Name: quasi-metagenomic analysis of salmonella from food and environmental samples
Uploaded: 2018-10-25T14:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quasi-metagenomic Analysis of Salmonella from Food and Environmental Samples at JoVE.com

Författarna vill tacka Mark Harrison och Gwen Hirsch av University of Georgia för vänligt att ge bakteriestam och andra stöd till denna studie.

1. provberedning
Obs: Mat prover är förberedda för före berikning enligt mikrobiologi laboratorium guidebok (MLG) av U.S. avdelning av jordbruk livsmedelssäkerhet och Inspection Service (USDA-FSIS)11 och bakteriologiska analytiska handbok (BAM) av US Food och Drug Administration (FDA)12.
<ol><li>Aseptiskt placera en 25 g portion av mat provet såsom svartpeppar, kycklingbröst, köttfärs, och alfalfagroddar eller en miljö pinnen i en på...

<ol>
	<li>Valderrama, W. B., Dudley, E. G., Doores, S., Cutter, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commercially+Available+Rapid+Methods+for+Detection+of+Selected+Food-borne+Pathogens.">Commercially Available Rapid Methods for Detection of Selected Food-borne Pathogens.</a> Critical Reviews in Food Science and Nutrition. 56 (9), 1519-1531 (2016).</li><li>Leonard, S. R., Mammel, M. K., Lacher, D. W., Elkins, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+metagenomic+sequencing+to+food+safety:+detection+of+Shiga+Toxin-producing+Escherichia+coli+on+fresh+bagged+spinach.">Application of metagenomic sequencing to food safety: detection of Shiga Toxin-producing Escherichia coli on fresh bagged spinach.</a> Applied and Environmental Microbiology. 81 (23), 8183-8191 (2015).</li><li>Leonard, S. R., Mammel, M. K., Lacher, D. W., Elkins, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strain-Level+Discrimination+of+Shiga+Toxin-Producing+Escherichia+coli+in+Spinach+Using+Metagenomic+Sequencing.">Strain-Level Discrimination of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli in Spinach Using Metagenomic Sequencing.</a> PLoS One. 11 (12), e0167870 (2016).</li><li>Hyeon, J. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quasi-metagenomics+and+realtime+sequencing+aided+detection+and+subtyping+of+Salmonella+enterica+from+food+samples.">Quasi-metagenomics and realtime sequencing aided detection and subtyping of Salmonella enterica from food samples.</a> Applied and Environmental Microbiology. , (2017).</li><li>Hyeon, J. Y., Deng, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+detection+of+Salmonella+in+raw+chicken+breast+using+real-time+PCR+combined+with+immunomagnetic+separation+and+whole+genome+amplification.">Rapid detection of Salmonella in raw chicken breast using real-time PCR combined with immunomagnetic separation and whole genome amplification.</a> Food Microbiology. 63, 111-116 (2017).</li><li>Hosono, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unbiased+whole-genome+amplification+directly+from+clinical+samples.">Unbiased whole-genome amplification directly from clinical samples.</a> Genome Research. 13 (5), 954-964 (2003).</li><li>Seth-Smith, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-genome+sequences+of+Chlamydia+trachomatis+directly+from+clinical+samples+without+culture.">Whole-genome sequences of Chlamydia trachomatis directly from clinical samples without culture.</a> Genome Research. 23 (5), 855-866 (2013).</li><li>Jacobson, A. P., Gill, V. S., Irvin, K. A., Wang, H., Hammack, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+methods+to+prepare+samples+of+leafy+green+vegetables+for+preenrichment+with+the+Bacteriological+Analytical+Manual+Salmonella+culture+method.">Evaluation of methods to prepare samples of leafy green vegetables for preenrichment with the Bacteriological Analytical Manual Salmonella culture method.</a> Journal of Food Protection. 75 (2), 400-404 (2012).</li><li>Jacobson, A. P., Hammack, T. S., Andrews, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+sample+preparation+methods+for+the+isolation+of+Salmonella+from+alfalfa+and+mung+bean+seeds+with+the+Bacteriological+Analytical+Manual's+Salmonella+culture+method.">Evaluation of sample preparation methods for the isolation of Salmonella from alfalfa and mung bean seeds with the Bacteriological Analytical Manual's Salmonella culture method.</a> Journal of AOAC International. 91 (5), 1083-1089 (2008).</li><li>Deng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+subtyping+methods+against+a+whole-genome-sequencing+standard+for+Salmonella+enterica+serotype+Enteritidis.">Comparative analysis of subtyping methods against a whole-genome-sequencing standard for Salmonella enterica serotype Enteritidis.</a> Journal of Clinical Microbiology. 53 (1), 212-218 (2015).</li><li>. Microbiology Laboratory Guidebook Available from: <a target="_blank" href="https://www.fsis.usda.gov/wps/portal/fsis/topics/science/laboratories-and-procedures/guidebooks-and-methods/microbiology-laboratory-guidebook/microbiology-laboratory-guidebook">https://www.fsis.usda.gov/wps/portal/fsis/topics/science/laboratories-and-procedures/guidebooks-and-methods/microbiology-laboratory-guidebook/microbiology-laboratory-guidebook</a> (2018)</li><li>. Bacteriological Analytical Manual (BAM) Chapter 5: Salmonella Available from: <a target="_blank" href="https://www.fda.gov/Food/FoodScienceResearch/LaboratoryMethods/ucm070149.htm">https://www.fda.gov/Food/FoodScienceResearch/LaboratoryMethods/ucm070149.htm</a> (2018)</li><li>Malorny, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diagnostic+real-time+PCR+for+detection+of+Salmonella+in+food.">Diagnostic real-time PCR for detection of Salmonella in food.</a> Applied and Environmental Microbiology. 70 (12), 7046-7052 (2004).</li><li>June, G. A., Sherrod, P. S., Hammack, T. S., Amaguana, R. M., Andrews, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relative+effectiveness+of+selenite+cystine+broth,+tetrathionate+broth,+and+Rappaport-Vassiliadis+medium+for+the+recovery+of+Salmonella+from+raw+flesh+and+other+highly+contaminated+foods:+precollaborative+study.">Relative effectiveness of selenite cystine broth, tetrathionate broth, and Rappaport-Vassiliadis medium for the recovery of Salmonella from raw flesh and other highly contaminated foods: precollaborative study.</a> Journal of AOAC International. 78 (2), 375-380 (1995).</li><li>Hammack, T. S., Amaguana, R. M., June, G. A., Sherrod, P. S., Andrews, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relative+effectiveness+of+selenite+cystine+broth,+tetrathionate+broth,+and+Rappaport-Vassiliadis+medium+for+the+recovery+of+Salmonella+spp.+from+foods+with+a+low+microbial+load.">Relative effectiveness of selenite cystine broth, tetrathionate broth, and Rappaport-Vassiliadis medium for the recovery of Salmonella spp. from foods with a low microbial load.</a> Journal of Food Protection. 62 (1), 16-21 (1999).</li><li>Wood, D. E., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kraken:+ultrafast+metagenomic+sequence+classification+using+exact+alignments.">Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments.</a> Genome Biology. 15 (3), R46 (2014).</li><li>Davis, S., Pettengill, J. B., Luo, Y., Payne, J., Shpuntoff, A., Rand, H., Strain, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CFSAN+SNP+Pipeline:+an+automated+method+for+constructing+SNP+matrices+from+next-generation+sequence+data.">CFSAN SNP Pipeline: an automated method for constructing SNP matrices from next-generation sequence data.</a> PeerJ Computer Science. 1 (e20), (2015).</li><li>Zhang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salmonella+serotype+determination+utilizing+high-throughput+genome+sequencing+data.">Salmonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data.</a> Journal of Clinical Microbiology. 53 (5), 1685-1692 (2015).</li><li>Rodrigue, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+genome+amplification+and+de+novo+assembly+of+single+bacterial+cells.">Whole genome amplification and de novo assembly of single bacterial cells.</a> PLoS One. 4 (9), e6864 (2009).</li><li>Ramamurthy, T., Ghosh, A., Pazhani, G. P., Shinoda, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Current+Perspectives+on+Viable+but+Non-Culturable+(VBNC)+Pathogenic+Bacteria.">Current Perspectives on Viable but Non-Culturable (VBNC) Pathogenic Bacteria.</a> Front Public Health. 2, 103 (2014).</li></ol>

På grund av ofta låg överflöd och i-homogen förekomsten av Salmonella i livsmedel och miljöprover, kultur anrikning före IMS-MDA är fortfarande nödvändigt för Salmonella upptäckt och subtypning; Det är därför ett viktigt steg i protokollet. För att identifiera optimala förutsättningar att öka överflödet av Salmonella i förhållande till provets bakgrund flora, kan olika anrikning media utvärderas för specifika prover. Enligt MLG och BAM, kan både selektivt medium såsom...

Metagenomik sekvensering kan teoretiskt samordnade upptäckt och subtypning av livsmedelsburna patogener. Men presenterar mat prover utmaningar till patogen analysen av sekvensering av den mat mikrobiomet. Först, livsmedelsburna patogener är ofta närvarande på låga nivåer i mat prover. De flesta kommersiellt tillgängliga snabb upptäckt metoder fortfarande kräva 8 – 48 h odling för att berika patogen celler till en detekterbar nivå1. För det andra, många livsmedel innehåller riklig mikroflora celler eller mat DNA, att göra livsmedelsburna patogener DNA en bråkdel av mat metagenome och ett gäckande mål för upptäckt och subtypning av direkt gjorts sekvensering.
Ändring av mat microbiomes har rapporterats att möjliggöra betydande koncentration av livsmedelsburna patogener DNA att underlätta sekvensering-baserad detektion av Shiga toxinproducerande Escherichia coli2,3 och Salmonella enterica4. Eftersom modifierade livsmedel microbiomes fortfarande blandningar av olika mikrobiella arter, deras sekvensering är betecknas som quasi-gjorts analys4. Mikrobiomet modifiering kan utföras genom kultur anrikning ensam2,3 eller i kombination med immunmagnetisk separation (IMS) och flera deplacement amplifiering (MDA)4,5. IMS kan selektivt fånga patogen celler från berikande kultur via antikroppsbelagda magnetiska pärlor. MDA kan generera tillräckliga mängder genomiskt DNA för sekvensering genom högeffektiva ɸ29 DNA-polymeras6. IMS-MDA har tillåtit från kliniska prover7, och förkortning av kultur berikning för quasi-gjorts upptäckt och subtypning av Salmonella i livsmedel prover4upptäckt av kultur-oberoende patogen.
Det övergripande målet med denna metod är att förbereda quasi-metagenomic DNA från mat prover att möjliggöra riktade koncentrationen av Salmonella genomiskt DNA och efterföljande detektion och subtypning av det främmande ämnet på Salmonella av sekvensering. Jämfört med standardmetoder för Salmonella upptäckt8,9 och subtypning10, kan metoden quasimetagenomic väsentligen förkorta handläggningstiden från förorenad mat och miljöprover till molekylära subtyper av patogener genom att förena två vanligtvis separeras analyser i ett enda arbetsflöde. Denna metod är särskilt användbar för applikationer såsom livsmedelsburna utbrott svar och andra spår tillbaka utredningar där robust patogen subtypning krävs förutom upptäckt av patogen och snabba analytiska vändning är viktigt.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Laboratory blender bag w/filter</td>
			<td>VWR</td>
			<td>10048-886</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Buffered peptone water</td>
			<td>Oxoid Micorbiology Products</td>
			<td>CM0509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rappaport Vassiliadis broth</td>
			<td>Neogen Acumedia</td>
			<td>7730A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polysorbate 20&#160;</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>P9416</td>
			<td>Tween 20</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stomacher blender</td>
			<td>Seward&#160;</td>
			<td>30010108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>75005194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50ml Centrifuge tubes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-539-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermal Cycler</td>
			<td>Techne Prime</td>
			<td>EW-93945-13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>StepOne Real-Time Thermal cycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4.76357</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPure XP beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63881</td>
			<td>PCR purification beads; mix well before use; store at 4C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nextera XT library prep kit</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-131-1024</td>
			<td>Store at -80C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MinIon library prep kit</td>
			<td>Oxford Nanopore</td>
			<td>SQK-LSK108</td>
			<td>Store at -80C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabead Anti-Salmonella beads</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>71002</td>
			<td>Vortex well prior to use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Illustra GenomiPhi V2 DNA amplification kit (MDA kit) 
			-Sample buffer 
			-Reaction buffer 
			-Enzyme mix</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>25-6600-30</td>
			<td>Store at -80C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HulaMixer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15920D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DynaMag magnetic rack</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan Universal PCR mastermix</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4304437</td>
			<td>Mix well before use; store at 4C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microfuge</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>05-090-100</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quasi-metagenomic analysis of salmonella from food and environmental samples

Quasi-metagenomik sekvensering avser sekvensering-baserad analys av modifierade microbiomes av mat och miljöprover. I detta protokoll syftar mikrobiomet ändring till att koncentrera genomiskt DNA av en target livsmedelsburna patogener förorening att underlätta upptäckten och subtypning av patogenet i ett enda arbetsflöde. Här, vi förklara och demonstrera provberedningssteg för quasi-metagenomik analys av Salmonella enterica från representativa mat och miljöprover inklusive alfalfagroddar, mald svartpeppar, mald nöt, kyckling bröst och miljömässiga kompresser. Prover först utsätts för kultur anrikningen av Salmonella för en förkortad och justerbar varaktighet (4 – 24 h). Salmonella celler fångas sedan selektivt från anrikning kulturen av immunmagnetisk separation (IMS). Slutligen utförs flera deplacement amplifiering (MDA) för att förstärka DNA från IMS-tagna celler. DNA utdata i detta protokoll kan sekvenseras av hög genomströmning sekvensering plattformar. En valfri kvantitativa PCR analys kan utföras för att ersätta sekvensering för Salmonella upptäckt eller bedöma koncentrationen av Salmonella DNA innan sekvensering.

Före quasimetagenomic sekvensering, kan den totala kvantiteten och renhet av IMS-MDA produkter utvärderas av fluorospectrometer (tabell 1).
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td></td>
			<td>Berikande tid (h)</td>
			<td>CT-värde</td>
			<td>Koncentration (ng/ul)</td>
			<td>Renhetsgrad (260/280)</td>
		</tr>
<tr>
<td>Mär...

Watch this Scientific Journal Video about Quasi-metagenomic Analysis of Salmonella from Food and Environmental Samples at JoVE.com

Quasi-metagenomic Analysis of Salmonella from Food and Environmental Samples

Quasi-gjorts analys av Salmonella från mat och miljöprover

Här presenterar vi ett protokoll för att förbereda DNA-prover från mat och miljö microbiomes för samordnade upptäckt och subtypning av Salmonella genom quasimetagenomic-sekvensering. Den kombinerade användningen av kultur berikning, immunmagnetisk separation (IMS) och flera deplacement amplifiering (MDA) tillåter effektiv koncentration av Salmonella genomisk DNA från livsmedels- och miljöprov.

Quasi-metagenomics sequencing refers to the sequencing-based analysis of modified microbiomes of food and environmental samples. In this protocol, ...

Denna metod kan användas för att upptäcka Salmonella från livsmedelsprover och identifiera patogenen till stammen nivå genom genetiska fingeravtryck. Den största fördelen med denna teknik är att den kombinerar Salmonella upptäckt och subtypning i ett enda arbetsflöde och väsentligt förkortar handläggningstiden från Salmonella-förorenat livsmedelsprov till fingeravtryck av patogenen. Till att börja med, aseptiskt placera en 25 gram prov av mat inuti en steril laboratoriemixer väska med ett inbyggt filter eller tillval förbereda en miljö svabb genom att aseptiskt fukta en svamp med anrikning buljong, dra den över en förutbestämd yta och placera den inuti en mixerpåse.Med hjälp av en laboratoriemixer, blanda noggrant varje prov med 225 milliliter RV anrikning buljong. Sedan inkubera blandningen vid 42 grader Celsius i fyra till 21 timmar. Efter detta, samla en 50 milliliter delprov av anrikning buljong från den filtrerade sidan av påsen.Sedan centrifug delprovet vid 100 gånger g i 10 minuter. Överför supernatanten försiktigt till ett nytt centrifugrör på 50 milliliter och centrifug vid 3, 000 till 6, 000 gånger g i 10 minuter. Kassera supernatanten och tvätta pelleten i fem milliliter BPW.Resuspend pelleten i fem milliliter bpw. Först tina provbufferten och reaktionsbufferten från MDA-satsen på is. Placera en milliliter av återanvända celler i BPW och 20 mikroliter av anti-Salmonella pärlor i ett microcentrifugrör.Placera mikrocentrifugröret på en roterande mixer i 30 minuter vid rumstemperatur. Efter detta, placera röret på ett magnetiskt stativ i tre minuter. Invertera det magnetiska racket flera gånger för att koncentrera pärlorna till en pellet.Hålla röret på magnetställningen, aspirera och kassera supernatanten. Därefter lägger du till en milliliter tvättbuffert till röret. Ta bort rörhållaren från racket och invertera rörhållaren flera gånger för att avlägsna eventuella icke-specifikt bindande bakterier från komplexet.Efter den tredje tvätten aspirera du supernatanten från röret och kasserar den. Ta sedan bort röret från magnetstället och centrifugera det i en sekund. Placera sedan röret på magnetstället i tre minuter innan du tar bort eventuell resttvättbuffert.Resuspend pärlen Salmonella komplex i nio mikroliter av provbuffert och inkubera röret på 95 grader Celsius i tre minuter. Efter kylning av komplexen på is, tillsätt nio mikroliter reaktionsbuffert och en mikroliter av enzymblandning. Inkubera röret i en termisk cycler enligt textprotokollet och kyl röret på is.Därefter använder du ett fluorpektrotorinstrument för att mäta DNA-koncentrationen och renheten hos provet. Förvara slutprodukterna vid negativa 20 grader Celsius för framtida experiment. Bered 18 mikroliter PCR-blandning per prov enligt textprotokollet.Blanda sedan MDA-produkten genom att försiktigt pipettera upp och ner. Tillsätt två mikroliter av MDA-produktupphängningen till PCR-blandningen. Med hjälp av ett optimerat REALTID PCR-protokoll kör du realtids-PCR enligt textprotokollet.Lägg till buffertlösningar och reagenser till MDA-produkt enligt specifikt i textprotokollet och överför resulterande 40 mikroliter av sekvensering prepped MDA produkt till en ny platta och tillsätt 20 mikroliter av PCR rening pärlor till varje brunn. Därefter inkubera plattan i rumstemperatur i 10 minuter. Tvätta sedan pärlorna med 80%etanol och torka dem i 12 minuter.Resuspend de torkade pärlorna i 53 mikroliter av resuspension buffert och inkubera pärlorna i två minuter vid rumstemperatur. Slutligen späd och pool bibliotek enligt tillverkarens anvisningar. I detta protokoll utfördes riktad mängdbedömning av Salmonella DNA av realtids-PCR.Representativa resultat från två märken av Salmonella-förorenat kycklingbröst varierade från 701,54 till 945,86 nanogram per mikroliter som visar att provet DNA effektivt förstärktes. Samtidigt som du försöker detta förfarande, är det viktigt att komma ihåg att tvätta och hantera IMS pärlor noggrant, hålla MDA reagenser och produkter fria från föroreningar och upprätthålla en ren huva. Efter dess utveckling banade denna teknik väg för forskare inom området livsmedelssäkerhet och folkhälsa att utforska snabb och högupplöst spårning av Salmonella-föroreningar i livsmedelsprover, produktmiljöer och leveranskedjor.Glöm inte att arbeta med livsmedelsburna patogener kan vara extremt farligt och försiktighetsåtgärder såsom bär personlig skyddsutrustning och efter god laboratoriepraxis bör alltid vidtas när du utför detta förfarande.

Research

JoVE Journal

Biology

Quasi-metagenomic Analysis of Salmonella from Food and Environmental Samples

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Analysera Gene Expression från Marine mikrobiella samhällen med Miljö transkriptomik

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Chronic Salmonella Infected Mouse Model

Chronic Salmonella Infected Mouse Model

Kronisk Salmonella Infected musmodell

The bacterial infected mouse model is a powerful model system for studying areas such as infection, inflammation, immunology, signal transduction, and ...

High-Throughput Measurement and Classification of Organic P in Environmental Samples

Hög genomströmning Mätning och klassificering av organiska P i miljöprover

Many types of organic phosphorus (P) molecules exist in environmental samples1.  Traditional P measurements do not detect these organic P compounds since ...

One-step Purification of Twin-Strep-tagged Proteins and Their Complexes on Strep-Tactin Resin Cross-linked With Bis(sulfosuccinimidyl) Suberate (BS3)

One-step Purification of Twin-Strep-tagged Proteins and Their Complexes on Strep-Tactin Resin Cross-linked With Bissulfosuccinimidyl Suberate BS3

Ett steg Rening av Twin-Strep-märkta proteiner och deras komplex på Strep-Tactin Resin tvärbunden med bis (sulfosuccinimidyl) suberat (BS3)

Affinity purification of Strep-tagged fusion proteins on resins carrying an engineered streptavidin (Strep-Tactin) has become a widely used method for ...

Phosphopeptide Analysis of Rodent Epididymal Spermatozoa

Fosfopeptiden Analys av gnagare Epididymal Spermier

Spermatozoa are quite unique amongst cell types. Although produced in the testis, both nuclear gene transcription and translation are switched off once ...

A Hydroponic Co-cultivation System for Simultaneous and Systematic Analysis of Plant/Microbe Molecular Interactions and Signaling

Ett hydroponisk samodlingssystem för samtidig och systematisk analys av molekylära interaktioner och signalering av växt / mikrob

An experimental design mimicking natural plant-microbe interactions is very important to delineate the complex plant-microbe signaling processes. ...

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

Bestämning av sialinsyror i lever och mjölkprover av vildtyp och<em&gt; CMAH</em&gt; Knock-out-möss.

CMAH (cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acid hydroxylase) is responsible for the oxidation of cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acids in ...

Laboratory Protocol for Genetic Gut Content Analyses of Aquatic Macroinvertebrates Using Group-specific rDNA Primers

Laboratoriet protokoll för genetiska Gut innehåll analyser av vattenlevande Macroinvertebrates använda gruppspecifika rDNA grundfärger

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the ...

Precise, High-throughput Analysis of Bacterial Growth

Exakt, High-throughput analys av bakterietillväxt

Bacterial growth is a central concept in the development of modern microbial physiology, as well as in the investigation of cellular dynamics at the ...

Laser Capture Microdissection of Highly Pure Trabecular Meshwork from Mouse Eyes for Gene Expression Analysis

Laser Capture lokalt av högt rent trabekelverket från mus ögon för gen uttryck analys

Laser capture microdissection (LCM) has allowed gene expression analysis of single cells and enriched cell populations in tissue sections. LCM is a great ...