Name: quasi-metagenomic analysis of salmonella from food and environmental samples
Uploaded: 2018-10-25T14:45:00
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Los autores desean agradecer a Mark Harrison y Gwen Hirsch de la Universidad de Georgia para proporcionar amablemente la cepa bacteriana y otro tipo de apoyo a este estudio.

1. preparación de la muestra
Nota: Muestras de alimentos se preparan para pre-enriquecimiento según la guía de laboratorio de Microbiología (MLG) de seguridad alimentaria del Departamento de agricultura de Estados Unidos y Inspection Service (USDA-FSIS)11 y manual analítico bacteriológico (BAM) de alimentos de Estados Unidos y Drug Administration (FDA)12.
<ol><li>Asépticamente colocar una porción de 25 g de muestra de alimentos como la ...

<ol>
	<li>Valderrama, W. B., Dudley, E. G., Doores, S., Cutter, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commercially+Available+Rapid+Methods+for+Detection+of+Selected+Food-borne+Pathogens.">Commercially Available Rapid Methods for Detection of Selected Food-borne Pathogens.</a> Critical Reviews in Food Science and Nutrition. 56 (9), 1519-1531 (2016).</li><li>Leonard, S. R., Mammel, M. K., Lacher, D. W., Elkins, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+metagenomic+sequencing+to+food+safety:+detection+of+Shiga+Toxin-producing+Escherichia+coli+on+fresh+bagged+spinach.">Application of metagenomic sequencing to food safety: detection of Shiga Toxin-producing Escherichia coli on fresh bagged spinach.</a> Applied and Environmental Microbiology. 81 (23), 8183-8191 (2015).</li><li>Leonard, S. R., Mammel, M. K., Lacher, D. W., Elkins, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strain-Level+Discrimination+of+Shiga+Toxin-Producing+Escherichia+coli+in+Spinach+Using+Metagenomic+Sequencing.">Strain-Level Discrimination of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli in Spinach Using Metagenomic Sequencing.</a> PLoS One. 11 (12), e0167870 (2016).</li><li>Hyeon, J. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quasi-metagenomics+and+realtime+sequencing+aided+detection+and+subtyping+of+Salmonella+enterica+from+food+samples.">Quasi-metagenomics and realtime sequencing aided detection and subtyping of Salmonella enterica from food samples.</a> Applied and Environmental Microbiology. , (2017).</li><li>Hyeon, J. Y., Deng, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+detection+of+Salmonella+in+raw+chicken+breast+using+real-time+PCR+combined+with+immunomagnetic+separation+and+whole+genome+amplification.">Rapid detection of Salmonella in raw chicken breast using real-time PCR combined with immunomagnetic separation and whole genome amplification.</a> Food Microbiology. 63, 111-116 (2017).</li><li>Hosono, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unbiased+whole-genome+amplification+directly+from+clinical+samples.">Unbiased whole-genome amplification directly from clinical samples.</a> Genome Research. 13 (5), 954-964 (2003).</li><li>Seth-Smith, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+sequences+of+Chlamydia+trachomatis+directly+from+clinical+samples+without+culture.">Whole-genome sequences of Chlamydia trachomatis directly from clinical samples without culture.</a> Genome Research. 23 (5), 855-866 (2013).</li><li>Jacobson, A. P., Gill, V. S., Irvin, K. A., Wang, H., Hammack, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+methods+to+prepare+samples+of+leafy+green+vegetables+for+preenrichment+with+the+Bacteriological+Analytical+Manual+Salmonella+culture+method.">Evaluation of methods to prepare samples of leafy green vegetables for preenrichment with the Bacteriological Analytical Manual Salmonella culture method.</a> Journal of Food Protection. 75 (2), 400-404 (2012).</li><li>Jacobson, A. P., Hammack, T. S., Andrews, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+sample+preparation+methods+for+the+isolation+of+Salmonella+from+alfalfa+and+mung+bean+seeds+with+the+Bacteriological+Analytical+Manual's+Salmonella+culture+method.">Evaluation of sample preparation methods for the isolation of Salmonella from alfalfa and mung bean seeds with the Bacteriological Analytical Manual's Salmonella culture method.</a> Journal of AOAC International. 91 (5), 1083-1089 (2008).</li><li>Deng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+subtyping+methods+against+a+whole-genome-sequencing+standard+for+Salmonella+enterica+serotype+Enteritidis.">Comparative analysis of subtyping methods against a whole-genome-sequencing standard for Salmonella enterica serotype Enteritidis.</a> Journal of Clinical Microbiology. 53 (1), 212-218 (2015).</li><li>. Microbiology Laboratory Guidebook Available from: <a target="_blank" href="https://www.fsis.usda.gov/wps/portal/fsis/topics/science/laboratories-and-procedures/guidebooks-and-methods/microbiology-laboratory-guidebook/microbiology-laboratory-guidebook">https://www.fsis.usda.gov/wps/portal/fsis/topics/science/laboratories-and-procedures/guidebooks-and-methods/microbiology-laboratory-guidebook/microbiology-laboratory-guidebook</a> (2018)</li><li>. Bacteriological Analytical Manual (BAM) Chapter 5: Salmonella Available from: <a target="_blank" href="https://www.fda.gov/Food/FoodScienceResearch/LaboratoryMethods/ucm070149.htm">https://www.fda.gov/Food/FoodScienceResearch/LaboratoryMethods/ucm070149.htm</a> (2018)</li><li>Malorny, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diagnostic+real-time+PCR+for+detection+of+Salmonella+in+food.">Diagnostic real-time PCR for detection of Salmonella in food.</a> Applied and Environmental Microbiology. 70 (12), 7046-7052 (2004).</li><li>June, G. A., Sherrod, P. S., Hammack, T. S., Amaguana, R. M., Andrews, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relative+effectiveness+of+selenite+cystine+broth,+tetrathionate+broth,+and+Rappaport-Vassiliadis+medium+for+the+recovery+of+Salmonella+from+raw+flesh+and+other+highly+contaminated+foods:+precollaborative+study.">Relative effectiveness of selenite cystine broth, tetrathionate broth, and Rappaport-Vassiliadis medium for the recovery of Salmonella from raw flesh and other highly contaminated foods: precollaborative study.</a> Journal of AOAC International. 78 (2), 375-380 (1995).</li><li>Hammack, T. S., Amaguana, R. M., June, G. A., Sherrod, P. S., Andrews, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relative+effectiveness+of+selenite+cystine+broth,+tetrathionate+broth,+and+Rappaport-Vassiliadis+medium+for+the+recovery+of+Salmonella+spp.+from+foods+with+a+low+microbial+load.">Relative effectiveness of selenite cystine broth, tetrathionate broth, and Rappaport-Vassiliadis medium for the recovery of Salmonella spp. from foods with a low microbial load.</a> Journal of Food Protection. 62 (1), 16-21 (1999).</li><li>Wood, D. E., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kraken:+ultrafast+metagenomic+sequence+classification+using+exact+alignments.">Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments.</a> Genome Biology. 15 (3), R46 (2014).</li><li>Davis, S., Pettengill, J. B., Luo, Y., Payne, J., Shpuntoff, A., Rand, H., Strain, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CFSAN+SNP+Pipeline:+an+automated+method+for+constructing+SNP+matrices+from+next-generation+sequence+data.">CFSAN SNP Pipeline: an automated method for constructing SNP matrices from next-generation sequence data.</a> PeerJ Computer Science. 1 (e20), (2015).</li><li>Zhang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salmonella+serotype+determination+utilizing+high-throughput+genome+sequencing+data.">Salmonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data.</a> Journal of Clinical Microbiology. 53 (5), 1685-1692 (2015).</li><li>Rodrigue, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+genome+amplification+and+de+novo+assembly+of+single+bacterial+cells.">Whole genome amplification and de novo assembly of single bacterial cells.</a> PLoS One. 4 (9), e6864 (2009).</li><li>Ramamurthy, T., Ghosh, A., Pazhani, G. P., Shinoda, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Current+Perspectives+on+Viable+but+Non-Culturable+(VBNC)+Pathogenic+Bacteria.">Current Perspectives on Viable but Non-Culturable (VBNC) Pathogenic Bacteria.</a> Front Public Health. 2, 103 (2014).</li></ol>

Debido a la abundancia de frecuencia baja y homogénea en presencia de Salmonella en muestras alimentarias y ambientales, enriquecimiento de la cultura antes de IMS-MDA es necesario para la detección de Salmonella y subclasificación; por lo tanto es un paso crítico del protocolo. Para identificar las condiciones óptimas para incrementar la abundancia de Salmonella con respecto a la flora del fondo de muestra, pueden evaluar los medios de enriquecimiento diferentes muestras específicas. Seg...

Secuencia de la metagenómica permite teóricamente detección concertada y subclasificación de patógenos alimentarios. Sin embargo, muestras de alimentos presentan desafíos para el análisis de patógenos por la secuencia directa de la microbioma de la comida. En primer lugar, patógenos de transmisión alimentaria a menudo están presentes en niveles bajos en muestras de alimentos. La mayoría de los métodos de detección rápida disponible comercialmente aún requieren 8 – 48 h de cultivo para enriquecer las células del patógeno a un nivel detectable1. En segundo lugar, muchos alimentos contienen células abundante microflora o alimentos ADN, haciendo ADN de patógenos de transmisión alimentaria una pequeña fracción del metagenoma de alimentos y un objetivo difícil de alcanzar para detección y subclasificación por dirigen secuencia de metagenómica.
Modificación de microbiomes de alimentos se ha divulgado para permitir la concentración sustancial de patógeno de los alimentos ADN para facilitar la detección basada en la secuencia de Shiga Escherichia coliproductoras de toxina2,3 y Enterica de las salmonelas4. Porque alimentos microbiomes todavía son mezclas de diferentes especies microbianas, su secuencia se denomina como análisis de metagenómica casi4. Microbioma modificación puede realizarse por cultura enriquecimiento solo2,3 o en combinación con separación inmunomagnética (IMS) y múltiples desplazamientos amplificación (MDA)4,5. IMS puede capturar selectivamente las células del patógeno de la cultura del enriquecimiento a través de granos magnéticos recubiertos de anticuerpos. MDA puede generar cantidades suficientes de la DNA genomic de la secuencia a través de la polimerasa de la DNA ɸ29 altamente eficiente del6. IMS-MDA ha permitido la detección de patógenos de la cultura-independiente de las muestras clínicas7y acortamiento del enriquecimiento de la cultura para la detección de cuasi metagenómica y subclasificación de Salmonella en muestras de alimentos4.
El objetivo general de este método es preparar cuasi metagenomic ADN de muestras de alimentos para permitir la concentración específica de ADN genómico de Salmonella y posterior detección y subclasificación de los contaminantes de la Salmonella por la secuencia. En comparación con los métodos estándar para detección de Salmonella 8,9 y10de subclasificación, el enfoque quasimetagenomic puede acortar substancialmente el tiempo de procesamiento de alimentos contaminados y muestras ambientales a subtipos moleculares del patógeno por unificar los dos típicamente separan análisis en un único flujo de trabajo. Este método es particularmente útil para aplicaciones como respuesta de brote de origen alimentario y otras investigaciones posterior del rastro donde sólido patógeno subclasificación se requiere además de detección de patógenos y rápida renovación analítica es importante.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Laboratory blender bag w/filter</td>
			<td>VWR</td>
			<td>10048-886</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Buffered peptone water</td>
			<td>Oxoid Micorbiology Products</td>
			<td>CM0509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rappaport Vassiliadis broth</td>
			<td>Neogen Acumedia</td>
			<td>7730A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polysorbate 20&#160;</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>P9416</td>
			<td>Tween 20</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stomacher blender</td>
			<td>Seward&#160;</td>
			<td>30010108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>75005194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50ml Centrifuge tubes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-539-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermal Cycler</td>
			<td>Techne Prime</td>
			<td>EW-93945-13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>StepOne Real-Time Thermal cycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4.76357</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPure XP beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63881</td>
			<td>PCR purification beads; mix well before use; store at 4C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nextera XT library prep kit</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-131-1024</td>
			<td>Store at -80C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MinIon library prep kit</td>
			<td>Oxford Nanopore</td>
			<td>SQK-LSK108</td>
			<td>Store at -80C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabead Anti-Salmonella beads</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>71002</td>
			<td>Vortex well prior to use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Illustra GenomiPhi V2 DNA amplification kit (MDA kit) 
			-Sample buffer 
			-Reaction buffer 
			-Enzyme mix</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>25-6600-30</td>
			<td>Store at -80C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HulaMixer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15920D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DynaMag magnetic rack</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan Universal PCR mastermix</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4304437</td>
			<td>Mix well before use; store at 4C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microfuge</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-090-100</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quasi-metagenomic analysis of salmonella from food and environmental samples

Cuasi-metagenómica secuenciación se refiere al análisis basado en la secuencia de microbiomes modificado de muestras alimentarias y ambientales. En este protocolo, modificación de microbioma está diseñado para concentrar el ADN genómico de un contaminante de patógeno de los alimentos objetivo para facilitar la detección y la subclasificación del patógeno en un único flujo de trabajo. Aquí, explicar y demostrar los pasos de preparación de muestra para el análisis de metagenómica cuasi de enterica de las salmonelas de representativas muestras alimentarias y ambientales incluyendo brotes de alfalfa, pimienta negra molida, carne picada, pechuga de pollo y de medio ambiente. Las muestras primero son sometidas al enriquecimiento de la cultura de Salmonella para una duración acortada y ajustable (4 – 24 h). Células de Salmonella son selectivamente capturadas de la cultura de enriquecimiento por separación inmunomagnética (IMS). Finalmente, se realiza amplificación de desplazamiento múltiple (MDA) para amplificar ADN de células capturadas de IMS. La salida del ADN de este protocolo puede ordenada por plataformas de secuenciación de alto rendimiento. Un análisis PCR cuantitativo opcional puede realizarse para cambiar la secuencia para la detección de Salmonella o evaluar la concentración de Salmonella ADN antes de la secuencia.

Antes de quasimetagenomic la secuencia, la cantidad y la pureza de los productos de IMS-MDA general pueden evaluar fluorospectrometer (tabla 1).
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td></td>
			<td>Tiempo de enriquecimiento (h)</td>
			<td>Valor de CT</td>
			<td>Concentración (ng/ul)</td>
			<td>Pureza (260/280)</td>
		</tr>
<tr>
<td...

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Quasi-metagenomic Analysis of Salmonella from Food and Environmental Samples

Análisis de metagenómica cuasi de Salmonella de muestras alimentarias y ambientales

Aquí, presentamos un protocolo para preparar muestras de ADN de alimentos y medio ambiente microbiomes de detección concertada y subclasificación de Salmonella a través de la secuencia quasimetagenomic. El uso combinado de enriquecimiento de la cultura, la separación inmunomagnética (IMS) y múltiples desplazamiento amplificación (MDA) permite la concentración efectiva de la DNA genomic de la Salmonella de muestras alimentarias y ambientales.

Quasi-metagenomics sequencing refers to the sequencing-based analysis of modified microbiomes of food and environmental samples. In this protocol, ...

Este método se puede utilizar para detectar Salmonella a partir de muestras de alimentos e identificar el patógeno al nivel de cepa a través de la toma de huellas genéticas. La principal ventaja de esta técnica es que combina la detección y subtipado de Salmonella en un solo flujo de trabajo y reduce sustancialmente el tiempo de respuesta de la muestra de alimentos contaminados con Salmonella hasta la huella dactilar del patógeno. Para empezar, coloque asépticamente una muestra de 25 gramos de alimentos dentro de una bolsa de licuadora de laboratorio estéril con un filtro incorporado o, opcionalmente, prepare un hisopo ambiental humedeciendo asépticamente una esponja con caldo de enriquecimiento, arrastrándola a través de una superficie predeterminada y colocándola dentro de una bolsa de licuadora.Usando una licuadora de laboratorio, mezcle a fondo cada muestra con 225 mililitros de caldo de enriquecimiento RV. Luego incubar la mezcla a 42 grados Celsius durante cuatro a 21 horas. Después de esto, recoja una submuestra de 50 mililitros de caldo de enriquecimiento del lado filtrado de la bolsa.A continuación, centrifugar la submuestra a 100 g durante 10 minutos. Transfiera cuidadosamente el sobrenadante a un nuevo tubo centrífuga de 50 mililitros y centrífuga a 3.000 a 6.000 veces g durante 10 minutos. Deseche el sobrenadante y lave el pellet en cinco mililitros de BPW.Resuspender el pellet en cinco mililitros de BPW. En primer lugar, descongele el búfer de muestra y el búfer de reacción del kit MDA sobre hielo. Coloque un mililitro de células resuspendidas en BPW y 20 microlitros de perlas anti-Salmonella en un tubo de microcentrífuga.Coloque el tubo de microcentrífuga en un mezclador giratorio durante 30 minutos a temperatura ambiente. Después de esto, coloque el tubo en un soporte magnético durante tres minutos. Invierta el bastidor magnético varias veces para concentrar las perlas en un pellet.Manteniendo el tubo en el bastidor magnético, aspirar y desechar el sobrenadante. A continuación, agregue un mililitro de tampón de lavado al tubo. Retire el soporte del tubo del bastidor e invierta el soporte del tubo varias veces para eliminar cualquier bacteria no específicamente vinculante del complejo.Después del tercer lavado, aspirar el sobrenadante del tubo y desecharlo. A continuación, retire el tubo del bastidor magnético y centrifugarlo durante un segundo. A continuación, coloque el tubo en el bastidor magnético durante tres minutos antes de retirar cualquier tampón de lavado residual.Resuspender los complejos de Salmonella de cuentas en nueve microlitros de tampón de muestra e incubar el tubo a 95 grados Centígrados durante tres minutos. Después de enfriar los complejos sobre hielo, agregue nueve microlitros de tampón de reacción y un microlitro de mezcla enzimática. Incubar el tubo en un ciclor térmico de acuerdo con el protocolo de texto y enfriar el tubo en hielo.A continuación, utilice un instrumento de fluorospectrometrome para medir la concentración de ADN y la pureza de la muestra. Almacene los productos finales en 20 grados Celsius negativos para futuros experimentos. Preparar 18 microlitros de mezcla de PCR por muestra de acuerdo con el protocolo de texto.A continuación, mezcle el producto MDA pipeteando suavemente hacia arriba y hacia abajo. Agregue dos microlitros de la suspensión del producto MDA a la mezcla de PCR. Usando un protocolo PCR optimizado en tiempo real, ejecute el PCR en tiempo real de acuerdo con el protocolo de texto.Agregue soluciones de tampón y reactivos al producto MDA según lo especificado en el protocolo de texto y transfiera los 40 microlitros resultantes del producto MDA preparado por secuenciación a una nueva placa y agregue 20 microlitros de perlas de purificación de PCR a cada pozo. A continuación, incubar la placa a temperatura ambiente durante 10 minutos. Luego lave las cuentas con 80% de etanol y séquelas durante 12 minutos.Resuspender las perlas secas en 53 microlitros de tampón de resuspensión e incubar las cuentas durante dos minutos a temperatura ambiente. Por último, diluya y acose las bibliotecas de acuerdo con las instrucciones del fabricante. En este protocolo, la evaluación de cantidad específica del ADN de Salmonella se realizó mediante PCR en tiempo real.Los resultados representativos de dos marcas de pechuga de pollo contaminada con Salmonella oscilaron entre 701,54 y 945,86 nanogramos por microlitro, lo que indica que el ADN de la muestra se amplificó eficazmente. Al intentar este procedimiento, es importante recordar lavar y manejar cuidadosamente las cuentas de IMS, mantener los reactivos y productos MDA libres de contaminantes y mantener una campana limpia. Después de su desarrollo, esta técnica allanó el camino para que los investigadores en el campo de la seguridad alimentaria y la salud pública exploraran el seguimiento rápido y de alta resolución de los contaminantes de Salmonella en muestras de alimentos, entornos de productos y cadenas de suministro.No olvide que trabajar con patógenos transmitidos por alimentos puede ser extremadamente peligroso y las precauciones, como usar equipos de protección personal y seguir buenas prácticas de laboratorio, siempre deben tomarse durante la realización de este procedimiento.

Research

JoVE Journal

Biology

Quasi-metagenomic Analysis of Salmonella from Food and Environmental Samples

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

El análisis de la expresión génica de las comunidades microbianas marinas con Transcriptómica Ambiental

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Investigación

Biología

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Chronic Salmonella Infected Mouse Model

Crónico Salmonella Modelo de ratón infectado

The bacterial infected mouse model is a powerful model system for studying areas such as infection, inflammation, immunology, signal transduction, and ...

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Alto Rendimiento de medición y clasificación de P orgánico en las muestras ambientales

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One-step Purification of Twin-Strep-tagged Proteins and Their Complexes on Strep-Tactin Resin Cross-linked With Bis(sulfosuccinimidyl) Suberate (BS3)

One-step Purification of Twin-Strep-tagged Proteins and Their Complexes on Strep-Tactin Resin Cross-linked With Bissulfosuccinimidyl Suberate BS3

De un solo paso de purificación de proteínas etiquetadas-Twin-Strep y sus complejos de Strep-Tactin resina reticulado con Bis (sulfosuccinimidil) suberato (BS3)

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Determinación de ácidos siálicos en hígado y muestras de leche de tipo salvaje y<em&gt; CMAH</em&gt; Ratones knock-out.

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Laser capture microdissection (LCM) has allowed gene expression analysis of single cells and enriched cell populations in tissue sections. LCM is a great ...