Name: enrichment of bacterial lipoproteins and preparation of n-terminal lipopeptides for structural determination by mass spectrometry
Uploaded: 2018-05-21T12:30:00
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मेरेडिथ लैब में अनुसंधान स्टार्टअप Eberly विज्ञान कॉलेज (पेंसिल्वेनिया राज्य विश्वविद्यालय) द्वारा प्रदान की निधियों द्वारा समर्थित किया गया था । हम पेन स्टेट प्रोटियोमिक् और मास स्पेक्ट्रोमेट्री कोर सुविधा, यूनिवर्सिटी पार्क, फिलीस्तीनी अथॉरिटी, जहां जन spectrometric विश्लेषण प्रदर्शन किया गया में उपकरणों के लिए विशेषज्ञ तकनीकी सलाह और उपयोग के लिए Dr. तातियाना Laremore धन्यवाद ।

1. सेल ग्रोथ और Lysis
<ol><li>15 मिलीलीटर tryptic सोया शोरबा (TSB) या देर घातीय चरण के लिए इसी तरह के अमीर मीडिया (ओडी६०० में बढ़ने बैक्टीरिया १.०-१.५) । केंद्रापसारक द्वारा फसल कोशिकाओं, Tris-बफर खारा/EDTA (TBSE) के साथ एक बार धोन...

<ol>
	<li>Babu, M. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+database+of+bacterial+lipoproteins+(DOLOP)+with+functional+assignments+to+predicted+lipoproteins.">A database of bacterial lipoproteins (DOLOP) with functional assignments to predicted lipoproteins.</a> J Bacteriol. 188 (8), 2761-2773 (2006).</li><li>Narita, S., Tokuda, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+lipoproteins;+biogenesis,+sorting+and+quality+control.">Bacterial lipoproteins; biogenesis, sorting and quality control.</a> Biochim Biophys Acta. 1862 (11), 1414-1423 (2016).</li><li>Kovacs-Simon, A., Titball, R. W., Michell, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipoproteins+of+bacterial+pathogens.">Lipoproteins of bacterial pathogens.</a> Infect Immun. 79 (2), 548-561 (2011).</li><li>Nguyen, M. T., G&#246;tz, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipoproteins+of+Gram-Positive+Bacteria:+Key+Players+in+the+Immune+Response+and+Virulence.">Lipoproteins of Gram-Positive Bacteria: Key Players in the Immune Response and Virulence.</a> Microbiol Mol Biol Rev. 80 (3), 891-903 (2016).</li><li>Nakayama, H., Kurokawa, K., Lee, B. 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C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lipid+extract+of+Mycoplasma+penetrans+proteinase+K-digested+lipid-associated+membrane+proteins+rapidly+activates+NF-kappaB+and+activator+protein+1.">Lipid extract of Mycoplasma penetrans proteinase K-digested lipid-associated membrane proteins rapidly activates NF-kappaB and activator protein 1.</a> Infect Immun. 67 (6), 2951-2956 (1999).</li><li>Luque-Garcia, J. L., Zhou, G., Spellman, D. S., Sun, T. -. T., Neubert, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+electroblotted+proteins+by+mass+spectrometry:+protein+identification+after+Western+blotting.">Analysis of electroblotted proteins by mass spectrometry: protein identification after Western blotting.</a> Mol Cell Proteomics. 7 (2), 308-314 (2008).</li><li>Luque-Garcia, J. L., Zhou, G., Sun, T. -. T., Neubert, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+Nitrocellulose+Membranes+for+Protein+Characterization+by+Matrix-Assisted+Laser+Desorption/Ionization+Mass+Spectrometry.">Use of Nitrocellulose Membranes for Protein Characterization by Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry.</a> Anal Chem. 78 (14), 5102-5108 (2006).</li><li>Kurokawa, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environment-mediated+accumulation+of+diacyl+lipoproteins+over+their+triacyl+counterparts+in+Staphylococcus+aureus.">Environment-mediated accumulation of diacyl lipoproteins over their triacyl counterparts in Staphylococcus aureus.</a> J Bacteriol. 194 (13), 3299-3306 (2012).</li><li>Laemmli, U. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cleavage+of+structural+proteins+during+the+assembly+of+the+head+of+bacteriophage+T4.">Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4.</a> Nature. 227 (5259), 680-685 (1970).</li><li>Sch&#1235;gger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tricine-SDS-PAGE.">Tricine-SDS-PAGE.</a> Nat Protoc. 1, 16-22 (2006).</li><li>Gravel, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+Blotting+by+the+Semidry+Method.">Protein Blotting by the Semidry Method.</a> The Protein Protocols Handbook. , 321-334 (2002).</li><li>Webster, J., Oxley, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+Identification+by+Peptide+Mass+Fingerprinting+using+MALDI-TOF+Mass+Spectrometry.">Protein Identification by Peptide Mass Fingerprinting using MALDI-TOF Mass Spectrometry.</a> The Protein Protocols Handbook. , 1117-1129 (2009).</li><li>Wilkins, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detailed+peptide+characterization+using+PEPTIDEMASS+-+a+World-Wide-Web-accessible+tool.">Detailed peptide characterization using PEPTIDEMASS - a World-Wide-Web-accessible tool.</a> Electrophoresis. 18 (3-4), 403-408 (1997).</li><li>Gasteiger, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+Identification+and+Analysis+Tools+on+the+ExPASy+Server.">Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server.</a> The Proteomics Protocols Handbook. , 571-607 (2005).</li><li>Perkins, D. N., Pappin, D. J. C., Creasy, D. M., Cottrell, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probability-based+protein+identification+by+searching+sequence+databases+using+mass+spectrometry+data.">Probability-based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data.</a> Electrophoresis. 20 (18), 3551-3567 (1999).</li><li>Al-Saad, K. A., Zabrouskov, V., Siems, W. F., Knowles, N. R., Hannan, R. M., Hill, H. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Matrix-assisted+laser+desorption/ionization+time-of-flight+mass+spectrometry+of+lipids:+ionization+and+prompt+fragmentation+patterns.">Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry of lipids: ionization and prompt fragmentation patterns.</a> Rapid Commun Mass Spectrom. 17 (1), 87-96 (2003).</li></ol>

इस के साथ साथ प्रोटोकॉल लिपोप्रोटीन लक्षण वर्णन के दो अलग चरणों: TX द्वारा संवर्धन-११४ चरण विभाजन और संरचनात्मक संकल्प द्वारा मालदी-तोफ MS. TX-११४ निष्कर्षण के दौरान, अतिरिक्त केंद्रापसारक इस प्रक्रिया के...

बैक्टीरियल लिपो एक संरक्षित एन-टर्मिनल लिपिड संशोधित cysteine है कि गोलाकार प्रोटीन डोमेन कोशिका झिल्ली सतह के लिए लंगर की विशेषता है । वे सार्वभौमिक बैक्टीरिया में वितरित कर रहे हैं, एक ठेठ जीनोम1के भीतर सभी सेलुलर जीन के 2 से 5% का गठन । लिपो सेलुलर प्रक्रियाओं की एक विस्तृत विविधता में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं, पोषक तत्वों की देखभाल, संकेत transduction, प्रोटीन परिसरों के विधानसभा, और सेल लिफाफा संरचनात्मक अखंडता को बनाए रखने में2. रोगजनक बैक्टीरिया में, लिपो डाह कारकों3,4के रूप में सेवा करते हैं । एक संक्रमण के दौरान, एन टर्मिनल lipopeptides की मांयता टोल की तरह रिसेप्टर (TLR) 2 एक सहज प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया के लिए हमलावर रोगजनकों को हटाने के लिए । एन टर्मिनल acylation राज्य के आधार पर, लिपो आम तौर पर वैकल्पिक TLR2 heterodimeric परिसरों द्वारा मांयता प्राप्त कर रहे हैं । TLR2-TLR1 पहचानता N-acylated lipopeptides, जबकि TLR2-TLR6 बाँधता इव lipopeptide α-एमिनो टर्मिनी. एक बार बाध्य, संकेतन रास्ते में भड़काऊ साइटोकिंस3,4के स्राव प्रेरित करने के लिए एकाग्र ।
यह पहले सोचा था कि ग्राम से लिपो-सकारात्मक बैक्टीरिया diacylated थे और ग्राम से उन नकारात्मक बैक्टीरिया triacylated थे, के अभाव या संरक्षण एन टर्मिनल cysteine अवशेषों पर एक के बीच जुड़े फैटी एसिड की उपस्थिति में भिंन । यह धारणा Lnt को ग्राम-धनात्मक जीनोम में अनुक्रम orthologs की कमी का समर्थन कर रही थी, चना-निगेटिव एन-acyl ट्रांस्फ़्रेज़ कि रूपों triacylated लिपो५. हालांकि, हाल के अध्ययनों से पता चला है ग्राम में लिपोप्रोटीन triacylation-सकारात्मक Firmicutes कि कमी lnt, साथ ही साथ तीन उपंयास एन टर्मिनल लिपोप्रोटीन संरचनाओं, peptidyl, lyso, और N-एसिटाइल फार्म6,7 ,8. इन निष्कर्षों संभव अभी तक के बारे में सवाल उठाने के लिए-होना-लिपोप्रोटीन रूपों की खोज की, कैसे इन उपंयास लिपो बना रहे है और क्या शारीरिक प्रयोजन या लाभ विभिंन रूपों प्रदान के बारे में बुनियादी सवालों के साथ । इसके अलावा, वे स्पष्ट रूप से जीनोमिक्स की वर्तमान अक्षमता को प्रदर्शित करने के लिए लिपोप्रोटीन संरचना की भविष्यवाणी । दरअसल, हम हाल ही में लिपोप्रोटीन एन के एक उपंयास वर्ग की पहचान-acyl transferases, बुलाया जलाया, से Enterococcus faecalis और बैसिलस cereus कि बनाता है lyso-form लिपो9। यह प्रयोग लिपोप्रोटीन संरचना, जो उनके अत्यंत hydrophobic प्रकृति और सीमित करने के लिए अपने आणविक संरचना विशेषताएं उपलब्ध तरीकों के कारण चुनौतीपूर्ण हो सकता है सत्यापित करने की आवश्यकता इंगित करता है ।
के लिए मेजबान प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया के लिपोप्रोटीन प्रेरण पर अध्ययन की सुविधा, के रूप में के रूप में अच्छी तरह से एन टर्मिनल संरचनात्मक दृढ़ संकल्प, हम कई पहले अनुकूलित किया है क्रम में जीवाणु लिपो को शुद्ध और एन-टर्मिनल तैयार करने के लिए tryptic lipopeptides विश्लेषण के लिए मालदी-तोफ MS6,10,11,12. लिपो एक की स्थापना की ट्राइटन X-११४ का उपयोग कर समृद्ध कर रहे है (इसके बाद surfactant या TX-११४) चरण विभाजन विधि, अनुकूलन के साथ के रूप में संदर्भित करने के लिए दूषित गैर लिपो और वृद्धि लिपोप्रोटीन उपज को दूर । इन लिपो TLR परख में प्रत्यक्ष उपयोग के लिए या एसडीएस द्वारा आगे की शुद्धि के लिए उपयुक्त है-पृष्ठ । मालदी के लिए-तोफ एमएस, nitrocellulose झिल्ली को लिपो के हस्तांतरण सीटू trypsin पाचन में कुशल के लिए एक पाड़ प्रदान करता है, धोने, और झिल्ली की सतह से बाद के रेफरेंस, अत्यधिक शुद्ध एन टर्मिनल lipopeptides में जिसके परिणामस्वरूप. Nitrocellulose नमूना हैंडलिंग की सुविधा के लिए दिखाया गया है और अभिंन झिल्ली प्रोटीन से अत्यधिक hydrophobic पेप्टाइड्स के लिए अनुक्रम कवरेज में सुधार13,14, साथ ही लिपो9,10 . विधि फ्रैक् पेप्टाइड्स के ध्रुवीकरण के आधार पर अतिरिक्त लाभ है, तो यह है कि मध्यवर्ती धोने समाधान उच्च विश्वास प्रोटीन पहचान के लिए एक साथ एन टर्मिनल संरचनात्मक दृढ़ संकल्प के साथ एक एकल प्रयोग में विश्लेषण किया जा सकता . इस प्रोटोकॉल विशिष्ट जानबूझकर सोडियम adduct गठन सुविधाएं एमएस के दौरान dehydroalanyl आयनों की ओर जनक आयन विखंडन को बढ़ावा देने के लिए/ms, N-acylation राज्य के संरचनात्मक असाइनमेंट में सहायता । N-टर्मिनस दोनों लिपो की TLR मान्यता से संबंधित सबसे चर और प्रमुख विशेषता है । एक साथ ले लिया, इस प्रोटोकॉल लिपो पर गहन और reproducible अध्ययन की अनुमति दी है, मालदी द्वारा शुद्धि और संरचनात्मक संकल्प के व्यक्तिगत चरणों के साथ-तोफ एमएस आसानी से प्रयोग के समग्र लक्ष्य के आधार पर अनुकूलित.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Materials</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.01 mm Zirconia/silica beads</td>
			<td>BioSpec Products</td>
			<td>110791012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetic acid</td>
			<td>EMD</td>
			<td>AX0073-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetone</td>
			<td>EMD</td>
			<td>AX0116-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>EMD</td>
			<td>AX0142-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Fluka Analytical</td>
			<td>09830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioTrace NT Nitrocellulose</td>
			<td>PALL Life Sciences</td>
			<td>66485</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin (BSA) digest standard</td>
			<td>Protea</td>
			<td>PS-204-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>Acros Organics</td>
			<td>423550025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP118</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HPLC Grade water</td>
			<td>EMD</td>
			<td>WX0008-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysozyme</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP535-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>34860</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenylmethyl sulfonyl fluoride (PMSF)</td>
			<td>Amresco</td>
			<td>0754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce trypsin protease</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>90057</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ponceau S</td>
			<td>Acros Organics</td>
			<td>161470100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protein LoBind Tube 0.5mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>022431064</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium bicarbonate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>792519</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Macron Fine Chemicals</td>
			<td>7581-06</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid (TFA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>299537</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-hydrochloride (HCl)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP152</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-114</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>93422</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptic soy broth (TSB)</td>
			<td>BD</td>
			<td>211822</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#945;-cyano-4-hydroxycinnamic acid (MS Grade)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8982</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MagNALyser</td>
			<td>Roche</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trans-Blot Turbo Transfer System</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MALDI-TOF target</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultraflextreme MALDI-TOF-TOF</td>
			<td>Bruker Daltonics</td>
			<td></td>
			<td>Equipped with a 355 nm frequency-tripled Nd:YAG smartbeam-II laser</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

enrichment of bacterial lipoproteins and preparation of n-terminal lipopeptides for structural determination by mass spectrometry

लिपो बैक्टीरियल कोशिका लिफाफा और स्तनधारी सहज प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया के प्रबल उत्प्रेरक के महत्वपूर्ण घटक हैं । दोनों कोशिका शरीर विज्ञान और इम्यूनोलॉजी के लिए उनके महत्व के बावजूद, बहुत उपंयास लिपोप्रोटीन रूपों के बारे में पता चला, कैसे वे संश्लेषित कर रहे हैं, और मेजबान उन्मुक्ति पर विभिंन रूपों का प्रभाव रहता है । लिपो पर गहन अध्ययन को सक्षम करने के लिए, इस प्रोटोकॉल का वर्णन बैक्टीरियल लिपोप्रोटीन संवर्धन के लिए एक विधि और एन के लिए तैयार-टर्मिनल tryptic lipopeptides संरचनात्मक निर्धारण के लिए मैट्रिक्स द्वारा असिस्टेड लेजर desorption ionization-उड़ान के समय मास स्पेक्ट्रोमेट्री (मालदी-तोफ MS). बैक्टीरियल कोशिका झिल्ली से लिपोप्रोटीन निष्कर्षण और संवर्धन के लिए एक स्थापित ट्राइटन एक्स-११४ चरण विभाजन विधि पर विस्तार, प्रोटोकॉल गैर-लिपोप्रोटीन संदूषणों को दूर करने के लिए अतिरिक्त कदम शामिल है, लिपोप्रोटीन उपज में वृद्धि और शुद्धता. के बाद से लिपो सामांयतः टोल में उपयोग किया जाता है जैसे रिसेप्टर (TLR) परख, यह महत्वपूर्ण है कि पहले n-टर्मिनल संरचना की विशेषता मालदी-तोफ सुश्री के साथ साथ, एक विधि को अलग करने के लिए प्रस्तुत किया गया है ध्यान केंद्रित hydrophobic एन में समृद्ध पेप्टाइड्स-टर्मिनल मालदी द्वारा प्रत्यक्ष विश्लेषण के लिए उपयुक्त lipopeptides-तोफ ms/ms. लिपो कि सोडियम Dodecyl सल्फेट पाली से अलग किया गया है-Acrylamide जेल ट्रो (एसडीएस-PAGE) एक nitrocellulose झिल्ली को हस्तांतरित कर रहे हैं, के साथ सीटू में पचा trypsin, क्रमिक रूप से ध्रुवीय tryptic पेप्टाइड्स हटाने के लिए धोया, और अंत में क्लोरोफॉर्म-मेथनॉल के साथ eluted. जब धोने के समाधान से अधिक ध्रुवीय trypsinized पेप्टाइड्स के एमएस के साथ युग्मित, इस विधि दोनों लिपोप्रोटीन की पहचान करने की क्षमता प्रदान करता है और एक ही प्रयोग में अपने N-टर्मिनस की विशेषता । जानबूझकर सोडियम adduct गठन भी एक उपकरण के रूप में नियोजित किया जा सकता है और अधिक संरचनात्मक जानकारीपूर्ण विखंडन स्पेक्ट्रा को बढ़ावा देने के । अंततः, लिपो और उनके एन के निर्धारण के संवर्धन-टर्मिनल संरचनाओं बैक्टीरिया प्रोटीन के इस सर्वव्यापी वर्ग पर और अधिक व्यापक अध्ययन की अनुमति होगी ।

प्रोटोकॉल का एक योजनाबद्ध चित्र 1में प्रदान किया गया है । TX-११४ द्वारा Enterococcus faecalis ATCC १९४३३ से निकाले गए लिपोप्रोटीन-समृद्ध अंश चित्रा 2में दिखाया गया है । तुलना के लिए,...

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Enrichment of Bacterial Lipoproteins and Preparation of N-terminal Lipopeptides for Structural Determination by Mass Spectrometry

बैक्टीरियल लिपो के संवर्धन और जन स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा संरचनात्मक निर्धारण के लिए एन टर्मिनल Lipopeptides की तैयारी

बैक्टीरियल लिपो का संवर्धन एक गैर ईओण surfactant चरण विभाजन विधि का उपयोग TLR परख या अंय अनुप्रयोगों में प्रत्यक्ष उपयोग के लिए वर्णित है । आगे कदम जन स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा संरचनात्मक लक्षण वर्णन के लिए एन टर्मिनल tryptic lipopeptides तैयार करने के लिए विस्तृत रहे हैं ।

Lipoproteins are important constituents of the bacterial cell envelope and potent activators of the mammalian innate immune response. Despite their ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Invasion of Human Cells by a Bacterial Pathogen

मानव कोशिकाओं के एक बैक्टीरियल पैथोजन द्वारा आक्रमण

Here we will describe how we study the invasion of human endothelial cells by bacterial pathogen Staphylococcus aureus . The general protocol can be ...

Structure of HIV-1 Capsid Assemblies by Cryo-electron Microscopy and Iterative Helical Real-space Reconstruction

क्रायो - इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी द्वारा एचआईवी -1 capsid विधानसभाओं की संरचना और चलने का पेचदार रियल अंतरिक्ष पुनर्निर्माण

Cryo-electron microscopy (cryo-EM), combined with image processing, is an increasingly powerful tool for structure determination of macromolecular protein ...

Saliva, Salivary Gland, and Hemolymph Collection from Ixodes scapularis Ticks

Saliva, Salivary Gland, and Hemolymph Collection from Ixodes scapularis Ticks

लार लार ग्रंथि, Ixodes Scapularis Ticks से और Hemolymph संग्रह

Ticks are found worldwide and afflict humans with many tick-borne illnesses. Ticks are vectors for pathogens that cause Lyme disease and tick-borne ...

Discovery of New Intracellular Pathogens by Amoebal Coculture and Amoebal Enrichment Approaches

Amoebal coculture और Amoebal संवर्धन दृष्टिकोण से नई intracellular रोगज़नक़ों की डिस्कवरी

Intracellular pathogens such as legionella, mycobacteria and Chlamydia-like organisms are difficult to isolate because they often grow poorly or not at ...

Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

MALDI-TOF मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग रक्त संस्कृति शोरबा से ग्राम नकारात्मक जीवाणुओं की तेजी से पहचान

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

Preparation of a Blood Culture Pellet for Rapid Bacterial Identification and Antibiotic Susceptibility Testing

रैपिड बैक्टीरियल पहचान और एंटीबायोटिक संवेदनशीलता परीक्षण के लिए एक रक्त संस्कृति गोली की तैयारी

Bloodstream infections and sepsis are a major cause of morbidity and mortality. The successful outcome of patients suffering from bacteremia depends on a ...

Electroporation of Functional Bacterial Effectors into Mammalian Cells

स्तनधारी कोशिकाओं में कार्यात्मक बैक्टीरियल effectors के electroporation

The study of protein interactions in the context of living cells can generate critical information about localization, dynamics, and interacting partners. ...

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants

Generation and Multi-phenotypic High-content Screening of Coxiella burnetii Transposon Mutants

जनरेशन और मल्टी-प्ररूपी उच्च सामग्री स्क्रीनिंग<em&gt; Coxiella burnetii</em&gt; Transposon म्यूटेंट

Invasion and colonization of host cells by bacterial pathogens depend on the activity of a large number of prokaryotic proteins, defined as virulence ...

Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity

Alternative In Vitro Methods for the Determination of Viral Capsid Structural Integrity

वैकल्पिक इन विट्रो तरीके वायरल कैप्सिड संरचनात्मक अखंडता के निर्धारण के लिए

Human norovirus exacts considerable public health and economic losses worldwide. Emerging in vitro cultivation advances are not yet applicable for routine ...

Identification of Nucleolar Factors During HIV-1 Replication Through Rev Immunoprecipitation and Mass Spectrometry

Rev इम्यूनोवेरिसेशन और मास स्पेक्ट्रोमेट्री के माध्यम से एचआईवी-1 प्रतिकृति के दौरान न्यूक्लिओलर कारकों की पहचान

The HIV-1 infectious cycle requires viral protein interactions with host factors to facilitate viral replication, packaging, and release. The infectious ...