Name: preparation and observation of thick biological samples by scanning transmission electron tomography
Uploaded: 2017-03-12T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Preparation and Observation of Thick Biological Samples by Scanning Transmission Electron Tomography at JoVE.com

This work was funded by two ANR grants (ANR-11-BSV8-016 and ANR-10-IDEX-0001-02). We also acknowledge the PICT-IBiSA for providing access to chemical imaging equipment.

Let op: Raadpleeg de veiligheidsinformatiebladen (VIB) van de verschillende reagentia voordat u ze gebruikt. Een aantal van de chemicaliën die worden gebruikt tijdens de voorbehandeling zijn giftig, kankerverwekkend, mutageen en / of giftig voor de voortplanting. Gebruik persoonlijke beschermingsmiddelen (handschoenen, laboratoriumjas, full-length broek en dichte schoenen) en werken onder een zuurkast tijdens het hanteren van het monster. Snijden het monster met een ultramicrotoom omvat het gebruik van scherpe instrume...

<ol>
	<li>De Rosier, D. J., Klug, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reconstruction+of+three+dimensional+structures+from+electron+micrographs.">Reconstruction of three dimensional structures from electron micrographs.</a> Nature. 217 (5124), 130-134 (1968).</li><li>Gan, L., Jensen, G. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electron+tomography+of+cells.">Electron tomography of cells.</a> Q Rev Biophys. 45 (1), 27-56 (2012).</li><li>Lucic, V., Rigort, A., Baumeister, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryo-electron+tomography:+the+challenge+of+doing+structural+biology+in+situ.">Cryo-electron tomography: the challenge of doing structural biology in situ.</a> J Cell Biol. 202 (3), 407-419 (2013).</li><li>Al-Amoudi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryo-electron+microscopy+of+vitreous+sections.">Cryo-electron microscopy of vitreous sections.</a> EMBO J. 23 (18), 3583-3588 (2004).</li><li>Koguchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+STEM+for+observing+nanostructures.">Three-dimensional STEM for observing nanostructures.</a> J Electron Microsc (Tokyo). 50 (3), 235-241 (2001).</li><li>Midgley, P. A., Weyland, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+electron+microscopy+in+the+physical+sciences:+the+development+of+Z-contrast+and+EFTEM+tomography.">3D electron microscopy in the physical sciences: the development of Z-contrast and EFTEM tomography.</a> Ultramicroscopy. 96 (3-4), 413-431 (2003).</li><li>Sousa, A. A., Azari, A. A., Zhang, G., Leapman, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dual-axis+electron+tomography+of+biological+specimens:+Extending+the+limits+of+specimen+thickness+with+bright-field+STEM+imaging.">Dual-axis electron tomography of biological specimens: Extending the limits of specimen thickness with bright-field STEM imaging.</a> J Struct Biol. 174 (1), 107-114 (2011).</li><li>Sousa, A. A., Leapman, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+STEM+for+the+biological+sciences.">Development and application of STEM for the biological sciences.</a> Ultramicroscopy. , 38-49 (2012).</li><li>Ercius, P., Muller, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Incoherent+bright+field+STEM+for+imaging+and+tomography+of+ultra-thick+TEM+cross-sections.">Incoherent bright field STEM for imaging and tomography of ultra-thick TEM cross-sections.</a> Microsc Microanal. 15, (2009).</li><li>Hyun, J. K., Ercius, P., Muller, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beam+spreading+and+spatial+resolution+in+thick+organic+specimens.">Beam spreading and spatial resolution in thick organic specimens.</a> Ultramicroscopy. 109 (1), 1-7 (2008).</li><li>Aoyama, K., Takagi, T., Hirase, A., Miyazawa, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=STEM+tomography+for+thick+biological+specimens.">STEM tomography for thick biological specimens.</a> Ultramicroscopy. 109 (1), 70-80 (2008).</li><li>Biskupek, J., Leschner, J., Walther, P., Kaiser, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+STEM+tomography+acquisition--a+comparison+of+convergent+beam+and+parallel+beam+STEM+tomography.">Optimization of STEM tomography acquisition--a comparison of convergent beam and parallel beam STEM tomography.</a> Ultramicroscopy. 110 (9), 1231-1237 (2010).</li><li>Hovden, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breaking+the+Crowther+limit:+combining+depth-sectioning+and+tilt+tomography+for+high-resolution,+wide-field+3D+reconstructions.">Breaking the Crowther limit: combining depth-sectioning and tilt tomography for high-resolution, wide-field 3D reconstructions.</a> Ultramicroscopy. 140, 26-31 (2014).</li><li>Dahmen, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combined+scanning+transmission+electron+microscopy+tilt-+and+focal+series.">Combined scanning transmission electron microscopy tilt- and focal series.</a> Microsc Microanal. 20 (2), 548-560 (2014).</li><li>Trepout, S., Messaoudi, C., Perrot, S., Bastin, P., Marco, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scanning+transmission+electron+microscopy+through-focal+tilt-series+on+biological+specimens.">Scanning transmission electron microscopy through-focal tilt-series on biological specimens.</a> Micron. 77, 9-15 (2015).</li><li>Weyland, M., Muller, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tuning+the+convergence+angle+for+optimum+STEM+performance.">Tuning the convergence angle for optimum STEM performance.</a> FEI Nanosolutions. 1 (24), (2005).</li><li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NIH+Image+to+ImageJ:+25+years+of+image+analysis.">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 671-675 (2012).</li><li>Thevenaz, P., Ruttimann, U. E., Unser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+pyramid+approach+to+subpixel+registration+based+on+intensity.">A pyramid approach to subpixel registration based on intensity.</a> IEEE Trans Image Process. 7 (1), 27-41 (1998).</li><li>Forster, B., Van De Ville, D., Berent, J., Sage, D., Unser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complex+wavelets+for+extended+depth-of-field:+a+new+method+for+the+fusion+of+multichannel+microscopy+images.">Complex wavelets for extended depth-of-field: a new method for the fusion of multichannel microscopy images.</a> Microsc Res Tech. 65 (1-2), 33-42 (2004).</li><li>Messaoudii, C., Boudier, T., Sanchez Sorzano, ., O, C., Marco, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TomoJ:+tomography+software+for+three-dimensional+reconstruction+in+transmission+electron+microscopy.">TomoJ: tomography software for three-dimensional reconstruction in transmission electron microscopy.</a> BMC Bioinformatics. 8, 288 (2007).</li><li>Sorzano, C. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Marker-free+image+registration+of+electron+tomography+tilt-series.">Marker-free image registration of electron tomography tilt-series.</a> BMC Bioinformatics. 10, 124 (2009).</li><li>Kohl, L., Bastin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+flagellum+of+trypanosomes.">The flagellum of trypanosomes.</a> Int Rev Cytol. 244, 227-285 (2005).</li><li>Luft, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improvements+in+epoxy+resin+embedding+methods.">Improvements in epoxy resin embedding methods.</a> J Biophys Biochem Cytol. 9, 409-414 (1961).</li><li>Mielanczyk, L., Matysiak, N., Michalski, M., Buldak, R., Wojnicz, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Closer+to+the+native+state.+Critical+evaluation+of+cryo-techniques+for+Transmission+Electron+Microscopy:+preparation+of+biological+samples.">Closer to the native state. Critical evaluation of cryo-techniques for Transmission Electron Microscopy: preparation of biological samples.</a> Folia Histochem Cytobiol. 52 (1), 1-17 (2014).</li><li>Hovden, R., Xin, H. L., Muller, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extended+depth+of+field+for+high-resolution+scanning+transmission+electron+microscopy.">Extended depth of field for high-resolution scanning transmission electron microscopy.</a> Microsc Microanal. 17 (1), 75-80 (2011).</li><li>Dahmen, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Ettention+software+package.">The Ettention software package.</a> Ultramicroscopy. 161, 110-118 (2016).</li><li>Murata, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-cell+imaging+of+the+budding+yeast+Saccharomyces+cerevisiae+by+high-voltage+scanning+transmission+electron+tomography.">Whole-cell imaging of the budding yeast Saccharomyces cerevisiae by high-voltage scanning transmission electron tomography.</a> Ultramicroscopy. 146, 39-45 (2014).</li><li>Kizilyaprak, C., Daraspe, J., Humbel, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Focused+ion+beam+scanning+electron+microscopy+in+biology.">Focused ion beam scanning electron microscopy in biology.</a> J Microsc. 254 (3), 109-114 (2014).</li><li>Kubota, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+developments+in+electron+microscopy+for+serial+image+acquisition+of+neuronal+profiles.">New developments in electron microscopy for serial image acquisition of neuronal profiles.</a> Microscopy (Oxf). 64 (1), 27-36 (2015).</li><li>Levin, B. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanomaterial+datasets+to+advance+tomography+in+scanning+transmission+electron+microscopy.">Nanomaterial datasets to advance tomography in scanning transmission electron microscopy.</a> Sci Data. 3, 160041 (2016).</li></ol>

In dit artikel presenteren we een conventionele monstervoorbereiding protocol samen met een stap-voor-stap handleiding voor het uitvoeren van 3D-analyse op dik biologische monsters met behulp van STEM doorgaande focale tomografie. Hars inbedding van biologische monsters is gebruikt voor tientallen jaren 26, en andere protocollen die zijn aangepast aan verschillende soorten monsters te vinden in de literatuur 27. In tegenstelling beeldvorming dikke exemplaren in STEM met be...

Sinds de vroege jaren 1970, tomografie benaderingen transmissie elektronenmicroscopie (TEM) zijn uitgebreid gebruikt voor structurele karakterisatie van biologische monsters 1, 2, 3. De aantrekkingskracht van transmissie elektronentomografie is dat het kan worden gebruikt om een ​​breed scala aan biologische structuren bestuderen op nanometerschaal, de architectuur van cellen en de ultrastructuur van organellen om de structuur van macromoleculaire complexen en eiwitten. Niettemin kan transmissie elektronentomografie niet worden gebruikt voor zeer dikke samples (groter dan 0,5 micrometer) te bestuderen. Inderdaad, dikke specimens teveel verstrooide elektronen genereren lage signaal-ruisverhouding (SNR) beelden. Bovendien tomografie omvat het verzamelen van afbeeldingen van gekanteld specimens, de schijnbare dikte van het monster toeneemt met de hellingshoek. Hoewel inelastische verstrooiing kan worden gefilterdmet behulp van energie filters wordt de kritische hoeveelheid elektronen die nodig zijn voor hoge SNR beelden nauwelijks bereikt TEM. Vandaar dat dikke biologische monsters alleen onderzocht middels snijden 4. Sommige monsters kunnen niet worden gesneden: sommigen breken wanneer zij worden gesneden en anderen moeten worden bestudeerd in hun geheel om de complexiteit te begrijpen. Een alternatieve benadering is om TEM gebruiken scanmodus 5, 6, 7, 8. In scanning transmissie elektronenmicroscopie (STEM), het optische pad van de elektronen is anders dan in conventionele TEM. Elektronen die door het monster zonder verstrooiing kunnen worden verzameld aan de optische as met een bright-field (BF) detector 9, dat deze elastisch verstrooid kan worden verzameld op een bepaalde hoek van de optische as met een donker-veld (DF) detector.Het andere voordeel is dat de STEM gefocusseerde elektronenbundel afgetast aan het oppervlak van het monster, waardoor de pixel-voor-pixel verzameling afbeeldingen. Hoewel de elektronenbundel verbreedt doortocht door het monster 10, dit inzamelingsregeling minder gevoelig voor inelastisch verstrooide elektronen dan conventionele TEM. Bovendien is er geen lens na specimen bèta, waardoor chromatische aberraties die kunnen optreden in TEM vermijden. De camera lengte kan worden aangepast zodat de BF detector detecteert hoofdzakelijk verstrooide elektronen. Met behulp van de DF detector dikke monsters te studeren wordt niet aangeraden omdat van meervoudige verstrooiing, die onjuiste beelden produceert. In plaats daarvan kan de detector worden gebruikt BF 11. Terwijl STEM produceren hoge SNR beelden, heeft een relatief lage diepte van het veld vanwege de relatief grootlicht convergentie vergelijking met TEM, verminderen van de hoeveelheid diepgaande informatie van dik kan worden hersteldspecimens. Bij aberratie gecorrigeerde STEM microscopen, waarbij de convergentiehoek oplopen tot 30 mrad kan zijn, kan de scherptediepte van laag genoeg zijn zodat de informatie die in beeld afkomstig van een brandvlak van slechts enkele nanometers . Instellen van de elektronenbundel Parallelle verhoogt de diepte-van-veld van de elektronenbundel ten koste van de 12 resolutie. Echter, deze opstelling is niet altijd mogelijk. Wanneer het noodzakelijk is een convergerend elektronenbundel gebruiken, moet men technieken die de diepte-van-veld van de elektronenbundel te verbeteren wanneer het bestuderen dikke samples. Recente studies hebben de overname van meerdere afbeeldingen op verschillende focale vliegtuigen gemeld door het monster om het maximale bedrag van de in-focus informatie 13, 14 herstellen. De twee studies beschrijven verschillende manieren om de gegevens van de verschillende beeldvlakken behandelen. Hovden et al.gecombineerd in Fourierruimte de beelden die op verschillende beeldvlakken werden verzameld en het uiteindelijke reconstructie werd rechtstreeks uit de 3D inverse Fouriertransformatie 13. Daarentegen Dahmen et al. ontwikkelde een convergente reconstructie motor te reconstrueren in de reële ruimte het 3D-volume van de verschillende focale vliegtuigen 14. Ons laboratorium ontwikkelde ook een werkwijze voor het afbeelden van dikke biologische monsters. Onze strategie was anders dan de twee methoden hierboven beschreven in dat we de informatie die is in focus op de verschillende focale vliegtuigen samengevoegd en reconstrueerde de uiteindelijke 3D-volume in de reële ruimte met behulp van een parallelle bundel projector 15. Ons doel was om een ​​methode die gemakkelijk kan worden uitgevoerd in elke elektronenmicroscopie laboratorium ontwikkelen. Daartoe hebben we geprobeerd om het brandpunt beelden in een korte tijd, vergelijkbaar met het tijdskader van conventionele tomografie experimenten verzamelen. Bovendien, onze voorgestelde werkwijze could worden aangepast voor gebruik met verschillende soorten alignment en reconstructie software. In het kader van onze publicatie vanaf 2015 15, wilden we te visualiseren en te karakteriseren het herstel van de diepte-van-veld, dus we gebruik gemaakt van een grote convergentie semi-hoek van 25 mrad. Hier presenteren we een stap-voor-stap protocol voor het uitvoeren doorgaande focale beeldvorming bèta volgens de werkwijze ontwikkeld in ons laboratorium in 2015 15 en presenteren we hoe de gegevens van 2015 verwerkt. Deze methode herstelt in-focus informatie uit verschillende focale vliegtuigen gedurende een dikke (750 nm) biologisch monster en maakt hoogwaardige 3D-reconstructies. Waar relevant, zijn de verschillen in deze methode ten opzichte van de gebruikt door andere groepen methoden gepresenteerd.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P4417</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>2860</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Epoxy resin</td>
			<td>EMS</td>
			<td>14120</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paraformaldehyde</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P6148</td>
			<td>Add paraformaldehyde powder to PBS heated at approximately 60 &#176;C. 
			Increase pH by adding 1 N NaOH until no PFA powder is visible.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glutaraldehyde</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G5882&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Osmium Tetroxyde</td>
			<td>EMS</td>
			<td>19150</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uranyl Acetate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>73943</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gelatin Capsule</td>
			<td>EMS</td>
			<td>70110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triming and Histo knives</td>
			<td>LFG Distribution</td>
			<td>Diatome diamond knives</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electron Microscopy copper grid</td>
			<td>LFG Distribution</td>
			<td>G200-Cu</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Grid Coating Pen</td>
			<td>LFG Distribution</td>
			<td>70624</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Specimen Holder</td>
			<td>JEOL</td>
			<td>EM-21311 HTR</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electron Microscope</td>
			<td>JEOL</td>
			<td>JEM-2200FS</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

preparation and observation of thick biological samples by scanning transmission electron tomography

This report describes a protocol for preparing thick biological specimens for further observation using a scanning transmission electron microscope. It also describes an imaging method for studying the 3D structure of thick biological specimens by scanning transmission electron tomography. The sample preparation protocol is based on conventional methods in which the sample is fixed using chemical agents, treated with a heavy atom salt contrasting agent, dehydrated in a series of ethanol baths, and embedded in resin. The specific imaging conditions for observing thick samples by scanning transmission electron microscopy are then described. Sections of the sample are observed using a through-focus method involving the collection of several images at various focal planes. This enables the recovery of in-focus information at various heights throughout the sample. This particular collection pattern is performed at each tilt angle during tomography data collection. A single image is then generated, merging the in-focus information from all the different focal planes. A classic tilt-series dataset is then generated. The advantage of the method is that the tilt-series alignment and reconstruction can be performed using standard tools. The collection of through-focal images allows the reconstruction of a 3D volume that contains all of the structural details of the sample in focus.

In onze studie werden elektronen versneld tot 200 kV in het veldemissie pistool elektronenmicroscoop. Beelden werden opgevangen in STEM BF-modus met behulp van een 20-ps verblijftijd. Betreffende het ontwerp van de doorgaande focal tilt-serie, vonden we aandacht intervallen van 150 nm hebben bevredigende resultaten voor de ultrastructurele studie van een 750 nm dikke biologisch monster-hoewel de scherptediepte van de elektronenbundel slechts 3 nm-aangezien we gebruik gemaakt van een zeer...

Watch this Scientific Journal Video about Preparation and Observation of Thick Biological Samples by Scanning Transmission Electron Tomography at JoVE.com

Preparation and Observation of Thick Biological Samples by Scanning Transmission Electron Tomography

This report describes a sample preparation protocol and specific imaging conditions for performing scanning transmission electron tomography of thick biological specimens.

Voorbereiding en observatie van Thick biologische monsters door Scanning Transmission Electron Tomografie

This report describes a protocol for preparing thick biological specimens for further observation using a scanning transmission electron microscope. It ...

Research

JoVE Journal

Biology

Visualization of ATP Synthase Dimers in Mitochondria by Electron Cryo-tomography

Visualisatie van ATP synthase Dimeren in Mitochondriën door Electron Cryo-tomografie

Electron cryo-tomography is a powerful tool in structural biology, capable of visualizing the three-dimensional structure of biological samples, such as ...

Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

Flat Mount Voorbereiding voor observatie en analyse van de zebravis embryo Exemplaren gekleurd door Whole Mount<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisatie

The zebrafish embryo is now commonly used for basic and biomedical research to investigate the genetic control of developmental processes and to model ...

Studying the Supramolecular Organization of Photosynthetic Membranes within Freeze-fractured Leaf Tissues by Cryo-scanning Electron Microscopy

Het bestuderen van de Supramoleculaire organisatie van Photosynthetic Membranen binnen Freeze-gebroken Leaf Tissues door Cryo-Scanning Electron Microscopy

Cryo-scanning electron microscopy (SEM) of freeze-fractured samples allows investigation of biological structures at near native conditions. Here, we ...

Scanning Electron Microscopy (SEM) Protocols for Problematic Plant, Oomycete, and Fungal Samples

Scanning Electron Microscopy SEM Protocols for Problematic Plant, Oomycete, and Fungal Samples

Scanning Electron Microscopy (SEM) Protocollen voor Problematisch Plant, oömyceet en Fungal Samples

Common problems in the processing of biological samples for observations with the scanning electron microscope (SEM) include cell collapse, treatment of ...

Sample Preparation and Imaging of Exosomes by Transmission Electron Microscopy

Bereiding van de monsters en de beeldvorming van de Exosomes door transmissie-elektronenmicroscopie

Exosomes are nano-sized extracellular vesicles secreted by body fluids and are known to represent the characteristics of cells that secrete them. The ...

Visualization of DNA Compaction in Cyanobacteria by High-voltage Cryo-electron Tomography

Visualisatie van DNA verdichting in cyanobacteriën door hoogspannings-Cryo-Elektronentomografie

This protocol describes how to visualize the transient DNA compaction in cyanobacteria. DNA compaction is a dramatic cytoplasmic event recently found to ...

Miniaturized Sample Preparation for Transmission Electron Microscopy

Verkleinde monstervoorbereiding voor transmissie-elektronenmicroscopie

Due to recent technological progress, cryo-electron microscopy (cryo-EM) is rapidly becoming a standard method for the structural analysis of protein ...

Biological Sample Preparation by High-pressure Freezing, Microwave-assisted Contrast Enhancement, and Minimal Resin Embedding for Volume Imaging

Bereiding van de biologische monsters door hogedruk bevriezing, magnetron-bijgewoonde contrastverbetering, en minimale hars inbedding voor Volume Imaging

The described sample preparation technique is designed to combine the best quality of ultrastructural preservation with the most suitable contrast for the ...

Array Tomography Workflow for the Targeted Acquisition of Volume Information using Scanning Electron Microscopy

Array Tomography Workflow voor de gerichte acquisitie van volume-informatie met behulp van Scanning Electron Microscopy

Electron microscopy is applied in biology and medicine for imaging of cellular and structural details at nanometer resolution. Historically, Transmission ...

Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy (SBF-SEM) of Biological Tissue Samples

Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy SBF-SEM of Biological Tissue Samples

Serial Block-Face Scanning Electron Microscopie (SBF-SEM) van biologische weefselmonsters

Serial block-face scanning electron microscopy (SBF-SEM) allows for the collection of hundreds to thousands of serially-registered ultrastructural images, ...