Name: a novel strategy combining array-cgh, whole-exome sequencing and in utero electroporation in rodents to identify causative genes for brain malformations
Uploaded: 2017-12-01T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations at Jo

אנו מודים ד ר ג'י McGillivray, pr. ג'יי קלייטון-סמית '..., pr. פינצ'יאוטי Dobyns, pr. פ Striano, pr. קרי שפר, pr. פ מ Roberston ו- pr. S.F. Berkovic למתן חולים MCD. אנו מודים מישל פ ד ר ומיי ד על עצות טכניות ולעזור. עבודה זו נתמכה על ידי מימון 7 בתכנית המסגרת של האיחוד האירופי, הרצון בפרוייקט, מספר חוזה: בריאות-F2-602531-2013, (כדי וייטקונג, R.G., ע. ר, פ. ס. ס), INSERM (לס. ס. ע. ר), לז'ן ג'רום Fondation (R13083AA A.F, E.P.P, C.C), Région פרובנס אלפ Côte d ' azur (APO2014 - דמוטית ס. ס, A.A.D). D.A.K חוקר צעיר EMBO והיא נתמכת על-ידי FWF מעניקה (I914 ו- P24367).

אתיקה במשפט: חולדות Wistar היו הזדווגו ומתוחזק בשימוש במתקני בעלי חיים INMED, מסכים עם החקיקה באיחוד האירופי וצרפתית.
1. DNA החילוץ, כימות מערך-CGH, ווס
<ol><li>תמצית הדנ א (gDNA) של דם אנושי לויקוציטים מחולים באמצעות רובוט אוטומטי של בידוד דנ א או זמינים מסחרית ערכות חילוץ ידני הדנ א על פי ?...

<ol>
	<li>Meencke, H. J., Veith, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Migration+disturbances+in+epilepsy.">Migration disturbances in epilepsy.</a> Epilepsy Res. 9, 31-39 (1992).</li><li>Shorvon, S., Stefan, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overview+of+the+safety+of+newer+antiepileptic+drugs.">Overview of the safety of newer antiepileptic drugs.</a> Epilepsia. 38 (1), 45-51 (1997).</li><li>Parrini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia:+phenotypic+heterogeneity+and+correlation+with+Filamin+A+mutations.">Periventricular heterotopia: phenotypic heterogeneity and correlation with Filamin A mutations.</a> Brain. 129 (7), 1892-1906 (2006).</li><li>Fox, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+filamin+1+prevent+migration+of+cerebral+cortical+neurons+in+human+periventricular+heterotopia.">Mutations in filamin 1 prevent migration of cerebral cortical neurons in human periventricular heterotopia.</a> Neuron. 21 (6), 1315-1325 (1998).</li><li>Sheen, V. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+ARFGEF2+implicate+vesicle+trafficking+in+neural+progenitor+proliferation+and+migration+in+the+human+cerebral+cortex.">Mutations in ARFGEF2 implicate vesicle trafficking in neural progenitor proliferation and migration in the human cerebral cortex.</a> Nat Genet. 36 (1), 69-76 (2004).</li><li>Cappello, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+genes+encoding+the+cadherin+receptor-ligand+pair+DCHS1+and+FAT4+disrupt+cerebral+cortical+development.">Mutations in genes encoding the cadherin receptor-ligand pair DCHS1 and FAT4 disrupt cerebral cortical development.</a> Nat Genet. 45 (11), 1300-1308 (2013).</li><li>Moro, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+in+fragile+X+syndrome.">Periventricular heterotopia in fragile X syndrome.</a> Neurology. 67 (4), 713-715 (2006).</li><li>Ferland, R. J., Gaitanis, J. N., Apse, K., Tantravahi, U., Walsh, C. A., Sheen, V. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+nodular+heterotopia+and+Williams+syndrome.">Periventricular nodular heterotopia and Williams syndrome.</a> Am J Med Genet A. 140 (12), 1305-1311 (2006).</li><li>van Kogelenberg, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+in+common+microdeletion+syndromes.">Periventricular heterotopia in common microdeletion syndromes.</a> Mol Syndromol. 1 (1), 35-41 (2010).</li><li>Sheen, V. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+associated+with+chromosome+5p+anomalies.">Periventricular heterotopia associated with chromosome 5p anomalies.</a> Neurology. 60 (6), 1033-1036 (2003).</li><li>Neal, J., Apse, K., Sahin, M., Walsh, C. A., Sheen, V. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion+of+chromosome+1p36+is+associated+with+periventricular+nodular+heterotopia.">Deletion of chromosome 1p36 is associated with periventricular nodular heterotopia.</a> Am J Med Genet A. 140 (15), 1692-1695 (2006).</li><li>Cardoso, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia,+mental+retardation,+and+epilepsy+associated+with+5q14.3-q15+deletion.">Periventricular heterotopia, mental retardation, and epilepsy associated with 5q14.3-q15 deletion.</a> Neurology. 72 (9), 784-792 (2009).</li><li>Cellini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+with+white+matter+abnormalities+associated+with+6p25+deletion.">Periventricular heterotopia with white matter abnormalities associated with 6p25 deletion.</a> Am J Med Genet A. 158 (7), 1793-1797 (2006).</li><li>Bertini, V., De Vito, G., Costa, R., Simi, P., Valetto, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolated+6q+terminal+deletions:+an+emerging+new+syndrome.">Isolated 6q terminal deletions: an emerging new syndrome.</a> Am J Med Genet A. 140 (1), 74-81 (2006).</li><li>Dobyns, W. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Consistent+chromosome+abnormalities+identify+novel+polymicrogyria+loci+in+1p36.3,+2p16.1-p23.1,+4q21.21-q22.1,+6q26-q27,+and+21q2.">Consistent chromosome abnormalities identify novel polymicrogyria loci in 1p36.3, 2p16.1-p23.1, 4q21.21-q22.1, 6q26-q27, and 21q2.</a> Am J Med Genet A. 146 (13), 1637-1654 (2008).</li><li>Conti, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periventricular+heterotopia+in+6q+terminal+deletion+syndrome:+role+of+the+C6orf70+gene.">Periventricular heterotopia in 6q terminal deletion syndrome: role of the C6orf70 gene.</a> Brain. 136 (11), 3378-3394 (2013).</li><li>Sheen, V. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Etiological+heterogeneity+of+familial+periventricular+heterotopia+and+hydrocephalus.">Etiological heterogeneity of familial periventricular heterotopia and hydrocephalus.</a> Brain Dev. 26 (5), 326-334 (2004).</li><li>Jaglin, X. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+the+beta-tubulin+gene+TUBB2B+result+in+asymmetrical+polymicrogyria.">Mutations in the beta-tubulin gene TUBB2B result in asymmetrical polymicrogyria.</a> Nat. Genet. 41 (6), 746-752 (2009).</li><li>Falace, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TBC1D24+regulates+neuronal+migration+and+maturation+through+modulation+of+the+ARF6-dependent+pathway.">TBC1D24 regulates neuronal migration and maturation through modulation of the ARF6-dependent pathway.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 111 (6), 2337-2342 (2014).</li><li>Lunter, G., Goodson, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stampy:+a+statistical+algorithm+for+sensitive+and+fast+mapping+of+Illumina+sequence+reads.">Stampy: a statistical algorithm for sensitive and fast mapping of Illumina sequence reads.</a> Genome Res. 21 (6), 936-939 (2011).</li><li>Pagnamenta, A. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exome+sequencing+can+detect+pathogenic+mosaic+mutations+present+at+low+allele+frequencies.">Exome sequencing can detect pathogenic mosaic mutations present at low allele frequencies.</a> J Hum Genet. 57 (1), 70-72 (2012).</li><li>Yu, J. Y., DeRuiter, S. L., Turner, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+interference+by+expression+of+short-interfering+RNAs+and+hairpin+RNAs+in+mammalian+cells.">RNA interference by expression of short-interfering RNAs and hairpin RNAs in mammalian cells.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 99 (9), 6047-6052 (2002).</li><li>Bai, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNAi+reveals+doublecortin+is+required+for+radial+migration+in+rat+neocortex.">RNAi reveals doublecortin is required for radial migration in rat neocortex.</a> Nat Neurosci. 6 (12), 1277-1283 (2003).</li><li>Carabalona, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+glial+origin+for+periventricular+nodular+heterotopia+caused+by+impaired+expression+of+Filamin-A.">A glial origin for periventricular nodular heterotopia caused by impaired expression of Filamin-A.</a> Hum Mol Genet. 21 (5), 1004-1017 (2012).</li></ol>

MCDs הם גורמים חשובים מוגבלות ועל חשבון עבור 20-40% של הילדות עמידים לתרופות-אפילפסיה-1,-2. עניין MCDs גדל באופן דרמטי בעשור האחרון בשל שני גורמים עיקריים. הראשון הוא השיפור המוח הדמיה (MRI במיוחד), מה שמאפשר רופאים ומדענים לדמיין הרבה מומים המוח לא הכיר קודם לכן. השני ...

קליפת המוח ממלא תפקיד מרכזי בתהליכי קוגניטיבית ואינטלקטואלית, ומעורב שליטה רגשית כמו גם בלמידה ובזיכרון. לכן זה לא מפתיע כי מחלות והפרעות פסיכיאטריות רבות תוצאה של מומים של פיתוח בקליפת המוח (MCD). האטיולוגיה של MCD מורכבים מאז רכשה, מעורבים גורמים גנטיים. השכיחות המצטברת של שיעור נקבע גנטית MCD היא כ- 2% והם סדיר ברוב המקרים. למשל, השכיחות של מוח מולדים dysgenesis נאמד להיות גבוה מ- 1% באוכלוסייה האנושית ולאחר כמה צורות של MCD הם נצפו יותר מ 14% של כל חולי אפילפסיה ו- 40% של אפילפסיה חמורה או סורר1, 2.
Periventricular קשרי הטרוטופיה (PNH) הוא אחד MCDs הנפוצה ביותר והיא נגרמת על ידי העברה חריגה של נוירונים מאזור חדרית (VZ) אל קליפת המוח המתפתח. הכשל של נוירונים להעברת תוצאות אשכולות של נוירונים הטרוטופי לאורך קירות החדרים הצדדיים אשר בדרך כלל ניתן לאבחן באמצעות תהודה מגנטית (MRI). המאפיינים הקליניים, אנטומי, הדמיה של PNH הם הטרוגנית. גושים עשויים לנוע בין קטן ולא חד-צדדי דו צדדיות ולא סימטרי. Sequelae קליניים נפוצים כוללים לקויות אפילפסיה אינטלקטואלי3. מוטציות בגן Filamin A (או FLNA), אשר מפות ב Xq28, נמצאו ב- 100% מהמשפחות עם X-linked PNH הדו-צדדיים וב -26% של חולים סדיר3,4. צורה נדירה, רצסיבי של PNH נגרמת על ידי מוטציות בגן ARFGEF2 , אשר מפות ב- 20q13, דווח בשתי משפחות consanguineous5. לאחרונה, biallelic מוטציות בגנים קידוד הזוג קדהרין קולטן-ליגנד DCHS1 ו- FAT4 זוהו ב תשעה חולים מושפע על ידי הפרעה multisystemic הכולל PNH6. PNH הייתה קשורה גם שביר X תסמונת7, תסמונת וויליאמס8, תסמונת microdeletion 22q119, כפילויות ב 15 p 510, מחיקות-1 p 3611, 5q14.3-q1512, p 6 2513 6q מחיקה מסוף תסמונת14,15,16,17,18,19, רומז כי גנים סיבתי נוספים פזורים ברחבי הגנום. עם זאת, כ- 74% מהחולים PNH סדיר בסיס גנטי נשאר עד מבואר17.
מיפוי גנים קלאסית גישות כמו מערך הכלאה גנומית השוואתית (מערך-CGH) הוכיחו להיות כלים רבי-עוצמה הגילוי של תת-מיקרוסקופיים העיוותים כרומוזומלית, אולם האזורים גנומית מזוהה באמצעות גישה זו הם לעיתים קרובות גדולים מכילים גנים רבים.
כניסתו של רצף מקביל מסיבית טכניקות (כלומר רצף שלם-Exome (ווס) ואת כל הגנום רצפי (WGS)) הפחיתה באופן משמעותי הן את העלות והן את הזמן הנדרש כדי רצף של exome האנושי כולו או גנום. יחד עם זאת, הפרשנות של ווס ונתונים WGS נותר מאתגר ברוב המכריע של המקרים, מאז עבור כל גרסאות החולה עשרות עד מאות (או אפילו אלפים, תלוי מתוך הסוג של ניתוח) מגיחים סינון נתונים.
כדי להאיץ את התהליך של זיהוי הרומן גנים סיבתי של MCD, אסטרטגיה שיטתית חדשניים המשלבים CGH מערך, ווס, בתוך הרחם ההקרנה אלקטרופורציה (הצמיגים) של המועמד גנים תוכנן. . הצמיגים מאפשר להשבית באופן סלקטיבי (או overexpress) גנים ספציפיים או מוטציות במוח מכרסמים, ראפיד הערכה מעורבותן18,corticogenesis19. RNAi בתיווך מצרי-נוקאאוט או ביטוי של גנים מועמד אחד או יותר צפוי לגרום, כאשר הגן מזוהה עם התפתחות המחלה, פגמים מקומי הגירה העצבית ו/או התבגרות. על זיהוי גנים של מי איון (או ביטוי) מתרבה על פנוטיפ אצל חולים בחולדות, הוא הופך להיות מועמד מצטיינים להקרנה בחולים סדיר עם MCD. באמצעות גישה זו, אנחנו חשפה לאחרונה את התרומה מכריע של הגן C6orf70 (הידוע גם בשם ERMARD) ב- PNH פתוגנזה בחולים יקולל מחיקות כרומוזומלית 6q2716.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td >Picospritzer III</td>
			<td >Parker Hannifin Corp</td>
			<td >P/N 051-0500-900</td>
			<td >Intracellular Microinjection Dispense Systems</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fast Green FCF</td>
			<td >Sigma-Aldrich</td>
			<td >F7252</td>
			<td>Fast green allow visual monitoring of the injection</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >BTX ECM 830 electroporator</td>
			<td >BTX Harvard Apparatus</td>
			<td >45-0002</td>
			<td>The ECM 830 is a Square Wave Pulse generator designed for in vitro and in vivo applications</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Microtome HM 650 V</td>
			<td >Microm</td>
			<td>10076838</td>
			<td>Microtome HM 650 V vibratome 240V 50/60Hz with vibrating blade</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >FluoView 300</td>
			<td >Olympus</td>
			<td ></td>
			<td>The Olympus FluoViewTM 300 is a point-scanning, point-detection, confocal laser scanning microscope designed for biology research application</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >eCELLence software</td>
			<td >Glance Vision Technologies</td>
			<td ></td>
			<td>eCELLence is software designed for the quantitive analysis of cell migration</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Agilent Microarray Scanner Bundle</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>Array slides</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 1 x 244K, 2 x 105K, 4 x 44K or 8 x 15K</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G4900DA, G2565CA or G2565BA</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 1 x 1M, 2 x 400K, 4 x 180K or 8 x 60K</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G4900DA or G2565CA</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hybridization Chamber, stainless</td>
			<td >Agilent</td>
			<td>Agilent p/n G2534A</td>
			<td>Chamber for array CGH hybridization</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hybridization Chamber gasket slides, 5-pack</td>
			<td></td>
			<td ></td>
			<td>Gasket for array CGH hybridization</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 1-pack microarrays or</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2534-60003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 2-pack microarrays or</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2534-60002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 4-pack microarrays or</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2534-60011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >for 8-pack microarrays</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2534-60014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hybridization oven</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2545A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Hybridization oven rotator for Agilent Microarray Hybridization Chambers</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G2530-60029</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Thermal cycler with heated lid</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >Agilent p/n G8800A or equivalent</td>
			<td>Termal cycler for incubations</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1.5 mL RNase-free Microfuge Tube</td>
			<td >Ambion</td>
			<td >p/n AM12400 or equivalent</td>
			<td>Microcentrifuge</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Magnetic stir bar</td>
			<td >Corning</td>
			<td >p/n 401435 or equivalent</td>
			<td>Instrument for stirring</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Qubit Fluorometer</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >p/n Q32857</td>
			<td>Instrument for DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Qubit dsDNA BR Assay Kit, for use with the Qubit fluorometer</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >p/n Q32850</td>
			<td>Kit for Qubit fluorometer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >UV-VIS spectrophotometer</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >NanoDrop 8000 or 2000, or equivalent</td>
			<td>Instrument for DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >P10, P20, P200 and P1000 pipettes</td>
			<td >Pipetman or equivalent</td>
			<td ></td>
			<td>DNA dispensation</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Vacuum Concentrator</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >p/n DNA120-115 or 
			equivalent</td>
			<td>Instrument to concentrate DNA</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureTag Complete DNA Labeling Kit</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5190-4240</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Purification Columns (50 units)</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5190-3391</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >AutoScreen A, 96-well plates</td>
			<td >GE Healthcare</td>
			<td >p/n 25-9005-98</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >GenElute PCR Clean-Up Kit</td>
			<td >Sigma-Aldrich</td>
			<td >p/n NA1020</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Human Genomic DNA</td>
			<td ></td>
			<td >p/n G1521</td>
			<td>DNA Labeling Kit (for Human Samples)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >For CGH microarrays:</td>
			<td >Promega</td>
			<td >(female) or p/n G1471 (male)</td>
			<td>Array CGH control DNA</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >For CGH+SNP microarrays:</td>
			<td >Coriell</td>
			<td >p/n NA18507, NA18517, NA12891, NA12878, or NA18579</td>
			<td>Array CGH control DNA</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Oligo aCGH/ChIP-on-chip Wash Buffer Kit or</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5188-5226</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Oligo aCGH/ChIP-on-chip Wash Buffer 1 and</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5188-5221</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Oligo aCGH/ChIP-on-chip Wash Buffer 2</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5188-5222</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Stabilization and Drying Solution</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5185-5979</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Oligo aCGH/ChIP-on-chip Hybridization Kit</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5188-5220 (25) or p/n 5188-5380 (100)</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Human Cot-1 DNA</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5190-3393</td>
			<td>Array CGH hybridization and wash</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Agilent C scanner</td>
			<td >Agilent</td>
			<td ></td>
			<td>Scanner for array CGH slides</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureSelect XT2 Reagent Kit</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>Kit for target enrichment</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HiSeq platform (HSQ), 16 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9621A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HiSeq platform (HSQ), 96 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9621B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HiSeq platform (HSQ), 480 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9621C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MiSeq platform (MSQ), 16 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9622A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MiSeq platform (MSQ), 96 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9622B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MiSeq platform (MSQ), 480 Samples</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G9622C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DNA 1000 Kit</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5067-1504</td>
			<td>Kit for the separation, sizing and quantification of dsDNA fragments from 25 to 1000 bp.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >High Sensitivity DNA Kit</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 5067-4626</td>
			<td>Kit for analysis of fragmented DNA or DNA libraries.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >AMPure XP Kit</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>Kit for automated PCR purification.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >5 mL</td>
			<td >Agencourt</td>
			<td >p/n A63880</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >60 mL</td>
			<td >Agencourt</td>
			<td >p/n A63881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >450 mL</td>
			<td >Agencourt</td>
			<td >p/n A63882</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Dynabeads MyOne Streptavidin T1</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>Isolation and handling of biotinylated nucleic acids</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2 mL</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >Cat #65601</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >10 mL</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >Cat #65602</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Quant-iT dsDNA BR Assay Kit, for the Qubit fluorometer</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td>DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >100 assays, 2-1000 ng</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >Cat #Q32850</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >500 assays, 2-1000 ng</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >Cat #Q32853</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Qubit assay tubes</td>
			<td >Life Technologies</td>
			<td >p/n Q32856</td>
			<td>DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureSelec tXT2 Capture Libraries</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >depending on the experiment</td>
			<td>Kit for libraries capture</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureCycler 8800 Thermal Cycler</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G8800A</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >96 well plate module for SureCycler 8800 Thermal Cycler</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G8810A</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >SureCycler 8800-compatible 96-well plates</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 410088</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Optical strip caps</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 401425</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Tube cap strips, domed</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 410096</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Compression mats</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n 410187</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2100 Bioanalyzer Laptop Bundle</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G2943CA</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >2100 Bioanalyzer Electrophoresis Set</td>
			<td >Agilent</td>
			<td >p/n G2947CA</td>
			<td>DNA amplification</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Covaris Sample Preparation System, E-series or S-series</td>
			<td >Covaris</td>
			<td ></td>
			<td>DNA shearing</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Covaris sample holders</td>
			<td ></td>
			<td >p/n 520078</td>
			<td>DNA shearing</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Nutator plate mixer</td>
			<td >BD Diagnostics</td>
			<td >p/n 421105 or equivalent</td>
			<td>Plate Mixer</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >GaIIx</td>
			<td >Illumina</td>
			<td ></td>
			<td>next generation sequencing machine</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a novel strategy combining array-cgh, whole-exome sequencing and in utero electroporation in rodents to identify causative genes for brain malformations

מומים מולדים המערבות קליפת המוח – המכונה גם מומים של פיתוח בקליפת המוח (MCD) — הם גורמים חשובים מוגבלות ועל חשבון עבור 20-40% של אפילפסיה עמידים לתרופות בילדות. הדמיה מוחית ברזולוציה גבוהה הנחתה ויוו זיהוי של קבוצה גדולה של פנוטיפים MCD. למרות ההתקדמות הדמיה מוחית, אנליזה גנומית, דור של מודלים בעלי חיים, זרימת עבודה פשוטה כדי לקבוע עדיפויות באופן שיטתי של המועמד גנים, כדי לבדוק את ההשפעות פונקציונלי של מוטציות בשם חסר. כדי להתגבר על בעיה זו, אסטרטגיית ניסיוני המאפשרים הזיהוי של הרומן גנים סיבתי עבור MCD פיתח, לאמת. אסטרטגיה זו מבוסס על זיהוי אזורים גנומית המועמד או גנים באמצעות מערך-CGH או כל-exome רצף ואפיון את ההשפעות של איון שלהם או של ביטוי של מוטציות ספציפיות בפיתוח המוח מכרסמים באמצעות בתוך הרחם אלקטרופורציה. גישה זו הובילה הזיהוי של הגן C6orf70 , קידוד עבור חלבון בשם vesicular, בפתוגנזה של הטרוטופיה קשרי periventricular, MCD הנגרמת על ידי הגירה העצבית פגומה.

האסטרטגיה הניסיונית נועדה לזהות גנים סיבתי הרומן של MCD היא recapitulated באיור1.
על ידי ביצוע מערך-CGH במדגם של 155 חולים עם הפרעות התפתחותיות במוח variably המשלב PNH (איור 2 א), כפיס המוח dysgenesis, colpocephaly, אסטרוציטומה hypoplasia and polymicrogyria הקשור?...

Watch this Scientific Journal Video about A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations at Jo

A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations

Periventricular קשרי הטרוטופיה (PNH) היא הצורה הנפוצה ביותר של מום ההתפתחות בקליפת המוח (MCD) בבגרות אבל את הבסיס הגנטי שלה אינו ידוע במקרים ספורדיים ביותר. לאחרונה פיתחנו אסטרטגיה לזיהוי גנים מועמדים חדשניים עבור MCDs וכדי לאשר ישירות שלהם תפקיד סיבתי בתוך vivo.

אסטרטגיה רומן המשלב מערך-CGH, רצף שלם-exome and בתוך הרחם אלקטרופורציה בחולדות לזיהוי גנים סיבתי של מומים המוח

Birth defects that involve the cerebral cortex &#8212; also known as malformations of cortical development (MCD) &#8212; are important causes of ...

Research

JoVE Journal

Neuroscience

A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations

Combining Behavioral Endocrinology and Experimental Economics: Testosterone and Social Decision Making

שילוב של התנהגות אנדוקרינולוגיה וכלכלה ניסויית: החלטת טסטוסטרון חברתית ביצוע

Behavioral endocrinological research in humans as well as in animals suggests that testosterone plays a key role in social interactions. Studies in ...

In utero Electroporation followed by Primary Neuronal Culture for Studying Gene Function in Subset of Cortical Neurons

In utero Electroporation followed by Primary Neuronal Culture for Studying Gene Function in Subset of Cortical Neurons

ברחם electroporation ואחריו תרבות עצבית ראשונית ללימוד פונקציה ג&#39;ין בתת קבוצה של נוירונים קליפתיים

In vitro study of primary neuronal cultures allows for quantitative analyses of neurite outgrowth. In order to study how genetic alterations affect ...

Combining Transcranial Magnetic Stimulation and fMRI to Examine the Default Mode Network

שילוב של גירוי מגנטי fMRI Transcranial ולבחון את רשת מצב ברירת מחדל

The default mode network is a group of brain regions that are active when an individual is not focused on the outside world and the brain is at "wakeful ...

Efficient Gene Delivery into Multiple CNS Territories Using In Utero Electroporation

Efficient Gene Delivery into Multiple CNS Territories Using In Utero Electroporation

ג&#39;ין אספקה ​​יעילה לתוך השטחים CNS מרובים באמצעות בתוך הרחם Electroporation

The ability to manipulate gene expression is the cornerstone of modern day experimental embryology, leading to the elucidation of multiple developmental ...

Mouse in Utero Electroporation: Controlled Spatiotemporal Gene Transfection

Mouse in Utero Electroporation: Controlled Spatiotemporal Gene Transfection

עכבר בתוך הרחם Electroporation: ג&#39;ין מבוקרת transfection Spatiotemporal

In order to understand the function of genes expressed in specific region of the developing brain, including signaling molecules and axon guidance ...

Visualization and Genetic Manipulation of Dendrites and Spines in the Mouse Cerebral Cortex and Hippocampus using In utero Electroporation

Visualization and Genetic Manipulation of Dendrites and Spines in the Mouse Cerebral Cortex and Hippocampus using In utero Electroporation

להדמיה מניפולציה גנטית של דנדריטים עם קוצים בקליפת עכבר היפוקמפוס מוחין באמצעות<em&gt; ברחם</em&gt; Electroporation

In utero electroporation (IUE) has become a powerful technique to study the development of different regions of the embryonic nervous system 1-5. To date ...

Generation of Topically Transgenic Rats by In utero Electroporation and In vivo Bioluminescence Screening

Generation of Topically Transgenic Rats by In utero Electroporation and In vivo Bioluminescence Screening

דור של חולדות למריחה מהונדסים על ידי<em&gt; ברחם</em&gt; Electroporation ו<em&gt; בvivo</em&gt; הקרנת פליטת אור

 In utero electroporation (IUE) is a technique which allows genetic modification of cells in the brain for investigating neuronal development. So far, the ...

Deep Brain Stimulation with Simultaneous fMRI in Rodents

גירוי מוחי עמוק עם fMRI סימולטני במכרסמים

In order to visualize the global and downstream neuronal responses to deep brain stimulation (DBS) at various targets, we have developed a protocol for ...

Combining Double Fluorescence In Situ Hybridization with Immunolabelling for Detection of the Expression of Three Genes in Mouse Brain Sections

Combining Double Fluorescence In Situ Hybridization with Immunolabelling for Detection of the Expression of Three Genes in Mouse Brain Sections

שילוב קרינה זוגית<em&gt; באתרו</em&gt; כלאה עם Immunolabelling עבור איתור של הביטוי של שלושה גנים בסעיפי מוח עכבר

Detection of gene expression in different types of brain cells e.g., neurons, astrocytes, oligodendrocytes, oligodendrocyte precursors and microglia, can ...

In Utero Electroporation Approaches to Study the Excitability of Neuronal Subpopulations and Single-cell Connectivity

In Utero Electroporation Approaches to Study the Excitability of Neuronal Subpopulations and Single-cell Connectivity

ברחם Electroporation גישות לחקר רגישות של העצבית subpopulations וקישוריות תא יחיד

The nervous system is composed of an enormous range of distinct neuronal types. These neuronal subpopulations are characterized by, among other features, ...