Name: sampling strategies and processing of biobank tissue samples from porcine biomedical models
Uploaded: 2018-03-06T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sampling Strategies and Processing of Biobank Tissue Samples from Porcine Biomedical Models at JoVE.com

Yazar Lisa Pichl mükemmel teknik destek için teşekkür ederiz.

Tüm yöntem tanımlamak burada ölü hayvanlardan elde edilen doku örnekleri kullanmak ve tamamen hayvan refahı Alman yasal düzenlemelere uygun.
1. Volumetry
<ol><li>Doku/Organ yoğunlukları belirlenmesi için batma tekniği (Resim 1 ve Şekil 2) 7 , 12 , 16<ol>
<li>Malzemeleri hazı...

<ol>
	<li>Aigner, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transgenic+pigs+as+models+for+translational+biomedical+research.">Transgenic pigs as models for translational biomedical research.</a> J Mol. Med. 88, 653-664 (2010).</li><li>Blutke, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Munich+MIDY+Pig+Biobank:+A+unique+resource+for+studying+organ+crosstalk+in+diabetes.">The Munich MIDY Pig Biobank: A unique resource for studying organ crosstalk in diabetes.</a> Mol Metab. 6, 931-940 (2017).</li><li>Klymiuk, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dystrophin-deficient+pigs+provide+new+insights+into+the+hierarchy+of+physiological+derangements+of+dystrophic+muscle.">Dystrophin-deficient pigs provide new insights into the hierarchy of physiological derangements of dystrophic muscle.</a> Hum Mol Genet. 22, 4368-4382 (2013).</li><li>Klymiuk, N., Seeliger, F., Bohlooly, Y. M., Blutke, A., Rudmann, D. G., Wolf, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tailored+pig+models+for+preclinical+efficacy+and+safety+testing+of+targeted+therapies.">Tailored pig models for preclinical efficacy and safety testing of targeted therapies.</a> Toxicol Pathol. 44, 346-357 (2016).</li><li>Renner, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Permanent+neonatal+diabetes+in+INSC94Y+transgenic+pigs.">Permanent neonatal diabetes in INSC94Y transgenic pigs.</a> Diabetes. 62, 1505-1511 (2013).</li><li>Abbott, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inside+the+first+pig+biobank.">Inside the first pig biobank.</a> Nature. 519, 397-398 (2015).</li><li>Albl, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+sampling+guides+for+porcine+biomedical+models.">Tissue sampling guides for porcine biomedical models.</a> Toxicol Pathol. 44, 414-420 (2016).</li><li>Gundersen, H. J. G., Mirabile, R., Brown, D., Boyce, R. W., Haschek, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stereological+principles+and+sampling+procedures+for+toxicologic+pathologists.">Stereological principles and sampling procedures for toxicologic pathologists.</a> Haschek and Rousseaux's Handbook of Toxicologic Pathology. , 215-286 (2013).</li><li>Howard, C. V., Reed, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Unbiased Stereology: Three-Dimensional Measurement in Microscopy. , 1-277 (2005).</li><li>Mattfeldt, T., Mall, G., Gharehbaghi, H., Moller, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+surface+area+and+length+with+the+orientator.">Estimation of surface area and length with the orientator.</a> J Microsc. 159, 301-317 (1990).</li><li>Nyengaard, J. R., Gundersen, H. J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+isector:+A+simple+and+direct+method+for+generating+isotropic,+uniform+random+sections+from+small+specimens.">The isector: A simple and direct method for generating isotropic, uniform random sections from small specimens.</a> J Microsc. 165, 427-431 (1992).</li><li>Tschanz, S., Schneider, J. P., Knudsen, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design-based+stereology:+Planning,+volumetry+and+sampling+are+crucial+steps+for+a+successful+study.">Design-based stereology: Planning, volumetry and sampling are crucial steps for a successful study.</a> Ann Anat. 196, 3-11 (2014).</li><li>Dorph-Petersen, K. A., Nyengaard, J. R., Gundersen, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+shrinkage+and+unbiased+stereological+estimation+of+particle+number+and+size.">Tissue shrinkage and unbiased stereological estimation of particle number and size.</a> J Microsc. 204, 232-246 (2001).</li><li>Mattfeldt, T., Doerr, W., Leonhardt, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stereologische+Methoden+in+der+Pathologie+[Stereologic+methods+in+pathology].">Stereologische Methoden in der Pathologie [Stereologic methods in pathology].</a> Normale und pathologische Anatomie. , (1990).</li><li>Gundersen, H. J., Jensen, E. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+efficiency+of+systematic+sampling+in+stereology+and+its+prediction.">The efficiency of systematic sampling in stereology and its prediction.</a> J Microsc. 147, 229-263 (1987).</li><li>Scherle, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+volumetry+of+organs+in+quantitative+stereology.">A simple method for volumetry of organs in quantitative stereology.</a> Mikroskopie. 26, 57-60 (1970).</li><li>Nielsen, K. K., Andersen, C. B., Kromann-Andersen, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparison+between+the+effects+of+paraffin+and+plastic+embedding+of+the+normal+and+obstructed+minipig+detrusor+muscle+using+the+optical+disector.">A comparison between the effects of paraffin and plastic embedding of the normal and obstructed minipig detrusor muscle using the optical disector.</a> J Urol. 154, 2170-2173 (1995).</li><li>Schneider, J. P., Ochs, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Alterations+of+mouse+lung+tissue+dimensions+during+processing+for+morphometry:+a+comparison+of+methods.">Alterations of mouse lung tissue dimensions during processing for morphometry: a comparison of methods.</a> Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol. 306, L341-L350 (2014).</li><li>von Bartheld, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distribution+of+particles+in+the+z-axis+of+tissue+sections:+Relevance+for+counting+methods.">Distribution of particles in the z-axis of tissue sections: Relevance for counting methods.</a> NeuroQuantology. 10, 66-75 (2012).</li><li>Baddeley, A. J., Gundersen, H. J., Cruz-Orive, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+surface+area+from+vertical+sections.">Estimation of surface area from vertical sections.</a> J microsc. 142, 259-276 (1986).</li><li>Blutke, A., Schneider, M. R., Wolf, E., Wanke, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+hormone+(GH)-transgenic+insulin-like+growth+factor+1+(IGF1)-deficient+mice+allow+dissociation+of+excess+GH+and+IGF1+effects+on+glomerular+and+tubular+growth.">Growth hormone (GH)-transgenic insulin-like growth factor 1 (IGF1)-deficient mice allow dissociation of excess GH and IGF1 effects on glomerular and tubular growth.</a> Physiol Rep. 4, e12709 (2016).</li><li>Hermanns, W., Liebig, K., Schulz, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Postembedding+immunohistochemical+demonstration+of+antigen+in+experimental+polyarthritis+using+plastic+embedded+whole+joints.">Postembedding immunohistochemical demonstration of antigen in experimental polyarthritis using plastic embedded whole joints.</a> Histochemistry. 73, 439-446 (1981).</li><li>Böck, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Romeis Mikroskopische Technik. , 1-697 (1989).</li><li>Suvarna, K. S., Layton, C., Bancroft, J. D., Suvarna, K. S., Layton, C., Bancroft, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Bancroft's theory and practice of histological techniques. , 1-654 (2013).</li><li>Knust, J., Ochs, M., Gundersen, H. J., Nyengaard, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stereological+estimates+of+alveolar+number+and+size+and+capillary+length+and+surface+area+in+mice+lungs.">Stereological estimates of alveolar number and size and capillary length and surface area in mice lungs.</a> Anat Rec (Hoboken). 292, 113-122 (2009).</li><li>Nyengaard, J. R., Gundersen, H. J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sampling+for+stereology+in+lungs.">Sampling for stereology in lungs.</a> Eur Respir Rev. 15, 107-114 (2006).</li><li>Junatas, K. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stereological+analysis+of+size+and+density+of+hepatocytes+in+the+porcine+liver.">Stereological analysis of size and density of hepatocytes in the porcine liver.</a> J Anat. 230, 575-588 (2017).</li></ol>

Biobank domuz hayvan modelleri örnek koleksiyonlardan nesil organ/doku birimleri, temsilcisi, gereksiz doku örnekleri geniş bir yelpazesi için uygun tekrarlanabilir nesil belirlenmesi için güçlü teknikleri ve protokolleri gerektirir farklı analiz yöntemleri ve nicel stereological analizleri için örnek bölümleri yönünü randomizasyon için. Mevcut makalesinde açıklanan yöntemleri domuz organ ve dokulara boyutları için uyarlanmış ve etkili bir şekilde bu talepleri2,</sup...

1,2,3,4,5, domuz arasında birkaç avantajlı benzerlikler nedeniyle büyük hayvan modelleri gibi translasyonel tıpta, domuz kullanım için giderek daha yaygın ve insan anatomisi ve fizyolojisi ve kurulan moleküler biyolojik yöntemler nesil için izin durumu özel olarak tasarlanmış, domuz modelleri çok çeşitli hastalık koşulları1,4için genetik olarak değiştirilmiş.
Ancak, kemirgen modellerle karşılaştırıldığında, deneyler için herhangi bir zamanda sağlanan ilgili domuz manken hayvanların sayısı sınırlıdır. Bu domuz üretimi aralığı yaklaşık bir yıl ve domuz modelleri ve Hayvancılık üretimi için gerekli mali ve zaman yoğun çabaları kaynaklanmaktadır. Bu nedenle, bir domuz modeli yanı sıra bu domuzların oluşturulan örnekleri bireysel hayvanlar özellikle genetiği değiştirilmiş domuz modelleri ve/veya uzun vadeli deneysel sorunları (örneğin, geç komplikasyonlar çok değerli Kronik hastalıklar) yaşlı bireylerin2,6,7' incelenir.
Herhangi bir çalışma sırasında çalışma ilk deneysel tasarım zamanlanan değil ek Değerlendirmeler performansını daha sonra ilgili, olup çıkmak örneğin, farklı sorular daha önce doğan keşfetti adresine beklenmeyen bulgular. Böyle ek deneyleri için uygun örnekleri mevcut değilse, orantısız yüksek maliyet ve zaman yoğun harcamaları ek domuz ve doku örneği oluşturmak gerekli olabilir. Bu tür olasılıklar için hazırlıklı olmak, korunmuş yedekleme örnekleri farklı organ, doku veya biyo-sıvılar, nicelik ve nitelik uygun sonraki analizleri, geniş bir yelpazesi için biobank koleksiyon üretimi önemli bir kabul edilir 2,6,7yaklaşım. En iyi faydaları bir domuz hayvan modelden türeterek, yeterli biobank örnekleri kullanılabilirliğini de aynı örnek malzemeler bir çok organ düzeyi farklı analiz yöntemleri geniş bir yelpazede gerçekleştirmek için benzersiz imkanı sunuyor çok aynı bireysel hayvanlar, örneğin, dağıtım örnekleri için farklı çalışma gruplarının bilim adamları tarafından bir araştırma ağ2,6,7' düzenledi. Ayrıca, biobanking '' ileri '' örnekleme stratejisinde de hayvanların bir çalışmada gerekli sayıda bir azalma katkıda bulunur. Domuz modeli biobanking avantajları son zamanlarda bir çok organ, multiomics çalışma, organ inceleyerek gösterilmiştir çapraz konuşma Münih Geçireceğimi domuz Biobank üzerinden örnekler kullanarak uzun vadeli diyabet, genetiği değiştirilmiş bir domuz modeli 2.
Biobank örnekleri genel olarak güvenilirlik ve daha sonra gerçekleştirilen analizleri sonuçlarının interpretability kurmak için uymanız gerekir bazı zorunlu gereksinimleri bulunmaktadır. Örnekleri tekrarlanarak üretilen gerekir ve temsilcisi, Yani, yeterince olmaları gerekir doku/organ örnekleri7den alınmıştır baktılar morfolojik ve moleküler özelliklerini yansıtan. Aşağı akım analiz türleri geniş bir yelpazesi için uygun olmak, örnekleri gerekir yeterli miktarlarda alınır ve (zaman ve sıcaklık şartları da dahil olmak üzere) taleplerini açıklayıcı dahil olmak üzere farklı analitik yöntemleri göre işlenen cryohistology, parafin ve plastik Histoloji, immünhistokimya, in situ hibridizasyon, ultrastructural elektron Mikroskopik analizler ve klinik laboratuvar tanı analizleri, de moleküler gibi histopatolojik analizleri DNA, RNA, proteinler ve metabolitleri analizleri.
Randomize bölüm numaraları, birimler, uzunlukları veya farklı doku yapılarının yüzey alanları gibi farklı nicel morfolojik parametrelerin geniş değerlendirilmesi için nicel stereological analizleri tarafından izin vermek için uçak Histolojik örnekleri ilgili organ/dokuların7,8,9,10,11hazırlıklı olması gerekiyor. Nicel morfolojik çalışmalarda, doku, organ veya organ yuvası, Toplam hacim kesin olarak belirlenmesi (Yani, başvuru alanı) örnekleri alınmıştır en önemlisi önemli7,9 ' dur , baktılar parametreleri ilgili organ, doku veya organizma içinde mutlak miktarlarını hesaplamak için 12 . Sonunda, belirlenecek ve hesap13alınan gömme ile ilgili doku büzülme histolojik kesitler hazırlanması sırasında etkisi vardır. Bu nedenle, nicel stereological, özellikle önceki çalışmalar arşivlenmiş örnekleri (Sabit doku örnekleri, katıştırılmış doku blokları, histolojik kesitler, vb) bazen ciddi sınırlı veya hatta imkansız12analizlerdir, Hayır yeterli örnekleme tasarımları numaraları ve mevcut bireysel örnekleri miktarda yetersiz ise temsilcisi örnekleri, emri için uygulandıysa özellikle volumetry ilgili organ/dokuların, gerçekleştirilmedi veya varsa işlenmesi örnekleri, ilgi nicel morfolojik parametre tahmini ile uyumlu değil. Manifold mümkün etkileyen faktörler nedeniyle ayrı nicel morfolojik parametrelerinin analizler için arşiv-örnek malzemelerin uygunluğu tümden yanıtlanamaz, ancak tek tek her durum dikkatli değerlendirilmesi bağlıdır.
Böylece, konum, boyut, sayısı, işleme, süsleme yön ve örnekleri yönünü potansiyel olarak sonraki analizleri sonuçlarını etkileyecek gibi bu faktörlerin büyük önem taşıyan şeyler ve herhangi bir çalışmada deneysel tasarımında dikkate alınmalıdır. Bu yönleriyle ve domuz anatomi, kapsamlı, ayrıntılı, büyük ölçekli örnekleme yönergeleri adapte domuz hayvan modelleri son zamanlarda kurulmuş, özel özellikleri ile ilgili olarak standart, tekrarlanabilir için sağlam bir başvuru sağlayan ve 50'den fazla farklı domuz organ ve dokulara6,7yedek, yeterince işlenmiş, yüksek kaliteli örneklerinin verimli üretimi.
Metodolojik açıklamaları ve mevcut makalede gösterilen video öğretici detaylı, açıklayıcı, anlaşılır, adım-tarafından adım talimatları için pratik teknikler için volumetry, performansını sağlamak domuz dokuların örnekleme ve organ ve doku örnekleri farklı akış aşağı analiz yöntemleri için işlenmesi. Seçme teknikleri organ/doku birimleri ve Arşimet ve Cavalieri9ilkelerine dayanan yoğunlukları belirlenmesi için yöntemleri dahil, üç boyutlu büzülme doku boyutlarının belirlenmesi de dahil olmak üzere ilgili Histolojik inceleme için işleme sırasında farklı gömme medya14 içinde katıştırma, uygulanabilir hacim ağırlıklı sistematik rastgele örnekleme uygulanması için örneklenen doku örneklerin işleme yaklaşımları farklı sonraki analizleri7,8,9,15ve nesil uygun şekilde odaklı ve olası nicel stereological analizleri7,8için örnekleri işlenebilir, 9,10,11. Domuz biobank projeleri uygulama onların yanında, kanıtlanmış yöntemleri genellikle nicel histo-Morfolojik özellikleri organ/dokuların inceleyerek tüm çalışmalar için uygundur. Ayrıca, sistematik rastgele örnekleme tasarımlar kuşak temsilcisi örnekleri bereket değişiklikler, örneğin, RNA'ların, proteinler veya metabolitleri içinde algılamak için moleküler analiz yöntemleri kullanarak deneyler için özellikle yararlıdır çeşitli organ ve dokulara.
Pratik performanslarını Protokolü bölümünde anlatılan sonraki paragraflar bu yöntemler kısa bir giriş sağlar.
Organ/doku birimleri belirlenmesi Bu faktörler gösterebilir organ ağırlık ve birimleri belirlenmesidir dosyasında çeşitli deneysel ayarları, önemli değişiklikler, potansiyel olarak deneysel olarak ilgili faktörler ilgi bileşen incelenir. Bir organ/doku hacmi de genellikle mutlak nicel parametreleri, (örneğin, toplam telefon numarası), stereologically tahmini sayısal ses yoğunluğu (örneğin, birim birim başına hücre sayısı üzerinden hesaplamak için gereklidir doku)7,12. Bilgisayarlı Tomografi gibi karmaşık teknik ekipman kullanma teknikleri dışında temelde bir organ veya doku mutlak hacmi belirlemek için yaygın olarak kullanılan üç pratik yöntem vardır. Bir organ hacmi "Arşimet, Yaniilkesine göre su veya tamamen sular altında zaman yapı tarafından zorla göç ettirilmiş salin ses düzeyini ölçme doğrudan hacimsel ölçü" tarafından belirlenebilir. Ancak, onlar çok büyük hacimsel/ölçme şişeler gerektiren bu yana nispeten büyük domuz organları için bu yaklaşımlar pratik ve tutarsızlık, eğilimli vardır. Daha rahat bir organ/doku hacmi verimli bir şekilde "batma yöntem"7,12 kullanarak belirlenebilir, ağırlık ve yoğunluk7,12,16, hesaplanabilir ,16 (iletişim kuralı adım 1.1.). Organ/doku birimleri de "Cavalieri prensibi" üzerine (1598-1647) göre volumetry yaklaşımları kullanarak tahmin edilebilir. Basitçe, Cavalieri İlkesi devletler, iki nesne için zemin düzlemini paralel uçaklarda kesitli, ve bölümler profilleri iki nesne karşılık gelen edersen taban düzlemi uzaklıklar aynı alanlarda, iki nesne var aynı birim var. Böylece, keyfi olarak şekillendirilmiş nesneleri hacmi paralel, aynı derecede uzak bölüm uçaklar ve bölüm uçaklar arasındaki mesafe bölüm profil alanlarının ürün olarak tahmin edilebilir. Bu aşağıdaki benzetmeyle anlaşılır: aynı sikke aynı sayıda oluşan iki yığınlarını yerleştirilir yan yana birbiri verimli sikke yığını ve diğer silindir şeklinde yığılmış paralar bakıcıyla bir yığın düşünün paralar ile Merkezi kapalı yığın sikke (şekil 3A) konumlandırılmış. Her iki para yığınları şekilleri farklı olmasına rağmen onların birimler alanları, karşılık gelen her iki yığınları düzeylerindeki sikkelerin beri aynıdır (Yani, profilleri paralel bölümlerin alanlarında kesilmiş her iki para eşit uzaklıkta yığınlarda aracılığıyla zemin) aynıdır. Domuz organ ve dokulara Cavalieri ilke7,12,15 kullanarak hacimli tahmini 1.2. adımda anlatılan.
Histolojik katıştırma için ilgili doku büzülme ölçüde belirlenmesi Analizler çeşitli kantitatif morfolojik parametreleri histolojik dokusu bölümlerde ölçülen belirlenecek ve göz önünde doku histolojisi için işleme sırasında meydana gelen doku gömme ile ilgili büzülme etkisi var. Katıştırma ilgili doku büzülme ölçüde değişken olabilir ve hem doku, işleme ve gömme orta8,13,17,18,19üzerinde bağlıdır. Genel olarak, tüm üç boyutlu uzay ve bu nedenle, tüm boyutlu parametreleri nicel stereological analizleri8 tahmini etkiler katıştırma güvenlikle ilgili değişiklikler (Yani, çoğunlukla büzülme) doku örneği hacminin ortaya . Temel olarak, gömme ile ilgili doku büzülme, doğrusal doku büzülme faktörü (fS) ifade edilen ölçüde adım 1.3 gösterildiği gibi tahmin edilebilir. ve14(büzülme duyarlı) kantitatif morfolojik parametreleri düzeltilmesi için kullanılan.
Organ/dokuların sistematik rastgele örnekleme birimi ağırlıklı Domuz organ/doku örnekleri biobank topluluğu kurulması için birim ağırlıklı sistematik rastgele örnekleme yaklaşımlar gibi 2. adımda açıklanan pratik, zaman kazandıran ve verimli teknikleri nesil temsilcisi olduğu kanıtlanmıştır, çok amaçlı doku7,8,9,15örnekler.
Nesil izotropik Uniform rasgele bölümleri ve dikey Uniform rasgele bölümleri nicel stereological analizleri için Biobank doku örnekleri farklı nicel stereological analiz yöntemleri yeterince hazırlıklı bir numune belirlenemedi parametreleri maksimum tahmini için geniş bir yelpazesi için uygun olması gerekir. Neredeyse tüm nicel stereological parametreleri "izotropik (bağımsız) tek tip rasgele (diploması) bölümler"8,9kullanılarak belirlenebilir. Doktora diploması bölümlerde, doku örneği bölüm boyutunda üç boyutlu yönünü randomize. Bu doku örneği bölüm uçak konumuna göreceli konumunu randomizasyon tarafından "Isector" yöntemi11 (iletişim kuralı adım 3.1) veya göreli olarak bölüm uçak yönünü randomizasyon uygulandığı haliyle elde edilebilir "Orientator" yöntemi10 (iletişim kuralı adım 3.2) olduğu gibi doku örneği. Cilt - ya da mukoza numune doğal olarak mevcut veya tanımlanmış ve düzgün tanımlanabilir dikey eksen, "dikey tek tip rasgele (VUR) bölümler" hazırlanması görüntüleme gibi doku örneklerinde (iletişim kuralı adım 3.3.) kesinlikle kesitli boyutunda içinde onların dikey eksen avantajlı8,20' dir. İçin tam bir söylem diploması/VUR örnekleme teorik temelleri ve potansiyel aşağı akım nicel stereological analizleri ile kapsamlı bir tartışma baktılar okuyucu niceliksel stereology hayatta ders kitapları için denir Bilimler8,9.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Carl Roth GmbH, Germany</td>
			<td>Agar (powder), Cat.: 5210.3</td>
			<td>Dissolve approximately 1 g of agar in 10 ml cold water in a glass or plastic beaker, heat in microwave-oven at 700 W, boil the solution twice with rigorous stirring. Cast into mold while still warm and let solidify. Caution: While handling with hot liquid agar, wear protective goggles and gloves.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Caliper</td>
			<td>Hornbach Baumarkt GmbH, Bornheim, Germany</td>
			<td>Schieblehre Chrom/Vernickelt 120 mm Cat.: 3664902</td>
			<td>Any kind of caliper (mechanical or electronic) will do as well.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Casting molds (metal)</td>
			<td>Engelbrecht Medizin &#38; Labortechnik, Ederm&#252;nde, Germany</td>
			<td>Einbettsch&#228;lchen aus Edelstahl, 14 x 24 x 5 mm, Cat.: 14302b</td>
			<td>Any other kind of metal casting mold used for paraffin-embedding will do as well.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Copy templates of cross grids (5mm - 6 cm)</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>Copy templates of cross grids (5mm - 6 cm) are provided in the supplemental data file of Albl et al.&#160; Toxicol Pathol. 44, 414-420, doi: 10.1177/0192623316631023 (2016)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Copy templates of equiangular and cosine-weighted circles</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>Copy templates of equiangular and cosine-weighted circles are provided in Nyengaard &#38; Gundersen. Eur Respir Rev. 15, 107-114, doi: 10.1183/09059180.00010101 (2006) and in Gundersen et al. Stereological Principles and Sampling Procedures for Toxicologic Pathologists. In: Haschek and Rousseaux&#180;s Handbook of Toxicologic Pathology. 3rd ed, 215-286, ISBN: 9780124157590 (2013).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foldback clamps (YIHAI binder clips, 15 mm and 19 mm)</td>
			<td>Ningbo Tianhong Stationery Co ltd., China</td>
			<td>Y10006 and Y10005</td>
			<td>Any other type of standard office foldback clamps will do as well.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forceps (anatomical)</td>
			<td>NeoLab Migge GmbH, Heidelberg, Germany</td>
			<td>neoLab Standard -Pinzette 130 mm, anatomisch, rund, Cat.: 1-1811</td>
			<td>Any type of anatomical forceps will do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formaldehyde-solution 4%</td>
			<td>SAV-Liquid Produktion GmbH, Flintsbach, Germany</td>
			<td>Formaldehyd 37/40 %, Cat.: 1000411525005</td>
			<td>Dilute to 4% from concentrated solution. Buffer to neutral pH. Wear appropriate eye-, hand- and respiratory protection. Process tissue samples fixed in formaldehyde solution under an exhaust hood and wear protective goggles and laboratory gloves.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Graph paper (for calibration)</td>
			<td>B&#252;romarkt B&#246;ttcher AG, Jena, Germany. www.bueromarkt-ag.de</td>
			<td>Penig Millimeterpapier A4, Cat.: 2514</td>
			<td>Any type of graph paper (scaled in millimeter) will do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Laboratory beakers (5ml, 10 ml, 50 ml, 100 ml)</td>
			<td>NeoLab Migge GmbH, Heidelberg, Germany</td>
			<td>Becherglas SIMAX&#174; , niedrige Form, Borosilikatglas 3.3 Cat.: E-1031, E-1032, E-1035, E-1036</td>
			<td>Any kind of glass- or plastic beakers of 5 &#8211; 100 ml volume will do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Laboratory scale(s)</td>
			<td>Mettler Toledo GmbH, Gie&#223;en, Germany</td>
			<td>PM6000</td>
			<td rowspan="2">Any standard laboratory scales with measuring ranges between 0.1 mg to approximately 20 g, respectively between 100 mg to approximately 500 g will do</td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td>Sartorius AG, G&#246;ttingen, Germany</td>
			<td>BP61S</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microtome blades</td>
			<td>Engelbrecht Medizin &#38; Labortechnik, Ederm&#252;nde, Germany</td>
			<td>FEATHER Microtome blasdes S35, Cat.:14700</td>
			<td>Any kind of single-use microtome blades will do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">Morphometry/planimetry software/system</td>
			<td>National Institute of Health (NIH)</td>
			<td>ImageJ</td>
			<td>Download from https://www. imagej.nih.gov/ij/ (1997).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zeiss-Kontron, Eching, Germany</td>
			<td>VideoplanTM image analysis system</td>
			<td>Out of stock</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Photo camera</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>D40</td>
			<td>Any kind of digital photocamera that can be mounted to a tripod&#160; will do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic transparencies</td>
			<td>Avery Zweckform GmbH, Oberlaindern, Germany</td>
			<td>Laser Overhead-Folie DINA4 Cat.:&#160; 3562</td>
			<td>Any (laser)-printable plastic transparency will do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Random number tables</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>Random number tables can conveniently be generated (with defined numbers of random numbers and within defined intervals), using random number generators, such as: https://www.random.org/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Razor blades</td>
			<td>Plano GmbH, Wetzlar, Germany</td>
			<td>T5016</td>
			<td>Any kind of razor blades will do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ruler</td>
			<td>B&#252;romarkt B&#246;ttcher AG, Jena, Germany. www.bueromarkt-ag.de</td>
			<td>Office-Point Lineal 30 cm, Kunststoff, transparent, Cat.: ln30</td>
			<td>Any kind of cm-mm-scaled ruler will do as well.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Saline (0.9%)</td>
			<td>Carl Roth GmbH, Germany</td>
			<td>Natriumchlorid, &#62;99% Cat.: 0601.1</td>
			<td>To prepare 0.9% saline, dissolve 9 g NaCl in 1000 ml of distilled water at 20&#176;C.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scalpel blades</td>
			<td>Aesculap AG &#38; Co KG, Tuttlingen, Germany</td>
			<td>BRAUN Surgical blades N&#176;22</td>
			<td>Any kind of scalpel blades will do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scanner</td>
			<td>Hewlett-Packard</td>
			<td>hp scanjet 7400c</td>
			<td>Any type of standard office scanner capable of scanning with resolutions from 150-600 dpi will do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Slicing devices</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>Examples forself constructed slicing devices can be found in Knust, et al. Anatomical record. 292, 113-122, doi: 10.1002/ar.20747 (2009) and in the supplemental data file of Albl et al.&#160; Toxicol Pathol. 44, 414-420, doi: 10.1177/0192623316631023 (2016).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spherical casting molds (e.g., in 25.5 mm diameter)</td>
			<td>Pralinen-Zutaten.de, Windach, Germany</td>
			<td>Pralinen-Hohlkugeln Vollmilch, 25.5 mm</td>
			<td>Spherical casting molds can as well be be self-constructed, or obtained from other confectioner suppliers (for for pralines). The casting molds indicated here are actually the package/wrapping of hollow pralines bodies (first eat the pralines and then use the package for generation of i-sector sections)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thin wire</td>
			<td>Basteln &#38; Hobby Schobes, Stra&#223;furth, Germany. www,bastel-welt.de</td>
			<td>Messingdraht (0.3 mm) Cat.: 216464742</td>
			<td>Any other kind of thin wire will also do.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue paper</td>
			<td>NeoLab Migge GmbH, Heidelberg, Germany</td>
			<td>Declcate Task Wipes-White, Cat.: 1-5305</td>
			<td>Any other kind of laboratory tissue paper will do as well.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waterproof pen</td>
			<td>Staedler Mars GmbH &#38; Co KG, N&#252;rnberg, Grmany</td>
			<td>Lumocolor permanent 313, 0.4 mm, S, black, Cat.: 313-2</td>
			<td>Any other kind of waterproof pen will do as well.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

sampling strategies and processing of biobank tissue samples from porcine biomedical models

Translasyonel tıbbi araştırma, domuz modelleri giderek daha popüler hale gelmiştir. Bireysel hayvanların, özellikle genetiği değiştirilmiş domuz yüksek değer modelleri ve bu modellerin mevcut hayvanların genellikle sınırlı sayıda göz önüne alındığında, yeterince işlenmiş doku örnekleri (biobank) koleksiyonları kurulması için uygun bir Sonraki analizleri yöntemleri, örnekleme, zaman noktada belirtilmemiş analizleri de dahil olmak üzere geniş yelpazede translasyonel değer modelinin tam yararlanmak için anlamlı yaklaşımlar temsil eder. Domuz anatomisi özellikleri ile ilgili kuralların son temsilcisi, yüksek kaliteli örneklerinden farklı domuz organ ve dokulara standart üretimi için kurulmuştur. Bu kurallar sonuçları ve onların karşılaştırılabilir farklı çalışmalar ve Müfettişler arasında tekrarlanabilirlik için gerekli önkoşullar vardır. Organ ağırlıkları ve birimleri, oluşturulacak, belirlenmesi örnekleme yerlerin ve doku örnekleri sayıların yanı sıra yönlendirme, boyutu, işleme ve düzeltme yönergeleri, gibi temel veri kaydı ilgili faktörlerdir generalizability ve moleküler, nitel ve nicel morfolojik analiz için numune kullanılabilirliği belirleniyor. Burada, en önemli teknikler bir açıklayıcı, pratik, adım adım gösteri kuşak temsilcisi için domuz dokular çok amaçlı biobank örneği sunulmaktadır. Burada açıklanan yöntemleri belirlenmesi organ/doku birimleri ve yoğunlukları, parenkimal organları tarafından noktası-sayma, doku büzülme ölçüde belirlenmesi için bir sistematik rastgele örnekleme birimi ağırlıklı yordam uygulama içerir Histolojik örnekleri ve rastgele odaklı örnekleri nesil izotropik uniform rasgele (diploması) bölümleri "Orientator" ve "Isector" yöntemleri ve dikey üniforma tarafından üretilen gibi nicel stereological analizleri için gömme için ilgili rasgele (VUR) bölümleri.

Doku/organ yoğunluk tayini için batma tekniği
Şekil 12A -B yoğunluk temsilcisi olarak belirlenmesi ve 1.1 (Resim 1, Resim 2). adımda anlatılan batma tekniği kullanarak bir domuz böbrek hacmi gösterir. Yoğunluk ölçümleri ek domuz organ ve dokuların daha temsilcisi sonuçları Tablo 2' de sunulmak...

Watch this Scientific Journal Video about Sampling Strategies and Processing of Biobank Tissue Samples from Porcine Biomedical Models at JoVE.com

Sampling Strategies and Processing of Biobank Tissue Samples from Porcine Biomedical Models

Örnekleme stratejileri ve Biobank doku örnekleri domuz Biyomedikal modellerinden işlenmesi

Pratik uygulaması ve yöntemleri performansını aşağı akım analizleri biobank projeleri geniş bir yelpazede için domuz hayvan modellerin temsilcisi doku örnekleri oluşturmada, volumetry, dahil olmak üzere içinde gösterilen sistematik rastgele örnekleme, ve doku örnekleri nitel ve nicel morfolojik ve moleküler analiz türleri için farklı işleme.

In translational medical research, porcine models have steadily become more popular. Considering the high value of individual animals, particularly of ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Generation of Alginate Microspheres for Biomedical Applications

Biyomedikal Uygulamalar için Aljinatta Mikrokürelerin Üretimi

Alginate-based materials have received considerable attention for biomedical applications because of their hydrophilic nature, biocompatibility, and ...

How to Measure Cortical Folding from MR Images: a Step-by-Step Tutorial to Compute Local Gyrification Index

Yerel Gyrification Endeksi hesapla Adım Adım Öğretici: MR Görüntüleri Kortikal Katlama nasıl ölçülür

Cortical folding (gyrification) is determined during the first months of life, so that adverse events occurring during this period leave traces that will ...

Processing of Primary Brain Tumor Tissue for Stem Cell Assays and Flow Sorting

Sıralama Kök Hücre Tahliller ve Akış Primer Beyin Tümörü Doku İşleme

Brain tumors are typically comprised of morphologically diverse cells that express a variety of neural lineage markers. Only a relatively small fraction ...

Isolation and Functional Characterization of Human Ventricular Cardiomyocytes from Fresh Surgical Samples

Taze Cerrahi Örneklerden İzolasyon ve İnsan Ventriküler kardiyomiyositlerin Fonksiyonel Karakterizasyonu

Cardiomyocytes from diseased hearts are subjected to complex remodeling processes involving changes in cell structure, excitation contraction coupling and ...

The Bovine Lung in Biomedical Research: Visually Guided Bronchoscopy, Intrabronchial Inoculation and In Vivo Sampling Techniques

The Bovine Lung in Biomedical Research: Visually Guided Bronchoscopy, Intrabronchial Inoculation and In Vivo Sampling Techniques

Biyomedikal Araştırma Sığır Akciğer: Görme Kılavuzlu Bronkoskopi, intrabronşiyal Aşılama ve<em&gt; In Vivo</em&gt; Örnekleme Teknikleri

There is an ongoing search for alternative animal models in research of respiratory medicine. Depending on the goal of the research, large animals as ...

Unbiased Deep Sequencing of RNA Viruses from Clinical Samples

Klinik Örneklerden RNA Virüs tarafsız Derin Sıralama

Here we outline a next-generation RNA sequencing protocol that enables de novo assemblies and intra-host variant calls of viral genomes collected from ...

Absorption of Nasal and Bronchial Fluids: Precision Sampling of the Human Respiratory Mucosa and Laboratory Processing of Samples

Burun ve bronş sıvıları emilimini: hassas örnekleme insan solunum mukoza ve laboratuvar işleme örnekleri

The methods of nasal absorption (NA) and bronchial absorption (BA) use synthetic absorptive matrices (SAM) to absorb the mucosal lining fluid (MLF) of the ...

Improvement of a Closed Chest Porcine Myocardial Infarction Model by Standardization of Tissue and Blood Sampling Procedures

Kapalı göğüs domuz miyokard infarktüsü manken standardizasyon doku ve kan örnekleme prosedürleri tarafından geliştirilmesi

Myocardial ischemia reperfusion (I/R) injury contributes to almost half of the necrotic area after myocardial infarction. To date there is no approved ...

Assessment of Kidney Function in Mouse Models of Glomerular Disease

Fare modelleri Glomerular hastalığı böbrek fonksiyonlarının değerlendirilmesi

The use of murine models to mimic human kidney disease is becoming increasingly common. Our research is focused on the assessment of glomerular function ...

Human Subcutaneous Adipose Tissue Sampling Using a Mini-Liposuction Technique

Mini Liposuction Tekniği ile İnsan Subkutan Yağ Dokusu Örneklemesi

Studies on adipose tissue are useful in understanding metabolic and other conditions. Human subcutaneous adipose tissue is accessible. With appropriate ...