Name: genome-wide analysis of hdac inhibitor-mediated modulation of micrornas and mrnas in b cells induced to undergo class-switch dna recombination and plasma cell differentiation
Uploaded: 2017-09-20T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genome-wide Analysis of HDAC Inhibitor-mediated Modulation of microRNAs and mRNAs in B Cells Induced to Undergo Class-switch DNA Recombination and Plasma Cell

이 작품은 NIH 교부 금 AI 105813 및 인공 지능 079705 (PC)에 의해 지원 되었다, Lupus 연구 대상 식별 Lupus 그랜트 ALR 295955 (PC)에 대 한 얼라이언스와 관절염 국립 연구 재단 연구 부여 (HZ). TS는 의학 샌 안토니오 Xiangya UT 학교 학생 방문 프로그램의 맥락에서 소아과 의료 센터, 두 번째 Xiangya 병원, 중앙 남쪽 대학, 창사, 중국에 의해 지원 되었다.

프로토콜의 기관 동물 관리 및 사용 위원회의 샌안토니오에서 건강 과학 센터 택 사스 대학 동물 보호 지침을 따릅니다.
 1. 자극의 마우스 B 세포 CSR, 플라즈마 세포 분화 및 HDI 처리 <ol><li>비장 세포 현 탁 액의 준비 참고: 마우스를 제외 하 고 층 류 두건에 모든 단계를 수행 안락사와 해 부입니다.
	<ol><li>는 특정 병원 체 무료 C57BL/6J CO 2 흡입에 의해...

<ol>
	<li>Allis, C. D., Jenuwein, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+hallmarks+of+epigenetic+control.">The molecular hallmarks of epigenetic control.</a> Nat Rev Genet. 17, 487-500 (2016).</li><li>Li, G., Zan, H., Xu, Z., Casali, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetics+of+the+antibody+response.">Epigenetics of the antibody response.</a> Trends Immunol. 34, 460-470 (2013).</li><li>Zan, H., Casali, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetics+of+Peripheral+B-Cell+Differentiation+and+the+Antibody+Response.">Epigenetics of Peripheral B-Cell Differentiation and the Antibody Response.</a> Front Immunol. 6, 631 (2015).</li><li>Xu, Z., Zan, H., Pone, E. J., Mai, T., Casali, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunoglobulin+class-switch+DNA+recombination:+induction,+targeting+and+beyond.">Immunoglobulin class-switch DNA recombination: induction, targeting and beyond.</a> Nat. Rev. Immunol. 12, 517-531 (2012).</li><li>Nutt, S. L., Hodgkin, P. D., Tarlinton, D. M., Corcoran, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+generation+of+antibody-secreting+plasma+cells.">The generation of antibody-secreting plasma cells.</a> Nat. Rev. Immunol. 15, 160-171 (2015).</li><li>Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs:+target+recognition+and+regulatory+functions.">MicroRNAs: target recognition and regulatory functions.</a> Cell. 136, 215-233 (2009).</li><li>Fabian, M. R., Sonenberg, N., Filipowicz, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+mRNA+translation+and+stability+by+microRNAs.">Regulation of mRNA translation and stability by microRNAs.</a> Annu. Rev. Biochem. 79, 351-379 (2010).</li><li>White, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+deacetylase+inhibitors+upregulate+B+cell+microRNAs+that+silence+AID+and+Blimp-1+expression+for+epigenetic+modulation+of+antibody+and+autoantibody+responses.">Histone deacetylase inhibitors upregulate B cell microRNAs that silence AID and Blimp-1 expression for epigenetic modulation of antibody and autoantibody responses.</a> J Immunol. 193, 5933-5950 (2014).</li><li>Farh, K. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+and+epigenetic+fine+mapping+of+causal+autoimmune+disease+variants.">Genetic and epigenetic fine mapping of causal autoimmune disease variants.</a> Nature. 518, 337-343 (2015).</li><li>Nagalakshmi, U., Waern, K., Snyder, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-Seq:+a+method+for+comprehensive+transcriptome+analysis.">RNA-Seq: a method for comprehensive transcriptome analysis.</a> Curr Protoc Mol Biol. , 11-13 (2010).</li><li>Martin, J. A., Wang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+transcriptome+assembly.">Next-generation transcriptome assembly.</a> Nat Rev Genet. 12, 671-682 (2011).</li><li>Luo, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+expression+analysis+using+the+Illumina+microRNA-Seq+Platform.">MicroRNA expression analysis using the Illumina microRNA-Seq Platform.</a> Methods Mol. Biol. 822, 183-188 (2012).</li><li>Shen, T., Sanchez, H. N., Zan, H., Casali, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+analysis+reveals+selective+modulation+of+microRNAs+and+mRNAs+by+histone+deacetylase+inhibitor+in+B+cells+induced+to+uUndergo+class-switch+DNA+recombination+and+plasma+cell+differentiation.">Genome-wide analysis reveals selective modulation of microRNAs and mRNAs by histone deacetylase inhibitor in B cells induced to uUndergo class-switch DNA recombination and plasma cell differentiation.</a> Front. Immunol. 6, 627 (2015).</li><li>Trapnell, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+gene+and+transcript+expression+analysis+of+RNA-seq+experiments+with+TopHat+and+Cufflinks.">Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks.</a> Nat Protoc. 7, 562-578 (2012).</li><li>Kin, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=fRNAdb:+a+platform+for+mining/annotating+functional+RNA+candidates+from+non-coding+RNA+sequences.">fRNAdb: a platform for mining/annotating functional RNA candidates from non-coding RNA sequences.</a> Nucleic Acids Res. 35, D145-D148 (2007).</li><li>Agarwal, V., Bell, G. W., Nam, J. W., Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predicting+effective+microRNA+target+sites+in+mammalian+mRNAs.">Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs.</a> Elife. 4, (2015).</li><li>Griffiths-Jones, S., Saini, H. K., van Dongen, S., Enright, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRBase:+tools+for+microRNA+genomics.">miRBase: tools for microRNA genomics.</a> Nucleic Acids Res. 36, D154-D158 (2008).</li><li>Anders, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=doRiNA:+a+database+of+RNA+interactions+in+post-transcriptional+regulation.">doRiNA: a database of RNA interactions in post-transcriptional regulation.</a> Nucleic Acids Res. 40, D180-D186 (2012).</li></ol>

이 프로토콜 B 셀 클래스 스위칭 및 플라즈마 세포 분화; 유도에 포괄적인 접근을 제공 합니다. epigenetic 변조기, 즉 HDI;에 의해 그들의 영향을 분석 하 그리고이 세포에서 mRNA와 미르 식에 HDI의 효과 검색 합니다. 이러한 방법의 대부분은 또한 인간 B 세포 기능 및 mRNA/miRNA 표정에 epigenetic 요인의 영향을 분석 하 사용할 수 있습니다. QRT-PCR 및 mRNA-seq/미르-seq 접근 또한 HDIs 같은 후 변조기로 치료 하는 ?...

후 성적인 부호 또는 DNA 메 틸 화, 히스톤 posttranslational 수정, 및 비 코딩 RNAs (microRNAs 포함) 같은 요인 유전자 식1을 변경 하 여 세포 기능을 조절. 후 성적인 수정 B 림프 구 기능, 면역 글로불린 종류 스위치 DNA 재결합 (CSR), 신체적인 hypermutation (SHM), 및 메모리 B 세포 또는 플라스마 세포, 항 체 및 autoantibody 변조 함으로써 차별화 등 규제 응답2,3. CSR과 SHM 비판적으로 높은 T-종속 및 T-독립 항4B 세포에서 유도 된 활성화 유도 cytidine deaminase (원조, Aicda로 인코딩된), 필요 합니다. 클래스-전환/hypermutated B 셀 추가 1 (Blimp1, Prdm1로 인코딩된)5패션 비판적으로 유도 하는 B 림프 구 성숙 단백질에 의존에 항 체의 대량 분 비 플라즈마 세포로 분화. 탈 항 체/autoantibody 반응, 알레르기 반응 또는 면역1,4이어질 수 있는 B 세포에서 비정상적인 epigenetic 변화 될 수 있습니다. 어떻게 후 성적인 요소 이해, miRNAs, 같은 변조 B 세포 내장 유전자 발현은 백신 개발에 대 한 중요 한 뿐만 아니라 그러나 또한 잠재적인 비정상적인 항 체/autoantibody 응답의 메커니즘을 필수적 이다.
Histone acetylation와 deacetylation는 히스톤 단백질 히스톤 acetyltransferase (모자) 및 히스톤 deacetylase (HDAC)에 의해 일반적으로 촉매에 리 진 잔류물의 수정. 이러한 수정 chromatin의 증가 또는 감소 접근으로 이어질 더 허용 또는 녹음 방송 요인 또는 단백질의 바인딩을 DNA와 유전자 식이5,6, 의 변경 방지 7 , 8. HDAC 저 해제 (HDI)는 HDACs의 기능을 방해 하는 화합물의 클래스. 여기, 우리는 B 세포의 본질적인 유전자 식 프로필에와 그것의 메커니즘에 HDAC의 규제를 해결 하기 위해 HDI (VPA)를 사용.
miRNAs는 작은, 비 코딩 RNAs 약 18 ~ 22 뉴클레오티드 길이에서 여러 단계를 통해 생성 되는. miRNA 호스트 유전자 변하게 되 고 머리 핀 기본 microRNAs (pri-miRNAs)를 형성 한다. 그들은 선구자 miRNAs (pre-miRNAs)에 pri miRNAs는 더 처리는 세포질에 수출 된다. 마지막으로, 성숙 miRNAs는 사전 miRNAs의 분열을 통해 형성 된다. miRNAs는 3' 번역된의 영역 내에 그들의 표적 mRNAs6,7보완 시퀀스를 인식합니다. Post-transcriptional 입을 통해 miRNAs 확산, 감 별 법, apoptosis10,11같은 세포 활동을 조절. 여러 miRNAs 동일한 mRNA를 타겟팅 할 수 있기 때문에 하나 하나의 miRNA 잠재적으로 여러 mRNAs를 타겟팅 할 수 있습니다, 개인의 가치와 miRNAs의 집단 효과 이해 하는 미르 식 프로필의 직접 보기 중요 하다. miRNAs B 세포 개발 및 주변 차별화로 B-세포 단계 특정 분화, 항 체 응답 및 면역1,,49에 포함 될 표시 되었습니다. 에 3' UTR Aicda 및 Prdm1의 여러 검증 또는 예측 진화론 보존된 사이트 miRNAs8여 대상이 될 수 있다.
히스톤 후 전사 수정 등 miRNAs, epigenetic 변조 유전자 식9의 셀 유형과 셀 단계-특정 규칙 패턴을 표시 합니다. 여기, miRNA 및 mRNA 표현, CSR, 그리고 플라즈마 세포 분화의 HDI 중재 변조를 정의 하는 방법을 설명 합니다. 이러한 CSR 및 플라즈마 세포 분화;을 B 세포를 유도 대 한 프로토콜을 포함 HDI;와 B 세포를 치료에 대 한 qRT-PCR, 미르-seq, 및 mRNA seq10,11,12,,813miRNA 및 mRNA 표정 분석을 위한.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="854">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:528px;">C57BL/6 mice</td>
			<td style="width:152px;">Jackson Labs</td>
			<td align="right" style="width:111px;">664</td>
			<td style="width:64px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Corning cellgro RPMI 1640 Medium (Mod.) 1X with L-Glutamine (Size: 6 x 500mL; With L-Glutamine)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>MT 10-040-CV&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">FBS</td>
			<td>Hyclone</td>
			<td>SH300</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HyClone Antibiotic Antimycotic Solution 100 mL</td>
			<td>Fisher Scientific - Hyclone</td>
			<td>SV3007901&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">&#946;-Mercaptoethanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>44-420-3250ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Falcon Cell Strainers</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>21008-952&#160;&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Trypan Blue Stain 0.04%</td>
			<td>GIBCO/Life Technologies/Inv</td>
			<td align="right">15250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ACK Lysis Buffer&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BW10-548E&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hausser Scientific Bright-Line Counting Chamber</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-671-51B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="35">
			<td height="35" style="height:35px;width:528px;">EasySep Magnet</td>
			<td>Stem Cell Technologies</td>
			<td align="right">18000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Falcon Round-Bottom Polystyrene Tubes with Cap</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-959-1A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">EasySep Mouse B cell Isolation Kit</td>
			<td>Stem Cell Tech</td>
			<td align="right">19854</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BD Needle Only 18 Gauge 1.5 inch SHORT BEVEL 100/box&#160;</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>&#160;305199</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PE/Cy7 anti-mouse CD138 (Syndecan-1) Antibody</td>
			<td>BioLegend&#160;</td>
			<td>142513 (25 ug)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PE-Cy7 B220 antibody</td>
			<td>BioLegend</td>
			<td align="right">103222</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">7-AAD (1 mg)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A9400-1MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">APC anti-mouse/human CD45R/B220 antibody</td>
			<td>Biolegend</td>
			<td align="right">103212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mouse APC-IgG1 200 &#181;g</td>
			<td>Biolegend</td>
			<td align="right">406610</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">FITC anti-mouse IgM Antibody</td>
			<td>Biolegend</td>
			<td align="right">406506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">FITC anti-mouse/human CD45R/B220 Antibody</td>
			<td>Biolegend</td>
			<td align="right">103206</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PE Anti-Human/Mouse CD45R (B220) (RA3-6B2)</td>
			<td>Biolegend</td>
			<td align="right">103208</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HBSS 1X</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>MT-21-022-CM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Bovine Serum Albumin, Fraction V, Heat Shock Treated&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1600-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">LPS 25mg (Lipopolysaccharides from Escherichia coli 055:B5)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L2880-25MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Recombinant mouse IL-4 (carrier-free)</td>
			<td>BioLegend</td>
			<td>574302 (size: 10 ug)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Valproic acid sodium salt</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>P4543</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SterilGARD e3 Class II Type A2 Biosafety Cabinet</td>
			<td>The Baker Company</td>
			<td>SG404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Large-Capacity Reach-In CO2 Incubator&#160;</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td align="right">3950</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Isotemp Digital-Control Water Baths: Model 205</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-462-5Q</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">5mL Round Bottom Polystyrene Test Tube</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>&#160;14-959-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Corning CentriStar 15ml Centrifuge Tubes&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific&#160;</td>
			<td>05-538-59A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">1.7 mL Microtube, clear</td>
			<td>Genesee</td>
			<td>22-282</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Higher-Speed Easy Reader Plastic Centrifuge Tubes 50ml</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>06-443-18</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ELMI SkySpin CM-6MT</td>
			<td>ELMI</td>
			<td>CM-6MT</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Rotor 6M</td>
			<td>ELMI</td>
			<td>6M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Rotor 6M.06</td>
			<td>ELMI</td>
			<td>6M.06</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Drummond Portable Pipet-Aid XP Pipet Controller</td>
			<td>Drummond Scientific</td>
			<td>4-000-101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">25 mL serological pipette tips</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>89130-900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">10 mL serological pipette tips</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>89130-898</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">5 mL serological pipette tips</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>898130-896</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">48-well plates</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>07-200-86</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Allegra 6 Benchtop Centrifuge, Non-Refrigerated</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td align="right">366802</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GH-3.8A Rotor, Horizontal, ARIES Smart Balance</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td align="right">366650</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Allegra 25R Benchtop Centrifuge, Refrigerated</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td align="right">369434</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TA-15-1.5 Rotor, Fixed Angle</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td align="right">368298</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fisher Scientific AccuSpin Micro 17</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-100-675</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fisher Scientific Analog Vortex Mixer&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-215-365</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">miRNeasy Mini Kit (50)</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td align="right">217004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Direct-zol RNA MiniPrep kit</td>
			<td>Zymo Research</td>
			<td>R2050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chloroform (Approx. 0.75% Ethanol as Preservative/Molecular Biology)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1145-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Rnase-Free Dnase set (50)</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td align="right">79254</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NanoDrop 2000 Spectrophotometers</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Superscript III First-strand Synthesis System RT-PCR</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td align="right">175013897</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">iTaq Universal SYBR Green Supermix</td>
			<td>Bio-rad&#160;</td>
			<td>172-5121</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fisherbrand 96-Well Semi-Skirted PCR Plates, case of 25</td>
			<td>Fisher</td>
			<td style="width:111px;">14-230-244</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Microseal &#39;B&#39; Adhesive Seals</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>MSB-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MyiQ Optics Module</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>170-9744</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">iCycler Chassis</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>170-8701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Optical Kit</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>170-9752</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BD LSR II Flow Cytometry Analyzer</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">FACSDiva software</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">FlowJo 10</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2100 Bioanalyzer</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G2943CA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">S200 Focused-ultrasonicator</td>
			<td>Covaris</td>
			<td>S200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SPRIworks Fragment Library System I for Illumina</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A288267</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">cBot Cluster Generation Station</td>
			<td>illumina</td>
			<td>SY-312-2001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HiSeq 2000 Genome Sequencer</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>SY-401-1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TruSeq RNA Library Prep Kit v2</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>RS-122-2001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TruSeq Small RNA Library Prep Kit</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>RS-200-0012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NEXTflex Illumina Small RNA Sequencing Kit v3</td>
			<td>Bioo Scientific</td>
			<td>5132-05</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2200 TapeStation</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2964AA</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

genome-wide analysis of hdac inhibitor-mediated modulation of micrornas and mrnas in b cells induced to undergo class-switch dna recombination and plasma cell differentiation

항 체 응답은 신체적인 hypermutation (SHM), 클래스-스위치 DNA 재결합 (CSR), 및 플라즈마 세포 분화를 포함 하 여 몇 가지 중요 한 B 세포-기본 프로세스를 통해 수행 됩니다. 최근 몇 년 동안, 후 성적인 수정 또는 히스톤 deacetylation 및 microRNAs (miRNAs) 같은 요인 보였다 epigenetic 요인의 부전으로 이어질 발견 되었습니다 동안 모양 항 체 반응, B-세포 유전 프로그램 상호 작용 autoantibody 응답입니다. Epigenetic 변조기에 B 세포에 게놈 넓은 miRNA 및 mRNA 표정 분석 하는 것이 B 세포 기능과 항 체 반응의 후 성적인 규정을 이해 하는 데 중요 합니다. CSR 및 플라스마 세포 감 별 법을 B 세포를 유도, 히스톤 deacetylase (HDAC) 억제제 (HDIs)와이 B 세포 치료 및 mRNA와 예측에 관한 식 분석 프로토콜을 설명 합니다. 이 프로토콜에 직접 보완 DNA (cDNA) 시퀀스를 사용 하 여 다음-세대 mRNA 시퀀싱 (mRNA-seq) 미르-seq 기술과 시퀀싱의 게놈, 그리고 양이 많은 반전 녹음 방송 (qRT)를 읽고 분석-PCR. 이러한 방법으로 우리는 정의 B 세포는 CSR 및 플라스마 세포 감 별 법을 유도, HDI, 후 레 귤 레이 터, 선택적으로 miRNA 및 mRNA 표정 변조 CSR 및 플라즈마 세포 분화를 변경.

LPS와 함께 배치 하는 B 세포를 정화 우리의 프로토콜을 사용 하 여 (3 µ g/mL) 및 IL-4 (5 ng/mL)에 96 h IgG1에 CSR의 30-40% 및 플라즈마 세포 분화의 ~ 10%를 일으킬 수 있다. HDI (500µM VPA) 치료, 후에 IgG1 CSR 감소 10-20%, 플라스마 세포 감 별 법 ~ 2%로 감소 하는 동안 (그림 1). CSR의 HDI 중재 금지 추가 후 재결합 Iμ Cγ1 및 성숙한 VHDJH의 감소 수에 의해 확인 되?...

Watch this Scientific Journal Video about Genome-wide Analysis of HDAC Inhibitor-mediated Modulation of microRNAs and mRNAs in B Cells Induced to Undergo Class-switch DNA Recombination and Plasma Cell

Genome-wide Analysis of HDAC Inhibitor-mediated Modulation of microRNAs and mRNAs in B Cells Induced to Undergo Class-switch DNA Recombination and Plasma Cell Differentiation

후 성적인 요소는 유전자 발현을 조절 하 고 B 세포 기능을 조절 하는 유전자 프로그램으로 작용할 수 있습니다. 결합 하 여 체 외에서 B 세포 자극, qRT-PCR, 및 높은 처리량 예측에 관한 시퀀스 및 mRNA 순서 접근, 우리 B 세포에서 miRNA 및 유전자 표현의 epigenetic 변조를 분석할 수 있습니다.

MicroRNAs 받 클래스 스위치 DNA 재조합 및 플라즈마 세포 차별화에 B 세포 유도에서 mRNAs의 게놈 넓은 분석의 HDAC 억제제 중재 변조

Antibody responses are accomplished through several critical B cell-intrinsic processes, including somatic hypermutation (SHM), class-switch DNA ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Induction and Assessment of Class Switch Recombination in Purified Murine B Cells

Murine B 세포를 정화에 유도 및 클래스 스위치 재조합 평가

Humoral immunity is the branch of the immune system maintained by B cells and mediated through the secretion of antibodies. Upon B cell activation, the ...

연구

면역학 및 감염병학

Directed Differentiation of Induced Pluripotent Stem Cells towards T Lymphocytes

T Lymphocytes쪽으로 유도 Pluripotent 줄기 세포의 분화 감독

Adoptive cell transfer (ACT) of antigen-specific CD8+  cytotoxic T lymphocytes (CTLs) is a promising treatment for a variety of  malignancies 1. CTLs can  ...

Establishment of an In vitro System to Study Intracellular Behavior of Candida glabrata in Human THP-1 Macrophages

Establishment of an In vitro System to Study Intracellular Behavior of Candida glabrata in Human THP-1 Macrophages

설립<em&gt; 체외</em&gt; 시스템의 세포 내 행동을 연구하는<em&gt; 칸디다 글라 브라</em&gt; 인간 THP-1 식세포에

A cell culture model system, if a close mimic of host environmental conditions, can serve as an inexpensive, reproducible and easily manipulatable ...

Rapid Molecular Detection and Differentiation of Influenza Viruses A and B

빠른 분자 탐지 및 인플루엔자 바이러스 A와 B의 차별화

Influenza is a contagious respiratory illness caused by influenza viruses A and B in humans and causes a significant amount of morbidity and mortality ...

The Isolation, Differentiation, and Quantification of Human Antibody-secreting B Cells from Blood: ELISpot as a Functional Readout of Humoral Immunity

분리는 차별화 및 정량화 인간의 혈액에서 B 세포를 항체가 분비 : ELISPOT을 체액 면역의 기능 판독으로

The hallmark of humoral immunity is to generate functional ASCs, which synthesize and secrete Abs specific to an antigen (Ag), such as a pathogen, and are ...

Detection and Enrichment of Rare Antigen-specific B Cells for Analysis of Phenotype and Function

표현형 및 기능 분석에 대한 검색 및 희귀의 농축 항원 특이 적 B 세포

B cells reactive with a specific antigen usually occur at a frequency of &lt;0.05% of lymphocytes. For decades researchers have sought methods to isolate ...

An In Vivo Mouse Model to Measure Na&#239;ve CD4 T Cell Activation, Proliferation and Th1 Differentiation Induced by Bone Marrow-derived Dendritic Cells

An In Vivo Mouse Model to Measure NaÃƒÆ’Ã†'Ãƒâ€šÃ‚Â¯ve CD4 T Cell Activation, Proliferation and Th1 Differentiation Induced by Bone Marrow-derived Dendritic Cells

Vivo에서 마우스 모델을 측정 순진한 CD4 T 세포 활성화, 확산 및 골 수 유래 수지상 세포에 의해 유도 된 Th1 차별화

Quantification of na&#239;ve CD4 T cell activation, proliferation, and differentiation to T helper 1 (Th1) cells is a useful way to assess the role played ...

Analysis of Shear Flow-induced Migration of Murine Marginal Zone B Cells In Vitro

분석 Murine 가장자리 지역 B 세포 생체 외에서의 전단 흐름 유도 마이그레이션

Marginal zone B cells (MZBs) are a population of B cells that reside in the mouse splenic marginal zones that envelop follicles. To reach the follicles, ...

In Vitro Differentiation Model of Human Normal Memory B Cells to Long-lived Plasma Cells

수명이 긴 플라즈마 세포에 인간의 정상적인 메모리 B 세포의 체 외 분화 모델

Plasma cells (PCs) secrete large amounts of antibodies and develop from B cells that have been activated. PCs are rare cells located in the bone marrow or ...