Name: hydrolysis of a ni-schiff-base complex using conditions suitable for retention of acid-labile protecting groups
Uploaded: 2017-04-06T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups at JoVE.com

Finansiering av Slippery Rock University. Vi vill tacka T. Boron III (Slippery Rock University) och C. Haney (University of Pennsylvania) för sina insikter.

1. Hydrolys av Ni-Schiff-Base Complex <ol><li> Lös upp 1 mmol av Ni-PBP-Schiff-bas-komplex i 40 ml N, N-dimetylformamid (DMF) under omröring i en 250 ml rundbottnad kolv vid rumstemperatur. </li><li> Tillsätt 60 ml 0,2 M vattenhaltig EDTA-lösning, pH 4,5. </li><li> Användning av en magnetisk omrörarstav och rör om plattan, rör den kombinerade lösningen över natten. Som den Schiff-bas-komplexet hydrolyseras, kommer färgen att skifta från en djupröd till vitt. </li><li> Efter fullbordan av...

<ol>
	<li>Wang, J., Shi, T., Deng, G., Jiang, H., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+Enantio-+and+Diastereoselective+Mannich+Reactions+of+Chiral+Ni(II)+Glycinates+with+amino+sulfones.+Efficient+asymmetric+synthesis+of+aromatic+&#945;,&#946;-diamino+acids.">Highly Enantio- and Diastereoselective Mannich Reactions of Chiral Ni(II) Glycinates with amino sulfones. Efficient asymmetric synthesis of aromatic &#945;,&#946;-diamino acids.</a> J. Org. Chem. 73 (21), 8563-8570 (2011).</li><li>Wang, J., Lin, D., Zhou, S., Ding, X., Soloshonok, V. A., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Asymmetric+synthesis+of+sterically+and+electronically+demanding+linear+&#969;,-trifluoromethyl+containing+amino+acids+via+alkylation+of+chiral+equivalents+of+nucleophilic+glycine+and+alanine.">Asymmetric synthesis of sterically and electronically demanding linear &#969;,-trifluoromethyl containing amino acids via alkylation of chiral equivalents of nucleophilic glycine and alanine.</a> J. Org. Chem. 76 (2), 684-687 (2011).</li><li>Wang, J., Zhou, S., Lin, D., Ding, X., Jiang, H., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+diastereo-+and+enantioselective+synthesis+of+syn-&#946;,-substituted+tryptophans+via+asymmetric+Michael+addition+of+a+chiral+equivalent+of+nucleophilic+glycine+and+sulfonylindoles.">Highly diastereo- and enantioselective synthesis of syn-&#946;,-substituted tryptophans via asymmetric Michael addition of a chiral equivalent of nucleophilic glycine and sulfonylindoles.</a> Chem. Commun. 47 (29), 8355-8357 (2011).</li><li>Belokon, Y. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+efficient+catalytic+synthesis+of+&#945;,-amino+acids+under+phase-transfer+conditions+with+a+novel+catalyst/substrate+pair.">Highly efficient catalytic synthesis of &#945;,-amino acids under phase-transfer conditions with a novel catalyst/substrate pair.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 40 (10), 1948-1951 (2001).</li><li>Zhou, S., Wang, J., Lin, D., Zhao, F., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enantioselective+synthesis+of+2-substituted-tetrahydroisoquinolin-1-yl+glycine+derivatives+via+oxidative+cross-dehydrogenative+coupling+of+tertiary+amines+and+chiral+nickel(II)+glycinate.">Enantioselective synthesis of 2-substituted-tetrahydroisoquinolin-1-yl glycine derivatives via oxidative cross-dehydrogenative coupling of tertiary amines and chiral nickel(II) glycinate.</a> J. Org. Chem. 78 (22), 11204-11212 (2013).</li><li>Belokon, Y. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+&#945;,-amino+acids+via+asymmetric+phase+transfer-catalyzed+alkylation+of+achiral+nickel(II)+complexes+of+glycine-derived+Schiff+bases.">Synthesis of &#945;,-amino acids via asymmetric phase transfer-catalyzed alkylation of achiral nickel(II) complexes of glycine-derived Schiff bases.</a> J. Am. Chem. Soc. 125 (42), 12860-12871 (2003).</li><li>Ueki, H., Ellis, T. K., Martin, C. H., Soloshonok, V. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+large-scale+synthesis+of+picolinic+acid-derived+nickel(II)+complexes+of+glycine.">Efficient large-scale synthesis of picolinic acid-derived nickel(II) complexes of glycine.</a> Eur. J. Org. Chem. 2003 (10), 1954-1957 (2003).</li><li>Dener, J. M., Fantauzzi, P. P., Kshirsagar, T. A., Kelly, D. E., Wolfe, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+syntheses+of+Fmoc-protected+non-proteogenic+amino+acids:+useful+building+blocks+for+combinatorial+libraries.">Large-scale syntheses of Fmoc-protected non-proteogenic amino acids: useful building blocks for combinatorial libraries.</a> Org. Process Res. Dev. 5 (4), 445-449 (2001).</li><li>Cruz, L. J., Beteta, N. G., Ewenson, A., Albericio, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=&amp;#34;One-pot&amp;#34;,+preparation+of+N-carbamate+protected+amino+acids+via+the+azide.">&amp;#34;One-pot&amp;#34;, preparation of N-carbamate protected amino acids via the azide.</a> Org Process Res. Dev. 8 (6), 920-924 (2004).</li><li>Hart, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry. , (2000).</li><li>Adamson, J. G., Blaskovich, M. A., Groenevelt, H., Lajoie, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+and+convenient+synthesis+of+tert-butyl+ethers+of+Fmoc-serine,+Fmoc-threonine,+and+Fmoc-tyrosine.">Simple and convenient synthesis of tert-butyl ethers of Fmoc-serine, Fmoc-threonine, and Fmoc-tyrosine.</a> J. Org. Chem. 56 (10), 3447-3449 (1991).</li><li>Seyfried, M. S., Lauber, B. S., Luedtke, N. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-turnover+isotopic+labeling+of+Fmoc-+and+Boc-protected+amino+acids+with+oxygen+isotopes.">Multiple-turnover isotopic labeling of Fmoc- and Boc-protected amino acids with oxygen isotopes.</a> Org. Lett. 12 (1), 104-106 (2010).</li><li>Bonke, G., Vedel, L., Witt, M., Jaroszewski, J. W., Olsen, C. A., Franzyk, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimeric+building+blocks+for+solid-phase+synthesis+of+&#945;,-peptide-&#946;,-peptoid+chimeras.">Dimeric building blocks for solid-phase synthesis of &#945;,-peptide-&#946;,-peptoid chimeras.</a> Synthesis. 2008 (15), 2381-2390 (2008).</li></ol>

Det protokoll som beskrivits ovan är användbar i dess förmåga att underlätta isoleringen av en aminosyrahuvudkedja från en Ni-Schiff-bas-komplex under milda pH-betingelser och efterföljande Fmoc-skyddning av denna isolerade aminosyra genom två kritiska steg. Det första steget involverar att omröring en lösning DMF / vatten innehållande EDTA för att underlätta frigöring av aminosyran från komplexet. Rest komplexa eller organiska biprodukter kan lätt tas bort med extraktion. Det andra steget av detta prot...

Onaturliga aminosyror (UAA s) lagersidokedjor som varierar från de av de tjugo naturligt förekommande aminosyrorna som finns i naturen har funnit användning inom ett brett spektrum av applikationer. Syntes av dessa UAA s dock kan vara svårt beroende på strukturen av de sidokedjor och stereokemin av aminosyraryggraden. CH bond aktivering av glycin i samband med en nickel Schiff-bas-komplex har använts för att tillverka en mängd olika aminosyraderivat inklusive α, p-diamino syror 1 och UAA s lager fluorerad 2 eller heterocykliska sidokedjor. 3 Efter tillsats av onaturliga sidokedjor, funktionaliserad UAA s avlägsnas typiskt från Schiff-bas-komplex genom återflöde i saltsyra 4 och därefter isoleras med användning av jonbyteskromatografi. Medan generellt effektiv, detta protokoll genererar enmino syror som kan vara olämpliga för användning i fast-fas peptidsyntes (SPPS). Naturen av SPPS kräver närvaron av syralabil sidokedjeskyddande grupper och det kraftigt sura naturen hos typiska Ni-Schiff-bas sönderdelningsbetingelser förhindrar isolering av UAA-talet med dessa skyddsgrupper intakta. Såvitt vi vet har endast ett alternativ nedbrytningsmetod rapporterats: användning av etylendiamintetraättiksyra (EDTA) och hydrazin vid förhöjd temperatur, 5 villkor som själva inte kan vara lämpliga för vissa sidokedjeskyddande grupper såsom ftalimider. <img alt="Figur 1" src="/files/ftp_upload/55677/55677fig1.jpg" /> Figur 1: Syntes av Ni-PBP-Gly från Ni2 +, PBP, och Glycine (Gly). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55677/55677fig1large.jpg" target="_blank">Klicka här för att se en större version av denna siffra.</a> </a&gt; Häri, rapporterar vi ett förfarande för hydrolys av en Ni-Schiff-bas-komplex, Ni-PBP-Gly (fig 1). Detta komplex, som härrör från Ni2 +, glycin och pyridin-2-karboxylsyra- (2-bensoyl-fenyl) -amid (PBP), 6 har visat sig vara en användbar plattform för syntes av en mängd olika UAA s och är lätt tillgängliga med användning av en tvåstegs syntetisk väg. 7 Syntes av detta komplex är litteratur-precedented i högt utbyte. 6 Våra resultat som beskrivs nedan demonstrerar användbarheten av hydrolysbetingelser som utnyttjar EDTA vid milt sura till neutrala pH-betingelser som är lämpliga för användning med UAA s lager syralabil sidokedjeskyddande grupper. Efter hydrolys, kan den resulterande vattenlösningen isoleras och underkastas omedelbart till standardbetingelser Fmoc skydds till bildning av en Fmoc-skyddad aminosyra (Figur 2). Figur 2: Hydrolys och Fmoc-skydd av en aminosyra Isolerad från Ni-PBP-Gly. Reaktionsbetingelser i. EDTA (12 ekv), pH 4,5; ii. Etylacetat tvätt och justering till pH 7; III. Fmoc-OSu (1 ekv), NaHCOa 3 (2 ekv). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55677/55677fig2large.jpg" target="_blank">Klicka här för att se en större version av denna siffra.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ni-PBP-Gly</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Synthesized from published protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMF</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>D119-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S311-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dichloromethane</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC610050040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Bicarbonate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S233-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fmoc-OSu</td>
			<td>Chem-Impex</td>
			<td>&#34;00147&#34;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dioxane</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>D111-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric Acid</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>A144-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl Acetate</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC610060040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Sulfate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>M65-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZEOPrep 60ECO Silica Gel</td>
			<td>ZEOChem</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hexanes</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>3200250.650.443</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chromatography Column</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH Test Strips</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rotary Evaporator</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 mL Separatory Funnel</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>250 mL Round Bottom Flask</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stir Bar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stir Plate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

hydrolysis of a ni-schiff-base complex using conditions suitable for retention of acid-labile protecting groups

Onaturliga aminosyror, aminosyror innehållande sidokedjefunktionaliteter inte oftast ses i naturen, i allt högre grad finns i syntetiska peptidsekvenser. Syntes av vissa onaturliga aminosyror innefattar ofta användning av en prekursor bestående av en Schiffsk bas stabiliseras av en nickel katjon. Onaturliga sidokedjor kan installeras på en aminosyraskelettet finns i detta Schiff-bas-komplex. Den resulterande onaturliga aminosyran kan sedan isoleras från detta komplex med användning av hydrolys av den Schiffska-bas, typiskt genom användning av återloppskokning i starkt sur lösning. Dessa mycket sura förhållanden kan avlägsna syralabila sidokedjeskyddande grupper som är nödvändiga för de onaturliga aminosyrorna som skall användas i mikrovågsassisterad fast-fas-peptidsyntes. I detta arbete, presenterar vi en effektiv hydrolys och efterföljande Fmoc-skyddning av en aminosyra som isolerats från en Ni-Schiff-bas-komplex. Hydrolysbetingelser som presenteras i detta arbete är lämpliga för bibehållande av syra-labila side-kedja skyddande grupper och kan vara anpassningsbar till en mångfald av onaturliga aminosyrasubstrat.

Vi hypotesen att borttagande av Ni2 + från Ni-PBP-Gly-komplexet kan ge effektiv vattenhaltig hydrolys av Schiff-bas utan behov av hårda pH-betingelser. Såsom EDTA är ett billigt och väl studerade kelatbildare, 10 vi hypotesen att tillsats av EDTA till en lösning av Ni-PBP-Gly skulle underlätta kelatering av Ni2 + -joner och därigenom främja hydrolys av komplexet. För att ...

Watch this Scientific Journal Video about Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups at JoVE.com

Hydrolysis of a Ni-Schiff-Base Complex Using Conditions Suitable for Retention of Acid-labile Protecting Groups

Här presenterar vi en effektiv hydrolys och efterföljande Fmoc-skyddning av en aminosyra som isolerats från en Ni-Schiff-bas-komplex. Hydrolysbetingelser som presenteras här är lämpliga för användning när det krävs retention av syralabil sidokedjeskyddande grupper. Denna teknik kan vara anpassningsbar till en mångfald av onaturliga aminosyrasubstrat.

Hydrolys av en Ni-Schiff-Base Complex Använda betingelser som är lämpliga för Bibehållande av syralabil skydds Grupper

Unnatural amino acids, amino acids containing side-chain functionalities not commonly seen in nature, are increasingly found in synthetic peptide ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

Proteinkomplex Affinity Capture från Cryomilled däggdjursceller

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

A Method for Measuring Metabolism in Sorted Subpopulations of Complex Cell Communities Using Stable Isotope Tracing

En metod för att mäta Metabolism i Sorterade subpopulationer av komplexa cell gemenskapernas Använda stabila isotopen Tracing

Mammalian cell types exhibit specialized metabolism, and there is ample evidence that various co-existing cell types engage in metabolic cooperation. ...

Preparation of Giant Vesicles Encapsulating Microspheres by Centrifugation of a Water-in-oil Emulsion

Framställning av Giant vesiklar inkapslande mikrosfärer genom centrifugering av en vatten-i-olja-emulsion

The constructive biology and the synthetic biology approach to creating artificial life involve the bottom-up assembly of biological or nonbiological ...

A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies

Ett modifierat jäst-ett-hybridsystem för studier av heteromerisk proteinkomplex-DNA-interaktion

Over the years, the yeast one-hybrid assay has proven to be an important technique for the identification and validation of physical interactions between ...

Biochemical and Structural Characterization of the Carbohydrate Transport Substrate-binding-protein SP0092

Biokemiska och strukturell karaktärisering av den kolhydrat Transport substrat-bindande-protein SP0092

Development of new antimicrobials and vaccines for Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) are necessary to halt the rapid rise in multiple resistant ...

Toeprinting Analysis of Translation Initiation Complex Formation on Mammalian mRNAs

Toeprinting analys av översättning inledande komplexa bildande på däggdjur mRNA

Translation initiation is the rate-limiting step of protein synthesis and represents a key point at which cells regulate their protein output. Regulation ...

Medium Preparation for the Cultivation of Microorganisms under Strictly Anaerobic/Anoxic Conditions

Medellång förberedelse för odling av mikroorganismer under strängt anaeroba/syrefria förhållanden

In contrast to aerobic organisms, strictly anaerobic microorganisms require the absence of oxygen and usually a low redox potential to initiate growth. As ...

Crystallization and Structural Determination of an Enzyme:Substrate Complex by Serial Crystallography in a Versatile Microfluidic Chip

Kristallisering och strukturell bestämning av ett enzym:Substratkomplex genom seriell kristallografi i ett mångsidigt mikrofluidiskt chip

The preparation of well diffracting crystals and their handling before their X-ray analysis are two critical steps of biocrystallographic studies. We ...

Complementation of Splicing Activity by a Galectin-3 - U1 snRNP Complex on Beads

Komplementering av splitsningsaktivitet av ett Galectin-3 - U1 snRNP-komplex på pärlor

Classic depletion-reconstitution experiments indicate that galectin-3 is a required splicing factor in nuclear extracts. The mechanism of incorporation of ...

RIBO-seq in Bacteria: a Sample Collection and Library Preparation Protocol for NGS Sequencing

RIBO-seq i bakterier: ett protokoll för insamling av prover och biblioteksförberedelser för NGS-sekvensering

The ribosome profiling technique (RIBO-seq) is currently the most effective tool for studying the process of protein synthesis in vivo. The advantage of ...