Name: quasi-metagenomic analysis of salmonella from food and environmental samples
Uploaded: 2018-10-25T14:45:00
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著者は、マーク ・ ハリソンと細菌の系統と本研究にその他のサポートを提供する親切ジョージア大学のグウェン ハーシュに感謝したいと思います。

1. サンプル準備
注: 食品サンプルに準備されます米国部の農業食品安全・検査サービス (米国農務省食品安全検査局)11米国食品の細菌学的分析マニュアル (BAM) の前濃縮微生物学研究室ガイドブック (MLG) によると、薬剤の管理 (FDA)12。
<ol><li>無菌フィルターを内蔵した無菌試験室ミキサー バッグに黒コショウ、鶏の胸肉、牛ひき肉とア...

<ol>
	<li>Valderrama, W. B., Dudley, E. G., Doores, S., Cutter, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commercially+Available+Rapid+Methods+for+Detection+of+Selected+Food-borne+Pathogens.">Commercially Available Rapid Methods for Detection of Selected Food-borne Pathogens.</a> Critical Reviews in Food Science and Nutrition. 56 (9), 1519-1531 (2016).</li><li>Leonard, S. R., Mammel, M. K., Lacher, D. W., Elkins, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+metagenomic+sequencing+to+food+safety:+detection+of+Shiga+Toxin-producing+Escherichia+coli+on+fresh+bagged+spinach.">Application of metagenomic sequencing to food safety: detection of Shiga Toxin-producing Escherichia coli on fresh bagged spinach.</a> Applied and Environmental Microbiology. 81 (23), 8183-8191 (2015).</li><li>Leonard, S. R., Mammel, M. K., Lacher, D. W., Elkins, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strain-Level+Discrimination+of+Shiga+Toxin-Producing+Escherichia+coli+in+Spinach+Using+Metagenomic+Sequencing.">Strain-Level Discrimination of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli in Spinach Using Metagenomic Sequencing.</a> PLoS One. 11 (12), e0167870 (2016).</li><li>Hyeon, J. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quasi-metagenomics+and+realtime+sequencing+aided+detection+and+subtyping+of+Salmonella+enterica+from+food+samples.">Quasi-metagenomics and realtime sequencing aided detection and subtyping of Salmonella enterica from food samples.</a> Applied and Environmental Microbiology. , (2017).</li><li>Hyeon, J. Y., Deng, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+detection+of+Salmonella+in+raw+chicken+breast+using+real-time+PCR+combined+with+immunomagnetic+separation+and+whole+genome+amplification.">Rapid detection of Salmonella in raw chicken breast using real-time PCR combined with immunomagnetic separation and whole genome amplification.</a> Food Microbiology. 63, 111-116 (2017).</li><li>Hosono, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unbiased+whole-genome+amplification+directly+from+clinical+samples.">Unbiased whole-genome amplification directly from clinical samples.</a> Genome Research. 13 (5), 954-964 (2003).</li><li>Seth-Smith, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+sequences+of+Chlamydia+trachomatis+directly+from+clinical+samples+without+culture.">Whole-genome sequences of Chlamydia trachomatis directly from clinical samples without culture.</a> Genome Research. 23 (5), 855-866 (2013).</li><li>Jacobson, A. P., Gill, V. S., Irvin, K. A., Wang, H., Hammack, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+methods+to+prepare+samples+of+leafy+green+vegetables+for+preenrichment+with+the+Bacteriological+Analytical+Manual+Salmonella+culture+method.">Evaluation of methods to prepare samples of leafy green vegetables for preenrichment with the Bacteriological Analytical Manual Salmonella culture method.</a> Journal of Food Protection. 75 (2), 400-404 (2012).</li><li>Jacobson, A. P., Hammack, T. S., Andrews, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+sample+preparation+methods+for+the+isolation+of+Salmonella+from+alfalfa+and+mung+bean+seeds+with+the+Bacteriological+Analytical+Manual's+Salmonella+culture+method.">Evaluation of sample preparation methods for the isolation of Salmonella from alfalfa and mung bean seeds with the Bacteriological Analytical Manual's Salmonella culture method.</a> Journal of AOAC International. 91 (5), 1083-1089 (2008).</li><li>Deng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+subtyping+methods+against+a+whole-genome-sequencing+standard+for+Salmonella+enterica+serotype+Enteritidis.">Comparative analysis of subtyping methods against a whole-genome-sequencing standard for Salmonella enterica serotype Enteritidis.</a> Journal of Clinical Microbiology. 53 (1), 212-218 (2015).</li><li>. Microbiology Laboratory Guidebook Available from: <a target="_blank" href="https://www.fsis.usda.gov/wps/portal/fsis/topics/science/laboratories-and-procedures/guidebooks-and-methods/microbiology-laboratory-guidebook/microbiology-laboratory-guidebook">https://www.fsis.usda.gov/wps/portal/fsis/topics/science/laboratories-and-procedures/guidebooks-and-methods/microbiology-laboratory-guidebook/microbiology-laboratory-guidebook</a> (2018)</li><li>. Bacteriological Analytical Manual (BAM) Chapter 5: Salmonella Available from: <a target="_blank" href="https://www.fda.gov/Food/FoodScienceResearch/LaboratoryMethods/ucm070149.htm">https://www.fda.gov/Food/FoodScienceResearch/LaboratoryMethods/ucm070149.htm</a> (2018)</li><li>Malorny, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diagnostic+real-time+PCR+for+detection+of+Salmonella+in+food.">Diagnostic real-time PCR for detection of Salmonella in food.</a> Applied and Environmental Microbiology. 70 (12), 7046-7052 (2004).</li><li>June, G. A., Sherrod, P. S., Hammack, T. S., Amaguana, R. M., Andrews, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relative+effectiveness+of+selenite+cystine+broth,+tetrathionate+broth,+and+Rappaport-Vassiliadis+medium+for+the+recovery+of+Salmonella+from+raw+flesh+and+other+highly+contaminated+foods:+precollaborative+study.">Relative effectiveness of selenite cystine broth, tetrathionate broth, and Rappaport-Vassiliadis medium for the recovery of Salmonella from raw flesh and other highly contaminated foods: precollaborative study.</a> Journal of AOAC International. 78 (2), 375-380 (1995).</li><li>Hammack, T. S., Amaguana, R. M., June, G. A., Sherrod, P. S., Andrews, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relative+effectiveness+of+selenite+cystine+broth,+tetrathionate+broth,+and+Rappaport-Vassiliadis+medium+for+the+recovery+of+Salmonella+spp.+from+foods+with+a+low+microbial+load.">Relative effectiveness of selenite cystine broth, tetrathionate broth, and Rappaport-Vassiliadis medium for the recovery of Salmonella spp. from foods with a low microbial load.</a> Journal of Food Protection. 62 (1), 16-21 (1999).</li><li>Wood, D. E., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kraken:+ultrafast+metagenomic+sequence+classification+using+exact+alignments.">Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments.</a> Genome Biology. 15 (3), R46 (2014).</li><li>Davis, S., Pettengill, J. B., Luo, Y., Payne, J., Shpuntoff, A., Rand, H., Strain, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CFSAN+SNP+Pipeline:+an+automated+method+for+constructing+SNP+matrices+from+next-generation+sequence+data.">CFSAN SNP Pipeline: an automated method for constructing SNP matrices from next-generation sequence data.</a> PeerJ Computer Science. 1 (e20), (2015).</li><li>Zhang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salmonella+serotype+determination+utilizing+high-throughput+genome+sequencing+data.">Salmonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data.</a> Journal of Clinical Microbiology. 53 (5), 1685-1692 (2015).</li><li>Rodrigue, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+genome+amplification+and+de+novo+assembly+of+single+bacterial+cells.">Whole genome amplification and de novo assembly of single bacterial cells.</a> PLoS One. 4 (9), e6864 (2009).</li><li>Ramamurthy, T., Ghosh, A., Pazhani, G. P., Shinoda, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Current+Perspectives+on+Viable+but+Non-Culturable+(VBNC)+Pathogenic+Bacteria.">Current Perspectives on Viable but Non-Culturable (VBNC) Pathogenic Bacteria.</a> Front Public Health. 2, 103 (2014).</li></ol>

しばしば低豊富,サルモネラの食品および環境試料中の存在で均一な文化濃縮 IMS MDA の前に必要がありますサルモネラ検出条件およびサブタイピング;したがって、プロトコルの重要なステップです。サンプル背景植物に対するサルモネラの豊かさを高めるための最適な条件を識別するために、特定のサンプルの異なる濃縮メディアが評価されます。MLG と BAM によると RV ス?...

メタゲノム配列には、協調の検出および食品由来病原体のサブタイピング理論的にことができます。しかし、食品サンプルは食品マイクロバイの直接配列による病原体解析への挑戦を提示します。まず、食中毒の病原体が多い現在低レベルで食品サンプルで。市販の急速な検出方法をまだ必要と 8-48 h 培養検出レベル1に病原体細胞を豊かにします。第二に、多くの食品に含まれる豊富な微生物細胞または食品 DNA、メタゲノム配列直接によって検出およびサブタイピングのため食品メタゲノムととらえどころのないターゲットのごく一部食品由来病原体の DNA を作るします。
食品由来病原体の志賀毒素産生性大腸菌2,3とシーケンス ベースの検出を容易にする DNA の相当な集中を許可する食品内細菌叢解析の修正が報告されています。サルモネラ4。組換え食品のため内細菌叢解析はまだ別の微生物種の混合物、そのシーケンスは準メタゲノム解析4と呼ばれます。文化濃縮だけで2,3原因菌分離 (IMS) と組み合わせて、複数変位増幅 (MDA)4、5マイクロバイ変更を実行できます。IMS は、抗体をコートした磁気ビーズを介して培養から病原体細胞を選択的にキャプチャできます。MDA は、非常に効率的な ɸ29 DNA ポリメラーゼ6配列のゲノム DNA の十分な量を生成できます。IMS MDA は臨床サンプル7、文化豊かな準メタゲノム検出のための短縮と食品サンプル4でサルモネラのサブタイプからカルチャに依存しない病原体検出を許可しています。
このメソッドの全体的な目標は、サルモネラDNA とそれ以降の検出の対象となる濃度とシーケンスによるサルモネラ汚染のサブタイプを許可する食品サンプルから準 metagenomic DNA を準備することです。Quasimetagenomic アプローチが汚染された食物や環境のサンプルからの所要時間を大幅に短縮できますサルモネラ検出8,9の標準的な方法と比較制約条件およびサブタイピング10、通常 2 つの統一によって病原体の分子サブタイプは、単一のワークフローに解析を分離しました。このメソッドは、堅牢な病原体サブタイプが病原体検出に加えて必要と迅速分析が重要な他のトレース バック調査食品由来アウトブレイクの応答などのアプリケーションに特に役立ちます。

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Laboratory blender bag w/filter</td>
			<td>VWR</td>
			<td>10048-886</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Buffered peptone water</td>
			<td>Oxoid Micorbiology Products</td>
			<td>CM0509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rappaport Vassiliadis broth</td>
			<td>Neogen Acumedia</td>
			<td>7730A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polysorbate 20&#160;</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>P9416</td>
			<td>Tween 20</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stomacher blender</td>
			<td>Seward&#160;</td>
			<td>30010108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>75005194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50ml Centrifuge tubes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-539-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermal Cycler</td>
			<td>Techne Prime</td>
			<td>EW-93945-13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>StepOne Real-Time Thermal cycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4.76357</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPure XP beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63881</td>
			<td>PCR purification beads; mix well before use; store at 4C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nextera XT library prep kit</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-131-1024</td>
			<td>Store at -80C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MinIon library prep kit</td>
			<td>Oxford Nanopore</td>
			<td>SQK-LSK108</td>
			<td>Store at -80C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabead Anti-Salmonella beads</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>71002</td>
			<td>Vortex well prior to use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Illustra GenomiPhi V2 DNA amplification kit (MDA kit) 
			-Sample buffer 
			-Reaction buffer 
			-Enzyme mix</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>25-6600-30</td>
			<td>Store at -80C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HulaMixer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15920D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DynaMag magnetic rack</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan Universal PCR mastermix</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4304437</td>
			<td>Mix well before use; store at 4C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microfuge</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-090-100</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quasi-metagenomic analysis of salmonella from food and environmental samples

準メタゲノム配列決定は、食品、環境サンプルの修正内細菌叢解析のシーケンス解析を指します。このプロトコルではマイクロバイ変更対象食品由来の病原体の汚染物質の検出を容易にするためにゲノム DNA の単一のワークフローに病原体のサブタイプの集中です。ここでは、私たちを説明する代表的な食品とアルファルファもやしを含む環境試料からのサルモネラ準メタゲノム解析の準備手順、サンプル挽き黒こしょう、牛ひき肉、鶏の胸肉を示すと環境の綿棒。サンプルは最初文化豊かなサルモネラの短縮、調節可能な期間 (4-24 h) を受けます。サルモネラ細胞は、原因菌分離 (IMS) によって濃縮文化から選択的にキャプチャされます。最後に、IMS にキャプチャされたセルからの DNA を増幅するため複数の変位増幅 (MDA) が実行されます。高スループット シーケンスのプラットフォームでは、このプロトコルの DNA 出力を配置できます。サルモネラ検出シーケンスを置換またはシーケンスの前にサルモネラDNA の濃度を評価するオプションの定量的 PCR 解析を実行できます。

Quasimetagenomic シーケンスの前に全体の量と IMS MDA 製品の純度は、fluorospectrometer (表 1) により評価します。
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td></td>
			<td>濃縮時間 (h)</td>
			<td>Ct 値</td>
			<td>濃度 (ng/ul)</td>
			<td>純度 (260/280)</td>
		</tr>
<tr>
<td>ブランド A</stron...

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Quasi-metagenomic Analysis of Salmonella from Food and Environmental Samples

食品および環境試料からのサルモネラの準メタゲノム解析

ここでは、協調検出およびサルモネラの quasimetagenomic シーケンスを通じてサブタイピングの食糧および環境内細菌叢解析からの DNA のサンプルを準備するためのプロトコルを提案する.併用文化濃縮、原因菌分離 (IMS)、複数の変位の増幅 (MDA) により、サルモネラ食糧および環境試料からゲノム DNA の効果的な濃度。

Quasi-metagenomics sequencing refers to the sequencing-based analysis of modified microbiomes of food and environmental samples. In this protocol, ...

この方法は、食品サンプルからサルモネラ菌を検出し、遺伝的フィンガープリントを介して株レベルまで病原体を同定するために使用することができる。この技術の主な利点は、サルモネラ検出とサブタイピングを単一のワークフローに組み合わせ、サルモネラ菌汚染食品サンプルから病原体の指紋までのターンアラウンドタイムを大幅に短縮することです。まず、無菌の実験室用ブレンダーバッグ内に25グラムの食品サンプルを作り込み、必要に応じて濃縮ブロスでスポンジを無菌で湿らせ、事前に決定された表面を横切って引きずり、ブレンダーバッグの中に入れて環境綿棒を準備します。実験室用ブレンダーを使用して、各サンプルを225ミリリットルのRV濃縮液と十分に混合します。その後、42°Cで4〜21時間インキュベートします。この後、袋のろ過された側から濃縮液の50ミリリットルのサブサンプルを収集します。次に、サブサンプルを100回gで10分間遠心する。慎重に10分間3,000〜6,000倍gで新しい50ミリリットル遠心管と遠心分離機に上清を移します。上清を捨て、BPWの5ミリリットルでペレットを洗います。BPWの5ミリリットルでペレットを再懸濁します。まず、MDAキットから氷上でサンプルバッファーと反応バッファーを解凍します。BPWに再懸濁細胞1ミリリットル、マイクロ遠心チューブに抗サルモネラビーズ20マイクロリットルを入れる。マイクロ遠心チューブを回転ミキサーに室温で30分間置きます。この後、3分間磁気スタンドにチューブを置きます。ビーズをペレットに濃縮するために、磁気ラックを数回反転します。チューブを磁気ラックに保管し、吸引し、上清を捨てます。次に、チューブに1ミリリットルの洗浄バッファーを加えます。チューブホルダーをラックから取り出し、チューブホルダーを数回反転して、非特異的に結合した細菌を複合体から取り除きます。3回目の洗浄後、上清をチューブから吸引し、廃棄する。次に、マグネットラックからチューブを取り出し、1秒間遠心分離します。その後、残りの洗浄バッファーを取り外す前に、3分間磁気ラックにチューブを置きます。9マイクロリットルのサンプルバッファーにビーズサルモネラ錯体を再中断し、チューブを摂氏95度で3分間インキュベートします。氷上で複合体を冷却した後、反応バッファーの9マイクロリットルと酵素ミックスの1マイクロリットルを追加します。テキストプロトコルに従ってサーマルサイクラーでチューブをインキュベートし、氷の上でチューブを冷却します。次に、フルオロスペクトロメーターの器具を用いて、サンプルのDNA濃度と純度を測定します。最終製品は、将来の実験のためにマイナス20°Cで保存してください。テキストプロトコルに従って、サンプルごとに18マイクロリットルのPCR混合物を調製します。その後、MDA製品を上下に軽くピペットで混ぜます。PCR混合物にMDA製品懸濁液の2マイクロリットルを加えます。最適化されたリアルタイム PCR プロトコルを使用して、テキスト プロトコルに従ってリアルタイム PCR を実行します。テキストプロトコルで指定されたようにMDA製品にバッファー溶液および試薬を追加し、その結果40マイクロリットルのシーケンシング準備されたMDA製品を新しいプレートに移し、20マイクロリットルのPCR精製ビーズを各ウェルに加えます。次に、プレートを室温で10分間インキュベートする。その後、80%エタノールでビーズを洗浄し、12分間乾燥させます。乾燥ビーズを再懸濁液バッファーの53マイクロリットルに再懸濁し、室温で2分間インキュベートします。最後に、メーカーの指示に従ってライブラリを希釈し、プールします。本プロトコルでは、サルモネラDNAの標的量評価をリアルタイムPCRにより行った。サルモネラ菌汚染鶏胸肉の2つのブランドの代表的な結果は、サンプルDNAが効果的に増幅されたことを示すマイクロリットル当たり701.54から945.86ナノグラムの範囲であった。この手順を試みる間は、IMSビーズを慎重に洗浄および取り扱いし、MDA試薬および製品を汚染物質から解放し、清潔なフードを維持することを忘れないでください。開発後、この技術は、食品の安全性と公衆衛生の分野の研究者が、食品サンプル、製品環境およびサプライチェーンにおけるサルモネラ汚染物質の迅速かつ高解像度の追跡を探求する道を開いた。食物媒介性病原体を使用することは非常に危険であり、個人的な保護具の着用や良い実験室の慣行に従うなどの予防措置は、常にこの手順を実行している間に取られるべきであることを忘れないでください。

Research

JoVE Journal

Biology

Quasi-metagenomic Analysis of Salmonella from Food and Environmental Samples

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

環境トランスクリプトミクスを使って海洋微生物群集からの遺伝子発現の分析

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

生物学

Chronic Salmonella Infected Mouse Model

Chronic Salmonella Infected Mouse Model

慢性サルモネラ感染マウスモデル

The bacterial infected mouse model is a powerful model system for studying areas such as infection, inflammation, immunology, signal transduction, and ...

High-Throughput Measurement and Classification of Organic P in Environmental Samples

環境試料中の有機Pのハイスループット測定と分類

Many types of organic phosphorus (P) molecules exist in environmental samples1.  Traditional P measurements do not detect these organic P compounds since ...

One-step Purification of Twin-Strep-tagged Proteins and Their Complexes on Strep-Tactin Resin Cross-linked With Bis(sulfosuccinimidyl) Suberate (BS3)

One-step Purification of Twin-Strep-tagged Proteins and Their Complexes on Strep-Tactin Resin Cross-linked With Bissulfosuccinimidyl Suberate BS3

ツイン連鎖球菌タグタンパク質とのStrep-Tactinの樹脂ビスで架橋された（スルホスクシンイミジル）スベレート（BS3）に対するそれらの複合体のいずれかの段階精製

Affinity purification of Strep-tagged fusion proteins on resins carrying an engineered streptavidin (Strep-Tactin) has become a widely used method for ...

Phosphopeptide Analysis of Rodent Epididymal Spermatozoa

齧歯類精巣上体精子のリン酸化ペプチドの分析

Spermatozoa are quite unique amongst cell types. Although produced in the testis, both nuclear gene transcription and translation are switched off once ...

A Hydroponic Co-cultivation System for Simultaneous and Systematic Analysis of Plant/Microbe Molecular Interactions and Signaling

植物/微生物の分子相互作用およびシグナル伝達の同時および系統的分析のための水耕栽培共生システム

An experimental design mimicking natural plant-microbe interactions is very important to delineate the complex plant-microbe signaling processes. ...

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

野生型および肝臓の肝臓試料および牛乳試料中のシアル酸の定量<em&gt; CMAH</em&gt;ノックアウトマウス。

CMAH (cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acid hydroxylase) is responsible for the oxidation of cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acids in ...

Laboratory Protocol for Genetic Gut Content Analyses of Aquatic Macroinvertebrates Using Group-specific rDNA Primers

水生動物使用グループ固有の rDNA プライマーの遺伝的腸内容分析の研究プロトコル

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the ...

Precise, High-throughput Analysis of Bacterial Growth

細菌の増殖の高精度、高スループットの分析

Bacterial growth is a central concept in the development of modern microbial physiology, as well as in the investigation of cellular dynamics at the ...

Laser Capture Microdissection of Highly Pure Trabecular Meshwork from Mouse Eyes for Gene Expression Analysis

遺伝子発現解析のためのマウスの目から非常に純粋な小柱網のキャプチャ マイクロダイゼクション

Laser capture microdissection (LCM) has allowed gene expression analysis of single cells and enriched cell populations in tissue sections. LCM is a great ...