Name: collection and extraction of occupational air samples for analysis of fungal dna
Uploaded: 2018-05-02T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Collection and Extraction of Occupational Air Samples for Analysis of Fungal DNA at JoVE.com

Dette arbeidet var støttes delvis av en tverrfaglig avtale mellom NIOSH og NIEHS (AES12007001-1-0-6).

1. klargjør NIOSH aerosol sampler
Merk: Den NIOSH aerosol sampler er en totrinns syklon aerosol sampler som samler bioaerosols med to utvalg rør og filtere polytetrafluoroethylene (PTFE).
<ol><li>Før montering, nøye kontrollere sampler. Kontroller sampler å sikre at det ikke er skadet, alle skruene er på plass og lun og tetting tape rundt skjøten dannet av de to halvdelene er intakt. Inspisere sampler O-ring for å sikre at den ikke har hakk, sprekker eller tårer og at den har en vel...

<ol>
	<li>Mendell, M. J., Mirer, A. G., Cheung, K., Tong, M., Douwes, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Respiratory+and+allergic+health+effects+of+dampness,+mold,+and+dampness-related+agents:+a+review+of+the+epidemiologic+evidence.">Respiratory and allergic health effects of dampness, mold, and dampness-related agents: a review of the epidemiologic evidence.</a> Environ Health Perspect. 119 (6), 748-756 (2011).</li><li>Green, B. J., Lemons, A. R., Park, Y., Cox-Ganser, J. M., Park, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+fungal+diversity+in+a+water-damaged+office+building.">Assessment of fungal diversity in a water-damaged office building.</a> J Occup Environ Hyg. 14 (4), 285-293 (2017).</li><li>Green, B. J., Lemons, A. R., Park, Y., Cox-Ganser, J. M., Park, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+fungal+diversity+in+a+water-damaged+office+building.">Assessment of fungal diversity in a water-damaged office building.</a> J Occup Environ Hyg. , (2016).</li><li>Pitkaranta, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+fungal+flora+in+indoor+dust+by+ribosomal+DNA+sequence+analysis,+quantitative+PCR,+and+culture.">Analysis of fungal flora in indoor dust by ribosomal DNA sequence analysis, quantitative PCR, and culture.</a> Appl Environ Microbiol. 74 (1), 233-244 (2008).</li><li>Rittenour, W. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Internal+transcribed+spacer+rRNA+gene+sequencing+analysis+of+fungal+diversity+in+Kansas+City+indoor+environments.">Internal transcribed spacer rRNA gene sequencing analysis of fungal diversity in Kansas City indoor environments.</a> Environ Sci Process Impacts. 16 (1), 33-43 (2014).</li><li>Martin, K. J., Rygiewicz, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungal-specific+PCR+primers+developed+for+analysis+of+the+ITS+region+of+environmental+DNA+extracts.">Fungal-specific PCR primers developed for analysis of the ITS region of environmental DNA extracts.</a> BMC Microbiol. 5, 28 (2005).</li><li>Monard, C., Gantner, S., Stenlid, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Utilizing+ITS1+and+ITS2+to+study+environmental+fungal+diversity+using+pyrosequencing.">Utilizing ITS1 and ITS2 to study environmental fungal diversity using pyrosequencing.</a> FEMS Microbiol Ecol. 84 (1), 165-175 (2013).</li><li>Op De Beeck, M., Lievens, B., Busschaert, P., Declerck, S., Vangronsveld, J., Colpaert, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+and+validation+of+some+ITS+primer+pairs+useful+for+fungal+metabarcoding+studies.">Comparison and validation of some ITS primer pairs useful for fungal metabarcoding studies.</a> PLoS One. 9 (6), e97629 (2014).</li><li>Toju, H., Tanabe, A. S., Yamamoto, S., Sato, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-coverage+ITS+primers+for+the+DNA-based+identification+of+ascomycetes+and+basidiomycetes+in+environmental+samples.">High-coverage ITS primers for the DNA-based identification of ascomycetes and basidiomycetes in environmental samples.</a> PLoS One. 7 (7), e40863 (2012).</li><li>Lemons, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+rRNA+sequencing+analysis+of+evaporative+cooler+indoor+environments+located+in+the+Great+Basin+Desert+region+of+the+United+States.">Microbial rRNA sequencing analysis of evaporative cooler indoor environments located in the Great Basin Desert region of the United States.</a> Environ Sci Process Impacts. , (2017).</li><li>Cao, G., Noti, J. D., Blachere, F. M., Lindsley, W. G., Beezhold, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+improved+methodology+to+detect+infectious+airborne+influenza+virus+using+the+NIOSH+bioaerosol+sampler.">Development of an improved methodology to detect infectious airborne influenza virus using the NIOSH bioaerosol sampler.</a> J Environ Monit. 13 (12), 3321-3328 (2011).</li><li>Soo, J. C., Lee, T., Kashon, M., Kusti, M., Harper, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quartz+in+coal+dust+deposited+on+internal+surface+of+respirable+size+selective+samplers.">Quartz in coal dust deposited on internal surface of respirable size selective samplers.</a> J Occup Environ Hyg. 11 (12), D215-D219 (2014).</li><li>Wang, C. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field+evaluation+of+personal+sampling+methods+for+multiple+bioaerosols.">Field evaluation of personal sampling methods for multiple bioaerosols.</a> PLoS One. 10 (3), e0120308 (2015).</li><li>Lindsley, W. G., Schmechel, D., Chen, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+two-stage+cyclone+using+microcentrifuge+tubes+for+personal+bioaerosol+sampling.">A two-stage cyclone using microcentrifuge tubes for personal bioaerosol sampling.</a> J Environ Monit. 8 (11), 1136-1142 (2006).</li><li>Rittenour, W. R., Park, J. H., Cox-Ganser, J. M., Beezhold, D. H., Green, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+DNA+extraction+methodologies+used+for+assessing+fungal+diversity+via+ITS+sequencing.">Comparison of DNA extraction methodologies used for assessing fungal diversity via ITS sequencing.</a> J Environ Monit. 14 (3), 766-774 (2012).</li><li>ACGIH. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Documentation of the threshold limit values and biological exposure indices. Appendix C: Particle size-selective sampling criteria for airborne particulate matter. , (2001).</li><li>Rodes, C. E., Thornburg, J. W., Ruzer, L. S., Harley, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Aerosols handbook: measurement, dosimetry, and health effects. , (2005).</li><li>Broadwater, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigating+a+persistent+odor+at+an+aircraft+seat+manufacturer.">Investigating a persistent odor at an aircraft seat manufacturer.</a> J Occup Environ Hyg. 13 (10), D159-D165 (2016).</li><li>Couch, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Health Hazard Evaluation Program: Evaluation of Potential Hazards during Harvesting and Processing Cannabis at an Outdoor Organic Farm. Report No. 2015-0111-3271. , (2017).</li><li>Feinstein, L. M., Sul, W. J., Blackwood, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+bias+associated+with+incomplete+extraction+of+microbial+DNA+from+soil.">Assessment of bias associated with incomplete extraction of microbial DNA from soil.</a> Appl Environ Microbiol. 75 (16), 5428-5433 (2009).</li><li>Keswani, J., Kashon, M. L., Chen, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+interference+to+conventional+and+real-time+PCR+for+detection+and+quantification+of+fungi+in+dust.">Evaluation of interference to conventional and real-time PCR for detection and quantification of fungi in dust.</a> J Environ Monit. 7 (4), 311-318 (2005).</li><li>Bellemain, E., Carlsen, T., Brochmann, C., Coissac, E., Taberlet, P., Kauserud, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS+as+an+environmental+DNA+barcode+for+fungi:+an+in+silico+approach+reveals+potential+PCR+biases.">ITS as an environmental DNA barcode for fungi: an in silico approach reveals potential PCR biases.</a> BMC Microbiol. 10, 189 (2010).</li><li>Farrelly, V., Rainey, F. A., Stackebrandt, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+genome+size+and+rrn+gene+copy+number+on+PCR+amplification+of+16S+rRNA+genes+from+a+mixture+of+bacterial+species.">Effect of genome size and rrn gene copy number on PCR amplification of 16S rRNA genes from a mixture of bacterial species.</a> Appl Environ Microbiol. 61 (7), 2798-2801 (1995).</li><li>Vesper, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+Environmental+Relative+Moldiness+index+for+US+homes.">Development of an Environmental Relative Moldiness index for US homes.</a> J Occup Environ Med. 49 (8), 829-833 (2007).</li></ol>

Bestemme fungal mangfoldet i en yrkesmessig miljøbruk sekvensering tilnærminger har forbedret fungal fare identifikasjon og eksponering vurdering. Bruker denne tilnærmingen har tillatt for påvisning av mange sopp vokser det er ofte ikke oppdaget kultur eller mikroskopi-baserte metoder for vurdering. En metode for prøvetaking bioaerosols fra arbeids- og innendørs miljøer og utvinning av genomisk DNA fra Luftprøver forsterkning og sekvensering presenteres her. Bestemmelse av sopp mangfold ved hjelp av disse metoden...

Fungal eksponeringer innendørs og yrkesmessig kan føre til åndedretts morbidities, inkludert økt følsomhet og astma1. Identifikasjon av sopp farer er viktig for å vurdere risiko og forebygge arbeidstaker eksponering. Disse sopp farer kan være et resultat av innendørs forurensning, uteluft inntrenging eller miljømessige forstyrrelser som fører til transport av sopp materialer i områder der arbeidstakere er tilstede2. Metoder for å vurdere fungal eksponering har inkludert levedyktig kultur prøvetaking samt mikroskopiske identifikasjon av sopp sporer. Disse metodene har flere begrensninger og ofte overse mange fungal arter som kan være medvirkende til total fungal byrden3. Kultur-baserte tilnærminger kan bare skille dem levedyktig fungal organismer som kan bli dyrket på næringsstoffer media. Identifisere fungal sporer arter nivå via mikroskopi kan bli forvirret av sporer dele lignende morphologies. Begge metodene er svært avhengige mycologists å analysere og identifisere fungal arter, med mange gjenværende uidentifisert.
For å forbedre eksisterende metoder som brukes i yrkesmessig Faremomenter og eksponering vurderinger, har mange forskere slått til molekylær-baserte teknologier. Sekvensering tilnærminger for å vurdere mikrobiell mangfold i innendørs og yrkesmessig har avdekket et bredere spekter av sopp oppdaget sammenlignet med metoder som mikroskopi og levedyktig kultur3,4 ,5. Metoden som presenteres her beskriver luften prøvetaking yrkesmessig miljøer og utvinning av genomisk DNA til å identifisere potensielle fungal farer. Faremomenter oppnås ved sekvensering av kjernefysisk ribosomal interne transkribert spacer, eller dens, områder som er svært variabel blant sopp og har blitt brukt til å skille fungal arter6,7, 8,9. Mange arter finnes i yrkesmessig innstillinger, som noen arter som tilhører rekken Basidiomycota, ikke er identifiserbare i levedyktig kultur og er vanskelig å skille mikroskopisk. Disse sopp er observert i høy relative overflod i innendørs og yrkesmessig miljøer vurdert av sekvensering fungal ITS regioner3,4,10. DENS sekvensering har gitt større kunnskap i mangfoldet av sopp oppstått innenfor innendørs og yrkesmessig miljøer.
Protokollen beskrevet her detaljer metodene brukes til å samle, trekke ut og forsterke fungal ITS regioner fra bioaerosols for sekvensen analyse. Denne tilnærmingen benytter National Institute for Occupational Safety og helse (NIOSH) totrinns syklon aerosol sampler samle partikler i luften. Denne sampler ble utviklet for å samle bioaerosols og egen respirabelt (≤4 µm aerodynamisk diameter) og ikke-respirabelt (> 4 µm aerodynamisk diameter) partikler, som gir mulighet for identifisering av sopp organismer i innendørs miljøer som er mest sannsynligvis pustes inn av en arbeidstaker11. Andre luft samplere, inkludert syklon samplere, er tilgjengelige på markedet som kan samle partikler innen respirabelt (< 4 µm) bruker filtrerer12,13. Derimot skiller NIOSH to-trinns syklon aerosol sampler fungal arter basert på deres aerodynamisk diameter til disponibel, polypropylen rør som kan behandles umiddelbart for nedstrøms programmer14.
Prosessene med utpakking genomisk DNA og forsterke fungal ITS regionene er beskrevet i denne protokollen. De utvinning metodikkene som presenteres er utviklet spesielt for utvinning av genomisk DNA fra sopp og bakterier, som mange kommersielle kits målrette pattedyrceller, bakterier eller gjær15spesielt. Primere brukt i denne studien er valgt basert på deres samlede dekning av både fungal sin 1 og dens 2 regioner4,5. Sekvensering av disse regionene tillater sammenligning av mange banked ITS sekvenser, inkludert den sekvensen regionen sin 1, dens 2 regionen eller både sin 1 og dens 2 regioner. Fungal mangfoldet av Luftprøver samlet i en innendørs bruker disse metodene vises, avslører et betydelig antall sekvenser plassert i stamtreet Ascomycota og Basidiomycota samt andre sekvenser tilhører mindre dominerende fungal rekker, som Zygomycota. Det brede mangfoldet av sopp sekvenser identifisert ved hjelp av denne tilnærmingen vil ikke hentes med tradisjonelle fare identifikasjon metoder som dyrking eller mikroskopi. Sekvensering av sopp ITS områder gir en forbedret metode for å identifisere fungal farer og gi en bedre forståelse av innendørs og yrkesmessig fungal eksponeringer.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>NIOSH BC251 bioaerosol cyclone sampler</td>
			<td>NIOSH</td>
			<td>BC251</td>
			<td>The NIOSH sampler is not yet commercially available. Please contact William Lindsley, PhD (wlindsley@cdc.gov) for information on obtaining the NIOSH sampler</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Sterile Microcentrifuge Tubes with Screw Caps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-681-373</td>
			<td>1.5 mL polypropylene microcentrifuge tubes for air sampling; screw top threading must match the threading of the NIOSH sampler</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon 15 mL Conical Centrifuge Tubes</td>
			<td>Corning</td>
			<td>352096</td>
			<td>15 mL polypropylene tubes for air sampling</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clean Room Vinyl Tape, Easy-Remove, 1/4&#34; Width</td>
			<td>McMaster-Carr</td>
			<td>76505A1</td>
			<td>sealing tape</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter Cassette, Clear Styrene, 37 mm</td>
			<td>SKC Inc.</td>
			<td>225-3LF</td>
			<td>3-piece sampling cassette (no filter). Contains: cassette base, extension cowl, cassette cap and inlet/outlet plugs</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTFE hydrophobic fluoropore membrane filters, 3.0 &#181;m, 37 mm</td>
			<td>EMD Millipore</td>
			<td>FSLW03700</td>
			<td>Contains: 37 mm, 3.0 &#181;m PTFE filters and support pads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand filter forceps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>09-753-50</td>
			<td>filter forceps</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Model 502 Precision PanaPress</td>
			<td>PanaVise</td>
			<td>502</td>
			<td>pneumatic cassette press is constructed from this precision arbor press</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scotch Super 33+ vinyl electrical tape</td>
			<td>McMaster-Carr</td>
			<td>76455A21</td>
			<td>19 mm tape</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multi-purpose Calibration Jar, Large</td>
			<td>SKC Inc.</td>
			<td>225-112</td>
			<td>calibration jar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Universal PCXR4 Sample Pump</td>
			<td>SKC Inc.</td>
			<td>224-PCXR4</td>
			<td>sampling pump</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mass Flowmeter 4140</td>
			<td>TSI Inc.</td>
			<td>4140</td>
			<td>flow meter</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Roche High Pure PCR Template Kit</td>
			<td>Roche Diagnostics</td>
			<td>11796828001</td>
			<td>Kit used for genomic DNA extraction. Contains: Lysis buffer, Binding buffer, Proteinase K, Inhibitor removal buffer, Wash buffer, Elution buffer, Glass fiber filter tubes and 2 ml collection tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand 2 mL Reinforced Polypropylene Screw Cap Tubes with Caps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15340162</td>
			<td>2 mL reinforced tubes for bead homogenization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads, acid washed, 212-300 &#181;m</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G1277</td>
			<td>glass beads</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisher Scientific Bead Mill 24 Homogenizer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-340-163</td>
			<td>bead homogenizer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CelLytic B Cell Lysis Reagent, 10X</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8740</td>
			<td>lysis reagent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Platinum Taq polymerase</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10966-018</td>
			<td>Contains: Platinum Taq polymerase, 10X PCR buffer (no MgCl2), 50 mM MgCl2, KB Extender</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTP Mix</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>18427-088</td>
			<td>10 mM dNTP mix</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAquick PCR Purification Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28106</td>
			<td>Kit used to purify fungal amplicons. Contains: Buffer PB (binding buffer), Buffer PE (washing buffer), Buffer EB (elution buffer), pH Indicator dye (optional), and GelPilot loading dye</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Owl EasyCast Mini Gel Electrophoresis System</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>B1 or B2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TrackIt 1 KB Plus DNA Ladder</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>10488-085</td>
			<td>DNA ladder</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

collection and extraction of occupational air samples for analysis of fungal dna

Tradisjonelle metoder for å identifisere fungal eksponeringer i yrkesmessig miljøer som kultur og mikroskopi-baserte tilnærminger, har flere begrensninger som har resultert i utelukkelse av mange arter. Fremskritt innen de siste to tiårene har ført helse forskere å slå til molekylær-baserte tilnærminger for å identifisere fungal farer. Disse metodene har resultert i deteksjon av mange arter innen innendørs og yrkesmessig miljøer som ikke ble funnet ved hjelp av tradisjonelle metoder. Denne protokollen detaljer tilnærming for å bestemme fungal mangfold i luften prøver gjennom genomisk DNA utvinning, forsterkning, sekvensering og taksonomisk identifikasjon av sopp interne transkribert spacer (ITS) regioner. Sekvensering resultatene i deteksjon av mange fungal arter som oppdaget eller er vanskelig å identifisere arter nivå med kultur eller mikroskopi. Mens disse metodene ikke gir kvantitative tiltak av sopp byrden, de tilbyr en ny tilnærming til Faremomenter og kan brukes til å fastsette generelle arter rikdom og mangfold i en yrkesmessig miljø.

Distribusjon innen et miljø kan vurderes med relative overflod ved å bestemme antall kloner av hver OTU i luften prøvene. Figur 6 er en krone diagram representerer taksonomisk plassert arter i et innemiljø etter 60 minutter i luften prøvetaking. Det kan være observert at miljøet inneholder en rekke arter innen to store fungal rekker, Ascomycota og Basidiomycota, samt arter som tilhører rekken Zygomycota (Rhizopus microsporus). Tradisjonelle m...

Watch this Scientific Journal Video about Collection and Extraction of Occupational Air Samples for Analysis of Fungal DNA at JoVE.com

Collection and Extraction of Occupational Air Samples for Analysis of Fungal DNA

Avgjøre fungal mangfoldet i et miljø er en metode som brukes i helse studier å identifisere helsefare. Denne protokollen beskriver DNA utvinning fra yrkesmessig Luftprøver for forsterkning og sekvensering av sopp dens regioner. Denne tilnærmingen oppdager mange fungal arter som kan bli oversett av tradisjonelle vurderingsmetoder.

Innsamling og utvinning av yrkesmessig Air prøver for analyse av sopp DNA

Traditional methods of identifying fungal exposures in occupational environments, such as culture and microscopy-based approaches, have several ...

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Environment

Biology

Nursing

Ecology

Unit 1

Introduction to Health

Biodiversity and Conservation

SCIENTISTS IN ACTION

EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. I. Collection of Virus Samples

EPA Method 1615. Måling av Enterovirus og Norovirus Forekomst i Water av Kultur- og RT-qPCR. I. Innsamling av virusprøver

EPA Method 1615 was developed with a goal of providing a standard method for measuring enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. ...

A Simple Method for Automated Solid Phase Extraction of Water Samples for Immunological Analysis of Small Pollutants

En enkel metode for Automated fastfaseekstraksjon av vannprøver for Immunologisk Analyse av Små forurensninger

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and ...

Air-sampled Filter Analysis for Endotoxins and DNA Content

Air-samplet Filter Analyse for endotoksiner og DNA innhold

Outdoor aerosol research commonly uses particulate matter sampled on filters. This procedure enables various characterizations of the collected particles ...

Simultaneous DNA-RNA Extraction from Coastal Sediments and Quantification of 16S rRNA Genes and Transcripts by Real-time PCR

Samtidig DNA-RNA Utvinning fra Kyst Sedimenter og kvantifisering av 16S rRNA gener og transkripsjoner av Real-time PCR

Real Time Polymerase Chain Reaction also known as quantitative PCR (q-PCR) is a widely used tool in microbial ecology to quantify gene abundances of ...

Extraction and Analysis of Microbial Phospholipid Fatty Acids in Soils

Utvinning og analyse av Microbial fosfolipid fettsyrer i jordsmonn

Phospholipid fatty acids (PLFAs) are key components of microbial cell membranes. The analysis of PLFAs extracted from soils can provide information about ...

Modification and Application of a Leaf Blower-vac for Field Sampling of Arthropods

Modifikasjon og anvendelse av en løvblåser-vac for Feltet Prøvetaking av Leddyr

Rice fields host a large diversity of arthropods, but investigating their population dynamics and interactions is challenging. Here we describe the ...

Use of a Filter Cartridge for Filtration of Water Samples and Extraction of Environmental DNA

Bruk av en filterpatron for filtrering av vannprøver og Utvinning av Miljø DNA

Recent studies demonstrated the use of environmental DNA (eDNA) from fishes to be appropriate as a non-invasive monitoring tool. Most of these studies ...

Automated, High-resolution Mobile Collection System for the Nitrogen Isotopic Analysis of NOx

Automated, High-resolution Mobile Collection System for the Nitrogen Isotopic Analysis of NOx

Automatisert, høy oppløsning Mobile Collection System for Nitrogen Isotop Analyse av NO<sub&gt; x</sub

Nitrogen oxides (NOx = NO + NO2) are a family of atmospheric trace gases that have great impact on the environment. NOx concentrations directly influence ...

A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples

En lipidekstraksjons- og analysemetode for karakterisering av jordmikrober i eksperimenter med mange prøver

Microbial communities are important drivers and regulators of ecosystem processes. To understand how management of ecosystems may affect microbial ...

Extraction of Organochlorine Pesticides from Plastic Pellets and Plastic Type Analysis

Ekstraksjon av organisk klorpesticider fra plastpellets og plasttypeanalyse

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment ...