Name: hydrolysis of a ni-schiff-base complex using conditions suitable for retention of acid-labile protecting groups
Uploaded: 2017-04-06T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups at JoVE.com

Finansiering fra Slippery Rock-universitetet. Vi ønsker å takke T. Boron III (Slippery Rock-universitetet) og C. Haney (University of Pennsylvania) for sin innsikt.

1. Hydrolyse av Ni-Schiff-basekompleks <ol><li> Oppløs 1 mmol av Ni-PBP-Schiff-base-kompleks i 40 ml N, N-dimetylformamid (DMF) med omrøring i en 250 ml rundbunnet kolbe ved romtemperatur. </li><li> I 60 ml 0,2 M vandig EDTA-oppløsning, pH 4,5. </li><li> Ved hjelp av en magnetisk rørestav og røreplate, røre den kombinerte løsning over natten. Som Schiff-basen komplekset hydrolysert, vil fargen skifte fra en dyp rød til hvit. </li><li> Etter fullførelse av reaksjonen som indikert ved fravær ...

<ol>
	<li>Wang, J., Shi, T., Deng, G., Jiang, H., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Enantio-+and+Diastereoselective+Mannich+Reactions+of+Chiral+Ni(II)+Glycinates+with+amino+sulfones.+Efficient+asymmetric+synthesis+of+aromatic+&#945;,&#946;-diamino+acids.">Highly Enantio- and Diastereoselective Mannich Reactions of Chiral Ni(II) Glycinates with amino sulfones. Efficient asymmetric synthesis of aromatic &#945;,&#946;-diamino acids.</a> J. Org. Chem. 73 (21), 8563-8570 (2011).</li><li>Wang, J., Lin, D., Zhou, S., Ding, X., Soloshonok, V. A., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Asymmetric+synthesis+of+sterically+and+electronically+demanding+linear+&#969;,-trifluoromethyl+containing+amino+acids+via+alkylation+of+chiral+equivalents+of+nucleophilic+glycine+and+alanine.">Asymmetric synthesis of sterically and electronically demanding linear &#969;,-trifluoromethyl containing amino acids via alkylation of chiral equivalents of nucleophilic glycine and alanine.</a> J. Org. Chem. 76 (2), 684-687 (2011).</li><li>Wang, J., Zhou, S., Lin, D., Ding, X., Jiang, H., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+diastereo-+and+enantioselective+synthesis+of+syn-&#946;,-substituted+tryptophans+via+asymmetric+Michael+addition+of+a+chiral+equivalent+of+nucleophilic+glycine+and+sulfonylindoles.">Highly diastereo- and enantioselective synthesis of syn-&#946;,-substituted tryptophans via asymmetric Michael addition of a chiral equivalent of nucleophilic glycine and sulfonylindoles.</a> Chem. Commun. 47 (29), 8355-8357 (2011).</li><li>Belokon, Y. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+efficient+catalytic+synthesis+of+&#945;,-amino+acids+under+phase-transfer+conditions+with+a+novel+catalyst/substrate+pair.">Highly efficient catalytic synthesis of &#945;,-amino acids under phase-transfer conditions with a novel catalyst/substrate pair.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 40 (10), 1948-1951 (2001).</li><li>Zhou, S., Wang, J., Lin, D., Zhao, F., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enantioselective+synthesis+of+2-substituted-tetrahydroisoquinolin-1-yl+glycine+derivatives+via+oxidative+cross-dehydrogenative+coupling+of+tertiary+amines+and+chiral+nickel(II)+glycinate.">Enantioselective synthesis of 2-substituted-tetrahydroisoquinolin-1-yl glycine derivatives via oxidative cross-dehydrogenative coupling of tertiary amines and chiral nickel(II) glycinate.</a> J. Org. Chem. 78 (22), 11204-11212 (2013).</li><li>Belokon, Y. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+&#945;,-amino+acids+via+asymmetric+phase+transfer-catalyzed+alkylation+of+achiral+nickel(II)+complexes+of+glycine-derived+Schiff+bases.">Synthesis of &#945;,-amino acids via asymmetric phase transfer-catalyzed alkylation of achiral nickel(II) complexes of glycine-derived Schiff bases.</a> J. Am. Chem. Soc. 125 (42), 12860-12871 (2003).</li><li>Ueki, H., Ellis, T. K., Martin, C. H., Soloshonok, V. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+large-scale+synthesis+of+picolinic+acid-derived+nickel(II)+complexes+of+glycine.">Efficient large-scale synthesis of picolinic acid-derived nickel(II) complexes of glycine.</a> Eur. J. Org. Chem. 2003 (10), 1954-1957 (2003).</li><li>Dener, J. M., Fantauzzi, P. P., Kshirsagar, T. A., Kelly, D. E., Wolfe, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+syntheses+of+Fmoc-protected+non-proteogenic+amino+acids:+useful+building+blocks+for+combinatorial+libraries.">Large-scale syntheses of Fmoc-protected non-proteogenic amino acids: useful building blocks for combinatorial libraries.</a> Org. Process Res. Dev. 5 (4), 445-449 (2001).</li><li>Cruz, L. J., Beteta, N. G., Ewenson, A., Albericio, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=&amp;#34;One-pot&amp;#34;,+preparation+of+N-carbamate+protected+amino+acids+via+the+azide.">&amp;#34;One-pot&amp;#34;, preparation of N-carbamate protected amino acids via the azide.</a> Org Process Res. Dev. 8 (6), 920-924 (2004).</li><li>Hart, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry. , (2000).</li><li>Adamson, J. G., Blaskovich, M. A., Groenevelt, H., Lajoie, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+and+convenient+synthesis+of+tert-butyl+ethers+of+Fmoc-serine,+Fmoc-threonine,+and+Fmoc-tyrosine.">Simple and convenient synthesis of tert-butyl ethers of Fmoc-serine, Fmoc-threonine, and Fmoc-tyrosine.</a> J. Org. Chem. 56 (10), 3447-3449 (1991).</li><li>Seyfried, M. S., Lauber, B. S., Luedtke, N. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-turnover+isotopic+labeling+of+Fmoc-+and+Boc-protected+amino+acids+with+oxygen+isotopes.">Multiple-turnover isotopic labeling of Fmoc- and Boc-protected amino acids with oxygen isotopes.</a> Org. Lett. 12 (1), 104-106 (2010).</li><li>Bonke, G., Vedel, L., Witt, M., Jaroszewski, J. W., Olsen, C. A., Franzyk, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimeric+building+blocks+for+solid-phase+synthesis+of+&#945;,-peptide-&#946;,-peptoid+chimeras.">Dimeric building blocks for solid-phase synthesis of &#945;,-peptide-&#946;,-peptoid chimeras.</a> Synthesis. 2008 (15), 2381-2390 (2008).</li></ol>

Den protokoll som er beskrevet ovenfor er hensiktsmessig ved sin evne til å lette isoleringen av en aminosyre hovedkjede fra en Ni-Schiff-base-kompleks under milde pH-betingelser og påfølgende Fmoc-beskyttelses av dette isolerte aminosyre gjennom to kritiske trinn. Det første trinn medfører røring av en DMF / vann-oppløsning inneholdende EDTA for å lette frigivelse av aminosyren fra komplekset. Gjenværende komplekse eller organiske biprodukter kan lett fjernes med ekstraksjon. Det andre trinnet av denne protoko...

Unaturlige aminosyrer (UAA s) bærende sidekjeder som varierer fra de av de tyve naturlig forekommende aminosyrer som finnes i naturen, har funnet anvendelse i et bredt spekter av anvendelser. Syntese av disse UAA s, men kan være vanskelig avhengig av strukturen av sidekjedene og stereokjemien av aminosyren ryggrad. CH bond aktivering av glycin i forbindelse med en nikkel Schiff-basen komplekset har blitt anvendt for å fremstille en rekke av amino- syrederivater inkludert α, p-diamino-syrer 1 og UAA peiling fluorert 2 eller heterocykliske sidekjeder. 3 Etter tilsetning av unaturlige sidekjeder, funksjonaliserte UAA-er er typisk fjernet fra Schiff-base-kompleks ved tilbakeløp i saltsyre og 4 blir deretter isolert ved hjelp av ionebyttekromatografi. Mens vanligvis effektiv, genererer denne protokollen enMino syrer som kan være uegnet for bruk i fastfase-peptidsyntese (SPPS). Naturen av SPPS krever tilstedeværelse av syrelabile sidekjedebeskyttende grupper, og den sterkt sure natur av typiske Ni-Schiff-basen dekomponeringsbetingelser forhindrer isolering av UAA s med disse beskyttelsesgruppene intakt. Så vidt vi vet, har bare ett alternativ dekomponeringsmetoden blitt rapportert: anvendelse av etylendiamintetraeddiksyre (EDTA) og hydrazin ved forhøyede temperaturer, 5 betingelser som i seg selv ikke kan være egnet for noen sidekjedebeskyttende grupper slik som ftalimider. <img alt="Figur 1" src="/files/ftp_upload/55677/55677fig1.jpg" /> Figur 1: Syntese av Ni-PBP-Gly fra Ni2 +, PBP, og glysin (Gly). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55677/55677fig1large.jpg" target="_blank">Klikk her for å se en større versjon av dette tallet.</a> </a&gt; Heri, rapporterer en metode for hydrolyse av en Ni-Schiff-base-kompleks, Ni-PBP-Gly (figur 1). Dette komplekset, avledet fra Ni2 +, glycin, og pyridin-2-karboksylsyre (2-benzoyl-fenyl) -amid (PBP), 6 har vist seg å være en nyttig plattform for syntese av en rekke UAA og er lett tilgjengelige ved hjelp av en to-trinns synteseveien. 7 Syntese av dette komplekset er litteratur-precedented i høyt utbytte. 6 Våre resultater som er beskrevet nedenfor demonstrerer anvendeligheten av hydrolyse-betingelser under anvendelse av EDTA ved svakt sur til nøytral pH-betingelser som er passende for bruk sammen med UAA peiling syrelabile sidekjedebeskyttende grupper. Etter hydrolyse, kan den resulterende vandige oppløsning bli isolert og umiddelbart underkastet standard Fmoc beskyttelsesbetingelser for å gi et Fmoc-beskyttet aminosyre (figur 2). Figur 2: Hydrolyse og Fmoc-beskyttelse av en aminosyre Isolert fra Ni-PBP-Gly. Reaksjonsbetingelser: i. EDTA (12 ekv), pH 4,5; ii. Etylacetat-vaskematerialet og justering til pH 7; iii. Fmoc-OSu (1 ekv), NaHCO3 (2 ekv). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55677/55677fig2large.jpg" target="_blank">Klikk her for å se en større versjon av dette tallet.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ni-PBP-Gly</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Synthesized from published protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMF</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>D119-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S311-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dichloromethane</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC610050040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S233-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fmoc-OSu</td>
			<td>Chem-Impex</td>
			<td>&#34;00147&#34;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dioxane</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>D111-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric Acid</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>A144-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl Acetate</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC610060040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Sulfate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>M65-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZEOPrep 60ECO Silica Gel</td>
			<td>ZEOChem</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hexanes</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>3200250.650.443</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chromatography Column</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH Test Strips</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rotary Evaporator</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 mL Separatory Funnel</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 mL Round Bottom Flask</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stir Bar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stir Plate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

hydrolysis of a ni-schiff-base complex using conditions suitable for retention of acid-labile protecting groups

Unaturlige aminosyrer, aminosyrer inneholdende sidekjede-funksjonaliteter ikke er vanlig ved natur, blir i økende grad funnet i syntetiske peptidsekvenser. Syntesen av noen ikke-naturlige aminosyrer inkluderer ofte bruk av en forløper bestående av en Schiff-base-stabilisert av en nikkel-kation. Unaturlige sidekjeder kan være installert på en aminosyre hovedkjede som finnes i denne Schiff-base-kompleks. Den resulterende unaturlig aminosyre kan deretter isoleres fra dette komplekset ved hjelp av hydrolyse av Schiff-basen, for eksempel ved anvendelse av tilbakeløpskjøling i sterkt sur løsning. Disse sterkt sure betingelser kan fjerne syrelabile sidekjedebeskyttende grupper som er nødvendig for de ikke-naturlige aminosyrer som skal anvendes i mikrobølgeassistert fast-fase peptidsyntese. I dette arbeidet presenterer vi en effektiv hydrolyse og påfølgende Fmoc-beskyttelse av en aminosyre isolert fra en Ni-Schiff-base-kompleks. Hydrolysebetingelser som er presentert i dette arbeidet er egnet for oppbevaring av syrelabile side-kjedebeskyttende grupper, og kan være tilpasningsdyktig til forskjellige unaturlige aminosyre-substrater.

Vi antok at fjerning av Ni 2+ fra Ni-PBP-Gly-komplekset kan tillate en effektiv vandig hydrolyse av Schiff-base uten behovet for sterke pH-betingelser. Som EDTA er et billig og godt studert gelateringsmiddel, 10 vi antatt at tilsetning av EDTA til en oppløsning av Ni-PBP-Gly ville lette chelatering av Ni2 + -ioner, og dermed fremme hydrolyse av komplekset. For å teste vår teori ...

Watch this Scientific Journal Video about Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups at JoVE.com

Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups

Her presenterer vi en effektiv hydrolyse og påfølgende Fmoc-beskyttelse av en aminosyre isolert fra en Ni-Schiff-base-kompleks. Hydrolysebetingelser som er presentert her er egnet for bruk ved oppbevaring av syrelabile sidekjedebeskyttelsesgrupper er nødvendig. Denne teknikk kan tilpasses til en rekke forskjellige unaturlige aminosyre-substrater.

Hydrolyse av en Ni-Schiff-basekompleks ved hjelp av betingelser som er egnet for oppbevaring av syre-labil beskyttelsesgrupper

Unnatural amino acids, amino acids containing side-chain functionalities not commonly seen in nature, are increasingly found in synthetic peptide ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

Protein Complex Affinity Capture fra Cryomilled pattedyrceller

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

A Method for Measuring Metabolism in Sorted Subpopulations of Complex Cell Communities Using Stable Isotope Tracing

En metode for å måle metabolismen i sortert subpopulasjoner av komplekse Cell Communities Bruke stabile isotoper Tracing

Mammalian cell types exhibit specialized metabolism, and there is ample evidence that various co-existing cell types engage in metabolic cooperation. ...

Preparation of Giant Vesicles Encapsulating Microspheres by Centrifugation of a Water-in-oil Emulsion

Utarbeidelse av Giant vesikler innkapsle mikrosfære ved sentrifugering av en vann-i-olje emulsjon

The constructive biology and the synthetic biology approach to creating artificial life involve the bottom-up assembly of biological or nonbiological ...

A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies

Et modifisert gjær-ett hybrid system for Heteromer Proteinkompleks-DNA-interaksjonsstudier

Over the years, the yeast one-hybrid assay has proven to be an important technique for the identification and validation of physical interactions between ...

Biochemical and Structural Characterization of the Carbohydrate Transport Substrate-binding-protein SP0092

Biokjemiske og strukturelle karakteristikk av karbohydrater Transport substrat-binding-protein SP0092

Development of new antimicrobials and vaccines for Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) are necessary to halt the rapid rise in multiple resistant ...

Toeprinting Analysis of Translation Initiation Complex Formation on Mammalian mRNAs

Toeprinting analyse av oversettelse innvielsen komplekse formasjon på pattedyr mRNAs

Translation initiation is the rate-limiting step of protein synthesis and represents a key point at which cells regulate their protein output. Regulation ...

Medium Preparation for the Cultivation of Microorganisms under Strictly Anaerobic/Anoxic Conditions

Medium forberedelse til dyrking av mikroorganismer under strengt anaerob/anoksisk forhold

In contrast to aerobic organisms, strictly anaerobic microorganisms require the absence of oxygen and usually a low redox potential to initiate growth. As ...

Crystallization and Structural Determination of an Enzyme:Substrate Complex by Serial Crystallography in a Versatile Microfluidic Chip

Krystallisering og strukturell bestemmelse av et enzym:Substrat kompleks av seriell krystallografi i en allsidig mikrofluidisk chip

The preparation of well diffracting crystals and their handling before their X-ray analysis are two critical steps of biocrystallographic studies. We ...

Complementation of Splicing Activity by a Galectin-3 - U1 snRNP Complex on Beads

Komplementering av skjøteaktivitet av et Galectin-3 - U1 snRNP-kompleks på perler

Classic depletion-reconstitution experiments indicate that galectin-3 is a required splicing factor in nuclear extracts. The mechanism of incorporation of ...

RIBO-seq in Bacteria: a Sample Collection and Library Preparation Protocol for NGS Sequencing

RIBO-seq i bakterier: en prøvesamling og bibliotekforberedelsesprotokoll for NGS-sekvensering

The ribosome profiling technique (RIBO-seq) is currently the most effective tool for studying the process of protein synthesis in vivo. The advantage of ...