</li><li>Jaglin, X. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+the+beta-tubulin+gene+TUBB2B+result+in+asymmetrical+polymicrogyria.">Mutations in the beta-tubulin gene TUBB2B result in asymmetrical polymicrogyria.</a> Nat. Genet. 41 (6), 746-752 (2009).</li><li>Falace, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TBC1D24+regulates+neuronal+migration+and+maturation+through+modulation+of+the+ARF6-dependent+pathway.">TBC1D24 regulates neuronal migration and maturation through modulation of the ARF6-dependent pathway.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 111 (6), 2337-2342 (2014).</li><li>Lunter, G., Goodson, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stampy:+a+statistical+algorithm+for+sensitive+and+fast+mapping+of+Illumina+sequence+reads.">Stampy: a statistical algorithm for sensitive and fast mapping of Illumina sequence reads.</a> Genome Res. 21 (6), 936-939 (2011).</li><li>Pagnamenta, A. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exome+sequencing+can+detect+pathogenic+mosaic+mutations+present+at+low+allele+frequencies.">Exome sequencing can detect pathogenic mosaic mutations present at low allele frequencies.</a> J Hum Genet. 57 (1), 70-72 (2012).</li><li>Yu, J. Y., DeRuiter, S. L., Turner, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+interference+by+expression+of+short-interfering+RNAs+and+hairpin+RNAs+in+mammalian+cells.">RNA interference by expression of short-interfering RNAs and hairpin RNAs in mammalian cells.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 99 (9), 6047-6052 (2002).</li><li>Bai, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNAi+reveals+doublecortin+is+required+for+radial+migration+in+rat+neocortex.">RNAi reveals doublecortin is required for radial migration in rat neocortex.</a> Nat Neurosci. 6 (12), 1277-1283 (2003).</li><li>Carabalona, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+glial+origin+for+periventricular+nodular+heterotopia+caused+by+impaired+expression+of+Filamin-A.">A glial origin for periventricular nodular heterotopia caused by impaired expression of Filamin-A.</a> Hum Mol Genet. 21 (5), 1004-1017 (2012).</li></ol>

MCDs zijn belangrijke oorzaken van verstandelijke beperking en 20-40% van resistente jeugd epilepsie1,2. Belangstelling voor MCDs is dramatisch toegenomen in de afgelopen tien jaar als gevolg van twee belangrijke factoren. De eerste is de verbetering in de hersenen (met name MRI) imaging, waardoor artsen en wetenschappers te visualiseren van vele misvormingen van de hersenen die eerder niet werden herkend. Anderzijds is de evolutie van genetische hulpmiddelen die...

De hersenschors speelt een sleutelrol in cognitieve en intellectuele processen en is betrokken bij emotionele controle evenals leren en geheugen. Het is daarom niet verwonderlijk dat veel neurologische en psychiatrische aandoeningen leiden misvormingen van corticale ontwikkeling (MCD tot). De etiologie van MCD is complex aangezien beide verworven en genetische factoren betrokken zijn. De cumulatieve prevalentie van genetisch bepaalde deel van de MCD is ongeveer 2%, en ze zijn sporadisch in de meeste gevallen. Bijvoorbeeld, de incidentie van aangeboren hersenen dysgenesie was naar schatting meer dan 1% in de menselijke populatie, en sommige vormen van MCD worden waargenomen bij meer dan 14% van alle patiënten met epilepsie en in 40% van de ernstige of hardnekkige epilepsie1, 2.
Periventricular nodulair Heterotopia (PNH) is één van de gemeenschappelijkste MCDs en wordt veroorzaakt door abnormale migratie van neuronen van de ventriculaire zone (VZ), aan de ontwikkelende hersenschors. Het falen van de neuronen te migreren van resultaten in clusters van heterotopic neuronen langs de muren van de laterale ventrikels die kunnen meestal worden gevisualiseerd met behulp van magnetische resonantie beeldvorming (MRI). De beeldvorming, klinische en anatomische kenmerken van PNH zijn heterogeen. Knobbeltjes kunnen variëren van kleine en eenzijdige te bilaterale symmetrische. Gemeenschappelijke klinische gevolgen omvatten epilepsie en intellectuele handicaps3. Mutaties in het gen Filamin A (of FLNA), die in Xq28 kaarten, werden gevonden in 100% van de gezinnen met bilaterale PNH X-gebonden en 26% van sporadische patiënten3,4. Een zeldzame, recessieve vorm van PNH veroorzaakt door mutaties in het ARFGEF2 -gen, die in 20q13 kaarten, heeft gemeld in twee consanguïne gezinnen5. Biallelic mutaties in de genen coderend voor het receptor-ligand cadherine paar DCHS1 en FAT4 zijn onlangs geïdentificeerd bij negen patiënten getroffen door een multisystemic aandoening waarin PNH6. PNH heeft ook zijn geassocieerd met fragiele X syndroom7, Williams syndroom8, 22q11 Microdeletie syndroom9, doublures op 5 p 1510, verwijderingen op 1 p 3611, 5q14.3-q1512, 6 p 2513 en 6q terminal schrapping syndroom14,15,16,17,18,19, suggereren dat extra oorzakelijke genen verspreid zijn gedurende het genoom. De genetische basis blijft echter voor ongeveer 74% van sporadische PNH patiënten worden opgehelderd17.
Klassieke gene toewijzing benaderingen zoals matrix vergelijkende Genomic hybridisatie (matrix-CGH) hebben bewezen te zijn een krachtige hulpmiddelen voor het opsporen van sub microscopische chromosomale afwijkingen, echter de genomic regio's geïdentificeerd met behulp van deze aanpak zijn vaak grote en talrijke genen bevatten.
De komst van massale parallelle sequencing technieken (d.w.z. geheel-Exome Sequencing (WES) en geheel-genoom sequencing (WGS)) is aanzienlijk verminderd, zowel de kosten en de benodigde tijd voor het volgnummer van een hele menselijke exome of genoom. Interpretatie van WES en WGS gegevens blijft echter in de meeste gevallen, sinds een uitdaging voor elke patiënt tientallen tot honderden (of zelfs duizenden, afhankelijk van het soort analyse) varianten uit gegevens filteren voortkomen.
Om te versnellen het proces van identificatie van nieuwe MCD oorzakelijke genen, een roman systematische strategie matrix-CGH combineren, werd WES en in utero electroporation (ÇÉ) screening van de kandidaat-genen ontworpen. ÇÉ kunt selectief inactivering (of overexpress) specifieke genen of mutaties in knaagdier hersenen, waardoor snelle evaluatie van hun betrokkenheid in corticogenesis18,19. RNAi gemedieerde-knockdown of overexpressie van een of meer kandidaat-genen wordt verwacht te veroorzaken wanneer het gen geassocieerd met ziekte ontwikkeling, gelokaliseerde defecten in neuronale migratie en/of rijping is. Bij de identificatie van een gen waarvan inactivering (of overexpressie) het fenotype waargenomen bij patiënten in knaagdieren reproduceert, wordt het een uitstekende kandidate voor de screening bij sporadische patiënten met MCD. Met behulp van deze aanpak, we onlangs de beslissende bijdrage van het C6orf70 gen (ook bekend als ERMARD) geopenbaard in PNH pathogenese bij patiënten 6q27 chromosomale verwijderingen16herbergen.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td >Picospritzer III</td>
			<td >Parker Hannifin Corp</td>
			<td >P/N 051-0500-900</td>
			<td >Intracellular Microinjection Dispense Systems</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fast Green FCF</td>
			<td >Sigma-Aldrich</td>
			<td >F7252</td>
			<td>Fast green allow visual monitoring of the injection</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >BTX ECM 830 electroporator</td>
			<td >BTX Harvard Apparatus</td>
			<td >45-0002</td>
			<td>The ECM 830 is a Square Wave Pulse generator designed for in vitro and in vivo applications</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Microtome HM 650 V</td>
			<td >Microm</td>
			<td>10076838</td>
			<td>Microtome HM 650 V vibratome 240V 50/60Hz with vibrating blade</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >FluoView 300</td>
			<td >Olympus</td>
			<td ></td>
			<td>The Olympus FluoViewTM 300 is a point-scanning, point-detection, confocal laser scanning microscope designed for biology research application</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >eCELLence software</td>
			<td >Glance Vision Technologies</td>
			<td ></td>
			<td>eCELLence is software designed for the quantitive analysis of cell migration</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Agilent Microarray Scanner Bundle</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>Array slides</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 1 x 244K, 2 x 105K, 4 x 44K or 8 x 15K</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G4900DA, G2565CA or G2565BA</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 1 x 1M, 2 x 400K, 4 x 180K or 8 x 60K</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G4900DA or G2565CA</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hybridization Chamber, stainless</td>
			<td >Agilent</td>
			<td>Agilent p/n G2534A</td>
			<td>Chamber for array CGH hybridization</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hybridization Chamber gasket slides, 5-pack</td>
			<td></td>
			<td ></td>
			<td>Gasket for array CGH hybridization</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 1-pack microarrays or</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2534-60003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 2-pack microarrays or</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2534-60002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 4-pack microarrays or</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2534-60011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 8-pack microarrays</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2534-60014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hybridization oven</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2545A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hybridization oven rotator for Agilent Microarray Hybridization Chambers</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2530-60029</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Thermal cycler with heated lid</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G8800A or equivalent</td>
			<td>Termal cycler for incubations</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1.5 mL RNase-free Microfuge Tube</td>
			<td >Ambion</td>
			<td >p/n AM12400 or equivalent</td>
			<td>Microcentrifuge</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Magnetic stir bar</td>
			<td >Corning</td>
			<td >p/n 401435 or equivalent</td>
			<td>Instrument for stirring</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Qubit Fluorometer</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >p/n Q32857</td>
			<td>Instrument for DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Qubit dsDNA BR Assay Kit, for use with the Qubit fluorometer</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >p/n Q32850</td>
			<td>Kit for Qubit fluorometer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >UV-VIS spectrophotometer</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >NanoDrop 8000 or 2000, or equivalent</td>
			<td>Instrument for DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >P10, P20, P200 and P1000 pipettes</td>
			<td >Pipetman or equivalent</td>
			<td ></td>
			<td>DNA dispensation</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Vacuum Concentrator</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >p/n DNA120-115 or 
			equivalent</td>
			<td>Instrument to concentrate DNA</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureTag Complete DNA Labeling Kit</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5190-4240</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Purification Columns (50 units)</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5190-3391</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >AutoScreen A, 96-well plates</td>
			<td >GE Healthcare</td>
			<td >p/n 25-9005-98</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >GenElute PCR Clean-Up Kit</td>
			<td >Sigma-Aldrich</td>
			<td >p/n NA1020</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Human Genomic DNA</td>
			<td ></td>
			<td >p/n G1521</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >For CGH microarrays:</td>
			<td >Promega</td>
			<td >(female) or p/n G1471 (male)</td>
			<td>Array CGH control DNA</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >For CGH+SNP microarrays:</td>
			<td >Coriell</td>
			<td >p/n NA18507, NA18517, NA12891, NA12878, or NA18579</td>
			<td>Array CGH control DNA</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Oligo aCGH/ChIP-on-chip Wash Buffer Kit or</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5188-5226</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Oligo aCGH/ChIP-on-chip Wash Buffer 1 and</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5188-5221</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Oligo aCGH/ChIP-on-chip Wash Buffer 2</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5188-5222</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Stabilization and Drying Solution</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5185-5979</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Oligo aCGH/ChIP-on-chip Hybridization Kit</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5188-5220 (25) or p/n 5188-5380 (100)</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Human Cot-1 DNA</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5190-3393</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Agilent C scanner</td>
			<td >Agilent</td>
			<td ></td>
			<td>Scanner for array CGH slides</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureSelect XT2 Reagent Kit</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>Kit for target enrichment</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HiSeq platform (HSQ), 16 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9621A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HiSeq platform (HSQ), 96 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9621B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HiSeq platform (HSQ), 480 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9621C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MiSeq platform (MSQ), 16 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9622A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MiSeq platform (MSQ), 96 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9622B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MiSeq platform (MSQ), 480 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9622C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA 1000 Kit</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5067-1504</td>
			<td>Kit for the separation, sizing and quantification of dsDNA fragments from 25 to 1000 bp.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >High Sensitivity DNA Kit</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5067-4626</td>
			<td>Kit for analysis of fragmented DNA or DNA libraries.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >AMPure XP Kit</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>Kit for automated PCR purification.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >5 mL</td>
			<td >Agencourt</td>
			<td >p/n A63880</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >60 mL</td>
			<td >Agencourt</td>
			<td >p/n A63881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >450 mL</td>
			<td >Agencourt</td>
			<td >p/n A63882</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Dynabeads MyOne Streptavidin T1</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>Isolation and handling of biotinylated nucleic acids</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2 mL</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >Cat #65601</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >10 mL</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >Cat #65602</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quant-iT dsDNA BR Assay Kit, for the Qubit fluorometer</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >100 assays, 2-1000 ng</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >Cat #Q32850</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >500 assays, 2-1000 ng</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >Cat #Q32853</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Qubit assay tubes</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >p/n Q32856</td>
			<td>DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureSelec tXT2 Capture Libraries</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >depending on the experiment</td>
			<td>Kit for libraries capture</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureCycler 8800 Thermal Cycler</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G8800A</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >96 well plate module for SureCycler 8800 Thermal Cycler</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G8810A</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureCycler 8800-compatible 96-well plates</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 410088</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Optical strip caps</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 401425</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Tube cap strips, domed</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 410096</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Compression mats</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 410187</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2100 Bioanalyzer Laptop Bundle</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G2943CA</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2100 Bioanalyzer Electrophoresis Set</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G2947CA</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Covaris Sample Preparation System, E-series or S-series</td>
			<td >Covaris</td>
			<td ></td>
			<td>DNA shearing</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Covaris sample holders</td>
			<td ></td>
			<td >p/n 520078</td>
			<td>DNA shearing</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Nutator plate mixer</td>
			<td >BD Diagnostics</td>
			<td >p/n 421105 or equivalent</td>
			<td>Plate Mixer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >GaIIx</td>
			<td >Illumina</td>
			<td ></td>
			<td>next generation sequencing machine</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a novel strategy combining array-cgh, whole-exome sequencing and in utero electroporation in rodents to identify causative genes for brain malformations

Aangeboren afwijkingen waarbij de hersenschors — ook bekend als misvormingen van corticale ontwikkeling (MCD) — zijn belangrijke oorzaken van verstandelijke beperking en 20-40% van resistente epilepsie in de kindertijd. Hoge resolutie brain imaging heeft in vivo identificatie van een grote groep van MCD fenotypen vergemakkelijkt. Ondanks de vooruitgang in de beeldvorming van de hersenen, genomic analyse en generatie van diermodellen ontbreekt een eenvoudige werkstroom systematisch prioriteren kandidaat-genen en het testen van functionele gevolgen van vermeende mutaties. Om dit probleem te verhelpen, was een experimentele strategie waardoor de identificatie van nieuwe genen van de oorzakelijke voor MCD ontwikkeld en gevalideerd. Deze strategie is gebaseerd op identificeren genomic regio's van kandidaat- of genen via matrix-CGH of geheel-exome sequencing en karakteriseren van de effecten van hun inactivatie of overexpressie van specifieke mutaties bij de ontwikkeling van knaagdier hersenen via in utero Electroporation. Deze aanpak heeft geleid tot de identificatie van het C6orf70 gen, codering voor een vermeende vesiculaire eiwit, aan de pathogenese van periventricular nodulair heterotopia, een MCD veroorzaakt door defecte neuronale migratie.

De experimentele strategie ontworpen om roman MCD oorzakelijke genen te identificeren is gerecapituleerd in Figuur 1.
Door het uitvoeren van matrix-CGH in een cohort van 155 patiënten met ontwikkelingsstoornissen hersenen afwijkingen variabel combineren PNH (figuur 2A), corpus callosum dysgenesie, colpocephaly, cerebellaire hypoplasie en Polymicrogyrie gekoppeld aan epilepsie, ataxie en cogniti...

Watch this Scientific Journal Video about A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations at Jo

A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations

Nodulair heterotopia van de Periventricular (PNH) is de meest voorkomende vorm van misvorming van corticale ontwikkeling (MCD) in volwassenheid maar haar genetische basis blijft onbekend in meest sporadische gevallen. Onlangs hebben we een strategie nieuwe kandidaat om genen te identificeren voor MCDs en direct bevestigen hun oorzakelijke rol in vivo.

Een nieuwe strategie combinatie matrix-CGH, geheel-exome Sequencing en In Utero Electroporation bij knaagdieren ter identificatie van de oorzakelijke genen voor hersenen misvormingen

Birth defects that involve the cerebral cortex &#8212; also known as malformations of cortical development (MCD) &#8212; are important causes of ...

Research

JoVE Journal

Neuroscience

A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations

Combining Behavioral Endocrinology and Experimental Economics: Testosterone and Social Decision Making

De combinatie van Behavioral Endocrinologie en Experimentele Economie: Testosteron en Sociaal Decision Making

Behavioral endocrinological research in humans as well as in animals suggests that testosterone plays a key role in social interactions. Studies in ...

In utero Electroporation followed by Primary Neuronal Culture for Studying Gene Function in Subset of Cortical Neurons

In utero Electroporation followed by Primary Neuronal Culture for Studying Gene Function in Subset of Cortical Neurons

In utero Elektroporatie gevolgd door primaire neuronale Cultuur voor het bestuderen van Gene Functie in subset van de corticale neuronen

In vitro study of primary neuronal cultures allows for quantitative analyses of neurite outgrowth. In order to study how genetic alterations affect ...

Combining Transcranial Magnetic Stimulation and fMRI to Examine the Default Mode Network

De combinatie van Transcranial Magnetic Stimulation en fMRI om de standaard-modus Netwerk Onderzoek

The default mode network is a group of brain regions that are active when an individual is not focused on the outside world and the brain is at "wakeful ...

Efficient Gene Delivery into Multiple CNS Territories Using In Utero Electroporation

Efficient Gene Delivery into Multiple CNS Territories Using In Utero Electroporation

Efficiënte gen delivery in meerdere CNS Gebieden Het gebruik van In Utero Elektroporatie

The ability to manipulate gene expression is the cornerstone of modern day experimental embryology, leading to the elucidation of multiple developmental ...

Mouse in Utero Electroporation: Controlled Spatiotemporal Gene Transfection

Mouse in Utero Electroporation: Controlled Spatiotemporal Gene Transfection

Muis In Utero Elektroporatie: Gecontroleerde spatiotemporele Gene Transfectie

In order to understand the function of genes expressed in specific region of the developing brain, including signaling molecules and axon guidance ...

Visualization and Genetic Manipulation of Dendrites and Spines in the Mouse Cerebral Cortex and Hippocampus using In utero Electroporation

Visualization and Genetic Manipulation of Dendrites and Spines in the Mouse Cerebral Cortex and Hippocampus using In utero Electroporation

Visualisatie en genetische manipulatie van dendrieten en stekels in de muis Cerebral cortex en de hippocampus met behulp van<em&gt; In utero</em&gt; Elektroporatie

In utero electroporation (IUE) has become a powerful technique to study the development of different regions of the embryonic nervous system 1-5. To date ...

Generation of Topically Transgenic Rats by In utero Electroporation and In vivo Bioluminescence Screening

Generation of Topically Transgenic Rats by In utero Electroporation and In vivo Bioluminescence Screening

Generatie Topisch transgene Rats door<em&gt; In de baarmoeder</em&gt; Elektroporatie en<em&gt; In vivo</em&gt; Bioluminescence Screening

 In utero electroporation (IUE) is a technique which allows genetic modification of cells in the brain for investigating neuronal development. So far, the ...

Deep Brain Stimulation with Simultaneous fMRI in Rodents

Deep Brain Stimulation met gelijktijdige fMRI in Knaagdieren

In order to visualize the global and downstream neuronal responses to deep brain stimulation (DBS) at various targets, we have developed a protocol for ...

Combining Double Fluorescence In Situ Hybridization with Immunolabelling for Detection of the Expression of Three Genes in Mouse Brain Sections

Combining Double Fluorescence In Situ Hybridization with Immunolabelling for Detection of the Expression of Three Genes in Mouse Brain Sections

De combinatie van Double Fluorescentie<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisatie met immunolabel voor detectie van de expressie van drie genen in de hersenen van muizen Secties

Detection of gene expression in different types of brain cells e.g., neurons, astrocytes, oligodendrocytes, oligodendrocyte precursors and microglia, can ...

In Utero Electroporation Approaches to Study the Excitability of Neuronal Subpopulations and Single-cell Connectivity

In Utero Electroporation Approaches to Study the Excitability of Neuronal Subpopulations and Single-cell Connectivity

In Utero Elektroporatie benaderingen om de prikkelbaarheid van neuronale subpopulaties en Single-cell Connectivity Studie

The nervous system is composed of an enormous range of distinct neuronal types. These neuronal subpopulations are characterized by, among other features, ...