Name: enrichment and characterization of the tumor immune and non-immune microenvironments in established subcutaneous murine tumors
Uploaded: 2018-06-07T14:45:00
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JMN 국립 연구소의 종합 의료 과학 (T32GM088129)과 국립 연구소의 치과 Craniofacial 연구 (F31DE026682)에서 재정 지원의 건강의 국가 학회 둘 다 인정합니다. 내용은 전적으로 저자의 책임 이며 반드시 국립 보건원의 공식 의견을 대표 하지 않는다. 이 프로젝트 또한 NIH (P30 AI036211, P30 CA125123, 및 S10 RR024574)와 조 엘 M. Sederstrom의 전문가 지원 자금 Cytometry 베일 러 의과대학에서 셀 정렬 코어에 의해 지원 되었다.

여기에 설명 된 모든 메서드는 기관 동물 관리 및 사용 위원회 (IACUC)의 베일 러 대학의과 대학에 의해 승인 되었습니다.
1. 종양 수확 및 소화
참고: 수확에 필요한 시간은 3-5 분/종양, 및 처리에 필요한 시간 1 ~ h + 2-3 분/종양.
<ol><li>이산화탄소 흡입 하 여 마우스를 안락사와 머리 오염을 방지 하기 위해 수확 하기 전에 70% 에탄올과 아래로 각 마우스 스프?...

<ol>
	<li>Fouad, Y. A., Aanei, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Revisiting+the+hallmarks+of+cancer.">Revisiting the hallmarks of cancer.</a> American Journal of Cancer Research. 7 (5), 1016-1036 (2017).</li><li>Gajewski, T. F., Schreiber, H., Fu, Y. -. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Innate+and+adaptive+immune+cells+in+the+tumor+microenvironment.">Innate and adaptive immune cells in the tumor microenvironment.</a> Nature Immunology. 14 (10), 1014-1022 (2013).</li><li>Whiteside, T. 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C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rigorous+Science:+A+How-To+Guide.">Rigorous Science: A How-To Guide.</a> mBio. 7 (6), 01902-01916 (2016).</li><li>Yao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CyTOF+supports+efficient+detection+of+immune+cell+subsets+from+small+samples.">CyTOF supports efficient detection of immune cell subsets from small samples.</a> Journal of Immunological Methods. 415, 1-5 (2014).</li><li>Kay, A. W., Strauss-Albee, D. M., Blish, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+Mass+Cytometry+(CyTOF)+for+Functional+and+Phenotypic+Analysis+of+Natural+Killer+Cells.">Application of Mass Cytometry (CyTOF) for Functional and Phenotypic Analysis of Natural Killer Cells.</a> Methods Mol. Biol. 1441, 13-26 (2016).</li><li>Pachynski, R. K., Scholz, A., Monnier, J., Butcher, E. C., Zabel, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+Tumor-infiltrating+Leukocyte+Subsets+in+a+Subcutaneous+Tumor+Model.">Evaluation of Tumor-infiltrating Leukocyte Subsets in a Subcutaneous Tumor Model.</a> Journal of Visualized Experiments. (98), (2015).</li></ol>

에 다양 하 고 복잡 한 세포 구성 성분과 분자의 구성 됩니다. 최근 기록은이 환경의 정확한 특성 치료 성공 또는 실패의 더 나은 이해를 제공할 수 있습니다 식별할 수 있습니다 심지어 치료 저항 메커니즘 제안. 예를 들어 intratumoral 수준 (즉, MDSCs, T 규정 하는 세포, 등) 다양 한 면역 세포의 증가 이펙터 면역 반응을 완화를 immunotherapeutic 효과 파기 됩니다. 다른 한편으로, 이펙터 면역...

진압 시간 최근 암의 각 인으로 인정을 받고 있다 그리고 immunotherapy1그들의 민감성을 완화 뿐만 아니라 개발, 진행, 그리고 고체 종양 암의 보호에 중요 한 역할을 알려져 있습니다. 에 수많은 세포 하위 집합 및 고기, 종양의 면 역학적 상태에 중요 한 통찰력을 제공 하는 모두는 구성 됩니다. 이러한 면 역학적 하위 집합 추가 함께 타고 난 및 적응형 면역 반응2,3의 대다수를 구성 하는 림프 구 또는 골수성 근원의 세포로 층 화 될 수 있다. Immunotherapeutic 전략 (즉, 검사점 면역 억제제, 공상 항 원 수용 체 T-세포, 등) 튼튼한 암 유발 가능성이 있는 암 immunotherapy 분야의 최근 발전 증명 재발; 그러나, 그들은 상대적으로 단단한 종양 암4,5에서 효과 유지. 수많은 그룹 시간 치료 성공6,7을 재생할 수 및 따라서, 거기에 특별히 초점을 맞추고 전 임상 설정에서 새로운 immunotherapies 정확 하 게 평가할 필요가 남아 있다 중요 한 장애물이 나타났습니다 그들의 변조 또는8시간 극복 하는 능력.
일반적으로 시간을 특성화 하기 위해 현재 노력 중 현미경 활용 또는 항 체 면역 세포 하위 집합 및 그들의 기능9,10식별 하는 전략을 라벨 함께 cytometry 흐름. 이 두 가지 전략 현미경 세포 하위 집합의 공간 감사 있으며 cytometry 제공 높은 처리량 및 세포 변화의 광범위 한 정량화 고유 하 게 서로 다른 정보를 제공 합니다. 형광 성 다중 immunohistochemistry 지금 최대 7 매개 변수를 지원할 수, 스펙트럼 이미징 시스템 최적화에 최근 개선에도 불구 하 고 제한 된 패널 크기 어려운 광범위 한 레벨 프로 파일링 면역 이며 따라서이 기술을 자주 자세한 예약 집중 분석. 결과적으로, cytometry는 가장 널리 사용 되는 면역 프로 파일링 기법 중 하나 남아 있다. 시간 특성에 그것의 광범위 한 사용, 처리 및 얼룩을 위해 사용 되는 방법을 매우 변수는 있습니다. 가장 자주 프로토콜 활용 종양 효소 해리 (즉, collagenases, DNase, 등) 및 수동 분리 방법은 단일 셀 정지를 달성 하기 위해 다음 항 체 얼룩이 지 고 분석7. 각 방법의 장점에도 불구 하 고 수많은 그룹11이러한 기법 통해 유도 될 수 있는 광범위 한 다양성을 보여주었다. 이것은 종양 microenvironment 프로 파일링의 크로스-연구 비교 매우 어려운 동일한 murine 종양 모델을 평가 하는 경우에 합니다. 또한, 종양 세포를 평가 하기 위해 제한 된 잠재력을 제공 하는 이러한 메서드 및 종양 면역 침투 하지 구성 요소 독립적으로, 때문에 두 구성 요소는 소화 후 산재. 샘플 수량 다음 제한 멀티 패널 얼룩 및 분석, 희귀 면역학 하위 집합 특성 하려고 할 때 주요 문제 되는 (즉, 종양 관련 T-세포)12. 대량 cytometry cytometry (CyTOF), 비행 시간 등 최근 기술 42 독립적인 매개 변수13보다 큰 패널 디자인을 지 원하는 일부 시스템 셀룰러 하위 집합의 차원 높은 phenotypic 분석 허용. CyTOF 기술에 면역 프로 파일링의 엄청난 힘에도 불구 하 고 그것은 비용, 분석 전문 및 장비에 대 한 액세스 제한 된 남아 있습니다. 또한, 많은 CyTOF 프로토콜 추천14, 신호 대 잡음 비율 개선 하기 위해 면역 하위 집합의 정화 그리고 따라서 좋습니다 우리의 농축 메서드를 사용할 수는 업스트림 데이터 품질 향상을 위한 CyTOF 분석의.
여기 우리가 종양 microenvironment 소화 및 분석 분리를 침투 하는 종양 면역을 통합 하는 방법을 설명 합니다. 이 방법의 목적은 종양 면역 침투 및 종양 microenvironment의 광범위 한 특성 분석을 위한 종양 세포 분수의 독립적인 높은 처리량 프로 파일링 수 있도록. 이 방법을 사용 하 여, 더 설명 전체 종양 분석의 중요성으로 피하 고체 종양 모델은 중요 한 공간 면역학이 발견 합니다. 전반적으로,이 방법은 더 정확 하 고 일관 되 게 비교할 수 샘플 사이의 종양 내에서 면역 세포 하위 집합에 대 한 풍요롭게 종양 세포와 종양의 면역 분수의 독립적인 프로 파일링을 허용 하기 때문에.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:615px;" width="615">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">6 to 12 week old male C57BL/6 mice</td>
			<td style="width:113px;">Jackson Laboratory&#160;</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td style="width:167px;">Mice used in our tumor studies</td>
		</tr>
		<tr height="81">
			<td height="81" style="height:81px;width:216px;">MEER Murine Syngeneic Cancer Cell line</td>
			<td style="width:113px;">Acquired from collaborator&#160;</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td style="width:167px;">E6/E7 HPV antigen expressing murine tonsillar epithelial cancer cell line&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">70% isopropyl alcohol&#160;</td>
			<td style="width:113px;">EMD Milipore&#160;</td>
			<td style="width:119px;">PX1840</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:216px;">Murine surgical tool kit</td>
			<td style="width:113px;">World Precision Instruments</td>
			<td style="width:119px;">MOUSEKIT</td>
			<td style="width:167px;">Primarily only need scissors, tweezers, and a scalpel.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">24-well plate&#160;</td>
			<td style="width:113px;">Denville Scientific Inc.</td>
			<td style="width:119px;">T1024</td>
			<td style="width:167px;">Or any 24-well flat bottom plate.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">RPMI-1640 media</td>
			<td style="width:113px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">R0883</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Collagenase I&#160;</td>
			<td style="width:113px;">EMD Milipore</td>
			<td style="width:119px;">234153</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:216px;">Collagenase IV</td>
			<td style="width:113px;">Worthington Biochemical Corporation</td>
			<td style="width:119px;">LS004189</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DNase I&#160;</td>
			<td style="width:113px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">11284932001</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:216px;">Low Speed Orbital Shaker</td>
			<td style="width:113px;">BioExpress (supplier: Genemate)&#160;</td>
			<td style="width:119px;">S-3200-LS</td>
			<td style="width:167px;">Or any orbital shaker.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">Thermoregulating incubator</td>
			<td style="width:113px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">13-255-27</td>
			<td style="width:167px;">Or any other thermo-regulated incubator</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">FBS</td>
			<td style="width:113px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">F8192</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">EDTA</td>
			<td style="width:113px;">AMRESCO</td>
			<td style="width:119px;">E177</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">1 mL Pipette and tips</td>
			<td style="width:113px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:119px;">13-690-032</td>
			<td style="width:167px;">Or any other pipette and tips</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">40 um Cell Strainers</td>
			<td style="width:113px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">22363547</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">50 mL Centrifuge Tubes</td>
			<td style="width:113px;">Denville Scientific Inc.</td>
			<td style="width:119px;">C1062-P</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">15 mL Conical Tubes</td>
			<td style="width:113px;">Denville Scientific Inc.</td>
			<td style="width:119px;">C1012</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">10 mL Luer-Lok Syringe without needles</td>
			<td style="width:113px;">BD</td>
			<td style="width:119px;">309604</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">Lymphoprep Density Gradient Medium</td>
			<td style="width:113px;">STEMCELL Technologies</td>
			<td style="width:119px;">7811</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">Transfer Pipettes</td>
			<td style="width:113px;">Denville Scientific Inc.</td>
			<td style="width:119px;">P7212</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">96-well U-bottom plates</td>
			<td style="width:113px;">Denville Scientific Inc.</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">DPBS</td>
			<td style="width:113px;">Sigma Aldrich&#160;</td>
			<td style="width:119px;">D8573</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:216px;">FoxP3 Transcription Factor Staining Buffer Set&#160;</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">00-5523-00</td>
			<td style="width:167px;">Fix/Permeabilization Buffer and Permeabilization Buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Thermoregulated Centrifuge</td>
			<td style="width:113px;">Eppendorf&#160;</td>
			<td style="width:119px;">5810 R</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">Attune NxT Flow Cytometer</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td style="width:167px;">For 96-well cell volumetric counting&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="62">
			<td height="62" style="height:62px;width:216px;">Purified Rat Anti-Mouse CD16/CD32 (Mouse BD Fc Block)&#160;Clone 2.4G2&#160;</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">553141</td>
			<td style="width:167px;">Fc Block</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">LIVE/DEAD Fixable Blue Dead Cell Stain Kit, for UV excitation</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">L34962</td>
			<td style="width:167px;">Fixable viability stain</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">CD45 Monoclonal Antibody (30-F11), APC-eFluor 780</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">47-0451-80</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">TCR beta Monoclonal Antibody (H57-597), APC</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">17-5961-82</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">CD8-&#945; Antibody (KT15), PE</td>
			<td style="width:113px;">Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td style="width:119px;">sc-53473&#160;</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">CD4 Monoclonal Antibody (GK1.5), PE-Cyanine5</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">15-0041-81</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:216px;">MHC Class II (I-A/I-E) Monoclonal Antibody (M5/114.15.2), Alexa Fluor 700</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">56-5321-82</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">CD11c Monoclonal Antibody (N418), PE-Cyanine5</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">15-0114-82</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">F4/80 Monoclonal Antibody (BM8), eFluor 450</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">48-4801-80</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">CD11b Monoclonal Antibody (M1/70), APC</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">17-0112-81</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">Ly-6G (Gr-1) Monoclonal Antibody (RB6-8C5), PE</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">12-5931-82</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:216px;">CD274 (PD-L1, B7-H1) Monoclonal Antibody (MIH5), PE-Cyanine7</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">25-5982-80</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">CD273 (B7-DC) Monoclonal Antibody (122), PerCP-eFluor 710</td>
			<td style="width:113px;">ThermoFisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">46-9972-82</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:216px;">Ki-67 Monoclonal Antibody (B56), BV711</td>
			<td style="width:113px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:119px;">563755</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

enrichment and characterization of the tumor immune and non-immune microenvironments in established subcutaneous murine tumors

종양 면역 microenvironment (시간) 최근 특히 immunotherapies에 대 한 단단한 종양에서 치료 응답의 중요 한 중재자로 인정 받고 있습니다. 최근 임상 발전 immunotherapy 정확 하 고 철저 하 게 종양 및 그 관련된 면역 침투 특성 재현 방법에 대 한 필요성을 강조 표시 합니다. 종양 효소 소화 및 흐름 cytometric 분석 허용 광범위 한 특성 수많은 면역 세포 하위 집합 및 고기; 그러나, 분석의 깊이 종종 fluorophore 제한 패널 설계 및 큰 종양 샘플을 확보 하는 필요의 희귀 면역 인구를 관찰에 의해 제한 됩니다. 따라서, 우리는 분리 및 농축 비 면역 종양 구성 요소에서 종양 면역 침투에 대 한 효과적이 고 높은 처리량 방법을 개발 했습니다. 설명된 종양 소화와 밀도 기반 원심 분리 기술은 종양 및 종양에 대 한 별도 특성 면역 침투 분수 및 세포 생존을 유지 있으며 따라서 종양의 광범위 한 특성을 제공 합니다 면 역학적 상태입니다. 이 방법은 하는 광범위 한 공간 면역이 단단한 종양에서 더 일관 된 전체 종양 면역학 프로 파일링 기법에 대 한 필요성을 보여주는 사용 되었다. 이 방법은 피하 고체 murine 종양; 면 역학적 특성에 대 한 효과적이 고 융통성 있는 기법을 제공 하는 전반적으로, 이 도구를 사용 하 수 있다 더 나은 종양 면역학 기능을 특성화 하는 등, 소설 immunotherapeutic 전략의 전 임상 평가.

우리의 결과 프로토콜에 설명 된 대로 비 면역 종양 구성 요소에서 분리 할 때의 중요 한 혜택을 보여 줍니다. 또한, 설립된 단단한 종양의 중요 한 면역학이 설명한 방법을 사용 하 여 설명 합니다.
많은 종양 분리 기술로 중요 한 문제는 가혹한 소화 조건 (즉, 높은 온도, 부적절 한 영양 공급, 등)의 결과로 수시로...

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Enrichment and Characterization of the Tumor Immune and Non-immune Microenvironments in Established Subcutaneous Murine Tumors

여기 우리가 설립된 피하 종양에서 종양 면역 및 비 면역 microenvironment의 구성 요소를 풍부 하 게 분리 하는 방법을 설명 합니다. 이 기술은 종양 면역 침투 및 비 면역 종양 분수는 종양 면역 microenvironment의 포괄적인 특성화를 허용할 수 있는 별도 분석에 대 한 수 있습니다.

농축 및 설립된 피하 Murine 종양에서 종양 면역 및 비 면역 Microenvironments의 특성

The tumor immune microenvironment (TIME) has recently been recognized as a critical mediator of treatment response in solid tumors, especially for ...

The overall goal of this technique is to provide a method for simultaneous profiling of both the immune and cancer cell fractions contributing to the immune microenvironment of solid tumors. This method can help answer key questions in the immune oncology fields, such as what immune and non-immune serial changes occur within the tumor following a given treatment. The main advantage of this technique is that it facilitates the effective enrichment of tumor immune and non-immune components, allowing a thorough profiling of the tumor immunologic state.The overall goal of this method is to efficiently profile the tumor immune microenvironment and identify treatment induced changes. After spraying the mouse with 70%ethanol to prevent hair contamination, surgically remove the subcutaneous tumors, taking care that the tumors are free of any contaminating tissue. Then, place each tumor in 1.8 milliliters of base RPMI 1640 medium without fetal bovine serum in individual wells of a 24-well plate on ice.When all of the tumors have been collected, use scissors to cut the samples into less than one cubic millimeter pieces and add 200 microliters of freshly prepared 10X dissociation cocktail containing collagenase-1, collagenase-4, and DNase one to each well. After one hour at 37 degrees Celsius, in an orbital plate shaker at 60 to 100 RPM, neutralize the reaction with one milliliter of RPMI 1640 medium supplemented with 5%FBS and two millimolar EDTA, and use a modified one milliliter pipette tip to transfer each tumor slurry sample into individual 50 milliliter conical tubes topped with individual 40 micrometer strainers. Using a 10 milliliter syringe plunger, mechanically disaggregate the tumor pieces through the strainers, periodically rinsing each strainer with two milliliters of RPMI 1640 medium plus 5%FBS until the strainers are clear of tumor.When all of the tumors have been dissociated, add medium to each tube as necessary to bring all of the samples up to the same volume and pellet the cells by centrifugation. Then, use a five milliliter serological pipette to resuspend the pellets in two milliliters of FBS supplemented medium per tube. To separate the immune and tumor cell fractions, add three milliliters of density gradient medium to the bottom of one 15 milliliter conical tube per sample and slowly layer two milliliters of tumor cell suspension down the side of each tube onto each gradient.Take care to ensure that the tumor cell suspensions are mixed well before layering, that the cell suspensions are slowly pipette down the side of the tubes, and that the tubes are handled carefully to prevent mixing of the layers. Separate the cells by density gradient centrifugation and carefully collect the top medium and tumor infiltrating leukocyte layers into one new 15 milliliter tube per sample. Discard the remaining density gradient media and resuspend the tumor pellets in two milliliters of medium plus FBS per tube.Then, centrifuge all of the samples and resuspend the tumor infiltrating leukocytes in 200 microliters and the tumor cells in two milliliters of medium plus FBS per tube on ice. To plate the cells, label one 96-well U-bottom plate for each immune staining panel plus an additional plate for cell counts and aliquot the single cell suspensions into each of the staining panel plates and the calc plate. Wash the cells two times with 200 microliters of Dulbecco's PBS per sample and block the cells with 50 microliters of FC block per well for 20 minutes at four degrees Celsius.At the end of the blocking incubation, add 50 microliters of 2X concentrated extracellular targeting antibody and fixable viability stain mixture to each well for a 30 minute incubation in the dark. At the end of the staining incubation, wash the samples two times with FACS buffer and resuspend the pellets in 200 microliters of fixation and permeabilization solution overnight at four degrees Celsius, protected from light. The next day, collect the cells by centrifugation, followed by a wash with 200 microliters of permeabilization buffer per well.Label the cells with 100 microliters of intracellular antibody staining panel in permeabilization buffer for a 30 minute incubation in the dark, followed by another permeabilization buffer wash. Then, wash the cells again with FACS buffer and resuspend the samples in 300 microliters of fresh FACS buffer for their analysis by flow cytometry. Tumor digestion, as demonstrated, with or without density gradient medium enrichment, results in an approximately 70 to 90%viable whole tumor cell population as assessed by flow cytometry.Density gradient medium enrichment promotes a greater than two-fold increase in the CD45 positive tumor infiltrating leukocyte fraction, compared to non-enriched tumor digestions, as well as numerous immune cell subsets commonly observed in immune microenvironment studies. The CD45 negative tumor cell fraction can also be profiled for numerous tumor features, such as overall tumor viability or apoptosis, proliferation capacity, and the expression of various immunosuppressive markers. To determine how myeloid and lymphocyte immunologic subsets vary throughout a single solid tumor, the tumor can be divided into four equal parts in such a way that each section contains approximately equal intratumoral regions, as well as equal dermal and peritoneal facing portions.Each piece can then be digested separately and analyzed, as demonstrated, for the presence of various immune cell populations. Once mastered, this technique can be completed in four to 8 hours depending on how many samples you have. While attempting this procedure, it's important to work quickly but efficiently to preserve cell viability.Visual demonstration of this method is critical, as the dissociation and separation steps involve techniques that are difficult to learn by written text alone. Following this procedure, flow cytometry can be performed to answer additional questions about how cellular populations change within a tumor, both in terms of abundance and phenotype. After watching this video, you should have a good understanding of how to separate and analyze both the immune and non-immune components of an established subcutaneous murine tumor using the demonstrated digestion and density gradient separation techniques.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

그만큼<em&gt; 초파리</em&gt; 가상적인 디스크 종양 모델 : 유전 모자이크를 사용하여 유전자 발현 및 종양 침윤의 시각화 및 정량화

Drosophila melanogaster has emerged as a powerful experimental system for functional and mechanistic studies of tumor development and progression in the ...

연구

암 연구학

A Murine Orthotopic Bladder Tumor Model and Tumor Detection System

쥐 동소 이식 방광 종양 모델 및 종양 탐지 시스템

This protocol describes the generation of bladder tumors in female C57BL/6J mice using the murine bladder cancer cell line MB49, which has been modified ...

Transplantation of Zebrafish Pediatric Brain Tumors into Immune-competent Hosts for Long-term Study of Tumor Cell Behavior and Drug Response

종양 세포의 행동과 약물 반응에 대한 장기 연구를 위해 면역 능력이있는 숙주 내로 Zebrafish Pediatric Brain 종양을 이식

Tumor cell transplantation is an important technique to define the mechanisms controlling cancer cell growth, migration, and host response, as well as to ...

Target Cell Pre-enrichment and Whole Genome Amplification for Single Cell Downstream Characterization

단일 셀 다운스트림 특성화에 대 한 대상 셀 사전 농축 및 전체 게놈 증폭

Rare target cells can be isolated from a high background of non-target cells using antibodies specific for surface proteins of target cells. A recently ...

Murine Model of Metastatic Liver Tumors in the Setting of Ischemia Reperfusion Injury

허혈 재관류 손상의 설정에서 전이성 간 종양의 뮤린 모델

Liver ischemia and reperfusion (I/R) injury, a common clinical challenge, remains an inevitable pathophysiological process that has been shown to induce ...

Establishment and Characterization of Small Bowel Neuroendocrine Tumor Spheroids

작은 창자 신경 내분비 종양 스페로이드의 설치 그리고 특성화

Small bowel neuroendocrine tumors (SBNETs) are rare cancers originating from enterochromaffin cells of the gut. Research in this field has been limited ...

Generation of Orthotopic Pancreatic Tumors and Ex vivo Characterization of Tumor-Infiltrating T Cell Cytotoxicity

Generation of Orthotopic Pancreatic Tumors and Ex vivo Characterization of Tumor-Infiltrating T Cell Cytotoxicity

종양 침투 T 세포 독성의 정형 외 췌장 종양 및 Ex 생체 특성의 생성

In vivo models of pancreatic cancer provide invaluable tools for studying disease dynamics, immune infiltration and new therapeutic strategies. The ...

Modeling Primary Bone Tumors and Bone Metastasis with Solid Tumor Graft Implantation into Bone

원발성 뼈 종양 및 뼈에 이식된 고형 종양을 통한 뼈 전이 모델링

Primary bone tumors or bone metastasis from solid tumors result in painful osteolytic, osteoblastic, or mixed osteolytic/osteoblastic lesions. These ...

Nuclei Isolation from Fresh Frozen Brain Tumors for Single-Nucleus RNA-seq and ATAC-seq

단일 핵 RNA-seq 및 ATAC-seq를 위한 신선한 냉동 뇌 종양에서 핵 절연

Adult diffuse gliomas exhibit inter- and intra-tumor heterogeneity. Until recently, the majority of large-scale molecular profiling efforts have focused ...

Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues

낮은 종양 함량 조직에서 종양 농축을 위한 자동화된 해부 프로토콜

Tumor enrichment in low tumor content tissues, those below 20% tumor content depending on the method, is required to generate quality data reproducibly ...