Name: a web tool for generating high quality machine-readable biological pathways
Uploaded: 2017-02-08T12:30:00
Duration: 8 min 1 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways at JoVE.com

Yazarlar mali destek, Sağlık Araştırması (CIHR) ve Genom Alberta, Genom Kanada &#39;nın bir bölümü Kanada Enstitüleri teşekkür etmek istiyorum.

<ol>
	<li>Michal, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+representation+of+metabolic+pathways.">On representation of metabolic pathways.</a> Biosystems. 47 (1-2), 1-7 (1998).</li><li>Kanehisa, M., Sato, Y., Kawashima, M., Furumichi, M., Tanabe, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KEGG+as+a+reference+resource+for+gene+and+protein+annotation.">KEGG as a reference resource for gene and protein annotation.</a> Nucleic Acids Res. 44 (D1), D457-D462 (2016).</li><li>Karp, P., Riley, M., Paley, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+MetaCyc+Database.">The MetaCyc Database.</a> Nucleic Acids Res. 30 (1), 59-61 (2002).</li><li>Kelder, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=WikiPathways:+building+research+communities+on+biological+pathways.">WikiPathways: building research communities on biological pathways.</a> Nucleic Acids Res. 40 (Database issue), D1301-D1307 (2011).</li><li>Croft, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Reactome+pathway+knowledgebase).">The Reactome pathway knowledgebase).</a> Nucleic Acids Res. 42 (Database issue), D472-D477 (2014).</li><li>Karp, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathway+Tools+version+13.0:+integrated+software+for+pathway/genome+informatics+and+systems+biology.">Pathway Tools version 13.0: integrated software for pathway/genome informatics and systems biology.</a> Brief Bioinform. 11 (1), 40-79 (2010).</li><li>Van Iersel, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Presenting+and+exploring+biological+pathways+with+PathVisio.">Presenting and exploring biological pathways with PathVisio.</a> BMC Bioinformatics. 9, 399 (2008).</li><li>Demir, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+BioPAX+community+standard+for+pathway+data+sharing.">The BioPAX community standard for pathway data sharing.</a> Nat. Biotechnol. 28 (9), 935-942 (2010).</li><li>Shannon, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytoscape:+A+Software+Environment+for+Integrated+Models+of+Biomolecular+Interaction+Networks.">Cytoscape: A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction Networks.</a> Genome Res. 13 (11), 2498-2504 (2003).</li><li>Salomonis, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GenMAPP+2:+new+features+and+resources+for+pathway+analysis.">GenMAPP 2: new features and resources for pathway analysis.</a> BMC Bioinformatics. 8, 217 (2007).</li><li>Elliott, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PathCase:+pathways+database+system.">PathCase: pathways database system.</a> Bioinformatics. 24 (21), 2526-2533 (2008).</li><li>Hu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=VisANT+3.0:+new+modules+for+pathway+visualization,+editing,+prediction+and+construction.">VisANT 3.0: new modules for pathway visualization, editing, prediction and construction.</a> Nucleic Acids Res. 35 (Web Server), W625-W632 (2007).</li><li>Jewison, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SMPDB+2.0:+Big+Improvements+to+the+Small+Molecule+Pathway+Database.">SMPDB 2.0: Big Improvements to the Small Molecule Pathway Database.</a> Nucleic Acids Res. 42 (D1), D478-D484 (2013).</li><li>Pon, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathways+with+PathWhiz.">Pathways with PathWhiz.</a> Nucleic Acids Res. 43 (W1), W552-W559 (2015).</li><li>Sajed, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ECMDB+2.0:+A+richer+resource+for+understanding+the+biochemistry+of+E.+coli.">ECMDB 2.0: A richer resource for understanding the biochemistry of E. coli.</a> Nucleic Acids Res. 44 (D1), D495-D501 (2015).</li><li>Wishart, D., Mandal, R., Stanislaus, A., Ramirez-Gaona, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer+Metabolomics+and+the+Human+Metabolome+Database.">Cancer Metabolomics and the Human Metabolome Database.</a> Metabolites. 6 (1), 10 (2016).</li><li>Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+local+alignment+search+tool.">Basic local alignment search tool.</a> J. Mol. Biol. 215 (3), 403-410 (1990).</li><li>Le Novere, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Systems+Biology+Graphical+Notation.">The Systems Biology Graphical Notation.</a> Nat. Biotechnol. 27 (8), 735-741 (2009).</li><li>Hucka, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+systems+biology+markup+language+(SBML):+a+medium+for+representation+and+exchange+of+biochemical+network+models.">The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models.</a> Bioinformatics. 19 (4), 524-531 (2003).</li></ol>

Yazarlar ifşa hiçbir şey yok.

Basit bir metabolik yol (TCA döngüsü) oluşturmak için açıklanan protokol herhangi bir türden, makine tarafından okunabilir, biyolojik olarak karmaşık yolların geniş bir çeşitlilik oluşturmak için adapte edilebilir. Ayrıca, bu protokol aynı zamanda bir çoğaltmak veya diğer kullanıcılar tarafından oluşturulan mevcut yollar yaymak açıklanır. Bu aracı kullanarak bir yol oluşturma unsurları üst üste ile bağlı her biri reaksiyonlar, etkileşimleri, taşıma süreçleri ve alt yollar tekrarlanan adım adım eklemeler gerektirir. Tüm bunlar koyarak birlikte bir hayli biyolojik detay ve kullanışlı biyolojik bağlam sağlayan renkli, görsel olarak hoş yolu diyagramlar oluşturmak için olanak sağlar. Bu protokol açıklanan adımlar nispeten basit ve bir yolu diyagramı oluşturmak için gereken süre yolunun büyüklüğüne ve karmaşıklığına bağlıdır. uygulama biraz, en bireyler 15-20 reaksiyonlar oluşan yüksek kaliteli yolu şeması işlemek veya bir işler yapabilirsinizYaklaşık 15 dakika içinde d çeşitli hücresel bileşenler. Yepyeni bir kullanıcı benzer boyut ve karmaşıklık bir yol oluşturmak için 30-40 dk kadar sürebilir. bir yol oluşturmak için gereken zaman reaksiyonlar / render gereken işlemlerin sayısı ile kabaca doğrusal olduğunu. Bu web tabanlı aracıyla yüksek kalitede yolu oluşturma kalite ve detay kaynak materyal (kitap, çevrimiçi veri tabanları, deneysel veriler, elle çizilmiş eskizler gelen yollar) ve yolu &quot;sanatçı&quot; titizlik bağlıdır. bu bölümler reaksiyon elemanları (reaktanlar / ürünler, enzimler, kenarları, resimler, yakınlaştırma kutuları, etiket oluşturma ve düzenleme tarif beri yüksek kalitede yolu şemaları, bölümler 1.11, 1.15 ve protokolün 1.20 özellikle dikkat etmelidir oluşturmak isteyenler, ve membranlar). En iyi yolu şemaları akıllıca b bulunanlar da dahil olmak üzere mümkün yolun birçok mevcut temsilleri bilgi tevhit olacakooks, posterler, kağıtlar ve çevrimiçi veri tabanları. yüksek kaliteli yolları üreten bir diğer önemli dikkatlice (bölüm protokolünün 1.11) aracılığıyla bir reaksiyon oluşturmadan önce reaksiyonların doğruluğunu kontrol ediyor. Her tür için doğru (zaten PathWhiz en büyük veritabanında varolan çoğu) ilgili zaman ve reaktifler, ürünleri sağlamak için çaba ve enzimleri vardır alarak çok önemlidir. Reaksiyonlar, hücresel konumda farkında olması ve doğru biyolojik içerik sağlamak için önemli hücresel ya da hücre içi bileşenleri dahil edilmesi de önemlidir. Bu kontrol ve UniProt gibi online veri tabanları ile reaksiyonu doğrulayan yapılabilir. büyük ölçüde hataları azaltacaktır oluşturulacak yolun kaba, elle çizilmiş kroki ve çizim ya da render için harcanan toplam zaman ile birlikte eldeki tüm gerekli bilgileri, sahip. Tahmin edilebileceği gibi, daha büyük ve daha karmaşık yollar, partic işlemek için daha uzun sürerdurum daha ziyade istenen elemanları ve süreçleri PathWhiz veri tabanında zaten değilse. Büyük yollar ile çalışırken, eylemler arasında uzun gecikme önlemek için, tasarrufu modunda Kılavuzuna kaydetme moduna geçmek için genellikle akıllıca olacaktır. bir yol çoğaltma yapılırken oluşturulacak yolu yolundaki elemanların sayısına bağlıdır, zamanın miktarı kullanıcı beklemek olabilir. Çoğu yollar yaklaşık 1-2 dakika içinde çoğaltılabilir. Bir yol yayılan zaman PathWhiz BLAST 17 dizi türler arasında homolog enzimleri bulmak için arama kullanır gibi, yeni yayılır yolun başarılı render, iki tür ne kadar benzer bağlıdır. BLAST enzimlerin daha fazla sayıda çalıştırmak gerekir, çünkü büyük yollar yaymak için yavaş olacaktır. önemli ölçüde farklı türler arasındaki yollar yaymak (maya ve insanlar arasında ki) girişiminde yolları bilinmeyen proteinlerin bir dizi ile işlenmiş neden olacaktır. Bu &quot;uzaktan&quot; sropagated yollar genellikle ek manuel düzenleme gerektirir. Nedeniyle yolu diyagramlar ve bir yol getirilebilir detay son derece görsel doğası, onu (&gt; 20 inç veya&gt; 50 cm) oldukça büyük bir ekrana sahip bir bilgisayar ve iyi bir internet bağlantısı çalışmak için iyi bir fikirdir (&gt; 5 mbps). render veya ekran ferahlatıcı problemler karşılaşılan, kullanıcı sorun giderme küçük bir miktar yapmak zorunda kalabilirsiniz. Bir büyük, karmaşık yolu güncellemek için çok uzun sürerse, kullanıcı sayfayı yenilemeniz gerekebilir. beklendiği gibi bir yol yaymak etmezse, kullanıcı tüm öğelerin düzgün görüntülenmesini sağlamak için bazı manuel düzenleme yapmak zorunda kalabilirsiniz. bir tepki unsurları görüntülenmez Ayrıca, daha spesifik bir örnek olarak, kullanıcı tüm elemanlar veya enzimler düzgün seçilir ve kenarları gizli olmadığından emin olmak gerekebilir. Bir sorunla karşılaşılırsa, ana başlığında &quot;Yardım&quot; bağlantısını yararlı olabilir. Bir öğretici olduğunu&quot;Öğretici&quot; sekmesine ve kullanım kılavuzu altında bulunan &quot;Kullanıcı Kılavuzları&quot; sekmesi altında mevcuttur. Hem detaylı aracın özellikleri birçok açıklar. Kılavuzu sonra böyle bir kullanıcı bir yol kilitler olduğu gibi belirli bir özellik için potansiyel sınırlamaları gidermek ya da açıklamak için kullanılabilir ve kullanıcı düzenlemek istemektedir. Bu protokol ile ve ekteki şekillerde sağlanan örnekler aracılığıyla vurgulandığı gibi, bu araç herhangi bir (veya çoğu) diğer yolu çizim araçları (bakınız Tablo 1) bulunmayan eşsiz bir dizi özellik sunuyor. Birincisi, tamamen web tabanlı ve tamamen platform bağımsızdır. İkincisi, aynı zamanda makine tarafından okunabilir formatlarda (BioPAX, SBGN-ML 18, SBML 19 PWML 14) dönüştürülebilir renkli, biyolojik kompleks, görsel olarak hoş, tam köprü yolu diyagramlar oluşturulmasını ve kolay oluşumunu destekler. Üçüncü olarak, yol diyagramları cinslerBu araç ile ted, arama, göz seçilmiş ve kolayca online veritabanına kolay kullanımlı ve görüntüleme arayüzü üzerinden keşfedilebilir. Dördüncü olarak, web aracı yeni yollar ve yeni yolu elemanlarının paylaşımı ve üretilmesini teşvik eder &quot;yolu kalabalık kaynak&quot; için izin toplum yolu katkıları desteklemek için tasarlanmıştır. Bu web tabanlı araç tarafından oluşturulan Mesleki çeşitli uygulamalar için de kullanılabilir. Zengin detaylı, tam köprü yolları kolayca proteomik, metabolomik veya sistem biyolojisi uygulamaları için organizma özgü veritabanları entegre edilebilir. web tabanlı görüntüler üzerinden mevcut ayrıntılar genellikle statik bir resim yoluyla veya tek bir ders kitabı ya da dergi sayfası üzerinden görüntülenebilir olandan çok daha büyük olduğu gibi Internet erişimli yollar, eğitim ve öğretim amaçlı özellikle yararlıdır. Bu web tabanlı araç aynı zamanda baskı ve yayın için daha uygundur yolu temsilleri oluşumunu destekler.Sonuç olarak, bu web tabanlı bir araç tarafından oluşturulan birçok resim kağıtları, posterler ve slayt sunumları ortaya çıkıyor. Bu web sunucusu kullanılarak oluşturulan yollar sistem biyolojisi veya metabolik modelleme uygulamaları için hesaplamalı analizde doğrudan kullanılmak üzere (örneğin BioPAX ve SBML gibi) metin tabanlı veri alışverişi dosya biçimleri içine İhracat yollar sağlar. çıkarımlar türler arasındaki yollar sağlar propaganda özellikle çok yakın zamanda sıralı olan bu türler arasında, biyolojik süreçler hakkında yapılacak. tüm mevcut yolları halen PathWhiz var iken, kamu yolu veritabanı yeni kitle kaynaklı yolu koleksiyonları ortaya çıkmasına yol açan, büyümeye devam ediyor. Bu koleksiyonlar sadece umarım onların eşsiz biyoloji ve biyokimya daha derin bir anlayışa yol açacaktır, yeni türlerin kolayca uzatılabilir olmayacaktır.

Biyolojik yolu şemaları yaşam bilim adamları için planları gibidir. Onlar belki de biyolojik süreçleri ve genler, proteinler ve metabolitler arasında bağlamsal bağlantıları gösteren en özlü ve bilgilendirici yolları vardır. Görüntüler çok daha verimli bir ve genellikle çok daha kolay bir metin 1 den, bizler olmasıdır. yolu diyagramlar kalitesi, detay ve içerik önemli ölçüde değişebilir. Bu farklılıklar genellikle yolun amacına ve yolu sanatçının becerilerine bağlıdır. Böyle duvar çizelgeleri veya ders kitapları gibi eğitim amaçlı oluşturulan facebook genellikle profesyonel sanatçılar tarafından oluşturulur. Sonuç olarak, bu yolu şemaları çok daha görsel olarak hoş ve metabolit yapıların tam tasvirleri, hücre içi bileşenleri, hücre yapıları, dokular ve organlar ile çok daha biyolojik detay sunuyoruz. Bu &quot;ders kitabı&quot; temsiller genellikle ayrıntılı notlar içermektedir veyorumların. Öte yandan, internet uygulamaları için tasarlanmış yolu şemaları genellikle basitleştirilmiş makine tarafından okunabilir &quot;kablolama&quot; diyagramlar lehine sanatı ve görsel zenginlik feda etmek zorunda. Bu tel kafes şemaları daha kolay görüntü eşlenen ve köprü bulunmaktadır. Basitleştirilmiş yolu şemaları KEGG 2, MetaCyc 3, Wikipathways 4, ve Reactome 5 gibi popüler çevrimiçi yolu veritabanlarına temelini oluşturur. Bilgisayar uyumlu yolu veritabanı çıkışı da, bilgisayarla uyumlu bir yol çizim araçları görünümünü yol açmıştır. Başka bir deyişle, bir profesyonel sanatçı ya da kullanışlı yolu diyagramlar oluşturmak için profesyonel bir programcı olmak zorunda değildir. Örneğin, BioCyc en Yol araçları 6 ve Wikipathway en PathVisio yazılımı 7 kullanıcıları özgürce oluşturmak ve BioPAX 8 hisse makine tarafından okunabilir yolları için izinnd / veya HTML formatında. Ayrıca, bir diğer stand-alone ücretsiz paketlerinin sayısı yanı sıra ticari paketler 11 PathCase gibi Cytoscape 9, GenMAPP 10 gibi çeşitli makine tarafından okunabilir, tel çerçeve yollarının oluşturulmasını destekleyen ve VisANT 12 vardır. İnternet yolu diyagramlar sadeleştirme büyük ölçüde birçok web tarayıcıları ve web tabanlı render araçları bulunan tarihi sınırlamalar büyüdü. Bununla birlikte, ağ teknolojileri önemli gelişmeler son birkaç yıl içinde yapılmıştır. Gibi estetik ve ders kitaplarında bulunanlara kadar biyolojik tamamlanmış gibi renkli interaktif internet uyumlu yolu diyagramlar oluşturmak mümkün olabileceğini öne sürdü. Bu çalışma PathWhiz gelişmesine yol açmıştır. PathWhiz Ruby on bir Ruby (http://rubyonrails.org, sürüm 4.2.0) web framewor kullanılarak gerçekleştirilmiştirvarlık ilişkileri, dış referanslar, açıklamaları, görselleştirme özellikleri ve kimyasal yapıları da dahil olmak üzere yolu verilerinin tüm yönetmek için MySQL ilişkisel veritabanı (https://www.mysql.com, sürüm 5.1.50) içeren k. ön uç web istemcisi editörü ön uç web framework olarak backbone.js (http://backbonejs.org, sürüm 1.0.0) ile birlikte Ruby on Rails tarafından kontrol edilir. Başlangıçta insan sadece Küçük Molekül Yolu Veritabanı (SMPDB) 13 küratörlüğünde için geliştirilmiş, PathWhiz 14 yana birçok diğer organizmalar için yolun nesil desteklemek ve genel yolu görüntü ve bilgi veritabanı olarak işlev uzatıldı. Özellikle, bu web aracı metabolik protein etkileşimi, moleküler sinyalizasyon, fizyolojik ve ilaç / hastalık yollar dahil biyokimyasal / biyolojik yolların dizi oluşturulmasını sağlar. Bu yol çizim aracı diğer birçok farklıüç ana yollardan yolu üreten araçları: 1) oldukça bir stand-alone, kurulabilir yazılım paketi daha bir web sunucusu; 2) basit üretimi ve kimyasal bileşikler, proteinler, nükleik asitler, hücre membranları, hücre içi yapılarda, doku ve organların etkileşimli görselleştirme destekler; ve 3) kullanıcıların kolayca, ödünç böylece &quot;kitle kaynaklı&quot; yolu nesil izin inşa etmek ya da diğer kullanıcıların çalışmalarına geliştirmek için olanak sağlar. Bir web sunucusu olarak, indirilebilir, platforma özel yazılım araçları üzerinde birçok avantajı vardır. Özellikle, herhangi bir platform, işletim sistemi ve modern bir web tarayıcısı ile uyumludur. Ayrıca, (kullanıcılar özgürce izlemek ve oluşturdukları yolların erişilebilirliğini kontrol etmek için bir &quot;özel hesap&quot; oluşturabilir olsa) bir yol oluşturmaya başlamak için kayıt kullanıcının gerektirmez. Belki de bu aracın en çekici özelliği kolayca eklenebilir biyolojik ve biyokimyasal ayrıntı miktarıönceden işlenen görüntülerin bir palet, protein ve biyokimyasal verilerin geniş bir veri tabanı üzerinden herhangi bir yolu. Bu, hem &quot;non-sanatçı&quot; ve &quot;non-programcılar&quot; kolayca web uyumlu ve tamamen makine tarafından okunabilir olan renkli estetik ve zengin detaylı yollar oluşturmak için olanak sağlar. PathWhiz ve diğer yol çekme araçları arasında daha ayrıntılı bir karşılaştırması Tablo 1 &#39;de verilmektedir. Popüler yaşam bilimleri veritabanları bir dizi zaten online, interaktif yolu diyagramlar veritabanına özel oluşturmak için bu yolun çizim aracını kullandık. Örneğin, Escherichia coli Metabolome Veritabanı (ECMDB) 15 Son zamanlarda web tabanlı aracı kullanılarak çizilmiş fazla 1.650 yollar ile yolun kütüphanesi güncellendi. ECMDB her yolu şimdi detaylı metaboliti ve protein yapı tasvirleri ile zengin renkli, tam köprü görüntü haritası yanı sıra basitleştirilmiş siyah ve beyaz KEGG-l olarak görüntülenirike tel diyagramı. Bu büyük ölçekli yolu güncelleştirme daha önce diğer Escherichia coli metabolik veritabanları dahil olmasaydı birçok ara metabolitlerin keşfine yol açtı. İnsan Metabolome Veritabanı (HMDB) 15 gibi diğer veritabanları, sadece tasvir ve metabolik ve sinyal yolları tanımlamak için PathWhiz yollar güvenmek değil, aynı zamanda kanser gibi hastalıklarda rol oynayan metabolik değişiklikler tasvir. HMDB anda bu web aracıyla oluşturulan 101 metabolik yolları, 376 uyuşturucu eylem yolları, 233 hastalıkla ilişkili yollar ve 16 sinyal yolları, tümünü içerir. Aşağıdaki protokol PathWhiz kolayca oluşturmak çoğaltmak ve amaçları ve uygulamaları çeşitli biyokimyasal yollar yaymak için kullanılabilir ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="501">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:189px;">Computer with colour screen</td>
			<td style="width:63px;">N/A</td>
			<td style="width:104px;">N/A</td>
			<td style="width:147px;">&#160;&#62;20 inches or &#62;50 cm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:189px;">Internet connection&#160;</td>
			<td style="width:63px;">N/A</td>
			<td style="width:104px;">N/A</td>
			<td>&#62;5 mbps</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:189px;">Modern web browser&#160;</td>
			<td style="width:63px;">N/A</td>
			<td style="width:104px;">N/A</td>
			<td>Google Chrome (v. 31 and above), Internet Explorer (v. 9 and above), Safari (v. 7 and above), Opera (v. 15 and above) and Firefox (v. 23 and above)</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a web tool for generating high quality machine-readable biological pathways

PathWhiz biyolojik bilgi açısından zengin renkli, interaktif, görsel olarak hoş yolu diyagramlar oluşturulmasını kolaylaştırmak için inşa edilmiş bir web sunucusudur. bu online uygulama tarafından oluşturulan yolları makine tarafından okunabilir ve esasen tüm web tarayıcıları ve işletim sistemleri ile tam uyumludur. Bu reaksiyonlar, etkileşimleri, ulaşım süreçleri ve bağlayıcı olayları tasvir etmek için seçimi ve önceden çizilmiş biyolojik veya biyokimyasal kişilerin farklı kombinasyonlar yerleştirilmesini sağlar özel olarak geliştirilmiş, web özellikli yolu çizim arabirimi kullanır. Unsurlar Bu palet kimyasal bileşikler, proteinler, nükleik asitler, hücre membranları, hücre içi yapılarda, doku ve organların oluşur. Bunun görsel öğelerin tümü interaktif ayarlanabilir ve özelleştirilebilir. Bu araç, bir web sunucusu olduğundan Dahası, bütün yollar ve yolu elemanları kamuya erişilebilir. yolunun Bu tür &quot;kalabalık kaynak&quot; olduğunu PathWhiz gelirZaten önceden çizilmiş yollar ve yolu elemanlarının bir hızla geniş ve büyüyen bir koleksiyonu içerir. Burada yeni yolların hızlı ve kolay oluşturulması ve mevcut yolların değiştirilmesi için bir protokol açıklar. ayrıca yolu düzenleme ve oluşturma kolaylaştırmak için, araç çoğaltma ve yayma fonksiyonlarını içerir. çoğaltma işlevi mevcut yolları oluşturmak veya yeni yollar düzenlemek için şablon olarak kullanılabilir sağlar. yayılma fonksiyonu bir varolan yolu izlemesini ve otomatik olarak farklı türler arasında da yaymak için izin verir. Bu araç ile oluşturulan Mesleki olabilir &quot;yeniden tarz&quot; farklı biçimlerde (KEGG benzeri veya metin kitap gibi) BioPAX, SBGN-ML, SBML veya PWML veri alışverişi formatlarını ihraç farklı geçmişlere sahip, renkli ve aynı indirilen içine PNG veya SVG görüntüleri. yollar kolayca sunumlar, poster ya da yayınlar entegre, online veritabanlarına dahil edilebilir veya çevrimiçi görüntüleme ve keşif için özel olarak kullanılabilir. bu protocol başarıyla artık HMDB, drugbank, SMPDB ve ECMDB dahil olmak üzere pek çok online veri tabanlarında bulunan 2.000 yol diyagramları oluşturmak için uygulanmıştır.

Watch this Scientific Journal Video about A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways at JoVE.com

A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways

PathWhiz biyokimyasal ve biyolojik yollar üretmek için kapsamlı bir çevrimiçi yolu çizim aracıdır. Önceden çizilmiş yolu bileşenlerinden oluşan kamuya açık veri tabanları ve kolayca genişletilebilir paletleri kullanır. Kolayca, yeni yollar inşa çoğaltmak ve mevcut yollar düzenleyebilir ve farklı organizmalar için önceden çizilmiş yolları yaymak için nasıl Bu protokol açıklar.

Yaratma Yüksek Kalite Makine okunabilir Biyolojik Pathways için Web Aracı

PathWhiz is a web server built to facilitate the creation of colorful, interactive, visually pleasing pathway diagrams that are rich in biological ...

Research

JoVE Journal

Biology

A Gradient-generating Microfluidic Device for Cell Biology

Hücre Biyolojisi Degrade üreten mikroakışkan Aygıt

 The fabrication and operation of a gradient-generating microfluidic device for studying cellular behavior is described.  A microfluidic platform is an ...

A Neuronal and Astrocyte Co-Culture Assay for High Content Analysis of Neurotoxicity

Nörotoksisite Yüksek İçerik Analizi Nöronal ve Astrosit Hücre Co-Kültür Testi

High Content Analysis (HCA) assays combine cells and detection reagents with automated imaging and powerful image analysis algorithms, allowing ...

Lensless On-chip Imaging of Cells Provides a New Tool for High-throughput Cell-Biology and Medical Diagnostics

Hücre Lensless-çip Görüntüleme Yüksek throughput Hücre Biyolojisi ve Tıbbi Teşhis için Yeni Aracı sağlar.

Conventional optical microscopes image cells by use of objective lenses that work together with other lenses and optical components. While quite ...

Quantification of dsDNA using the Hitachi F-7000 Fluorescence Spectrophotometer and PicoGreen Dye

Hitachi F-7000 Floresans Spektrofotometre ve PicoGreen Boya kullanarak dsDNA Niceleme

Quantification of DNA, especially in small concentrations, is an important task with a wide range of biological applications including standard molecular ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

Elusive Küçük Memeliler Yüksek Kalite DNA Edinme Noninvaziv Saç Örnekleme Tekniği

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Absolute Quantum Yield Measurement of Powder Samples

Toz numuneler mutlak Kuantum Verimi Ölçümü

Measurement of fluorescence quantum yield has become an important tool in the search for new solutions in the development, evaluation, quality control and ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Ribozom Ciltli Polipeptitler izole bir aracı olarak SECM Tutuklanma sırası kullanılarak

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Yüksek verim Sıralama için Yüksek Kalite Kromatin Immunoprecipitation DNA Şablon üretimi (ChIP-seq)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

High Throughput Microinjections of Sea Urchin Zygotes

Deniz Kestanesi Zigotlar Yüksek Randımanlı Microinjections

Microinjection into cells and embryos is a common technique that is used to study a wide range of biological processes. In this method a small amount of ...

siRNA Screening to Identify Ubiquitin and Ubiquitin-like System Regulators of Biological Pathways in Cultured Mammalian Cells

Kültür Memeli Hücrelerde Biyolojik tanımında ubikitin ve Ubiquitin benzeri Sistemi Regülatörleri tanımak siRNA Eleme

Post-translational modification of proteins with ubiquitin and ubiquitin-like molecules (UBLs) is emerging as a dynamic cellular signaling network that ...