Name: lerlic-ms/ms for in-depth characterization and quantification of glutamine and asparagine deamidation in shotgun proteomics
Uploaded: 2017-04-09T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about LERLIC-MS/MS for In-depth Characterization and Quantification of Glutamine and Asparagine Deamidation in Shotgun Proteomics at JoVE.com

, सिंगापुर (NMRC-के-IRG-0003-2016), और NTU-NHG एजिंग रिसर्च ग्रांट के राष्ट्रीय चिकित्सा अनुसंधान परिषद (: इस काम के हिस्से में शिक्षा के सिंगापुर मंत्रालय (अनुदान ARC9 / 15 टीयर 2) से अनुदान द्वारा समर्थित किया गया अनुदान ARG / 14,017)। हमारा अनुरोध है हमें पैकिंग सामग्री है कि इस अध्ययन संभव बनाया के साथ प्रदान की के लिए डॉ एंड्रयू अल्पेर्ट और PolyLC टीम के लिए हमारी कृतज्ञता और सबसे दिली धन्यवाद व्यक्त करना चाहेंगे।

1. पैकिंग लंबी लंबाई आयनों विनिमय (LAX) केशिका स्तंभ (ध्यान दें: हालांकि LAX स्तंभ हो सकता है घर में के रूप में हम इस प्रोटोकॉल में वर्णन पैक, लैक्स कॉलम भी व्यावसायिक रूप से उपलब्ध हैं, अधिक जानकारी ?...

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	<li>Hao, P., Adav, S. S., Gallart-Palau, X., Sze, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+mass+spectrometric+analysis+of+protein+deamidation.">Recent advances in mass spectrometric analysis of protein deamidation.</a> Mass Spectrom Rev. , (2016).</li><li>Geiger, T., Clarke, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deamidation,+isomerization,+and+racemization+at+asparaginyl+and+aspartyl+residues+in+peptides.+Succinimide-linked+reactions+that+contribute+to+protein+degradation.">Deamidation, isomerization, and racemization at asparaginyl and aspartyl residues in peptides. Succinimide-linked reactions that contribute to protein degradation.</a> J Biol Chem. 262 (2), 785-794 (1987).</li><li>Serra, A., Gallart-Palau, X., Wei, J., Sze, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+Glutamine+Deamidation+by+Long-Length+Electrostatic+Repulsion-Hydrophilic+Interaction+Chromatography-Tandem+Mass+Spectrometry+(LERLIC-MS/MS)+in+Shotgun+Proteomics.">Characterization of Glutamine Deamidation by Long-Length Electrostatic Repulsion-Hydrophilic Interaction Chromatography-Tandem Mass Spectrometry (LERLIC-MS/MS) in Shotgun Proteomics.</a> Anal Chem. , (2016).</li><li>Reissner, K. J., Aswad, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deamidation+and+isoaspartate+formation+in+proteins:+unwanted+alterations+or+surreptitious+signals.">Deamidation and isoaspartate formation in proteins: unwanted alterations or surreptitious signals.</a> Cell Mol Life Sci. 60 (7), 1281-1295 (2003).</li><li>Capasso, S., Mazzarella, L., Sica, F., Zagari, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=First+evidence+of+spontaneous+deamidation+of+glutamine+residue+via+cyclic+imide+to+[small+alpha]-+and+[gamma]-glutamic+residue+under+physiological+conditions.">First evidence of spontaneous deamidation of glutamine residue via cyclic imide to [small alpha]- and [gamma]-glutamic residue under physiological conditions.</a> JChem Soc, Chem Commun. (23), 1667-1668 (1991).</li><li>Gallart-Palau, X., Serra, A., Sze, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enrichment+of+extracellular+vesicles+from+tissues+of+the+central+nervous+system+by+PROSPR.">Enrichment of extracellular vesicles from tissues of the central nervous system by PROSPR.</a> Mol Neurodegener. 11 (1), 41 (2016).</li><li>Gallart-Palau, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gender+differences+in+white+matter+pathology+and+mitochondrial+dysfunction+in+Alzheimer's+disease+with+cerebrovascular+disease.">Gender differences in white matter pathology and mitochondrial dysfunction in Alzheimer's disease with cerebrovascular disease.</a> Mol Brain. 9, 27 (2016).</li><li>Gallart-Palau, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Temporal+lobe+proteins+implicated+in+synaptic+failure+exhibit+differential+expression+and+deamidation+in+vascular+dementia.">Temporal lobe proteins implicated in synaptic failure exhibit differential expression and deamidation in vascular dementia.</a> Neurochem Int. 80, 87-98 (2015).</li><li>Robinson, N. E., Robinson, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+clocks.">Molecular clocks.</a> Proc Natl Acad Sci U.S.A. 98 (3), 944-949 (2001).</li><li>Hao, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+separation+and+characterization+of+deamidated+peptides+with+RP-ERLIC-based+multidimensional+chromatography+coupled+with+tandem+mass+spectrometry.">Enhanced separation and characterization of deamidated peptides with RP-ERLIC-based multidimensional chromatography coupled with tandem mass spectrometry.</a> J Proteome Res. 11 (3), 1804-1811 (2012).</li><li>Li, X., Lin, C., O'Connor, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glutamine+deamidation:+differentiation+of+glutamic+acid+and+gamma-glutamic+acid+in+peptides+by+electron+capture+dissociation.">Glutamine deamidation: differentiation of glutamic acid and gamma-glutamic acid in peptides by electron capture dissociation.</a> Anal Chem. 82 (9), 3606-3615 (2010).</li><li>Smith, P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+protein+using+bicinchoninic+acid.">Measurement of protein using bicinchoninic acid.</a> Anal Biochem. 150 (1), 76-85 (1985).</li><li>Serra, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plasma+proteome+coverage+is+increased+by+unique+peptide+recovery+from+sodium+deoxycholate+precipitate.">Plasma proteome coverage is increased by unique peptide recovery from sodium deoxycholate precipitate.</a> Anal Bioanal Chem. , 1-11 (2016).</li><li>Gallart-Palau, X., Serra, A., Sze, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uncovering+Neurodegenerative+Protein+Modifications+via+Proteomic+Profiling.">Uncovering Neurodegenerative Protein Modifications via Proteomic Profiling.</a> Int Rev Neurobiol. 121, 87-116 (2015).</li><li>Liu, Y. D., van Enk, J. Z., Flynn, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+antibody+Fc+deamidation+in+vivo.">Human antibody Fc deamidation in vivo.</a> Biologicals. 37 (5), 313-322 (2009).</li><li>Serra, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commercial+processed+soy-based+food+product+contains+glycated+and+glycoxidated+lunasin+proteoforms.">Commercial processed soy-based food product contains glycated and glycoxidated lunasin proteoforms.</a> Sci Rep. 6, 26106 (2016).</li><li>Serra, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-throughput+peptidomic+strategy+to+decipher+the+molecular+diversity+of+cyclic+cysteine-rich+peptides.">A high-throughput peptidomic strategy to decipher the molecular diversity of cyclic cysteine-rich peptides.</a> Sci Rep. 6, 23005 (2016).</li><li>Leo, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deamidation+at+asparagine+and+glutamine+as+a+major+modification+upon+deterioration/aging+of+proteinaceous+binders+in+mural+paintings.">Deamidation at asparagine and glutamine as a major modification upon deterioration/aging of proteinaceous binders in mural paintings.</a> Anal Chem. 83 (6), 2056-2064 (2011).</li><li>Wilson, J., van Doorn, N. L., Collins, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+the+extent+of+bone+degradation+using+glutamine+deamidation+in+collagen.">Assessing the extent of bone degradation using glutamine deamidation in collagen.</a> Anal Chem. 84 (21), 9041-9048 (2012).</li><li>Buszewski, B., Noga, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrophilic+interaction+liquid+chromatography+(HILIC)--a+powerful+separation+technique.">Hydrophilic interaction liquid chromatography (HILIC)--a powerful separation technique.</a> Anal Bioanal Chem. 402 (1), 231-247 (2012).</li><li>Alpert, A. J., Hudecz, O., Mechtler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anion-exchange+chromatography+of+phosphopeptides:+weak+anion+exchange+versus+strong+anion+exchange+and+anion-exchange+chromatography+versus+electrostatic+repulsion-hydrophilic+interaction+chromatography.">Anion-exchange chromatography of phosphopeptides: weak anion exchange versus strong anion exchange and anion-exchange chromatography versus electrostatic repulsion-hydrophilic interaction chromatography.</a> Anal Chem. 87 (9), 4704-4711 (2015).</li><li>Adav, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dementia-linked+amyloidosis+is+associated+with+brain+protein+deamidation+as+revealed+by+proteomic+profiling+of+human+brain+tissues.">Dementia-linked amyloidosis is associated with brain protein deamidation as revealed by proteomic profiling of human brain tissues.</a> Mol Brain. 9 (1), 20 (2016).</li><li>Golde, T. E., Borchelt, D. R., Giasson, B. I., Lewis, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thinking+laterally+about+neurodegenerative+proteinopathies.">Thinking laterally about neurodegenerative proteinopathies.</a> J Clin Invest. 123 (5), 1847-1855 (2013).</li><li>Gallart-Palau, X., Ng, C. H., Ribera, J., Sze, S. K., Lim, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+expressing+human+SOD1+successfully+recapitulates+mitochondrial+phenotypic+features+of+familial+amyotrophic+lateral+sclerosis.">Drosophila expressing human SOD1 successfully recapitulates mitochondrial phenotypic features of familial amyotrophic lateral sclerosis.</a> Neurosci Lett. 624, 47-52 (2016).</li><li>Ouellette, D., Chumsae, C., Clabbers, A., Radziejewski, C., Correia, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+the+in+vitro+and+in+vivo+stability+of+a+succinimide+intermediate+observed+on+a+therapeutic+IgG1+molecule.">Comparison of the in vitro and in vivo stability of a succinimide intermediate observed on a therapeutic IgG1 molecule.</a> mAbs. 5 (3), 432-444 (2013).</li><li>Kumar, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unexpected+functional+implication+of+a+stable+succinimide+in+the+structural+stability+of+Methanocaldococcus+jannaschii+glutaminase.">Unexpected functional implication of a stable succinimide in the structural stability of Methanocaldococcus jannaschii glutaminase.</a> Nat Commun. 7, 12798 (2016).</li><li>Alpert, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrostatic+Repulsion+Hydrophilic+Interaction+Chromatography+for+Isocratic+Separation+of+Charged+Solutes+and+Selective+Isolation+of+Phosphopeptides.">Electrostatic Repulsion Hydrophilic Interaction Chromatography for Isocratic Separation of Charged Solutes and Selective Isolation of Phosphopeptides.</a> Anal Chem. 80 (1), 62-76 (2008).</li><li>Hao, P., Ren, Y., Alpert, A. J., Sze, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection,+Evaluation+and+Minimization+of+Nonenzymatic+Deamidation+in+Proteomic+Sample+Preparation.">Detection, Evaluation and Minimization of Nonenzymatic Deamidation in Proteomic Sample Preparation.</a> Mol Cell Proteomics. 10 (10), 111 (2011).</li><li>Hao, P., Ren, Y., Datta, A., Tam, J. P., Sze, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+effect+of+trypsin+digestion+buffers+on+artificial+deamidation.">Evaluation of the effect of trypsin digestion buffers on artificial deamidation.</a> J Proteome Res. 14 (2), 1308-1314 (2015).</li><li>Liu, S., Moulton, K. R., Auclair, J. R., Zhou, Z. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mildly+acidic+conditions+eliminate+deamidation+artifact+during+proteolysis:+digestion+with+endoprotease+Glu-C+at+pH+4.5.">Mildly acidic conditions eliminate deamidation artifact during proteolysis: digestion with endoprotease Glu-C at pH 4.5.</a> Amino Acids. 48 (4), 1059-1067 (2016).</li></ol>

इस वीडियो को-लेख में हम LERLIC-एमएस / एमएस 3 के एक कदम-दर-कदम प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं, एक विधि में गहराई से लक्षण वर्णन प्रदर्शन करने के लिए है और इसे सही प्रोटीन deamidation और एंजाइमी प्रक्रियाओं इस प्?...

Deamidation एक प्रोटीन posttranslational संशोधन (PTM) कि asparagine (Asn) और / या glutamine (Gln) अवशेषों 1 के संशोधन के माध्यम से प्रोटीन रीढ़ की हड्डी के लिए एक नकारात्मक चार्ज का परिचय है। 1 2 अनुपात: इस संशोधन Asn अवशेषों को प्रभावित करने, जबकि एक आम 3 पर समाजिक उत्पादों isoaspartic एसिड (isoAsp) और n -aspartic एसिड (एएसपी) उत्पन्न करता है। होते हुए भी, इस अनुपात मरम्मत एंजाइम एल isoaspartyl मिथाइल (PIMT) 3, 4 के हस्तक्षेप के द्वारा बदला जा सकता। इसी तरह, Gln अवशेषों की deamidation एक उम्मीद 1 पर समाजिक गामा glutamic एसिड (γ-ग्लू) और अल्फा-glutamic एसिड isoforms (α-ग्लू) उत्पन्न करता है: 7 अनुपात 3, 5, लेकिन इस अनुपात की कार्रवाई के द्वारा स्थानांतरित किया जा सकता हर जगह का एंजाइम transglutaminase 2 और अन्य transglutaminases, सहित transglutaminase 1, एक ईnzyme हाल ही में पहचान के रूप में मस्तिष्क 6 में बाह्य पुटिकाओं के साथ जुड़े। Deamidation की उत्पत्ति पूर्व Gln अवशेषों जिसमें transglutaminases और अन्य एंजाइमों transamidation के माध्यम से अंतर / इंट्रा-आणविक तिर्यक मध्यस्थता पर विशेष रूप से आम है, या तो सहज या एंजाइमी हो सकता है (कई जीर्ण में और इसके निहितार्थ Gln transamidation पर अधिक जानकारी के लिए 3 देख सकते हैं और घातक मानव रोगों)। इसलिए, deamidation एक PTM संरचना पर एक महत्वपूर्ण प्रतिक्रिया और प्रभावित अणुओं 4, 7, 8 के समारोह है और इसके सेवा उम्र बढ़ने 9 के रूप में आणविक घड़ी सहित अपनी विभिन्न जैव रासायनिक परिणामों के प्रकाश में में गहराई से रासायनिक लक्षण वर्णन 3 की आवश्यकता है कि है । हालांकि Asn अवशेषों की deamidation कर दिया गया है<html> अपेक्षाकृत नीचे-ऊपर बन्दूक प्रोटिओमिक्स द्वारा-वर्णन 1, 10, Gln अवशेषों की deamidation अभी भी इलेक्ट्रॉन आधारित कट्टरपंथी विखंडन 11 से मॉडल यौगिकों के चुनौतीपूर्ण विश्लेषण से परे एक उपयुक्त लक्षण वर्णन विधि नहीं है। हमने हाल ही में एक उपन्यास एक आयाम बन्दूक प्रोटिओमिक्स रणनीति (LERLIC-एमएस / एमएस) 3 कि एक विश्लेषण में जटिल जैविक नमूने और मॉडल यौगिकों से Gln और Asn deamidation isoforms की जुदाई में सक्षम बनाता है विकसित किया है। LERLIC-एमएस / एमएस एक लंबे समय से लंबाई (50 सेमी) आयन एक्सचेंज स्तंभ (LAX) इलेक्ट्रोस्टैटिक प्रतिकर्षण-हाइड्रोफिलिक बातचीत क्रोमैटोग्राफी (ERLIC) मोड पर काम का उपयोग कर पेप्टाइड्स tryptic पच की जुदाई पर आधारित है और मिलकर मास स्पेक्ट्रोमेट्री के लिए युग्मित है (LC- एमएस / एमएस)। इस नई विश्लेषणात्मक रणनीति चिह्नित करने के लिए और अपेक्षाकृत मानव मस्तिष्क के ऊतकों में प्रत्येक deamidated अवशेषों की हद तक quantitate इस्तेमाल किया गया हैच &quot;&gt; 3। फिर भी, प्रोटोकॉल को यहां बताई LERLIC-एमएस / एमएस की वीडियो इमेजिंग ब्याज की जैव रासायनिक संदर्भ में प्रोटीन deamidation की विशेषताओं का अध्ययन करने के उद्देश्य से प्रदान करेगा। नैतिकता कथन इस प्रोटोकॉल के सभी प्रक्रियाओं सिंगापुर में नानयांग प्रौद्योगिकी विश्वविद्यालय की संस्थागत समीक्षा बोर्ड द्वारा अनुमोदित किया गया है और संस्थागत दिशा निर्देशों के अनुसार प्रदर्शन किया गया है।

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1053">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">PolyCAT 3&#181;m 100-&#197; (bulk material)</td>
			<td style="width:424px;">PolyLC Inc.</td>
			<td style="width:207px;">Special order</td>
			<td style="width:64px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:359px;">Long-length ion exchange capillary column 50 cm - 200 &#181;m ID</td>
			<td style="width:424px;">PolyLC Inc.</td>
			<td style="width:207px;">Special order</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">PEEKsil Tubing 1/16&#34; OD x 200 &#181;m ID x 50 cm length</td>
			<td>SGE Analytical Science under Trajan Scientific Australia&#160;</td>
			<td style="width:207px;">620050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Female-to-female fitting for 1/16&#34; OD tubbing</td>
			<td>Upchurch Scientific</td>
			<td style="width:207px;">UPCHF-125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Female nut for microferule</td>
			<td>Upchurch Scientific</td>
			<td style="width:207px;">UPCHP-416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Microferule</td>
			<td>Upchurch Scientific</td>
			<td style="width:207px;">UPCHF-132</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Pressure Bomb NanoBaume</td>
			<td style="width:424px;">Western Fluids Engineering</td>
			<td style="width:207px;">SP-400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Shimadzu Prominence UFLC system</td>
			<td style="width:424px;">Shimadzu</td>
			<td style="width:207px;">Prominence UFLC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Bullet Blender</td>
			<td style="width:424px;">Next Advance</td>
			<td style="width:207px;">BBX24</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Safe-lock tubes</td>
			<td style="width:424px;">Eppendorf&#160;</td>
			<td>T9661-1000EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Stainless steel beads. 0.9 &#8211; 2.0 mm. 1 lb. Non-sterile.</td>
			<td style="width:424px;">Next Advance</td>
			<td>SSB14B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Table-top centrifuge&#160;</td>
			<td style="width:424px;">Hettich Zentrifugen</td>
			<td style="width:207px;">Rotina 380 R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Standard Digital Heated Circulating Bath, 120VAC</td>
			<td style="width:424px;">PolyScience 8006 6L</td>
			<td style="width:207px;">8006A11B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Sep-pack c18 desalting cartridge 50 mg</td>
			<td style="width:424px;">Waters</td>
			<td style="width:207px;">WAT020805</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Vacumm concentrator</td>
			<td style="width:424px;">Eppendorf&#160;</td>
			<td style="width:207px;">Concentrator Plus System</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Dionex UltiMate 3000 UHPLC&#160;</td>
			<td style="width:424px;">Dionex</td>
			<td style="width:207px;">UltiMate 3000 UHPLC&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Orbitrap Elite mass spectrometer</td>
			<td style="width:424px;">Thermo Fisher Scientific Inc.</td>
			<td style="width:207px;">ORBITRAP ELITE</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Michrom Thermo CaptiveSpray&#160;</td>
			<td style="width:424px;">Michrom-Bruker Inc.</td>
			<td style="width:207px;">TCSI-SS2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Incubator INCUCELL&#160;</td>
			<td style="width:424px;">MMM Group</td>
			<td style="width:207px;">INCUCELL111</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Sequencing-grade modified trypsin</td>
			<td style="width:424px;">Promega</td>
			<td style="width:207px;">V5111</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Protease inhibitor cocktail tablets</td>
			<td style="width:424px;">Roche</td>
			<td style="width:207px;">11836170001 (ROCHE)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Phosphate buffer solution 10X (diluted to 1x)</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">P5493</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Ammonium acetate</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">A1542</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Sodium deoxycholate</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">D6750</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Dithiothreitol</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">D0632</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Iodoacetamide</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">i6125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Formic acid</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">F0507 (HONEYWELL)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Ammonium hydroxide</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">338818 (HONEYWELL)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Acetonitrile HPLC grade</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">675415</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Isopropanol HPLC grade</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">675431</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Water HPLC grade</td>
			<td style="width:424px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:207px;">14263</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

lerlic-ms/ms for in-depth characterization and quantification of glutamine and asparagine deamidation in shotgun proteomics

प्रोटीन deamidation की विशेषता भूमिका (रों) और इस प्रोटीन posttranslational संशोधन (PTM) मानव विकृति और अन्य जैव रासायनिक संदर्भों में की क्षमता को समझने के लिए आवश्यक है। आदेश प्रोटीन deamidation के लक्षण वर्णन करने के लिए, हम हाल ही में एक उपन्यास लंबी लंबाई इलेक्ट्रोस्टैटिक प्रतिकर्षण-हाइड्रोफिलिक बातचीत क्रोमैटोग्राफी मिलकर मास स्पेक्ट्रोमेट्री (LERLIC-एमएस / एमएस) विधि है जो glutamine (Gln) और asparagine (Asn) isoform अलग कर सकते हैं विकसित किया है अत्यधिक जटिल जैविक नमूनों के लिए मॉडल यौगिकों से deamidation के उत्पादों। LERLIC-एमएस / एमएस इसलिए है, जुदाई और Gln deamidation isoforms की मात्रा के लिए पहली बन्दूक प्रोटिओमिक्स रणनीति। हम यह भी एक नई बात के रूप में, प्रदर्शित, कि नमूना प्रसंस्करण यहां उल्लिखित प्रोटोकॉल LERLIC-एमएस / एमएस द्वारा अपने लक्षण वर्णन की इजाजत दी स्थिर succinimide मध्यवर्ती। इस वीडियो लेख में दिखाया गया है LERLIC-एमएस / एमएस के अनुप्रयोग वर्तमान में unknow स्पष्ट करने में मदद कर सकते हैंप्रोटीन deamidation की n आणविक सरणियों। साथ ही, LERLIC-एमएस / एमएस एंजाइमों की अभिक्रियाएं कि विशिष्ट जैविक पृष्ठभूमि में deamidation धरना के आगे समझ प्रदान करता है।

Gln और Asn अवशेषों की Deamidation एक अपक्षयी प्रोटीन संशोधन (DPM) कई पुरानी और घातक रोगों 14 में फंसाया जाता है। यह प्रदर्शन किया गया है कि इस PTM मानव शरीर और इसी तरह के जैविक पृष्ठभूमि 1,</su...

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LERLIC-MS/MS for In-depth Characterization and Quantification of Glutamine and Asparagine Deamidation in Shotgun Proteomics

यहाँ हम लंबे समय से लंबाई इलेक्ट्रोस्टैटिक प्रतिकर्षण-हाइड्रोफिलिक बातचीत क्रोमैटोग्राफी मिलकर मास स्पेक्ट्रोमेट्री (LERLIC-एमएस / एमएस) विधि का एक कदम-दर-कदम प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं। यह एक उपन्यास पद्धति है कि बन्दूक प्रोटिओमिक्स द्वारा पहली बार परिमाणन और glutamine और asparagine deamidation isoforms की लक्षण वर्णन के लिए सक्षम बनाता है।

LERLIC-एमएस / एमएस में गहन विशेषता के लिए और Glutamine की मात्रा और asparagine Deamidation शॉटगन प्रोटिओमिक्स में

Characterization of protein deamidation is imperative to decipher the role(s) and potentialities of this protein posttranslational modification (PTM) in ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Isobaric लेबलिंग, व्यापक तरल क्रोमैटोग्राफी, मास स्पेक्ट्रोमेट्री, और सॉफ्टवेयर असिस्टेड ठहराव द्वारा डीप Proteome profile

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Characterization of Glycoproteins with the Immunoglobulin Fold by X-Ray Crystallography and Biophysical Techniques

एक्स-रे क्रि और भौतिक तकनीकों द्वारा Immunoglobulin गुना के साथ नच का लक्षण वर्णन

Glycoproteins on the surface of cells play critical roles in cellular function, including signalling, adhesion and transport. On leukocytes, several of ...

Extracellular Protein Microarray Technology for High Throughput Detection of Low Affinity Receptor-Ligand Interactions

Extracellular प्रोटीन Microarray कम संबध रिसेप्टर का उच्च प्रवाह का पता लगाने के लिए प्रौद्योगिकी-Ligand बातचीत

Secreted factors, membrane-tethered receptors, and their interacting partners are main regulators of cellular communication and initiation of signaling ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

पेप्टाइड संवर्धन और मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा प्रोटीन सर्वव्यापकता साइटों का पता लगाना

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

SUMO-Binding Entities (SUBEs) as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

SUMO-Binding Entities SUBEs as Tools for the Enrichment, Isolation, Identification, and Characterization of the SUMO Proteome in Liver Cancer

लीवर कैंसर में सूमो प्रोटेओम के संवर्धन, अलगाव, पहचान, और विशेषता के लिए उपकरण के रूप में SUMO-Binding संस्थाओं (SUBEs)

Post-translational modification is a key mechanism regulating protein homeostasis and function in eukaryotic cells. Among all ubiquitin-like proteins in ...

Quantification of Coenzyme A in Cells and Tissues

कोशिकाओं और ऊतकों में कोएंजाइम ए का परिमाण

Emerging research has revealed that the cellular coenzyme A (CoA) supply can become limiting with a detrimental impact on growth, metabolism and survival. ...

TMT Sample Preparation for Proteomics Facility Submission and Subsequent Data Analysis

प्रोटेओमिक्स सुविधा सबमिशन और बाद के डेटा विश्लेषण के लिए टीएमटी नमूना तैयारी

Proteomic technologies are powerful methodologies that can aid our understanding of mechanisms of action in biological systems by providing a global view ...

JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics

जेयूएमपीएन: प्रोटिओमिक्स में प्रोटीन सह-अभिव्यक्ति क्लस्टरिंग और नेटवर्क विश्लेषण के लिए एक सुव्यवस्थित अनुप्रयोग

With recent advances in mass spectrometry-based proteomics technologies, deep profiling of hundreds of proteomes has become increasingly feasible. ...

Shotgun Proteomics Sample Processing Automated by an Open-Source Lab Robot

शॉटगन प्रोटिओमिक्स नमूना प्रसंस्करण एक ओपन-सोर्स लैब रोबोट द्वारा स्वचालित

Mass spectrometry-based shotgun proteomics experiments require multiple sample preparation steps, including enzymatic protein digestion and clean-up, ...

Shotgun Lipidomics of Rodent Tissues

कृंतक ऊतकों के शॉटगन लिपिडोमिक्स

Lipids play a vital role as essential components of all prokaryotic and eukaryotic cells. Constant technological improvements in mass spectrometry have ...