Name: simple and rapid method to obtain high-quality tumor dna from clinical-pathological specimens using touch imprint cytology
Uploaded: 2018-03-21T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Simple and Rapid Method to Obtain High-quality Tumor DNA from Clinical-pathological Specimens Using Touch Imprint Cytology at JoVE.com

אנו מודים כל הצוות הרפואי ואת נלווים של החולים ושל המטופלים על מסכים להשתתף. אנו מודים גבריאל לבן וולף, PhD, מקבוצת Edanz (www.edanzediting.com/ac) עבור עריכת טיוטה של דו ח זה. מחקר זה נתמך על ידי מענק הסיוע פרויקט מחקר הגנום של פריפקטורה של יאמאנאשי (י. ח, שיטת הפעולה), מענק מ של יאסאדה רפואי קרן (י. ח).

1. טיק הכנה מהירה הערכת מיקרוסקופיים באמצעות זכוכית רגילה מחליק
<ol><li>בצע טיק ההכנה בהקדם האפשרי לאחר רקמת פתולוגיים קליניים חומרים זמינים. אם מיד אין אפשרות להכין דגימות טיק, שומרים שהחומרים רקמות מכוסה עם תמיסת מלח לחלח גזה סטרילית ולאחסן במקרר כדי למנוע התייבשות של רקמות.</li>
	<li>להכין 5 מ ...

<ol>
	<li>Vogelstein, B., Kinzler, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Path+to+Cancer+-+Three+Strikes+and+You're+Out.">The Path to Cancer - Three Strikes and You're Out.</a> N Engl J Med. 373 (20), 1895-1898 (2015).</li><li>Weinstein, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+cancer+genome+atlas+pan-cancer+analysis+project.">The cancer genome atlas pan-cancer analysis project.</a> Nat. Genet. 45 (10), 1113-1120 (2013).</li><li>Nagasaki, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rare+variant+discovery+by+deep+whole-genome+sequencing+of+1,070+Japanese+individuals.">Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals.</a> Nat Commun. 6 (8018), (2015).</li><li>Vogelstein, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer+genome+landscapes.">Cancer genome landscapes.</a> Science. 339 (6127), 1546-1558 (2013).</li><li>Zehir, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutational+landscape+of+metastatic+cancer+revealed+from+prospective+clinical+sequencing+of+10,000+patients.">Mutational landscape of metastatic cancer revealed from prospective clinical sequencing of 10,000 patients.</a> Nat Med. 23 (6), 703-713 (2017).</li><li>Garraway, L. A., Lander, E. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lessons+from+the+cancer+genome.">Lessons from the cancer genome.</a> Cell. 53 (1), 17-37 (2013).</li><li>Chalkley, R., Hunter, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone-histone+propinquity+by+aldehyde+fixation+of+chromatin.">Histone-histone propinquity by aldehyde fixation of chromatin.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 72 (4), 1304-1308 (1975).</li><li>Ben-Ezra, J., Johnson, D. A., Rossi, J., Cook, N., Wu, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+fixation+on+the+amplification+of+nucleic+acids+from+paraffin-embedded+material+by+the+polymerase+chain+reaction.">Effect of fixation on the amplification of nucleic acids from paraffin-embedded material by the polymerase chain reaction.</a> J Histochem Cytochem. 39 (3), 351-354 (1991).</li><li>Srinivasan, M., Sedmak, D., Jewell, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+fixatives+and+tissue+processing+on+the+content+and+integrity+of+nucleic+acids.">Effect of fixatives and tissue processing on the content and integrity of nucleic acids.</a> Am.J.Pathol. 161 (6), 1961-1971 (2002).</li><li>Adhya, A. K., Mohanty, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Utility+of+touch+imprint+cytology+in+the+preoperative+diagnosis+of+malignancy+in+low+resource+setting.">Utility of touch imprint cytology in the preoperative diagnosis of malignancy in low resource setting.</a> Diagn Cytopathol. 45 (6), 507-512 (2017).</li><li>Lumachi, F., Marino, F., Zanella, S., Chiara, G. B., Basso, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Touch+Imprint+Cytology+and+Frozen-section+Analysis+for+Intraoperative+Evaluation+of+Sentinel+Nodes+in+Early+Breast+Cancer.">Touch Imprint Cytology and Frozen-section Analysis for Intraoperative Evaluation of Sentinel Nodes in Early Breast Cancer.</a> Anticancer Research. 32 (8), 3523-3526 (2012).</li><li>Sumiyoshi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Usefulness+of+intraoperative+touch+smear+cytology+in+breast-conserving+surgery.">Usefulness of intraoperative touch smear cytology in breast-conserving surgery.</a> Exp Ther Med. 1 (4), 641-645 (2012).</li><li>Amemiya, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Touch+imprint+cytology+with+massively+parallel+sequencing+(TIC-seq):+a+simple+and+rapid+method+to+snapshot+genetic+alterations+in+tumors.">Touch imprint cytology with massively parallel sequencing (TIC-seq): a simple and rapid method to snapshot genetic alterations in tumors.</a> Cancer Med. 5 (12), 3426-3436 (2016).</li><li>Goto, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutational+analysis+of+multiple+lung+cancers:+Discrimination+between+primary+and+metastatic+lung+cancers+by+genomic+profile.">Mutational analysis of multiple lung cancers: Discrimination between primary and metastatic lung cancers by genomic profile.</a> Oncotarget. 8 (19), 31133-31143 (2017).</li><li>Goto, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+tumor-derived+DNA+dispersed+in+the+airway+improves+the+diagnostic+accuracy+of+bronchoscopy+for+lung+cancer.">Detection of tumor-derived DNA dispersed in the airway improves the diagnostic accuracy of bronchoscopy for lung cancer.</a> Oncotarget. 8 (45), 79404-79413 (2017).</li><li>Hirotsu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+and+exome+sequencing+identified+somatic+mutations+in+hepatocellular+carcinoma.">Targeted and exome sequencing identified somatic mutations in hepatocellular carcinoma.</a> Hepatol Res. 46 (11), 1145-1151 (2016).</li><li>Hirotsu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+between+two+amplicon-based+sequencing+panels+of+different+scales+in+the+detection+of+somatic+mutations+associated+with+gastric+cancer.">Comparison between two amplicon-based sequencing panels of different scales in the detection of somatic mutations associated with gastric cancer.</a> BMC Genomics. 17 (1), 833 (2016).</li><li>Hirotsu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intrinsic+HER2+V777L+mutation+mediates+resistance+to+trastuzumab+in+a+breast+cancer+patient.">Intrinsic HER2 V777L mutation mediates resistance to trastuzumab in a breast cancer patient.</a> Med Oncol. 34 (1), 3 (2017).</li><li>Hirotsu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+BRCA1+and+BRCA2+germline+mutations+in+Japanese+population+using+next-generation+sequencing.">Detection of BRCA1 and BRCA2 germline mutations in Japanese population using next-generation sequencing.</a> Mol Genet Genomic Med. 3 (2), 121-129 (2015).</li><li>Hirotsu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multigene+panel+analysis+identified+germline+mutations+of+DNA+repair+genes+in+breast+and+ovarian+cancer.">Multigene panel analysis identified germline mutations of DNA repair genes in breast and ovarian cancer.</a> Mol Genet Genomic Med. 3 (5), 459-466 (2015).</li><li>Li&#232;vre, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KRAS+mutation+status+is+predictive+of+response+to+cetuximab+therapy+in+colorectal+cancer.">KRAS mutation status is predictive of response to cetuximab therapy in colorectal cancer.</a> Cancer Res. 66 (8), 3992-3995 (2006).</li><li>Mok, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Osimertinib+or+Platinum-Pemetrexed+in+EGFR+T790M-Positive+Lung+Cancer.">Osimertinib or Platinum-Pemetrexed in EGFR T790M-Positive Lung Cancer.</a> N Engl J Med. 376 (7), 629-640 (2017).</li><li>Wong, S. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted-capture+massively-parallel+sequencing+enables+robust+detection+of+clinically+informative+mutations+from+formalin-fixed+tumours.">Targeted-capture massively-parallel sequencing enables robust detection of clinically informative mutations from formalin-fixed tumours.</a> Sci rep. 13 (3), 3493 (2013).</li><li>Wong, S. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence+artefacts+in+a+prospective+series+of+formalin-fixed+tumours+tested+for+mutations+in+hotspot+regions+by+massively+parallel+sequencing.">Sequence artefacts in a prospective series of formalin-fixed tumours tested for mutations in hotspot regions by massively parallel sequencing.</a> BMC Med Genomics. 13 (7), 23 (2014).</li></ol>

במחקר זה, הצגנו שיטה חלופית להשגת גידול הדנ א של דגימות פתולוגיים קליניים באמצעות טיק. טיק ההכנה היא פשוטה מאוד וזקוק בפחות זמן לעומת שיטות FFPE, ללא הדרישה מכשירים מיוחדים10. כל ההליכים משלב הכנת טיק כדי מיצוי הדנ א יכולה להסתיים בתוך יומיים (איור 1). שיטה זו ובכך מ...

הדור הבא רצפי טכנולוגיה סיפקה החוקרים התקדמות משמעותית ניתוח הגנום מידע וריאציות גנטיות, מחלות Mendelian, נטייה תורשתית ו סרטן 1,2,3 . סרטן הגנום אטלס (TCGA) של קונסורציום גנום הסרטן הבינלאומי (ICGC) רדף את הזיהוי של שינויים גנטיים של מספר סוגי סרטן נפוצים4. מאות סרטן חיוני הנהג גנים זוהו בהצלחה ולאחר כמה מולקולות אלה מיועדים עבור סמים פיתוח1,5,6.
בהגדרה קלינית, דגימות FFPE משמשים אבחנה פתולוגית ולבדיקה מולקולריות למחלות שונות, כולל סרטן. אולם, במהלך תהליך פיקסציה עם פורמלין, חלבון-דנ א או DNA-DNA cross-linking מתרחש, פיצול הדנ א הוא המושרה. לפיכך, דגימות די אן איי FFPE אינם תמיד מתאימים לבדיקה גנטית עקב איכות נמוכה והן את כמות ה-DNA-7,-8,-9. בנוסף, לוקח מספר ימים כדי להכין דגימות FFPE, מיומנות טכנית יש צורך להכין במדויק את הסעיפים. לכן, רצוי לפתח שיטה פשוטה ומהירה להשגת DNA ללא פגע באיכות גבוהה.
ציטולוגיה היא שיטה אלטרנטיבית לאבחון פתולוגי. הכנת הדוגמא cytological הוא פשוט יותר, פחות גישה יקר, מהירה יותר לעומת הכנה FFPE10. הטכניקה טיק בוצע נטור הלימפה וברקמות שולית של חולי סרטן השד לאבחון מהיר פוסט11,כמה שנים12. עם זאת, ישנם דיווחים מעטים יש בחן אם הדנ א הגנומי באיכות גבוהה יכול להיות מופק דגימות טיק, ומשמש לצורך ניתוח גנטי מאוחר יותר. דגימות cytological בדרך כלל מוכתמים פאפאניקולאו (Pap) או צביעת Giemsa ולאחר בעבר דיווחנו כי כמות ואיכות DNA מופק טיק דגימות (במיוחד שהוכתמו Giemsa דגימות) נעלים על דגימות המתקבל FFPE רקמות13. לעומת Pap מכתים, צביעת Giemsa יש יתרון שאינו דורש פחות הליכים מוכתמים. ב- Pap מכתים, לאחר הדגימות קבוע, צבעונית, הם חייב להיות מותקן עם הרכבה בינונית (למשל, Malinol) להבחנה בין דגימת תוכן, כגון תאים סרטניים, תאים נורמליים ותאים דלקתיים תחת מיקרוסקופ. אם הדגימה Pap מוכן ללא השלב הרכבה, זה כמעט בלתי אפשרי לקיים את התאים במיקרוסקופ כי הדגימה הוא מיובש. לשם השוואה, צביעת Giemsa יכול להיות שנצפו במדינה מיובשים, לכן, הצעד הרכבה אינו נחוץ לצורך הערכה סלולרית מהירה. עבור microdissection, צביעת Giemsa הוא מתאים יותר כי זה דורש דגימות יבש.
בדו ח זה, אנו להציג שיטה פשוטה ומהירה להכנת דגימות טיק עם צביעת Giemsa, להדגים כי טיק הוא מקור טוב יותר עבור ה-DNA לעומת דגימות FFPE.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="796">
	<tbody>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">FINE FROST white20 micro slide glass</td>
			<td style="width:191px;">Matsunami Glass ind, Ltd</td>
			<td style="width:143px;">SFF-011</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Arcturus PEN Membrane Glass Slides&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>LCM0522</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Cyto Quick A solution</td>
			<td>Muto Pure Chemicals</td>
			<td>20571</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Cyto Quick B solution</td>
			<td>Muto Pure Chemicals</td>
			<td>20581</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">May-Grunwald Solution</td>
			<td>Muto Pure Chemicals</td>
			<td>15053</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Giemsa solution</td>
			<td>Muto Pure Chemicals</td>
			<td>15002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">QIAamp DNA FFPE tissue kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>56404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">TaqMan Fast Advanced Master Mix</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4444557</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">TaqMan RNase P Detection Reagents Kit&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4316831</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">TaqMan Assay from FFPE DNA QC Assay v2</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4324034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">MicroAmp Fast Optical 96-Well Reaction Plate&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4346907</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">MicroAmp optical Adhesive Film</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">4311971</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">MicroMixer E36</td>
			<td style="width:191px;">TITEC</td>
			<td style="width:143px;">0027765-000</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">ViiA 7 Real-Time PCR System</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">VIIA7-03</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Himac CF16RXII</td>
			<td style="width:191px;">Hitachi-koki</td>
			<td style="width:143px;">CF16RII</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ion Library TaqMan Quantitation Kit</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">4468802</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">4475346</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ion AmpliSeq Library Kit 2.0</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">4480442</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ion Xpress Barcode Adapters 1-16 Kit</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4471250</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ion PGM Hi-Q View Sequencing Kit (200 base)</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">A30044</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ion Chef System</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4484177</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Veriti 96-well Thermal Cycler</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Veriti200</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ion 318 Chip Kit v2 BC</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>4488150</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ion PGM System</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>PGM11-001</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ion PGM Wash 2 Bottle kit</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A25591</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Agencourt&#8482; AMPure&#8482; XP Kit</td>
			<td style="width:191px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:143px;">A63881</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">16-position Magnetic Stand</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">4457858</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Nonstick, RNase-free Microfuge Tubes, 1.5 mL (Low binding tube)</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">AM12450</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Nuclease-free water</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">AM9938</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">MicroAmp&#8482; Optical 96-well Reaction Plates</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">4306737</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">MicroAmp&#8482; Clear Adhesive Film</td>
			<td style="width:191px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;">4306311</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Agencourt&#8482; AMPure&#8482; XP Kit</td>
			<td style="width:191px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:143px;">A63881</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Ethanol(99.5)</td>
			<td style="width:191px;">Nacalai Tesque</td>
			<td style="width:143px;">08948-25</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Sodium hydroxide (10M)</td>
			<td style="width:191px;">Sigma</td>
			<td style="width:143px;">72068</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">DTU-Neo</td>
			<td style="width:191px;">TAITEC</td>
			<td style="width:143px;">0063286-000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">E-36&#160;</td>
			<td style="width:191px;">TAITEC</td>
			<td>0027765-000</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">ECLIPSE Ci-L</td>
			<td style="width:191px;">Nikon</td>
			<td style="width:143px;">704354</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Pipet-Lite LTS Pipette L-2XLS+</td>
			<td>METTLER TOLEDO</td>
			<td>17014393</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Pipet-Lite LTS Pipette L-10XLS+</td>
			<td>METTLER TOLEDO</td>
			<td>17014388</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Pipet-Lite LTS Pipette L-20XLS+</td>
			<td>METTLER TOLEDO</td>
			<td>17014392</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Pipet-Lite LTS Pipette L-100XLS+</td>
			<td>METTLER TOLEDO</td>
			<td>17014384</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Pipet-Lite LTS Pipette L-200XLS+</td>
			<td>METTLER TOLEDO</td>
			<td>17014391</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">Pipet-Lite LTS Pipette L-1000XLS+</td>
			<td>METTLER TOLEDO</td>
			<td>17014382</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">petit-change</td>
			<td>WAKEN</td>
			<td>MODEL8864</td>
			<td style="width:180px;">Mini centrifuge</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;">petit-incubator</td>
			<td>WAKEN</td>
			<td>WKN-2290</td>
			<td style="width:180px;">Air incubator</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">SensiCare Powder-free Nitrile Exam Gloves</td>
			<td style="width:191px;">MEDLINE</td>
			<td>SEM486802</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Sterile gauze</td>
			<td style="width:191px;">Osaki</td>
			<td style="width:143px;">11138</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Refrigerator MediCool</td>
			<td style="width:191px;">SANYO</td>
			<td style="width:143px;">MPR-312DCN-PJ</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">FEATHER TRIMMING BLAD</td>
			<td style="width:191px;">FEATHER</td>
			<td style="width:143px;">No.130</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">FEATHER TRIMMING BLAD</td>
			<td style="width:191px;">FEATHER</td>
			<td style="width:143px;">No.260</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">FEATHER&#160; S</td>
			<td style="width:191px;">FEATHER</td>
			<td style="width:143px;">FA-10</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Vortex Genius 3</td>
			<td style="width:191px;">IKA</td>
			<td>41-0458&#160;</td>
			<td style="width:180px;">Vortex mixer</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">Pincette</td>
			<td style="width:191px;">NATSUME</td>
			<td style="width:143px;">A-5</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:283px;">1.5 mL microtube</td>
			<td style="width:191px;">BIOBIK</td>
			<td style="width:143px;">RC-0150</td>
			<td style="width:180px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

simple and rapid method to obtain high-quality tumor dna from clinical-pathological specimens using touch imprint cytology

זה חיוני כדי לקבוע את מצב mutational בסרטן לפני ניהול וטיפול בתרופות ספציפיות יישוב מולקולרית לחולי סרטן. בהגדרה קלינית, פורמלין-תיקון רקמות (FFPE) פרפין-מוטבע נמצאים בשימוש נרחב עבור בדיקה גנטית. עם זאת, FFPE DNA בדרך כלל פגום, מקוטעת במהלך תהליך פיקסציה עם פורמלין. לכן, FFPE DNA היא לפעמים לא נאותה בדיקות גנטיות עקב איכות נמוכה והן את כמות ה-DNA. כאן אנו מציגים שיטת מגע ההטבעה ציטולוגיה (טיק) להשיג DNA גנומי תאים סרטניים, אשר יכול להיות שנצפו תחת מיקרוסקופ. מספרי הטלפון הנייד מורפולוגיה, סרטן תאים שניתן להעריך באמצעות דגימות טיק. יתר על כן, הפקת דנ א גנומי מדגימות טיק יכולה להסתיים בתוך יומיים. הסכום הכולל ואיכות DNA טיק שהושג באמצעות שיטה זו הייתה גבוהה יותר מזו של ה-DNA FFPE. שיטה זו מהירה ופשוטה מאפשרת לחוקרים להשיג DNA באיכות גבוהה עבור בדיקות גנטיות (למשלניתוח רצף של הדור הבא, ה-PCR דיגיטלי, בזמן אמת כמותיים PCR), כדי לקצר את משך העבודה על דיווח תוצאות.

איור 1 מציג את כל התהליך החל משלב הכנת טיק דגימות DNA החילוץ. ראוי לציין, התהליך לוקח רק יומיים להשיג DNA גנומי דגימות טיק. הערכנו כל תופעות של הגידול אחסון לפני עיבוד שקופיות. מצאנו כי תאים סרטניים שהיו מחוברים אל השקופית זכוכית כאשר דגימות רקמה הושפעו מיד על ...

Watch this Scientific Journal Video about Simple and Rapid Method to Obtain High-quality Tumor DNA from Clinical-pathological Specimens Using Touch Imprint Cytology at JoVE.com

Simple and Rapid Method to Obtain High-quality Tumor DNA from Clinical-pathological Specimens Using Touch Imprint Cytology

קבלת דנ א גנומי באיכות גבוהה רקמות הגידול, מהווה צעד ראשון חיוני לניתוח שינויים גנטיים באמצעות רצף הדור הבא. במאמר זה, נציג שיטה פשוטה ומהירה כדי להשיג שלמות הדנ א של מגע ההטבעה ציטולוגיה דגימות ולהעשיר תאים סרטניים.

שיטה פשוטה ומהירה להשיג גידול איכותיים הדנ א של דגימות קליני-פתולוגיים באמצעות מגע ההטבעה ציטולוגיה

It is critical to determine the mutational status in cancer before administration and treatment of specific molecular targeted drugs for cancer patients. ...

The overall goal of this protocol is to obtain high-quality tumor DNA from clinical samples. This method can help answer key questions in basic and clinical science such as cancer research, diagnosis, and treatment decisions. The main advantage of this technique is that we can obtain tumor DNA more simply and quickly than with previous methods.To begin the protocol, touch the tumor surface of a previously prepared and resected tissue onto a normal glass slide several times with gloved hands. Visually confirm that the touched area is covering more than 80%of the glass slide. Lightly press the normal glass slide against a Polyethylene Naphthalate or PEN membrane slide and rub it gently two to three times with gloved hands.Visually confirm that the cells are transferred from the normal glass slide to the PEN membrane slide. Air dry both the glass and PEN membrane slides for five minutes at room temperature. After drying, stain the normal glass slide for direct cytological examination.Dip the glass slides into fixative solution for five seconds and then stain with Giemsa staining solution for 15 seconds. Assess and screen the tumor contents and cellularity on the normal glass slide entirely with a microscope for quick assessment. Evaluate tumor cells based on several criteria.If the sample shows tumor cellularity over 60%by quick microscopic assessment from the previous section, cut the tumor-touched film of the PEN membrane slides for DNA extraction with a knife and gloved hands. Transfer the cut film to a sterile microcentrifuge tube with a pin set and gloved hands. Store the film-containing microcentrifuge tube at four degrees Celsius until DNA extraction.Open the software and plan the run condition and set the run parameter within the software. Click the plan tab and select template, then select the appropriate run method. Select the application and technique type and click next.Select the instrument, sample preparation kit, library kit type, template kit, sequencing kit, base calibration mode, chip type, control sequence, and barcode set and click next. Select plugins and click next. Select project and click next.Then select default reference and BED files of the targeted region. Type the sample name, select the barcode, and click plan run. Next, perform template preparation and chip loading in an automated instrument according to the manufacturer's instructions.Thaw the reagent cartridge at room temperature for 45 minutes before use. Dilute the undiluted library with nuclease-free water according to the library concentration calculated in step 6.8 and make 20 picomolar libraries. Prepare a pooled library for sequencing and store it on ice.Add 25 microliters of the pooled library with a 100 microliter pipette to the bottom of the sample tube. Turn on the power and open the cover of the automated instrument. Place the sequencing chip, chip adapter, enrichment cartridge, tip cartridge, PCR plate, PCR frame seal, recovery tube, solution cartridge, and reagent cartridge to the appropriate position of the automated instrument.Touch set up run and step by step on the screen. Close the cover and touch start check on the screen. After the deck scan process, touch next.Check the display contents, kit type, chip ID, sample ID, chip type, plans. Set the time and touch OK.After finishing the chip loading, touch next and open the cover. Unload the sequencing chip from the chip adapter with gloved hands.Place the chip into the chip container, wrap it with parafilm, and store the chip at four degrees Celsius until the sequencing reaction. Then remove the enrichment cartridge, PCR plate, PCR frame seal, recovery tube, solution cartridge, and reagent cartridge from the appropriate position of the automated instrument with gloved hands. Transfer an empty tip cartridge to the waste tip position of the automated instrument with gloved hands.Touch next and close the cover. Then touch start and clean the automated instrument with ultraviolet rays for four minutes. Dissolve a sodium chlorite tablet in 1, 000 milliliters of ultra-pure water and filter the solution with a 0.22 micron filter.Once the sequencing instrument has warmed up, touch clean and next on the screen of the sequencing instrument. Clean the sequencing instrument with 250 milliliters of filter-sterilized sodium chlorite solution, then 250 milliliters of ultra-pure water. Then touch initialize and select the appropriate sequencing kit on the screen.Install a gray shipper with gloved hands. Initialize the sequencing instrument with the wash solution, the pH adjustment solution, and the pH standard solution. Next, add 20 microliters of DATP, DGTP, DCTP, and DTTP nucleotides in 50 milliliter tubes with a 100 microliter pipette.Install a gray shipper at the appropriate location with gloved hands. Load the 50 milliliter tube and screw it onto the sequencing instrument. Select next on the screen to start the initialization step.After completing the initialization step, touch run on the screen and select the appropriate library preparation instrument. Scan the two-dimensional barcode of the chip. Insert the sequencing chip in the appropriate position.Close the chip clamp and instrument door and touch chip check, next, and OK on the screen to start the sequencing run. After the sequencing reaction, transfer the data and perform data analyzing pipeline on the sequencing server. The absolute DNA quantities and the RQ value, an indicator of the degradation level of genomic DNA, show that a higher DNA yield is achieved using the TIC specimens compared with the FFPE specimens.In addition, the RQ values from the TIC DNA were significantly higher compared with that of the FFPE DNA across different tumor types. APC Q1367*was identified in both FFPE and TIC DNA extracted from site one and APC S1356*KRAS G12D, and TP53 M237i were detected in both FFPE and TIC DNA extracted from site two, three, and four suggesting that the identical somatic mutations were identified in paired FFPE and TIC DNA samples prepared from the same tumor site. Notably, the same somatic mutations were detected between primary colorectal cancer and two metastatic liver cancer samples suggesting that the tumor clones from site two metastasized to liver.After its development, this technique paved the way for researchers in the field of molecular and medical research to identify genetic cancers.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

A Mimic of the Tumor Microenvironment: A Simple Method for Generating Enriched Cell Populations and Investigating Intercellular Communication

חקיין של microenvironment הגידול: שיטה פשוטה ליצירת אוכלוסיות תאים מועשרות חוקרים אינטר תקשורת

Understanding the early heterotypic interactions between cancer cells and the surrounding non-cancerous stroma is important in elucidating the events ...

Characterization of Tumor Cells Using a Medical Wire for Capturing Circulating Tumor Cells: A 3D Approach Based on Immunofluorescence and DNA FISH

איפיון תאים סרטניים באמצעות חוט רפואי עבור לכידת מחזורי תאים סרטניים: בגישה 3D בהתבסס על Immunofluorescence ודגים דנ א

Circulating tumor cells (CTCs) are associated with poor survival in metastatic cancer. Their identification, phenotyping, and genotyping could lead to a ...

Using 22C3 Anti-PD-L1 Antibody Concentrate on Biopsy and Cytology Samples from Non-small Cell Lung Cancer Patients

באמצעות 22C 3 נוגדן Anti-PD-L1 להתרכז ביופסיה ודוגמאות ציטולוגיה של חולי סרטן ריאות שאינם קטנים התא

Pembrolizumab monotherapy has been approved for the first- and second-line treatment of patients with PD-L1-expressing advanced non-small cell lung cancer ...

Digital Polymerase Chain Reaction Assay for the Genetic Variation in a Sporadic Familial Adenomatous Polyposis Patient Using the Chip-in-a-tube Format

פולימראז דיגיטלי Assay תגובת שרשרת עבור הווריאציה גנטי לחולה סדיר פוליפוזיס באמצעות התבנית שבב-ב--שפופרת

The quantitative analysis of human genetic variation is crucial for understanding the molecular characteristics of serious medical conditions, such as ...

Detection and Monitoring of Tumor Associated Circulating DNA in Patient Biofluids

איתור וניטור של DNA הקשורים במחזור הגידול ב ביולואידים חולה

Complications associated with upfront and repeat surgical tissue sampling present the need for minimally invasive platforms capable of molecular ...

Rapid Optical Clearing for Semi-High-Throughput Analysis of Tumor Spheroids

ניקוי אופטי מהיר לניתוח בתפוקה גבוהה למחצה של כדוריות גידול

Tumor spheroids are fast becoming commonplace in basic cancer research and drug development. Obtaining data regarding protein expression within the ...

Culture and Imaging of Ex Vivo Organotypic Pseudomyxoma Peritonei Tumor Slices from Resected Human Tumor Specimens

Culture and Imaging of Ex Vivo Organotypic Pseudomyxoma Peritonei Tumor Slices from Resected Human Tumor Specimens

תרבית והדמיה של פרוסות גידול Pseudomyxoma peritonei אורגנוטיפיות Ex vivo מדגימות גידול אנושי מנותחות

Pseudomyxoma peritonei (PMP) is a rare condition that results from the dissemination of a mucinous primary tumor and the resultant accumulation of ...

כימות אורך הטלומרים באמצעות זיהוי כימילומינסנציה לא רדיואקטיבית

Optimization of Performance Parameters of the TAGGG Telomere Length Assay

מחבר זרקור: אופטימיזציה של פרמטרי ביצועים של בדיקת אורך הטלומרים TAGGG  

אופטימיזציה של פרמטרי ביצועים של בדיקת אורך הטלומרים TAGGG

Telomeres are repetitive sequences which are present at chromosomal ends; their shortening is a characteristic feature of human somatic cells. Shortening ...