Name: nitropeptide profiling and identification illustrated by angiotensin ii
Uploaded: 2019-06-16T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II at JoVE.com

Dette arbejde blev støttet af American Cancer Society institutions forskning Grant IRG-14-195-01 (M. Sharon stack er Principal Investigator; X.L. er en under modtager investigator). Denne publikation blev muliggjort med delvis støtte fra Grant Numbers KL2 TR002530 og UL1 TR002529 (A. Shekhar, PI) fra National Institutes of Health, National Center for fremrykning af translationelle videnskaber, klinisk og translational Sciences Award. X. L. er modtager af Indiana CTSI KL2 Young Investigator Award. S. F. er understøttet af Walther Cancer Foundation fremme grundlæggende Cancer tilskud. X. W. understøttes af National Natural Science Foundation of China General program (Grant No. 817773047).

1. nitrering af angiotensin II
<ol><li>Til generering af nitreret peptid fortyndes 10 μL angiotensin II (DRVYIHPF) stamopløsning (2 mM i vand) i 390 μL PBS opløsning (10 mM NaH2po4, 150 mm nacl, pH 7,4) ved den endelige koncentration på 50 μM.</li>
	<li>Der tilsættes 10 μL peroxynitrit (200 mM i 4,7% NaOH) til angiotensin II-opløsningen for at opnå den endelige koncentration af peroxynitrit 5 mM. Bemærk: peroxynitrit er ustabil og let at løse, når det er i syre form, så den overor...

<ol>
	<li>Radi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nitric+oxide,+oxidants,+and+protein+tyrosine+nitration.">Nitric oxide, oxidants, and protein tyrosine nitration.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101, 4003-4008 (2004).</li><li>Radi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+tyrosine+nitration:+biochemical+mechanisms+and+structural+basis+of+functional+effects.">Protein tyrosine nitration: biochemical mechanisms and structural basis of functional effects.</a> Accounts of Chemical Research. 46, 550-559 (2013).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI-induced+fragmentation+of+leucine+enkephalin,+nitro-Tyr-leucine+enkaphalin,+and+d5-Phe-nitro-Tyr-leucine+enkephalin.">MALDI-induced fragmentation of leucine enkephalin, nitro-Tyr-leucine enkaphalin, and d5-Phe-nitro-Tyr-leucine enkephalin.</a> Int. J Mass Spectrometry. 287, 77-86 (2009).</li><li>Batthy&#225;ny, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tyrosine-Nitrated+Proteins:+Proteomic+and+Bioanalytical+Aspects.">Tyrosine-Nitrated Proteins: Proteomic and Bioanalytical Aspects.</a> Antioxidants &amp; Redox Signaling. 26, 313-328 (2017).</li><li>Feeney, M. B., Sch&#246;neich, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+approaches+to+analyze+protein+tyrosine+nitration.">Proteomic approaches to analyze protein tyrosine nitration.</a> Antioxidants &amp; Redox Signaling. 19, 1247-1256 (2013).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nitroproteins+from+a+human+pituitary+adenoma+tissue+discovered+with+a+nitrotyrosine+affinity+column+and+tandem+mass+spectrometry.">Nitroproteins from a human pituitary adenoma tissue discovered with a nitrotyrosine affinity column and tandem mass spectrometry.</a> Analytical Biochemistry. 354, 279-289 (2006).</li><li>Zhan, X., Wang, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+analysis+of+nitrotyrosine-containing+proteins.">Mass spectrometry analysis of nitrotyrosine-containing proteins.</a> Mass Spectrometry Reviews. 34, 423-448 (2015).</li><li>Abello, N., Barroso, B., Kerstjens, H. A. M., Postma, D. S., Bischoff, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+labeling+and+enrichment+of+nitrotyrosine-containing+peptides.">Chemical labeling and enrichment of nitrotyrosine-containing peptides.</a> Talanta. 80, 1503-1512 (2010).</li><li>Chiappetta, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+identification+of+protein+nitration+sites.">Quantitative identification of protein nitration sites.</a> Proteomics. 9, 1524-1537 (2009).</li><li>Dekker, F., Abello, N., Wisastra, R., Bischoff, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enrichment+and+detection+of+tyrosine-nitrated+proteins.">Enrichment and detection of tyrosine-nitrated proteins.</a> Current Protocols in Protein Science. , (2012).</li><li>Zhang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+selective+enrichment+and+analysis+of+nitrotyrosine-containing+peptides+in+complex+proteome+samples.">A method for selective enrichment and analysis of nitrotyrosine-containing peptides in complex proteome samples.</a> Journal of Proteome Research. 6, 2257-2268 (2007).</li><li>Feng, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Myeloid-derived+suppressor+cells+inhibit+T+cell+activation+through+nitrating+LCK+in+mouse+cancers.">Myeloid-derived suppressor cells inhibit T cell activation through nitrating LCK in mouse cancers.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 10094-10099 (2018).</li><li>Boersema, P. J., Raijmakers, R., Lemeer, S., Mohammed, S., Heck, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+peptide+stable+isotope+dimethyl+labeling+for+quantitative+proteomics.">Multiplex peptide stable isotope dimethyl labeling for quantitative proteomics.</a> Nature Protocol. 4, 484-494 (2009).</li></ol>

Protokollen her beskriver tilsætning af nitropeptid og profilering. Ved hjælp af angiotensin II som model peptid, illustrerede vi den procedure, der er vist i figur 1. Efter at have fået Nitro-angiotensin II, bør den primære Amin på peptid blokeres for at undgå yderligere Amin konjugering, som er et af de mest kritiske trin i protokollen. I den nuværende protokol bruges dimethyl-mærkning til at blokere de primære aminer af to grunde: for det første gør den det muligt at erhverve ...

Nitrering af tyrosin rester i proteiner til dannelse af 3-nitrotyrosin regulerer mange biologiske processer. På grund af de forskellige kemiske egenskaber mellem tyrosin og 3-nitrotyrosin, et nitreret protein kan have forstyrres signalering aktivitet1,2. Derfor er det vigtigt at udvikle metoder, der kan berige og identificere nitrerings steder på proteiner effektivt. Da 3-nitrotyrosin er en lav overflod modifikation på proteiner i forhold til andre former for PTM, såsom fosforylering og acetyl lation, det er udfordrende at identificere endogene nitrering steder direkte fra cellelinjer eller vævsprøver. Ikke desto mindre er metoden til brug af massespektrometri (MS) til at karakterisere fragmenterings mønstret for nitrotpeptid blevet udviklet (f. eks. Zhan & Desiderio3), som lægger fundamentet for nye metoder til nitroproteomik.
I øjeblikket er et berignings trin efterfulgt af MS den mest effektive strategi for nitropeptid-profilering4,5. Berignings metoderne kan inddeles i to klasser. En klasse er baseret på antistoffer, der kan genkende 3-nitrotyrosin specifikt, mens den anden klasse er baseret på den kemiske afledningen, der reducerer en Nitro gruppe til en Amin gruppe4,5. For den antistof-baserede metode anvendes nitrotyrosinaffinitet kolonne til berigelse, hvorfra elueret materiale er yderligere løst og analyseret af høj opløsning MS6,7. For den kemiske aflednings baserede metode skal amingrupperne ved N-endepunkt for peptid eller lysin blokeres i første trin enten ved at acetyl-, isobarisk-Tags for relative og absolutte kvantitation (itraq) eller tandem Mass Tags (TMT) reagenser. Næste, en reduktionssystem bruges til at reducere nitrotyrosin til amino tyrosin efterfulgt af at ændre den nydannede Amin gruppe, som omfatter biotin ligation, sulphydryl peptid konvertering, eller andre typer af tagging systemer8,9, 10,11. De fleste af de hidtidige protokoller er baseret på in vitro -over-nitrerede proteiner i stedet for endogent nitrerede proteiner.
I nærværende undersøgelse er der udviklet en modificeret procedure for kemisk afsaetning af nitrotyrosin til tilsætning og identifikation af nitropeptid, hvilket viser øget følsomhed under MS-påvisning og er egnet til kvantificerings formål. Vores nylige undersøgelse anvender denne metode i biologiske systemer identificeret, at nitrering af lymfocyt-specifikke protein tyrosinkinase (LCK) på Tyr394 af RNS fremstillet af myeloid-afledte suppressor celler (MDSCs) spiller en vigtig rolle i immunsuppression af tumormikromiljøet12. Derfor kan vores metode til identifikation af nitropeptid også anvendes på komplekse biologiske prøver. Her beskriver vi vores protokol ved hjælp af model peptid angiotensin II, som fragmenterings mønstret er kendt og udbredt i nitroprotemiske undersøgelser8,9,10,11, som et eksempel.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:756px;" width="756">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20">Acclaim pepmap 100 C18 column</td>
			<td style="width:197px;">Thermo-Fisher</td>
			<td style="width:119px;">164534</td>
			<td style="width:195px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">1 M TEAB solution</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T7408</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">50% hydroxylamine</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>90115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Acetonitrile</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>A955</td>
			<td>MS Grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">dithiothreitol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>43819</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">formaldehyde</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F8775</td>
			<td>Molecular Biology Grade</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22">formaldehyde-D2</td>
			<td>Toronto Research Chemicals</td>
			<td>F691353</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22">formic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>695076</td>
			<td>ACS reagent</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22">Fusion Lumos mass spectrometer</td>
			<td>Thermo</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">isoacetamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I1149</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Methanol</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>A456</td>
			<td>MS Grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">NHS-S-S-bition</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>21441</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Oasis HLB column (10 mg)</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186000383</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">peroxynitrite</td>
			<td>Merck-Millipore</td>
			<td>516620</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">sodium cyanoborohydrite</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>42077</td>
			<td>PhamaGrade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">sodium dithionate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>157953</td>
			<td>Technical Grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Streptavidin Sepharose</td>
			<td>GE Healcare</td>
			<td>GE17-5113-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Ultimate 3000 nanoLC</td>
			<td>Thermo</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

nitropeptide profiling and identification illustrated by angiotensin ii

Protein nitrering er en af de vigtigste post-translationelle modifikationer (PTM) på tyrosin rester og det kan induceres ved kemiske handlinger af reaktive oxygenarter (ROS) og reaktive nitrogen arter (RNS) i eukaryotiske celler. Præcis identifikation af nitrerings steder på proteiner er afgørende for forståelsen af de fysiologiske og patologiske processer relateret til protein nitrering, såsom inflammation, aldring og kræft. Da de nitro-holdige proteiner er af lav overflod i cellerne selv under inducerede forhold, er der ikke udviklet universelle og effektive metoder til profilering og identificering af protein nitreringssteder. Her beskriver vi en protokol for tilsætning af nitropeptid ved hjælp af en kemisk reduktions reaktion og biotin mærkning, efterfulgt af høj opløsning massespektrometri. I vores metode kan nitropeptidderivater identificeres med høj nøjagtighed. Vores metode udviser to fordele i forhold til de tidligere rapporterede metoder. Første, dimethyl mærkning bruges til at blokere den primære Amin på nitropeptider, som kan bruges til at generere kvantitative resultater. For det andet anvendes en disulfid obligation indeholdende NHS-biotin reagens til tilsætning, som kan reduceres yderligere og alkyleres for at forbedre detektionssignalet på et massespektrometer. Denne protokol er blevet anvendt med succes på model peptid angiotensin II i det aktuelle papir.

Rutediagrammet for nitropeptidprofilering i dette manuskript er vist i figur 1. Figur 2, 3, 4 og 5 viser Massespektra af angiotensin II, nitro-angiotensin II, dimethyl mærket Nitro-ANGIOTENSIN II og dimethyl mærket amino angiotensin II, hhv. Stoffets molekylvægt kan afspejles i m/z-værdierne af toppen af mono-isotop i hver figur, hvilket indikerer, at den kemiske modifikation af angiotensin II blev opnået m...

Watch this Scientific Journal Video about Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II at JoVE.com

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

Nitropeptid profilering og identifikation illustreret af angiotensin II

Proteomisk profilering af tyrosin-nitrerede proteiner har været en udfordrende teknik på grund af den lave overflod af 3-nitrotyrosin modifikation. Her beskriver vi en ny metode til tilsætning af nitropeptid og profilering ved hjælp af angiotensin II som model. Denne metode kan udvides til andre in vitro -eller in vivo -systemer.

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Dette budskab, der kan hjælpe med at besvare centrale spørgsmål om, hvordan man beriger og identificerer nitropeptider ved en kemisk tilgang og massespektrometrien. Denne teknik har en forbedret følsomhed for påvisning af nitropeptider ved massespektrometri, og som kan anvendes på både in vitro biokemiske systemer og endogene biologiske væv. Ved nitro-angiotensin II-afsaltning anvendes en 1 milliliterrør for at forkonditionere en sekstraktion i omvendt fase eller SPE-søjle med tilsætning af 500 mikroliter methanol og 500 mikroliter vand i toppen af kolonnen.Når alt vandet er løbet gennem kolonnen, skal der indlæsses 410 mikroliter nitro-angiotensin II-opløsning på kolonnen. Kolonnen vaskes med 500 mikroliter på 5 % methanol og vand og 300 mikroliter på 80 % methanol og vand for at fremkalde nitropeptidet. Tør derefter eluatet ved hastighedsvakuum i standardindstillingen ved stuetemperatur.For primær alkylation af alkylation rekonstitueres den pulveriserede nitro-angiotensin II i 100 mikroliter på 100 millimolar Triethylammonium bikarbonatopløsning og tilsættes 400 mikroliter på 4% formaldehyd til opløsningen i en røghætte med kort blanding. Dernæst tilsættes fire mikroliter på 0,6 molar natrium cyanoborohydrid til opløsningen med omrystning ved 400 rotationer i minuttet i en time ved stuetemperatur. Ved inkubationens afslutning slukkes mærkningsreaktionen med 16 mikroliter 1%ammoniakopløsning i fem minutter ved stuetemperatur efterfulgt af forsuring med otte mikroliter myresyre.Derefter afsalt opløsningen i en ny omvendt fase SPE kolonne som netop påvist. For nitrotyrosin til aminotyrosin reduktion, rekonstituere dimethyl-mærket nitro-angiotensin II i 500 mikroliter af PBS og tilsæt 10 mikroliter af en molar natrium dithionat for en times inkubation ved stuetemperatur. Efter reduktionsreaktionen bliver den gule opløsning tydelig.Afsalt den reducerede prøve i en ny SPE-kolonne i omvendt fase som påvist. Til biotinylering og tilsætning rekonstitueres den dimethylemærkede aminoangiotensin II i 500 mikroliter PBS efterfulgt af tilsætning af fem mikroliter af 40 nanomolar NHS-S-S biotin opløst i dimethylsulfoxid i to timers inkubation ved stuetemperatur. Ved inkubationens afslutning slukkes reaktionen med en mikroliter på 5 %hydroxylamin, og der tilsættes 500 mikroliter frisk PBS til 100 mikroliter Streptavidin Agaroseper til ækvilibrering med tre separate centrifugeringer.Efter den sidste centrifugering tilsættes 100 mikroliter perler til reaktionssystemet i en times inkubation på en Rotary Shaker ved stuetemperatur. Ved inkubationens afslutning vaskes systemet fire gange med 500 mikroliter frisk PBS pr. vask efterfulgt af tilsætning af 400 mikroliter på 10 millimolar dithiothreitol i en 45 minutters inkubation ved 50 grader Celsius. I slutningen af inkubationen drejes kolonnen ned og supernatanten overføres til et nyt rør med 20 mikroliter på 0,5 molar iodoacetamid for en 20 minutters inkubation i mørke.Derefter afsalt opløsningen i en ny omvendt fase SPE kolonne som påvist og løse det tørre peptid i 20 mikroliter af 0,1% myresyre. Til detektion skal produktet indlæses på en flydende kromatograf med et tandemmassespektrometer. De modificerede angiotensin II-peptider adskilles med en 60 minutters gradientalusion med en strømningshastighed på 0,3 mikroliter pr. minut med det nanohøjt tryk flydende kromatografisystem, der er direkte forbundet med massespektrometeret med høj opløsning.I den dataafhængige anskaffelsestilstand skal du indstille et enkelt fuldscanningsmassespektrum i massespektrometeret efterfulgt af 20 dataafhængige tandemmassespektrometerscanninger ved 28 % normaliseret kollisionsenergi. Åbn derefter massespektredataene, og identificer produktets toppe i hvert trin for at bekræfte, at den kemiske reaktion er blevet udført med succes. Her kan repræsentative massespektre af angiotensin II før og efter hver kemisk modifikation som påvist observeres.Forbindelsens molekylvægt angives ved masse-til-lade-forholdet værdier af mono isotoptoppen, hvilket indikerer, at den kemiske modifikation på angiotensin II med succes blev opnået for dette trin. Her vises det endelige produkt, som detekterede og karakteriseret ved flydende kromatografi med tandemmassespektrometri. Kvantitativ analyse af nitropeptider ved dimethylmærkning gør det muligt at beregne de relative mængder let og tung ved at sammenligne intensiteten af monoisotoptoppen i hver gruppe, hvilket gør det muligt at kvantificere de berigede nitropeptider fra forskellige grupper.Efter proceduren, kan du bruge et program søgemaskine såsom SEQUEST max antal pFIND at identificere de potentielle nitropeptider. Efter sin udvikling banede denne teknik vejen for påbegyndelsen af de biologiske funktioner i specifikke nitrationssteder.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Identification of Small Molecule-binding Proteins in a Native Cellular Environment by Live-cell Photoaffinity Labeling

Identifikation af små molekyler-bindende proteiner i en Native Cellular Environment af live-cell fotoaffinitetsmærkning

Identifying the molecular target(s) of small molecules is a challenging but necessary step towards understanding their mechanism of action. While several ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Løsning affinitetsrensede proteinkomplekser ved Blå Native PAGE og protein Korrelation Profilering

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Dyb proteomet profilering af Isobar mærkning, omfattende væskekromatografi, massespektrometri og Software-assisteret kvantificering

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Genome-wide Quantification of Translation in Budding Yeast by Ribosome Profiling

Genome-wide kvantificering af oversættelse i spirende gær af ribosomet profilering

Translation of mRNA into proteins is a complex process involving several layers of regulation. It is often assumed that changes in mRNA transcription ...

Polysome Profiling in Leishmania, Human Cells and Mouse Testis

Polysome Profiling in Leishmania, Human Cells and Mouse Testis

Polysome profilering i Leishmania, menneskelige celler og mus Testis

Proper protein expression at the right time and in the right amounts is the basis of normal cell function and survival in a fast-changing environment. For ...

Identification of Cyclin-dependent Kinase 1 Specific Phosphorylation Sites by an In Vitro Kinase Assay

Identification of Cyclin-dependent Kinase 1 Specific Phosphorylation Sites by an In Vitro Kinase Assay

Identifikation af Cyclin-afhængig Kinase 1 specifikke fosforylering websteder ved en In Vitro -Kinase Assay

Cyclin-dependent kinase 1 (Cdk1) is a master controller for the cell cycle in all eukaryotes and phosphorylates an estimated 8 - 13% of the proteome; ...

Capture and Identification of RNA-binding Proteins by Using Click Chemistry-assisted RNA-interactome Capture (CARIC) Strategy

Capture and Identification of RNA-binding Proteins by Using Click Chemistry-assisted RNA-interactome Capture CARIC Strategy

Opsamling og identifikation af RNA-bindende proteiner ved hjælp af klik kemi-assisteret RNA-interactome Capture (CARIC) strategi

A comprehensive identification of RNA-binding proteins (RBPs) is key to understanding the posttranscriptional regulatory network in cells. A widely used ...

Identification of Orexin and Endocannabinoid Receptors in Adult Zebrafish Using Immunoperoxidase and Immunofluorescence Methods

Identifikation af orexin og Endocannabinoide receptorer hos voksne zebrafisk ved hjælp af Immunoperoxidase og immunofluorescens metoder

Immunohistochemistry (IHC) is a highly sensitive and specific technique involved in the detection of target antigens in tissue sections with labeled ...

DNA Sequence Recognition by DNA Primase Using High-Throughput Primase Profiling

DNA-sekvens genkendelse af DNA Primase ved hjælp af Primase profilering med høj gennemløb

DNA primase synthesizes short RNA primers that initiate DNA synthesis of Okazaki fragments on the lagging strand by DNA polymerase during DNA replication. ...

High-Resolution Complexome Profiling by Cryoslicing BN-MS Analysis

Complexome-profilering med høj opløsning ved Cryoslicing BN-MS-analyse

Proteins generally exert biological functions through interactions with other proteins, either in dynamic protein assemblies or as a part of stably formed ...