Name: calibration-free in vitro quantification of protein homo-oligomerization using commercial instrumentation and free, open source brightness analysis software
Uploaded: 2018-07-17T15:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software a

Dette arbeidet har vært støttet av Wellcome Trust gi 105278/Z/14/2 R.N. Wellcome Trust Centre for Human Genetics er finansiert av Wellcome Trust Core Award 203852/Z/16/2. Arbeid i CS gruppen støttes av kreftforskning Storbritannia (C20724/A14414) og europeiske forskningsråd under EUs horisonten 2020 forskning og innovasjon program Grant 647278.

1. FKBP12 F36V - mVenus rensing
<ol><li>Transformere (DE3) pLysS celler med pET22b vektor inneholder monomerized menneskelige FKBP12F36V12 og N-terminal His6 og mVenus koder (vektor tilgjengelig på forespørsel). Plate celler på LB agar supplert med 50 µg/mL Ampicillin og 34 µg/mL Chloramphenicol.</li>
	<li>Overføre transformert kolonier i 100 mL LB startkulturer og vokse i 16-20 timer på 37 ° C med skjelvende.</li>
	<li>Fortynne tett startkulturer (OD600 > 1) 1: 100 i LB medium (2 x 500 ...

<ol>
	<li>Voith von Voithenberg, L., Lamb, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+pair+forster+resonance+energy+transfer:+A+versatile+tool+to+investigate+protein+conformational+dynamics.">Single pair forster resonance energy transfer: A versatile tool to investigate protein conformational dynamics.</a> BioEssays. 40, (2018).</li><li>Padilla-Parra, S., Auduge, N., Coppey-Moisan, M., Tramier, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+FRET+analysis+by+fast+acquisition+time+domain+FLIM+at+high+spatial+resolution+in+living+cells.">Quantitative FRET analysis by fast acquisition time domain FLIM at high spatial resolution in living cells.</a> Biophysical Journal. 95, 2976-2988 (2008).</li><li>Padilla-Parra, S., Auduge, N., Coppey-Moisan, M., Tramier, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dual-color+fluorescence+lifetime+correlation+spectroscopy+to+quantify+protein-protein+interactions+in+live+cell.">Dual-color fluorescence lifetime correlation spectroscopy to quantify protein-protein interactions in live cell.</a> Microscopy Research and Technique. 74, 788-793 (2011).</li><li>Muller, J. D., Chen, Y., Gratton, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+correlation+spectroscopy.">Fluorescence correlation spectroscopy.</a> Methods in Enzymology. 361, 69-92 (2003).</li><li>Tramier, M., Coppey-Moisan, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+anisotropy+imaging+microscopy+for+homo-FRET+in+living+cells.">Fluorescence anisotropy imaging microscopy for homo-FRET in living cells.</a> Methods in Cell Biology. 85, 395-414 (2008).</li><li>Digman, M. A., Dalal, R., Horwitz, A. F., Gratton, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+the+number+of+molecules+and+brightness+in+the+laser+scanning+microscope.">Mapping the number of molecules and brightness in the laser scanning microscope.</a> Biophysical Journal. 94, 2320-2332 (2008).</li><li>Nolan, R., Iliopoulou, M., Alvarez, L., Padilla-Parra, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detecting+protein+aggregation+and+interaction+in+live+cells:+A+guide+to+number+and+brightness.">Detecting protein aggregation and interaction in live cells: A guide to number and brightness.</a> Methods. , (2017).</li><li>Dalal, R. B., Digman, M. A., Horwitz, A. F., Vetri, V., Gratton, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+particle+number+and+brightness+using+a+laser+scanning+confocal+microscope+operating+in+the+analog+mode.">Determination of particle number and brightness using a laser scanning confocal microscope operating in the analog mode.</a> Microscopy Research and Technique. 71, 69-81 (2008).</li><li>Nolan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=nandb-number+and+brightness+in+R+with+a+novel+automatic+detrending+algorithm.">nandb-number and brightness in R with a novel automatic detrending algorithm.</a> Bioinformatics. , (2017).</li><li>Hur, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+Measurement+of+Brightness+from+Living+Cells+in+the+Presence+of+Photodepletion.">Quantitative Measurement of Brightness from Living Cells in the Presence of Photodepletion.</a> PLoS One. 9, (2014).</li><li>Amara, J. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+versatile+synthetic+dimerizer+for+the+regulation+of+protein-protein+interactions.">A versatile synthetic dimerizer for the regulation of protein-protein interactions.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 94, 10618-10623 (1997).</li><li>Clackson, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Redesigning+an+FKBP-ligand+interface+to+generate+chemical+dimerizers+with+novel+specificity.">Redesigning an FKBP-ligand interface to generate chemical dimerizers with novel specificity.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95, 10437-10442 (1998).</li><li>Rollins, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+ligand-reversible+dimerization+system+for+controlling+protein-protein+interactions.">A ligand-reversible dimerization system for controlling protein-protein interactions.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97, 7096-7101 (2000).</li><li>Schindelin, J., Rueden, C. T., Hiner, M. C., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ImageJ+ecosystem:+An+open+platform+for+biomedical+image+analysis.">The ImageJ ecosystem: An open platform for biomedical image analysis.</a> Molecular Reproduction and Development. 82, 518-529 (2015).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=R:+A+Language+and+Environment+for+Statistical+Computing.">R: A Language and Environment for Statistical Computing.</a> R Core. , (2017).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RStudio:+Integrated+Development+Environment+for+R.">RStudio: Integrated Development Environment for R.</a> R Team. , (2016).</li><li>. nandb R package Available from: <a target="_blank" href="https://CRAN.R-project.org/package=nandb">https://CRAN.R-project.org/package=nandb</a> (2017)</li><li>Jung, G., Wiehler, J., Zumbusch, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+photophysics+of+green+fluorescent+protein:+influence+of+the+key+amino+acids+at+positions+65,+203,+and+222.">The photophysics of green fluorescent protein: influence of the key amino acids at positions 65, 203, and 222.</a> Biophysical Journal. 88, 1932-1947 (2005).</li><li>Shaner, N. C., Steinbach, P. A., Tsien, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+choosing+fluorescent+proteins.">A guide to choosing fluorescent proteins.</a> Nature Methods. 2, 905-909 (2005).</li><li>Butkevich, A. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydroxylated+fluorescent+dyes+for+live-cell+labeling:+synthesis,+spectra+and+super-resolution+STED.">Hydroxylated fluorescent dyes for live-cell labeling: synthesis, spectra and super-resolution STED.</a> Chemistry: A European Journal. 23, 12114-12119 (2017).</li></ol>

N & B er en teknikk for å oppdage multimerization ved hjelp av kommersielle lys skanning AC confocal mikroskop utstyrt med digital detektorer. Denne tilnærmingen er ganske attraktivt forhold til ett punkt FCS FCCS og smFRET fordi det er kalibrering gratis og lysstyrke beregningen er enkelt og konsentrasjon uavhengig6. Det er av stor betydning, men å korrigere for bleking og langsiktig intensitet svingninger før du utfører lysstyrke beregninger9; en liten økning av lys...

Protein-protein interaksjoner jeg n Vitro
Tradisjonelt er krystallografi og kjernefysiske magnetisk resonans eksperimenter kombinert med cryo-elektronmikroskop (cryoEM) teknologien valgt å nøyaktig beskrive tredimensjonale arkitekturen av proteiner og utlede sin funksjon av studere deres høy oppløsning strukturelle detaljer. Proteiner, men er ikke statiske strukturer og kan gjennomgå en rekke conformational endringer og vibrasjoner i tid og rom. Derfor strukturelle informasjon fra krystallografisk eller CryoEM data må suppleres med andre teknikker (f.eks molekylære dynamikk simuleringer og ett molekyl teknikker): funksjonen av et protein er knyttet til sin conformational endringer og interaksjoner, og denne informasjonen finnes ikke i en statisk struktur. For å sondere for intra molekylære dynamikk, er teknikker basert på ett molekyl Forster resonans energi overføring (smFRET) svært effektiv1. Disse metodene kan vurdere ulike subpopulasjoner av molekyler i komplekse medier. Dette er svært viktig, som disse endringene er rask og oppstår under oppkjøpet av data (dvs. nanosekund andre utvalg).
To hovedfremgangsmåter er vanligvis brukes til å oppdage og kvantifisere endringene: proteiner i løsningen og overflaten-immobilisering. For påvisning av Inter molekylære interaksjoner og spesielt prosessen med dimerization av ligander, er smFRET ikke alltid det beste verktøyet. Faktisk bånd avhenger ikke bare på avstand (≈10 nm), men også på retningen på de to dipoler (giver og acceptor, χ2) og overlapping av donor utslipp med den acceptor absorpsjon spectra2, men kanskje denne siste tilstand er mindre forutsatt at experimentalist kan valgte viktig rett bånd paret. En særlig ulempe av smFRET for utprøvende homo-dimerization kommer fra merkingen av protein av interesse: for hetero smFRET, dimerization kan bare bli oppdaget opptil 50% (dvs hetero-bånd vil bare kunne oppdage donor-acceptor og Acceptor-giver homo-dimers men ikke giver-donor eller acceptor-acceptor, som er den andre 50% av dimers). Bruk av fluorescens korrelasjon spektroskopi (FCS) og derivater (FCCS, etc.3) å fastslå protein diffusjon konstanter og bindende konstanter i vitro er et annet alternativ. Disse metodene kan ikke fullt kvantifisere homo-dimerization enten, som FCS ett tiltak konsentrasjon og spredning, og radius og diffusion koeffisient av en spre partikkel er veldig dårlig avhengige molekylvekt; for eksempel vil en 10 ganger økning i Molekylvekten bare innebære en 2,15 fold endring i diffusjon koeffisienten4. Ved to farger FCS eller FCCS vises bare 50% av homo-dimers av samme grunn som ovenfor. Den mest praktiske og kvantitative tilnærminger å oppdage homo-dimerization i vitro og vivo er homo-bånd5 og tall og lysstyrke (N & B)6. Gitt faktum at homo-bånd krever bestemte instrumentering utvinning av anisotropy verdi (dvs. optiske elementer/Analysatorer gjenopprette parallelle og vinkelrette polarisering), N & B er presentert her som en gunstig teknikk oppdage protein homo-dimerization og aggregering. Det kan være ansatt i vitro og i vivo med en kommersiell oppsett.
Antall og lysstyrke
N & B er nylig gjennomgått7. At anmeldelsen fokusert på anvendelse av teknikken i live celler. Det er verdt å gjengi matematiske formalisme her som disse ligninger brukes til data samlet i vitro. Først er det nødvendig å definere noen vilkår og matematiske mengder:
<ul><li>En enhet er et sett av molekyler som er bundet sammen.</li>
	<li>Lysstyrke -ε av en enhet er antall fotoner den avgir per enhetstid (per ramme).</li>
	<li>
n er antall enheter finnes.</li>
	<li>For et gitt bildepunkt i løpet av en bildet serien er dens mener intensitet og σ2 variansen i intensitet.</li>
</ul>Så, med foto-telling detektorer og antar mobile enheter og ingen bakgrunn,
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/58157/58157eq1.jpg"> <img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/58157/58157eq2.jpg">
der N er klart nummeret og B er tilsynelatende lysstyrke. Dette resulterer i
<img alt="Equation 3" src="/files/ftp_upload/58157/58157eq3.jpg"> <img alt="Equation 4" src="/files/ftp_upload/58157/58157eq4.jpg">
Dalal et al. 8 viste at med analoge utstyr, må tre korreksjon vilkår: S faktor, bakgrunn forskyvningog avlesning støy σ02. Deretter igjen antar mobile enheter,
<img alt="Equation 5" src="/files/ftp_upload/58157/58157eq5.jpg"> <img alt="Equation 6" src="/files/ftp_upload/58157/58157eq6.jpg">
gi
<img alt="Equation 7" src="/files/ftp_upload/58157/58157eq7.jpg"> <img alt="Equation 8" src="/files/ftp_upload/58157/58157eq8.jpg">
Merk at ovenstående ligningen for ulike som gitt i Dalal et al. 8 og en påfølgende gjennomgang. 7 i Dalal et al. S i nevneren ble utelatt på grunn av en skrivefeil, og denne feilen ble reprodusert i anmeldelsen. Formelen ovenfor er riktig. Instruksjoner for å måle S, forskyvning og σ02 - en forklaring av deres betydning - er gitt av Dalal et al. 8
Lysstyrke-ε er proporsjonal i oligomeric delstaten spre enheter: ε vil være dobbelt så stor for dimers som det er for monomerer, tre ganger så stor for trimers som det er for monomerer, dobbelt så stor for hexamers som det er for trimers og så videre. På denne måten, måle lysstyrke-ε kan en kvantifisere alle typer multimerization.
Hvis det er en blanding av oligomeric stater stede, er antall og lysstyrke ikke kan gjenopprette personlige oligomeric statene stede. Dette er en begrensning av teknikken.
Detrend algoritmen og nandb
Viktigheten av å korrigere for photobleaching er blitt understreket tidligere9. Photobleaching uunngåelig oppstår under * lys eksperimenter i time-lapse modus. både levende celler og i vitro. Mange tilnærminger har blitt beskrevet i litteraturen til rette for bleking7. Den eksponentielle filtreringsmetode med automatisk valg av detrending parameteren T er dagens beste. Den er integrert i det fri, åpen kildekode programvare nandb9. Faktisk kan programvare som krever at brukeren manuelt velge sin detrending parameter føre til feil resultater fordi denne parameteren valg vil trolig være vilkårlig og feil. Automatisk algoritmen kontrollerer dataene og angir den riktige parameteren, uten bruker intervensjon9. Selv med den beste utvalg av utjevning parameteren, detrending har sine begrensninger og fungerer bare godt med photobleaching prosent lavere enn 25%, som vist med simuleringer9. Interessant, når du bruker den automatiske detrending rutinen, nøyaktigheten er slik at en kan arbeide med lav lysstyrkeverdier (selv B < 1.01), og dermed lav intensitet, og fremdeles være presise nok å kvantifisere homo-dimerization.
Photobleaching fører også til et annet problem: tilstedeværelsen av photobleached fluorophores i en multimer kompleks. Dette gjør f.eks en trimer vises som en dimer når en av de tre enhetene i trimer er ikke-fluorescerende. Hur og Mueller10 viste hvordan å løse dette og dette korreksjonen var også understreket i en senere gjennomgang7. Nandb programvaren inneholder denne korreksjonen9.
FKBP12 F36V systemet
FKBP12F36V er et protein som ikke naturlig oligomerize men er kjent for å dimerize på tillegg av det AP20187 stoff (også kjent som BB dimerizing ligand)11,12. Dette gjør det en ideell test sak for tall og lysstyrke: med merket FKBP12F36V, en dobling av oligomeric staten bør være observert på tillegg av BB.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:997px;" width="997">
	<tbody>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:331px;">RosettaTM (DE3) pLysS cells</td>
			<td style="width:123px;">Novagen</td>
			<td style="width:344px;">70956-3</td>
			<td style="width:200px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Ampicillin</td>
			<td style="width:123px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:344px;">PubChem Substance ID 329824407</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Chloramphenicol</td>
			<td style="width:123px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>PubChem Substance ID: 24892250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">LB starter culture</td>
			<td style="width:123px;">QIAGEN</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">LB medium</td>
			<td style="width:123px;">QIAGEN</td>
			<td height="40" style="height:40px;width:344px;&quot;">https://www.sigmaaldrich.com/content/dam/sigma-aldrich/head/search/external-link-icon.gif</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">IPTG</td>
			<td style="width:123px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:344px;">PubChem Substance ID 329815691</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">IMAC buffer</td>
			<td>Medicago</td>
			<td>09-1010-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">EDTA-free protease inhibitors&#160;</td>
			<td style="width:123px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>11873580001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">TALON resin</td>
			<td>Clonetech</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Nickel sepharose</td>
			<td style="width:123px;">GE Healthcare</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">S200 16/60 column</td>
			<td style="width:123px;">GE Healthcare</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Glass bottom 8 well observation dish</td>
			<td>Ibidi</td>
			<td>80827</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

calibration-free in vitro quantification of protein homo-oligomerization using commercial instrumentation and free, open source brightness analysis software

Antall og lysstyrke er en kalibrering uten fluorescens svingninger spektroskopi (FFS) teknikk for å oppdage protein homo-oligomerization. Det kan anvendes ved hjelp av konvensjonelle AC confocal mikroskop utstyrt med digital detektorer. En protokoll for bruk av teknikken i vitro vises ved hjelp av et brukstilfelle der antall og lysstyrke kan sees å tallfeste nøyaktig oligomeric staten mVenus-merket FKBP12F36V før og etter tilsetning av det dimerizing stoffet AP20187. Betydningen av parameterne riktig mikroskop oppkjøp og de riktige data forbehandling og analyse metodene diskuteres. Spesielt er betydningen av photobleaching korreksjon understreket. Denne rimelige metoden kan brukes til å studere protein-protein interaksjoner i mange biologiske sammenhenger.

Detrending og monomerisk lysstyrke
Når dataene er anskaffet, kan man starte lysstyrke beregningene for å fastslå oligomeric staten av protein av interesse i løsningen. Selv om effekten av bleking i løsning ikke kanskje så drastisk som det kan være i vivo, intensitet spor må fremdeles sannsynligvis ikke stillestående gjennomsnittet, sannsynligvis photophysical effekter knyttet til fluorophore,<s...

Watch this Scientific Journal Video about Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software a

Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software

Kalibrering-fri In Vitro kvantifisering av Protein Homo-oligomerization med kommersielle instrumentering og gratis, åpen kildekode lysstyrke analyseprogramvare

Denne protokollen beskriver en kalibrering-fri tilnærming for å kvantifisere protein homo-oligomerization i vitro basert på fluorescens svingninger spektroskopi med kommersielle lyset skanning mikroskopi. Riktig oppkjøpet innstillingene og analyseteknologi vises.

Number and brightness is a calibration-free fluorescence fluctuation spectroscopy (FFS) technique for detecting protein homo-oligomerization. It can be ...

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Calibration-free In Vitro Quantification of Protein Homo-oligomerization Using Commercial Instrumentation and Free, Open Source Brightness Analysis Software

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Bruke Stillas liposomer for å rekonstituere Lipid-proksimale Protein-protein interaksjoner<em&gt; In Vitro</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Biochemical and Structural Characterization of the Carbohydrate Transport Substrate-binding-protein SP0092

Biokjemiske og strukturelle karakteristikk av karbohydrater Transport substrat-binding-protein SP0092

Development of new antimicrobials and vaccines for Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) are necessary to halt the rapid rise in multiple resistant ...

Quantification of Hypopigmentation Activity In Vitro

Kvantifisering av Hypopigmentation aktivitet i Vitro

This study presents laboratory methods for the quantification of hypopigmentation activity in vitro. Melanin, the major pigment in melanocytes, is ...

Analysis of Protein Folding, Transport, and Degradation in Living Cells by Radioactive Pulse Chase

Analyse av proteinfolding, Transport og nedbrytning i levende celler av radioaktivt puls Chase

Radioactive pulse-chase labeling is a powerful tool for studying the conformational maturation, the transport to their functional cellular location, and ...

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

Ved hjelp av Open-Source MALDI TOF-MS IDBac rørledning for analyse av mikrobiell protein og spesialiserte metabolitten data

In order to visualize the relationship between bacterial phylogeny and specialized metabolite production of bacterial colonies growing on nutrient agar, ...

Quantification of Protein Interaction Network Dynamics using Multiplexed Co-Immunoprecipitation

Kvantifisering av protein samspill nettverk dynamikk ved hjelp av multiplekset co-Immunutfelling

Dynamic protein-protein interactions control cellular behavior, from motility to DNA replication to signal transduction. However, monitoring dynamic ...

Absolute Quantification of Cell-Free Protein Synthesis Metabolism by Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

Absolutt kvantifisering av Cell-fri protein syntese metabolisme av reversert-fase flytende kromatografi-Mass massespektrometri

Cell-free protein synthesis (CFPS) is an emerging technology in systems and synthetic biology for the in vitro production of proteins. However, if CFPS is ...

Quantification of Humic and Fulvic Acids in Humate Ores, DOC, Humified Materials and Humic Substance-Containing Commercial Products

Kvantifisering av humic og fulvic syrer i humate malmer, DOC, humifiserte materialer og humic stoffholdige kommersielle produkter

The purpose of this method is to provide an accurate and precise concentration of humic (HA) and/or fulvic acids (FA) in soft coals, humic ores and ...

Laser-free Hydroxyl Radical Protein Footprinting to Perform Higher Order Structural Analysis of Proteins

Laserfri hydroksylradikale proteinfotavtrykk for å utføre strukturell analyse av proteiner med høyere orden

Hydroxyl Radical Protein Footprinting (HRPF) is an emerging and promising higher order structural analysis technique that provides information on changes ...

Making Precise and Accurate Single-Molecule FRET Measurements using the Open-Source smfBox

Foreta presise og nøyaktige FRET-målinger med ett molekyl ved hjelp av åpen kildekode-smfBox

The smfBox is a recently developed cost-effective, open-source instrument for single-molecule F&#246;rster Resonance Energy Transfer (smFRET), which makes ...