Name: a web tool for generating high quality machine-readable biological pathways
Uploaded: 2017-02-08T12:30:00
Duration: 8 min 1 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways at JoVE.com

Авторы выражают благодарность Канадского института исследований в области здравоохранения (CIHR) и генома Альберта, разделение генома Канады, за финансовую поддержку.

<ol>
	<li>Michal, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+representation+of+metabolic+pathways.">On representation of metabolic pathways.</a> Biosystems. 47 (1-2), 1-7 (1998).</li><li>Kanehisa, M., Sato, Y., Kawashima, M., Furumichi, M., Tanabe, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KEGG+as+a+reference+resource+for+gene+and+protein+annotation.">KEGG as a reference resource for gene and protein annotation.</a> Nucleic Acids Res. 44 (D1), D457-D462 (2016).</li><li>Karp, P., Riley, M., Paley, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+MetaCyc+Database.">The MetaCyc Database.</a> Nucleic Acids Res. 30 (1), 59-61 (2002).</li><li>Kelder, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=WikiPathways:+building+research+communities+on+biological+pathways.">WikiPathways: building research communities on biological pathways.</a> Nucleic Acids Res. 40 (Database issue), D1301-D1307 (2011).</li><li>Croft, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Reactome+pathway+knowledgebase).">The Reactome pathway knowledgebase).</a> Nucleic Acids Res. 42 (Database issue), D472-D477 (2014).</li><li>Karp, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathway+Tools+version+13.0:+integrated+software+for+pathway/genome+informatics+and+systems+biology.">Pathway Tools version 13.0: integrated software for pathway/genome informatics and systems biology.</a> Brief Bioinform. 11 (1), 40-79 (2010).</li><li>Van Iersel, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Presenting+and+exploring+biological+pathways+with+PathVisio.">Presenting and exploring biological pathways with PathVisio.</a> BMC Bioinformatics. 9, 399 (2008).</li><li>Demir, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+BioPAX+community+standard+for+pathway+data+sharing.">The BioPAX community standard for pathway data sharing.</a> Nat. Biotechnol. 28 (9), 935-942 (2010).</li><li>Shannon, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytoscape:+A+Software+Environment+for+Integrated+Models+of+Biomolecular+Interaction+Networks.">Cytoscape: A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction Networks.</a> Genome Res. 13 (11), 2498-2504 (2003).</li><li>Salomonis, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GenMAPP+2:+new+features+and+resources+for+pathway+analysis.">GenMAPP 2: new features and resources for pathway analysis.</a> BMC Bioinformatics. 8, 217 (2007).</li><li>Elliott, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PathCase:+pathways+database+system.">PathCase: pathways database system.</a> Bioinformatics. 24 (21), 2526-2533 (2008).</li><li>Hu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=VisANT+3.0:+new+modules+for+pathway+visualization,+editing,+prediction+and+construction.">VisANT 3.0: new modules for pathway visualization, editing, prediction and construction.</a> Nucleic Acids Res. 35 (Web Server), W625-W632 (2007).</li><li>Jewison, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SMPDB+2.0:+Big+Improvements+to+the+Small+Molecule+Pathway+Database.">SMPDB 2.0: Big Improvements to the Small Molecule Pathway Database.</a> Nucleic Acids Res. 42 (D1), D478-D484 (2013).</li><li>Pon, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathways+with+PathWhiz.">Pathways with PathWhiz.</a> Nucleic Acids Res. 43 (W1), W552-W559 (2015).</li><li>Sajed, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ECMDB+2.0:+A+richer+resource+for+understanding+the+biochemistry+of+E.+coli.">ECMDB 2.0: A richer resource for understanding the biochemistry of E. coli.</a> Nucleic Acids Res. 44 (D1), D495-D501 (2015).</li><li>Wishart, D., Mandal, R., Stanislaus, A., Ramirez-Gaona, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer+Metabolomics+and+the+Human+Metabolome+Database.">Cancer Metabolomics and the Human Metabolome Database.</a> Metabolites. 6 (1), 10 (2016).</li><li>Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+local+alignment+search+tool.">Basic local alignment search tool.</a> J. Mol. Biol. 215 (3), 403-410 (1990).</li><li>Le Novere, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Systems+Biology+Graphical+Notation.">The Systems Biology Graphical Notation.</a> Nat. Biotechnol. 27 (8), 735-741 (2009).</li><li>Hucka, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+systems+biology+markup+language+(SBML):+a+medium+for+representation+and+exchange+of+biochemical+network+models.">The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models.</a> Bioinformatics. 19 (4), 524-531 (2003).</li></ol>

Авторы не имеют ничего раскрывать.

Протокол, описанный здесь, для создания простой путь метаболизма (ЦТК) может быть выполнен с возможностью создания разнообразных машиночитаемых, биологически сложными путями для любых видов. Кроме того, этот протокол также описывает, как можно копировать или распространять существующие пути, созданные другими пользователями. Построение пути с помощью этого инструмента требует повторных шаг за шагом дополнения реакций, взаимодействий, процессов переноса и подразделам путей, каждый из которых соединены перекрывающимися элементами. Положив все это вместе позволяет создавать красочные, визуально приятные диаграммы, которые Подготовка в обеспечивают значительную биологическую деталь и полезную биологическую контекст. Описанные в данном протоколе шаги являются относительно простыми, и время, которое требуется, чтобы построить диаграмму тропинка, зависит от размера и сложности пути. С небольшим количеством практики, большинство людей может сделать схему высокого качества, тропинка, состоящий из 15-20 реакций или обрабатываетг несколько клеточных компонентов в течение примерно 15 мин. Новый пользователь может занять до 30-40 минут, чтобы создать путь аналогичного размера и сложности. Время, необходимое для генерации пути примерно линейна с числом реакций / процессы, которые должны быть отображены. Создание высокого качества пути через этот веб-инструмента зависит от качества и детализации исходного материала (пути от книг, онлайновые базы данных, экспериментальных данных, нарисованные от руки эскизы) и брезгливости по пути &quot;художника&quot;. Те, кто желает, чтобы генерировать более высокие диаграммы качества проводящих путей следует обратить особое внимание на разделы 1.11, 1.15 и 1.20 протокола, поскольку эти разделы описывают создание и редактирование элементов реакции (реагентов / продукты, ферменты, края, изображения, масштабирование коробки, этикетки, и мембраны). Лучшие диаграммы тропинка будет разумно объединить информацию из многих существующих представлений пути как можно в том числе найденных в бooks, плакаты, документы и онлайновые базы данных. Другой ключ к генерации высокого качества пути тщательно проверять правильность реакций перед созданием реакции (через раздел 1.11 протокола). Принимая время и усилия для обеспечения реагентов, продуктов и ферментов, участвующих (многие из которых уже существуют в большой базе данных PathWhiz в) правильны для каждого вида очень важно. Важно также, чтобы быть в курсе клеточное местоположение реакций и включить ключевые клеточные или субклеточные компоненты для того, чтобы обеспечить правильный биологический контекст. Это может быть сделано путем проверки и подтверждающей реакции через онлайновые базы данных, таких как UniProt. Имея всю необходимую информацию под рукой, наряду с грубой, нарисованные от руки эскиз пути, чтобы быть создан значительно уменьшить количество ошибок и общее время, затраченное на рисунок или рендеринга. Как и следовало ожидать, более крупные и сложные пути займет больше времени, чтобы сделать, участнлярно, если требуемые элементы и процессы не являются уже в базе данных PathWhiz в. При работе с большими путями, то, как правило, разумно переключиться из режима автосохранения в ручной режим экономии, чтобы предотвратить длительное отставание между действиями. При репликации пути, количество времени, пользователь может ждать, путь к генерироваться зависит от количества элементов в пути. Большинство путей может быть воспроизведен в приблизительно 1-2 мин. Распространяясь в пути, успешное оказание вновь распространяющейся пути зависит от того, насколько похожи эти два вида являются, как PathWhiz использует BLAST 17 последовательности выполняет поиск , чтобы найти гомологичные ферменты между видами. Более крупные пути, будут медленнее распространяться, так как BLAST, необходимо будет работать на большем количестве ферментов. Попытка распространить путей между существенно разнородными видами (скажем, между дрожжами и человека) приведет к пути, визуализируется с рядом неизвестных белков. Эти &quot;отдаленное&quot; рropagated пути, как правило, требуют дополнительного ручного редактирования. Из-за высокой визуальной природы Тропинка диаграмм и деталей, которые могут быть привлечены к пути, это всегда хорошая идея, чтобы работать на компьютере с достаточно большим экраном (&gt; 20 дюймов или&gt; 50 см) и хорошее подключение к Интернету (&gt; 5 Mbps). Если проблемы с оказанием или обновлении экрана встречаются, пользователь, возможно, придется сделать небольшое количество неисправностей. Если большой, сложный путь занимает слишком много времени для обновления, пользователь, возможно, придется обновить страницу. Если путь не распространяется, как и ожидалось, пользователь, возможно, придется сделать некоторые ручного редактирования, чтобы гарантировать, что все элементы отображаются правильно. Кроме того, в качестве более конкретного примера, если не отображаются элементы реакции, пользователь может иметь, чтобы убедиться, что все элементы или ферменты правильно выбраны, а края не скрыты. &quot;Помощь&quot; ссылка на основной заголовок может оказаться полезным, если возникла проблема. Учебник являетсядоступны на вкладке &quot;Учебное пособие&quot; и руководство пользователя доступны на вкладке &quot;Руководства пользователя&quot;. Как объяснить многие функции инструмента в деталях. Руководство пользователя может использоваться для устранения неполадок или объяснить возможные ограничения для конкретной функции, например, когда пользователь блокирует путь, а затем хочет, чтобы изменить его. Как было отмечено через этот протокол , и через примеры , представленные на прилагаемых чертежах, этот инструмент предлагает ряд уникальных функций , которых нет ни в одном (или большинства) других инструментов рисования пути (см таблицу 1). Во-первых, полностью веб-интерфейсом и полностью независимой от платформы. Во- вторых, он поддерживает визуализацию и легкое поколение разноцветных, биологически сложными, визуально приятный, полностью гиперссылками Тропинка диаграммы , которые также могут быть преобразованы в машиночитаемых форматах (BioPAX, SBGN-ML 18, SBML 19, PWML 14). В-третьих, тропинка диаграммы родовТэд с помощью этого инструмента можно просматривать, поиск, отбор и легко изучить с помощью простой в использовании онлайн базы данных и просмотра интерфейса. В-четвертых, веб-инструмент предназначен для поддержки вклада сообщества токопровода, что позволяет &quot;затрагивающего пути краудсорсинга&quot;, которая поощряет совместное использование и генерацию новых путей и новых элементов пути. Подготовка, генерируемые этим веб-инструмент может быть использован для различных применений. Детализированных, полностью гиперссылке пути могут быть легко интегрированы в базы данных организма специфичные для протеомики, метаболомике или системной биологии приложений. Интернет-доступ к пути особенно полезны для образовательных и учебных целей, так как данные, доступные через веб-изображений часто намного больше, чем то, что могут быть отображены с помощью статического изображения или через единый учебник или журнальной страницы. Этот веб-инструмент также поддерживает генерацию Тропинка представлений, которые больше подходят для печати и публикации.В результате, многие изображения, генерируемые этим веб-инструмент появляются в газетах, плакаты и слайд-презентаций. Экспорт пути в текстовые форматы обмена данными файлов (например, BioPAX и SBML) позволяет пути, сгенерированные с помощью этого веб-сервера для использования непосредственно в вычислительного анализа для биологических систем или приложений обмена веществ моделирования. Распространяясь пути между видами позволяют судить о биологических сделаны процессов, особенно среди тех видов, которые были совсем недавно секвенированы. Хотя не все существующие пути в настоящее время существуют в PathWhiz, его из общедоступной базы данных путь продолжает расти, что привело к появлению новых, толпы источников коллекций пути. Эти коллекции будут не только легко расширяемый до новых видов, они будут надеяться, приведет к более глубокому пониманию их уникальной биологии и биохимии.

Биологические диаграммы проводящих путей, как чертежи для жизни ученых. Они, пожалуй, самые краткие и информативные маршруты, изображающие биологические процессы и контекстные связи между генами, белками и метаболитов. Это происходит потому , что изображения гораздо более эффективно обработаны и часто намного более легко поняты людьми , чем текст 1. Качество, детали, и содержание Тропинка диаграмм может значительно изменяться. Эти различия часто зависят от предполагаемой цели пути и навыки пути художника. Подготовка, созданные для образовательных целей, таких как настенные диаграммы или учебники часто создаются профессиональными художниками. В результате, эти направления в диаграммы гораздо более визуально приятным и предлагают значительно более биологическую деталь с полным изображением метаболит структур, субклеточных компонентов, клеточных структур, тканей и органов. Эти &quot;учебник&quot; представления часто включают в себя подробные примечания икомментарии. С другой стороны, тропинка схемы, предназначенные для интернет-приложений часто приходится жертвовать артистизм и визуальное богатство в пользу упрощенных машиносчитываемых &quot;Электропроводка&quot; диаграмм. Эти каркасные диаграммы более легко изображения нанесены на карту и гиперссылками. Упрощенные схемы проводящих путей являются основой для таких популярных онлайновых баз данных Pathway как KEGG 2, MetaCyc 3, 4, Wikipathways и Reactome 5. Появление баз данных Pathway компьютерных совместимы также привело к появлению компьютеров-совместимых инструментов рисования пути. Другими словами, не надо быть профессиональным художником или профессиональным программистом для создания пригодных к использованию диаграмм пути. Например, тропинка инструменты BioCyc в 6 и PathVisio программное обеспечение Wikipathway в 7 позволяют пользователям свободно создавать и обмениваться машиночитаемые путей в BioPAX 8ай / или HTML формате. Кроме того, существует целый ряд других автономных пакетов бесплатного программного обеспечения , а также коммерческие пакеты , которые поддерживают генерацию различных машиночитаемой, каркасные путей, таких как Cytoscape 9, GenMAPP 10, PathCase 11 и Visant 12. Упрощение интернет Тропинка диаграмм в основном росли от исторических ограничений, найденных во многих веб-браузеров и инструментов веб-рендеринга. Тем не менее, значительные успехи в веб-технологий, которые были сделаны в последние несколько лет. Это позволило предположить, что это может быть возможно генерировать интерактивные, интернет-совместимые диаграммы, Подготовка в которые так же красочные, как эстетически и так же, как биологически полные, как те, что в учебниках. Эта работа привела к развитию PathWhiz. PathWhiz был реализован с использованием Ruby On Rails (http://rubyonrails.org, версия 4.2.0) Веб frameworК включению реляционной базы данных MySQL (https://www.mysql.com, версия 5.1.50) для управления всеми данными Тропинка, включая отношения сущностей, внешние ссылки, описания, спецификации и визуализации химических структур. Веб-клиент передний конец управляется Ruby On Rails в сочетании с Backbone.js (http://backbonejs.org, версия 1.0.0) в качестве веб-рамки переднего плана для редактора. Первоначально разработанный для курирования человека-только в малых Молекула Pathway Database (SMPDB) 13, PathWhiz 14 с тех пор был расширен для поддержки тропинка поколения для многих других организмов , и функционировать в качестве общего затрагивающего пути образа и базы знаний. В частности, этот веб-инструмент позволяет для создания полного спектра биохимических / биологических путей, включая метаболические, взаимодействия белков, молекулярной сигнализации, физиологические и пути наркотиков / болезни. Этот инструмент путь рисунок отличается от большинства другихГенерирующие путь инструмента по трем основным направлениям: 1) это веб-сервер, а не автономный, устанавливаемым пакет программного обеспечения; 2) он поддерживает поспешном генерацию и интерактивную визуализацию химических соединений, белков, нуклеиновых кислот, клеточных мембран, субклеточных структур, тканей и органов; и 3) она позволяет пользователям легко заимствовать, построить или улучшить работу других пользователей, позволяя тем самым &quot;толпы источников&quot; тропинка поколения. В качестве веб-сервера, он имеет ряд преимуществ по сравнению с загружаемыми, для конкретных платформ программных средств. В частности, она совместима с любой платформы, операционной системы и современного веб-браузера. Кроме того, она не требует от пользователя зарегистрироваться, чтобы начать создавать пути (хотя пользователи могут свободно создавать &quot;личный счет&quot; для того, чтобы отслеживать и контролировать доступность путей, которые они создают). Пожалуй, наиболее привлекательной особенностью этого инструмента является количество биологических и биохимических деталей, которые могут быть легко добавлены влюбой путь через палитру предварительно визуализированных изображений и обширную базу данных белков и биохимических данных. Это позволяет как &quot;не-художников&quot; и &quot;не-программисты&quot; легко создавать красочные, эстетически и богато подробные пути, которые являются веб-совместимыми и полностью машиночитаемой. Более детальное сравнение между PathWhiz и другими инструментами рисования пути приведены в таблице 1. Ряд популярных баз данных о жизни науки уже использовали этот путь рисования инструмент для создания конкретной базы данных, интернет, интерактивные диаграммы пути. Например, база данных кишечной палочки Метаболом (ECMDB) 15 недавно обновила свой тропинка библиотеку с более чем 1,650 путей нарисованных используя инструмент на основе веб. Каждый путь в ECMDB теперь отображается как богато цветной, полностью гиперссылке изображение карты с подробными метаболита и структуры белков изображений, а также упрощенной черно-белой KEGG-Lикэ проволоки схема. Это масштабное обновление пути привело к открытию многих промежуточных метаболитов , которые ранее не были включены в другие метаболические палочки Escherichia баз данных. Другие базы данных, такие как база данных человеческого Метаболом (HMDB) 15, а не полагаться только на пути PathWhiz , чтобы изобразить и описать метаболические и сигнальные пути, но и изобразить метаболические изменения , связанные с такими заболеваниями, как рак. HMDB в настоящее время включает в себя 101 метаболических путей, 376 путей действия препарата, 233 связанных с заболеванием путей и 16 сигнальных путей, все сгенерированные через этот веб-инструмент. Следующий протокол подробно описывает, как PathWhiz могут быть легко использованы для создания, репликации и распространять биохимические пути для различных целей и приложений.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="501">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:189px;">Computer with colour screen</td>
			<td style="width:63px;">N/A</td>
			<td style="width:104px;">N/A</td>
			<td style="width:147px;">&#160;&#62;20 inches or &#62;50 cm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:189px;">Internet connection&#160;</td>
			<td style="width:63px;">N/A</td>
			<td style="width:104px;">N/A</td>
			<td>&#62;5 mbps</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:189px;">Modern web browser&#160;</td>
			<td style="width:63px;">N/A</td>
			<td style="width:104px;">N/A</td>
			<td>Google Chrome (v. 31 and above), Internet Explorer (v. 9 and above), Safari (v. 7 and above), Opera (v. 15 and above) and Firefox (v. 23 and above)</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a web tool for generating high quality machine-readable biological pathways

PathWhiz является веб-сервер построен для облегчения создания красочных, интерактивных, визуально приятный путь, который диаграммы богаты биологической информации. Пути, генерируемые этим интернет-приложения являются машиночитаемой и полностью совместим с практически во всех веб-браузеров и компьютерных операционных систем. Он использует специально разработанный, веб-интерфейс включен тропинка для рисования, который позволяет выбирать и размещение различных комбинаций предварительно нарисованные биологических или биохимических субъектов изображать реакцию, взаимодействия, процессы переноса и связывания событий. Эта палитра сущностей состоит из химических соединений, белков, нуклеиновых кислот, клеточных мембран, субклеточных структур, тканей и органов. Все визуальные элементы в нем можно в интерактивном режиме регулировать и настраивать. Кроме того, поскольку этот инструмент является веб-сервер, все пути и тропинка элементы являются доступными для общественности. Такого рода пути &quot;краудсорсинга&quot; означает, что PathWhizуже содержит большой и быстро растущей коллекции ранее нарисованных путей и Pathway элементов. Здесь мы опишем протокол для быстрого и легкого создания новых путей и изменения существующих путей. Для дальнейшего облегчения редактирования пути и создания, инструмент содержит репликации и распространения функций. Функция репликации позволяет существующие пути, которые будут использоваться в качестве шаблонов для создания и редактирования новых путей. Функция распространения позволяет взять существующий путь и автоматически распространять ее по различным видам. Подготовка, созданные с помощью этого инструмента может быть &quot;повторно стиле&quot; в различных форматах (KEGG типа или текст книги, как), окрашенного разного происхождения, экспортируемой в BioPAX, SBGN-ML, SBML или форматов обмена данными PWML, а также загрузить в PNG или SVG изображений. Пути могут быть легко включены в онлайновые базы данных, интегрированные в презентации, плакаты или публикации, или используются исключительно для онлайн визуализации и разведки. Это прotocol был успешно применен для создания более 2000 диаграмм, Подготовка в которых сейчас можно найти во многих онлайновых баз данных, в том числе HMDB, DrugBank, SMPDB и ECMDB.

Watch this Scientific Journal Video about A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways at JoVE.com

A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways

PathWhiz является всеобъемлющим, онлайн путь рисования инструмент для создания биохимических и биологических путей. Он использует общедоступные базы данных и легко расширяемой палитр, состоящие из предварительно нарисованных компонентов пути. Этот протокол описывает, как легко создавать новые пути, копировать и редактировать существующие пути, и распространять ранее нарисованные пути для различных организмов.

Веб-инструмент для создания высокого качества в машиночитаемой форме биологических путей

PathWhiz is a web server built to facilitate the creation of colorful, interactive, visually pleasing pathway diagrams that are rich in biological ...

Research

JoVE Journal

Biology

A Gradient-generating Microfluidic Device for Cell Biology

Градиент генерирующих микрожидкостных Устройство для клеточной биологии

 The fabrication and operation of a gradient-generating microfluidic device for studying cellular behavior is described.  A microfluidic platform is an ...

A Neuronal and Astrocyte Co-Culture Assay for High Content Analysis of Neurotoxicity

Нейронов и астроцитов сотрудничеству культуры Пробирной высоких Анализ содержания Нейротоксичность

High Content Analysis (HCA) assays combine cells and detection reagents with automated imaging and powerful image analysis algorithms, allowing ...

Lensless On-chip Imaging of Cells Provides a New Tool for High-throughput Cell-Biology and Medical Diagnostics

Безлинзовой на кристалле изображений клеток обеспечивает новый инструмент для высокой пропускной Cell-биологии и медицинской диагностики

Conventional optical microscopes image cells by use of objective lenses that work together with other lenses and optical components. While quite ...

Quantification of dsDNA using the Hitachi F-7000 Fluorescence Spectrophotometer and PicoGreen Dye

Количественная оценка дцДНК использованием Hitachi F-7000 Флуоресцентный спектрофотометр и PicoGreen Dye

Quantification of DNA, especially in small concentrations, is an important task with a wide range of biological applications including standard molecular ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

Неинвазивный метод отбора проб волос для получения высоких ДНК Качество от Неуловимый мелких млекопитающих

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Absolute Quantum Yield Measurement of Powder Samples

Абсолютный квантовый выход Измерение порошковых проб

Measurement of fluorescence quantum yield has become an important tool in the search for new solutions in the development, evaluation, quality control and ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Использование МЭСМ последовательности арест как средство изолировать Рибосома связанных полипептидов

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Генерация высших шаблона ДНК хроматина Качество Иммунопреципитация для высокопроизводительного секвенирования (чип-след)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

High Throughput Microinjections of Sea Urchin Zygotes

Высокая пропускная Микроинъекции из морского ежа зиготы

Microinjection into cells and embryos is a common technique that is used to study a wide range of biological processes. In this method a small amount of ...

siRNA Screening to Identify Ubiquitin and Ubiquitin-like System Regulators of Biological Pathways in Cultured Mammalian Cells

миРНК Скрининг для идентификации Убиквитин и Убиквитин-подобной системе регуляторов биологических путей в культивируемых клетках млекопитающих

Post-translational modification of proteins with ubiquitin and ubiquitin-like molecules (UBLs) is emerging as a dynamic cellular signaling network that ...