Name: investigating protein sequence-structure-dynamics relationships with bio3d-web
Uploaded: 2017-07-16T14:00:00
Duration: 9 min 51 s
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हम डॉ गुइडो स्कार्बेले और होंगियांग ली को विकास के दौरान व्यापक परीक्षण के साथ-साथ जैव 3 डी उपयोगकर्ता समुदाय और बर्गन की संरचनात्मक जैव सूचना विज्ञान कार्यशाला प्रतिभागियों के प्रतिभागियों और टिप्पणियों के लिए धन्यवाद जो इस आवेदन को बेहतर कर चुके हैं।

<ol>
	<li>Kornev, A. P., Taylor, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics-Driven+Allostery+in+Protein+Kinases.">Dynamics-Driven Allostery in Protein Kinases.</a> Trends Biochem. Sci. 40 (11), 628-647 (2015).</li><li>Yao, X. -. Q., Grant, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Domain-opening+and+dynamic+coupling+in+the+&#945;-subunit+of+heterotrimeric+G+proteins.">Domain-opening and dynamic coupling in the &#945;-subunit of heterotrimeric G proteins.</a> Biophys. J. 105 (2), L08-L10 (2013).</li><li>Henzler-Wildman, K. 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लेखकों ने घोषणा की है कि उनके पास कोई प्रतिस्पर्धी वित्तीय हित नहीं है

प्रोटीन डाटा बैंक (पीडीबी) में अब 120,000 से अधिक प्रोटीन संरचनाएं हैं - इनमें से कई प्रोटीन परिवार के हैं लेकिन विभिन्न प्रयोगात्मक स्थितियों के तहत हल किया गया है। इन एकाधिक संरचनाएं प्रोटीन फार्म और समारोह की जटिलताओं को समझने के लिए एक अमूल्य संसाधन का प्रतिनिधित्व करती हैं। उदाहरण के लिए, इन संरचनाओं की कठोर तुलना 1 , 2 , 3 के महत्वपूर्ण आणविक तंत्रों को प्रकट कर सकती है और लिगंड बाध्यकारी, एंजाइमिक कटैलिसीस और बाय-आणविक मान्यता 4 , 5 , 6 , 7 सहित प्रक्रियाओं में शामिल गठनात्मक गतिशीलता को सूचित करती है। नई अंतर्दृष्टि अक्सर प्रोटीन परिवारों के अनुक्रम, संरचना और गतिशीलता के विस्तृत बड़े पैमाने पर विश्लेषण से प्राप्त की जा सकती हैं। हालांकि, यह आमतौर पर काफी bioinf की आवश्यकता हैअध्ययन के तहत प्रोटीन प्रणालियों के साथ परिचित के साथ साथ ormatics और कंप्यूटर प्रोग्रामिंग विशेषज्ञता। उदाहरण के लिए, Bio3D, प्रोडी और मेवेन जैसे सॉफ़्टवेयर संकुल क्रमशः 8 , 9 , 10 में आर, अजगर और मटैब में प्रोग्रामिंग की आवश्यकता है। इसके विपरीत, संरचनात्मक लचीलेपन के विश्लेषण के लिए ऑनलाइन उपकरण आम तौर पर व्यक्तिगत संरचनाओं 11 , 12 की जांच के लिए सीमित हैं। इस संबंध में एक अपवाद हाल ही में विकसित WebNM @ सर्वर है, जो कई पूर्व-संरेखित उपयोगकर्ता निर्दिष्ट संरचनाओं के सामान्य मोड विश्लेषण (एनएमए) से प्राप्त लचीलेपन पैटर्न की तुलना करने के लिए अनुमति देता है 13 हालांकि, इस सर्वर में तुलना की जाने वाली संरचनाओं की पहचान, उनके संरेखण या एनएमए के आगे के विश्लेषण के लिए एक स्वचालित प्रक्रिया नहीं है। एक अन्य हालिया योगदान ऑनलाइन पीडीबीएफएक्स डेटाबेस है, जो पूर्व-सी प्रस्तुत करता हैसाझा करने 95% या उससे अधिक अनुक्रम पहचान 14 PDB संरचनाओं के omputed विश्लेषण। हालांकि, अधिक विविध संरचना सेटों का विश्लेषण वर्तमान में उपलब्ध नहीं है हम पहले से प्रस्तुत किया है Bio3D-वेब - प्रोटीन अनुक्रम संरचना-गतिशील रिश्तों 15 के विश्लेषण के लिए वेब अनुप्रयोग का उपयोग करने के लिए एक आसान। जैव 3 डी-वेब अद्वितीय, बड़े मुताबिक़ ढांचे के सेट की पहचान, तुलना और विस्तृत विश्लेषण के लिए एकीकृत कार्यक्षमता का उपयोग करने में आसान है। यहां हम जैव 3 डी-वेब का इस्तेमाल करते हुए प्रोटीन अनुक्रम-संरचना-गतिशीलता संबंधों की ऑनलाइन जांच के लिए विस्तृत प्रोटोकॉल पेश करते हैं। Bio3D- वेब चित्र 1 में दिखाए गए डेटा विश्लेषण के पांच प्रमुख चरणों का समर्थन करने के लिए विभिन्न प्रकार के कार्यों को प्रदान करता है और नीचे विस्तार से चर्चा करता है। ये चरण एक वर्कफ़्लो का गठन करते हैं जो कि अनुक्रम-संरचना-गतिशील विश्लेषण के कई स्तरों के माध्यम से, क्वेरी अनुक्रम या संरचना इनपुट से फैला है, संक्षेप मेंवाई रिपोर्ट पीढ़ी परिणाम व्यापक इन-ब्राउज़र विज़ुअलाइज़ेशन और साजिश रचने वाले उपकरणों के माध्यम से, साथ ही आमतौर पर प्रयुक्त स्वरूपों में परिणाम फ़ाइलें डाउनलोड करने के माध्यम से उपलब्ध हैं। पैरामीटर और विधि विकल्पों के प्रभावों की खोज के लिए डायनामिक इंटरफ़ेस का उपयोग करने के लिए सुविधाजनक आसान के अलावा, पीडीएफ, डीओसी और एचटीएमएल स्वरूपों में एक बाध्य प्रजनन रिपोर्ट के रूप में उपयोगकर्ता के सत्र के पूर्ण उपयोगकर्ता इनपुट और बाद के ग्राफिकल परिणामों को भी रिकॉर्ड किया गया है। उपयोगकर्ता सत्रों को बचाया जा सकता है और भविष्य के समय में पुनः लोड किया जा सकता है और डाउनलोड किए गए पूरा परिणाम और आगे उपयोगकर्ता के स्थानीय मशीन पर Bio3D R पैकेज द्वारा व्याख्या कर सकते हैं। बायोमोलेक्युलर संरचना, अनुक्रम और आणविक सिमुलेशन डेटा 8 , 16 के विश्लेषण के लिए Bio3D-Web Bio3D R पैकेज द्वारा संचालित है। विशेष रूप से, कठोर-कोर पहचान के लिए Bio3D एल्गोरिदम 8 , सुपरपोजिशन, प्रिंसिपल घटक विश्लेषण(पीसीए) 8 , और पहनावा सामान्य मोड विश्लेषण (ईएनएमए) 16 आवेदन का आधार बनाते हैं। हम Bio3D प्रोटोकॉल का उपयोग भी करते हैं जो संबंधित प्रोटीन संरचनाओं की पहचान के लिए पीएचएमएमईआर 17 पर निर्भर करते हैं, और एकाधिक अनुक्रम संरेखण के लिए मसले 18 । संरचना और अनुक्रम एनोटेशन, आरसीएसबी पीडीबी 19 और पीएफएएम डाटाबेस 20 से बीओ 3 डी उपयोगिताओं के माध्यम से प्राप्त किए जाते हैं। Bio3D- वेब हमारे ऑनलाइन सर्वर से चलाया जा सकता है या किसी भी कंप्यूटर पर स्थानीय रूप से संस्थापित किया जा सकता है। आरओ। बायो 3 डी-वेब सभी उपयोगकर्ताओं के लिए खुला है और इसे GPL-3 ओपन-सोर्स लाइसेंस के तहत नि: शुल्क प्रदान किया जा सकता है: http: // thegrantlab org / bio3d / webapps

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Bio3D-web</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Web-site</td>
			<td>http://thegrantlab.org/bio3d-web/</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Requirements</td>
			<td>Web browser</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

investigating protein sequence-structure-dynamics relationships with bio3d-web

हम बायोमोलेक्युलर संरचना डेटा के इंटरैक्टिव विश्लेषण के लिए Bio3D-web का उपयोग प्रदर्शित करते हैं। Bio3D- वेब अनुप्रयोग निम्न के लिए ऑनलाइन कार्यक्षमता प्रदान करता है: (1) संबंधित प्रोटीन संरचना की पहचान समानता के उपयोगकर्ता निर्दिष्ट थ्रेसहोल्ड के लिए सेट करती है; (2) उनके एकाधिक संरेखण और संरचना superposition; (3) अनुक्रम और संरचना संरक्षण विश्लेषण; (4) मुख्य घटक विश्लेषण के साथ इंटर-कंफोर्मर रिलेशन मैपिंग, और (5) पहनावा आंतरिक गतिशीलता की तुलना में सामान्य मोड विश्लेषण के जरिये। यह एकीकृत कार्यप्रणाली प्रोटीन परिवारों और सुपरफिलीज में अनुक्रम-संरचना-गतिशील संबंधों की जांच करने के लिए एक पूर्ण ऑनलाइन वर्कफ़्लो प्रदान करती है।

एडेनीलेट काइनेज (एडीके) एक सर्वव्यापी एंजाइम है जो कई सेलुलर प्रक्रियाओं के लिए आवश्यक कोशिकालोग्राम न्यूक्लियोटाइड के बीच संतुलन बनाए रखने के लिए कार्य करता है। एडीके एटीपी से एएमपी तक एक फास्फोरील ग्रुप के प्रतिवर्ती स्थानांतरण का उत्प्रेरित करता है। यह प्रतिक्रिया अच्छी तरह से अध्ययनित दर के साथ है, जिसमें गठनात्मक परिवर्तन 3 , 21 है । यहां हम वर्तमान में उपलब्ध एडीके संरचनाओं का विश्लेषण Bio3D-web के साथ विस्तृत सुविधाओं और इन आवश्यक बदलावों के तंत्र संबंधी सिद्धांतों का खुलासा करने के लिए करते हैं। हम किसी भी ज्ञात एडीके संरचना के आरसीएसबी पीडीबी कोड में प्रवेश करके एडीके के हमारे जैव -3 डी वेब विश्लेषण शुरू कर सकते हैं। उदाहरण के लिए, एसडीईटी टैब के पैनल ए में पीडीबी आईडी 1 एके में प्रवेश 167 अनुक्रम समान संरचना देता है जिसमें से शीर्ष 26 स्वचालित रूप से आगे के विश्लेषण के लिए चुने गए हैं (पैनल बी देखें)। एनोटेशन उपस्थितपैनल में एड सी इंगित करता है कि इन चयनित संरचना ई। कोलाई से हैं, एक्स-रे विवर्तन द्वारा अंतरिक्ष समूहों की एक श्रृंखला में हल किया गया; 1.63 से 2.8 Å की एक रेजोल्यूशन सीमा होती है, और अलग-अलग लिगैंड्स (बिना लेगैंड, एएमपी, एडीपी, एमजी और अवरोधी एपीआर सहित) के साथ सह-क्रिस्टीटेड थे। ध्यान दें कि अतिरिक्त एनोटेशन विवरण पैनल सी में &quot;दिखाएँ / छुपाएं कॉलम&quot; विकल्प पर क्लिक करके प्रदर्शित किया जा सकता है। एकाधिक अनुक्रम संरेखण ALIGN टैब दर्ज करने पर किया जाता है। ALIGN टैब का पहला पैनल अनुक्रम पंक्तियों की संख्या (पीडीबी संरचनाओं की संख्या के बराबर) के साथ ही पदों की संख्या ( यानी संरेखण स्तंभ) के विवरण प्रदान करने के लिए संरेखण का सारांश दिखाता है। इसमें अंतर की संख्या और गैर-अंतर वाला स्तंभ शामिल हैं पहली पंक्ति के दाहिने हाथ की आकृति अनुक्रम संरेखण के एक योजनाबद्ध प्रतिनिधित्व प्रदान करती है यहां वेंई ग्रे क्षेत्र नॉन-गैप की स्थिति का प्रतिनिधित्व करते हैं, जबकि संरेखण में सफेद क्षेत्र अंतर के अनुरूप होते हैं। अनुक्रम संरक्षण का एक प्रतिनिधित्व लाल क्षेत्रों के साथ संरेखण के ऊपर दिखाया गया है जो सुदृढ़ संरक्षित पदों का संकेत देता है, और सफेद कम संरक्षित दर्शाते हैं। ध्यान दें कि इस आंकड़े के क्रम को बाएं हाथ की ओर क्लस्टरिंग डेंडर्रोग द्वारा प्रदान की गई समानता के आधार पर क्रमबद्ध किया गया है। इस टैब के दूसरे पैनल में उनके जोड़ी-वार अनुक्रम समानता के आधार पर चयनित पीडीबी के क्लस्टरिंग की सुविधा होती है, जिसे डेंडर्रोग या गर्मी का नक्शा के रूप में देखा जा सकता है। डिफ़ॉल्ट रूप से, क्लस्टर की व्यवस्था का प्रतिनिधित्व करते हुए एक डेन्ड्रोग्राम (या पेड़ आरेख) दिखाया जाता है। डेंडर्रोग के y- अक्ष समूहों के बीच दूरी (अनुक्रम पहचान के संदर्भ में) को दर्शाता है। संरचना सुपरपोजिशन स्वचालित रूप से फिट टैब में प्रवेश करने पर किया जाता है। सुपरमंपास्पटेड संरचनाएं, पैनल ए, इंडिका में इंटरैक्टिव रूप से प्रदर्शित हुईंएक अपेक्षाकृत कठोर कोर क्षेत्र की उपस्थिति (विस्तृत अवशेष 1-2 9, 68-117, और 161-214; विवरण के लिए एफआईटी टैब के निचले भाग में &#39;वैकल्पिक कोर और आरएमएसडी विवरण&#39; पैनल देखें)। दो और चर न्यूक्लियोटाइड बाध्यकारी क्षेत्रों (अवशेष 30-67 और 118-167) भी स्पष्ट रूप से दिखाई दे रहे हैं ( चित्रा 2 )। आरएमएसडी आधारित क्लस्टरिंग समूह इन संरचनाओं को दो विशिष्ट रूपों में पीसीए टैब पर क्लिक करना अधिक स्पष्ट रूप से इन क्षेत्रों के विस्थापन के संबंध में संरचनाओं के बीच संबंध को दर्शाता है जो संबंधित संरचनाओं ( चित्रा 2 बी और 2 सी ) में बाध्य न्यूक्लियोटाइड प्रजातियों पर प्रभावी ढंग से बंद हो जाते हैं। अधिकांश संरचनाएं &#39;बंद&#39; रूप में हैं ( चित्रा 2 सी में नीली) और एक बाध्य लिगेंड या अवरोधक से जुड़े हैं। इसके विपरीत अधिक &#39;खुली&#39; रूपरेखा न्यूक्लियोटाइड और अवरोधक मुक्त हैं। यह साथ संगत हैएडीके संरचना और गतिशीलता पर शोध का व्यापक शरीर यह दर्शाता है कि न्यूक्लियोटाइड बाइंडिंग के लिए इन क्षेत्रों की एक खुली विन्यास की आवश्यकता होती है और प्रभावी फोस्फोरील हस्तांतरण और हानिकारक हाइड्रोलिसिस की घटनाओं के दमन के लिए एक बंद संरचना होती है। यह उल्लेखनीय है कि एक एकल पीसी इस एडीके संरचना सेट में कुल मतलब वर्ग विस्थापन के 97% को कैप्चर करता है और इस कार्यात्मक विस्थापन (ऐप के पैनल सी) में अलग-अलग अवशेषों के योगदान के साथ-साथ बंद संक्रमण के लिए खुला और स्पष्ट विवरण प्रदान करता है। और चित्रा 2 )। एनएमए टैब पर जाकर और गणना के लिए माना जाने वाले संरचनाओं की संख्या में वृद्धि (समान संरचनाओं को फ़िल्टर करने के लिए कटऑफ को कम करने के माध्यम से) से पता चलता है कि खुले राज्य संरचना बंद फार्म संरचनाओं (एप के चित्रा 2 डी और पैनल सी) की तुलना में बढ़ाया स्थानीय और वैश्विक गतिशीलता प्रदर्शित करती है। । के लिए पीसीए और एनएमए परिणामों की तुलनाव्यक्तिगत संरचनाएं (पैनल डी) इंगित करता है कि सभी खुले फार्म संरचनाओं का पहला मोड पीसी 1 (0.37 ± 0.04 के माध्य मूल्य के साथ) के लिए एक अपेक्षाकृत उच्च ओवरलैप दिखाता है। इसके विपरीत, बंद रूप संरचनाएं कम मूल्य दिखाती हैं (0.30 ± 0.01 का मतलब)। खुली फार्म संरचनाओं (0.62 ± 0.003) के लिए आरएमएसआईपी मान बंद संरचनाओं (0.56 ± 0.008) की तुलना में अधिक हैं इसके अलावा, ओवरलैप विश्लेषण से पता चलता है कि ओपन स्टेट के पहले मोड में गठनात्मक बदलाव के साथ अच्छे समझौते हैं, जो खुले और बंद राज्यों (पैनल ई) के अंतर का वर्णन करता है। RMSIP मानों के आधार पर क्लस्टरिंग फिर से खुली और बंद राज्य संरचनाओं (पैनल एफ) के सुसंगत विभाजन को प्रदर्शित करता है। सामूहिक रूप से ये परिणाम एडीके के लिए दो बड़े अलग-अलग गठनात्मक राज्यों के अस्तित्व को दर्शाते हैं। ये दो न्युक्लियोटाइड बाध्यकारी साइट क्षेत्रों की सामूहिक कम आवृत्ति विस्थापन से भिन्न होती हैं जो विशिष्ट फ़्लेक्सीबिल दिखाते हैंन्यूक्लियोटाइड बाध्यकारी <img alt="आकृति 1" src="/files/ftp_upload/55640/55640fig1.jpg" /> चित्रा 1: पीसीओ और एनएमए टैब के स्क्रीन शॉट्स के साथ बायो 3 डी-वेब ओवरव्यू। सर्च टैब ( 1 ) में इनपुट के रूप में बायो 3 डी-वेब एक उपयोगकर्ता प्रदान की गई प्रोटीन संरचना या क्रम लेता है। सर्वर संबंधित संरचनाओं की एक सूची प्रदान करता है, जिसे आगे के विश्लेषण के लिए चुना जा सकता है। ( 2 ) ALIGN टैब SEARCH टैब में चयनित संरचनाओं का अनुक्रम संरेखण और विश्लेषण प्रदान करता है। ( 3 ) एफआईटी टैब में सभी संरचनाएं अधिसूचित होती हैं और 3 डी में पारंपरिक युग्म-वार संरचना विश्लेषण के परिणामों के साथ मिलकर कल्पना की जाती हैं। ( 4 ) संरचना सेट के मुख्य घटक विश्लेषण पीसीए टैब में इंटर-कंफ़ॉर्मर संबंधों को चिह्नित करने के लिए किया जाता है। ( 5 ) प्रत्येक संरचना पर सामान्य मोड विश्लेषण ईएनएमए टैब में किया जा सकता हैउपलब्ध संरचनात्मक राज्यों के लिए गतिशील प्रवृत्तियों का पता लगाने के लिए <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55640/55640fig1large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a> <img alt="चित्र 2" src="/files/ftp_upload/55640/55640fig2.jpg" /> चित्रा 2: एडोनिलेट केनेज के जैव 3 डी-वेब विश्लेषण के परिणाम। ( ए ) पहचानित अपरिवर्तनीय मूल पर एडीनीलेट किनेज की उपलब्ध पीडीबी संरचनाएं। फिट टैब में आरएमएसडी आधारित क्लस्टरिंग के अनुसार स्ट्रक्चर रंगीन होते हैं। ( बी ) प्रमुख घटकों का विज़ुअलाइज़ेशन डेटा सेट में प्रमुख गठनात्मक रूपांतरों को चिह्नित करने के लिए पीसीए टैब से उपलब्ध है। यहां, पहले मुख्य घटक के अनुरूप प्रक्षेपवक्र ट्यूब प्रस्तुतीकरण में दिखाया गया है जिसमें प्रोटीन के बड़े पैमाने पर समापन गति दिखाई दे रही है। ( सी ) संरचनाएं जनसंपर्क हैंएक कन्फॉर्मर साजिश में अपने दो प्रथम प्रमुख घटकों पर लगाए गए, जो कि गठनात्मक परिवर्तनशीलता का कम-आयामी प्रतिनिधित्व दिखा रहा है। प्रत्येक डॉट (या संरचना) रंगीन उपयोगकर्ता निर्दिष्ट मापदंड के अनुसार है, इस स्थिति में पीसीए आधारित क्लस्टरिंग परिणाम। ( डी ) ईएनएमए टैब में सामान्य मोड विश्लेषण बंद फार्म (नीला) संरचनाओं की तुलना में खुला राज्य (लाल) में संरचनाओं के लिए बढ़ाया स्थानीय और वैश्विक गतिशीलता का सुझाव देता है <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55640/55640fig2large.jpg" target="_blank">इस आंकड़े के एक बड़े संस्करण को देखने के लिए कृपया यहां क्लिक करें</a>

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Investigating Protein Sequence-structure-dynamics Relationships with Bio3D-web

बीओ 3 डी-वेब का इस्तेमाल करते हुए प्रोटीन अनुक्रम-संरचना-गतिशीलता रिश्तों की ऑनलाइन जांच के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत किया गया है।

बीओ 3 डी-वेब के साथ प्रोटीन अनुक्रम-संरचना-गतिशीलता रिश्ते की जांच करना

We demonstrate the usage of Bio3D-web for the interactive analysis of biomolecular structure data. The Bio3D-web application provides online functionality ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Synthesis of 1,2-Azaborines and the Preparation of Their Protein Complexes with T4 Lysozyme Mutants

1,2-Azaborines के संश्लेषण और टी -4 Lysozyme म्यूटेंट के साथ उनके प्रोटीन परिसरों की तैयारी

We describe a general synthesis of 1,2-azaborines using standard air-free techniques and protein complex preparation with T4 lysozyme mutants by vapor ...

Assaying Protein Kinase Activity with Radiolabeled ATP

रेडियोलैलेड एटीपी के साथ प्रोटीन किनास गतिविधि पर काबू पाने

Protein kinases are able to govern large-scale cellular changes in response to complex arrays of stimuli, and much effort has been directed at uncovering ...

Assay for Phosphorylation and Microtubule Binding Along with Localization of Tau Protein in Colorectal Cancer Cells

फास्फारिलीकरण के लिए परख और कोलोरेक्टल कैंसर की कोशिकाओं में ताऊ प्रोटीन के स्थानीयकरण के साथ बाध्यकारी Microtubule

The microtubule-associated protein tau is a neuronal protein that localizes mostly in axons. Generally tau is essential for normal neuronal functioning ...

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

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अलग आयामों के साथ बढ़ती प्रोटीन क्रिस्टल का उपयोग कर स्वचालित क्रिस्टलीकरण में सीटू गतिशील प्रकाश बिखरने के साथ युग्मित

The automated crystallization device is a patented technique1 especially developed for monitoring protein crystallization experiments with the aim to ...

Immunization of Alpacas (Lama pacos) with Protein Antigens and Production of Antigen-specific Single Domain Antibodies

Immunization of Alpacas Lama pacos with Protein Antigens and Production of Antigen-specific Single Domain Antibodies

Alpacas (लामा pacos) का प्रतिरक्षण प्रोटीन एंटीजन और प्रतिजन-विशिष्ट एकल डोमेन एंटीबॉडी के उत्पादन के साथ

In this manuscript, a method for the immunization of alpaca and the use of molecular biology methods to produce antigen-specific single domain antibodies ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

प्रतिलेखन फैक्टर के उच्च संवेदनशीलता माप-प्रतिस्पर्धी अनुमापन द्वारा डीएनए बाध्यकारी समानताएं प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोपी का उपयोग

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Analysis of Protein Folding, Transport, and Degradation in Living Cells by Radioactive Pulse Chase

प्रोटीन तह, परिवहन, और रेडियोधर्मी पल्स चेस द्वारा जीवित कोशिकाओं में क्षरण का विश्लेषण

Radioactive pulse-chase labeling is a powerful tool for studying the conformational maturation, the transport to their functional cellular location, and ...

Creating Highly Specific Chemically Induced Protein Dimerization Systems by Stepwise Phage Selection of a Combinatorial Single-Domain Antibody Library

एक संयोजन एकल डोमेन एंटीबॉडी लाइब्रेरी के स्टेपवाइज फाग चयन द्वारा अत्यधिक विशिष्ट रासायनिक प्रेरित प्रोटीन डामरीकरण सिस्टम बनाना

Protein dimerization events that occur only in the presence of a small-molecule ligand enable the development of small-molecule biosensors for the ...

Derivatization of Protein Crystals with I3C using Random Microseed Matrix Screening

रैंडम माइक्रोसीेड मैट्रिक्स स्क्रीनिंग का उपयोग करके I3C के साथ प्रोटीन क्रिस्टल का व्युत्पन्न

Protein structure elucidation using X-ray crystallography requires both high quality diffracting crystals and computational solution of the diffraction ...

Density Gradient Ultracentrifugation for Investigating Endocytic Recycling in Mammalian Cells

स्तनधारी कोशिकाओं में एंडोसाइटिक रीसाइक्लिंग की जांच के लिए घनत्व ढाल अल्ट्रासेंट्रफ्यूगेशन

Endosomal trafficking is an essential cellular process that regulates a broad range of biological events. Proteins are internalized from the plasma ...