Name: using in vitro fluorescence resonance energy transfer to study the dynamics of protein complexes at a millisecond time scale
Uploaded: 2019-03-14T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale at JoVE.com

Shu-Ou Shan (Kaliforniya Teknoloji Enstitüsü) perde tahlil gelişimi üzerinde anlayışlı tartışma için teşekkür ediyoruz. M.G., Y.Z. ve X.L. Y.Z. Purdue Üniversitesi'nden başlangıç fonlar tarafından finanse edilmiştir ve X.L.This iş kısmen bitki Biyoloji için Purdue Üniversitesi Merkezi bir tohum hibe tarafından desteklenmiştir.

1. tasarım perde tahlil.
<ol><li>Cul1•Cand1 karmaşık yapısı dosyayı Protein veri bankasından (dosya 1U6G) yükleyin.</li>
	<li>Cul1•Cand1 PyMOL içinde karmaşık yapısını görüntüleyin.</li>
	<li>Cand1 ilk amino asit ve Cul1 son amino asit arasındaki uzaklık PyMOL Sihirbazı menüsünden Ölçüm işlevini kullanın (şekil 1).</li>
	<li>Online spectra Görüntüleyici yükler ( Tablo malzemelerigörmek) ve uyarma ve emi...

<ol>
	<li>Stumpf, M. P. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+size+of+the+human+interactome.">Estimating the size of the human interactome.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (19), 6959-6964 (2008).</li><li>Kuzmanov, U., Emili, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-protein+interaction+networks:+probing+disease+mechanisms+using+model+systems.">Protein-protein interaction networks: probing disease mechanisms using model systems.</a> Genome Medicine. 5 (4), 37 (2013).</li><li>Titeca, K., Lemmens, I., Tavernier, J., Eyckerman, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovering+cellular+protein-protein+interactions:+Technological+strategies+and+opportunities.">Discovering cellular protein-protein interactions: Technological strategies and opportunities.</a> Mass Spectrometry Reviews. , 1-33 (2018).</li><li>Lapetina, S., Gil-Henn, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+simple,+direct,+and+quantitative+in+vitro+binding+assays.">A guide to simple, direct, and quantitative in vitro binding assays.</a> Journal of Biological Methods. 4 (1), 62 (2017).</li><li>Zheng, X., Bi, C., Li, Z., Podariu, M., Hage, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analytical+methods+for+kinetic+studies+of+biological+interactions:+A+review.">Analytical methods for kinetic studies of biological interactions: A review.</a> Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 113, 163-180 (2015).</li><li>Pierce, N. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cand1+promotes+assembly+of+new+SCF+complexes+through+dynamic+exchange+of+F+box+proteins.">Cand1 promotes assembly of new SCF complexes through dynamic exchange of F box proteins.</a> Cell. 153 (1), 206-215 (2013).</li><li>Liu, X., Reitsma, J. M., Mamrosh, J. L., Zhang, Y., Straube, R., Deshaies, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cand1-Mediated+Adaptive+Exchange+Mechanism+Enables+Variation+in+F-Box+Protein+Expression.">Cand1-Mediated Adaptive Exchange Mechanism Enables Variation in F-Box Protein Expression.</a> Molecular Cell. 69 (5), 773-786 (2018).</li><li>Zheng, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+of+the+Cul1-Rbx1-Skp1-F+boxSkp2+SCF+ubiquitin+ligase+complex.">Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF ubiquitin ligase complex.</a> Nature. 416 (6882), 703-709 (2002).</li><li>Kleiger, G., Deshaies, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tag+Team+Ubiquitin+Ligases.">Tag Team Ubiquitin Ligases.</a> Cell. 166 (5), 1080-1081 (2016).</li><li>Zheng, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CAND1+binds+to+unneddylated+CUL1+and+regulates+the+formation+of+SCF+ubiquitin+E3+ligase+complex.">CAND1 binds to unneddylated CUL1 and regulates the formation of SCF ubiquitin E3 ligase complex.</a> Molecular Cell. 10 (6), 1519-1526 (2002).</li><li>Hwang, J. W., Min, K. W., Tamura, T. A., Yoon, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TIP120A+associates+with+unneddylated+cullin+1+and+regulates+its+neddylation.">TIP120A associates with unneddylated cullin 1 and regulates its neddylation.</a> FEBS Letters. 541 (1-3), 102-108 (2003).</li><li>Min, K. W., Hwang, J. W., Lee, J. S., Park, Y., Tamura, T., Yoon, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TIP120A+associates+with+cullins+and+modulates+ubiquitin+ligase+activity.">TIP120A associates with cullins and modulates ubiquitin ligase activity.</a> Journal of Biological Chemistry. 278 (18), 15905-15910 (2003).</li><li>Goldenberg, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+of+the+Cand1-Cul1-Roc1+complex+reveals+regulatory+mechanisms+for+the+assembly+of+the+multisubunit+cullin-dependent+ubiquitin+ligases.">Structure of the Cand1-Cul1-Roc1 complex reveals regulatory mechanisms for the assembly of the multisubunit cullin-dependent ubiquitin ligases.</a> Cell. 119 (4), 517-528 (2004).</li><li>Chuang, H. W., Zhang, W., Gray, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+ETA2,+an+apparent+ortholog+of+the+human+cullin-interacting+protein+CAND1,+is+required+for+auxin+responses+mediated+by+the+SCF(TIR1)+ubiquitin+ligase.">Arabidopsis ETA2, an apparent ortholog of the human cullin-interacting protein CAND1, is required for auxin responses mediated by the SCF(TIR1) ubiquitin ligase.</a> Plant Cell. 16 (7), 1883-1897 (2004).</li><li>Feng, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+CAND1,+an+Unmodified+CUL1-Interacting+Protein,+Is+Involved+in+Multiple+Developmental+Pathways+Controlled+by+Ubiquitin/Proteasome-Mediated+Protein+Degradation.">Arabidopsis CAND1, an Unmodified CUL1-Interacting Protein, Is Involved in Multiple Developmental Pathways Controlled by Ubiquitin/Proteasome-Mediated Protein Degradation.</a> the Plant Cell Online. 16 (7), 1870-1882 (2004).</li><li>Cheng, Y., Dai, X., Zhao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AtCAND1,+a+HEAT-repeat+protein+that+participates+in+auxin+signaling+in+Arabidopsis.">AtCAND1, a HEAT-repeat protein that participates in auxin signaling in Arabidopsis.</a> Plant Physiology. 135 (June), 1020-1026 (2004).</li><li>Lo, S. -. C., Hannink, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CAND1-Mediated+Substrate+Adaptor+Recycling+Is+Required+for+Efficient+Repression+of+Nrf2+by+Keap1.">CAND1-Mediated Substrate Adaptor Recycling Is Required for Efficient Repression of Nrf2 by Keap1.</a> Molecular and Cellular Biology. 26 (4), 1235-1244 (2006).</li><li>Okamoto, K., Sako, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+FRET+for+the+study+of+protein+interactions+and+dynamics.">Recent advances in FRET for the study of protein interactions and dynamics.</a> Current Opinion in Structural Biology. 46, 16-23 (2017).</li><li>Hussain, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+introduction+to+fluorescence+resonance+energy+transfer+(FRET).">An introduction to fluorescence resonance energy transfer (FRET).</a> arXiv preprint. , (2009).</li><li>Li, T., Pavletich, N. P., Schulman, B. A., Zheng, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-level+expression+and+purification+of+recombinant+SCF+ubiquitin+ligases.">High-level expression and purification of recombinant SCF ubiquitin ligases.</a> Methods in Enzymology. 398 (1996), 125-142 (2005).</li><li>Popp, M. W., Antos, J. M., Grotenbreg, G. M., Spooner, E., Ploegh, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sortagging:+A+versatile+method+for+protein+labeling.">Sortagging: A versatile method for protein labeling.</a> Nature Chemical Biology. 3 (11), 707-708 (2007).</li><li>Antos, J. M., Ingram, J., Fang, T., Pishesha, N., Truttmann, M. C., Ploegh, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Site-Specific+Protein+Labeling+via+Sortase-Mediated+Transpeptidation.">Site-Specific Protein Labeling via Sortase-Mediated Transpeptidation.</a> Current Protocols in Protein Science. 89, (2017).</li><li>Froger, A., Hall, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transformation+of+Plasmid+DNA+into+E.+coli+Using+the+Heat+Shock+Method.">Transformation of Plasmid DNA into E. coli Using the Heat Shock Method.</a> Journal of Visualized Experiments. , (2007).</li><li>Simpson, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SDS-PAGE+of+Proteins.">SDS-PAGE of Proteins.</a> Cold Spring Harbor Protocols. 2006 (1), (2006).</li><li>Kleiger, G., Saha, A., Lewis, S., Kuhlman, B., Deshaies, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+E2-E3+Assembly+and+Disassembly+Enable+Processive+Ubiquitylation+of+Cullin-RING+Ubiquitin+Ligase+Substrates.">Rapid E2-E3 Assembly and Disassembly Enable Processive Ubiquitylation of Cullin-RING Ubiquitin Ligase Substrates.</a> Cell. 139 (5), 957-968 (2009).</li><li>Biro, F. N., Zhai, J., Doucette, C. W., Hingorani, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+Stopped-flow+Kinetics+Methods+to+Investigate+the+Mechanism+of+Action+of+a+DNA+Repair+Protein.">Application of Stopped-flow Kinetics Methods to Investigate the Mechanism of Action of a DNA Repair Protein.</a> Journal of Visualized Experiments. (37), 2-8 (2010).</li><li>Patel, J. T., Belsham, H. R., Rathbone, A. J., Friel, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+Stopped-Flow+Fluorescence+and+Labeled+Nucleotides+to+Analyze+the+ATP+Turnover+Cycle+of+Kinesins.">Use of Stopped-Flow Fluorescence and Labeled Nucleotides to Analyze the ATP Turnover Cycle of Kinesins.</a> Journal of Visualized Experiments. (92), 1-6 (2014).</li><li>Bajar, B. T., Wang, E. S., Zhang, S., Lin, M. Z., Chu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+fluorescent+protein+FRET+pairs.">A guide to fluorescent protein FRET pairs.</a> Sensors (Switzerland). 16 (9), 1-24 (2016).</li><li>Chen, A. K., Cheng, Z., Behlke, M. A., Tsourkas, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+the+sensitivity+of+commercially+available+fluorophores+to+the+intracellular+environment.">Assessing the sensitivity of commercially available fluorophores to the intracellular environment.</a> Analytical Chemistry. 80 (19), 7437-7444 (2008).</li><li>Lin, C. T., Rorabacher, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mathematical+approach+for+stopped-flow+kinetics+of+fast+second-order+reactions+involving+inhomogeneity+in+the+reaction+cell.">Mathematical approach for stopped-flow kinetics of fast second-order reactions involving inhomogeneity in the reaction cell.</a> Journal of Physical Chemistry. 78 (3), 305-308 (1974).</li><li>Toseland, C. P., Geeves, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Reaction+Kinetic+Techniques.">Rapid Reaction Kinetic Techniques.</a> Fluorescent Methods for Molecular Motors. , 49-65 (2014).</li><li>Adams, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+biarsenical+ligands+and+tetracysteine+motifs+for+protein+labeling+in+vitro+and+in+vivo:+Synthesis+and+biological+applications.">New biarsenical ligands and tetracysteine motifs for protein labeling in vitro and in vivo: Synthesis and biological applications.</a> Journal of the American Chemical Society. 124 (21), 6063-6076 (2002).</li><li>Lin, C. W., Ting, A. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transglutaminase-catalyzed+site-specific+conjugation+of+small-molecule+probes+to+proteins+in+vitro+and+on+the+surface+of+living+cells.">Transglutaminase-catalyzed site-specific conjugation of small-molecule probes to proteins in vitro and on the surface of living cells.</a> Journal of the American Chemical Society. 128 (14), 4542-4543 (2006).</li><li>Yin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetically+encoded+short+peptide+tag+for+versatile+protein+labeling+by+Sfp+phosphopantetheinyl+transferase.">Genetically encoded short peptide tag for versatile protein labeling by Sfp phosphopantetheinyl transferase.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102 (44), 15815-15820 (2005).</li><li>Diaspro, A., Chirico, G., Usai, C., Ramoino, P., Dobrucki, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photobleaching.">Photobleaching.</a> Handbook Of Biological Confocal Microscopy. , 690-702 (2006).</li><li>Aoki, K., Kamioka, Y., Matsuda, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+resonance+energy+transfer+imaging+of+cell+signaling+from+in+vitro+to+in+vivo:+Basis+of+biosensor+construction,+live+imaging,+and+image+processing.">Fluorescence resonance energy transfer imaging of cell signaling from in vitro to in vivo: Basis of biosensor construction, live imaging, and image processing.</a> Development, Growth &amp; Differentiation. 55 (4), 515-522 (2013).</li><li>Kilic, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+FRET+reveals+multiscale+chromatin+dynamics+modulated+by+HP1&#945;.">Single-molecule FRET reveals multiscale chromatin dynamics modulated by HP1&#945;.</a> Nature Communications. 9 (1), (2018).</li><li>Shen, K., Arslan, S., Akopian, D., Ha, T., Shan, S. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activated+GTPase+movement+on+an+RNA+scaffold+drives+co-translational+protein+targeting.">Activated GTPase movement on an RNA scaffold drives co-translational protein targeting.</a> Nature. 492 (7428), 271-275 (2012).</li><li>Bajar, B. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+brightness+and+photostability+of+green+and+red+fluorescent+proteins+for+live+cell+imaging+and+FRET+reporting.">Improving brightness and photostability of green and red fluorescent proteins for live cell imaging and FRET reporting.</a> Scientific Reports. 6 (February), 1-12 (2016).</li></ol>

PERDE eğitim ve biyolojik sistemleri19anlamak için büyük ilgi olduğunu fiziksel bir olgudur. Burada, test etme ve iki etkileşen protein bağlayıcı Kinetik çalışmaya FRET kullanma için bir iletişim kuralı mevcut. PERDE tasarımı yaparken, biz üç önemli faktörler olarak kabul: donör emisyon ve alıcısı uyarma, iki fluorophores ve fluorophores28dipol yönünü arasındaki mesafe arasında spektral örtüşme. Fluorophores perde için seçmek için uyarma ...

Biyolojik etkinlikler sonuçta proteinler, en hangisinin uygun biyolojik fonksiyonlar için başkalarıyla etkileşim tarafından yapılmaktadır. Hesaplamalı bir yaklaşım kullanarak, insan protein-protein etkileşimler toplam miktarı ~ 650.0001olduğu tahmin edilmektedir ve bozulma bu etkileşimlerin kez hastalıklar2' ye yol açar. Hücresel ve organizma işlemlerin denetlenmesinde önemli rolleri nedeniyle, Maya-iki-hibrid, bimolecular floresan uluslara, Böl-luciferase gibi protein-protein etkileşimleri çalışmak için çeşitli yöntemler geliştirilmiştir uluslara ve co-immunoprecipitation tahlil3. Bu yöntemler keşfetmek ve protein-protein etkileşimleri onaylayarak, iyi olmakla birlikte, genellikle sigara nicel ve böylece etkileşen protein ortakları arasında benzeşme hakkında sınırlı bilgi sağlar. Nicel çekme-çıkışlar bağlama benzeşim (örneğin, ayrışma sabiti Kd) ölçmek için kullanılabilir ama bağlama Kinetik ölçmek değil, ne de Kd bir yetersiz nedeniyle çok düşük olduğunda uygulanabilir Sinyal-gürültü oranı4. Yüzey plasmon rezonans (SPR) spektroskopisi bağlama Kinetik quantifies ama bir belirli yüzey ve potansiyel olarak reaksiyona5bağlama özelliğini değiştirebilirsiniz yüzeyi bir reaksiyona immobilizasyon gerektirir. Ayrıca, SPR hızlı Derneği ve ayrılma oranları5ölçmek zor ve SPR bir protein kompleksi protein alt alışverişi olay karakterize etmek için kullanmak için uygun değildir. Burada, protein karmaşık montaj ve demontaj, bir milisaniye zaman ölçeği oranları ölçme sağlayan bir yöntem açıklanmaktadır. Bu yöntem F-box protein Satım faktörü6,7 Cullin - ssociated -Nedd8 -dissociated protein 1 (Cand1)rolünü belirlemek için gerekliydi.
Cand1 Cullin-RING Ubikuitin ligazlar büyük ailesine ait Skp1•Cul1•F-box protein (SCF) E3 ligazlar dinamikleri düzenlemektedir. Yüzük etki alanı proteini Rbx1 bağlar, Cul1 ve yüzeylerde acemi ve Cul1 adaptör protein Skp18ile bağlar değiştirilebilir bir F-box protein, cullin ve SCFs oluşur. Bir E3 ligaz olarak SCF Ubikuitin, substrat için konjugasyon tromboksan ve ne zaman belgili tanımlık substrate F-box protein tarafından oluşturulmuştur ve Cul1 gibi Ubikuitin protein Nedd89tarafından değiştirildiğinde etkinleştirilir. Cand1 değiştirilmemiş Cul1 bağlar ve bağlayıcı, hem Skp1•F-box protein Cul1 ile dernek ve Nedd8 fiil Cul110,11,12,13bozan. Sonuç olarak, Cand1 bir inhibitörü SCF faaliyet tüp bebek olduğu ortaya çıktı, ama Cand1 eksikliği organizmalarda in vivo14,15,16 SCF faaliyetleri düzenleyen Cand1 olumlu bir rol göstermektedir kusur neden , 17. Bu paradoksun sonunda Cul1, Cand1 ve Skp1•F-box protein arasındaki dinamik etkileşimler ortaya bir nicel araştırma tarafından açıklandı. SCF ve Cul1•Cand1 komplekslerinin oluşumu tespit Floresans rezonans enerji transferi (FRET) deneyleri kullanarak, dernek ve ayrılma oranı sabitleri (kTarih ve kkapalı, sırasıyla) olduğunu tek tek ölçülür. Cand1 ve Skp1•F-box protein formu son derece sıkı kompleks Cul1, ama kkapalı SCF ile Cand1 tarafından önemli ölçüde artar ve kkapalı Cul1•Cand1 önemli ölçüde artırılır ölçümleri ortaya tarafından Skp1•F-box protein6,7. Bu sonuçlar Cul1 eski SCF kompleksleri geri dönüşüm yoluyla yeni SCF kompleksleri tromboksan protein Satım faktör olarak Cand1 rolü tanımlamak için ilk ve kritik destek sağlar.
Burada, biz geliştirme ve Cul1•Cand1 karmaşık7dinamiklerini incelemek için FRET tahlil kullanma prosedürü mevcut ve çeşitli biomolecules dinamiklerini incelemek için aynı prensip uygulanabilir. FRET oluşur uygun dalga boyu ile heyecan verici ve bir alıcısı donör emisyon spektrum örtüşen uyarma spektrum ile 10-100 bir mesafe içinde varsa Å. Heyecan durumu böylece donör yoğunluğu azalan ve artan alıcısı yoğunluğu18alıcısı için aktarılır. PERDE (E) verimliliğini Förster RADIUS (R0) ve donör ve alıcısı fluorophores (r) arasındaki mesafe bağlıdır ve tanımı: E = R06/ (R0 6 + r6) Donör-alıcısı çifti ve çözüm spektral çakışma19kullanılan, Förster RADIUS (R0) dipol açısal yönlendirme gibi birkaç etkene bağlıdır. Donör emisyon gerçek zamanlı olarak değişiklik izler ve hızlı kTarih ve kkapalı, bir durdu-akış fluorimeter perde tahlil uygulamak için verimli FRET kurmak gereklidir bu donör emisyon önemli bir azalma sonuçlarında. Bu nedenle, boyalar takmak için uygun çift floresan boyalar ve hedef proteinler sitelerinde seçerek verimli perde tasarımı önemlidir ve bu protokol için ele alınacak.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Anion exchange chromatography column</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17505301</td>
			<td>HiTrap Q FF anion exchange chromatography column</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benchtop refrigerated centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>2231000511</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BL21 (DE3) Competent Cells</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>C600003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium Chloride</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>C78-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cation exchange chromatography column</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17505401</td>
			<td>HiTrap SP Sepharose FF</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Desalting Column</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17085101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Floor model centrifuge (high speed)</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>J2-MC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Floor model centrifuge (low speed)</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>J6-MI</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fluorescence SpectraViewer</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td>https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/cell-analysis/labeling-chemistry/fluorescence-spectraviewer.html</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FluoroMax fluorimeter</td>
			<td>HORIBA</td>
			<td>FluoroMax-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FPLC</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>29018224</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GGGGAMC peptide</td>
			<td>New England Peptide</td>
			<td>custom synthesis</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glutathione beads</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17075605</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycerol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>G33-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP310-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropyl-&#946;-D-thiogalactoside (IPTG)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-529-019</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Broth</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1426-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ni-NTA agarose</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>30210</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ovalbumin</td>
			<td>MilliporeSigma</td>
			<td>A2512</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pGEX-4T-2 vector</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>28954550</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease inhibitor cocktail</td>
			<td>MilliporeSigma</td>
			<td>4693132001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reduced glutathione</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP25211</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Refrigerated shaker</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>M1282-0004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rosetta Competent Cells</td>
			<td>MilliporeSigma</td>
			<td>70953-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Size exclusion chromatography column</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>28990944</td>
			<td>Superdex 200 10/300 GL column</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride (NaCl)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S271-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stopped-flow fluorimeter</td>
			<td>Hi-Tech Scientific</td>
			<td>SF-61 DX2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TCEP&#183;HCl</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>PI20490</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thrombin</td>
			<td>MilliporeSigma</td>
			<td>T4648</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Base</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP152-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrafiltration membrane</td>
			<td>MilliporeSigma</td>
			<td>UFC903008</td>
			<td>Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Units, Ultra-15, 30,000 NMWL</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

using in vitro fluorescence resonance energy transfer to study the dynamics of protein complexes at a millisecond time scale

Proteinler biyolojik sistemleri Birincil operatörler, ve genellikle diğer makro veya onların biyolojik iþlevlerini küçük moleküller ile etkileşim. Bu tür etkileşimler son derece dinamik, etkileşen alt birimleri sürekli ilişkili ve belirli oranlarda ayrışmış anlamı olabilir. Nicel açılan bağlama Kinetik eğitim etkileşimin gücünü ortaya çıkarır gibi teknikleri kullanarak bağlama benzeşme ölçme anlayışlar üzerinde nasıl hızlı sağlarken etkileşim oluşur ve ne kadar her karmaşık bulunabilir. Ayrıca, bir etkileşim bir protein Döviz Çarpanı veya bir ilaç gibi ek bir faktör huzurunda Kinetik ölçme hangi etkileşim için önemli bilgi sağlayan diğer bir faktör tarafından düzenlenmiş mekanizması ortaya çıkarmak yardımcı olur biyolojik ve tıbbi araştırma ilerlemesi. Burada, biz yüksek iç Derneği oranına sahip ve hızlı bir şekilde başka bir protein tarafından ayrışmış bir protein kompleksi bağlama Kinetik ölçmek için bir iletişim kuralı tanımlamak. Protein kompleksi tüp bebek oluşumu raporlamak için Floresans rezonans enerji transferi yöntemi kullanır ve hızlı Derneği ve gerçek zamanlı olarak durdu-akış fluorimeter kompleks ayrılma izleme sağlar. Bu tahlil kullanarak, protein kompleksi Derneği ve ayrılma hızı sabitler sayısal.

PERDE arasında Cul1 test etmek içinAMC ve FlAsHCand1, biz ilk 70 emisyon yoğunluğu tespit nM Cul1AMC (donör) ve 70 nM FlAsHCand1 (alıcısı), sırasıyla (şekil 3A-C, mavi çizgiler). Sadece bugünü ve FlAsHCand1 emisyon bir emisyon zirve oldu her analizde, (alıcısı) düşük. 70 zaman her Cul1 nM FRET oluşturmak için karışıkAMC ve FlAsHCand1, iki emi...

Watch this Scientific Journal Video about Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale at JoVE.com

Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale

Protein-protein etkileşimleri biyolojik sistemleri için kritik olan ve bağlama Kinetik çalışmalar dynamics ve protein kompleksleri fonksiyonu sağlar. Floresans rezonans enerji transferi ve durdu-akış tekniği kullanarak karmaşık bir proteinin Kinetik parametrelerin quantifies bir yöntemi açıklanmaktadır.

Protein kompleksleri milisaniyelik zaman ölçekte dinamikleri çalışmaya vitro Floresans rezonans enerji transferi içinde kullanma

Proteins are the primary operators of biological systems, and they usually interact with other macro- or small molecules to carry out their biological ...

Yöntemimiz bir protein kompleksi oluşumunun kinetik çalışmasına yardımcı olur. Bir protein kompleksinin ne kadar sıkı olduğunu ve protein kompleksinin diğer proteinler tarafından müdahale edilip edilebiş olmadığını açıklar. Bu teknik, bir muhabir olarak floresan kullanarak nicel bir şekilde protein-protein etkileşimi incelenmesini sağlar, bizim tsözde gerçek zamanlı olarak bir protein kompleksinin ilişki ve ayrışma izleyebilirsiniz.Başlamak için, protein veritabanından COL1 CAND1 kompleksi için veri ile başlayan FRET titresini tasarlayın. PyMOL'daki yapıyı yükleyin ve ardından sihirbaz menüsüne gidin ve CAND1'in ilk amino asidi ile COL1'in son amino asidi arasındaki mesafeyi tahmin etmek için ölçüm işlevini kullanın. Daha sonra, online spektrum görüntüleyici yükleyin ve aynı anda 7-amino-4-methylcoumarin ve FlASH uyarma ve emisyon spektrumları görüntülemek.AMC FRET donör ve FlASH FRET kabul eden olduğunu. Eşlik eden metin protokolünü takip ederek FRET donör proteini ile hücreleri hazırlayın. Daha sonra, COL1 sortase RBX1 kompleksini ifade eden E.Coli hücrelerinin bir peletine 50 mililitre likis tamponu ekleyerek COL1 sortase RBX1 kompleksini arındırın.Hücreleri %50 genlikte sonication ile buz. Bir saniye açık olması için gücü üç dakika, numunenin aşırı ısınmasını önlemek için bir saniye kapalı olarak alternatif edin. Ortaya çıkan hücre lisatını 50 mililitrelik bir santrifüj tüpüne aktarın ve hücre enkazını 45 dakika boyunca 25, 000 kez g santrifüj ile çıkarın.Sonra, glutatyon boncuk beş mililitre supernatant ekleyin ve hücre lysate temizlemek için dört derece santigrat onları kuluçka. Kuluçkadan sonra boncuk lysatkarışımını 1, 500 kez g'de dört santigrat derecede iki dakika santrifüj edin. Sonra, supernatant çıkarın.Daha sonra, hiçbir proteaz inhibitörü olan lysis tampon 5 mililitre ile boncukyı yıkayın. Çözeltiyi santrifüj ettikten sonra supernatant'ı çıkarın. Şimdi, yıkanmış boncuklara üç mililitre lysis tampon ekleyin ve boncuk bulamacını boş bir sütuna aktarın.Yeni sütuna, ayrıca beş mililitre elüsyon arabelleği ekleyin ve sonra sütunu 10 dakika kuluçkaya yatırın ve eluate'yi toplayın. Sonra, glutatyon boncuk lardan eluate mililitre başına beş miligram trombin 200 mikrolitre ekleyin. Dört santigrat derecede bir gecede kuluçkadan sonra protein örneğini tampon A.Load ile üç kat seyreltin Protein örneğini bir tampona yükleyin Dakikada sıfır noktasında kikonik değişim kromatografisi sütunu dengelenir.Daha sonra, dakikada 1 mililitre lik bir akış hızı ile proteini eute etmek için tampon A'daki B tamponunun %50'sine sıfır bir degrade ekleyin. Daha sonra, FRET donör proteinini içeren eluat fraksiyonlarını havuza alın ve 30 kilodalton kesme ile ultrafiltrasyon membranı kullanarak iki nokta beş mililitreye kadar yoğunla. Şimdi, 7-amino-4-metilcoumarin ekle 7-amino-4-metilcoumarin col1 c-terminus ile sortaz aracılı transpeptidasyon ilk fret donör protein örnek tampon değiştirerek sortaz tampon içine bir tuzsuzlama sütun kullanarak.Bunu başarmak için, ilk sortase arabellek 25 mililitre ile bir tuzsuzsütun dengeleyin. Daha sonra, iki nokta beş mililitre FRET donör protein çözeltisi sütuniçine yük ve üzerinden akışı atın. Daha sonra, üç nokta beş mililitre sortase tampon ile örnek elute ve üzerinden akışı toplamak.Eluat mikrolitre, 600 mikromolar saflaştırılmış sortaz Bir çözelti ve 25 milimolar GGGG-AMC peptid 10 mikrolitre 100 mikrolitre ekleyin. COL1-AMC-RBX1 üretmek için bir gecede karanlıkta 30 santigrat derecede reaksiyon karışımı kuluçka. Şimdi, tüm örneği boyut dışlama kromatografi sütununa yükleyin ve tampon sütun hacminin beş katı bir nokta ile aşındırın.Sonunda, COL1-AMC-RBX1 içeren eluat fraksiyonları havuzu. FRET acceptor proteinhazırlamak için metin protokolü boyunca izleyin. Adımların çoğu FRET donör protein hazırlama benzer.Tamamlandıktan sonra FlASH CAND1 çözeltisini hazırlayın. İlk olarak, flash çözeltisinin bir mikrolitresini yeni hazırlanmış tetra-cys-CAND1 çözeltisinin 50 mikrolitresine ekleyin. Kombine çözeltileri iyice karıştırın ve flash CAND1 çözeltisini oluşturmak için 1-2 saat boyunca karışımı karanlıkta oda sıcaklığında kuluçkaya yatırın.FRET tampon 300 mikrolitre, 70 nanomolar son konsantrasyonuna COL1-AMC-RBX1 ekleyin ve bir cuvette içine çözüm aktarın. Bir fluoriometer örnek tutucu cuvette yerleştirin. Numuneyi 350 nanometre uyarma ışığıyla heyecanlandırın ve emisyon sinyallerini bir nanometre artışanında 400 ila 600 nanometre arasında tarayın.Daha sonra, FRET tampon 300 mikrolitre, 70 nanomolar son konsantrasyona hem COL1-AMC-RBX1 ve FlASH-CAND1 ekleyin. Numuneyi 350 nanometre uyarma ışığıyla heyecanlandırın ve 400-600 nanometreden gelen emisyon sinyallerini bir nanometre lik artışlarla tarayın. Uyarma ışığını 350 nanometreye ayarlayın ve 450 nanometre emisyon ışığının geçmesini sağlayan ve 500 ila 650 nanometre emisyon ışığını engelleyen bant geçiş filtresi kullanın.Dolgu konumundaki numune vanaları ile su dolu üç mililitrelik bir şırınga bağlayın. Daha sonra, numune şırınga sürücü yukarı ve aşağı birkaç kez hareket ettirerek su ile iki örnek şırınga yıkayın, bittiğinde su atarak. Daha sonra, FRET tamponu ile dolu üç mililitrelik bir şırınga bağlayın.İki numune şırıngasını, numune şırınga sürücüsünün birkaç kez yukarı ve aşağı hareket ettirerek FRET tamponuyla yıkayın ve bittiğinde suyu atın. Şimdi, üç mililitrelik bir şırınga bağlayın ve fret tamponunda 100 nanomolar COL1-AMC-RBX1 ile ilk örnek şırınga, şırınga A, yükleyin. Daha sonra numune valfini sürücü konumuna çevirin Ayrıca, üç mililitrelik şırınga B'ye bağlayın ve Fret tamponunda 100 nanomolar FlASH CAND1 ile B şırıngasını yükleyin ve valfini sürücü konumuna çevirin.Yazılımda edinme altındaki kontrol panelini açın ve 60 saniye boyunca COL1-AMC emisyonuna kaydedin. O zaman tek bir atış yap. Her çekimden tek bir üstel eğriye kadar zaman içinde ölçülen azalma ve floresan sinyalleri sığdırın.Daha önce gösterildiği gibi sistemi yıkayın ve daha sonra 100 nanomolar COL1-AMC-RBX1 ve 100 nanomolar FlASH CAND1 fret tampon içine şırınga A.Connect içine bir çözüm ekleyin.O dolgu konumunda iken sisteme yükleyin Yük şırınga A ve daha sonra sürücü konumuna örnek valfin açın. Daha sonra, Skp1-Skp2 çözeltisini şırınga B.Connect'e yükleyin. Şırınga B'yi yükleyin ve numuneyi sürücü konumuna getirin.Yazılımda, kontrol panelini satın almak ve açmak için gidin. COL1-AMC emisyonuna 30 saniyeden fazla kayıt olacak şekilde programı ayarlayın. O zaman tek bir atış yap.Floresan sinyalleri, frırşağı A ve şırınga B.Neşret b.Ne zaman 70 nanomolar HER COL1-AMC ve FlASH CAND1 FRET oluşturmak için karışık, iki emisyon zirveleri emisyon spektrumları mevcut olan karıştırma sonra zaman içinde artar. COL1-AMC'nin zirvesi daha da azaldı ve FlASH CAND1'in zirvesi daha da arttı. FRET için tam uzunlukta CAND1 kullanıldığında donör pik yoğunluğunda %10 azalma gösterdi.Ancak, ilk sarkaç kesilmiş CAND1 kullanıldığında donör pik yoğunluğunun azaltılması %30'a yükseltildi ve sinyal değişikliklerinin COL1-AMC ve FlASH CAND1 arasındaki FRET'den kaynaklandığını doğrulamak için daha yüksek FRET verimliliği ne kadar artırıldı, donör FRET, kabul eden de Chase olarak bilinen aşırı etiketsiz CAND1 ile karıştırıldı. Sonuç olarak donör tepesi tamamen onarıldı ve kabul eden tepe noktası azaltıldı. Burada gösterilen doğrusal regresyon analizi aşağıdaki CAND1 konsantrasyonu ile ortalama gözlenen K değerinin bir arsa.Kompleksin üzerindeki sabiti ölçmek için, 50 nanomolar COL1-AMC gözlenen dissoslaşma hızı sabitleri bir dizi flash CAND1 artan konsantrasyonları ile 50 nanomolar COL1-AMC karıştırılarak ölçüldü kullanılmıştır. On sabitinin ölçümüne benzer şekilde, COL1 ve CAND1'in gözlenen kopma sabiti, donör sinyalinin zaman içinde durmuş akış florometresi üzerinde izlenmesi yle bulundu. Burada donör sinyali hızla arttı ve saniyede sıfır noktası dört gözlenen K değerini ortaya koydu.Buna karşılık, tampon önceden monte edilen komplekse eklendiğinde, COL1 CAND1'in hızlı bir şekilde dağılmasının Skp1 Skp2 tarafından tetiklendiğini düşündüren bir sinyal artışı gözlenmedi. Florofororları mümkün olduğunca karanlıkta tutmaya çalışın.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Fluorescence Anisotropy as a Tool to Study Protein-protein Interactions

Protein-protein etkileşimleri çalışmak için aracı olarak floresan Anizotropi

Protein-protein interactions play an essential role in the function of a living organism. Once an interaction has been identified and validated it is ...

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

İskele Lipozomlar kullanarak Lipid-proksimal protein-protein etkileşimleri Sulandırın için<em&gt; İn Vitro</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Zaman çözülmesi elektro sprey iyonizasyon Hidrojen-döteryum Değişim Kütle Spektrometre Protein Yapısı ve Dinamikleri incelenmesi için

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Small-Scale Colorimetric Assays of Intracellular Lactate and Pyruvate in the Nematode Caenorhabditis elegans

Small-Scale Colorimetric Assays of Intracellular Lactate and Pyruvate in the Nematode Caenorhabditis elegans

Küçük ölçekli Renkölçer deneyleri, intrasellüler laktat ve Pyruvate nematodunun Caenorhabditis elegans içinde

Lactate and pyruvate are key intermediates of intracellular energy metabolic pathways. Monitoring the lactate/pyruvate ratio in cells helps to determine ...

Dissipative Microgravimetry to Study the Binding Dynamics of the Phospholipid Binding Protein Annexin A2 to Solid-supported Lipid Bilayers Using a Quartz Resonator

A2 bir kuvars rezonatör kullanarak katı destekli Lipid Bilayers için Annexin Protein bağlayıcı fosfolipid bağlama dinamikleri çalışmaya dissipative Microgravimetry

The dissipative quartz crystal microbalance technique is a simple and label-free approach to measure simultaneously the mass uptake and viscoelastic ...

A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts

Bir floresan dalgalanma spektroskopisi tahlil Protein-Protein etkileşimlerinin hücre-hücre kişiler

A variety of biological processes involves cell-cell interactions, typically mediated by proteins that interact at the interface between neighboring ...

Quantification of Protein Interaction Network Dynamics using Multiplexed Co-Immunoprecipitation

Multipleksed Co-İmmünopreyağış Kullanarak Protein Etkileşim Ağı Dinamiğinin Ölçülmesi

Dynamic protein-protein interactions control cellular behavior, from motility to DNA replication to signal transduction. However, monitoring dynamic ...

Monitoring Protein-RNA Interaction Dynamics In Vivo at High Temporal Resolution Using &#967;CRAC

Monitoring Protein-RNA Interaction Dynamics In Vivo at High Temporal Resolution Using ÃƒÂÃ¢â‚¬Â¡CRAC

χCRAC Kullanarak Yüksek Zamansal Çözünürlükte Protein-RNA Etkileşim Dinamiğinin İn Vivo İzlenmesi

The interaction between RNA-binding proteins (RBPs) and their RNA substrates exhibits fluidity and complexity. Within its lifespan, a single RNA can be ...

Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One &#945;-Synuclein Monomer at a Time

Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One ÃƒÅ½Ã‚Â±-Synuclein Monomer at a Time

Kararlı Yerel Konformasyonları Belirlemek için Zaman Çözümlenmiş Protein Kaynaklı Floresan Geliştirmeyi Kullanmak Bir Seferde Bir α-Synuclein Monomer

Using spectroscopic rulers to track multiple conformations of single biomolecules and their dynamics have revolutionized the understanding of structural ...

Single Molecule Fluorescence Energy Transfer Study of Ribosome Protein Synthesis

Ribozom Protein Sentezinin Tek Molekül floresan Enerji Transferi Çalışması

The ribosome is a large ribonucleoprotein complex that assembles proteins processively along mRNA templates. The diameter of the ribosome is approximately ...