Name: promoter capture hi-c: high-resolution, genome-wide profiling of promoter interactions
Uploaded: 2018-06-28T13:30:00
Duration: 10 min 16 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions at JoVE.com

Valeriya Malysheva el yazması ve Şekil 1 ilgili uzman yardım eleştirel okuma için teşekkür ediyoruz. Bu eser tıbbi araştırma Konseyi, İngiltere (Bay/L007150/1) ve İngiltere'de Biyoteknoloji ve Biyolojik Bilimler Araştırma Konseyi, UK (1/J004480/BB) tarafından desteklenmiştir.

Yazarlar ifşa gerek yok.

Modüler tasarım organizatörü yakalama Hi-C
Organizatörü yakalama Hi-C özellikle Rehberleri ilgili etkileşimleri için Hi-C kitaplıklar zenginleştirmek için tasarlanmıştır. Bu etkileşimler yalnızca bir alt kümesini ligasyonu ürünleri bir Hi-C Kitaplığı'nda oluşturmaktadır.
Yakalama Hi-C yakalama sistemini değiştirerek herhangi bir genomik bölge ve bölgeler ilgi için Hi-C kitaplıklar zenginleştirmek için kolayca değiştirilebilir. Yakalama bölgeleri-ebilmek var olmak sürekli genomik kesimleri44,45,46,48, olmuştur arttırıcılar tespit PCHi-C (' ters yakalama Hi-C'35) veya DNaz ben aşırı duyarlı siteleri49 . Yakalama sisteminin boyutunu bağlı olarak deneysel kapsam ayarlanabilir. Örneğin, Dryden ve ark. meme kanseri44ile ilişkili üç gen çöller içinde 519 yem parçaları hedefleyin. Yakalama sistemi tarafından Martin ve ark. Her iki sürekli genomik segmentleri hedefleyen ('Bölge yakalama': Toplam 211 genomik bölgeleri; 2,131 kısıtlama parçaları) ve seçili Rehberleri (3,857 gen organizatör)45.
SureSelect kitaplıklarıdır farklı boyut aralıkları kullanılabilir: 1 kb ile 499 kb (5.190 – 4,806), 2.9 MB (5.190 – 4,816), 500 kb ve 3 Mb-5.9 Mb (5.190 – 4,831). Her tek tek yakalama biotin-RNA 120 nükleotit uzun olduğu için bu sistemleri yakalamak en fazla 4,158 karşılamak, 24,166 ve 49,166 tek tek yakalama probları, anılan sıraya göre. Bu 2.079, 12,083 ve 24,583 hedeflenen kısıtlama parçaları, sırasıyla karşılık gelen (kısıtlama parçaları için numaraları alt sınırlar iki tek tek yakalama problar her kısıtlama için dizayn edilebilir varsayımını temel olduğunu unutmayın parça — bu durum her kısıtlama için olmayacaktır nedeniyle tekrarlayan dizileri gerçekte (Ayrıca bkz: Şekil 1B, C) parçası, daha yüksek kullanılabilir yakalama probları sabit bir sayı için targetable kısıtlama parçalarının ortaya çıkmıştır ).
Burada açıklanan protokol Restriksiyon enzimi ile uzun menzilli etkileşimleri ortaya çıkarmak için 6 bp tanıma site kullanımı temel alır. Restriksiyon enzimi ile 4 bp tanıma site daha proksimal etkileşimleri büyük çözünürlük için de olası40,49kullanmaktır.
PCHi-C sınırlamaları
Bir doğal tüm kromozom conformation yakalama deneyleri onların çözünürlük kitaplığın oluşturulmasında kullanılan Restriksiyon enzimi tarafından belirlenir kısıtlamasıdır. Aynı kısıtlama parçası üzerinde bulunan DNA öğeleri arasındaki etkileşimleri 'C-type' deneyleri için görünmez olur. Ayrıca, PCHi-C, bazı durumlarda birden fazla transkripsiyon başlangıç site aynı organizatörü içeren kısıtlama parçası üzerinde bulunan ve PIRs bazı durumlarda her iki aktif ve baskıcı histon işaretleri hangi kesin olarak belirlemek zor yasal yapma liman öğeleri etkileşimleri, arabuluculuk ve organizatörü etkileşimlerin düzenleyici çıktı tahmin etmek. Enzimleri ile 4 bp tanıma siteleri kullanarak bu sorunu azaltır ama büyük ölçüde artan Hi-C Kitaplığı karmaşıklık pahasına gelir (4 bp tanıma sitesi enzimleri ile oluşturulan Hi-C kitaplıklarıdır Hi-C den en az 100 kat daha karmaşık Kitaplıklar) 6 bp tanıma sitesi enzimleri ile oluşturulan ve sonraki nesil sıralama için ilgili maliyetler.
Geçerli PCHi-C Protokolü malzeme, nadir hücre tipleri organizatörü etkileşimlerin analizi iyileştirmelerden başlangıç olarak hücreleri milyonlarca gerekir başka bir kısıtlamadır. Organizatörü kişiler'hücre popülasyonlarının 10.000 100.000 hücreleri (örneğin hücreleri hematopoetik kök hücre veya erken embriyonik gelişim sırasında) ile sorgulama etkinleştirmek için PCHi-C değiştirilmiş bir sürümü bu nedenle yakalama değerli bir ek olurdu Merhaba C araç.
Son olarak, üzerinde formaldehit tespit itimat tüm yöntemleri gibi PCHi-C yalnızca, Windows fiksasyon zaman noktasında 'dondurulmuş' etkileşimleri kaydeder. Böylece, kinetik ve organizatörü etkileşimleri dinamiklerini incelemek için Süper çözünürlük canlı cep mikroskobu gibi yöntemleri gerekli PCHi-c ile birlikte
Yöntemleri kayma kromozom organizasyon yüksek çözünürlükte incelemek için
Kromozom etkileşim kütüphanelerin büyük karmaşıklık istatistiksel anlamlılık ile iki belirli kısıtlama parçaları arasında etkileşim ürünlerin güvenilir kimlik yasaklar. Bu sorunu aşmak için sıra yakalama Hi-C33,34,40,44 veya belirli etkileşimler için 3 C50,51 kitaplıkları zenginleştirmek için kullanılmıştır. Hi-C kitaplıklar 3 C kitaplıklar için zenginleştirme adım kullanmanın en büyük avantajı Hi-C, hakiki ligasyonu ürünler için bir zenginleştirme adım 3 C kapsamaktadir. Sonuç olarak, geçerli okuma yüzdesi PCHi-C kütüphanelerde yaklaşık HiCUP süzme sonra yakalama-C'de kütüphaneler50civarında bulunan geçerli % 5-8, okur daha 10 kat yüksektir. Sahlen ve ark. doğrudan yakalama-C HiCap, kullandığı PCHi-C gibi Hi-C kitaplıklar için 3 C kitaplıklar kullanır yakalama-C aksine yakalama zenginleştirme ile karşılaştırıldığında. Bizim bulgular ile tutarlı, buldular yakalama-C kütüphaneler çoğunlukla un ve birleştirilmiş parçaları40/ oluşmaktadır. Ayrıca, yakalama-C kitaplıklar40daha yüksek bir karmaşıklık HiCap kütüphaneleri vardı.
Yakalama-C, yeni nesil yakalama-C52 (NG yakalama-C) adı verilen bir türevi olarak orijinal kullanılan problar örtüşen yerine PCHi-C33,34, daha önce kurulan kısıtlama parçası sonunda, başına bir oligo kullanır Yakalama-C Protokolü50. Bu mütevazi, yakalama-C'ye göre geçerli okuma yüzdesi artar ama NG yakalama-C istihdam yakalama zenginleştirme iki sıralı Tur ve PCR sayısının nispeten yüksek devir (20-24 döngüleri, toplam 11 döngüleri için PCHi-C için genellikle karşılaştırıldığında), hangi kaçınılmaz olarak daha yüksek sayıda sıra çoğaltmaları ve alt Kütüphane karmaşıklık sonuçlarında. PCHi-C en iyileştirme sırasında deneme deneylerde bulduk (değil çoğaltılamaz benzersizyani ) yüzdesini çiftleri sadece oldu yaklaşık %15 19 PCR döngüleri kullanıldığında okumak (yakalama 13 devir öncesi + 6 devir sonrası yakalama; verileri gösterilmez), ancak en iyi duruma getirme PCR döngüleri, daha küçük bir numarayla genellikle benzersiz okuma çiftleri % 75-90'ı verir. Böylece, PCR devir sayısını önemli ölçüde azaltarak bilgilendirici sıralı veri miktarını artırır.
Son yöntemi ChIP kromozom etkileşimleri faiz (HiChIP53) belirli bir protein tarafından aracılı odaklanmak için Hi-C ile birleştirir. Benzer mantığı üzerinde dayanır, çim54, karşılaştırıldığında HiChIP veri bilgilendirici sıra okuma,53çağrı güven derecesi yüksek etkileşim için izin daha yüksek bir sayıda içerir. Doğrudan karşılık gelen HiChIP karşılaştırmak çok ilginç olacak ve yakalama Hi-C veri kümeleri bir kez (bir antikor cohesin birim Smc1a karşı kullanarak HiChIP53 ile yakalama Hi-C tüm Smc1a için kısıtlama bağlı örnek için kullanılabilir parçaları) yan yana. Bu iki yaklaşım arasında bir doğal fark yakalama Hi-C kromatin immunoprecipitation dayanmaz ve bu nedenle protein doluluk bakılmaksızın kromozom etkileşimleri sorguya yapabiliyor olmasıdır. Bu gibi PRC1 fare ESC kayma genom mimari7anahtar bir düzenleyici tanımlamak için kullanılan belirli faktörü bağlayıcı olup 3D genom organizasyonu karşılaştırmasını sağlar.
PCHi-C ve GWAS
Genom çapında dernek çalışmaları (GWAS) % 95'den büyük hastalığı ile ilişkili olduğunu ortaya sıra türevleri büyük mesafelerde kez protein kodlayıcı genlerin55için genom kodlamayan bölgelerinde bulunur. GWAS türevleri çoğu zaman bulundu yakın DNaz ben aşırı duyarlı siteleri, hangi potansiyel yasal faaliyet sıralarıyla özelliğidir. PCHi-C ve yakalama Hi-C GWAS risk loci meme kanseri44, kolorektal kanser48ve otoimmün hastalığı35,45,46karıştığı Rehberleri bağlamak için yaygın olarak kullanılmaktadır. PCHi-C çalışma üzerinde 17 farklı insan hematopoietik hücre sıra türevleri trombosit ve kırmızı kan hücresi belirli özellikleri ile ilişkili ağırlıklı olarak bulundu, ancak türleri SNPs otoimmün hastalığı ile ilişkili lenfoid hücrelerde PIRs içinde zenginleştirilmiş bulundu makrofajlar ve erythroblasts, sırasıyla35,56. Böylece, doku belirli organizatörü PCHi-C tarafından ele geçen interactomes hastalık ilişkili kodlamayan işlevini anlamak için yardımcı olabilir türevleri sıra ve yeni potansiyel hastalık genleri terapötik müdahale için tanımlar.
Organizatörü etkileşim bölgeleri özellikleri
Kanıt bağlantı organizatörü interactomes gen ifade denetlemek için birkaç satırlık. İlk olarak, birçok PCHi-C araştırma (yüksek) ifade genlerin rehberleri ile etkileşim genomik bölgeler H3K27 asetilasyon ve p300 bağlama33,34 gibi artırıcı aktivitesiyle ilişkilendirilmiş işaretleri zenginleştirilmiş göstermiştir , 37. gen ifade düzey ve etkileşen arttırıcılar, artan gen ekspresyonu arttırıcılar sonucu artırıcı etkileri34,35düzeyleri düşündüren sayısı arasında pozitif bir korelasyon bulduk. İkinci olarak, doğal olarak meydana gelen Ifade eQTLs35tarafından etkilenen aynı genlere bağlı PIRs yılında niceliksel Özellik loci (eQTLs) zenginleştirilmiş ifade. Üçüncü olarak, gezi57 ' PCHi-C veri entegre ederek, Cairns vd. PIRs fare ESCs içinde eşleme gezi muhabir gen gen ekspresyonu reporter genler tümleştirme sitelerde daha organizatörü etkileşim bölgelerde daha güçlü muhabir göstermek bulundu PIRs transkripsiyon düzenleyici faaliyet sahip gösteren 58. Birlikte, bu bulgular PCHi-C tarafından çeşitli fare ve insan hücre türleri ele geçen organizatörü interactomes gen ifadesi denetim için anahtar yasal modülleri dahil öneririm.
Bu arttırıcılar yalnızca küçük bir bölümü (~ % 20) temsil eden tüm PIRs ortaya PCHi-C33tarafından,34, fazlalaştı. Diğer PIRs doğrudan transkripsiyon düzenleyici fonksiyonları yerine yapısal veya topolojik rolleri olabilir. Ancak, kanıt da PCHi-C klasik artırıcı işaretleri liman değil DNA öğeleri düzenleyici fonksiyonu ile ortaya çıkarmak. Bir insan lenfoid hücre kültürünü BRD7 organizatörü muhabir gen deneyleri33artırıcı faaliyete sahip gösterilmiştir bir bölge artırıcı işaretleri yoksun etkileşimli olarak bulundu. Benzer özelliklere sahip düzenleyici elemanlarının Şu anda takdir daha bol olabilir. Örneğin, gen ekspresyonu kontrol ancak artırıcı yoksun olan düzenleyici DNA öğeleri tanımlanan işaretsiz düzenleyici elemanlarının (UREs) için bir CRISPR tabanlı ekran59işaretler.
Diğer durumlarda, PIRs liman transkripsiyon baskı ile ilişkili kromatin işaretleri gösterilmiştir. PIRs ve PRC1 içinde fare ESCs bağlı etkileşen Rehberleri bastırılmış genleri taşıyan geniş bir kayma ağ baskıcı H3K27me37işaretlemek meşgul edildi. İnsan lymphoblastoid hücrelerde, uzak bir öğe BCL6 organizatörü ile etkileşim BCL6 transkripsiyon onun yerel bağlamda bastırmak için çalışabilir düşündüren transgene muhabir gen ifade33, baskı altında.
Doluluk insan ESCs ve NECs37 kromatin yalıtkan protein CTCF PIRs yeni bir sınıfı temsil edebilir için zenginleştirilmiş PIRs. Toplu olarak, bu sonuçlar PIRs gen düzenleyici faaliyetleri henüz işlevsel olarak karakterize edilebilir topluluğu liman öneririz.

Kanıt biriken üç boyutlu genom organizasyonu nükleer süreçler, gen harekete geçirmek1,2,3, baskı4 de dahil olmak üzere bir dizi önemli bir işlevsel rol oynar öneriyor ,5,6,7,8, rekombinasyon9,10, DNA onarım11, DNA çoğaltma12,13, ve hücresel yaşlanma14. Uzak arttırıcılar uygun spatio-temporal gen ifadesi denetim için gerekli olan15,16,17, düzenleyen Rehberleri kayma yakınında bulunur. Distal arttırıcılar hedef Gen transkripsiyonu18,19,20,21,22ve 'kromatin döngü zorla' için gerekli olan artırıcı silme işlemlerini göster bir artırıcı ve onun hedef organizatörü Hbb odağı içinde arasında mühendislik hayvan zinciri transkripsiyon harekete geçirmek23götürmek için yeterli olduğunu gösterir. Ayrıca, genler ektopik arttırıcılar kontrol altında getirmek genom düzenlemeler uygunsuz gen harekete geçirmek ve hastalık24,25,26neden olabilir. Birlikte, bu örnekler organizatörü artırıcı etkileşimleri gen kontrolü için gerekli olan ve uygun gen ekspresyonu emin olmak için sıkı düzenleme gerektirir göstermektedir. İnsan ve fare genleri her tahmin edilmektedir yaklaşık bir milyon arttırıcılar liman için. Bu arttırıcılar büyük çoğunluğu için hedef genlerin bilinmemektedir ve 'kuralları' organizatör ve arttırıcılar arasında kötü anlaşılır. Onların hedef genlerin transkripsiyon arttırıcılar atama böylece memeli gen ifadesi denetim deşifre içinde büyük bir meydan okuma olarak kalır.
Üç boyutlu genom mimari anlayışımız 3 C27 (kromozom conformation yakalama) giriş ve onun türevleri28,29,30,31 tarafından devrim . Bu tekniklerin, Hi-C (yüksek işlem hacmi kromozom conformation yakalama) en güçlü bir hücre nüfus içinde kromozom etkileşimler tüm topluluğu tanımlamak için tasarlanmıştır. Merhaba C kitaplıklar, genellikle üretilen milyonlarca hücre, son derece karmaşık bir tahmini 1011 bağımsız ligasyonu ürünlerinde insan genomu32~ 4 kb parçaları arasında. Bir sonucu, bireysel kısıtlama arasındaki etkileşimler güvenilir ve tekrarlanabilir tanımlaması (içerenler gibi bir organizatörü veya artırıcı) dan parçaları gibi Hi-C veri Hi-C kitaplıklar için Ultra Derin sıralama tabi olan sürece mümkün değildir, Hangi Hi-C kitaplıklar rutin olarak hazırlama laboratuarlar için ekonomik açıdan mantıklı bir çözüm değil. Bu eksiklik aşmak için organizatörü yakalama Hi-özellikle ligasyonu urun organizatörü içeren Hi-C kitaplıklar zenginleştirmek için C geliştirdi. Biz iki nedenden dolayı Rehberleri üzerinde duruldu. İlk olarak, organizatörü artırıcı kişiler uygun gen ifade düzeyleri (bkz. Yukarıdaki referanslar) çok sayıda çalışma için çok önemli olduğu gösterilmiştir ve organizatör hücre tipleri arasında büyük ölçüde sabit olduğundan, ikinci olarak, aynı yakalama yem sistemi sorgulamak için kullanılabilir birden çok hücre tipleri ve koşullar karşısında yasal devresi. Çözüm Hi-C kitaplıklar hibridizasyon on binlerce biotinylated RNA 120mers Hi-C ligasyonu ürünleri organizatörü içeren ve manyetik boncuklar streptavidin kaplı üzerinde sonraki yakalama için tamamlayıcı ile bizim yaklaşım kullanır. PCHi-C kütüphaneleri ile bu sonuçlar çok Organizatör önemli ölçüde yüksek frekanslarda bakmaksızın parçaları tanımlaması sadece odaklanan özgün Hi-C Kütüphanesi karşılaştırıldığında karmaşıklığı azaltmak.
Biz PCHi-C bir insan ve fare hücre tipleri daha iyi gen ifadesi denetim tarafından açığa çıkarmak uzun menzilli distal organizatörü etkileşen bölgeleri sözde düzenleyici fonksiyonu ile anlamak için katkıda bulunmak gibi rasgele kullanılmış çekirdeği üç boyutlu uzayda organizatörü organizatörü kişiler. Çalışmalar çok sayıda hücre türleri33,34,35,36,37,38arasında, yüz binlerce organizatörü artırıcı kişiler eşledikten 39, fare embriyonik kök hücre7kayma genom Polycomb baskıcı karmaşık aracılı kuruluşunda tanımlanan, büyük ölçekli organizatörü interactomes hücresel başkalaşım37sırasında, uyumlanma gösterdi 38 , 39ve bağlantılı kodlamayan hastalık ilişkili türevleri gen Rehberleri35sıra.
PCHi-C organizatör ile etkileşim DNA dizileri genom çapında topluluğu eşleştirmek için ideal bir yöntemdir. İlgili yaklaşımlar, gibi yakalama Hi-C ( konuyabakın) sürekli genomik bölgeler yüksek çözünürlüklü etkileşim profilleri seçilen genomik bölgeler için elde etmek için seçtiğiniz yöntemi vardır. PCHi-C ve yakalama Hi-C bir deneysel (tek fark olduğunu yakalama sistemi seçimi) açısından, son derece benzer böylece tavsiye ve yönergeleri biz sağlamak için her iki yaklaşımın tabidir. Burada, PCHi-c ayrıntılı bir açıklama mevcut Biz mantığı ve PCHi-C deney tasarımı anahat bir adım adım PCHi-C Kütüphanesi nesil protokol sağlar ve nasıl PCHi-C kitaplıklar kalitesini yüksek kaliteli veri vermeye protokolünde çeşitli adımlar takip edilebilir göstermektedir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1420">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:671px;">16% (vol/vol) paraformaldehyde solution</td>
			<td style="width:140px;">Agar Scientific</td>
			<td style="width:333px;">R1026</td>
			<td style="width:277px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dulbecco&#39;s Modified Eagle Medium (DMEM) 1x</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">41965-039</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fetal bovine serum (FBS) sterile filtered</td>
			<td style="width:140px;">Sigma&#160;</td>
			<td style="width:333px;">F9665</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Low-retention filter tips&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Starlab</td>
			<td style="width:333px;">S1180-3810, S1180-1810, S1180-8810 and S1182-1830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">10x PBS pH 7.4</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">70011-036</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Molecular biology grade water</td>
			<td style="width:140px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:333px;">W4502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">1 M Tris-HCl pH 8.0</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">15568-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">IGEPAL CA-630&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:333px;">I8896</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">5 M NaCl&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">24740-011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Protease inhibitor cocktail (EDTA-free)&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Roche Diagnostics</td>
			<td style="width:333px;">11873580001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Restriction buffer 2 (10x NEBuffer 2)</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">B7002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA LoBind tube, 1.5 mL&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:333px;">0030 108.051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA LoBind tube, 2 mL</td>
			<td style="width:140px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:333px;">30108078</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">20% (wt/vol) SDS&#160;&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Bio-Rad Laboratories</td>
			<td style="width:333px;">161-0418</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">20% (vol/vol) Triton X-100&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:333px;">T8787</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">HindIII, 100 U/uL</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">R0104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">10 mM dCTP&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">18253-013</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">10 mM dGTP</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">18254-011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">10 mM dTTP&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">18255-018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.4 mM Biotin-14-dATP</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">19524-016</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">DNA polymerase I large (Klenow) fragment 5000 units/mL</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">M0210</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">10x T4 DNA ligase reaction buffer&#160;</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">B0202</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">100x 10mg/ml Bovine Serum Albumin&#160;</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">B9001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">T4 DNA ligase, 1 U/&#956;L&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:333px;">15224-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">RNase A&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Roche</td>
			<td style="width:333px;">10109142001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Proteinase K, recombinant, PCR grade&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Roche</td>
			<td style="width:333px;">3115836001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">20 000&#215;g 50 ml centrifuge tube</td>
			<td style="width:140px;">VWR</td>
			<td style="width:333px;">525-0156</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.5 M EDTA pH 8.0&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">15575-020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phenol pH 8.0&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td style="width:333px;">P4557</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phenol: Chloroform: Isoamyl Alcohol 25:24:1&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td style="width:333px;">P3803</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium acetate pH 5.2&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td>S7899</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Quant-iT PicoGreen&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:333px;">P7589</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">QIAquick Gel Extraction Kit</td>
			<td style="width:140px;">Qiagen</td>
			<td style="width:333px;">28704</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">QIAquick PCR Purification Kit</td>
			<td style="width:140px;">Qiagen</td>
			<td style="width:333px;">28104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Restriction buffer 2.1 (10x NEBuffer 2.1)</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">B7202</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">NheI, 100U/uL</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">R0131</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Micro TUBE AFA Fiber Pre-slit snap cap 6x16mm vials&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Covaris</td>
			<td style="width:333px;">520045</td>
			<td>For sonication</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SPRI beads (Agencourt AMPure XP)&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:333px;">A63881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dynabeads MyOne Streptavidin C1 beads&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:333px;">65001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Tween 20&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Sigma</td>
			<td>P9416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">10 mM dATP&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:333px;">18252-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">T4 DNA polymerase 3000 units/mL</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">M0203</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">T4 PNK 10000 units/mL</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">M0201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Klenow exo minus 5000 units/mL&#160;</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">M0212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Quick ligation reaction buffer&#160;</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">B6058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">NEB DNA Quick ligase&#160;</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">M2200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PE adapter 1.0 (5&#39;-P-GATCGGAAGAGCGGTTCAGC 
			AGGAATGCCGAG-3&#39;)</td>
			<td style="width:140px;">Illumina</td>
			<td style="width:333px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PE adapter 2.0 (5&#39;-ACACTCTTTCCCTACACGACGCT 
			CTTCCGATCT-3&#39;)</td>
			<td style="width:140px;">Illumina</td>
			<td style="width:333px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">NEB Phusion PCR kit&#160;</td>
			<td style="width:140px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:333px;">M0530</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PE PCR primer 1.0 (5&#39;-AATGATACGGCGACCACCGA 
			GATCTACACTCTTTCCCTAC 
			ACGACGCTCTTCCGATCT-3&#39;)</td>
			<td style="width:140px;">Illumina</td>
			<td style="width:333px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PE PCR primer 2.0 (5&#39;-CAAGCAGAAGACGGCATACGA 
			GATCGGTCTCGGCATTCCT 
			GCTGAACCGCTCTTCCGATCT-3&#39;)&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Illumina</td>
			<td style="width:333px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">PCR strips&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Agilent Technologies</td>
			<td style="width:333px;">410022 and 401425</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">SureSelect SSEL TE Reagent ILM PE full adaptor kit&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Agilent Technologies</td>
			<td>931108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">SureSelect custom 3-5.9 Mb library&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Agilent Technologies</td>
			<td style="width:333px;">5190-4831</td>
			<td>custom design mouse or human PCHi-C system</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dynabeads MyOne Streptavidin T1 beads&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:333px;">65601</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">E220&#160; high-performance focused ultra-sonicator</td>
			<td style="width:140px;">Corvaris</td>
			<td style="width:333px;">E220</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

promoter capture hi-c: high-resolution, genome-wide profiling of promoter interactions

Üç boyutlu genom organizasyonu onun işlevine bağlıdır. Örneğin, sık sık önemli (bazı durumlarda yüzlerce kilobases) genomik mesafeler köprü ve yan yol fiziksel temas yoluyla onların hedef genlerin spatio-temporal ifade transkripsiyon arttırıcılar gibi düzenleyici elemanlarının kontrol Yakındaki genler. İnsan genomu büyük çoğunluğu var bilinmeyen bir tahmini bir milyon arttırıcılar limanlar gen hedefler. Hedef genleri distal düzenleyici bölgeleri atama böylece gen ifadesi denetim anlamanız çok önemlidir. Bir tek denemede tüm rehberleri için organizatörü yakalama Hi-C (PCHi-C) distal organizatörü etkileşim bölgeleri (PIRs), genom çapında algılamasını etkinleştirmek için geliştirilmiştir. PCHi-C, son derece karmaşık Hi-C kitaplıklar organizatörü serileri biotinylated RNA yemler tamamlayıcı bütün organizatörü içeren kısıtlama parçaları sonuna kadar binlerce çözüm karma seçim yoluyla için özel olarak zenginleştirilmiş. Sonra açılan organizatörü dizileri ve arttırıcılar ve diğer potansiyel düzenleyici elemanlarının gibi sık etkileşim eşleri için amaçtır. Yüksek üretilen iş eşleştirilmiş uç sıralama sonra kısıtlama parça düzeyinde önemli PIRs tanımlamak için her kısıtlama organizatörü bakmaksızın parçası bir istatistiksel test uygulanır. PCHi-C uzun menzilli organizatörü etkileşimlerin bir atlas onlarca insan ve fare hücre tipleri oluşturmak için kullandık. Bu organizatörü interactome haritalar memeli gen ifadesi denetim daha büyük bir anlayış için hedef genleri sözde düzenleyici bölgeleri atama ve Tercihli kayma organizatörü organizatörü etkileşim ağları açığa katkıda bulunmuştur. Bu bilgileri ayrıca insan genetik hastalık ve potansiyel hastalık genler, tanımlaması kodlamayan hastalık ilişkili bağlayarak anlamak için yüksek alaka vardır sıra türevleri veya kontrol dizilerini için onların hedef genlerin yakınında.

Organizatörü yakalama Hi-C fare7,34,36,39 ve insan33,35,37,38 Hi-C kitaplıklar için zenginleştirmek için kullanılan organizatörü etkileşimler. (HiCap adlı) benzer bir iletişim kuralı tarafından Sandberg grubu40tarif edilmiştir. Şekil 1A şematik iş akışı organizatörü yakalama Hi-c için gösterir. Burada açıklanan iletişim kuralında, Hi-C kitaplıklar-çekirdek ligasyonu41sahte ligasyonu ürünleri42önemli ölçüde azaltılmış birkaç sonuç, kullanarak oluşturulur. PCHi-c, son derece karmaşık fare veya insan Hi-C kitaplıklar için çözüm hibridizasyon tabi olan ve 39,021 biotinylated RNA'ların 22,225 fare organizatörü içeren HindIII kısıtlama parçaları tamamlayıcı veya 37,608 biotinylated RNA'ları kullanarak yakalamak 22,076 insan organizatörü içeren HindIII kısıtlama parçaları, sırasıyla hedefleme. Kısıtlama parçaları içeren organizatörü biri veya her iki uçta da bireysel biotinylated RNA'ların (Şekil 1B) tarafından hedeflenebilir. Bulduğumuz her iki yakalama bireysel Rehberleri (Şekil 1 c; çiğ sıra okuma) neredeyse iki kat, geliştirilmiş kapsama beklendiği gibi sona erer. Böylece, ne zaman (biz tavsiye biotinylated RNA'ların her iki ucunda da bir kısıtlama parçası için tamamlayıcı yakalanması için kullanmak içinYani, tekrarlayan olmayan bölgelerde), mümkün.
PCHi-C Kitaplığı kalite Kütüphane hazırlık sırasında erken bir aşamada değerlendirmek için biz iki denetim DNA ligasyonu ve arıtma, yukarıda açıklanan31olarak sonra gerçekleştirmek. İlk tüp ligasyonu ürünler olduğu gibi 3 C27yükseltmek için belirli astar çiftleri kullanmaktır. Astar çiftleri (Tablo 1) hücre tipi sabit uzun menzilli ligasyonu ürünleri yükseltmek için kullanıyoruz, böyle Myc gen ve onun bilinen arttırıcılar yaklaşık 2 Mb uzakta (Şekil 2A) bulunan veya Hist1 odağı (genler arasında tarafından 1.5 Mb ayrılmış olarak) ve doğrusal yakın ('kısa menzilli denetimi') bulunan iki bölgeler arasında.
İkinci kalite kontrol Klenow-aracılı doldurma sırasında biotin birleşmesiyle kısıtlama sitesi çıkıntılar biotin-dATP ile verimliliğini belirlemek için yapılır. Başarılı Klenow doldurma ve ortadan kaybolması sonraki künt uçlu ligasyonu sonuçlarında arasında yeni bir NheI tanıma sitesi (Şekil 2B oluşumu DNA molekülleri HindIII durumunda ve bir tüp ligasyonu ürünün orijinal kısıtlama sitesinin ). HindIII NheI sindirilmiş ligasyonu ürün için biotin birleşme verimlilik doğrudan bir okuma oranıdır. Yüksek kaliteli kitaplıkları yakınındaki tamamlamak NheI sindirim ligasyonu ürünleri (Şekil 2B) var ise bir kalitesiz Hi-C Kütüphanesi HindIII sindirim, yüksek düzeyde gösterir.
Sonra (biotin streptavidin Hi-C ligasyonu ürün boyutu seçili, bağdaştırıcı ligasyonu ve yakalama öncesi PCR aşağı çekin sonraYani, ) Hi-C Kitaplığı hazırlık, Hi-C Kütüphanesi bütünlüğü ve boyut dağılımı (Şekil Bioanalyzer tarafından değerlendirilir 2 C). aynı denetimi PCHi-C Kitaplığı hazırlık (Yani, sonra hibridizasyon yakalama ligasyonu ürünleri organizatörü içeren ve çekim sonrası PCR) sonunda yapılır. Hi-C ve PCHi-C Bioanalyzer profilleri karşılaştırmasını gösterir beklendiği gibi Hi-C kitaplıklarıdır karşılık gelen PCHi-C kitaplıklar çok daha yoğun, ama belgili tanımlık kütüphaneci boyutu dağılımı son derece benzerdir yakalama adım gösteren PCHi-C (Şekil 2C, D) bir boyutu önyargı tanıtmak değildir.
Eşleştirilmiş uç sıralama sonra PCHi-C okuma eşleştirilir, kalite kontrol ve HiCUP boru hattı43kullanarak filtre. Yüksek kaliteli PCHi-C kitaplıkları içerir % 70-90 'geçerli çiftleri arasında' (Yani, eşleştirilmiş uç sıra okuma doğrusal genomik haritada; komşu değil iki kısıtlama parçaları arasında Şekil 3A, B). -Çekirdek ligasyonu protokol41,42kullanarak, trans yüzdesi (Yani, eşleştirilmiş uç sıra farklı kromozom üzerinde bulunan iki kısıtlama parçaları arasında okur) çiftleri genellikle düşüktür okumak, 5 ile % 25 arasında kromozom bölgelerin ve iyi Kütüphane kalite gösteren varlığını yansıtan. Doğrudan karşılaştırma 'geçerli çiftleri' Hi-C kitaplıklar ve onların karşılık gelen PCHi-C kitaplıklar35arasında yüzdesi tüm durumlarda geçerli çiftleri yüzdesini gösterir daha yüksek PCHi-C kitaplıklarda (3B rakam). Bu PCHi-C (Şekil 3 c) olarak geçerli olmayan 'aynı iç parçası' okuma yüzdesi bir azalma eşlik ediyor. Bu, beklenen yakalama adım sadece organizatörü içeren ligasyonu ürünler için zenginleştirir, ama aynı zamanda parçaları kısıtlama parçası amaçları için kısıtlama üzerinde yakalama oligos konumu nedeniyle (bkz. Şekil 1B) gibi.
Filtreleme HiCUP sonra yakalama verimliliği belirleriz. PCHi-C kitaplıkları geçerli sıralama okuma HiCUP süzme sonra üç tür içerir: 1.) Organizatörü: genom okur (Yani, yakalanan organizatörü parçası ve genom herhangi bir yerinde bir sigara organizatörü HindIII kısıtlama parçası arasında okuma) 2.) Organizatörü: organizatörü okur (iki yakalanan organizatörü parçaları arasında okuma) 3.) genom: genom okur (arka plan Hi-C ligasyonu ürünleri nerede ligasyonu ürün ortakları hiçbiri haritalar için yakalanan organizatör). Bunlar önce aşağı akım analizleri atılır.
Yüksek kaliteli PCHi-C kitaplıkları (3D şekil) % 65-90 arasında yakalama verimliliği (Kategori 1 ve 2 yukarıdaki toplamı) sahiptir. PCHi-C sonuçlanan Hi-C kitaplıklar için doğrudan bir karşılaştırma gösterir bir ~ 15-fold zenginleştirme organizatörü içeren ligasyonu ürünleri için (3D şekil), bazı durumlarda 17-fold. Bu varsayımsal maksimum yakın olduğunu (19.6-fold) PCHi-C, genom kısıtlama parçaları yüzdesi bağlıdır için zenginleştirme kaplı yakalama sistemi tarafından. Yakalama sistemleri daha az kısıtlama parçaları44,45,46hedefleme tasarlayarak büyük zenginlik elde edilebilir.
Hücre türü ve soy-özgüllük33,34,35, hücresel başkalaşım37,38,39 sırasında belirgin değişikliklerle organizatörü interactomes analizini gösterir . Rakamlar 4 ve 5 lineage özgüllük ve farklılaşma dinamiği belirli Rehberleri örnekler. Örneğin, ALAD yapısal tüm hücrelerde ifade edilir ancak onun ifade upregulated erythroblasts47olduğunu. ALAD düzenleyici tüm hematopoetik hücreler içinde birkaç distal parçaları kurar ve özellikle de erythroblasts (Şekil 4) ek etkileşimleri yürütmektedir. B hücreleri, T hücreleri, ama hücre tipi belirli etkileşimler de dahil olmak üzere monosit, nötrofil ve megakaryocytes () içinde miyeloid soyundan hücrelerdeki etkileşimleri onlarca çok az etkileşimlerde hiçbir istatistiksel olarak anlamlı etkileşimler Il-8 gösterir Şekil 5). Bu örnekler, PCHi-C hücre tipi belirli interactomes çözmeye ve düzenleyici potansiyeli ile organizatörü etkileşim bölgeleri belirlemek için nasıl kullanılabileceğini göstermektedir.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57320/57320fig1.jpg"> Resim 1 : Organizatörü yakalama Hi-C mantığı ve yakalama yem tasarım. PCHi-c (A) şematik iş akışı -Çekirdek ligasyonu Hi-C41,42 (I) biotinylated RNA yemler (II) ile çözüm hibridizasyon izledi (burada tasvir) insan kısıtlama parçaları hedefleme veya fare gen Rehberleri (III). (B) tasarım PCHi-c için yem. Biotinylated RNA yakalama yemler (kırmızı eğri çizgiler) Organizatörü içeren kısıtlama parçaları (gri; Eğer kısıtlama bulundukları organizatörü dizileri (kırmızı) kendilerini sadece RNA yakalama yemler tarafından hedeflenir Not biter karşı tasarlanmıştır parça biter). Sıra tamamlayıcılık hibridizasyon RNA yem ve DNA hedef arasındaki aracılığıyla izole ve sonraki organizatörü içeren kısıtlama parçaları (gri) ve onların etkileşen kısıtlama parçaları (sarı ve yeşil) oluşan ligasyonu ürünleri biotin streptavidin açılan, A. (C) karşılaştırma PCHi-C yakalama verimliliği organizatörü içeren kısıtlama parçaları için gösterildiği gibi iki RNA yem yakalama problar (şematik b bakınız) bir RNA yem yakalama sonda vs tarafından hedef. <a href="/files/ftp_upload/57320/57320fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57320/57320fig2.jpg"> Resim 2 : PCHi-C öncesi sıralama kalite denetimleri. (A) sol, organizatörü ve PIR, bir organizatörü içeren kısıtlama parçası (gri; organizatörü sıra kırmızı) ve bir PIR kısıtlama parçası (sarı) oluşan bir Hi-C ligasyonu üründe sonuçlanan arasında kayma yan yana şematik. Doğru DNA (solda şematik tasvir) belirli astar çiftleri kullanılarak güçlendirilmiş Hi-C ligasyonu ürünlere örnekler gösterilen Elektroforez jel. (B) yaptı, HindIII, NheI ve HindIII/NheI kısıtlama temsilcisi örnekleri digests Hi-C ligasyonu ürünleri (A gösterilen PCR ürünleri). Doğru DNA'ın şematik sıra başarısız takip Hi-C ligasyonu sonra (üst) veya başarılı (alt) dNTP Klenow doldurularak kısıtlama kavşaklar ve sonraki ligasyonu. (C) temsilcisi Hi-C Kitaplığı bioanalyzer profil (1/5 seyreltme). (D) temsilcisi PCHi-C Kitaplığı bioanalyzer profil (seyreltme). <a href="/files/ftp_upload/57320/57320fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57320/57320fig3.jpg"> Şekil 3 : PCHi-C sonrası sıralama kalite denetimleri. (A) yüzde geçerli sıralama karşılaştırılması HiCUP43 Hi-C kitaplıklar (Javierre et al.verilerden, 201635) karşılık gelen PCHi-C vs içinde işleme sonra çiftleri okuyun. (B) temsilcisi HiCUP PCHi-C sonuç geçerli gösterilen çiftleri ve aşağı akım analizleri (Javierre et al.verilerden, 201635) önce atılır diğer sıralı Kategoriler okuyun. (C) HiCUP sonra PCHi-C vs Hi-C kitaplıklar (Javierre et al.verilerden, 201635) karşılık gelen işleme yüzdesi 'aynı parça iç' karşılaştırılması okur. (D) karşılaştırma yüzde sırası içeren baited organizatörü parçaları (yakalama verimliliği) PCHi-C vs Hi-C kitaplıklar (Javierre ve ark., 201635verileri) karşılık gelen okur. <a href="/files/ftp_upload/57320/57320fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57320/57320fig4.jpg"> Şekil 4: ALAD PCHi-C profili insan hematopoetik hücrelerin. Organizatörü etkileşimleri myeloid hücre tiplerinin mavi kemer gösterilir ve organizatörü etkileşimleri lenfoid hücre tiplerinin mor kemer gösterilir. Erythroblast özel etkileşimleri (Javierre et al.verilerden, 201635) kırmızı oklarla belirtilmiştir. <a href="/files/ftp_upload/57320/57320fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57320/57320fig5.jpg"> Şekil 5 : IL8 PCHi-C profili insan hematopoetik hücrelerin. Organizatörü etkileşimleri myeloid hücre tiplerinin mavi kemer gösterilir ve organizatörü etkileşimleri lenfoid hücre tiplerinin mor kemer gösterilir. Monosit özel etkileşimleri yeşil oklarla belirtilmiştir, nötrofil özel etkileşimleri kırmızı oklarla belirtilmiştir ve megakaryocyte özgü etkileşim kahverengi bir okla (Javierre et al.verilerden, 201635) belirtilir. <a href="/files/ftp_upload/57320/57320fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td colspan="9">İnsan</td>
		</tr>
<tr>
<td>Adı</td>
			<td colspan="3">Sıra</td>
			<td>Kromozom</td>
			<td>Strand</td>
			<td>Başlangıç GRCh38/hg38</td>
			<td>Son GRCh38/hg38</td>
			<td>3 C etkileşimleri ve biotin birleşme sınamak için astar bileşimleri</td>
		</tr>
<tr>
<td>HS AHF64 Dekker</td>
			<td colspan="3">GCATGCATTAGCCTCTGCTGTTCTCTGAAATC</td>
			<td>11</td>
			<td>+</td>
			<td>116803960</td>
			<td>116803991</td>
			<td>hs AHF66 Dekker ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td>HS AHF66 Dekker</td>
			<td colspan="3">CTGTCCAAGTACATTCCTGTTCACAAACCC</td>
			<td>11</td>
			<td>+</td>
			<td>116810219</td>
			<td>116810248</td>
			<td>hs AHF64 Dekker ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td>HS MYC odağı</td>
			<td colspan="3">GGAGAACCGGTAATGGCAAA</td>
			<td>8</td>
			<td>-</td>
			<td>127733814</td>
			<td>127733833</td>
			<td>hs MYC +1820 ile birlikte veya hs MYC-538 kullanmak</td>
		</tr>
<tr>
<td>HS MYC +1820</td>
			<td colspan="3">AAAATGCCCATTTCCTTCTCC</td>
			<td>8</td>
			<td>+</td>
			<td>129554527</td>
			<td>129554547</td>
			<td>hs MYC odağı ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td>HS MYC-538</td>
			<td colspan="3">TGCCTGATGGATAGTGCTTTC</td>
			<td>8</td>
			<td>-</td>
			<td>127195696</td>
			<td>127195716</td>
			<td>hs MYC odağı ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td>HS HIST1 F</td>
			<td colspan="3">AAGCAGGAAAAGGCATAGCA</td>
			<td>6</td>
			<td>+</td>
			<td>26207174</td>
			<td>26207193</td>
			<td>hs HIST1 R ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td>HS HIST1 R</td>
			<td colspan="3">TCTTGGGTTGTGGGACTTTC</td>
			<td>6</td>
			<td>+</td>
			<td>27771575</td>
			<td>27771594</td>
			<td>hs HIST1 F ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td colspan="9">Fare</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">Sıra</td>
			<td>Kromozom</td>
			<td>Strand</td>
			<td>Başlangıç GRCm38/mm10</td>
			<td>Son GRCm38/mm10</td>
			<td>3 C etkileşimleri ve biotin birleşme sınamak için astar bileşimleri</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">TCATGAGTTCCCCACATCTTTG</td>
			<td>8</td>
			<td>+</td>
			<td>84841090</td>
			<td>84841111</td>
			<td>mm Calr2 ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">CTGTGGGCACCAGATGTGTAAAT</td>
			<td>8</td>
			<td>+</td>
			<td>84848519</td>
			<td>84848541</td>
			<td>mm Calr1 ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">TATCAAGGGTGCCCGTCACCTTCAGC</td>
			<td>6</td>
			<td>+</td>
			<td>125163098</td>
			<td>125163123</td>
			<td>Gapdh4 Dekker ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">GGGCTTTTATAGCACGGTTATAAAGT</td>
			<td>6</td>
			<td>+</td>
			<td>125163774</td>
			<td>125163799</td>
			<td>Gapdh3 Dekker ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">GGAGGAGGGAAAAGGAGTGATT</td>
			<td>6</td>
			<td>+</td>
			<td>52212829</td>
			<td>52212850</td>
			<td>mm Hoxa13 ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">CAGGCATTATTTGCTGAGAACG</td>
			<td>6</td>
			<td>-</td>
			<td>52253490</td>
			<td>52253511</td>
			<td>mm Hoxa7 ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">GGGTAATGGTGTCACTAACTGG</td>
			<td>13</td>
			<td>+</td>
			<td>23571284</td>
			<td>23571305</td>
			<td>mm Hist1h3e veya mm Hist1h4i ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">GGGTTTGATGAGTTGGTGAAG</td>
			<td>13</td>
			<td>+</td>
			<td>23566541</td>
			<td>23566561</td>
			<td>mm Hist1h2ae ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="3">TTGGGCCAAAGCCTATATGA</td>
			<td>13</td>
			<td>+</td>
			<td>22043085</td>
			<td>22043104</td>
			<td>mm Hist1h2ae ile birlikte kullanın</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: Kalite kontrol insan için astar serileri ve fare Hi-C kitaplıklar.

Watch this Scientific Journal Video about Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions at JoVE.com

Promoter Capture Hi-C: High-resolution, Genome-wide Profiling of Promoter Interactions

DNA arttırıcılar gibi düzenleyici elemanlarının Gen ifadesinin fiziksel olarak hedef gen rehberleri, sık sık büyük genomik mesafeleri kapsayan uzun menzilli kromozom etkileşimleri aracılığıyla irtibata geçerek kontrol. Organizatörü yakalama Hi-C (PCHi-C) hedef genleri için potansiyel yasal sıralarının atama etkinleştirme rehberleri ve distal bölgeler arasındaki önemli etkileşimler tanımlar.

Organizatörü yakalama Merhaba-C: Yüksek çözünürlüklü, genom çapında organizatörü etkileşimlerin profil oluşturma

The three-dimensional organization of the genome is linked to its function. For example, regulatory elements such as transcriptional enhancers control the ...

Research

JoVE Journal

Genetics

Genome-wide Determination of Mammalian Replication Timing by DNA Content Measurement

DNA İçerik Ölçüm tarafından Memeli Çoğaltma Zamanlama genom Tayini

Replication of the genome occurs during S phase of the cell cycle in a highly regulated process that ensures the fidelity of DNA duplication. Each genomic ...

Analysis of the c-KIT Ligand Promoter Using Chromatin Immunoprecipitation

Kromatin İmmunopresipitasyon Yöntemi Kullanılarak c-KIT Ligand Promotör Analizi

Multiple cellular processes, including DNA replication and repair, DNA recombination, and gene expression, require interactions between proteins and DNA. ...

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

ChEC-seq ile Protein-DNA Etkileşimlerinin Genom Boyunca Haritalandırılması<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Genome-wide mapping of protein-DNA interactions is critical for understanding gene regulation, chromatin remodeling, and other chromatin-resident ...

Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq

Birincil insan T lenfositler tarafından ataç-Seq genom genelinde erişilebilir Kromatin eşleme

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) is a method used for the identification of open (accessible) regions ...

Determining Genome-wide Transcript Decay Rates in Proliferating and Quiescent Human Fibroblasts

Genom çapında transkript çürüme oranları Proliferasyona ve durgun insan fibroblast belirleme

Quiescence is a temporary, reversible state in which cells have ceased cell division, but retain the capacity to proliferate. Multiple studies, including ...

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

Genom çapında kromatin Conformation yakalama kitaplıklardan sıkıca aşamalı erken Drosophila embriyo nesil

Investigating the three-dimensional architecture of chromatin offers invaluable insight into the mechanisms of gene regulation. Here, we describe a ...

Genome-wide Surveillance of Transcription Errors in Eukaryotic Organisms

Ökaryotlarda transkripsiyon hataları genom çapında gözetim

Accurate transcription is required for the faithful expression of genetic information. Surprisingly though, little is known about the mechanisms that ...

High-Resolution Comparison of Bacterial Conjugation Frequencies

Bakteriyel konjugasyon frekans yüksek çözünürlüklü karşılaştırma

Bacterial conjugation is an important step in the horizontal transfer of antibiotic resistance genes via a conjugative DNA element. In-depth comparisons ...

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

Genom-Geniş Karşılıklı Hemizygosity Analizi ile Saccharomyces Maya Türleri Arasındaki Termotolerans Farklarının Genetik Haritalama

A central goal of modern genetics is to understand how and why organisms in the wild differ in phenotype. To date, the field has advanced largely on the ...

Identification of Enhancer-Promoter Contacts in Embryoid Bodies by Quantitative Chromosome Conformation Capture (4C)

Identification of Enhancer-Promoter Contacts in Embryoid Bodies by Quantitative Chromosome Conformation Capture 4C

Kantitatif Kromozom Konformasyon Yakalama (4C) ile Embriyoid Cisimlerde Arttırıcı-Organizatör Kontalarının Belirlenmesi

During mammalian development, cell fates are determined through the establishment of regulatory networks that define the specificity, timing, and spatial ...