Name: hydrolysis of a ni-schiff-base complex using conditions suitable for retention of acid-labile protecting groups
Uploaded: 2017-04-06T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups at JoVE.com

Financiering die door Slippery Rock University. We danken T. Boron III (Slippery Rock University) en C. Haney (Universiteit van Pennsylvania) voor hun inzichten.

1. Hydrolyse van Ni-Schiff Base-Complex <ol><li> Los 1 mmol Ni-PBP-Schiff-base complex in 40 ml N, N-dimethylformamide (DMF) onder roeren in een 250 ml rondbodemkolf bij kamertemperatuur. </li><li> Voeg 60 ml 0,2 M waterige EDTA, pH 4,5. </li><li> Gebruikmaking van een magnetische roerstaaf en roerplaat, roer de gecombineerde oplossing overnacht. Omdat de Schiff-base complex wordt gehydrolyseerd, zal de kleur verschuiven van een diep rood naar wit. </li><li> Na voltooiing van de reactie zoals aangege...

<ol>
	<li>Wang, J., Shi, T., Deng, G., Jiang, H., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Enantio-+and+Diastereoselective+Mannich+Reactions+of+Chiral+Ni(II)+Glycinates+with+amino+sulfones.+Efficient+asymmetric+synthesis+of+aromatic+&#945;,&#946;-diamino+acids.">Highly Enantio- and Diastereoselective Mannich Reactions of Chiral Ni(II) Glycinates with amino sulfones. Efficient asymmetric synthesis of aromatic &#945;,&#946;-diamino acids.</a> J. Org. Chem. 73 (21), 8563-8570 (2011).</li><li>Wang, J., Lin, D., Zhou, S., Ding, X., Soloshonok, V. A., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Asymmetric+synthesis+of+sterically+and+electronically+demanding+linear+&#969;,-trifluoromethyl+containing+amino+acids+via+alkylation+of+chiral+equivalents+of+nucleophilic+glycine+and+alanine.">Asymmetric synthesis of sterically and electronically demanding linear &#969;,-trifluoromethyl containing amino acids via alkylation of chiral equivalents of nucleophilic glycine and alanine.</a> J. Org. Chem. 76 (2), 684-687 (2011).</li><li>Wang, J., Zhou, S., Lin, D., Ding, X., Jiang, H., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+diastereo-+and+enantioselective+synthesis+of+syn-&#946;,-substituted+tryptophans+via+asymmetric+Michael+addition+of+a+chiral+equivalent+of+nucleophilic+glycine+and+sulfonylindoles.">Highly diastereo- and enantioselective synthesis of syn-&#946;,-substituted tryptophans via asymmetric Michael addition of a chiral equivalent of nucleophilic glycine and sulfonylindoles.</a> Chem. Commun. 47 (29), 8355-8357 (2011).</li><li>Belokon, Y. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+efficient+catalytic+synthesis+of+&#945;,-amino+acids+under+phase-transfer+conditions+with+a+novel+catalyst/substrate+pair.">Highly efficient catalytic synthesis of &#945;,-amino acids under phase-transfer conditions with a novel catalyst/substrate pair.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 40 (10), 1948-1951 (2001).</li><li>Zhou, S., Wang, J., Lin, D., Zhao, F., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enantioselective+synthesis+of+2-substituted-tetrahydroisoquinolin-1-yl+glycine+derivatives+via+oxidative+cross-dehydrogenative+coupling+of+tertiary+amines+and+chiral+nickel(II)+glycinate.">Enantioselective synthesis of 2-substituted-tetrahydroisoquinolin-1-yl glycine derivatives via oxidative cross-dehydrogenative coupling of tertiary amines and chiral nickel(II) glycinate.</a> J. Org. Chem. 78 (22), 11204-11212 (2013).</li><li>Belokon, Y. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+&#945;,-amino+acids+via+asymmetric+phase+transfer-catalyzed+alkylation+of+achiral+nickel(II)+complexes+of+glycine-derived+Schiff+bases.">Synthesis of &#945;,-amino acids via asymmetric phase transfer-catalyzed alkylation of achiral nickel(II) complexes of glycine-derived Schiff bases.</a> J. Am. Chem. Soc. 125 (42), 12860-12871 (2003).</li><li>Ueki, H., Ellis, T. K., Martin, C. H., Soloshonok, V. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+large-scale+synthesis+of+picolinic+acid-derived+nickel(II)+complexes+of+glycine.">Efficient large-scale synthesis of picolinic acid-derived nickel(II) complexes of glycine.</a> Eur. J. Org. Chem. 2003 (10), 1954-1957 (2003).</li><li>Dener, J. M., Fantauzzi, P. P., Kshirsagar, T. A., Kelly, D. E., Wolfe, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+syntheses+of+Fmoc-protected+non-proteogenic+amino+acids:+useful+building+blocks+for+combinatorial+libraries.">Large-scale syntheses of Fmoc-protected non-proteogenic amino acids: useful building blocks for combinatorial libraries.</a> Org. Process Res. Dev. 5 (4), 445-449 (2001).</li><li>Cruz, L. J., Beteta, N. G., Ewenson, A., Albericio, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=&amp;#34;One-pot&amp;#34;,+preparation+of+N-carbamate+protected+amino+acids+via+the+azide.">&amp;#34;One-pot&amp;#34;, preparation of N-carbamate protected amino acids via the azide.</a> Org Process Res. Dev. 8 (6), 920-924 (2004).</li><li>Hart, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry. , (2000).</li><li>Adamson, J. G., Blaskovich, M. A., Groenevelt, H., Lajoie, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+and+convenient+synthesis+of+tert-butyl+ethers+of+Fmoc-serine,+Fmoc-threonine,+and+Fmoc-tyrosine.">Simple and convenient synthesis of tert-butyl ethers of Fmoc-serine, Fmoc-threonine, and Fmoc-tyrosine.</a> J. Org. Chem. 56 (10), 3447-3449 (1991).</li><li>Seyfried, M. S., Lauber, B. S., Luedtke, N. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-turnover+isotopic+labeling+of+Fmoc-+and+Boc-protected+amino+acids+with+oxygen+isotopes.">Multiple-turnover isotopic labeling of Fmoc- and Boc-protected amino acids with oxygen isotopes.</a> Org. Lett. 12 (1), 104-106 (2010).</li><li>Bonke, G., Vedel, L., Witt, M., Jaroszewski, J. W., Olsen, C. A., Franzyk, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimeric+building+blocks+for+solid-phase+synthesis+of+&#945;,-peptide-&#946;,-peptoid+chimeras.">Dimeric building blocks for solid-phase synthesis of &#945;,-peptide-&#946;,-peptoid chimeras.</a> Synthesis. 2008 (15), 2381-2390 (2008).</li></ol>

De hierboven beschreven protocol is bruikbaar in zijn vermogen om de isolatie van een aminozuur skelet van een Ni-Schiff-base-complex onder milde pH-omstandigheden en daaropvolgende Fmoc bescherming van deze geïsoleerde aminozuur via twee kritische stappen te vergemakkelijken. De eerste stap omvat het roeren van een DMF / wateroplossing die EDTA om afgifte van het aminozuur uit het complex te vergemakkelijken. Residuele complex of organische bijproducten kunnen gemakkelijk worden verwijderd met afzuiging. De tweede sta...

Onnatuurlijke aminozuren (UAA&#39;s) dragende zijketens die afwijken van de twintig natuurlijk voorkomende aminozuren die in de natuur zijn bruikbaar in een breed scala van toepassingen. Synthese van deze UAA is echter moeilijk zijn afhankelijk van de structuur van de zijketens en de stereochemie van de aminozuur backbone. CH bindingsactivering van glycine in het kader van een nikkel Schiff-base complex werd gebruikt om een verscheidenheid van aminozuurderivaten zoals α, β-diaminozuren 1 en UAA&#39;s lager gefluoreerd 2 of heterocyclische zijketens produceren. 3 Na toevoeging van niet-natuurlijke zijketens, gefunctionaliseerde OCG worden meestal van de Schiff-base complex met terugvloeiing in zoutzuur 4 verwijderd en vervolgens geïsoleerd met behulp van ionenwisselingschromatografie. Terwijl over het algemeen efficiënt Dit protocol genereertmino zuren die geschikt zijn voor gebruik in vaste-fase peptidesynthese (SPPS) zijn. De aard van SPPS vereist de aanwezigheid van een zuur-labiele zijketen-beschermende groepen en de sterk zure karakter typische Ni-Schiff-base ontledingsomstandigheden voorkomt isolatie landbouwgrond met deze beschermende groepen intact. Voor zover wij weten heeft slechts één alternatief decompositiemethode gemeld: gebruik van ethyleendiaminetetraazijnzuur (EDTA) en hydrazine bij verhoogde temperaturen, 5 omstandigheden die zelf niet geschikt voor sommige zijketen beschermende groepen zoals ftaalimiden zijn. <img alt="Figuur 1" src="/files/ftp_upload/55677/55677fig1.jpg" /> Figuur 1: Bereiding van Ni-PBP-Gly van Ni2 +, PBP en glycine (Gly). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55677/55677fig1large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van deze afbeelding te bekijken.</a> </a&gt; Hierin beschrijven we een werkwijze voor hydrolyse van een Ni-Schiff-base complex, Ni-PBP-Gly (Figuur 1). Dit complex afgeleid van Ni 2+, glycine en pyridine-2-carbonzuur- (2-benzoyl-fenyl) -amide (PBP), 6 is aangetoond dat een nuttig platform voor de synthese van diverse UAA&#39;s en makkelijk toegankelijk met behulp van een twee-staps syntheseroute. 7 Synthese van het complex-literatuur precedent in hoge opbrengst. 6 Onze resultaten hieronder tonen de toepasbaarheid van hydrolyseomstandigheden gebruik EDTA bij mild zure tot neutrale pH omstandigheden die geschikt zijn voor gebruik met de UAA dragende zuur-labiele zijketen-beschermende groepen. Na hydrolyse, kan de verkregen oplossing worden geïsoleerd en onmiddellijk onderworpen aan standaardomstandigheden Fmoc bescherming van een Fmoc-beschermd aminozuur werd verkregen (figuur 2). Figuur 2: Hydrolyse en Fmoc-bescherming van een aminozuur Geïsoleerd van Ni-PBP-Gly. Reactie Voorwaarden: i. EDTA (12 equiv), pH 4,5; ii. Ethylacetaat wassen en instelling op pH 7; iii. Fmoc-OSu (1 equiv), NaHCO3 (2 equiv). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55677/55677fig2large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van deze afbeelding te bekijken.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ni-PBP-Gly</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Synthesized from published protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMF</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>D119-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S311-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dichloromethane</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC610050040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S233-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fmoc-OSu</td>
			<td>Chem-Impex</td>
			<td>&#34;00147&#34;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dioxane</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>D111-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric Acid</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>A144-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl Acetate</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC610060040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Sulfate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>M65-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZEOPrep 60ECO Silica Gel</td>
			<td>ZEOChem</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hexanes</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>3200250.650.443</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chromatography Column</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH Test Strips</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rotary Evaporator</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 mL Separatory Funnel</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 mL Round Bottom Flask</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stir Bar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stir Plate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

hydrolysis of a ni-schiff-base complex using conditions suitable for retention of acid-labile protecting groups

Onnatuurlijke aminozuren, aminozuren met zijketen functionaliteiten niet vaak gezien in de natuur, in toenemende mate in synthetische peptidesequenties. Synthese van enkele niet-natuurlijke aminozuren omvat vaak het gebruik van een precursor bestaande uit een Schiff-base gestabiliseerd door een nikkel kation. Onnatuurlijke zijketens kunnen op aminozuurskelet in deze Schiff-base complex geïnstalleerd. De resulterende onnatuurlijke aminozuur kan daarna worden geïsoleerd uit dit complex via hydrolyse van de Schiffse-base, typisch door gebruik te refluxen in sterk zure oplossing. Deze sterk zure omstandigheden kunnen zuur-labiele zijketen beschermende groepen verwijderen noodzakelijk voor de onnatuurlijke aminozuren voor gebruik in microgolven vaste-fase peptidesynthese. In dit werk presenteren we een efficiënte hydrolyse en daaropvolgende Fmoc bescherming van een aminozuur geïsoleerd uit een Ni-Schiffse base complex. Hydrolyseomstandigheden die in dit werk zijn geschikt voor het bewaren van zuurlabiele side-keten beschermende groepen en kunnen worden aangepast aan een verscheidenheid van niet-natuurlijke aminozuur substraten.

Onze hypothese was dat verwijdering van de Ni2 + uit de Ni-PBP-Gly complex kan een efficiënte hydrolyse van de Schiffse-base mogelijk te maken zonder de noodzaak van strenge pH-omstandigheden. EDTA is een goedkope en goed onderzochte cheleringsmiddel, 10 veronderstelden we dat toevoeging van EDTA tot een oplossing van Ni-PBP-Gly chelatie Ni2 + -ionen vergemakkelijkt, waardoor hydrolyse van het complex te bevorderen. <p class="jove_conten...

Watch this Scientific Journal Video about Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups at JoVE.com

Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups

Hier presenteren we een efficiënte hydrolyse en daaropvolgende Fmoc bescherming van een aminozuur geïsoleerd uit een Ni-Schiff-base complex. Hydrolyseomstandigheden die hier geschikt zijn voor gebruik retentie zuur-labiele zijketen beschermende groepen vereist. Deze techniek kan worden aangepast aan een verscheidenheid van niet-natuurlijke aminozuur substraten.

Hydrolyse van een Ni-Schiff Base-complex onder omstandigheden geschikt voor het bewaren van zuur-labiele Protecting Groups

Unnatural amino acids, amino acids containing side-chain functionalities not commonly seen in nature, are increasingly found in synthetic peptide ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

Eiwitcomplex Affiniteit Capture uit Cryomilled zoogdiercellen

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

A Method for Measuring Metabolism in Sorted Subpopulations of Complex Cell Communities Using Stable Isotope Tracing

Een methode voor het meten Metabolisme in gesorteerde subpopulaties van Complex Cell Gemeenschappen Met behulp van stabiele isotoop Tracing

Mammalian cell types exhibit specialized metabolism, and there is ample evidence that various co-existing cell types engage in metabolic cooperation. ...

Preparation of Giant Vesicles Encapsulating Microspheres by Centrifugation of a Water-in-oil Emulsion

Bereiding van Giant blaasjes inkapselen Microbolletjes door centrifugeren van een water-in-olie emulsie

The constructive biology and the synthetic biology approach to creating artificial life involve the bottom-up assembly of biological or nonbiological ...

A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies

Een gemodificeerd Yeast-One Hybrid System voor Heteromere Proteïne Complex-DNA Interactie Studies

Over the years, the yeast one-hybrid assay has proven to be an important technique for the identification and validation of physical interactions between ...

Biochemical and Structural Characterization of the Carbohydrate Transport Substrate-binding-protein SP0092

Biochemische en structurele karakterisatie van de koolhydraten vervoer substraat-bindend-proteïne SP0092

Development of new antimicrobials and vaccines for Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) are necessary to halt the rapid rise in multiple resistant ...

Toeprinting Analysis of Translation Initiation Complex Formation on Mammalian mRNAs

Toeprinting analyse van vertaling initiatie complexvorming op zoogdieren mRNAs

Translation initiation is the rate-limiting step of protein synthesis and represents a key point at which cells regulate their protein output. Regulation ...

Medium Preparation for the Cultivation of Microorganisms under Strictly Anaerobic/Anoxic Conditions

Middelgrote voorbereiding voor de teelt van micro-organismen onder strikt anaerobe/anoxische condities

In contrast to aerobic organisms, strictly anaerobic microorganisms require the absence of oxygen and usually a low redox potential to initiate growth. As ...

Crystallization and Structural Determination of an Enzyme:Substrate Complex by Serial Crystallography in a Versatile Microfluidic Chip

Kristallisatie en structurele bepaling van een enzym: substraatcomplex door seriële kristallografie in een veelzijdige microfluïdische chip

The preparation of well diffracting crystals and their handling before their X-ray analysis are two critical steps of biocrystallographic studies. We ...

Complementation of Splicing Activity by a Galectin-3 - U1 snRNP Complex on Beads

Aanvulling van splicingactiviteit door een Galectin-3 - U1 snRNP-complex op kralen

Classic depletion-reconstitution experiments indicate that galectin-3 is a required splicing factor in nuclear extracts. The mechanism of incorporation of ...

RIBO-seq in Bacteria: a Sample Collection and Library Preparation Protocol for NGS Sequencing

RIBO-seq in Bacteria: een Sample Collection and Library Preparation Protocol voor NGS Sequencing

The ribosome profiling technique (RIBO-seq) is currently the most effective tool for studying the process of protein synthesis in vivo. The advantage of ...