Sequenciamento de RNA

Overview

Entre diferentes métodos para avaliar a expressão genética, o sequenciamento de alto rendimento do RNA, ou RNA-seq. é particularmente atraente, pois pode ser realizada e analisada sem depender de informações genômicas disponíveis prévias. Durante o RNA-seq, o RNA isolado de amostras de interesse é usado para gerar uma biblioteca de DNA, que é então amplificada e sequenciada. Em última análise, o RNA-seq pode determinar quais genes são expressos, os níveis de sua expressão e a presença de quaisquer transcrições até então desconhecidas.

Aqui, a JoVE apresenta os princípios básicos por trás do RNA-seq. Em seguida, discutimos as etapas experimentais e analíticas de um protocolo geral de RNA-seq. Finalmente, examinamos como os pesquisadores estão usando RNA-seq, por exemplo, para comparar a expressão genética entre diferentes amostras biológicas, ou para caracterizar interações proteína-RNA.

Procedure

Sequenciamento de RNA, ou RNA-seq, é uma técnica que pode fornecer informações sobre a sequência e quantidade de cada RNA expresso, conhecido como "transcriptome", em uma população celular. Ao contrário de outros métodos de perfil de expressão, como microarrays, que envolvem sondagem de sequências conhecidas de RNA, o RNA-seq pode traçar a expressão genética de organismos com genomas não sequenciados. Além disso, o RNA-seq pode medir com precisão uma gama maior de níveis de expressão de transcrição do ...