Name: proofreading and dna repair assay using single nucleotide extension and maldi-tof mass spectrometry analysis
Uploaded: 2018-06-19T14:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Мы благодарим NCFPB комплексной основной объект для функциональной геномики (Тайбэй, Тайвань) и в NRPB Фармакогеномика лаборатории (Тайбэй, Тайвань) за их техническую поддержку. Эта работа была поддержана научно-исследовательских грантов от министерства науки и технологии, Тайбэй, Тайвань, РПЦ [наиболее 105-2320-B-002-047] для Ху Вэй-Яо, Тайваньский фонд здоровья (L-и.л.) [наиболее 105-2628-B-002-051-MY3] для Су Кан-Йи и [ Most-105-2320-B-002-051-MY3] для Линь Лян в.

1. Подготовка грунт/шаблон
<ol><li>Грунты/шаблоны со сбалансированным содержанием G + C между 40% и 60% как в последовательности или конструкции праймера PCR дизайна. Используйте праймеры от 18 до 21 nt лучше MS сигналов и соответствующие отжига.</li>
	<li>Дизайн шаблона, установив 50 ° C как минимум плавл?...

<ol>
	<li>Loeb, L. A., Kunkel, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fidelity+of+DNA+synthesis.">Fidelity of DNA synthesis.</a> Annual Review of Biochemistry. 51, 429-457 (1982).</li><li>Kornberg, A., Baker, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> DNA replication. , (1992).</li><li>Carroll, S. S., Benkovic, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanistic+aspects+of+DNA+polymerases:+Escherichia+coli+DNA+polymerase+I+(Klenow+fragment)+as+a+paradigm.">Mechanistic aspects of DNA polymerases: Escherichia coli DNA polymerase I (Klenow fragment) as a paradigm.</a> Chemical Reviews. 90 (7), 1291-1307 (1990).</li><li>Echols, H., Goodman, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fidelity+Mechanisms+in+DNA+Replication.">Fidelity Mechanisms in DNA Replication.</a> Annual Review of Biochemistry. 60 (1), 477-511 (1991).</li><li>Johnson, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+kinetic+and+chemical+mechanism+of+high-fidelity+DNA+polymerases.">The kinetic and chemical mechanism of high-fidelity DNA polymerases.</a> Biochimica et Biophysica Acta. 1804 (5), 1041-1048 (2010).</li><li>Reha-Krantz, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+polymerase+proofreading:+Multiple+roles+maintain+genome+stability.">DNA polymerase proofreading: Multiple roles maintain genome stability.</a> Biochimica et Biophysica Acta. 1804 (5), 1049-1063 (2010).</li><li>Fidalgo da Silva, E., Reha-Krantz, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+polymerase+proofreading:+active+site+switching+catalyzed+by+the+bacteriophage+T4+DNA+polymerase.">DNA polymerase proofreading: active site switching catalyzed by the bacteriophage T4 DNA polymerase.</a> Nucleic Acids Research. 35 (16), 5452-5463 (2007).</li><li>Petruska, J., Goodman, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Influence+of+neighboring+bases+on+DNA+polymerase+insertion+and+proofreading+fidelity.">Influence of neighboring bases on DNA polymerase insertion and proofreading fidelity.</a> The Journal of Biological Chemistry. 260 (12), 7533-7539 (1985).</li><li>Mendelman, L. V., Petruska, J., Goodman, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Base+mispair+extension+kinetics.+Comparison+of+DNA+polymerase+&#945;+and+reverse+transcriptase.">Base mispair extension kinetics. Comparison of DNA polymerase &#945; and reverse transcriptase.</a> The Journal of Biological Chemistry. 265 (4), 2338-2346 (1990).</li><li>Lutz, S., Burgstaller, P., Benner, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+in+vitro+screening+technique+for+DNA+polymerases+that+can+incorporate+modified+nucleotides.+Pseudothymidine+as+a+substrate+for+thermostable+polymerases.">An in vitro screening technique for DNA polymerases that can incorporate modified nucleotides. Pseudothymidine as a substrate for thermostable polymerases.</a> Nucleic Acids Research. 27 (13), 2792-2798 (1999).</li><li>Da Silva, E. F., Mandal, S. S. S., Reha-Krantz, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+2-aminopurine+fluorescence+to+measure+incorporation+of+incorrect+nucleotides+by+wild+type+and+mutant+bacteriophage+T4+DNA+polymerases.">Using 2-aminopurine fluorescence to measure incorporation of incorrect nucleotides by wild type and mutant bacteriophage T4 DNA polymerases.</a> The Journal of Biological Chemistry. 277 (43), 40640-40649 (2002).</li><li>Frey, M. W., Sowers, L. C., Millar, D. P., Benkovic, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nucleotide+analog+2-aminopurine+as+a+spectroscopic+probe+of+nucleotide+incorporation+by+the+Klenow+fragment+of+Escherichia+coli+polymerase+I+and+bacteriophage+T4+DNA+polymerase.">The nucleotide analog 2-aminopurine as a spectroscopic probe of nucleotide incorporation by the Klenow fragment of Escherichia coli polymerase I and bacteriophage T4 DNA polymerase.</a> Biochemistry. 34 (28), 9185-9192 (1995).</li><li>Leung, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+highly+sensitive+G-quadruplex-based+luminescent+switch-on+probe+for+the+detection+of+polymerase+3'-5'+proofreading+activity.">A highly sensitive G-quadruplex-based luminescent switch-on probe for the detection of polymerase 3'-5' proofreading activity.</a> Methods. 64 (3), 224-228 (2013).</li><li>Song, C., Zhang, C., Zhao, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+and+sensitive+detection+of+DNA+polymerase+fidelity+by+singly+labeled+smart+fluorescent+probes.">Rapid and sensitive detection of DNA polymerase fidelity by singly labeled smart fluorescent probes.</a> Biosensors and Bioelectronics. 26 (5), 2699-2702 (2011).</li><li>Haff, L. A., Smirnov, I. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-nucleotide+polymorphism+identification+assays+using+a+thermostable+DNA+polymerase+and+delayed+extraction+MALDI-TOF+mass+spectrometry.">Single-nucleotide polymorphism identification assays using a thermostable DNA polymerase and delayed extraction MALDI-TOF mass spectrometry.</a> Genome Research. 7 (4), 378-388 (1997).</li><li>Haff, L. A., Smirnov, I. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+genotyping+of+PCR+products+with+MassTag-labeled+primers.">Multiplex genotyping of PCR products with MassTag-labeled primers.</a> Nucleic Acids Research. 25 (18), 3749-3750 (1997).</li><li>Blondal, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+MALDI-TOF+based+methodology+for+genotyping+single+nucleotide+polymorphisms.">A novel MALDI-TOF based methodology for genotyping single nucleotide polymorphisms.</a> Nucleic Acids Research. 31 (24), e155 (2003).</li><li>Su, K. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pretreatment+Epidermal+Growth+Factor+Receptor+(EGFR)+T790M+mutation+predicts+shorter+EGFR+tyrosine+kinase+inhibitor+response+duration+in+patients+with+non-small-cell+lung+cancer.">Pretreatment Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) T790M mutation predicts shorter EGFR tyrosine kinase inhibitor response duration in patients with non-small-cell lung cancer.</a> Journal of Clinical Oncology. 30 (4), 433-440 (2012).</li><li>Lee, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endonuclease+V-mediated+deoxyinosine+excision+repair+in+vitro.">Endonuclease V-mediated deoxyinosine excision repair in vitro.</a> DNA Repair. 9, 1073-1079 (2010).</li><li>Lee, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+excision+of+3'+penultimate+errors+by+DNA+polymerase+I+and+its+role+in+endonuclease+V-mediated+DNA+repair.">The excision of 3' penultimate errors by DNA polymerase I and its role in endonuclease V-mediated DNA repair.</a> DNA Repair. 12 (11), 899-911 (2013).</li><li>Kucera, R. B., Nichols, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA-Dependent+DNA+Polymerases.">DNA-Dependent DNA Polymerases.</a> Current Protocols in Molecular Biology. 84 (1), 3.5.1-3.5.19 (2008).</li><li>Tabor, S., Richardson, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+single+residue+in+DNA+polymerases+of+the+Escherichia+coli+DNA+polymerase+I+family+is+critical+for+distinguishing+between+deoxy-+and+dideoxyribonucleotides.">A single residue in DNA polymerases of the Escherichia coli DNA polymerase I family is critical for distinguishing between deoxy- and dideoxyribonucleotides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 92 (14), 6339-6343 (1995).</li><li>Weiss, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Removal+of+deoxyinosine+from+the+Escherichia+coli+chromosome+as+studied+by+oligonucleotide+transformation.">Removal of deoxyinosine from the Escherichia coli chromosome as studied by oligonucleotide transformation.</a> DNA Repair. 7 (2), 205-212 (2008).</li><li>Cao, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endonuclease+V:+an+unusual+enzyme+for+repair+of+DNA+deamination.">Endonuclease V: an unusual enzyme for repair of DNA deamination.</a> Cellular and Molecular Life Sciences. 70 (17), 3145-3156 (2013).</li><li>Su, K. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+single+nucleotide+extension+and+MALDI-TOF+mass+spectrometry+in+proofreading+and+DNA+repair+assay.">Application of single nucleotide extension and MALDI-TOF mass spectrometry in proofreading and DNA repair assay.</a> DNA Repair. 61, 63-75 (2018).</li><li>Carver, T. E., Hochstrasser, R. A., Millar, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proofreading+DNA:+recognition+of+aberrant+DNA+termini+by+the+Klenow+fragment+of+DNA+polymerase+I.">Proofreading DNA: recognition of aberrant DNA termini by the Klenow fragment of DNA polymerase I.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 91 (22), 10670-10674 (1994).</li><li>Santa Lucia, J., Hicks, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+thermodynamics+of+DNA+structural+motifs.">The thermodynamics of DNA structural motifs.</a> Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. 33, 415-440 (2004).</li><li>Su, K. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+polymerase+I+proofreading+exonuclease+activity+is+required+for+endonuclease+V+repair+pathway+both+in+vitro+and+in+vivo.">DNA polymerase I proofreading exonuclease activity is required for endonuclease V repair pathway both in vitro and in vivo.</a> DNA Repair. 64, 59-67 (2018).</li></ol>

Это исследование описано пошаговое корректура деятельности пробирного анализируемой выбранного коммерческого инструмента (см. Таблицу материалы) с использованием MALDI-TOF MS. Основные преимущества включают, что грунт и шаблон, лейбл бесплатно и легко выполнять, позволяя большую...

Корректура функции ДНК полимеразы во время репликации ДНК важны для обеспечения высокоточной генетической информации, которая должна быть передана потомству1,2,3,4, 5,6,7. Возможность оценить вклад полимеразы, корректура экзонуклеаз бы уточнить механизмы защиты генетической стабильности.
Радиоизотопные маркировки и гель на основе анализов в сочетании с денситометрических анализ autoradiograms или фосфора изображений8,9,10 традиционно использовались для выявления корректура активность ДНК полимеразы. Хотя функциональные, эти анализы являются трудоемкий, дорого и не поддаются форматов высокой пропускной способности. Кроме того радиоизотопов страдают вопросы безопасности, включая удаление отходов. В качестве альтернативы корректура мероприятия были проанализированы флуориметрический методов. Например 2-aminopurine (2-AP) могут включаться в расширение продуктов во время в vitro полимеразы корректура анализов производить флуоресцентного сигнала11,12. К сожалению эти подходы страдают от низкой специфичности, так как 2-AP можно спарить с тимин и цитозин. Более поздние подходы включают чувствительные основанные на G-четырехместных светящиеся переключатель на зонд для полимеразы 3' - 5' при exonuclease пробирного13 , а также индивидуально меченых флуоресцентного зонда для полимеразы, корректура assay который преодолевает некоторые из вышеупомянутые недостатки14. Энтузиазм для этих методов флуориметрический уменьшается из-за необходимости конкретных маркировки ДНК субстратов.
В противоположность этому, MALDI-TOF MS для анализа ДНК был нанят в assay PinPoint, где грунт расширения реакции с неподписанных 4 ddNTPs может использоваться для идентификации полиморфизмов данного Локус15,16,17 и была широко принята в клинических приложений для обнаружения мутаций и диагнозов рака18. Используя эти основные принципы, мы создали ярлык бесплатно пробирного в vitro определения ДНК-полимеразы, корректура активности, высокое разрешение, высокая специфичность и высок объём потенциал использование MALDI-TOF г-жа е. Коли ДНК-полимеразы, я фрагменты фрагмент как модель фермента, dideoxyribonucleotide трифосфаты (ddNTPs), как подложки могут принимать «моментальных снимков» корректуры продуктов после единичных нуклеотидных расширение через MALDI-TOF MS (рис. 1).
Кроме того этот метод также был разработан для assay ремонта ДНК где грунты, содержащий 3' предпоследний ди поражения подвергаются ГСМ, которую я ремонт assay который имитирует Эндо V порезал ремонт интермедиатов. Хотя не поняты, путь ремонт Эндо V является единственной системой ремонт известный нанимать Пол я корректура деятельность при exonuclease для поражения иссечение19,20. С помощью MALDI-TOF MS, мы показываем патч четко определенные ремонт где ди может быть подакцизным, Поль я когда происходящих в последние 2 nt грунтовки перед добавлением правильно дополняет нуклеотидов.
Для изучения корректуры и репарации ДНК этот метод быстрее и менее трудоемким, чем предыдущие методы и предоставляет дополнительную информацию к механизму и функции.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1124px;" width="1125">
	<tbody>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:331px;">Oligonucleotides</td>
			<td style="width:283px;">Mission Biotech (Taiwan)&#160;</td>
			<td style="width:344px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">phosphorothioate modified oligonucleotides</td>
			<td>&#160;Integrated DNA Technologies (Taiwan)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">DNA polymerase I, Large (Klenow) Fragment</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0210L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Klenow fragment (3&#39;&#8594;5&#39; exo-)</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0212L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">NEBuffer 2.1 (10X)</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>B7202S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">2&#39;, 3&#39; ddATP</td>
			<td>Trilink Biotechnologies, CA</td>
			<td>N4001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">2&#39;, 3&#39; ddGTP</td>
			<td>Trilink Biotechnologies, CA</td>
			<td>N4002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">2&#39;, 3&#39; ddTTP</td>
			<td>Trilink Biotechnologies, CA</td>
			<td>N4004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">2&#39;, 3&#39; ddCTP</td>
			<td>Trilink Biotechnologies, CA</td>
			<td>N4005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">dATP, dGTP, dCTP, dTTP set</td>
			<td>Clubio, Taiwan</td>
			<td>CB-R0315</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">SpectroCHIP array</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#01509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">MassARRAY&#160;</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Typer 4.0 software</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#10145</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Clean Resin Tool Kit&#160;</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#08040</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

proofreading and dna repair assay using single nucleotide extension and maldi-tof mass spectrometry analysis

Поддержание генома и его верным репликации имеет первостепенное значение для сохранения генетической информации. Чтобы оценить высокой верности репликации, мы разработали простой-меченых и радио изотопный метод, с помощью матрицы помощь лазерная ионизация десорбции с время полета (MALDI-TOF) массового спектрометрия (МС) анализ для изучения корректура. Здесь, ДНК-полимеразы [например, фрагменты фрагмент ДНК-полимеразы кишечной палочки (KF) я (Поль я) в этом исследовании] присутствии всех четырех dideoxyribonucleotide трифосфаты используется для обработки дуплекс несоответствие грунт шаблон. Несоответствие грунтовка затем корректировать/расширенный и подвергается MALDI-TOF MS. Продукция отличается изменения массы грунта до единичных нуклеотидных вариации. Главное корректура также может определяться для внутреннего одного несоответствия, хотя и в разных эффективности. Несоответствия, расположенный в 2-4-нуклеотидов (nt) от 3' конца были эффективно корректируемый Поль я, и несоответствие в 5 nt от грунтовки terminus показал только частичное исправление. Не корректура произошло для внутренних несоответствий, расположенный на 6-9 nt от грунт 3' конца. Этот метод может также применяться для ремонта анализов ДНК (например, оценки базы поражения ремонт субстратов для ремонта пути Эндо V). Грунты, содержащие 3' предпоследний deoxyinosine (dI) поражения могут быть исправлены путем Поль я. Действительно предпоследний T-I, G-I и A-я субстратов был их последний 2 ди содержащих нуклеотидов подакцизным, Поль я перед добавлением правильный ddN 5'-монофосфат (ddNMP) во время предпоследнего C-я несоответствия были мириться Пол I, позволяя грунт, чтобы быть продлен без ремонт, демонстрируя, что чувствительность и разрешение MS анализа для измерения репарации ДНК.

Шаблоны и грунты:
С помощью процедуры, представленные здесь, равное Молярная синтетических олигонуклеотида шаблоны и грунтовки соответствующих последовательностей, получены из коммерческих источников были проверены на пре?...

Watch this Scientific Journal Video about Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

Корректура и ДНК ремонт пробирного анализа единичных нуклеотидных расширение и MALDI-TOF масс-спектрометрии с помощью

Не помечены, Радио изотопный метод ДНК-полимеразы корректуры и пробирного ремонта ДНК была разработана с помощью стратегии расширения единичных нуклеотидных и разрешением MALDI-TOF масс-спектрометрии. Assay доказал, чтобы быть очень конкретные, простой, быстрый и легко выполнять проверки правописания и ремонт патчи короче, чем 9-нуклеотидов.

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Biochemistry

Cell Biology

Molecular Biology

Unit 1

DNA Replication

DNA Replication and Repair

SCIENTISTS IN ACTION

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Времяразрешенная ионизацией электрораспылением водорода дейтерий Обмен масс-спектрометрии для изучения белка структуры и динамики

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Разрешающая Affinity Очищенная Белковые комплексы от Синей Native ПААГ и белка корреляции профилирование

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Липидное Выделение капельного для количественной анализа масс-спектрометрии

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

The Determination of Protease Specificity in Mouse Tissue Extracts by MALDI-TOF Mass Spectrometry: Manipulating PH to Cause Specificity Changes

Определение специфики протеазы в ткани мыши извлекает, масс-спектрометрия MALDI-TOF: манипулирования PH вызвать специфики изменения

Proteases have several biological functions, including protein activation/inactivation and food digestion. Identifying protease specificity is important ...

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

Использование трубопровода MALDI TOF-MS IDBac с открытым исходным кодом для анализа микробного белка и специализированных метаболитных данных

In order to visualize the relationship between bacterial phylogeny and specialized metabolite production of bacterial colonies growing on nutrient agar, ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

НитропептидНое профилирование и идентификация Иллюстрировано Ангиотензином II

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Dual DNA Rulers to Study the Mechanism of Ribosome Translocation with Single-Nucleotide Resolution

Двойные линейки ДНК для изучения механизма транслокации рибосом с однонуклеотидной резолюцией

The ribosome translocation refers to the ribosomal movement on the mRNA by exactly three nucleotides (nt), which is the central step in protein synthesis. ...

An Integrated Raman Spectroscopy and Mass Spectrometry Platform to Study Single-Cell Drug Uptake, Metabolism, and Effects

Интегрированная Рамана спектроскопия и массовая спектрометрия Платформа для изучения одноклеточного потребления наркотиков, метаболизма и эффектов

Cells are known to be inherently heterogeneous in their responses to drugs. Therefore, it is essential that single-cell heterogeneity is accounted for in ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Количественный анализ клеточного липидома Сахаромиса Церевизии с использованием жидкой хроматографии в сочетании с тандемной масс-спектрометрией

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...

Untargeted Liquid Chromatography-Mass Spectrometry-Based Metabolomics Analysis of Wheat Grain

Нецелевая жидкая хроматография-масс-спектрометрия на основе метаболомики Анализ зерна пшеницы

Understanding the interactions between genes, the environment and management in agricultural practice could allow more accurate prediction and management ...