Name: single molecule fluorescence in situ hybridization (smfish) analysis in budding yeast vegetative growth and meiosis
Uploaded: 2018-05-25T15:00:00
Duration: 9 min 28 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization smFISH Analysis in Budding Yeast Vegetative Growth and Meiosis at JoVE.com

אנו מודים אן דודסון, סטפני היינריך עצה כיצד למטב את פרוטוקול smFISH, אקסבייר Darzacq בשביל לעזור עם פלטפורמת ניתוח, Haiyan הואנג לקבלת הצעות על ניתוח סטטיסטי. עבודה זו נתמכה על ידי קרנות של המשפחה (5-FY15-99), הספסל צדקה סומך (00027344), קרן מחקר הסרטן של דיימון ראניון (35-15) וקרן גלן EÜ, של ה-NSF בוגר מחקר מלגת מענק מס DGE-1106400 לשם פורשים.

הערה: כל המאגרים ואמצעי התקשורת בשימוש פרוטוקול זה מפורטים בטבלה1. פרטי הספק של ריאגנטים רשום את הטבלה של חומרים.
יום 1/יום 1-2:
הערה: עבור תרבות וגטטיבי, לגדול תאים יתר600 של 0.4-0.6 במדיום המועדפת. תרבות meiotic, לגרום לתאים עוברים מיוזה בשיטה המועדפת (בדרך כלל culturing ב יתר600 של 1.85).
1. לטעום קיבוע ועיכול
<ol><li>לתקן את סך של ~3.5 OD600 של תאים ב- 3% פורמלדהיד.<ol>
<li>לתרבות וגטטיבי, להוסיף 5.52 מ"ל של תרבות µL 480 של 37% פורמלדהיד צינורות חרוט 15-mL.</li>
		<li>תרבות meiotic, להוסיף 1840 µL התרבות µL 160 פורמלין 37% 2-mL microcentrifuge צינורות. היפוך ~ 5 פעמים כדי לערבב. התראה: פורמלדהיד הוא רעיל. לטפל ולחסל לפי תקנות מוסדיים.</li>
	</ol>
</li>
	<li>במקום צינורות על תוף רולר בטמפרטורת החדר למשך 20 דקות. עבור דגימות meiotic, לאחר תיקון בטמפרטורת החדר במשך 20 דקות, להמשיך לתקן בן לילה הלעפה תרוטרפמט 4, סיבוב. הערה: הקיבעון לילה מגבירה את הפארמצבטית ואיכות הנתונים smFISH השיג עבור דגימות meiotic. צריך להיות מותאם זמן קיבעון.</li>
	<li>בעוד הדגימות מטפלים, להפשיר 200 מ"מ Vanadyl Ribonucleoside תסביכים (VRC)-65 הלעפה תרוטרפמט לפחות 10 דקות.</li>
	<li>להכין מיקס מאסטר עיכול בשפופרת 15-מ ל: עבור מדגם 1, מערבבים µL 425 מ B מאגר עם 40 µL של 200 מ מ VRC (התחמם עד 65 הלעפה תרוטרפמט); לקבלת דוגמאות 5, מערבבים 2125 µL של B מאגר עם µL 200 מ מ 200 VRC (התחמם עד 65 הלעפה תרוטרפמט). מערבולת ~ 5 s כדי באופן מלא resuspend את VRC לפני הוספת לתערובת הראשית, אשר תופיע ירוק חום בהיר לאחר VRC תוספת. הערה: תוספת של VRC במהלך עיכול משפר מרקם של תוצאות smFISH, פוטנציאל על ידי עיכוב את הזיהום נוקלאז שהציג את התערובת zymolyase, אשר מטוהר מכל תמצית גולמי. צריך להיות מותאם כמות VRC נדרש בשלב זה.</li>
	<li>לקבלת דוגמאות וגטטיבי, centrifuge הצינורות ב g x ~ 1057 למשך 3 דקות. לקבלת דוגמאות meiotic (לאחר קיבוע לילה), צנטריפוגה-21,000 g x עבור 1.5 מינימלית Decant או תשאף את תגובת שיקוע פורמלדהיד לטמיון. הערה: כל השלבים צנטריפוגה מבוצעות בטמפרטורת החדר.</li>
	<li>Resuspend התאים ב- 1.5 מ ל B מאגר קר על-ידי pipetting למעלה ולמטה או היפוך הצינורות, כקבוצה – עלים לערבב. העברת דגימות צמח צינורות 2-mL לאחר resuspension.</li>
	<li>צנטריפוגה ב 21,000 x g עבור 1.5 מינימלית להסיר את עיקר הנוזל על ידי השאיפה ואקום או pipetting, משאיר מאחור ~ 100 µL.</li>
	<li>Resuspend התאים 1.5 מ ב מאגר קר</li>
	<li>צנטריפוגה ב 21,000 x g עבור 1.5 מינימלית להסיר את עיקר הנוזל על ידי השאיפה ואקום או pipetting, משאיר מאחור ~ 100 µL.</li>
	<li>Resuspend התאים ב- 1.5 מיליליטר קר מאגר ב צנטריפוגה ב 21,000 x g עבור 1.5 מינימלית וביופסיה הנוזל לחלוטין על ידי ואקום או pipetting.</li>
	<li>Resuspend תאים µL 425 מיקס מאסטר עיכול, בקצרה מערבולת כדי resuspend. להוסיף 5 µL של zymolyase 10 מ"ג/מ"ל 100T כל שפופרת. הערה: מערבולת zymolyase בכל פעם לפני הוספת הצינורות. להוסיף zymolyase כל שפופרת בנפרד, במקום להוסיף לתערובת הראשית. שני צעדים לעזור לשמור על מערכת העיכול עקביות בין צינורות כי zymolyase ארגונייט שוקע במהירות.</li>
	<li>מערבולת 2-3 s לערבב. מקם את הצינורות על תוף רולר ולאחר לעכל-30 הלעפה תרוטרפמט למשך 15-30 דקות. תאי צמח, meiotic בשלבים המוקדמים, זה בדרך כלל לוקח ~ 15 דקות, meiotic prophase, meiotic חטיבות, זה בדרך כלל לוקח ~ 30 דקות. הערה: לבדוק במיקרוסקופ כל 5 דקות אחרי 15 דקות, ולהפסיק את העיכול כאשר ~ 80% של תאים מופיעות שאינם שקופים-השבירה. מנקודה זו ואילך, התאים הם מאוד שבירים. להתמודד עם תאים בעדינות וכדי להימנע משימוש השאיפה ואקום או vortexing.
</li>
	<li>Centrifuge הצינורות ב g x ~ 376 במשך 3 דקות להסיר את הנוזל לחלוטין על-ידי pipetting.</li>
	<li>בעדינות resuspend תאים עם 1 מ"ל של מאגר B על ידי pipetting 1 - 2 פעמים למעלה ולמטה כדי לערבב.</li>
	<li>Centrifuge הצינורות ב g ~ 376 x עבור 3 מינימלית נוזל B מאגר להסיר על-ידי pipetting. Resuspend בעדינות תאים 1 מ"ל אתנול 70% (מדולל עם מים ללא RNase).</li>
	<li>דגירה בטמפרטורת החדר במשך 3.5-4 שעות.</li>
</ol>2. הכלאה
<ol><li>להביא formamide בטמפרטורת החדר (עבור aliquot 50-mL, זה לוקח ~ 30 דקות באמבט מים). הערה: אל תפתח את הבקבוק formamide עד הבקבוק מגיע לטמפרטורת החדר כדי למנוע חמצון של formamide. התראה: Formamide הוא רעיל. לטפל ולחסל לפי תקנות מוסדיים.</li>
	<li>הכינו 10% formamide שטיפת מאגר צינור חרוטי 15-mL.</li>
	<li>Centrifuge הצינורות ב g x ~ 376 במשך 3 דקות 500 להסיר µL של 70% אתנול על-ידי pipetting. בעדינות pipet למעלה ולמטה כדי resuspend התאים הנותרים ולאחר מכן להעביר את התאים נמוך-אדהזיה צינורות. הערה: באמצעות צינורות אדהזיה נמוך מאוד מפחית איבוד תאים במהלך שוטף עוקבות.</li>
	<li>Centrifuge צינורות שוב ב g ~ 376 x עבור 3 מינימלית הסר כל האתנול על-ידי pipetting.</li>
	<li>להוסיף 1 מ"ל של 10% formamide שטיפת מאגר, ובעדינות pipet למעלה ולמטה 2 - 3 פעמים כדי resuspend את התאים.</li>
	<li>לאפשר את התאים לשבת בטמפרטורת החדר למשך ~ 20 דקות בעת הכנת הפתרון הכלאה. עבור מדגם 1, מערבבים 50 µL הכלאה מאגר (חדר הזמנית), 5 µL של 200 מ מ VRC (התחמם עד 65 הלעפה תרוטרפמט) ו- µL 1 של כל בדיקה (200 ננומטר הסופי). לקבלת דוגמאות 5, מערבבים 250 µL הכלאה מאגר (חדר הזמנית), µL 25 מ מ 200 VRC (התחמם עד 65 הלעפה תרוטרפמט) ו- 5 µL של כל בדיקה (200 ננומטר הסופי).<ol>
<li>הפשרת הכלאה מאגר (קפוא ב-20 הלעפה תרוטרפמט) לטמפרטורת החדר לפני פתיחת צינור כדי למנוע חמצון formamide.</li>
		<li>לאחר הוספת את 200 מ"מ VRC, מערבולת עבור 5-10 s לפני הוספת את הגששים, אשר תוכנן, שנרכשו באופן מסחרי, מחדש בהתאם להוראות היצרן.</li>
		<li>אם שני רגשים שיתוף incubated, להוסיף 1 µL של ה-1:10 לדילול המניות בדיקה #1, כמו גם µL 1 של ה-1:10 דילול של המניה בדיקה #2, כדי לגרום לדילול הסופית ~ שבערך עבור בדיקה או. הריכוז הדרוש עבור יחס אות לרעש בצורה הטובה ביותר צריך להיות מותאם (ראה דיון לפרטים).</li>
	</ol>
</li>
	<li>Centrifuge הדגימות-g x ~ 376 עבור 3 מינימלית הסר את תגובת שיקוע לתוך. פסולת מסוכנת על-ידי pipetting.</li>
	<li>הוסף לפחות 50 µL של הכלאה פתרון כל שפופרת. קפיצי הצינורות לערבב.</li>
	<li>תקופת דגירה-30 הלעפה תרוטרפמט על תוף רולר לפחות 16 שעות בחושך.</li>
</ol>יום 2/יום 3
3. שטיפת והדמיה
<ol><li>להביא formamide בטמפרטורת החדר.</li>
	<li>הכינו 10% formamide שטיפת מאגר (FWB) צינור חרוטי 15-mL.</li>
	<li>להסיר את הצינורות רולר התוף ולמקם אותם לתוך תיבת מכוסה בנייר כסף כדי להגן מפני אור.</li>
	<li>Centrifuge הדגימות-g x ~ 376 עבור 3 מינימלית הסר את תגובת שיקוע לתוך. פסולת מסוכנת על-ידי pipetting.</li>
	<li>Resuspend ב 1 מ"ל של 10% FWB מאת בעדינות pipetting למעלה ולמטה 2 - 3 פעמים.</li>
	<li>דגירה-30 הלעפה תרוטרפמט במשך 30 דקות (לא סיבוב) בתיבת מכוסה בנייר כסף.</li>
	<li>Centrifuge את הדגימות ב g x ~ 376 במשך 3 דקות להסיר את תגובת שיקוע על פסולת מסוכנת על-ידי pipetting, µL ~ 50 תעזוב.</li>
	<li>. בינתיים, מכינים דאפי/FWB צינור חרוטי 15-מ ל: עבור מדגם 1, מערבבים 1000 µL 10% formamide שטיפת מאגר עם µL 1 של 5 מ"ג/מ"ל דאפי. לקבלת דוגמאות 10, מערבבים 10 מ ל 10% formamide שטיפת מאגר עם 10 µL של 5 מ"ג/מ"ל דאפי. Resuspend ב 1 מ"ל של דאפי/FWB מאת בעדינות pipetting למעלה ולמטה 2 - 3 פעמים.</li>
	<li>דגירה-30 הלעפה תרוטרפמט במשך 30 דקות (לא סיבוב) בתיבת מכוסה בנייר כסף.</li>
	<li>הפשרת אקונומיקה נגד ריאגנטים על קרח.</li>
	<li>Centrifuge הדגימות-g x ~ 376 עבור 3 מינימלית הסר את תגובת שיקוע לחלוטין על-ידי pipetting. אם יש צורך, צנטריפוגה שוב כדי להסיר כל תגובת שיקוע.</li>
	<li>לקבלת דוגמאות זה לא תמונה מיד, resuspend בגדר ב- 50 µL של מאגר GLOX ללא אנזימים. Pipet למעלה ולמטה 3 - 4 פעמים כדי לערבב.<ol>
<li>לשמור כל הדגימות unimaged בתיבת מכוסה בנייר כסף-הלעפה תרוטרפמט 4 עד מוכן לתמונה. כאשר מוכנים תמונה, centrifuge את הדגימות ב g x ~ 376 למשך 2 דקות, להסיר את תגובת שיקוע לחלוטין על-ידי pipetting. Resuspend ב GLOX עם אנזימים כמפורט להלן.</li>
	</ol>
</li>
	<li>לקבלת דוגמאות להיות עם תמונה באופן מיידי, להוסיף 15-20 µL GLOX מאגר עם אנזימים. בעדינות pipet למעלה ולמטה כדי לערבב. הערה: אמצעי האחסון הוסיף יכול להשתנות בהתאם לגודל בגדר התא. אנו ממליצים resuspending בגדר ב µL 15 GLOX מאגר עם אנזימים, לבדוק את צפיפות התאים במיקרוסקופ. אם תאים צפופים מדי (תאים clumping אחד מעל השני), להוסיף מאגר נוסף GLOX עם אנזימים. אם תאים דליל מדי, centrifuge את הדגימה ולהסיר ~ 5 µL של המאגר.</li>
	<li>Pipet 5 µL אל coverslip (18 מ מ x 18 מ מ, מס ' 1), ולשים coverslip בשקופית.</li>
	<li>לשים מחיקה מעבדה על גבי השקופית איפה מניחים את coverslip. לחץ בעדינות על המחיקה מעבדה כדי להגדיר שקופיות (צריך לראות נוזלי יורד מכל ארבעה קצוות coverslip).</li>
	<li>להעביר את השקופית לחדר מיקרוסקופ בתוך קופסה מכוסה על ידי רדיד אלומיניום.</li>
	<li>תמונה באמצעות מיקרוסקופ שדה רחב זריחה עם הגדלה גבוהה (60-100 X) מפתח נומרי גבוהה. הערה: כדי לאסוף את המספר המקסימלי של הפוטונים הנפלטים על ידי הגששים smFISH, מיקרוסקופ קונפוקלי אינם מומלצים, כפי שהם להגביל באופן משמעותי את כמות האור להיות שנאספו. כאן, נאספו הנתונים על מיקרוסקופ מצויד 100 X, המטרה נה 1.4, באמצעות מסננים CY5 (EX632/22, EM679/34) עם תמונה-1.3 s, 100% T; TRITC (EX542/27, EM597/45), 1.3 s, 100% T; ודאפי (EX390/18, EM435/48), 0.05-0.1 s, ט 32-50% כדאי גם לרכוש תמונת ייחוס בהיר-שדה. לרכוש 15-25 פרוסות עם גודל צעד של 0.1-0.2 µm, מ לחלוטין מתחת המוקד של שדה הראייה כדי לחלוטין לעיל, על מנת להבטיח כי כל המקומות RNA התפקדו.</li>
</ol>4. תמונות ניתוח
<ol><li>לנתח את הנתונים smFISH עם כלי ניתוח smFISH שפורסמו כגון דגים-חשבים17 ו- StarSearch2, או עם תוכניות בהזמנה אישית, בהתאם לדרישות המדויקות של הניסוי. הערה: צינור ניתוח טוב צריך לאפשר למשתמשים לקבוע סף כדי להפריד בין המקומות RNA נכון מהרקע, פלט נתונים סטטיסטיים כגון הקואורדינטות X, Y ו- Z (אופציונלי), את העוצמה של כל מקום, מספר המקומות בכל תא , והתאמת ואולי פרמטרים כדרך לסנן גילויים שווא.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Femino, A. M., Fay, F. S., Fogarty, K., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+of+single+RNA+transcripts+in+situ.">Visualization of single RNA transcripts in situ.</a> Science. 280 (5363), 585-590 (1998).</li><li>Raj, A., van den Bogaard, P., Rifkin, S. A., van Oudenaarden, A., Tyagi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+individual+mRNA+molecules+using+multiple+singly+labeled+probes.">Imaging individual mRNA molecules using multiple singly labeled probes.</a> Nat Methods. 5 (10), 877-879 (2008).</li><li>Rahman, S., Zenklusen, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+resolution+fluorescent+in+situ+hybridization+(smFISH)+in+the+yeast+S.+cerevisiae.">Single-molecule resolution fluorescent in situ hybridization (smFISH) in the yeast S. cerevisiae.</a> Methods Mol Biol. 1042, 33-46 (2013).</li><li>Gaspar, I., Ephrussi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strength+in+numbers:+quantitative+single-molecule+RNA+detection+assays.">Strength in numbers: quantitative single-molecule RNA detection assays.</a> Wiley Interdiscip Rev Dev Biol. 4 (2), 135-150 (2015).</li><li>Vargas, D. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+imaging+of+transcriptionally+coupled+and+uncoupled+splicing.">Single-molecule imaging of transcriptionally coupled and uncoupled splicing.</a> Cell. 147 (5), 1054-1065 (2011).</li><li>Waks, Z., Klein, A. M., Silver, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell-to-cell+variability+of+alternative+RNA+splicing.">Cell-to-cell variability of alternative RNA splicing.</a> Mol Syst Biol. 7, 506 (2011).</li><li>Zenklusen, D., Larson, D. R., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-RNA+counting+reveals+alternative+modes+of+gene+expression+in+yeast.">Single-RNA counting reveals alternative modes of gene expression in yeast.</a> Nat Struct Mol Biol. 15 (12), 1263-1271 (2008).</li><li>Raj, A., Peskin, C. S., Tranchina, D., Vargas, D. Y., Tyagi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+mRNA+synthesis+in+mammalian+cells.">Stochastic mRNA synthesis in mammalian cells.</a> PLoS Biol. 4 (10), e309 (2006).</li><li>Senecal, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcription+factors+modulate+c-Fos+transcriptional+bursts.">Transcription factors modulate c-Fos transcriptional bursts.</a> Cell Rep. 8 (1), 75-83 (2014).</li><li>Levesque, M. J., Ginart, P., Wei, Y., Raj, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+SNVs+to+quantify+allele-specific+expression+in+single+cells.">Visualizing SNVs to quantify allele-specific expression in single cells.</a> Nat Methods. 10 (9), 865-867 (2013).</li><li>Hansen, C. H., van Oudenaarden, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allele-specific+detection+of+single+mRNA+molecules+in+situ.">Allele-specific detection of single mRNA molecules in situ.</a> Nat Methods. 10 (9), 869-871 (2013).</li><li>Ginart, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+allele-specific+expression+in+single+cells+reveals+epigenetic+mosaicism+in+an+H19+loss-of-imprinting+mutant.">Visualizing allele-specific expression in single cells reveals epigenetic mosaicism in an H19 loss-of-imprinting mutant.</a> Genes Dev. 30 (5), 567-578 (2016).</li><li>Long, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mating+type+switching+in+yeast+controlled+by+asymmetric+localization+of+ASH1+mRNA.">Mating type switching in yeast controlled by asymmetric localization of ASH1 mRNA.</a> Science. 277 (5324), 383-387 (1997).</li><li>Park, H. Y., Trcek, T., Wells, A. L., Chao, J. A., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+unbiased+analysis+method+to+quantify+mRNA+localization+reveals+its+correlation+with+cell+motility.">An unbiased analysis method to quantify mRNA localization reveals its correlation with cell motility.</a> Cell Rep. 1 (2), 179-184 (2012).</li><li>Jourdren, L., Delaveau, T., Marquenet, E., Jacq, C., Garcia, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CORSEN,+a+new+software+dedicated+to+microscope-based+3D+distance+measurements:+mRNA-mitochondria+distance,+from+single-cell+to+population+analyses.">CORSEN, a new software dedicated to microscope-based 3D distance measurements: mRNA-mitochondria distance, from single-cell to population analyses.</a> RNA. 16 (7), 1301-1307 (2010).</li><li>Chen, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kinetochore+inactivation+by+expression+of+a+repressive+mRNA.">Kinetochore inactivation by expression of a repressive mRNA.</a> eLife. 6, e27417 (2017).</li><li>Mueller, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FISH-quant:+automatic+counting+of+transcripts+in+3D+FISH+images.">FISH-quant: automatic counting of transcripts in 3D FISH images.</a> Nat Methods. 10 (4), 277-278 (2013).</li><li>Brar, G. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+view+of+the+yeast+meiotic+program+revealed+by+ribosome+profiling.">High-resolution view of the yeast meiotic program revealed by ribosome profiling.</a> Science. 335 (6068), 552-557 (2012).</li><li>Carlile, T. M., Amon, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Meiosis+I+is+established+through+division-specific+translational+control+of+a+cyclin.">Meiosis I is established through division-specific translational control of a cyclin.</a> Cell. 133 (2), 280-291 (2008).</li><li>Benjamin, K. R., Zhang, C., Shokat, K. M., Herskowitz, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+landmark+events+in+meiosis+by+the+CDK+Cdc28+and+the+meiosis-specific+kinase+Ime2.">Control of landmark events in meiosis by the CDK Cdc28 and the meiosis-specific kinase Ime2.</a> Genes Dev. 17 (12), 1524-1539 (2003).</li><li>Dodson, A. E., Rine, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heritable+capture+of+heterochromatin+dynamics+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Heritable capture of heterochromatin dynamics in Saccharomyces cerevisiae.</a> eLife. 4, e05007 (2015).</li><li>Trcek, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-mRNA+counting+using+fluorescent+in+situ+hybridization+in+budding+yeast.">Single-mRNA counting using fluorescent in situ hybridization in budding yeast.</a> Nat Protoc. 7 (2), 408-419 (2012).</li><li>Youk, H., Raj, A., van Oudenaarden, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+single+mRNA+molecules+in+yeast.">Imaging single mRNA molecules in yeast.</a> Methods Enzymol. 470, 429-446 (2010).</li></ol>

המחברים יש אין ניגוד אינטרסים לחשוף.

פרוטוקול המובאת כאן נגזרת אחרים שפורסמו smFISH פרוטוקולים2,3,21,22,23, במיוחד ממוטב עבור רקע המתח שמרים SK1. הפרמטרים ממוטב כללו את מספר הטלפון הנייד, קיבוע משך, מהירות צנטריפוגה, משך, משך העיכול, מאגר עיכול, בדיקה לריכוז מאגר הכלאה. לא עברו אופטימציה פרמטרים אחרים כגון הכלאה טמפרטורה ומשך. בחלק זה, אנו חולקים כמה הערות שיעזרו לך להתאים את פרוטוקול זה איזשהו רקע המתח שמרים, את תנאי הגידול של עניין.
דופן התא של ניצני שמרים היא אחד האתגרים הגדולים נגד קבלת תמונות באיכות גבוהה smFISH ניצני שמרים כי קיר התא מונעת חדירה בדיקה. העיכול לא שלם של דופן התא על-ידי zymolyase מוביל הכלאה לא יעיל של המחקרים וכל השתנות גבוהה-לתא אות. אולם, עיכול יתר יכול להפוך את התאים שברירית מדי, המוביל משמעותית תא הפסד במהלך השלבים כביסה ותא מתפוצץ במהלך הכנת שקופית עבור הדמיה. לפיכך, אופטימיזציה של משך הזמן של מערכת העיכול היא קריטית. אנו ממליצים על ביצוע ניסוי smFISH טייס על ידי באותה דגימת זרע עבור כמויות שונות של זמן. במקרה שלנו, השגנו את הנתונים smFISH הטוב ביותר אם עצרנו העיכול כאשר ~ 80% של תאים הפך ללא-השבירה. בדרך כלל, עבור הצמיחה באותו המצב, זנים מוטציה גנטית יכול להיות מתעכל בתזמון דומה. עם זאת, משך הזמן של מערכת העיכול שונה בהשוואה בין תנאי גידול שונים, בשלבים שונים של מיוזה בניצני שמרים. ברגע התזמון נקבע, האיכות של smFISH הוא לשחזור. הערה כי עבור זנים מוטציה עם סינתזת דופן התא פגום ו/או הרכב, מערכת העיכול ועלול להסתיים בתוך פחות מ 15 דקות השימוש של קבוצות שונות של zymolyase עשויים גם מעט לשנות את התזמון לעיכול.
ריכוז אופטימלי בדיקה יש צורך להשיג יחס אות לרעש גבוה. אנחנו תוכנן ורכש מסחרית הגששים smFISH שלנו. הגששים טוב (לעיתים קרובות 20-מרס) צריך להיות אחוז של GC הנע בין 35% ל-45%, מרווח מינימלי של 2 זוגות בסיס בין הגששים, אשיג נמוכה. השתמשנו מעצב מבוסס-אינטרנט בדיקה מהיצרן כדי ליצור רשימה של הגששים, אם היו מספיק הגששים לבחירה, נשתמש האלגוריתם הפיצוץ במסד הנתונים של הגנום Saccharomyces לחסל את הגששים עם יותר מ 17 בסיסי זוגות חפפו עם אזורים אחרים גנומית. בחרנו את יותר photostable הפלורסנט (CAL עבור חיל הים 590) עבור ערכת בדיקה anneals לאזור ייחודי של NDC80luti (CF 590) כי בקבוצה זו, המספר של הגששים זה מרוצה כל הקריטריונים לעיל (20 הגששים) היה נמוך יותר מאשר המספר המינימלי המומלץ על ידי היצרן (~ 25 הגששים). לאחר לשחזר את הפתרון בדיקה בעקבות הוראות היצרן, עשינו 1:10 דילול של הפתרון מניות ומאוחסנת הפתרון מדולל 5-µL aliquots ב-20 הלעפה תרוטרפמט. כל aliquot היה בשימוש פעם אחת בלבד. עבור אופטימיזציה, לעשות סידורי דילולים מ ה-1:10 מדולל פתרון ובדיקה הריכוז אשר מניב את יחס אות לרעש הטוב ביותר. אנו ממליצים על ביצוע סדרת דילול 1:250, שבערך, 1:1000, 1:2000 מן המלאי המקורי. במקרה שלנו, גורם לדילול שבערך הביא יחס אות לרעש הטוב ביותר, עבור ערכות בדיקה CF 590 והן Q 670.
הזמן האופטימלי קיבוע חיוני גם עבור smFISH מוצלחת בניצני שמרים. אנחנו נמצא באותו קיבעון לילה-הלעפה תרוטרפמט 4, במקום תיקון בטמפרטורת החדר במשך 20 דקות, לשפר באופן משמעותי את אחידות ואיכות התוצאות smFISH עבור דגימות meiotic. למרות שלא בדקנו איך לילה קיבוע העלולים להשפיע דגימות צמח, קיבוע בטמפרטורת החדר פעלה היטב את מצב גידול זה. לפיכך, כדי למטב את פרוטוקול smFISH עבור זנים חדשים או תנאי הגידול, מומלץ החל זמן קצר קיבוע בטמפרטורת החדר והגברת הזמן קיבוע אם השתנות גבוהה של האות הוא נתקל.
לעומת אחרים שפורסמו פרוטוקולים3,22,23, פרוטוקול שלנו משתמש החומר המדכא RNase VRC במהלך לעיכול, ריכוז גבוה יותר של VRC במהלך הכלאה. תוספת של VRC בשני שלבים אלה לשפר את העקביות של תוצאות smFISH, אולי על ידי יותר שמירה על מולקולות RNA נגד נוקלאז פעילות, אשר עשוי להיות מוצג על ידי שילוב zymolyase (האנזים מטוהר מכל תמציות גולמי, עשויים להכיל RNase מזהמים). לפיכך, אנו ממליצים להשתמש כמות VRC כפי שמפורט ב פרוטוקול או אפילו גבוה יותר ריכוזי VRC למיטוב שלנו.
חלק ניכר של התאים ייתכן שיאבדו במהלך השלבים כביסה B מאגר והן המאגר לשטוף formamide. כדי לצמצם את איבוד תאים, אחד יכול להגביר את מהירות צנטריפוגה. במקרה שלנו, באמצעות במהירות גבוהה (21,000 x g) הצניפה הדגימות שלנו במהלך B מאגר שוטף איבוד תאים מופחתת באופן משמעותי. עם זאת, תאים להפוך שברירי לאחר עיכול zymolyase, אז מהירות צנטריפוגה שינוי אינו מומלץ. במקום זאת, אנו מציעים שימוש השפופרות נמוך-הידבקות של מדעי בארה ב, אשר במידה רבה לעזור הצניפה התאים במהלך שוטף במאגר לשטוף formamide. בסך הכל, פרוטוקול שלנו בעקביות ליצור של טפט של תאים צפוף מספיק עבור הדמיה יעיל. בדרך כלל, 7 שדות ראייה אמור להניב > מתאים כימות 130 תאים.
לבסוף, חשוב לקבוע פרמטרים אופטימליים עבור ואת התוצרים לצורך, על סמך ניתוח תמונות. כדי לזהות כתמים smFISH, תוכניות שפורסמו ניתוח נפוץ לסנן את תמונות raw באמצעות גאוסיאנית הקרנל כדי להסיר רקע אות ובקש למשתמשים לקבוע את יחס אות לרעש לשימוש עבור כל קבוצה של תמונות2,17. למרבה הצער, אין כיום סטנדרט יחיד שבו נקבעים הפרמטרים הנכון, אז כמה בדיקות אמפירי של הגדרות שונות אלה יש צורך. כדי להגדיר את הפרמטרים הדרושים עבור כל אחד מהצעדים הללו, אחד צריך iteratively קלט סטים שונים של פרמטרים לבדוק עד כמה התוצאות המתקבלות מכל ערכה תואם את זה של ספירה ידנית בתאים נציג כמה. ברגע אחד קבוצת הפרמטרים נמצא, זה יכול לשמש עבור רוב הדימויים שהושג למרות תנאי גידול שונים ורקעים גנטי.
בנוסף, אחד יכול לבדוק אם הקרנה בעוצמה מקסימלית של תמונות smFISH יכולה להתבצע לפני כימות22. שלב זה מפשט את אלגוריתם זיהוי ספוט, מפחיתה באופן משמעותי את הזמן דימות, אף במחיר של מידע שעשוי להיות שימושי על נקודות בודדות, כגון לוקליזציה subcellular שלהם. במקרה שלנו, מספר מולקולות mRNA המיוצר על ידי הגן NDC80 היה נמוך מספיק המקומות היו מופרדים היטב לאחר העיבוד הזה (לא נדיר עבור תעתיקים של ניצני שמרים3,7). במקרים בהם colocalization ניתוח ביקורתי, הצינור ניתוח צריך לקבוע את המיקום של כל נקודה smFISH בכל אחד מהערוצים להעריך colocalization. תלוי השאלות הספציפיות הנשאלת, פרטים אחרים כגון העוצמה של כל מקום ייתכן גם צריך להיות מופק הצינור לצורך ניתוח נוסף. אופטימיזציה של המפתח צעדים בפרוטוקול, הצינור ניתוח התמונה מכריע בהשגת באיכות גבוהה של נתונים smFISH ללמוד את סוגיית הריבית.

דינמי בקרת גנים כוננים הפיתוח של אורגניזם, כמו גם את תגובתה עקה, זיהום, שינויים בחילוף החומרים. מחקרים המתמקדים תקנה תעתיק להסתמך על טכנולוגיות המודדים RNA שפע. שיטה אחת כזו, כינה פלורסצנטיות הכלאה בחיי עיר מולקולה בודדת (smFISH), משמשת לצורך זיהוי של מולקולות RNA בודדים תאים בודדים1,2. שיטה זו מאפשרת מדידה של מידת ההשתנות לתא בביטוי הגנים והנחישות של לוקליזציה RNA תאיים.
בשיטה smFISH הנפוצות ביותר, דורש זיהוי מולקולת ה-RNA בודדים מרובים קצר DNA רגשים (לעיתים קרובות ~ 48 20-מר הגששים) כי הם משלימים אל המטרה RNA הם מצומדת כדי לצבוע פלורסנט באותו. איגוד של בדיקה ניאון יחיד התוצאה היא האות חלש, אך האות מהאנסמבל של כל את הגששים חזקים. תכונה זו משפר באופן משמעותי את יחס אות לרעש, כי אף-על-פי בדיקה אחת בנוסח מחייב את המטרה, אות כזה צפוי להיות חלש מאוד לעומת זו של יעד מולקולת רנ א3. בתוך שגיאה של זיהוי, מספר מולקולות RNA יכול להיות נספרים, בהשוואה על פני תנאי הגידול השונות ובקרב מוטציות שונות.
מאז פיתוח הראשון, smFISH הותאם ללמוד היבטים שונים של ג'ין הביטוי4, כגון שעתוק התארכות1,2, החדרת5,6, תעתיק מתפוצץ7 , 8 , 9, תאיים ביטוי allelic10,11,12, ו- RNA לוקליזציה13,14,15. לאחרונה, אנחנו השתמשו בשיטה זו כדי ללמוד את הביטוי של שתי התמליל איזופורמים של אותו גן, שבו התעתיק קצר isoform (NDC80ORF) יש רצף כולו שלו שיתף את isoform ארוך (NDC80luti )16. כדי לזהות באופן ייחודי את איזופורמים mRNA שני, היינו שתי ערכות בדיקה: קבוצה אחת היא ספציפית רצף ייחודי של NDC80luti, ומאגד הסט השני, מצומדת כדי עוד הפלורסנט, לאזור משותף שני איזופורמים. NDC80luti RNA מזוהה כמו כתם colocalized עם שני אותות פלואורסצנט, ואילו NDC80ORF RNA היא זו מכילה רק את האות מ ערכת בדיקה. מאז המספר NDC80ORF תעתיקים מחושבת באמצעות שיטת "חיסור", יעילות גבוהה של בדיקה הכלאה, יחס אות לרעש גבוה יש צורך בביטחון לזהות כתמים smFISH ולהפחית את השגיאה הפצת.
מאמר זה מתאר פרוטוקול ממוטבים לביצוע smFISH של שמרים ניצני האפייה. ב פרוטוקול זה, מספר הטלפון הנייד, קיבוע זמן, זמן עיכול, מערכת העיכול מאגר, בדיקה לריכוז הכלאה מאגר המשמש את הניסויים smFISH אופטימציה להצגה SK1 זן הרקע של cerevisiae ס שעברו וגטטיבי צמיחה או מיוזה. עם זאת, אנחנו גם לציין בכתב יד זה: (1) השיטה כדי לבדוק את איכות הנתונים smFISH לאחר ייבוא תמונות, ושלבים (2) בפרוטוקול שיחייבו נוספים מיטוב עבור רקעים זן שונה, תנאי הגידול.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:881px;" width="881">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">BSA, RNase-free (50 mg/mL)</td>
			<td style="width:99px;">Ambion</td>
			<td style="width:87px;">AM2616</td>
			<td style="width:491px;">Store at -20 &#176;C.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">Catalase</td>
			<td style="width:99px;">Sigma</td>
			<td style="width:87px;">C3515</td>
			<td style="width:491px;">Store at 4 &#176;C for short-term. Vortex before use.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">DAPI</td>
			<td style="width:99px;">Sigma</td>
			<td style="width:87px;">D9564</td>
			<td style="width:491px;">Store at -20 &#176;C after reconstitution in water. Protect from light.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">50% Dextran Sulfate</td>
			<td style="width:99px;">Milli Pore</td>
			<td style="width:87px;">S4030</td>
			<td style="width:491px;">Store at room temperature. Very viscous liquid. Handle with patience.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">E. coli tRNA</td>
			<td style="width:99px;">Sigma</td>
			<td style="width:87px;">R4251</td>
			<td style="width:491px;">Store at -20 &#176;C in aliquots after reconstitution in water.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">Ethanol (100%, 200 proof)</td>
			<td style="width:99px;">various</td>
			<td style="width:87px;"></td>
			<td style="width:491px;">Flammable.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">37% Formaldehyde</td>
			<td style="width:99px;">Fisher</td>
			<td>F79-500</td>
			<td style="width:491px;">Store at room temperature. Toxic. Use and dispose with caution.</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:205px;">Formamide</td>
			<td style="width:99px;">Ambion</td>
			<td style="width:87px;">AM9342</td>
			<td style="width:491px;">Store at 4 &#176;C. Open after the temperature equilibrates to room temperature in order to prevent oxidation. Toxic. Use and dispose with caution.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">Glucose</td>
			<td style="width:99px;">various</td>
			<td style="width:87px;"></td>
			<td style="width:491px;">Store at 4 &#176;C after dissolving in nuclease-free water.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">Glucose oxidase</td>
			<td style="width:99px;">Sigma</td>
			<td style="width:87px;">G2133</td>
			<td style="width:491px;">Store at -20 &#176;C in aliquots after reconstitution in 50 mM NaOAc, pH 5.</td>
		</tr>
		<tr height="26">
			<td height="26" style="height:27px;width:205px;">Nuclease-free water</td>
			<td style="width:99px;">Ambion</td>
			<td style="width:87px;">AM9932</td>
			<td style="width:491px;">Store at room temperature.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:205px;">Potassium phosphate (monobasic and dibasic)</td>
			<td style="width:99px;">various</td>
			<td style="width:87px;"></td>
			<td style="width:491px;">Store at room temperature.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:205px;">Probe library, diluted in TE, pH 8.0&#160;</td>
			<td style="width:99px;">Biosearch Technologies</td>
			<td style="width:87px;"></td>
			<td style="width:491px;">Store at -20 &#176;C in aliquots (5 &#181;L) after reconstitution in TE pH 8.0, following the instructions from the manufacturer. Protect from light.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:205px;">Sorbitol</td>
			<td style="width:99px;">various</td>
			<td style="width:87px;"></td>
			<td style="width:491px;">Store at room temperature.</td>
		</tr>
		<tr height="26">
			<td height="26" style="height:27px;width:205px;">20X SSC</td>
			<td style="width:99px;">Ambion</td>
			<td style="width:87px;">AM9763</td>
			<td style="width:491px;">Store at room temperature.</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;width:205px;">TE, pH 8.0</td>
			<td style="width:99px;">Ambion</td>
			<td style="width:87px;">AM9849</td>
			<td style="width:491px;">Store at room temperature.</td>
		</tr>
		<tr height="30">
			<td height="30" style="height:31px;width:205px;">1 M Tris, pH 8.0</td>
			<td style="width:99px;">Ambion</td>
			<td style="width:87px;">AM9856</td>
			<td style="width:491px;">Store at room temperature.</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:205px;">Trolox</td>
			<td style="width:99px;">Sigma</td>
			<td style="width:87px;">238813</td>
			<td style="width:491px;">Store at -20 &#176;C in aliquots.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:205px;">200 mM Vanadyl ribonucleoside complex (VRC)</td>
			<td style="width:99px;">NEB</td>
			<td style="width:87px;">S1402S</td>
			<td style="width:491px;">Store at -20 &#176;C in aliquots after reconstitution, following the instructions from the manufacturer.</td>
		</tr>
		<tr height="44">
			<td height="44" style="height:44px;width:205px;">Zymolyase 100T</td>
			<td style="width:99px;">MP Biomedicals</td>
			<td style="width:87px;">08320932</td>
			<td style="width:491px;">Store at -20 &#176;C in aliquots after reconstitution in water.</td>
		</tr>
		<tr height="28">
			<td height="28" style="height:28px;width:205px;">Low-adhesion tubes</td>
			<td style="width:99px;">USA Scientific</td>
			<td>1415-2600</td>
			<td style="width:491px;">Store at room temperature.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

single molecule fluorescence in situ hybridization (smfish) analysis in budding yeast vegetative growth and meiosis

קרינה פלואורסצנטית הכלאה בחיי עיר מולקולה בודדת (smFISH) היא טכניקה חזקה ללמוד ביטוי גנים בתאים יחיד בשל יכולתה לזהות ולספור מולקולות RNA בודדים. משלימה לשיטות המבוססת על רצף עמוק, smFISH מספק מידע על וריאציית לתא בשפע התעתיק ולוקליזציה subcellular של RNA נתון. לאחרונה, השתמשנו smFISH ללמוד את הביטוי של הגן NDC80 במהלך המיוזה בניצני שמרים, בתעתיק שני אילו איזופורמים קיים ויש isoform קצר תעתיק רצף כולו שלו שיתף את isoform ארוך. בביטחון לזהות כל isoform התעתיק, אנחנו ממוטב smFISH הידוע הפרוטוקולים והשיג בעקביות גבוהה ואיכות smFISH נתונים על הדגימות שנרכש במהלך ניצני שמרים מיוזה. כאן, אנו מתארים את הפרוטוקול ממוטבת, הקריטריונים שבהם אנו משתמשים כדי לקבוע אם מתקבל באיכות גבוהה של נתונים smFISH ולאחר כמה טיפים ליישום פרוטוקול זה זני שמרים ותנאי גידול אחרים.

Watch this Scientific Journal Video about Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization smFISH Analysis in Budding Yeast Vegetative Growth and Meiosis at JoVE.com

Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization smFISH Analysis in Budding Yeast Vegetative Growth and Meiosis

קרינה פלואורסצנטית מולקולה בודדת בחיי עיר הכלאה הפרוטוקול ממוטבת כדי לכמת את מספר מולקולות RNA בניצני שמרים במהלך גידול וגטטיבי, מיוזה.

קרינה פלואורסצנטית מולקולה בודדת ב באתרו הכלאה (smFISH) ניתוח הנצה גידול וגטטיבי שמרים, מיוזה

Single molecule fluorescence in situ hybridization (smFISH) is a powerful technique to study gene expression in single cells due to its ability to detect ...

The overall goal of this optimized single molecule RNA in situ hybridization, or smFISH, is to detect and quantify individual RNA molecules on a per cell basis during the vegetative growth and meiosis of budding yeast. This method reveals cell to cell variability in gene expression on subcellular RNA localization and is therefore a powerful technique to study gene regulation. Asides from the unique information that can be revealed by smFISH, the main advantage of the technique is that once optimized, it's robust and highly reproducible.A meiotic culture will be used for the demonstration of this protocol. To fix the culture in 3%formaldehyde, add 1840 microliters of the culture to 160 microliters of 37%formaldehyde in a two milliliter microcentrifuge tube. Invert about five times to mix.Place the tube on a roller drum at room temperature for 20 minutes. After 20 minutes, continue fixing at four degrees Celsius with rotation overnight. On the following day, prepare for the digestion by first thawing 200 millimolar vanadyl ribonucleoside complexes, or VRC, at 65 degrees Celsius for at least 10 minutes.To prepare the digestion master mix, first pipette 2125 microliters of buffer B into a 15 milliliter tube. Then vortex the warm VRC for five seconds to fully resuspend it and add 200 microliters of VRC to the 15 milliliter tube. The mix should appear light brownish green in color.Centrifuge the meiotic sample at 21, 000 x g for one and a half minutes at room temperature. Aspirate the supernatant carefully, placing the vacuum tip on the opposite side of the pellet to avoid disturbing the pellet. Resuspend the cells in one and a half milliliters of cold buffer B by pipetting up and down to mix.Centrifuge at 21, 000 x g for one and a half minutes. Remove the bulk of the liquid by vacuum aspiration, leaving behind about 100 microliters. Resuspend the cells in one and a half milliliters of cold buffer B.Centrifuge the samples, remove the liquid, and resuspend the cells in one and a half milliliters of cold buffer B again.Centrifuge at 21, 000 x g for one and a half minutes. Aspirate the liquid completely by pipetting. Resuspend the cells in 425 microliters of digestion master mix and vortex briefly.Add five microliters of zymolyase to the tube and vortex for two to three seconds to mix. Place the tube on a roller drum and digest at 30 degrees Celsius for 15 to 30 minutes. After 15 minutes, check the cells by microscopy every five minutes and stop the digestion when about 80%of the cells appear non-transparent and non-refractive.Centrifuge the tube at 376 x g for three minutes. Remove the supernatant completely. Gently resuspend the cells with one milliliter of buffer B by pipetting up and down one to two times to mix.Centrifuge the tube and remove the buffer. Gently resuspend the cells in one milliliter of 70%ethanol and incubate at room temperature for three and half to four hours. To begin the hybridization procedure, centrifuge the tube of cells at 376 x g for three minutes.Remove 500 microliters of the 70%ethanol from the tube. Gently pipette up and down to resuspend the remaining cells and transfer the cells to a low adhesion tube. Transferring the sample to a low adhesion tube is critical for preventing excess cell loss during the subsequent formamide washes.Centrifuge the low adhesion tube and remove all the ethanol. Add one milliliter of 10%formamide wash buffer to the tube and gently pipette up and down two to three times to resuspend the cells. Allow the cells to set at room temperature for about 20 minutes while preparing the hybridization solutions, as described in the text protocol.Centrifuge the sample and remove the supernatant into hazardous waste. Add at least 50 microliters of each hybridization solution to the tube and flick the tube to mix. Incubate at 30 degrees Celsius on a roller drum for at least 16 hours in the dark.When the hybridization is complete, place the tube of cells into a foil covered box to protect from light. Centrifuge the sample at 376 x g for three minutes. Remove the supernatant into hazardous waste by pipetting.Resuspend the sample in one milliliter of 10%formamide wash buffer by gently pipetting up and down two to three times. Place the tube of cells back into a foil covered box to protect from light and incubate at 30 degrees Celsius for 30 minutes. After 30 minutes, centrifuge the sample.Remove the supernatant to hazardous waste by pipetting, leaving about 50 microliters. Resuspend the sample in one milliliter of DAPI solution by gently pipetting up and down two to three times. Once again, place the tube of cells into the foil covered box and incubate at 30 degrees Celsius for 30 minutes.Centrifuge the sample and remove the supernatant completely by pipetting. For samples that will not be imaged immediately, resuspend the pellet in 50 microliters of GLOX buffer without enzymes. Pipette up and down three to four times to mix.Keep in the foil covered box at four degrees Celsius until ready to image. For samples being imaged immediately, add 15 to 20 microliters of GLOX buffer with enzymes. Pipette five microliters onto a cover slip and put the cover slip on a slide.Place a laboratory wipe on top of the slide where the cover slip is placed. Gently press on the wipe to set the slide. Place the slide into a box covered by aluminum foil for transfer to the microscope room.This protocol was used to examine the expression of the NDC80 gene, which expresses two mRNA isoforms. The long undecoded transcript isoform has a 400 base pairs five prime extension in comparison to the short isoform. Two sets of probes were designed.The CF 590 set binds to the unique five prime region of the long isoform, and the Q 670 set binds to the common region of both isoforms. Under optimized conditions, distinct smFISH spots were clearly identified for both probe sets. The two probe sets were used to study NDC80 expression during vegetative growth and meiosis.In vegetative cells, robust signal from the Q 670 probe set was detected, but not from the CF 590 probe set. In contrast, robust signal from both probe sets was detected in meiotic prophase, and the majority of the spots had co-localized signal. Northern blot analysis confirmed that the long isoform was expressed specifically in meiosis.Vegetative cells were found to have a median of five short isoform transcripts per cell, whereas in meiotic prophase cells, the median significantly dropped to four transcripts per cell. In meiotic prophase, the median number of long isoform transcripts per cell was 21 and 100%of the cells expressed the transcript. Once mastered, this technique can be done in 72 hours if it is performed properly.While attempting this procedure, it's important to first optimize the digestion duration and a concentration of smFISH probes required to achieve the optimal signal to noise ratio. In addition, remember to add VRC during digestion and overnight hybridization to prevent nuclease activity. With this development, this technique paved the way for researchers to explore dynamic gene regulation and subcellular RNA localization.After watching this video, you should have a good understanding of how to perform single molecular RNA FISH in budding yeast meiosis.

Research

JoVE Journal

Genetics

Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization (smFISH) Analysis in Budding Yeast Vegetative Growth and Meiosis

Detection of Inter-chromosomal Stable Aberrations by Multiple Fluorescence In Situ Hybridization (mFISH) and Spectral Karyotyping (SKY) in Irradiated Mice

Detection of Inter-chromosomal Stable Aberrations by Multiple Fluorescence In Situ Hybridization mFISH and Spectral Karyotyping SKY in Irradiated Mice

איתור של סטיות יציבות אינטר-כרומוזומליות ידי קרינה נפוצה<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה (mFISH) ו ספקטרלית Karyotyping (SKY) בעכברים מוקרנים

Ionizing radiation (IR) induces numerous stable and unstable chromosomal aberrations. Unstable aberrations, where chromosome morphology is substantially ...

Targeted in Situ Mutagenesis of Histone Genes in Budding Yeast

Targeted in Situ Mutagenesis of Histone Genes in Budding Yeast

ממוקד<em&gt; באתרו</em&gt; גני mutagenesis של היסטון שמרים הנץ

We describe a PCR- and homologous recombination-based system for generating targeted mutations in histone genes in budding yeast cells. The resulting ...

Single Molecule Analysis of Laser Localized Psoralen Adducts

ניתוח מולקולה בודדת של מותאמת לשפה לייזר Psoralen Adducts

The DNA Damage Response (DDR) has been extensively characterized in studies of double strand breaks (DSBs) induced by laser micro beam irradiation in live ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

ברזולוציה גבוהה פלורסנט בחיי עיר הכלאה של עוברי דרוזופילה ורקמות באמצעות הגברה Tyramide אות

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

Visualization of Microbiota in Tick Guts by Whole-mount In Situ Hybridization

Visualization of Microbiota in Tick Guts by Whole-mount In Situ Hybridization

ויזואליזציה של Microbiota במעיים שנתות על-ידי הכלאה כולה-הר בחיי עיר

Infectious diseases transmitted by arthropod vectors continue to pose a significant threat to human health worldwide. The pathogens causing these ...

Quantitative Analysis of Alternative Pre-mRNA Splicing in Mouse Brain Sections Using RNA In Situ Hybridization Assay

Quantitative Analysis of Alternative Pre-mRNA Splicing in Mouse Brain Sections Using RNA In Situ Hybridization Assay

ניתוח כמותי של שחבור חלופי Pre-mRNA בסעיפים מוח העכבר באמצעות ה-RNA בחיי עיר הכלאה Assay

Alternative splicing (AS) occurs in more than 90% of human genes. The expression pattern of an alternatively spliced exon is often regulated in a cell ...

Tissue-specific miRNA Expression Profiling in Mouse Heart Sections Using In Situ Hybridization

Tissue-specific miRNA Expression Profiling in Mouse Heart Sections Using In Situ Hybridization

MiRNA רקמות ספציפיות ביטוי פרופיל בהלב העכבר באמצעות סעיפים באתרו של הכלאה

micro-RNAs (miRNAs) are single-stranded RNA transcripts that bind to messenger RNAs (mRNAs) and inhibit their translation or promote their degradation. To ...

Mating-based Overexpression Library Screening in Yeast

ביטוי ההזדווגות מבוססי ספריית הקרנה שמרים

Budding yeast has been widely used as a model in studying proteins associated with human diseases. Genome-wide genetic screening is a powerful tool ...

Characterizing Histone Post-translational Modification Alterations in Yeast Neurodegenerative Proteinopathy Models

אפיון שינויים Post-translational שינוי היסטון במודלים ניווניות Proteinopathy שמרים

Neurodegenerative diseases, such as amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and Parkinson&#39;s disease (PD), cause the loss of hundreds of thousands of lives ...