此方法可用于回答乙型肝炎病毒学中的关键问题,例如发现影响HPVDNA整合的细胞或病毒学因素。这种技术有多种优点。它相对便宜,而且易于执行,分析结果很简单,而且非常敏感,归结为单份。
虽然此方法可用于提供对 HBV 集成的见解,但也可用于集成到宿主细胞基因组的其他病毒,如 HIV、HTLV-1 或 HPV。为了感染这些细胞,每毫升在12个井盘中播种20万个细胞,用1毫升D-mem。第二天,使用 HEP-AD 38 中的 Heparin 柱纯化 su-na-din 作为 inoculant,以每细胞 1,000 VGE 的速度感染细胞,在 500 微升培养基中感染细胞。
然后,在37摄氏度下培养细胞。然后,第二天,用一毫升无菌PBS清洗细胞两次。然后,每2天更换一次培养,直到收获。
在感染后的第3天,用5微摩尔特诺福韦异体和10微摩尔拉米夫定治疗细胞,以限制通过反向PCR放大的HBV复制中间体的生产。在第5天,感染后,用200微升的三丁辛EDTA对一些细胞进行三试,并在含有5微摩尔特诺福韦去洛西和10微摩尔拉米夫丁的2毫升D-mem中重新悬浮。随后,将细胞悬浮液转移到六井板,诱导一轮线粒体。
在感染后的第7天,在400微升的尝试性细胞的尝试,并在1毫微的D-mem中悬浮混合物。然后,在1.5毫升管中转移悬浮液。在500倍G下离心,使细胞分裂5分钟。
并删除苏每纳丁的愿望。根据制造商的指示,使用DNA提取试剂盒从细胞颗粒中提取DNA。对于DNA反转,将总DNA提取物的1.5至2.5微克分配到200微升PCR管中。
接下来,加入适当数量的限制性酶主混合,产生40微升的反应量,含有1倍的消化反应缓冲液和10个单位NCO-1HF。在37摄氏度的PCR机中孵育限制性酶反应一小时,以获得最佳的消化效率。然后,通过孵育80摄氏度20分钟,使限制酶灭活。
将整个限制性酶反应转移到1.5毫升管中。随后,加入400微升1倍T4 DNA连体缓冲液和500单位T4DNA连体,并彻底混合。大反应量鼓励消化的DNA片段的分子内结扎。
在室温下孵育结扎反应2小时,确保完全结扎。2小时后,在70摄氏度下灭活T4 DNA连结酶20分钟。然后,加入10微升的10钠硫酸钠,以确保T4利塞完全灭活。
将氯化钠加入到100毫摩尔的最终浓度中,将脱氧二氧化碳加入每毫升90微克的最终浓度。通过脉冲涡旋混合,并短暂地旋转反应混合。接下来,加入900微升100乙醇,通过反转混合。
一夜之间将DNA沉淀在负20摄氏度。在14000次G下离心,在15分钟内对沉淀的DNA进行颗粒化。之后,通过渴望去除苏/纳-用餐。
用 500 微升 70 乙醇清洗颗粒。并在 14000 次 G 下离心 15 分钟。然后,通过吸气去除乙醇,并在室温下风干DNA颗粒20分钟。
将颗粒溶解在20微升水中,加入20微升的限制性酶主混合,产生40微升反应量,含有1倍消化反应缓冲液、5个单位BSIHK-1和5个单位的SPH-1HF。巢,孵育限制酶反应在37摄氏度的热块,1小时。简要地旋转反应混合物,在65摄氏度的热块中孵育限制性酶反应1小时。
在此过程中,使用 DNA 降解溶液从可重复使用的硅垫密封件中去除潜在的安普利森。用脱氧核糖核酸水彻底冲洗垫子,并在室温下风干。接下来,准备一毫器的1倍PCR混合包含外向和反向底向在浓度为0.5微摩尔。
如果 1 倍 PCR 混合到 96 孔 PCR 板中的 A-1 和 E-1 井中,则添加 170 微升。然后,在B-1和H-1井中加入1倍PCR混合的120微升。之后,在 A-1 和 E-1 井中加入 10 微升的倒置 DNA。
使用 P-1000 设置为 100 微升,通过轻轻移液每个井中的反应混合约 10 次。通过在每个步骤中转移 60 微升,以 1:3 的比例连续稀释从 A-1 到 D-1 的样品。使用 P-1000 设置为 100 微升,轻轻移液 10 次,将孔在每一步混合。
避免形成气泡,重复井 E-1 的过程,稀释到井 H-1。随后,使用多通道移液器将10微升反应混合物从井中的 A-1、H-1 放入井中,进入 A-2、H2、A-3、H-3 等油井,直到到达 96 孔板的 A-12、H-12 井。用干硅垫盖住 PCR 板,然后用力按压。
然后,将板放在 PCR 机器中,然后运行指示的程序,然后再将板传输到室温。之后,使用 Bunsen 燃烧器将 96 针复制器的引脚加热至红热,然后在室温下冷却至少 5 分钟。用 10 微升 1 倍 PCR 混合的孔填充第二个 PCR 板的孔,包含凝胶负载就绪缓冲液,内向和反向为 0.5 微摩尔。
小心地将硅垫从第一轮 PCR 的 96 孔板的 PCR 板上拆下,避免井间交叉污染。使用冷却的复制器将 96 井板的 PCR 产品从第一轮 PCR 传输到新分配的 96 井板。执行嵌套的 PCR,使用指示的条件。
要分离 PCR 产品,请使用 96 井板和 1.3 Agarose 凝胶,通过凝胶电泳分析它们。对于 100 毫升的阿加罗斯凝胶,以 200 伏特运行 10 到 15 分钟。之后,使用一次性吸管从阿加罗斯凝胶中切除DNA带。
对于每个 PCR 产品,将吸管和 Agarose 凝胶塞插入 1.5 毫升管中,用剪刀修剪吸管大小。之后,通过挤压稻草碎片的末端,将阿加罗斯插头弹出到每个管中。然后在每个管中加入300微升凝胶提取缓冲液和5微升凝胶提取玻璃珠。
根据制造商对凝胶提取套件的说明提取 PCR 产品,用 30 微升水稀释珠子中的 DNA。提交桑格测序的纯化DNA,使用第二轮嵌套PCR中使用的前底。此处显示了一个成功反向 PCR 的 Agarose 凝胶电泳示例,该示例在 PCR 产品隔离之前和之后。
M 代表后者的 DNA 标记,每行 12 表示 PCR 板上单个稀释时的技术复制。在这种情况下,单个 PCR 产品应通过每个样品的第二次或第三次 1:3 稀释实现。在这些稀释时,大约50%的产品将代表真正的病毒细胞DNA结。
而另一半代表HBVDNA中间体的放大。这项技术使研究人员能够探索HPVDNA在高度控制的体外感染系统中的整合。其他方法,如生物学分析,可用于回答进一步的问题。
例如,如果HPV DNA整合发生在细胞基因组的特定区域。不要忘记,在执行这些程序时,应始终使用感染乙型肝炎病毒(可能具有危险和适当的感染控制,如生物安全柜和事先接种疫苗)。