Name: saccharomyces cerevisiae metabolic labeling with 4-thiouracil and the quantification of newly synthesized mrna as a proxy for rna polymerase ii activity
Uploaded: 2018-10-22T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Saccharomyces cerevisiae Metabolic Labeling with 4-thiouracil and the Quantification of Newly Synthesized mRNA As a Proxy for RNA Polymerase II Activity at Jo

ونحن نشكر لازلو طرة على دعمه وخامساً فيشر وشوماخر ك. ف. ش سافين لمناقشاتهم. وأيده يد زمالة ماري كوري-أي تي (بيتن-GA-2013-606806، NR-نت) و "مؤسسة قوس". وأيد هذا العمل الأموال من الوكالة الوطنية للبحث (ANR-15-CE11-0022 SAGA2). وأيد هذه الدراسة أيضا ANR-10-لابكس-0030-إينرت، صندوق الدولة الفرنسية تديره الوكالة الوطنية للبحث تحت دعفينير يشرف البرنامج الإطار ANR-10-معرض أيدكس-0002-02.

1-خلية استزراع ونضوب ربمسن وحدة فرعية للملحمة
<ol><li>لكل سلالة S. cerevisiae وتكرار، بما في ذلك نوع البرية أو سلالات التحكم، تطعيم مستعمرة واحدة من لوحة جديدة إلى 5 مل من YPD المتوسطة (2% ببتون واستخراج الخميرة 1% والجلوكوز 2%).</li>
	<li>تنمو خلايا S. cerevisiae بين عشية وضحاها في 30 درجة مئوية مع التحريض...

<ol>
	<li>Gardini, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+Run-On+Sequencing+(GRO-Seq).">Global Run-On Sequencing (GRO-Seq).</a> Methods in Molecular Biology. 1468, 111-120 (2017).</li><li>Churchman, L. S., Weissman, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nascent+transcript+sequencing+visualizes+transcription+at+nucleotide+resolution.">Nascent transcript sequencing visualizes transcription at nucleotide resolution.</a> Nature. 469 (7330), 368-373 (2011).</li><li>Churchman, L. S., Weissman, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Native+elongating+transcript+sequencing+(NET-seq).">Native elongating transcript sequencing (NET-seq).</a> Current Protocols in Molecular Biology. , 11-17 (2012).</li><li>Cleary, M. D., Meiering, C. D., Jan, E., Guymon, R., Boothroyd, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biosynthetic+labeling+of+RNA+with+uracil+phosphoribosyltransferase+allows+cell-specific+microarray+analysis+of+mRNA+synthesis+and+decay.">Biosynthetic labeling of RNA with uracil phosphoribosyltransferase allows cell-specific microarray analysis of mRNA synthesis and decay.</a> Nature Biotechnology. 23 (2), 232-237 (2005).</li><li>Dolken, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+gene+expression+profiling+for+simultaneous+kinetic+parameter+analysis+of+RNA+synthesis+and+decay.">High-resolution gene expression profiling for simultaneous kinetic parameter analysis of RNA synthesis and decay.</a> RNA. 14 (9), 1959-1972 (2008).</li><li>Kenzelmann, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+analysis+of+newly+synthesized+RNA+in+cells+and+animals.">Microarray analysis of newly synthesized RNA in cells and animals.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (15), 6164-6169 (2007).</li><li>Radle, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+labeling+of+newly+transcribed+RNA+for+high+resolution+gene+expression+profiling+of+RNA+synthesis,+processing+and+decay+in+cell+culture.">Metabolic labeling of newly transcribed RNA for high resolution gene expression profiling of RNA synthesis, processing and decay in cell culture.</a> Journal of Visualized Experiments. (78), e50195 (2013).</li><li>Schwalb, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+genome-wide+RNA+synthesis+and+decay+rates+with+Dynamic+Transcriptome+Analysis+(DTA).">Measurement of genome-wide RNA synthesis and decay rates with Dynamic Transcriptome Analysis (DTA).</a> Bioinformatics. 28 (6), 884-885 (2012).</li><li>Sun, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+analysis+of+eukaryotic+mRNA+degradation+reveals+Xrn1-dependent+buffering+of+transcript+levels.">Global analysis of eukaryotic mRNA degradation reveals Xrn1-dependent buffering of transcript levels.</a> Molecular Cell. 52 (1), 52-62 (2013).</li><li>Sun, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+dynamic+transcriptome+analysis+(cDTA)+reveals+mutual+feedback+between+mRNA+synthesis+and+degradation.">Comparative dynamic transcriptome analysis (cDTA) reveals mutual feedback between mRNA synthesis and degradation.</a> Genome Research. 22 (7), 1350-1359 (2012).</li><li>Miller, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+transcriptome+analysis+measures+rates+of+mRNA+synthesis+and+decay+in+yeast.">Dynamic transcriptome analysis measures rates of mRNA synthesis and decay in yeast.</a> Molecular Systems Biology. 7, 458 (2011).</li><li>Munchel, S. E., Shultzaberger, R. K., Takizawa, N., Weis, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+profiling+of+mRNA+turnover+reveals+gene-specific+and+system-wide+regulation+of+mRNA+decay.">Dynamic profiling of mRNA turnover reveals gene-specific and system-wide regulation of mRNA decay.</a> Molecular Biology of the Cell. 22 (15), 2787-2795 (2011).</li><li>Eser, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determinants+of+RNA+metabolism+in+the+Schizosaccharomyces+pombe+genome.">Determinants of RNA metabolism in the Schizosaccharomyces pombe genome.</a> Molecular Systems Biology. 12 (2), 857 (2016).</li><li>Baptista, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SAGA+Is+a+General+Cofactor+for+RNA+Polymerase+II+Transcription.">SAGA Is a General Cofactor for RNA Polymerase II Transcription.</a> Molecular Cell. 68 (1), 130-143 (2017).</li><li>Bonnet, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+SAGA+coactivator+complex+acts+on+the+whole+transcribed+genome+and+is+required+for+RNA+polymerase+II+transcription.">The SAGA coactivator complex acts on the whole transcribed genome and is required for RNA polymerase II transcription.</a> Genes &amp; Development. 28 (18), 1999-2012 (2014).</li><li>Warfield, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcription+of+Nearly+All+Yeast+RNA+Polymerase+II-Transcribed+Genes+Is+Dependent+on+Transcription+Factor+TFIID.">Transcription of Nearly All Yeast RNA Polymerase II-Transcribed Genes Is Dependent on Transcription Factor TFIID.</a> Molecular Cell. 68 (1), 118-129 (2017).</li><li>Huisinga, K. L., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genome-wide+housekeeping+role+for+TFIID+and+a+highly+regulated+stress-related+role+for+SAGA+in+Saccharomyces+cerevisiae.">A genome-wide housekeeping role for TFIID and a highly regulated stress-related role for SAGA in Saccharomyces cerevisiae.</a> Molecular Cell. 13 (4), 573-585 (2004).</li><li>Lee, T. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Redundant+roles+for+the+TFIID+and+SAGA+complexes+in+global+transcription.">Redundant roles for the TFIID and SAGA complexes in global transcription.</a> Nature. 405 (6787), 701-704 (2000).</li><li>Lenstra, T. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+specificity+and+topology+of+chromatin+interaction+pathways+in+yeast.">The specificity and topology of chromatin interaction pathways in yeast.</a> Molecular Cell. 42 (4), 536-549 (2011).</li><li>Plaschka, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Architecture+of+the+RNA+polymerase+II-Mediator+core+initiation+complex.">Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core initiation complex.</a> Nature. 518 (7539), 376-380 (2015).</li><li>Helenius, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Requirement+of+TFIIH+kinase+subunit+Mat1+for+RNA+Pol+II+C-terminal+domain+Ser5+phosphorylation,+transcription+and+mRNA+turnover.">Requirement of TFIIH kinase subunit Mat1 for RNA Pol II C-terminal domain Ser5 phosphorylation, transcription and mRNA turnover.</a> Nucleic Acids Research. 39 (12), 5025-5035 (2011).</li><li>Rodriguez-Molina, J. B., Tseng, S. C., Simonett, S. P., Taunton, J., Ansari, A. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Engineered+Covalent+Inactivation+of+TFIIH-Kinase+Reveals+an+Elongation+Checkpoint+and+Results+in+Widespread+mRNA+Stabilization.">Engineered Covalent Inactivation of TFIIH-Kinase Reveals an Elongation Checkpoint and Results in Widespread mRNA Stabilization.</a> Molecular Cell. 63 (3), 433-444 (2016).</li><li>Haimovich, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+expression+is+circular:+factors+for+mRNA+degradation+also+foster+mRNA+synthesis.">Gene expression is circular: factors for mRNA degradation also foster mRNA synthesis.</a> Cell. 153 (5), 1000-1011 (2013).</li><li>Haruki, H., Nishikawa, J., Laemmli, U. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+anchor-away+technique:+rapid,+conditional+establishment+of+yeast+mutant+phenotypes.">The anchor-away technique: rapid, conditional establishment of yeast mutant phenotypes.</a> Molecular Cell. 31 (6), 925-932 (2008).</li><li>Neymotin, B., Athanasiadou, R., Gresham, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+in+vivo+RNA+kinetics+using+RATE-seq.">Determination of in vivo RNA kinetics using RATE-seq.</a> RNA. 20 (10), 1645-1652 (2014).</li><li>Shetty, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spt5+Plays+Vital+Roles+in+the+Control+of+Sense+and+Antisense+Transcription+Elongation.">Spt5 Plays Vital Roles in the Control of Sense and Antisense Transcription Elongation.</a> Molecular Cell. 66 (1), 77-88 (2017).</li><li>Xu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Architecture+of+the+RNA+polymerase+II-Paf1C-TFIIS+transcription+elongation+complex.">Architecture of the RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS transcription elongation complex.</a> Nature Communications. 8, 15741 (2017).</li><li>Adelman, K., Lis, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Promoter-proximal+pausing+of+RNA+polymerase+II:+emerging+roles+in+metazoans.">Promoter-proximal pausing of RNA polymerase II: emerging roles in metazoans.</a> Nature Reviews. Genetics. 13 (10), 720-731 (2012).</li><li>Nojima, T., Gomes, T., Carmo-Fonseca, M., Proudfoot, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+NET-seq+analysis+defines+nascent+RNA+profiles+and+associated+RNA+processing+genome-wide.">Mammalian NET-seq analysis defines nascent RNA profiles and associated RNA processing genome-wide.</a> Nature Protocols. 11 (3), 413-428 (2016).</li><li>Storvall, H., Ramskold, D., Sandberg, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+and+comprehensive+representation+of+uniqueness+for+next-generation+sequencing+by+minimum+unique+length+analyses.">Efficient and comprehensive representation of uniqueness for next-generation sequencing by minimum unique length analyses.</a> PloS One. 8 (1), 53822 (2013).</li><li>Tani, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+hundreds+of+novel+UPF1+target+transcripts+by+direct+determination+of+whole+transcriptome+stability.">Identification of hundreds of novel UPF1 target transcripts by direct determination of whole transcriptome stability.</a> RNA Biology. 9 (11), 1370-1379 (2012).</li><li>Tani, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+determination+of+RNA+stability+reveals+hundreds+of+short-lived+noncoding+transcripts+in+mammals.">Genome-wide determination of RNA stability reveals hundreds of short-lived noncoding transcripts in mammals.</a> Genome Research. 22 (5), 947-956 (2012).</li><li>Jao, C. Y., Salic, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+RNA+transcription+and+turnover+in+vivo.+by+using+click+chemistry.">Exploring RNA transcription and turnover in vivo. by using click chemistry.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (41), 15779-15784 (2008).</li><li>Palozola, K. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitotic+transcription+and+waves+of+gene+reactivation+during+mitotic+exit.">Mitotic transcription and waves of gene reactivation during mitotic exit.</a> Science. 358 (6359), 119-122 (2017).</li><li>Ardehali, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polycomb+Repressive+Complex+2+Methylates+Elongin+A+to+Regulate+Transcription.">Polycomb Repressive Complex 2 Methylates Elongin A to Regulate Transcription.</a> Molecular Cell. 68 (5), 872-884 (2017).</li><li>Schulz, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptome+surveillance+by+selective+termination+of+noncoding+RNA+synthesis.">Transcriptome surveillance by selective termination of noncoding RNA synthesis.</a> Cell. 155 (5), 1075-1087 (2013).</li><li>Barrass, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptome-wide+RNA+processing+kinetics+revealed+using+extremely+short+4tU+labeling.">Transcriptome-wide RNA processing kinetics revealed using extremely short 4tU labeling.</a> Genome Biology. 16, 282 (2015).</li><li>Duffy, E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+Distinct+RNA+Populations+Using+Efficient+and+Reversible+Covalent+Chemistry.">Tracking Distinct RNA Populations Using Efficient and Reversible Covalent Chemistry.</a> Molecular Cell. 59 (5), 858-866 (2015).</li><li>Rutkowski, A. J., Dolken, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Resolution+Gene+Expression+Profiling+of+RNA+Synthesis,+Processing,+and+Decay+by+Metabolic+Labeling+of+Newly+Transcribed+RNA+Using+4-Thiouridine.">High-Resolution Gene Expression Profiling of RNA Synthesis, Processing, and Decay by Metabolic Labeling of Newly Transcribed RNA Using 4-Thiouridine.</a> Methods in Molecular Biology. 1507, 129-140 (2017).</li><li>Darzacq, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+dynamics+of+RNA+polymerase+II+transcription.">In vivo dynamics of RNA polymerase II transcription.</a> Nature Structural &amp; Molecular Biology. 14 (9), 796-806 (2007).</li><li>Fuchs, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+measurement+of+genome-wide+transcription+elongation+speeds+and+rates+of+RNA+polymerase+II+transition+into+active+elongation+with+4sUDRB-seq.">Simultaneous measurement of genome-wide transcription elongation speeds and rates of RNA polymerase II transition into active elongation with 4sUDRB-seq.</a> Nature Protocols. 10 (4), 605-618 (2015).</li><li>Singh, J., Padgett, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rates+of+in+situ+transcription+and+splicing+in+large+human+genes.">Rates of in situ transcription and splicing in large human genes.</a> Nature Structural &amp; Molecular Biology. 16 (11), 1128-1133 (2009).</li><li>Schwalb, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TT-seq+maps+the+human+transient+transcriptome.">TT-seq maps the human transient transcriptome.</a> Science. 352 (6290), 1225-1228 (2016).</li></ol>

في حين لا تزال هي تحسين الأدوات على نطاق الجينوم لتحليل التغيرات في النسخ، التحليل الوحيد من الترنسكربيتوم عن طريق التحديد الكمي لمستويات مستقرة من الحمض النووي الريبي قد لا تعكس التغييرات في الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النشاط. وفي الواقع، ينظم مستويات مرناً ليس فقط بتوليف الحم...

الخلايا تستجيب لمنبهات داخلية وخارجية، من خلال تغيير دينامية لبرنامجهم التعبير الجيني. في السنوات الأخيرة، تطورا هائلا للمنهجيات على نطاق الجينوم يسمح الوصف الدقيق والشامل للتغييرات الترنسكربيتوم في ظروف مختلفة. في معظم الدراسات ترانسكريبتوميك، تستخدم تسلسل ميكرواري التهجين أو الفائق لقياس مستويات الحمض النووي الريبي من كسر الجيش الملكي النيبالي مجموع حالة مستقرة. يمكن عرض التغييرات النسخي تحت اضطراب محددة طائفة واسعة من النتائج المحتملة، مع تغييرات التعبير جين معين أو طائفة كبيرة من الجينات حتى-أو دوونريجولاتيد. التعبير الجيني هو نتيجة لتوازن صقل — أو الحالة المستقرة – بين العمليات الأخرى التي تؤثر على مستويات الحمض النووي الريبي وتوليف الحمض النووي الريبي بالحمض النووي الريبي [بولمرس]. رنا بوليميراز الثاني النسخ، بما في ذلك على ثلاث مراحل متميزة (استهلال واستطالة والإنهاء)، يرتبط ومعقد للغاية مع تجهيز مرناً وتصدير هيولى، والترجمة، وتدهور.
عدة دراسات أجريت مؤخرا أظهرت أن توليف مرناس والانحلال إلى جانب الآليات وأظهرت أنه يمكن إغفال النسخي آثار الطفرة أو تحت المحفزات عند التحديد الكمي لمجموع الحالة المستقرة الجيش الملكي النيبالي. أولاً، الكشف عن التغيرات النسخي من خلال تحليل مستويات مستقرة مرناً دائماً يعتمد على عمر مرناس. متى يتم عرض اضطراب، مستويات مستقرة مرناس مع نصف حياة طويلة سوف تتأثر أقل بكثير من تلك التي مرناس مع نصف حياة قصيرة. ولذلك، إمكانية الكشف عن التغييرات في توليف الحمض النووي الريبي هو بقوة منحازة لصالح النصوص لم تدم طويلاً، في حين قد يفشل تحليل أطول عمرا من الأنواع مرناً للكشف عن التغيرات الدينامية في معدل النسخ. ثانيا، أظهرت عدة تقارير، كل من الخميرة والثدييات، قد تجاهل التغيرات العالمية في النسخ عند تحليل مستويات الحالة المستقرة مرناً. ومن المرجح بسبب الآليات التي تربط بين التوليف مرناً وتدهور الناتج في التخزين المؤقت مرناً. وهذا دفع تطوير بروتوكولات جديدة التحديد الكمي لتوليف مرناً فصل من تدهور، ومن خلال تحليل مرناً يدون حديثا. في السنوات الأخيرة، تم تقديم العديد من البدائل، بما في ذلك تسلسل التحضير العالمية (غرو-seq)1، ونسخة أصلية استطالة التسلسل (صافي-seq)2،3. نحن هنا، تقديم بروتوكول وضعت في البداية في خلايا الثدييات4،،من56 وتكييفها مع الخميرة7،،من89،10، ثم 11، الذي يرتكز على الحمض النووي الريبي وسم مع نوكليوزيد ثيولاتيد أو قاعدة تمثيلية، 4-ثيوريديني (4sU) أو 4-ثيوراسيل (4tU)، على التوالي.
هذا الأسلوب على وجه التحديد ينقي رنا يدون حديثا من الخلايا في الحمض النووي الريبي التي هي نبض المسمى مع 4sU مع تقريبا أي تدخل في التوازن الخلية. ومن ثم، عندما تتعرض الخلايا ل 4sU، الجزيء سرعة أوبتاكين، فوسفوريلاتيد إلى 4sU-ثلاثي الفوسفات، وأدرج في الكشف يتم نسخها. بمجرد تعديل نبض المسمى، فمن الممكن لاستخراج مجموع الجيش الملكي النيبالي الخلوية (المقابلة لمستويات مستقرة من الحمض النووي الريبي)، وفيما بعد، كسر الجيش الملكي النيبالي المسمى 4sU ثيول-على وجه التحديد، مما يؤدي إلى تشكيل رابطة ثنائي كبريتيد بين البيوتين الجيش الملكي النيبالي يدون حديثا4،5. ومع ذلك، لا يمكن 4sU أوبتاكين خلايا معربا عن نوكليوزيد الناقل، مثل الناقل نوكليوزيد اكويليبراتيفي البشرية (hENT1)، منع استخدامها الفوري في مهدها أو انشطار الخميرة. بينما واحدة يمكن التعبير عن hENT1 في بومبي س. أو . س. سيريفيسيا، نهج أسهل يمكن تحقيقه باستخدام 4tU القاعدة المعدلة، حيث يمكن أن يستغرق خلايا الخميرة 4tU، دون الحاجة إلى التعبير عن الناقل نوكليوزيد10، 11 , 12 , 13-وفي الواقع، يتطلب أيض 4tU نشاط فوسفوريبوسيلترانسفيريز اليوراسيل إنزيم (أوبرت). في الكائنات الحية عدة، بما في ذلك الخميرة ولكن ليس من الثدييات، أوبرت أمر ضروري لمسار إنقاذ بيريميدين، إعادة تدوير اليوراسيل لاردين الأدينوزين.
ويمكن إدخال انحياز هاما في الدراسات ترانسكريبتوميك بالتطبيع بين العينات المختلفة التي تم تحليلها بالتوازي. وفي الواقع، يمكن أن تؤثر على العديد من العوامل ينحرف التحليل المقارن الترنسكربيتوم المسخ والسلالات البرية من نوع: كفاءة تحلل الخلية، الاختلافات في الاستخراج، والانتعاش من الجيش الملكي النيبالي، والفروق في معايرة الماسح الضوئي لتحليلات ميكرواري ، بين أمور أخرى. كما نوقش أعلاه، يمكن أن مثل هذه الاختلافات مضللة لا سيما عندما يتوقع الآثار العالمية على الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النسخ. تم تصميم وسيلة أنيقة لدقة مقارنة معدلات التوليف مرناً بين العينات المختلفة باستخدام الخميرة الأنشطار بعيد يتصل بومبي شيزوساكتشاروميسيس كمعيار داخلية. لذلك، يسمى عدد ثابت من بومبي س. يتم إضافة خلايا إلى أن العينات S. cerevisiae والخلايا البرية من نوع أو متحولة، قبل تحلل الخلية والحمض النووي الريبي استخراج10. وفي وقت لاحق، كمياً الكشف حالة ثابتة والمركبة حديثا من بومبي س. و . س. سيريفيسيا أما بواسطة RT-قبكر أو عن طريق استخدام رقائق ميكرواري أو التسلسل الفائق10. الجمع بين هذه البيانات مع النمذجة الحركية، ويمكن قياس المعدلات المطلقة لتوليف مرناً والاضمحلال في مهدها الخميرة.
في إطار هذه المخطوطة، سنوضح كيفية السماح تحليل للحمض النووي الريبي يدون حديثا للكشف عن دور عالمي لمجمعات كواكتيفاتور الملحمة وتفييد في الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النسخ في مهدها الخميرة1514،، 16. الأهم من ذلك، تحدد مستويات مرناً مستقرة في S. cerevisiae الدراسات السابقة واقترح أن الملحمة يلعب دالة الغالبة على مجموعة محدودة من جينات الخميرة التي تتأثر بشدة بالطفرات في الملحمة ولكن مقاومة نسبيا تفييد الطفرات17،،من1819. من المستغرب، عرضت الأنشطة الانزيمية الملحمة العمل بشأن الجينوم كله يدون، مما يشير إلى دور أوسع لهذا المنشط المشارك في الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النسخ. وقد لوحظ تناقص الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني التعيين في الجينات أعرب معظم لدى المنظمة من الملحمة أو تفييد، مما يوحي بأن هذه كواكتيفاتورس العمل معا في معظم الجينات. ومن ثم، التحديد الكمي مرناً يدون حديثا كشفت أن الملحمة وتفيد المطلوبة للنسخ لما يقرب من جميع الجينات بالحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني14،،من1516. تنفيذ آليات تعويضية لتبرز بوصفها وسيلة للخلايا للتعامل مع انخفاض عالمي في توليف مرناً التي يتم تخزينها مؤقتاً نقصان عالمية متزامنة في تدهور مرناً. الملحمة ويضيف إلى قائمة العوامل وجود تأثير عالمي على الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النسخ، مثل الحمض النووي الريبي بول الثاني مفارز10، مجمع كواكتيفاتور20الوسيط، العام النسخ عامل تفييه21،22 ، والعناصر غير مباشر، مرناً تدهور الآلية9،10،23. مثل هذه الأحداث التعويضية لوحظت عالمياً في ساغا المسوخ، والمحاسبة للتغييرات المتواضعة والمحدودة في مستويات مرناً مستقرة رغم انخفاض عالمي وشديدة في توليف مرناً14. كما أجريت التحاليل مماثلة في سلالة حذف BRE1 ، أدى إلى خسارة كاملة من هستون H2B أوبيكويتينيشن. من المثير للاهتمام، يمكن الكشف عن كثير أكثر اعتدالا ولكن يتفق تأثير عالمي على الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النسخ في غياب Bre1، مشيراً إلى أن وسم الأيضية للجيش الملكي النيبالي يدون حديثا في الخميرة يمكن الكشف والتحديد الكمي لمجموعة واسعة من التغييرات في مرناً معدلات التوليف.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:640px;" width="640">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="23">
			<td height="23" style="height:23px;width:216px;">4-Thiouracil</td>
			<td style="width:119px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:139px;">Cat# 440736</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Rapamycin</td>
			<td style="width:119px;">Euromedex</td>
			<td style="width:139px;">Cat# SYN-1185</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="35">
			<td height="35" style="height:35px;width:216px;">Countess II FL Automated Cell Counter</td>
			<td style="width:119px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:139px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="36">
			<td height="36" style="height:36px;width:216px;">RiboPure RNA Purification kit, yeast</td>
			<td style="width:119px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:139px;">Cat# AM1926</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">NanoDrop 2000 Spectrophotometer</td>
			<td style="width:119px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:139px;">ND-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">TURBO DNA-free Kit</td>
			<td style="width:119px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:139px;">AM1907</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">EZ-Link HPDP Biotin</td>
			<td style="width:119px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:139px;">Cat# 21341</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Thiolutin</td>
			<td style="width:119px;">Abcam</td>
			<td style="width:139px;">ab143556</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">&#181;MACS Streptavidin kit</td>
			<td style="width:119px;">Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:139px;">Cat# 130-074-101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Transcriptor Reverse Transcriptase</td>
			<td style="width:119px;">Roche</td>
			<td style="width:139px;">03 531 295 001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">SYBR Green I Master</td>
			<td style="width:119px;">Roche</td>
			<td style="width:139px;">4707516001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">GeneChip Yeast Genome 2.0</td>
			<td style="width:119px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:139px;">900555</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">GeneChip Fluidics Station 450</td>
			<td style="width:119px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:139px;">00-0079</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">GeneChip Scanner 3000 7G</td>
			<td style="width:119px;">ThermoFisher</td>
			<td style="width:139px;">00-0210</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

saccharomyces cerevisiae metabolic labeling with 4-thiouracil and the quantification of newly synthesized mrna as a proxy for rna polymerase ii activity

قد التغاضي عن العيوب العالمي في الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النسخ بالدراسات ترانسكريبتوميك تحليل الحمض النووي الريبي في حالة مستقرة. في الواقع، قد تبين الانخفاض العالمي في توليف مرناً تعويض انخفاض متزامنة في تدهور مرناً لاستعادة مستويات مستقرة العادي. ومن ثم فهو التحديد الكمي على نطاق الجينوم لتوليف مرناً، بمعزل عن اضمحلال مرناً، انعكاس مباشر أفضل من الحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النسخي نشاط. وهنا نناقش أسلوب استخدام غير مقاومة وسم الأيضية للكشف الوليدة في Saccharomyces cerevisiae (س. سيريفيسيا). على وجه التحديد، تستزرع الخلايا لمدة 6 دقائق مع اليوراسيل تناظرية، 4 ثيوراسيل، وتنقية الكشف حديثا يدون المسمى وكمياً لتحديد معدلات توليف جميع مرناً الفردية. وعلاوة على ذلك، باستخدام المسمى بومبي شيزوساكتشاروميسيس الخلايا كما قياسي الداخلية تسمح بمقارنة توليف مرناً في مختلف S. cerevisiae سلالات. باستخدام هذا البروتوكول وتركيب البيانات مع نموذج دينامي حركية، يمكن تحديد معدلات تسوس مرناً المناظرة.

عند تنفيذ العلامات الاستقلابية من الحمض النووي الريبي يدون حديثا، جوانب عديدة تحتاج إلى مراقبة: الوقت والكفاءة للعلامات، وارتفاع في النسبة، بروتوكول الاستخراج، وفعالية بيوتينيليشن (بما في ذلك الإشارات إلى الضجيج نسبة)، من بين أمور أخرى. هذه الشروط على نطاق واسع ومنهجي ?...

Watch this Scientific Journal Video about Saccharomyces cerevisiae Metabolic Labeling with 4-thiouracil and the Quantification of Newly Synthesized mRNA As a Proxy for RNA Polymerase II Activity at Jo

Saccharomyces cerevisiae Metabolic Labeling with 4-thiouracil and the Quantification of Newly Synthesized mRNA As a Proxy for RNA Polymerase II Activity

البروتوكول هو موضح هنا يستند إلى التحديد الكمي للمركب حديثا مرناً تنقيته من خلايا الخميرة المسمى مع 4-ثيوراسيل على نطاق الجينوم. هذا الأسلوب يسمح بقياس توليف مرناً فصل من تسوس مرناً، ويوفر بالتالي، قياس دقيق للحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النسخ.

Saccharomyces cerevisiae الأيضية وسم مع 4-ثيوراسيل والتحديد الكمي حديثا توليفها مرناً كوكيل للنشاط الثاني رنا بوليميراز

Global defects in RNA polymerase II transcription might be overlooked by transcriptomic studies analyzing steady-state RNA. Indeed, the global decrease in ...

والميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنها تعكس نشاط RNA بوليميراز II بقياس مرنا المركبة حديثاً والتي لا تتأثر بتدهور الحمض النووي الريبي. وقد وصف هذا البروتوكول في الأصل باستخدام التهجين microarray، ولكن يمكن بسهولة اعتمادها إلى تسلسل عالية في جميع أنحاء من مرنا حديثا. ومن خلال هذا الإجراء، سيكون تياغو بابتيستا، وهو طالب سابق في الدراسات العليا من مختبرنا.بعد تلقيح الخلايا S.cerevisiae، تنمو بين عشية وضحاها في 30 درجة مئوية مع الانفعالات المستمرة في 150 دورة في الدقيقة. في اليوم التالي، قياس الكثافة البصرية في 600 نانومتر. تمييع الثقافة إلى OD600 من حوالي 0.1 في 100 ملليلتر من YPD المتوسطة.يكبر الخلايا حتى OD600 حوالي 0.8. بعد ذلك، قياس OD600 من ثقافة بين عشية وضحاها S.pombe. تمييع هذه الثقافة إلى OD600 من حوالي 0.1 في 500 ملليلتر من ياس المتوسطة والسماح لها أن تنمو حتى OD600 هو تقريبا 0.8.أولاً، أعد حلاً جديداً من اثنين من المول أربعة thiouracil. حافظ على الحل المعد في درجة حرارة الغرفة ومحميًا من الضوء. أضف حل أربعة-thiouracil إلى S.cerevisiae و S.pombe الثقافات بحيث التركيز النهائي هو خمسة ميليمولار.احتضان S.cerevisiae و S.pombe الثقافات في 30 درجة مئوية و 32 درجة مئوية على التوالي مع الانفعالات المستمرة لمدة ست دقائق. بعد ذلك، إزالة aliquot صغيرة من كل ثقافة وعد الخلايا باستخدام إما عداد خلية تلقائية أو غرفة Neubauer. أجهزة الطرد المركزي في 2،500 مرة ز وأربع درجات مئوية لمدة خمس دقائق لجمع الخلايا.تجاهل الماثر وغسل الخلايا مع الجليد البارد مرة واحدة برنامج تلفزيوني. أجهزة الطرد المركزي مرة أخرى في 2،500 مرة ز وأربع درجات مئوية لمدة خمس دقائق. بعد ذلك، إعادة تعليق الخلايا في خمسة ملليلتر من الجليد البارد مرة واحدة برنامج تلفزيوني.خلط الخلايا S.cerevisiae وS.pombe بنسبة ثلاثة إلى واحد. أجهزة الطرد المركزي العينات المختلطة في 2،500 مرات ز وأربع درجات مئوية لمدة خمس دقائق. ثم إزالة برنامج تلفزيوني وفلاش تجميد الخلايا في النيتروجين السائل.تخزين العينة في درجة مئوية سلبية 80 حتى جاهزة للاستخدام. عندما تكون جاهزة للمتابعة، ذاب الخلايا على الجليد لمدة 20 إلى 30 دقيقة تقريبا. استخدام الخميرة RNA طقم استخراج RNA لاستخراج RNA كما هو موضح في بروتوكول النص.بعد ذلك، قم بنقل خرطوشة التصفية إلى أنبوب التجميع النهائي. Elute الجيش الملكي النيبالي مع 50 ميكرولترات من المياه المعالجة DEPC RNase الخالية التي كانت محمّلة إلى 100 درجة مئوية. جهاز طرد مركزي في 16،000 مرات ز لمدة دقيقة واحدة.ثم استخدام 50 ميكروليتر من المياه المعالجة مسبقا DEPC RNase المعالجة ل elute الجيش الملكي النيبالي مرة أخرى إلى نفس الأنبوب. أجهزة الطرد المركزي في 16،000 مرات ز لمدة دقيقة واحدة للتأكد من أن حجم العينة بأكمله قد مرت من خلال مرشح. وإذا لم يحدث ذلك، فإن الطرد المركزي مرة أخرى لفترة أطول من الزمن.عند الانتهاء، وتحديد والتحقق من نقاء العينة باستخدام المعدات المناسبة. استخدام DEPC المعالجة الخالية من النيوكلاز المياه لضبط تركيز الحمض النووي الريبي المكتسبة سابقا إلى اثنين ملليغرام لكل ملليلتر. Aliquot 200 ميكروغرام من مجموع الحمض النووي الريبي وتسخينه في 60 درجة مئوية لمدة 10 دقائق.على الفور البرد على الجليد لمدة دقيقتين. أضف 600 ميكروليتر من المياه الخالية من RNase المعالجة من DEPC. إضافة 100 ميكرولترات من العازلة biotinylation ثم إضافة 200 ميكرولترات من HPDP الحيوي.إذا كان حل HPDP البيوتين يترسب من الحل، زيادة حجم DMSO أو DMF تصل إلى 40٪ من حجم التفاعل كما هو موضح في بروتوكول النص. حماية العينة من الضوء واحتضانها في درجة حرارة الغرفة مع التحريض لطيف لمدة ثلاث ساعات. بعد ذلك، إضافة حجم متساو تقريبا من الكلوروفورم إلى الأنابيب ومزيج بقوة.جهاز طرد مركزي في 13،000 مرة ز و أربع درجات مئوية لمدة خمس دقائق. المقبل، بعناية نقل المرحلة العليا إلى أنابيب ملليلتر جديدة. إضافة كمية من خمسة كلوريد الصوديوم الضرس يساوي حوالي 1/10 من حجم العينة.ثم اخلطي العينة. أولاً، سخني الحمض النووي الريبي الحيوي عند 65 درجة مئوية لمدة 10 دقائق. ثم هدئ عينات على الجليد لمدة خمس دقائق.إضافة 100 ميكرولترات من الخرز المغناطيسي Streptavidin المغلفة إلى الحمض النووي الريبي biotinylated. احتضان في درجة حرارة الغرفة مع اهتزاز طفيف لمدة 90 دقيقة. ضع الأعمدة المقدمة مع المجموعة في الحامل المغناطيسي.بعد ذلك، أضف 900 ميكرولترات من غرفة درجة حرارة الغسيل العازلة إلى الأعمدة. تطبيق 200 ميكروليتر حبة وخلط الحمض النووي الريبي على الأعمدة. جمع تدفق من خلال في أنابيب 1.5 ملليلتر ومن ثم تطبيقه مرة أخرى على نفس العمود المغناطيسي.الحفاظ على هذا التدفق من خلال إذا لزم الأمر كما يمثل كسر RNA unlabeled. لبدء التحقق من صحة RT-qPCR من الكسور المختلفة، أولاً توليف cDNA كما هو موضح في النص. ثم تضخيم cDNA عن طريق qPCR في الوقت الحقيقي باستخدام بروتوكول قياسي.المستويات المقاسة من النصوص في الكسور المنقاة من الخلايا البرية من النوع المستزرعة مع وبدون أربعة thiouracil أكد هذا الإجراء ينقي على وجه التحديد RNA المسمى. تحليل سلالة دلتا spt20 يكشف أن كمية من إجمالي الحمض النووي الريبي ثابت الدولة لم يتغير إلى حد كبير أو هو فقط أقل قليلا للجينات اختبارها. وينظر إلى نتائج مماثلة لسلالات حذف لbre1.ومع ذلك، فإن تحليل الحمض النووي الريبي المنسوخ حديثاً في سلالة دلتا SPT20 يكشف عن انخفاض بنسبة ثلاثة إلى خمسة أضعاف في تخليق مرناً لجميع الجينات المختبرة. وفي الوقت نفسه، وفقدان bre1 يؤدي إلى انخفاض أكثر سرية ولكن لا تزال مرئية. عند استنفاد غير قابل للاستنفاد من spt7، وحدة فرعية هيكلية من مجمع الملحمة، يتم تخفيض مستويات مرنا حديثا نسخها إلى حد مماثل للضغط الحذف.عندما يتم قياس مستويات الحمض النووي الريبي الإجمالية عن طريق التحليل على نطاق الجينوم، يُنظر إلى عدد قليل فقط من الجينات على أن مستويات التعبير الخاصة بها قد تغيرت عند حذف spt20 إما عن طريق التنظيم أو التنظيم لأسفل. ومع ذلك ، فإن تحليل الحمض النووي الريبي المنسوخ حديثًا يكشف عن أن مستويات أكثر من 4000 جينات يتم تقليلها بشكل كبير على الأقل شقين عند حذف spt20 مما يشير إلى تأثير إيجابي عالمي للملحمة على نسخ RNA POLYMERase II في الخمائر الناشئة. على الرغم من أن هذه الطريقة يمكن أن توفر نظرة ثاقبة في النسخ في Saccharomyces cerevisiae، تم تطبيقه فقط مع اختلافات طفيفة لاستخدام هذا البروتوكول، يمكننا الكشف عن انخفاض عالمي في تخليق مرنا الذي تم تعويضه من قبل انخفاض عالمي في تدهور الحمض النووي الريبي.

Research

JoVE Journal

Genetics

Saccharomyces cerevisiae Metabolic Labeling with 4-thiouracil and the Quantification of Newly Synthesized mRNA As a Proxy for RNA Polymerase II Activity

Inducible T7 RNA Polymerase-mediated Multigene Expression System, pMGX

مستحلب T7 الحمض النووي الريبي البلمرة بوساطة مولتيجين نظام التعبير، بمغس

Co-expression of multiple proteins is increasingly essential for synthetic biology, studying protein-protein complexes, and characterizing and harnessing ...

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions with ChEC-seq in Saccharomyces cerevisiae

رسم الخرائط على نطاق الجينوم من التفاعلات البروتين الحمض النووي مع تشيك-سيق في<em&gt; ساكاروميسز سيريفيسياي</em

Genome-wide mapping of protein-DNA interactions is critical for understanding gene regulation, chromatin remodeling, and other chromatin-resident ...

Measuring mRNA Levels Over Time During the Yeast S. cerevisiae Hypoxic Response

Measuring mRNA Levels Over Time During the Yeast S. cerevisiae Hypoxic Response

قياس مستويات مرناً على مر الزمن من خلال "الاستجابة" الخميرة التاكسج S. cerevisiae

Complex changes in gene expression typically mediate a large portion of a cellular response. Each gene may change expression with unique kinetics as the ...

Metabolic Labeling and Profiling of Transfer RNAs Using Macroarrays

وسم الأيضية والتنميط لنقل الكشف باستخدام ماكروارايس

Transfer RNAs (tRNA) are abundant short non-coding RNA species that are typically 76 to 90 nucleotides in length. tRNAs are directly responsible for ...

Semi-quantitative Detection of RNA-dependent RNA Polymerase Activity of Human Telomerase Reverse Transcriptase Protein

كشف شبه كمي النشاط المعتمدة على الحمض النووي الريبي بوليميراز الحمض النووي الريبي للبروتين البشري Telomerase المنتسخة العكسية

Human telomerase reverse transcriptase (TERT) is the catalytic subunit of telomerase, and it elongates telomere through RNA-dependent DNA polymerase ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

Chromatin Immunoprecipitation ChIP of Histone Modifications from Saccharomyces cerevisiae

إيمونوبريسيبيتيشن الكروماتين (رقاقة) من "التعديلات هستون" من Saccharomyces cerevisiae

Histone post-translational modifications (PTMs), such as acetylation, methylation and phosphorylation, are dynamically regulated by a series of enzymes ...

Methodology for Accurate Detection of Mitochondrial DNA Methylation

منهجية للكشف عن دقة مثلايشن الحمض النووي

Quantification of DNA methylation can be achieved using bisulfite sequencing, which takes advantage of the property of sodium bisulfite to convert ...

Quantitative Analysis of Alternative Pre-mRNA Splicing in Mouse Brain Sections Using RNA In Situ Hybridization Assay

Quantitative Analysis of Alternative Pre-mRNA Splicing in Mouse Brain Sections Using RNA In Situ Hybridization Assay

التحليل الكمي للربط مرناً قبل البديلة في أقسام الدماغ الماوس باستخدام الحمض النووي الريبي في الموقع التهجين المقايسة

Alternative splicing (AS) occurs in more than 90% of human genes. The expression pattern of an alternatively spliced exon is often regulated in a cell ...

Evaluation of a Universal Nested Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction for the Detection of Lyssaviruses

تقييم تفاعل البلمره المتسلسل المتداخل العالمي للكشف عن فيروسات الليسايسيس

To detect rabies virus and other member species of the genus Lyssavirus within the family Rhabdoviridae, the pan-lyssavirus nested reverse transcription ...

Artificial RNA Polymerase II Elongation Complexes for Dissecting Co-transcriptional RNA Processing Events

الاصطناعي RNA بولميراز الثاني استطالة المجمعات لتشريح شارك في النسخ RNA معالجة الأحداث

Eukaryotic mRNA synthesis is a complex biochemical process requiring transcription of a DNA template into a precursor RNA by the multi-subunit enzyme RNA ...