Name: optimal preparation of formalin fixed samples for peptide based matrix assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging workflows
Uploaded: 2018-01-16T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows at JoVE.com

الكتاب تود أن تقر بمؤسسة المدرسة الطبية في سيدني وكآبة ومؤسسة لتمويل جزء من هذا العمل من خلال برنامج المنح الدراسية الدكتوراه لأبحاث مرض الزهايمر، ومنحة اكتشاف القوس (DP160102063) منحت إلى PKW.

تنبيه: جميع احتياطات السلامة الواجبة التطبيق ينبغي اتباعها عند تنفيذ هذا الإجراء، بما في ذلك استخدام معدات الوقاية الشخصية المناسبة (معدات الوقاية الشخصية) (مثلاً، مختبر المعاطف، القفازات النتريل، سلامة النظارات، إلخ)
1-إعداد الكواشف والمعدات
<ol><li>
إعداد ال?...

<ol>
	<li>Schwartz, S. A., Reyzer, M. L., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+tissue+analysis+using+matrix-assisted+laser+desorption/ionization+mass+spectrometry:+practical+aspects+of+sample+preparation.">Direct tissue analysis using matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry: practical aspects of sample preparation.</a> J Mass Spectrom. 38 (7), 699-708 (2003).</li><li>Caprioli, R. M., Farmer, T. B., Gile, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Imaging+of+Biological+Samples:+Localization+of+Peptides+and+Proteins+Using+MALDI-TOF+MS.">Molecular Imaging of Biological Samples: Localization of Peptides and Proteins Using MALDI-TOF MS.</a> Anal Chem. 69 (23), 4751-4760 (1997).</li><li>Jackson, S. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI-Ion+Mobility+Mass+Spectrometry+of+Lipids+in+Negative+Ion+Mode.">MALDI-Ion Mobility Mass Spectrometry of Lipids in Negative Ion Mode.</a> Analytical methods : advancing methods and applications. 6 (14), 5001-5007 (2014).</li><li>O'Rourke, M. B., Djordjevic, S. P., Padula, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+non-instrument-based+method+for+the+analysis+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+human+spinal+cord+via+matrix-assisted+laser+desorption/ionisation+imaging+mass+spectrometry.">A non-instrument-based method for the analysis of formalin-fixed paraffin-embedded human spinal cord via matrix-assisted laser desorption/ionisation imaging mass spectrometry.</a> Rapid Commun Mass Spectrom. 29 (19), 1836-1840 (2015).</li><li>O'Rourke, M. B., Raymond, B. B. A., Djordjevic, S. P., Padula, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+versatile+cost-effective+method+for+the+analysis+of+fresh+frozen+tissue+sections+via+matrix-assisted+laser+desorption/ionisation+imaging+mass+spectrometry.">A versatile cost-effective method for the analysis of fresh frozen tissue sections via matrix-assisted laser desorption/ionisation imaging mass spectrometry.</a> Rapid Commun Mass Spectrom. 29 (7), 637-644 (2015).</li><li>Chughtai, K., Heeren, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+imaging+for+biomedical+tissue+analysis.">Mass spectrometric imaging for biomedical tissue analysis.</a> Chem Rev. 110 (5), 3237-3277 (2010).</li><li>Ye, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+mass+spectrometry-assisted+molecular+imaging+of+metabolites+during+nitrogen+fixation+in+the+Medicago+truncatula-Sinorhizobium+meliloti+symbiosis.">MALDI mass spectrometry-assisted molecular imaging of metabolites during nitrogen fixation in the Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti symbiosis.</a> Plant J. 75 (1), 130-145 (2013).</li><li>Powers, T. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+imaging+mass+spectrometry+profiling+of+N-glycans+in+formalin-fixed+paraffin+embedded+clinical+tissue+blocks+and+tissue+microarrays.">MALDI imaging mass spectrometry profiling of N-glycans in formalin-fixed paraffin embedded clinical tissue blocks and tissue microarrays.</a> PLoS One. 9 (9), 10655 (2014).</li><li>Rompp, A., Spengler, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+imaging+with+high+resolution+in+mass+and+space.">Mass spectrometry imaging with high resolution in mass and space.</a> Histochem Cell Biol. 139 (6), 759-783 (2013).</li><li>Shariatgorji, M., Svenningsson, P., Andren, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+imaging,+an+emerging+technology+in+neuropsychopharmacology.">Mass spectrometry imaging, an emerging technology in neuropsychopharmacology.</a> Neuropsychopharmacology. 39 (1), 34-49 (2014).</li><li>Alexandrov, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+imaging+mass+spectrometry:+statistical+data+analysis+and+current+computational+challenges.">MALDI imaging mass spectrometry: statistical data analysis and current computational challenges.</a> BMC Bioinformatics. 13, 11 (2012).</li><li>Weaver, E. M., Hummon, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+mass+spectrometry:+From+tissue+sections+to+cell+cultures.">Imaging mass spectrometry: From tissue sections to cell cultures.</a> Adv Drug Deliv Rev. 65 (8), 1039-1055 (2013).</li><li>Watrous, J. D., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+mass+spectrometry+in+microbiology.">Imaging mass spectrometry in microbiology.</a> Nat Rev Microbiol. 9 (9), 683-694 (2011).</li><li>O'Rourke, M., Padula, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Non-Instrument+Based+Preparation+of+Tissue+Samples+Destined+for+Imaging+Mass+Spectrometry+(IMS)+Analysis.">The Non-Instrument Based Preparation of Tissue Samples Destined for Imaging Mass Spectrometry (IMS) Analysis.</a> Protocol Exchange. , (2017).</li><li>O'Rourke, M. B., Padula, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+standard+of+visual+data+representation+for+imaging+mass+spectrometry.">A new standard of visual data representation for imaging mass spectrometry.</a> Proteomics Clin Appl. 11 (3-4), (2017).</li><li>O'Rourke, M. B., Padula, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+formalin-fixed,+paraffin-embedded+(FFPE)+tissue+via+proteomic+techniques+and+misconceptions+of+antigen+retrieval.">Analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue via proteomic techniques and misconceptions of antigen retrieval.</a> Biotechniques. 60 (5), 229-238 (2016).</li><li>Casadonte, R., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+analysis+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue+by+MALDI+imaging+mass+spectrometry.">Proteomic analysis of formalin-fixed paraffin-embedded tissue by MALDI imaging mass spectrometry.</a> Nat. Protocols. 6 (11), 1695-1709 (2011).</li><li>Ong, T. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Spectrometry+Imaging+and+Identification+of+Peptides+Associated+with+Cephalic+Ganglia+Regeneration+in+Schmidtea+mediterranea.">Mass Spectrometry Imaging and Identification of Peptides Associated with Cephalic Ganglia Regeneration in Schmidtea mediterranea.</a> J Biol Chem. 291 (15), 8109-8120 (2016).</li><li>Seeley, E. H., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+imaging+of+proteins+in+tissues+by+mass+spectrometry.">Molecular imaging of proteins in tissues by mass spectrometry.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (47), 18126-18131 (2008).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Blood-smear+showing+Experimental+Infection+with+Herpetomonas.">Blood-smear showing Experimental Infection with Herpetomonas.</a> Proc R Soc Med. 18, 55 (1925).</li><li>Gorrie, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+human+OEC-derived+cell+transplants+in+rodent+spinal+cord+contusion+injury.">Effects of human OEC-derived cell transplants in rodent spinal cord contusion injury.</a> Brain Res. 1337, 8-20 (2010).</li><li>Wu, Q., Comi, T. J., Li, B., Rubakhin, S. S., Sweedler, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On-Tissue+Derivatization+via+Electrospray+Deposition+for+Matrix-Assisted+Laser+Desorption/Ionization+Mass+Spectrometry+Imaging+of+Endogenous+Fatty+Acids+in+Rat+Brain+Tissues.">On-Tissue Derivatization via Electrospray Deposition for Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging of Endogenous Fatty Acids in Rat Brain Tissues.</a> Anal Chem. 88 (11), 5988-5995 (2016).</li><li>Sturm, R. M., Greer, T., Chen, R., Hensen, B., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+NIMS+and+MALDI+platforms+for+neuropeptide+and+lipid+mass+spectrometric+imaging+in+C.+borealis+brain+tissue.">Comparison of NIMS and MALDI platforms for neuropeptide and lipid mass spectrometric imaging in C. borealis brain tissue.</a> Anal Methods. 5 (6), 1623-1628 (2013).</li><li>Kompauer, M., Heiles, S., Spengler, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Atmospheric+pressure+MALDI+mass+spectrometry+imaging+of+tissues+and+cells+at+1.4-mum+lateral+resolution.">Atmospheric pressure MALDI mass spectrometry imaging of tissues and cells at 1.4-mum lateral resolution.</a> Nat Methods. 14 (1), 90-96 (2017).</li><li>Yang, J., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Matrix+sublimation/recrystallization+for+imaging+proteins+by+mass+spectrometry+at+high+spatial+resolution.">Matrix sublimation/recrystallization for imaging proteins by mass spectrometry at high spatial resolution.</a> Anal Chem. 83 (14), 5728-5734 (2011).</li><li>Rohner, T. C., Staab, D., Stoeckli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+mass+spectrometric+imaging+of+biological+tissue+sections.">MALDI mass spectrometric imaging of biological tissue sections.</a> Mech Ageing Dev. 126 (1), 177-185 (2005).</li><li>Li, B., Bhandari, D. R., Rompp, A., Spengler, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+MALDI+mass+spectrometry+imaging+of+gallotannins+and+monoterpene+glucosides+in+the+root+of+Paeonia+lactiflora.">High-resolution MALDI mass spectrometry imaging of gallotannins and monoterpene glucosides in the root of Paeonia lactiflora.</a> Sci Rep. 6, 36074 (2016).</li><li>Spengler, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+imaging+of+biomolecular+information.">Mass spectrometry imaging of biomolecular information.</a> Anal Chem. 87 (1), 64-82 (2015).</li><li>Widlak, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+molecular+signatures+of+oral+squamous+cell+carcinoma+and+normal+epithelium+-+application+of+a+novel+methodology+for+unsupervised+segmentation+of+imaging+mass+spectrometry+data.">Detection of molecular signatures of oral squamous cell carcinoma and normal epithelium - application of a novel methodology for unsupervised segmentation of imaging mass spectrometry data.</a> Proteomics. 16 (11-12), 1613-1621 (2016).</li></ol>

تم تصميم هذا البروتوكول إلى أقصى حد توليد الأنواع الجزيئية التأين في حين القضاء على تمركز لتحليلها. العوامل الرئيسية التي تنطوي على استخدام نفس المبدأ الأسمى عند تطبيق مصفوفة، هضم العينة، أو ريكريستاليزينج بعد التسامي24؛ إلا وهي أن حتى ترسب بخار، مصفوفة أو خلاف ذلك، تحتاج إل?...

استخدمت الليزر ساعد مصفوفة التصوير (استخدام MSI) الطيف الكتلي الامتزاز/التأين كأسلوب صورة القائمة للعقدين الماضيين1،2، تحليل مجموعة من الجزيئات الحيوية بما في ذلك: الدهون3، الببتيدات2 ،4البروتينات2،5، والايضات6،7، جليكانس ن8والجزيئات الاصطناعية مثل العقاقير العلاجية9،10. ازداد عدد المنشورات التي تبين مدى فائدة هذا الأسلوب إلى حد كبير على الماضي العقد6،11،،من1213. بعض الجزيئات، مثل الدهون، سهلة نسبيا لتحليل عن طريق استخدام MSI، كما أنها تتأين سهولة نظراً لطبيعتها الكيميائية ومن ثم تتطلب إعداد مسبق قليلاً3. أكثر صعوبة من الأهداف مثل الببتيدات والخطوات المطلوبة لفعالية تتأين هذه الجزيئات غير واسعة ومعقدة عموما14. وهناك حاليا عدد قليل جداً من المنشورات التي تهدف إلى معالجة أو إثبات إمكانية تكرار نتائج في المنهجيات التي تستخدم لإعداد الأنسجة لهذه التقنية البصرية الفريدة15. ولهذا السبب، لدينا تجميع الملاحظات وتنفيذ تحسينات في واحدة، سهلة التنفيذ، المنهجية التي ينبغي أن تتطلب القليل إلى أي تعديل، لتحليل الببتيدات من فورمالدهايد تصميمهما الأنسجة المصدر14.
في هذه المخطوطة، لقد قمنا بوصف منهجية استنساخه تم التحقق من صحتها، ومنخفضة التكلفة للكشف ورسم الخرائط المكانية من الببتيدات، المتولدة من الفورمالين--الثابتة جزءا لا يتجزأ من البارافين (FFPE) أقسام الأنسجة وثابتة الفورمالين المجمدة (FFF). لا تتطلب هذه المنهجية أو الاعتماد على أي الأجهزة المتخصصة3. على وجه التحديد، علينا التصدي للجوانب العديدة لإعداد نموذج المتخصصة اللازمة لتحليل الببتيدات؛ خطوات مثل استرجاع مستضد16 ومصفوفة الطلاء. لدينا بروتوكول يستخدم أيضا معدات غير مكلفة والمواد الكاشفة، مما يجعل هذه المنهجية من الوصول إلى مجتمع أوسع الذي خلاف ذلك سيكون غير قادر على تحمل تكاليف الأجهزة الروبوتية بديل17.
كان السبب الكامن وراء تطوير أسلوب إعداد عينة يدوي شقين: أولاً، استخدام سوبليماتور يقوم بطلاء متجانسة ومتسقة من بلورات المصفوفة التي هي ~ 1 ميكرومتر في الطول18، شيء لا يمكن تحقيقه برش أكثر شيوعاً تقنيات. ثانيا، إعداد تكاليف صغيرة نسبيا: بلغت التكلفة الإجمالية لجهاز مخصص < 1500 دولار أسترالي ونلاحظ، من حيث فعالية التكاليف، السعر لكل عينة أرخص بكثير عندما يوجد لا الآلات الروبوتية. استخدام التسامي أبلغ سابقا، ومع ذلك، على حد علمنا، لم تم الإبلاغ عن المنهجيات خطوة بخطوة التي تصف هذه العملية ونماذج إعداد لا الموصوفة في الأدب.
هذا البروتوكول يهدف إلى مساعدة الباحثين التي يستطيعون الوصول إلى استخدام مطياف كتلة، والذين عازمة على توليد المعلومات المكانية بالنسبة لجزيء بيو الفائدة19. في جوهرها، هي استخدام MSI شكلاً من أشكال النسيجي الفرز التي لا تعتمد على الأجسام المضادة أو البقع2.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:820px;" width="820">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Cryo Microtome</td>
			<td style="width:121px;">Leica</td>
			<td style="width:160px;">CM3050</td>
			<td style="width:275px;">For preparation and section of tissue.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Indium Tin Oxide Microscope slides</td>
			<td style="width:121px;">Bruker</td>
			<td>8237001</td>
			<td>For preparation and section of tissue.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Coplin Jars</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>S5516</td>
			<td>For preparation and section of tissue.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Pressure Cooker</td>
			<td style="width:121px;">Kambrook</td>
			<td>KPR620BSS</td>
			<td>For preparation and section of tissue.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Sublimator</td>
			<td style="width:121px;">Chem Glass</td>
			<td>NA</td>
			<td>For sublimation procedure. Similar in design to the CG-3038 however it was custom made&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Sand bath</td>
			<td style="width:121px;">NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>For sublimation procedure. Fine grade river sand held in folded aluminium foil sourced from outside not from any specific company</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Glass Petri Dish</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>CLS70165100</td>
			<td>For sublimation procedure.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Vacuum Pump</td>
			<td style="width:121px;">NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>For sublimation procedure. Sourced as a spare part from an old mass spectrometer&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Cold trap</td>
			<td style="width:121px;">Chem Glass</td>
			<td>CG-4510-02</td>
			<td>For sublimation procedure.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Hot Plate</td>
			<td style="width:121px;">John Morris</td>
			<td>EW-15956-32.&#160;</td>
			<td>For sublimation procedure.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Plastic petri dish</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>Z717223</td>
			<td>For sublimation procedure.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">37 &#176;C incubator</td>
			<td style="width:121px;">NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>For sublimation procedure. Not applicable, incubator is non sterile and over 30 years old&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Blotting paper</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>P7796</td>
			<td>For sublimation procedure.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Nitrocellulose&#160;</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>N8395</td>
			<td>For washing of slides.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Acetone</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>650501</td>
			<td>For washing of slides.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Xylene</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>214736</td>
			<td>For washing of slides.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">100% EtOH</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>1.02428</td>
			<td>For washing of slides.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">70% EtOH</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>NA</td>
			<td>For washing of slides. Made in lab from 95% stock ethanol&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Chloroform</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>C2432</td>
			<td>For washing of slides.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Glacial Acetic Acid</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>ARK2183</td>
			<td>For washing of slides.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Tris HCL pH 8.8</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>TRIS-RO</td>
			<td>For proteolytic cleavage. Powder made to 1M followed by equilibration with 32% HCl to PH 8.8</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Milli Q Ultra-Pure Water</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>NA</td>
			<td>For proteolytic cleavage. Purification performed in house by sartorious water purification system</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Ammonium Bircarbonate</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>A6141</td>
			<td>For proteolytic cleavage.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Trypsin</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>T0303</td>
			<td>For proteolytic cleavage.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">CHCA Matrix</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>C2020</td>
			<td>For recrystallisation.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Acetonitrile</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>1.00029</td>
			<td>For recrystallisation.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:264px;">Trifluoroacetic Acid (TFA)&#160;</td>
			<td style="width:121px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>302031</td>
			<td>For recrystallisation.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

optimal preparation of formalin fixed samples for peptide based matrix assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging workflows

استخدام الليزر ساعد مصفوفة الامتزاز/التأين، الكتلي التصوير (استخدام MSI) وقد توسعت بسرعة، منذ هذا الأسلوب بتحليل مجموعة من الجزيئات الحيوية من الأدوية والدهون إلى جليكانس ن. على الرغم من وجود تقنيات إعداد نموذج مختلف، اكتشاف الببتيدات من فورمالدهايد الحفاظ على الأنسجة يبقى واحداً من أصعب التحديات لهذا النوع من التحليل الشامل والمطيافيه. لهذا السبب، نحن إنشاء وتحسين منهجية قوية تحافظ على المعلومات المكانية الواردة ضمن العينة، مع التماس أكبر عدد من الببتيدات التأين. ونحن أيضا تهدف إلى تحقيق هذا الهدف بطريقة بسيطة وفعالة من حيث التكلفة، وبالتالي القضاء على خطأ التحيز أو إعداد المحتملة، التي يمكن أن تحدث عند استخدام الآلي الأجهزة. والنتيجة النهائية بروتوكول استنساخه وغير مكلفة.

إذا اتبعت بشكل صحيح، ينتج هذا البروتوكول الصور التي تمثل وضوح مورفولوجية إجمالية للأنسجة دون أي خدوش أو التشوهات الأخرى (الشكل 1). التحقق من صحة مثالية لإعداد نموذج يقوم بشكل صحيح، القدرة على التمييز بين مختلف الهياكل المادية عن طريق تغيير يجري جزيء شوهدت...

Watch this Scientific Journal Video about Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows at JoVE.com

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

الإعداد الأمثل من الفورمالين الثابتة عينات الببتيد تستند إلى مصفوفة بمساعدة الليزر التصوير مهام سير العمل الطيف الكتلي الامتزاز/التأين

هذا البروتوكول وصف أسلوب استنساخه وموثوق بها لإعداد المستندة إلى التسامي الفورمالين الثابتة الأنسجة الموجهة للتصوير الطيف الكتلي.

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Sheathless Capillary Electrophoresis&#8211;Mass Spectrometry for Metabolic Profiling of Biological Samples

Sheathless Capillary ElectrophoresisÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry for Metabolic Profiling of Biological Samples

Sheathless شعري الكهربائي-الطيف الكتلي لالاستقلابية من التنميط العينات البيولوجية

In metabolomics, a wide range of analytical techniques is used for the global profiling of (endogenous) metabolites in complex samples. In this paper, a ...

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

وقت حل التأين electrospray الهيدروجين، الديوتيريوم تبادل الطيف الكتلي لدراسة بنية البروتين وديناميكية

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

حل تقارب تنقية البروتين المجمعات التي كتبها Blue الأصلية PAGE والبروتين الارتباط التنميط

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Glycoproteomics من مصفوفة خارج الخلية: منهج في تحليل سكري سليمة عن طريق قياس الطيف الكتلي

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Easy Manipulation of Architectures in Protein-based Hydrogels for Cell Culture Applications

سهل التلاعب بأبنية في الهلاميات المائية المستندة إلى البروتين لتطبيقات ثقافة الخلية

Hydrogels are recognized as promising materials for cell culture applications due to their ability to provide highly hydrated cell environments. The field ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

إعداد نموذج لتحديد الهوية الجماعية على أساس قياس الطيف الكتلي للجيش الملكي النيبالي-ربط المناطق

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

الكشف عن مواقع اكتشاف البروتين من قبل إثراء الببتيد وقياس الطيف الكتلي

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation

إعداد عينة البلازما لقياس الطيف الكتلي باستخدام محطة عمل آلية

Sample preparation for mass spectrometry analysis in proteomics requires enzymatic cleavage of proteins into a peptide mixture. This process involves ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

إعداد عينة لمسبار Electrospray قياس الطيف الكتلي

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

التحليل الكمي للدهون الخلوية من Saccharomyces Cerevisiae باستخدام الكروماتوغرافيا السائلة إلى جانب قياس الطيف الكتلي جنبا إلى جنب

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...