Name: hydrolysis of a ni-schiff-base complex using conditions suitable for retention of acid-labile protecting groups
Uploaded: 2017-04-06T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups at JoVE.com

Finansiering fra Slippery Rock Universitet. Vi vil gerne takke T. Bor III (Slippery Rock Universitet) og C. Haney (University of Pennsylvania) for deres indsigter.

1. Hydrolyse af Ni-Schiff-Base Complex <ol><li> Opløs 1 mmol af Ni-PBP-Schiff-basen kompleks i 40 ml N, N-dimethylformamid (DMF) under omrøring i en 250 ml rundbundet kolbe ved stuetemperatur. </li><li> 60 ml 0,2 M vandig EDTA-opløsning, pH 4,5. </li><li> Under anvendelse af en magnetisk omrører og rør plade, rør den kombinerede opløsning natten over. Som Schiff-basen kompleks hydrolyseres, vil farven skifte fra en dyb rød til hvid. </li><li> Efter afslutning af reaktionen som angivet ved fra...

<ol>
	<li>Wang, J., Shi, T., Deng, G., Jiang, H., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Enantio-+and+Diastereoselective+Mannich+Reactions+of+Chiral+Ni(II)+Glycinates+with+amino+sulfones.+Efficient+asymmetric+synthesis+of+aromatic+&#945;,&#946;-diamino+acids.">Highly Enantio- and Diastereoselective Mannich Reactions of Chiral Ni(II) Glycinates with amino sulfones. Efficient asymmetric synthesis of aromatic &#945;,&#946;-diamino acids.</a> J. Org. Chem. 73 (21), 8563-8570 (2011).</li><li>Wang, J., Lin, D., Zhou, S., Ding, X., Soloshonok, V. A., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Asymmetric+synthesis+of+sterically+and+electronically+demanding+linear+&#969;,-trifluoromethyl+containing+amino+acids+via+alkylation+of+chiral+equivalents+of+nucleophilic+glycine+and+alanine.">Asymmetric synthesis of sterically and electronically demanding linear &#969;,-trifluoromethyl containing amino acids via alkylation of chiral equivalents of nucleophilic glycine and alanine.</a> J. Org. Chem. 76 (2), 684-687 (2011).</li><li>Wang, J., Zhou, S., Lin, D., Ding, X., Jiang, H., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+diastereo-+and+enantioselective+synthesis+of+syn-&#946;,-substituted+tryptophans+via+asymmetric+Michael+addition+of+a+chiral+equivalent+of+nucleophilic+glycine+and+sulfonylindoles.">Highly diastereo- and enantioselective synthesis of syn-&#946;,-substituted tryptophans via asymmetric Michael addition of a chiral equivalent of nucleophilic glycine and sulfonylindoles.</a> Chem. Commun. 47 (29), 8355-8357 (2011).</li><li>Belokon, Y. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+efficient+catalytic+synthesis+of+&#945;,-amino+acids+under+phase-transfer+conditions+with+a+novel+catalyst/substrate+pair.">Highly efficient catalytic synthesis of &#945;,-amino acids under phase-transfer conditions with a novel catalyst/substrate pair.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 40 (10), 1948-1951 (2001).</li><li>Zhou, S., Wang, J., Lin, D., Zhao, F., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enantioselective+synthesis+of+2-substituted-tetrahydroisoquinolin-1-yl+glycine+derivatives+via+oxidative+cross-dehydrogenative+coupling+of+tertiary+amines+and+chiral+nickel(II)+glycinate.">Enantioselective synthesis of 2-substituted-tetrahydroisoquinolin-1-yl glycine derivatives via oxidative cross-dehydrogenative coupling of tertiary amines and chiral nickel(II) glycinate.</a> J. Org. Chem. 78 (22), 11204-11212 (2013).</li><li>Belokon, Y. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+&#945;,-amino+acids+via+asymmetric+phase+transfer-catalyzed+alkylation+of+achiral+nickel(II)+complexes+of+glycine-derived+Schiff+bases.">Synthesis of &#945;,-amino acids via asymmetric phase transfer-catalyzed alkylation of achiral nickel(II) complexes of glycine-derived Schiff bases.</a> J. Am. Chem. Soc. 125 (42), 12860-12871 (2003).</li><li>Ueki, H., Ellis, T. K., Martin, C. H., Soloshonok, V. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+large-scale+synthesis+of+picolinic+acid-derived+nickel(II)+complexes+of+glycine.">Efficient large-scale synthesis of picolinic acid-derived nickel(II) complexes of glycine.</a> Eur. J. Org. Chem. 2003 (10), 1954-1957 (2003).</li><li>Dener, J. M., Fantauzzi, P. P., Kshirsagar, T. A., Kelly, D. E., Wolfe, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+syntheses+of+Fmoc-protected+non-proteogenic+amino+acids:+useful+building+blocks+for+combinatorial+libraries.">Large-scale syntheses of Fmoc-protected non-proteogenic amino acids: useful building blocks for combinatorial libraries.</a> Org. Process Res. Dev. 5 (4), 445-449 (2001).</li><li>Cruz, L. J., Beteta, N. G., Ewenson, A., Albericio, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=&amp;#34;One-pot&amp;#34;,+preparation+of+N-carbamate+protected+amino+acids+via+the+azide.">&amp;#34;One-pot&amp;#34;, preparation of N-carbamate protected amino acids via the azide.</a> Org Process Res. Dev. 8 (6), 920-924 (2004).</li><li>Hart, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry. , (2000).</li><li>Adamson, J. G., Blaskovich, M. A., Groenevelt, H., Lajoie, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+and+convenient+synthesis+of+tert-butyl+ethers+of+Fmoc-serine,+Fmoc-threonine,+and+Fmoc-tyrosine.">Simple and convenient synthesis of tert-butyl ethers of Fmoc-serine, Fmoc-threonine, and Fmoc-tyrosine.</a> J. Org. Chem. 56 (10), 3447-3449 (1991).</li><li>Seyfried, M. S., Lauber, B. S., Luedtke, N. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-turnover+isotopic+labeling+of+Fmoc-+and+Boc-protected+amino+acids+with+oxygen+isotopes.">Multiple-turnover isotopic labeling of Fmoc- and Boc-protected amino acids with oxygen isotopes.</a> Org. Lett. 12 (1), 104-106 (2010).</li><li>Bonke, G., Vedel, L., Witt, M., Jaroszewski, J. W., Olsen, C. A., Franzyk, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimeric+building+blocks+for+solid-phase+synthesis+of+&#945;,-peptide-&#946;,-peptoid+chimeras.">Dimeric building blocks for solid-phase synthesis of &#945;,-peptide-&#946;,-peptoid chimeras.</a> Synthesis. 2008 (15), 2381-2390 (2008).</li></ol>

Den ovenfor beskrevne protokol er nyttig i dens evne til at lette isoleringen af ​​en aminosyre rygraden fra en Ni-Schiff-basen kompleks under milde pH-betingelser og efterfølgende Fmoc beskyttelse af dette isolerede aminosyre gennem to kritiske trin. Det første trin indebærer omrøring af en DMF / vand-opløsning indeholdende EDTA til lette frigivelsen af ​​aminosyren fra komplekset. Resterende komplekse eller organiske biprodukter kan let fjernes med ekstraktion. Det andet trin i denne protokol involverer e...

Unaturlige aminosyrer (ULA s) bærende sidekæder, der varierer fra dem af de tyve naturligt forekommende aminosyrer, som findes i naturen har fundet anvendelse i en bred vifte af anvendelser. Syntese af disse ULA s kan imidlertid være vanskeligt afhængig af strukturen af ​​sidekæderne og stereokemien af ​​aminosyren rygrad. CH-binding aktivering af glycin i forbindelse med en nikkel Schiff-basen kompleks er blevet anvendt til at producere en lang række aminosyrederivater herunder α, p-diamino syrer 1 og UAA s bærende fluoreret 2 eller heterocykliske sidekæder. 3 Efter tilsætning af unaturlige sidekæder, funktionaliseret UAA s fjernes typisk fra Schiff-basen kompleks ved tilbagesvaling i saltsyre 4 og isoleres efterfølgende ved anvendelse af ionbytningskromatografi. Mens generelt effektiv, denne protokol genererer enMino syrer, der kan være uegnede til anvendelse i fast-fase peptidsyntese (SPPS). Arten af ​​SPPS kræver tilstedeværelse af syrelabile sidekæde-beskyttende grupper og den stærkt sure karakter af typiske Ni-Schiff-basen nedbrydningsbetingelser forhindrer isolation ULA og har disse beskyttelsesgrupper intakte. Til vores viden, er blevet rapporteret kun ét alternativ nedbrydning fremgangsmåde: anvendelse af ethylendiamintetraeddikesyre (EDTA) og hydrazin ved forhøjede temperaturer, 5 betingelser, som i sig selv ikke kan være egnet for nogle sidekædebeskyttende grupper, såsom phthalimider. <img alt="figur 1" src="/files/ftp_upload/55677/55677fig1.jpg" /> Figur 1: Syntese af Ni-PBP-Gly fra Ni2 +, PBP, og Glycine (Gly). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55677/55677fig1large.jpg" target="_blank">Klik her for at se en større version af dette tal.</a> </a&gt; Heri rapporterer vi en fremgangsmåde til hydrolyse af en Ni-Schiff-basen kompleks, Ni-PBP-Gly (figur 1). Dette kompleks, der er afledt af Ni2 +, glycin og pyridin-2-carboxylsyre (2-benzoyl-phenyl) -amid (PBP), 6 har vist sig at være et nyttigt udgangspunkt for syntese af en række ULA s og er let tilgængelige ved hjælp af en to-trins syntetisk vej. 7 Syntese af dette kompleks er litteratur-præcedens i højt udbytte. 6 Vores resultater beskrevet nedenfor demonstrerer anvendeligheden af hydrolysebetingelser anvender EDTA ved mildt sure til neutrale pH-betingelser egnede til anvendelse med UAA s bærende syrelabilt sidekædebeskyttende grupper. Efter hydrolyse kan den resulterende vandige opløsning isoleres og udsættes straks til standard Fmoc beskyttelse betingelser til opnåelse af en Fmoc-beskyttet aminosyre (Figur 2). Figur 2: Hydrolyse og Fmoc-beskyttelse af en aminosyre Isoleret fra Ni-PBP-Gly. Reaction Betingelser: i. EDTA (12 ækv), pH 4,5; ii. Ethylacetat vask og indstilling til pH 7; iii. Fmoc-OSu (1 ækvivalent), NaHCO3 (2 ækvivalenter). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55677/55677fig2large.jpg" target="_blank">Klik her for at se en større version af dette tal.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ni-PBP-Gly</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Synthesized from published protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMF</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>D119-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S311-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dichloromethane</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC610050040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S233-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fmoc-OSu</td>
			<td>Chem-Impex</td>
			<td>&#34;00147&#34;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dioxane</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>D111-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric Acid</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>A144-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl Acetate</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC610060040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Sulfate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>M65-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZEOPrep 60ECO Silica Gel</td>
			<td>ZEOChem</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hexanes</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>3200250.650.443</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chromatography Column</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH Test Strips</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rotary Evaporator</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 mL Separatory Funnel</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 mL Round Bottom Flask</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stir Bar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stir Plate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

hydrolysis of a ni-schiff-base complex using conditions suitable for retention of acid-labile protecting groups

Unaturlige aminosyrer, aminosyrer, der indeholder sidekædefunktionaliteter ikke almindeligvis ses i naturen, er i stigende grad findes i syntetiske peptidsekvenser. Syntese af nogle unaturlige aminosyrer indbefatter ofte anvendelsen af ​​en precursor bestående af en Schiff-base, stabiliseret af en nikkel kation. Unaturlige sidekæder kan installeres på en aminosyre skelet fundet i denne Schiff-basen kompleks. Den resulterende unaturlige aminosyre kan derefter isoleres fra denne komplekset under anvendelse hydrolyse af Schiff-base, typisk ved anvendelse af tilbagesvaling i stærkt sur opløsning. Disse meget sure betingelser kan fjerne syrelabile sidekædebeskyttende grupper er nødvendige for de unaturlige aminosyrer, der skal anvendes i mikrobølgeassisteret fastfase-peptidsyntese. I dette arbejde, præsenterer vi en effektiv hydrolyse og efterfølgende Fmoc beskyttelse af en aminosyre isoleret fra en Ni-Schiff-base-kompleks. Hydrolysebetingelser præsenteret i dette arbejde, er egnede til tilbageholdelse af syrelabile side-kæde-beskyttende grupper og kan være tilpasses en række unaturlige aminosyre-substrater.

Vi antager, at fjernelse af Ni2 + fra Ni-PBP-Gly-komplekset kunne give en effektiv vandig hydrolyse af Schiff-basen uden behov for barske pH-betingelser. EDTA er et billigt og velundersøgte chelateringsmiddel, 10 vi den hypotese, at tilsætning af EDTA til en opløsning af Ni-PBP-Gly vil lette chelatering af Ni 2+ ioner og derved fremme hydrolyse af komplekset. For at teste vores ...

Watch this Scientific Journal Video about Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups at JoVE.com

Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups

Her præsenteres en effektiv hydrolyse og efterfølgende Fmoc beskyttelse af en aminosyre isoleret fra en Ni-Schiff-basen kompleks. Hydrolysebetingelser præsenteret her, er egnede til anvendelse, når tilbageholdelse af syrelabilt sidekæde-beskyttende grupper er påkrævet. Denne teknik kan være tilpasses en række unaturlige aminosyre-substrater.

Hydrolyseprodukter af en Ni-Schiff-Base Complex Brug af betingelser egnet til Bevarelse af syrelabile Protecting Groups

Unnatural amino acids, amino acids containing side-chain functionalities not commonly seen in nature, are increasingly found in synthetic peptide ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

Protein Complex Affinity Capture fra Cryomilled pattedyrsceller

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

A Method for Measuring Metabolism in Sorted Subpopulations of Complex Cell Communities Using Stable Isotope Tracing

En metode til måling Metabolisme i Sorteret subpopulationer af Komplekse Cell Fællesskaber Brug stabile isotoper Tracing

Mammalian cell types exhibit specialized metabolism, and there is ample evidence that various co-existing cell types engage in metabolic cooperation. ...

Preparation of Giant Vesicles Encapsulating Microspheres by Centrifugation of a Water-in-oil Emulsion

Fremstilling af Giant vesikler indkapslende mikrosfærer ved centrifugering af en vand-i-olie-emulsion

The constructive biology and the synthetic biology approach to creating artificial life involve the bottom-up assembly of biological or nonbiological ...

A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies

Et modificeret gær-et hybrid system til studier af heteromere proteinkompleks-DNA-interaktioner

Over the years, the yeast one-hybrid assay has proven to be an important technique for the identification and validation of physical interactions between ...

Biochemical and Structural Characterization of the Carbohydrate Transport Substrate-binding-protein SP0092

Biokemiske og strukturel karakterisering af kulhydrat Transport substrat-bindende-protein SP0092

Development of new antimicrobials and vaccines for Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) are necessary to halt the rapid rise in multiple resistant ...

Toeprinting Analysis of Translation Initiation Complex Formation on Mammalian mRNAs

Toeprinting analyse af oversættelse indledningen kompleks dannelse på pattedyr mRNAs

Translation initiation is the rate-limiting step of protein synthesis and represents a key point at which cells regulate their protein output. Regulation ...

Medium Preparation for the Cultivation of Microorganisms under Strictly Anaerobic/Anoxic Conditions

Medium forberedelse til dyrkning af mikroorganismer under strengt anaerobe/anoxiske forhold

In contrast to aerobic organisms, strictly anaerobic microorganisms require the absence of oxygen and usually a low redox potential to initiate growth. As ...

Crystallization and Structural Determination of an Enzyme:Substrate Complex by Serial Crystallography in a Versatile Microfluidic Chip

Krystallisering og strukturel bestemmelse af et enzym:Substratkompleks ved seriel krystallografi i en alsidig mikrofluidisk chip

The preparation of well diffracting crystals and their handling before their X-ray analysis are two critical steps of biocrystallographic studies. We ...

Complementation of Splicing Activity by a Galectin-3 - U1 snRNP Complex on Beads

Komplementering af splejsning aktivitet af en Galectin-3 - U1 snRNP Kompleks på perler

Classic depletion-reconstitution experiments indicate that galectin-3 is a required splicing factor in nuclear extracts. The mechanism of incorporation of ...

RIBO-seq in Bacteria: a Sample Collection and Library Preparation Protocol for NGS Sequencing

RIBO-seq i bakterier: en prøvesamling og biblioteksforberedelsesprotokol til NGS-sekventering

The ribosome profiling technique (RIBO-seq) is currently the most effective tool for studying the process of protein synthesis in vivo. The advantage of ...