Sequenziamento dell'RNA (RNA-Seq)

Tra i diversi metodi per valutare l'espressione genica, il sequenziamento ad alto rendimento dell'RNA o RNA-seq. è particolarmente interessante, in quanto può essere eseguito e analizzato senza fare affidamento sulle precedenti informazioni genomiche disponibili. Durante l'RNA-seq, l'RNA isolato da campioni di interesse viene utilizzato per generare una libreria di DNA, che viene quindi amplificata e sequenziata. In definitiva, l'RNA-seq può determinare quali geni sono espressi, i livelli della loro espressione e la presenza di eventuali trascritti precedentemente sconosciuti.

Qui, JoVE presenta i principi di base alla base dell'RNA-seq. Discutiamo quindi le fasi sperimentali e analitiche di un protocollo generale RNA-seq. Infine, esaminiamo come i ricercatori stanno attualmente utilizzando RNA-seq, ad esempio, per confrontare l'espressione genica tra diversi campioni biologici o per caratterizzare le interazioni proteina-RNA.