Name: cell-free dna integrity analysis in urine samples
Uploaded: 2017-01-05T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Cell-Free DNA Integrity Analysis in Urine Samples at JoVE.com

The authors thank Gr&#225;inne Tierney and Silvia Bellissimo for their editorial assistance.

הפרוטוקול פועל בהתאם להנחיות ועדת האתיקה מחקר האדם irst. הערה: בפרוטוקול זה, אנחנו מבודדים דנ&quot;א מדגימות השתן לבצע ניתוח שלמות UCF DNA. קווי LNCaP ותא MRC ששימשו לבניית סטנדרטים. טכניקות כגון מיצוי DNA, כימות DNA (ספקטרופוטומטר ו בזמן אמת PCR ע...

<ol>
	<li>Francis, G., Stein, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circulating+Cell-Free+Tumour+DNA+in+the+Management+of+Cancer.">Circulating Cell-Free Tumour DNA in the Management of Cancer.</a> Int.J.Mol.Sci. 16 (6), 14122-14142 (2015).</li><li>Bryzgunova, O. E., Laktionov, P. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extracellular+Nucleic+Acids+in+Urine:+Sources,+Structure,+Diagnostic+Potential.">Extracellular Nucleic Acids in Urine: Sources, Structure, Diagnostic Potential.</a> Acta Naturae. 7 (3), 48-54 (2015).</li><li>Szarvas, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deletion+analysis+of+tumor+and+urinary+DNA+to+detect+bladder+cancer:+urine+supernatant+versus+urine+sediment.">Deletion analysis of tumor and urinary DNA to detect bladder cancer: urine supernatant versus urine sediment.</a> Oncol.Rep. 18 (2), 405-409 (2007).</li><li>Togneri, F. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+complexity+of+urothelial+bladder+cancer+revealed+in+urinary+cfDNA.">Genomic complexity of urothelial bladder cancer revealed in urinary cfDNA.</a> Eur.J.Hum.Genet. , (2016).</li><li>Zonta, E., Nizard, P., Taly, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+DNA+Integrity,+Applications+for+Cancer+Research.">Assessment of DNA Integrity, Applications for Cancer Research.</a> Adv.Clin.Chem. 70, 197-246 (2015).</li><li>Hao, T. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circulating+cell-free+DNA+in+serum+as+a+biomarker+for+diagnosis+and+prognostic+prediction+of+colorectal+cancer.">Circulating cell-free DNA in serum as a biomarker for diagnosis and prognostic prediction of colorectal cancer.</a> Br.J.Cancer. 111 (8), 1482-1489 (2014).</li><li>Salvi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Urine+Cell-Free+DNA+Integrity+Analysis+for+Early+Detection+of+Prostate+Cancer+Patients.">Urine Cell-Free DNA Integrity Analysis for Early Detection of Prostate Cancer Patients.</a> Dis.Markers. 2015, 574120 (2015).</li><li>Casadio, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Urine+cell-free+DNA+integrity+as+a+marker+for+early+prostate+cancer+diagnosis:+a+pilot+study.">Urine cell-free DNA integrity as a marker for early prostate cancer diagnosis: a pilot study.</a> Biomed.Res.Int. 2013, 270457 (2013).</li><li>Casadio, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Urine+cell-free+DNA+integrity+as+a+marker+for+early+bladder+cancer+diagnosis:+preliminary+data.">Urine cell-free DNA integrity as a marker for early bladder cancer diagnosis: preliminary data.</a> Urol.Oncol. 31 (8), 1744-1750 (2013).</li><li>Salvi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circulating+cell-free+AR+and+CYP17A1+copy+number+variations+may+associate+with+outcome+of+metastatic+castration-resistant+prostate+cancer+patients+treated+with+abiraterone.">Circulating cell-free AR and CYP17A1 copy number variations may associate with outcome of metastatic castration-resistant prostate cancer patients treated with abiraterone.</a> Br.J.Cancer. 112 (10), 1717-1724 (2015).</li><li>Ishkanian, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+array+CGH+identifies+novel+regions+of+genomic+alteration+in+intermediate-risk+prostate+cancer.">High-resolution array CGH identifies novel regions of genomic alteration in intermediate-risk prostate cancer.</a> Prostate. 69 (10), 1091-1100 (2009).</li><li>Oxley, J. D., Winkler, M. H., Gillatt, D. A., Peat, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Her-2/neu+oncogene+amplification+in+clinically+localised+prostate+cancer.">Her-2/neu oncogene amplification in clinically localised prostate cancer.</a> J.Clin.Patho. 55 (2), 118-120 (2002).</li><li>Nord, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Focal+amplifications+are+associated+with+high+grade+and+recurrences+in+stage+Ta+bladder+carcinoma.">Focal amplifications are associated with high grade and recurrences in stage Ta bladder carcinoma.</a> Int.J.Cancer. 126 (6), 1390-1402 (2010).</li><li>Tabach, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amplification+of+the+20q+chromosomal+arm+occurs+early+in+tumorigenic+transformation+and+may+initiate+cancer.">Amplification of the 20q chromosomal arm occurs early in tumorigenic transformation and may initiate cancer.</a> PLoS One. 6 (1), e14632 (2011).</li></ol>

ניתוח דנ&quot;א שלמות UCF הוא שיטה חדשה, לא פולשנית להערכת שלמות ה- DNA בשתן. הוצע לאחרונה לאבחון המוקדם של סרטן שלפוחית השתן וסרטן הערמונית 9 7,8. מספר יתרונות וחסרונות של הבדיקה התקינה DNA UCF נדונים כאן, יחד עם הזדמנות עתידית. ה...

תא ללא DNA ניתן לאתר בדם ובשתן בשל מוות של תאים על ידי מנגנונים אפופטוטיים או נמקי. דנ&quot;א נייד ללא בדם נחקר באופן נרחב למטרות אבחון ופרוגנוסטיים במחלות שונות, בעיקר סרטן 1. עם זאת, פחות ידוע על התפקיד ללא תא שתן (UCF) DNA. UCF DNA עשויה מהקורן חולף דם דרך מערכת סינון גלומרולרי או מתאי שמגיעים ישירות במגע עם נוזל 2 הגוף הזה (למשל, תאי urothelial או תאי ערמונית). שימוש DNA UCF כמקור ביומרקרים נחקר בעיקר לאבחון המוקדם של כליות, שלפוחית שתן, סרטן הערמונית בשל האחוז הגבוה של DNA UCF מגיע ישירות מתאי בדרך שתן 3,4. מעט מאוד ידוע על DNA UCF ואת השיטות הטובות ביותר לבידוד ואפיון זה. בהינתן ההשערה כי תאים סרטניים לשחרר קטעי דנ&quot;א עוד יותר מתאים רגילים, ההערכהשל שלמות ה- DNA בתא ללא נחקרה בניסיון להבהיר את מקור ה- DNA במחזור הדם 5. מספר מחקרים הוכיחו כי שלמות ה- DNA ללא תא דם מייצג בדיקת אבחון טוב עבור סוגים רבים של סרטן 6, ואותו ההשערה הוצעה ביחס שתן 7-9. מאמר זה מתאר שיטה חדשה לניתוח שלמות UCF DNA עם יישום פוטנציאל לגילוי סרטן שלפוחית ​​השתן וסרטן הערמונית. בפרט, על שלמות ה- DNA UCF שבר יותר מ -250 נ&quot;ב נבדקה 4 אזורים ידועים כבעל מספר עותק דנ&quot;א מוגבר בגידולים מוצקים, כולל ערמונית וסרטן שלפוחית השתן: c-myc (8q24.21), HER2 (17q12.1 ), BCAS1 (20q13.2), AR (Xq12) 10-14. אונקוגנים ספציפיים, ולא רצפים אקראיים, נבחרו כדי להגדיל את ההסתברות למציאת אותם בשבריר תא ללא של חולי סרטן. אחד היתרונות העיקריים שלשיטה זו היא כי היא גמישה וכי באזורים אחרים יכולים גם להיבחר על בסיס סוג גידול ומאפיין.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="779">
	<tbody>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:277px;">QIAamp DNA Mini Kit 
			&#160;</td>
			<td style="width:216px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">51304</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:277px;">iQ SYBR&#160;Green Supermix, 100 x 50 &#181;l rxns, 2.5 ml (2 x 1.25 ml)</td>
			<td style="width:216px;">Biorad</td>
			<td style="width:119px;">1708880</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:277px;">IDT custom DNA oligos&#160;</td>
			<td style="width:216px;">IDT&#160;</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">HPLC purification, 100nMole DNA oligo</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;">NanoDrop 1000 Spectrophotometer</td>
			<td style="width:216px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">Other spectrophotometric methods could also be used to quantify DNA</td>
		</tr>
		<tr height="74">
			<td height="74" style="height:74px;width:277px;">Rotor-Gene 6000</td>
			<td style="width:216px;">Corbett</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">Another Real Time PCR instrument could also be used</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">microcentrifuge</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">one centrifuge for 50 ml tubes</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">incubator</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">&#160;-80&#176;C freezer</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">-20&#176;C freezer</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">10 ul pipette</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">20 ul pipette</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">200 ul pipette</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">1000 ul pipette</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">pipette tips (10;20;200;1000)</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">1,5 ml tubes</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">50ml tubes</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">15 ml tubes</td>
			<td style="width:216px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">Rotor-Disc 72 Rotor</td>
			<td style="width:216px;">Corbett</td>
			<td>&#160;9018899</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Strip Tubes and Caps, 0.1 ml (250)</td>
			<td style="width:216px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">981103</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">Collection Tubes (2 ml)</td>
			<td style="width:216px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">19201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">Buffer AL (264 ml)</td>
			<td style="width:216px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">19075</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">Proteinase K (10ml)</td>
			<td style="width:216px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">19133</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

cell-free dna integrity analysis in urine samples

למרות הנוכחות של מחזורי DNA ללא תא פלזמה או בסרום הוכחה נרחב להיות מקור מתאים של סמנים ביולוגיים עבור סוגים רבים של סרטן, כמה מחקרים התמקדו את הפוטנציאל של השימוש ללא תא שתן (UCF) DNA. החל מ ההשערות כי תאים אפופטוטיים נורמלי לייצר DNA מקוטעת וכי תאים סרטניים לשחרר עוד DNA, את התפקיד הפוטנציאלי של שלמות ה- DNA UCF הוערך כסמן אבחון מוקדם מסוגל להבחין בין חולים עם הערמונית או סרטן שלפוחית ​​השתן אנשים בריאים. ניתוח שלמות UCF DNA מוצע על הבסיס ארבעה PCRs כמוני בזמן האמת של ארבעה רצפים ארוכים מ -250 נ&quot;ב: c-myc, BCAS1, HER2, ו AR. רצפים כי לעתים קרובות יש מספר עותק דנ&quot;א גדל ב סרטן שלפוחית ​​השתן וסרטן הערמונית נבחרו לניתוח, אבל השיטה היא גמישה, וגנים אלה יוכל להחליף אותו עם גנים אחרים של inteמנוחה. את התועלת הפוטנציאלית של UCF DNA כמקור ביומרקרים כבר הודגמה עבור ממאירויות אורולוגים, ובכך לסלול את הדרך למחקרים נוספים על אפיון DNA UCF. המבחן שלמות ה- DNA UCF יש את היתרון של להיות לא פולשנית, מהירה, וקלה לביצוע, עם רק כמה מיליליטרים של שתן צורך לבצע את הניתוח.

ריכוז DNA חופשי הכולל היה לכימות על ידי spectrophotometry עבור כל הדגימות נותחו, מראה מגוון של בין 1.51 ו 138 ng / μL. חמש דגימות בקרה שימשו שחזור של נתונים: שני ניסויים בזמן אמת עצמאית בוצעו עבור c-myc, HER2, BCAS1, AR, ו STOX1. המקדמים של השתנות (CV) חושבו ?...

Watch this Scientific Journal Video about Cell-Free DNA Integrity Analysis in Urine Samples at JoVE.com

Cell-Free DNA Integrity Analysis in Urine Samples

A method for analyzing DNA integrity in the cell-free supernatant fraction of urine samples is proposed. The method is suitable for early detection of urological malignancies and has proven accurate for the early diagnosis of bladder cancer.

תא ללא DNA Integrity ניתוח בדגימות שתן

Although the presence of circulating cell-free DNA in plasma or serum has been widely shown to be a suitable source of biomarkers for many types of ...

The overall goal of this method is to assess the integrity of urine cell-free DNA at specific oncogene sequences. This method can help answer key questions in the urological cancer field, such as early non-invasive diagnosis of bladder and prostate cancer. The main advantage of this technique is that it is easy to do and to analyze.The implications of this technique extend towards diagnosis of urological malignancies, because they normally release cells and free nucleic acids in urine. Though this method can provide insight into urinary samples, it can also be applied to other systems such as serum or plasma. Generally, individuals new to this method would struggle because the concentration of urine cell-free DNA is often low.We first had the idea for this method when we tried to find a simple method for non-invasive early detection of bladder cancer. To begin the procedure, obtain a 50 milliliter clean catch first morning urine sample that has been stored at four degrees Celsius for no more than three hours. Invert the sample twice and then partition the sample into two 50 milliliter conical centrifuge tubes.Centrifuge the sample at 850 times G for 10 minutes at four degrees Celsius. Then, for each tube transfer 10 milliliters of the upper part of the supernatant to two five milliliter tubes, leaving at least two milliliters of supernatant above the pellet. Discard the pellets and store the supernatant at minus 80 degrees Celsius.Repeat this process for additional urine samples as needed. To begin DNA purification, for each sample thaw an aliquot of urine supernatant. Vortex the thawed sample and invert the tube twice.Place one milliliter of the sample into a five milliliter tube, and store the remainder at minus 80 degrees Celsius. Prepare a DNA purification kit suitable for urine samples according to the manufacturer's instructions. Add 100 microliters of proteinase K and one milliliter of lysis buffer to the sample and mix well with a pipette.Incubate the sample at 56 degrees Celsius for 15 minutes. During incubation, prepare the wash buffers in a spin column. After incubation, allow the sample to cool to room temperature and then add one milliliter of absolute ethanol and mix well by pipetting.Transfer 650 microliters of the sample to the column. Centrifuge at 6000 times G for one minute. Replace the collection tube and repeat this process until all of the sample has been loaded onto the column.Then add 500 microliters of the first wash buffer and centrifuge the column at 6000 times G for one minute. Replace the collection tube, add 500 microliters of the second wash buffer, and centrifuge the column at max speed for three minutes. Place the column in a clean collection tube and centrifuge at max speed for another three minutes to remove residual wash buffer.Transfer the column to a clean 1.5 milliliter micro centrifuge tube. Load 50 microliters of elution buffer onto the column and allow the buffer to soak into the column for seven minutes. Then centrifuge the column at 6000 times G for one minute.Pipette the eluate back into the column and centrifuge the column at max speed for one minute to obtain the urine cell-free DNA. To begin preparing the standards, first isolate DNA from an appropriate cell line using a purification kit. Quantify the DNA from each purified urine sample in the cell line with a spectrophotometer per the kit manufacturer's instructions.Dilute the UCF DNA to one nanogram per microliter and store the diluted samples at minus 20 degrees Celsius until ready for the integrity test. Dilute the cell line DNA to create six, 100 microliter standards of different concentrations. Store the standards at minus 20 degrees Celsius.To begin the DNA integrity test, thaw the UCF DNA samples, the standards, the appropriate PCR primers, and green supermix on ice. Then set up the 72-well rotor disc plate with strip tubes. Place two, 10 microliter aliquots of standard and then each sample into wells.Prepare two wells of 10 microliter RNase-free water as negative controls. For each filled well, prepare a mix of one microliter of each primer, 12.5 microliters of green supermix, and 6.5 microliters of RNase-free water. Transfer 15 microliters of the mix into each filled well, and then transfer the wells into a 72-well rotor disc.Perform the PCR with a realtime instrument according to the manufacturer's specifications. Using the instrument software, check if any replicates have a cycling threshold value difference of one or more. Discard those samples from the analysis and evaluate the median cycling threshold for the remaining samples.Perform melting analysis on each sample with a median cycling threshold value of 36 or less to evaluate the PCR product specificity. Then use the standard curve to determine a concentration in nanograms per microliter for each applicon. Urine cell-free DNA was isolated and the DNA integrity was evaluated in four regions that show increased DNA copy number in solid tumors.A control sequence was also evaluated to verify that the DNA quantity in each sample was sufficient for the integrity test. The total free DNA concentration and the coefficients of variation were calculated for each gene. This method shows 73%sensitivity and 84%specificity for detecting bladder cancer, but only 58%sensitivity and 44%specificity for prostate cancer.Once mastered, this technique can be done in one working day if it is performed properly. Following this procedure, other methods like digital PCR or next generation sequencing can be performed in order to answer additional questions like copy number inducer of the genes of interest. After watching this video you should have a good understanding of how to isolate cell free DNA from urine in a very simple manner, and how to study the integrity of specific regions of interest using real time PCR approaches.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Harnessing the DNA Dye-triggered Side Population Phenotype to Detect and Purify Cancer Stem Cells from Biological Samples

רתימת DNA- מופעלות בצד האוכלוסייה פנוטיפ לזהות ולטהר תאי גזע סרטניים מ דוגמאות ביולוגיות

Cancer is a stem cell-driven disease and eradication of these cells has become a major therapeutic goal. Deciphering vulnerabilities of Cancer Stem Cells ...

Simple and Rapid Method to Obtain High-quality Tumor DNA from Clinical-pathological Specimens Using Touch Imprint Cytology

שיטה פשוטה ומהירה להשיג גידול איכותיים הדנ א של דגימות קליני-פתולוגיים באמצעות מגע ההטבעה ציטולוגיה

It is critical to determine the mutational status in cancer before administration and treatment of specific molecular targeted drugs for cancer patients. ...

Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection

הערכה של סרטן המעי הגס סיכון ושכיחות על ידי שרפרף DNA זיהוי שלמות

Nowadays, stool DNA can be isolated and analyzed by several methods. The long fragments of DNA in stool can be detected by a qPCR assay, which provides a ...

Testing Targeted Therapies in Cancer using Structural DNA Alteration Analysis and Patient-Derived Xenografts

בדיקת טיפולים ייעודיים בסרטן באמצעות ניתוח שינוי DNA מבנית והמטופל נגזר Xenografts

We present here an integrative approach for testing efficacy of targeted therapies that combines the next generation sequencing technolo-gies, therapeutic ...

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells

הערכת מוות תאים באמצעות Supernatant ללא תאים של פרוביוטיקה בתרביות כדוריות תלת מימדיות של תאים סרטניים המעי הגס

This manuscript describes a protocol to evaluate cancer cell deaths in three dimensional (3D) spheroids of multicellular types of cancer cells using ...

Genome-Wide Analysis of DNA Methylation in Gastrointestinal Cancer

ניתוח גנום רחב של מתילציה DNA בסרטן מערכת העיכול

DNA methylation is an important epigenetic change that is biologically meaningful and a frequent focus of cancer research. Genome-wide DNA methylation is ...

Detection of Cell-Free DNA in Blood Plasma Samples of Cancer Patients

איתור דנ"א ללא תאים בדגימות פלזמה בדם של חולי סרטן

Identifying mutations in tumors of cancer patients is a very important step in disease management. These mutations serve as biomarkers for tumor diagnosis ...

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

הדמיה של חלבונים לתיקון נזקי DNA באורגנואידים של סרטן השחלות שמקורם במטופל באמצעות בדיקות אימונופלואורסנציה

Immunofluorescence is one of the most widely used techniques to visualize target antigens with high sensitivity and specificity, allowing for the accurate ...

Multiplexed Barcoding Image Analysis for Immunoprofiling and Spatial Mapping Characterization in the Single-Cell Analysis of Paraffin Tissue Samples

ניתוח תמונת ברקוד מרובה פרופיל חיסוני ואפיון מיפוי מרחבי באנליזה חד-תאית של דגימות רקמת פרפין

Multiplexed imaging technology using antibody barcoding with oligonucleotides, which sequentially detects multiple epitopes in the same tissue section, is ...

In Vivo Brain Tumor Modeling via Electroporation-Based Delivery of Plasmid DNA

Modeling Brain Tumors In Vivo Using Electroporation-Based Delivery of Plasmid DNA Representing Patient Mutation Signatures

Author Spotlight: Modeling Brain Tumors In Vivo Using Electroporation-Based Delivery of Plasmid DNA Representing Patient Mutation Signatures  

מידול גידולי מוח in vivo באמצעות העברה מבוססת אלקטרופורציה של DNA פלסמיד המייצג חתימות מוטציה של מטופל

Tumor models are critical for the preclinical testing of brain tumors in terms of exploring new, more efficacious treatments. With significant interest in ...