Name: site-directed mutagenesis for in vitro and in vivo experiments exemplified with rna interactions in escherichia coli
Uploaded: 2019-02-05T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Site-Directed Mutagenesis for In Vitro and In Vivo Experiments Exemplified with RNA Interactions in Escherichia Coli at JoVE.com

Авторы хотели бы поблагодарить Университет Южной Дании открытого доступа политики грантов.

1. вектора выбора
<ol><li>Выберите вектор для выполнения течению эксперименты с. Для этого метода ПЦР 2 - и 3-шаг применим любой вектор.</li>
	<li>На основе выбора вектора, выберите надлежащие энзимы ограничения для клонирования.</li>
</ol>2. грунтовка дизайн для сайта направленного мутаг?...

<ol>
	<li>Bouvier, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+RNA+binding+to+5'+mRNA+coding+region+inhibits+translational+initiation.">Small RNA binding to 5' mRNA coding region inhibits translational initiation.</a> Molecular Cell. 32 (6), 827-837 (2008).</li><li>Jorgensen, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+regulatory+RNAs+control+the+multi-cellular+adhesive+lifestyle+of+Escherichia+coli.">Small regulatory RNAs control the multi-cellular adhesive lifestyle of Escherichia coli.</a> Molecular Microbioly. 84 (1), 36-50 (2012).</li><li>Antal, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+small+bacterial+RNA+regulates+a+putative+ABC+transporter.">A small bacterial RNA regulates a putative ABC transporter.</a> The Journal of Biological Chemistry. 280 (9), 7901-7908 (2005).</li><li>Andreassen, P. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=sRNA-dependent+control+of+curli+biosynthesis+in+Escherichia+coli:+McaS+directs+endonucleolytic+cleavage+of+csgD+mRNA.">sRNA-dependent control of curli biosynthesis in Escherichia coli: McaS directs endonucleolytic cleavage of csgD mRNA.</a> Nucleic Acids Research. , (2018).</li><li>Thomason, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+small+RNA+that+regulates+motility+and+biofilm+formation+in+response+to+changes+in+nutrient+availability+in+Escherichia+coli.">A small RNA that regulates motility and biofilm formation in response to changes in nutrient availability in Escherichia coli.</a> Molecular Microbioly. 84 (1), 36-50 (2012).</li><li>Lorenz, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polymerase+chain+reaction:+basic+protocol+plus+troubleshooting+and+optimization+strategies.">Polymerase chain reaction: basic protocol plus troubleshooting and optimization strategies.</a> Journal of Visualized Experiments. (63), e3998 (2012).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=JoVE+Science+Education+Database.+Basic+Methods+in+Cellular+and+Molecular+Biology.+Molecular+Cloning.">JoVE Science Education Database. Basic Methods in Cellular and Molecular Biology. Molecular Cloning.</a> Journal of Visualized Experiments. , (2018).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=JoVE+Science+Education+Database.+Basic+Methods+in+Cellular+and+Molecular+Biology.+The+Western+Blot.">JoVE Science Education Database. Basic Methods in Cellular and Molecular Biology. The Western Blot.</a> Journal of Visualized Experiments. , (2018).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=JoVE+Science+Education+Database.+Biochemistry.+Electrophoretic+Mobility+Shift+Assay+(EMSA).">JoVE Science Education Database. Biochemistry. Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA).</a> Journal of Visualized Experiments. , (2018).</li><li>Kunkel, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+and+efficient+site-specific+mutagenesis+without+phenotypic+selection.">Rapid and efficient site-specific mutagenesis without phenotypic selection.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 82 (2), 488-492 (1985).</li><li>Laible, M., Boonrod, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homemade+site+directed+mutagenesis+of+whole+plasmids.">Homemade site directed mutagenesis of whole plasmids.</a> Journal of Visualized Experiments. (27), (2009).</li><li>Wells, J. A., Vasser, M., Powers, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cassette+mutagenesis:+an+efficient+method+for+generation+of+multiple+mutations+at+defined+sites.">Cassette mutagenesis: an efficient method for generation of multiple mutations at defined sites.</a> Gene. 34 (2-3), 315-323 (1985).</li><li>Cong, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+genome+engineering+using+CRISPR/Cas+systems.">Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems.</a> Science. 339 (6121), 819-823 (2013).</li><li>Mali, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-guided+human+genome+engineering+via+Cas9.">RNA-guided human genome engineering via Cas9.</a> Science. 339 (6121), 823-826 (2013).</li></ol>

Сайт Направленный мутагенез имеет широкий спектр различных приложений, и здесь, представитель результаты от in vivo и эксперимент в лабораторных условиях были включены в качестве примеров того, как сделать биологических выводы, используя технику. Сайт Направленный мутагенез уже давно зо...

ДНК часто называют чертеж живой клетки, так как все структуры ячейки кодируются в последовательности ДНК. Точная репликация и ДНК ремонт механизмов гарантируют, что происходят только очень низкие темпы мутаций, которая необходима для поддержания правильной функции закодированных генов. Изменения последовательности ДНК может повлиять на последующие функции на различных уровнях, начиная с ДНК (признание факторов транскрипции и энзимов ограничения), затем РНК (base пара взаимодополняемости и вторичной структуры изменения) и/или белки (аминокислоты кислоты замены, удаления, дополнений или смены кадра). Хотя многие мутации не существенно влияет на функции гена, некоторые мутации в ДНК может иметь огромные последствия. Таким образом сайт Направленный мутагенез является ценным инструментом для изучения важность определенных участков ДНК на всех уровнях.
Этот протокол описывает подход целевой мутагенеза, используется для введения специфических мутаций. Протокол опирается на две разные стратегии ПЦР: шаг 2- или 3-шаг ПЦР. 2-шаг ПЦР является применимым, если желаемый мутации недалеко от ' конец 5 или 3' концу ДНК интерес (< 200 пар оснований (ВР) от конца) и ПЦР 3-шаг применяется во всех случаях.
В 2-х ступенчатый подход ПЦР 3 грунты разрабатываются, в которой один набор праймеров предназначен для того чтобы усилить дна интереса (грунтовки 1 и 3, вперед и назад, соответственно), и один учебник предназначен для включения мутации. Мутация, представляя грунтовка (праймер 2) должен иметь обратный ориентации, если мутации недалеко от ' конец 5 и вперед ориентации если мутация близок к 3' конца. На первом шаге PCR праймер 1 + 2 или 2 + 3 усиливает небольшой фрагмент недалеко от ' конец 5 или 3' конца, соответственно. Полученный продукт PCR затем используется как грунт на втором шаге грунтом 1 или 3, в результате чего в продукт PCR с мутации в ДНК интерес (рис. 1A).
В 3-х ступенчатая PCR 4 грунтовки предназначены, в которых один набор праймеров предназначен для того чтобы усилить дна интереса (грунтовки 1 и 4, вперед и назад, соответственно) и один набор праймеров предназначен для учета специфических мутаций с перекрывающимися взаимодополняемости (грунты, 2 и 3, обратить вспять и вперед, соответственно). В шаге один и два, грунтовки 1 + 2 и 3 + 4 усиливают 5' и 3' конца. На шаге 3 результирующий продукты PCR от шаг 1 и 2 используются как шаблоны и усиливается с праймерами 1 + 4. Таким образом полученный продукт PCR является ДНК интерес с желаемой мутация (рис. 1B).
В то время как мутировал ДНК может использоваться для любого приложения, ниже по течению, этот протокол описывает вновь объединить вектор клонирования ДНК. Использование клонирования векторов имеет ряд преимуществ, таких как простота клонирования и конкретных экспериментальных приложений в зависимости от особенностей вектора. Эта возможность часто используется для исследования взаимодействия РНК. Другой метод для исследования взаимодействия РНК является структурной зондирующего РНК в комплексе с другой РНК1,белка или2 3,4. Однако структурные зондирование выполняется только в пробирке в то время как сайт направленного мутагенеза и последующего клонирования позволяют для исследования взаимодействия в естественных условиях.
Сайт Направленный мутагенез широко применяется для исследования взаимодействия РНК, представленные здесь. Однако ключевым методом относительно 2 - или 3-шаг ПЦР применима к любой фрагмент ДНК и таким образом не ограничивается только исследования РНК взаимодействия.
Чтобы проиллюстрировать, техника и его возможного использования, используется характеристика регионов важно для post-transcriptional регулирование мРНК, csgD, Escherichia coli (E. coli). В E. coli, csgD является мишенью малые РНК-кодирования, McaS, в сотрудничестве с белками, Hfq, для подавления выражения протеина CsgD2,4,5. Метод используется для внедрения мутаций в регионе база сопряжения между csgD и McaS и Hfq привязки сайта csgD. Затем полученные ДНК клонируется в вектор подходит для последующих экспериментов. Нисходящие приложения методики включают в vivo и in vitro экспериментов. Для иллюстрации пример 1 характеризуется в естественных условиях, используя западную помарку пробирного и пример 2 характеризуется в пробирке, используя assay переноса электрофоретической подвижности (EMSA). В обоих случаях это иллюстрированный как сайт Направленный мутагенез может использоваться в сочетании с другими методами биологического выводы о ген интереса.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Anti-GroEL antibody produced in rabbit</td>
			<td>Merck</td>
			<td>G6532</td>
			<td>Primary antibody</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Azure c200</td>
			<td>Azure</td>
			<td>NA</td>
			<td>Gel imaging workstation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Custom DNA oligo</td>
			<td>Merck</td>
			<td>VC00021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DeNovix DS-11</td>
			<td>DeNovix</td>
			<td>NA</td>
			<td>Spectrophotometer for nucleic acid measurements</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA Gel Loading Dye (6X)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>R0611</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethidium bromide solution 1 %</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>2218.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GeneJET Gel Extraction Kit</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>K0691</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GeneRuler DNA Ladder Mix</td>
			<td>Fermentas</td>
			<td>SM0333</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gerard GeBAflex-tube Midi</td>
			<td>Gerard Biotech</td>
			<td>TO12</td>
			<td>Dialysis tubes for electro elution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MEGAscript T7 Transcription Kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>AM1334</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini-Sub Cell GT Cell</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1704406</td>
			<td>Horizontal electrophoresis system</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Monoclonal ANTI-FLAG M2 antibody produced in mouse</td>
			<td>Merck</td>
			<td>F3165</td>
			<td>Primary antibody</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse Immunoglobulins</td>
			<td>Dako Cytomation</td>
			<td>P0447</td>
			<td>HRP conjucated secondary antibody</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NucleoSpin miRNA</td>
			<td>Macherey Nagel</td>
			<td>740971</td>
			<td>RNA purification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NuPAGE 4-12% Bis-Tris Protein Gels</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>NP0323BOX</td>
			<td>Bis-Tris gels for protein separation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion High-Fidelity PCR Master Mix with HF Buffer</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0531S</td>
			<td>DNA polymerase</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PowerPac HC High-Current Power Supply</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1645052</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rabbit Immunoglobulins</td>
			<td>Dako Cytomation</td>
			<td>P0448</td>
			<td>HRP conjucated secondary antibody</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SeaKem LE Agarose</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>50004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SigmaPlot</td>
			<td>Systat Software Inc</td>
			<td>NA</td>
			<td>Graph and data analysis software tool</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T100 Thermal Cycler</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1861096</td>
			<td>PCR machine</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 DNA ligase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0202</td>
			<td>Ligase</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 Polynucleotide Kinase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0201S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TAE Buffer (Tris-acetate-EDTA) (50X)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>B49</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

site-directed mutagenesis for in vitro and in vivo experiments exemplified with rna interactions in escherichia coli

Сайт Направленный мутагенез — это метод, используемый для внедрения конкретных мутации в ДНК для изучения взаимодействия между малых молекул некодирующих рибонуклеиновой кислоты (Срна) и целевой messenger РНК (мРНК). Кроме того сайт Направленный мутагенез используется для сопоставления определенных белков сайтов связывания РНК. Описан шаг 2 и шаг 3 ПЦР на основе внедрения мутаций. Этот подход имеет отношение к всех белков РНК и исследования взаимодействия РНК-РНК. Короче говоря метод полагается на проектирование грунты с желаемой mutation(s) и через 2 или 3 шаги PCR, синтезирующий продукт PCR с мутацией. Затем продукт PCR используется для клонирования. Здесь мы опишем, как выполнять сайт направленного мутагенеза с 2 - х и 3-х ступенчатый подход к внедрению мутации Срна, McaS и мРНК, csgD, расследовать РНК-РНК, РНК белковых взаимодействий. Мы применяем этот метод для изучения взаимодействия РНК; Однако методика применима ко всем исследованиям мутагенез (например, ДНК белковых взаимодействий, амино кислоты замещения/удаления/добавления). Это можно представить какой-либо мутация, за исключением ненатуральных баз, но техника применяется, только если продукт PCR может быть использован для вниз по течению приложения (например, клонирование и шаблон для дальнейшего ПЦР).

Для изучения взаимодействия РНК относительно post-transcriptional регулирование csgD, двойной Векторный установки был выбран: выразить csgD мРНК и другой выразить малые РНК-кодирования, McaS. csgD был клонирован в pBAD33, который является арабинозы индуцибельной средне коп...

Watch this Scientific Journal Video about Site-Directed Mutagenesis for In Vitro and In Vivo Experiments Exemplified with RNA Interactions in Escherichia Coli at JoVE.com

Site-Directed Mutagenesis for In Vitro and In Vivo Experiments Exemplified with RNA Interactions in Escherichia Coli

Сайт Направленный мутагенез для In Vitro и In Vivo экспериментов примером взаимодействия РНК в Escherichia Coli

Сайт Направленный мутагенез — это метод, используемый для внедрения специфических мутаций в дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК). Этот протокол описывает, как сделать сайт направленного мутагенеза с шага 2 и 3-х ступенчатая полимеразной цепной реакции (ПЦР) на основе подхода, который применяется к любой фрагмент ДНК интерес.

Site-directed mutagenesis is a technique used to introduce specific mutations in DNA to investigate the interaction between small non-coding ribonucleic ...

Мутагенез, направленный на сайт, полезен для изучения молекулярных взаимодействий, таких как РНК-РНК и рнк белковых взаимодействий. В этом протоколе описывается, как выполнять мутагенез, направленный на сайт, с помощью двух- или 3-шагового ПЦР-подхода. Основными преимуществами метода являются разнообразие различных мутаций, которые могут быть включены, а также относительная легкость и стоимость для этого.Для начала используйте шаблон ДНК дикого типа и грунтовое пар два, один, и два, три, специфичные для 2-шаг, или грунтовка пары три, один, и три, четыре, специфичные для 3-шаг ПЦР для получения PCR продукт один. Для проверки продуктов ПЦР агарозом гель электрофорез, сделать 2%agarose гель путем растворения двух граммов агарозы в 100 миллилитров 1X TAE буфера, используя микроволновую печь. Добавьте бромид этидия при конечной концентрации 0,5 микрограмма на миллилитр.Затем отбрось агарозный гель. Когда затвердеет, поместите его в блок электрофореза. Загрузите лестницу ДНК известного размера, а образцы ПЦР, смешанные с красителем ДНК, загружаются в скважины.Вы запустите образцы на 75 вольт в течение 45 минут. И визуализировать полосы на УФ-трансиллюминаторе или с системой визуализации геля. Затем очистите продукт ПЦР набором для извлечения геля в соответствии с протоколом производителей и измерьте концентрацию очищенной ДНК с помощью спектрофотометра.Затем храните очищенную ДНК при температуре минус 20 по Цельсию в буфере TE. Чтобы начать объект-направленный мутагенез с 2-шаг pcR, сначала используйте шаблон ДНК дикого типа, затем грунтовки пар два, один и два, два, для пяти грунтовки мутаций, или грунтовки пары два, два, и два, три для трех грунтовки мутаций для получения PCR продукт два. Проверить продукт ПЦР с помощью гель-электрофореза, очистить продукт ПЦР и измерить его концентрацию, как описано ранее.Затем используйте шаблон ДНК дикого типа и pcR продукт два в качестве грунтовки, вместе с грунтовки два, три для пяти грунтовки мутации, или грунтовки два, один для трех грунтовки мутации, чтобы получить продукт ПЦР три. Проверить продукт ПЦР с помощью гель-электрофореза, очистить продукт ПЦР и измерить его концентрацию, как описано ранее. Затем храните очищенную ДНК при температуре минус 20 градусов по Цельсию в буфере TE.Для начала сайта прямого мутагенеза с 3-шаг ПЦР, сначала используйте шаблон ДНК дикого типа и грунтовки пары три, один и три, два, чтобы получить продукт ПЦР два. Используйте шаблон ДНК дикого типа и грунтовое пар три, три и три, четыре, чтобы получить продукт ПЦР три. Используйте шаблон ДНК дикого типа и грунтовое пар три, три и три, четыре, чтобы получить продукт ПЦР три.Проверить продукт ПЦР с помощью гель-электрофореза, очистить продукт ПЦР и измерить его концентрацию, как описано ранее. Наконец, использовать два-пять нанограммов продуктов ПЦР два и три в качестве шаблона вместе с грунтовки пары три, один и три, четыре, чтобы получить продукт ПЦР четыре. Проверить продукт ПЦР с помощью гель-электрофореза, очистить продукт ПЦР и измерить его концентрацию, как описано ранее.Храните очищенную ДНК при температуре минус 20 градусов по Цельсию в буфере TE. В этом исследовании, 2-шаг и 3-шаг сайт-направленный мутагенез были использованы для изучения взаимодействия РНК в отношении пост транскрипционные регулирования CsgD. Дикий тип CsgD был ПЦР усиливается, чтобы дать PCR продукт IA, и дикий тип mcaS был ПЦР усиливается, чтобы дать продукт ПЦР IB. Используя 3-шаговую стратегию ПЦР, продукты ПЦР IIA и IIIA были синтезированы в первые два этапа, а IVA на третьем этапе ввести мутации в CsgD.Аналогичным образом, бесплатные мутации, направленные на сайт, были введены в mcaS для производства продуктов ПЦР IIB, IIIB, в первые два этапа, и IVB на третьем этапе. Западный анализ помарки показал, что в то время как выражение дикого типа mcaS предотвращает перевод дикого типа CsgD, мутации в либо mcaS или CsgD облегчает наблюдаемые репрессии. Однако мутации как в CsgD, так и в mcaS препятствуют переводу CsgD.Используя 2-шаговую стратегию ПЦР, продукты ПЦР IIC, IID, IIE, IIF и IIG были синтезированы на первом этапе, а продукты ПЦР IIIC, IIID, IIIE, IIIF и IIIG, на втором этапе ввести мутации во всю ДНК CsgD. Результаты EMSA привязки КФЗ к транскрибированным csgD дикого типа CsgD и мутантным РНК, синтезированным с использованием продуктов ПЦР IIIC, IIID, IIIE, IIIF и IIIG, показали увеличение значений KD мутантных аллелей. Это доказало, что ХФЗ может менее эффективно связываться с мутантами.Кроме того, УФЗ имеет несколько связывающих участков на CsgD, что показано на трех сменах, наблюдаемых для РНК дикого типа. Однако для различных РНК-мутантов наблюдаются только два связывающих участка. Таким образом, на сайте мутационный подход определяет первичные и или вторичные структуры csgD mRNA, которые важны для полного связывания HF.Метод для сайта направлены мутагенез описано здесь опирается на ПЦР. Хорошие методы ПЦР имеют решающее значение для метода и могут потребовать оптимизации, чтобы быть успешным. Сайт-направленный mutagenesis только мощный со всеми тремя методами, такими как EMSA и Western Blotting.Другие методы, например, включают различные структурные анализы и некоторые анализы деятельности, а также исследования по изменению после перевода.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Site-Directed Mutagenesis for In Vitro and In Vivo Experiments Exemplified with RNA Interactions in Escherichia Coli

Detection of the pH-dependent Activity of Escherichia coli Chaperone HdeB In Vitro and In Vivo

Detection of the pH-dependent Activity of Escherichia coli Chaperone HdeB In Vitro and In Vivo

Обнаружение рН-зависимой активности<em&gt; Кишечная палочка</em&gt; Сопровождающий HdeB<em&gt; In Vitro</em&gt; и<em&gt; В Vivo</em

Bacteria are frequently exposed to environmental changes, such as alterations in pH, temperature, redox status, light exposure or mechanical force. Many ...

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Времяразрешенная ионизацией электрораспылением водорода дейтерий Обмен масс-спектрометрии для изучения белка структуры и динамики

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

Пробоподготовка для массы на основе спектрометрии идентификации RNA-связывая регионов

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Quantification of the Abundance and Charging Levels of Transfer RNAs in Escherichia coli

Quantification of the Abundance and Charging Levels of Transfer RNAs in Escherichia coli

Количественная оценка изобилие и зарядки уровней передачи РНК в Escherichia coli

Transfer RNA (tRNA) is an essential part of the translational machinery in any organism. tRNAs bind and transfer amino acids to the translating ribosome. ...

Characterization of Glycoproteins with the Immunoglobulin Fold by X-Ray Crystallography and Biophysical Techniques

Характеристика гликопротеины с складке иммуноглобулина рентгеноструктурного анализа и биофизических методов

Glycoproteins on the surface of cells play critical roles in cellular function, including signalling, adhesion and transport. On leukocytes, several of ...

Application of Biolayer Interferometry (BLI) for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

Application of Biolayer Interferometry BLI for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

Применение биослойной интерферометрии (BLI) для изучения белково-белковых взаимодействий в транскрипции

A transcription factor&#160;(TF) is a protein that regulates gene expression by interacting with the RNA polymerase, another TF, and/or template DNA. GrgA ...

Interactions with and Membrane Permeabilization of Brain Mitochondria by Amyloid Fibrils

Взаимодействие с и Мембрана Пермябилизация митохондрий мозга амилоида Фибрилс

A growing body of evidence indicates that membrane permeabilization, including internal membranes such as mitochondria, is a common feature and primary ...

Extremely Rapid and Specific Metabolic Labelling of RNA In Vivo with 4-Thiouracil (Ers4tU)

Extremely Rapid and Specific Metabolic Labelling of RNA In Vivo with 4-Thiouracil Ers4tU

Чрезвычайно быстрая и специфическая метаболическая маркировка РНК in Vivo с 4-Thiouracil (Ers4tU)

The nucleotide analogue, 4-thiouracil (4tU), is readily taken up by cells and incorporated into RNA as it is transcribed in vivo, allowing isolation of ...

Rapid and Cost-Effective RNA Extraction of Rat Pancreatic Tissue

Быстрая и экономически эффективная РНК-экстракция крысиной ткани поджелудочной железы

Regardless of the extraction method, optimized RNA extraction of tissues and cell lines are carried out in four stages: 1) homogenization, 2) effective ...

Site Specific Lysine Acetylation of Histones for Nucleosome Reconstitution using Genetic Code Expansion in Escherichia coli

Site Specific Lysine Acetylation of Histones for Nucleosome Reconstitution using Genetic Code Expansion in Escherichia coli

Сайт Конкретные лизин ацетиляции гистонов для нуклеосомы Восстановление с использованием генетического расширения кода в Escherichia coli

Acetylated histone proteins can be easily expressed in Escherichia coli encoding a mutant, N&#949;-acetyl-lysine (AcK)-specific Methanosarcina mazi ...