Name: nitropeptide profiling and identification illustrated by angiotensin ii
Uploaded: 2019-06-16T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II at JoVE.com

עבודה זו נתמכת על ידי האגודה האמריקנית לחקר הסרטן מוסדיים IRG-14-195-01 (מ. שרון מחסנית הוא חוקר ראשי; X.L. הוא חוקר נמענים משנה). פרסום זה התאפשר עם תמיכה חלקית מתוך גרנט מספרים KL2 TR002530 ו UL1 TR002529 (א. שחאר, PI) מן המכונים הלאומיים לבריאות, המרכז הלאומי לקידום מדעי העבר, פרס קליני וטרנסלטיל מדעים. X L. הוא המקבל של אינדיאנה KL2 החוקר הצעיר פרס. ס. פ. נתמך על ידי וולטר סרטן הקרן קידום מענקים בסיסיים בסרטן. X. W. נתמך על ידי הקרן הלאומית למדעי הטבע של סין התוכנית הכללית (גרנט No. 817773047).

1. ניטרציה של אנגיוטנסין II
<ol><li>כדי ליצור פפטיד מדורגים, לדלל 10 μL של אנגיוטנסין II (DRVYIHPF) הפתרון ההורה (2 מ"מ במים) ב 390 μL PBS פתרון (10 מ"מ בלבד2פו4, 150 מ"מ הנאל, pH 7.4) בריכוז הסופי של 50 μm.</li>
	<li>הוסף 10 μL של הפראוקסיניטריט (200 מ"מ ב4.7% NaOH) לפתרון השני של אנגיוטנסין II כדי לבצע את הריכוז הסופי של ?...

<ol>
	<li>Radi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nitric+oxide,+oxidants,+and+protein+tyrosine+nitration.">Nitric oxide, oxidants, and protein tyrosine nitration.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101, 4003-4008 (2004).</li><li>Radi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+tyrosine+nitration:+biochemical+mechanisms+and+structural+basis+of+functional+effects.">Protein tyrosine nitration: biochemical mechanisms and structural basis of functional effects.</a> Accounts of Chemical Research. 46, 550-559 (2013).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI-induced+fragmentation+of+leucine+enkephalin,+nitro-Tyr-leucine+enkaphalin,+and+d5-Phe-nitro-Tyr-leucine+enkephalin.">MALDI-induced fragmentation of leucine enkephalin, nitro-Tyr-leucine enkaphalin, and d5-Phe-nitro-Tyr-leucine enkephalin.</a> Int. J Mass Spectrometry. 287, 77-86 (2009).</li><li>Batthy&#225;ny, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tyrosine-Nitrated+Proteins:+Proteomic+and+Bioanalytical+Aspects.">Tyrosine-Nitrated Proteins: Proteomic and Bioanalytical Aspects.</a> Antioxidants &amp; Redox Signaling. 26, 313-328 (2017).</li><li>Feeney, M. B., Sch&#246;neich, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+approaches+to+analyze+protein+tyrosine+nitration.">Proteomic approaches to analyze protein tyrosine nitration.</a> Antioxidants &amp; Redox Signaling. 19, 1247-1256 (2013).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nitroproteins+from+a+human+pituitary+adenoma+tissue+discovered+with+a+nitrotyrosine+affinity+column+and+tandem+mass+spectrometry.">Nitroproteins from a human pituitary adenoma tissue discovered with a nitrotyrosine affinity column and tandem mass spectrometry.</a> Analytical Biochemistry. 354, 279-289 (2006).</li><li>Zhan, X., Wang, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+analysis+of+nitrotyrosine-containing+proteins.">Mass spectrometry analysis of nitrotyrosine-containing proteins.</a> Mass Spectrometry Reviews. 34, 423-448 (2015).</li><li>Abello, N., Barroso, B., Kerstjens, H. A. M., Postma, D. S., Bischoff, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+labeling+and+enrichment+of+nitrotyrosine-containing+peptides.">Chemical labeling and enrichment of nitrotyrosine-containing peptides.</a> Talanta. 80, 1503-1512 (2010).</li><li>Chiappetta, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+identification+of+protein+nitration+sites.">Quantitative identification of protein nitration sites.</a> Proteomics. 9, 1524-1537 (2009).</li><li>Dekker, F., Abello, N., Wisastra, R., Bischoff, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enrichment+and+detection+of+tyrosine-nitrated+proteins.">Enrichment and detection of tyrosine-nitrated proteins.</a> Current Protocols in Protein Science. , (2012).</li><li>Zhang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+selective+enrichment+and+analysis+of+nitrotyrosine-containing+peptides+in+complex+proteome+samples.">A method for selective enrichment and analysis of nitrotyrosine-containing peptides in complex proteome samples.</a> Journal of Proteome Research. 6, 2257-2268 (2007).</li><li>Feng, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Myeloid-derived+suppressor+cells+inhibit+T+cell+activation+through+nitrating+LCK+in+mouse+cancers.">Myeloid-derived suppressor cells inhibit T cell activation through nitrating LCK in mouse cancers.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 10094-10099 (2018).</li><li>Boersema, P. J., Raijmakers, R., Lemeer, S., Mohammed, S., Heck, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+peptide+stable+isotope+dimethyl+labeling+for+quantitative+proteomics.">Multiplex peptide stable isotope dimethyl labeling for quantitative proteomics.</a> Nature Protocol. 4, 484-494 (2009).</li></ol>

הפרוטוקול מתאר את ההעשרה. והפרופיל של הניטרוגליצרין השימוש באנגיוטנסין II כפפטיד מודל, אנו מומחש את ההליך המוצג באיור 1. לאחר קבלת ניטרו-Angiotensin II, האמין העיקרי על פפטיד צריך להיות חסום כדי למנוע את הקוניוגאמין נוסף, שהוא אחד השלבים הקריטיים ביותר בפרוטוקול. בפרוטוקול הנוכחי,...

ניטרציה של שאריות טירולי בחלבונים לטופס 3-ניטרוטירולך מסדיר תהליכים ביולוגיים רבים. בשל התכונות הכימיות השונות בין טירולי ו 3-ניטרוטירולך, חלבון nitrated דורג יכול להיות מודאג הפעילות איתות1,2. לכן, חשוב לפתח שיטות שיכולות להעשיר ולזהות אתרי ניטרציה על חלבונים ביעילות. כמו 3-ניטרוטירולך הוא שינוי שפע נמוך על חלבונים לעומת צורות אחרות של PTM, כגון זרחון ו מרחרחון, זה מאתגר לזהות אתרי נימזון אנדוגני ישירות מקווי התא או דגימות רקמות. עם זאת, המתודולוגיה של שימוש בספקטרומטר מסה (MS) כדי לאפיין את דפוס הפיצול של הנירוטפפטיד פותחה (למשל, Zhan &שלושה), אשר מטילה את הבסיס עבור שיטות חדשות של ניטרונים.
כיום, צעד העשרה ולאחריו MS היא האסטרטגיה החזקה ביותר ליצירת פרופיל באמצעות ניטרופפטיד4,5. ניתן לסווג את שיטות ההעשרה לשתי כיתות. מחלקה אחת מבוססת על נוגדנים שיכולים לזהות 3-ניטרוטירולי במיוחד, בעוד המחלקה האחרת מבוססת על הנגזרת הכימית שמפחית קבוצת ניטרו לקבוצת אמין4,5. עבור השיטה המבוססת על נוגדן, העמודה זיקה של ניטרוטירולך משמשת להעשרה, שממנה החומר החומק נפתר ונותח ברזולוציה גבוהה MS6,7. עבור השיטה המבוססת על נגזרת כימית, הקבוצות של האמין במסוף N-הטרמינוס של הפפטיד או ליזין צריכות להיות חסומות בשלב הראשון על-ידי מרחרחון, תגי איזואוריים לקוונטים יחסיים ומוחלטים (iTRAQ), או משני תגי המסה (מציון). בשלב הבא, כמפחית משמש כדי להקטין את הניטרוטירולטירואל ואחריו שינוי קבוצת האמין החדשה שהוקמה, הכוללת המרה של ביוטין ליזיט, המרת פפטיד sulphydryl, או סוגים אחרים של מערכות תיוג8,9, 10,11. רוב הפרוטוקולים שהוקמו עד כה מבוססים על חלבונים מחוץ למבחנה, במקום חלבונים שאינם מדורגים באופן שורש.
במחקר הנוכחי, הליך שונה של הנגזרת הכימית של ניטרוטירולך מפותח עבור העשרה ניטרוגליצרין וזיהוי, אשר מראה רגישות מוגברת במהלך זיהוי MS והוא מתאים למטרת כימות. המחקר האחרון שלנו העסקת שיטה זו במערכות ביולוגיות זיהה כי ניטרציה של חלבון מסוים לימפוציטים טירולך קינאז (lck) ב Tyr394 על ידי rns המיוצרים מתאי מדכא מיאלואידית נגזר (MDSCs) ממלא תפקיד חשוב ב דיכוי חיסוני של מיקרואקולוגיה של הגידול12. לכן, השיטה שלנו לזיהוי ניטרופפטיד יכולה להיות מוחלת גם על דגימות ביולוגיות מורכבות. כאן, אנו מתארים את הפרוטוקול שלנו על ידי שימוש במודל מודל אנגיוטנסין II, אשר דפוס הפיצול ידועה בשימוש נרחב ב ניטרואומומית לימודי8,9,10,11, כדוגמה.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:756px;" width="756">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20">Acclaim pepmap 100 C18 column</td>
			<td style="width:197px;">Thermo-Fisher</td>
			<td style="width:119px;">164534</td>
			<td style="width:195px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">1 M TEAB solution</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T7408</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">50% hydroxylamine</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>90115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Acetonitrile</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>A955</td>
			<td>MS Grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">dithiothreitol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>43819</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">formaldehyde</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F8775</td>
			<td>Molecular Biology Grade</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22">formaldehyde-D2</td>
			<td>Toronto Research Chemicals</td>
			<td>F691353</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22">formic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>695076</td>
			<td>ACS reagent</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22">Fusion Lumos mass spectrometer</td>
			<td>Thermo</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">isoacetamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I1149</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Methanol</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>A456</td>
			<td>MS Grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">NHS-S-S-bition</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>21441</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Oasis HLB column (10 mg)</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186000383</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">peroxynitrite</td>
			<td>Merck-Millipore</td>
			<td>516620</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">sodium cyanoborohydrite</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>42077</td>
			<td>PhamaGrade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">sodium dithionate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>157953</td>
			<td>Technical Grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Streptavidin Sepharose</td>
			<td>GE Healcare</td>
			<td>GE17-5113-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Ultimate 3000 nanoLC</td>
			<td>Thermo</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

nitropeptide profiling and identification illustrated by angiotensin ii

ניטרציה חלבון היא אחת השינויים החשובים ביותר פוסט-translational (ptm) על שאריות טירוזין וזה יכול להיגרם על ידי פעולות כימיות של מינים חמצן תגובתי (ROS) ו מינים חנקן תגובתי (rns) בתאי איקריוטית. זיהוי מדויק של אתרי ניטרציה על חלבונים הוא חיוני להבנת התהליכים הפיזיולוגיים והפתולוגיים הקשורים לניטרציה חלבונים, כגון דלקת, הזדקנות וסרטן. מאז החלבונים הנידורגים הינם בעלי שפע נמוך בתאים, אפילו בתנאים המושרה, לא פותחו שיטות אוניברסליות ויעילות ליצירת פרופיל וזיהוי של אתרי חלבון נימזון. כאן אנו מתארים פרוטוקול להעשרה ניטרוניות באמצעות תגובת הפחתת כימית ותיוג ביוטין, ואחריו ברזולוציה גבוהה ספקטרומטר מסה. בשיטה שלנו, נגזרות של ניטרופפטיד יכול להיות מזוהה עם דיוק גבוה. השיטה שלנו מציגה שני יתרונות בהשוואה לשיטות שדווחו קודם לכן. ראשית, תיוג diמתיל משמש כדי לחסום את האמין העיקרי על ניטרופפטידים, אשר ניתן להשתמש בהם כדי ליצור תוצאות כמותיים. שנית, קשר דיגואני המכיל את הגידול של מדיקל-ביוטין משמש להעשרה, שיכול להיות מופחת עוד יותר ואלשני כדי לשפר את אות הזיהוי על ספקטרומטר מסה. פרוטוקול זה הוחל בהצלחה על מודל הפפטיד אנגיוטנסין II בעיתון הנוכחי.

תרשים הזרימה ליצירת פרופיל ניטרוגליצרין בכתב יד זה מוצג באיור 1. איור 2, 3, 4 ו- 5 מציגים את הספקטרום ההמוני של אנגיוטנסין ii, ניטרו-אנגיוטנסין Ii, דימתיל-אנגיוטסין ii ו דימתיל, המסומנים בשני אנגיוטנסין, בהתאמה. המשקל המולקולרי של התרכוב...

Watch this Scientific Journal Video about Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II at JoVE.com

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

ניטרופפטיד פרופיל וזיהוי מאויר על ידי אנגיוטנסין השני

פרופיל פרוטאומומית של טירולך-nitrated חלבונים כבר טכניקה מאתגרת בשל השפע הנמוך של שינוי 3-ניטרוטירולי. כאן אנו מתארים גישה מקורית להעשרה וליצירת פרופילים של ניטרוגליצרין באמצעות אנגיוטנסין II כמודל. שיטה זו ניתנת להארכה עבור אחרים בתחום החוץ הגופית או במערכות vivo .

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

הודעה זו שיכולה לעזור לענות על שאלות מפתח על איך להעשיר ולזהות nitropeptides על ידי גישה כימית ספקטרומטריית המסה. טכניקה זו יש רגישות משופרת לגילוי nitropeptides על ידי ספקטרומטריית מסה וזה יכול להיות מיושם הן במערכות ביוכימיות במבחנה ורקמות ביולוגיות אנדוגני. עבור התפלה nitro-angiotensin II, להשתמש צינור מיליליטר אחד כדי precondition מיצוי בשלב הפוך מוצק שלב או עמוד SPE עם תוספת של 500 microliters של מתנול ו 500 microliters של מים לתוך החלק העליון של העמוד.כאשר כל המים עברו דרך העמוד, לטעון 410 microliters של פתרון ניטרו אנגיוטנסין II על העמוד. שטפו את העמוד עם 500 מיקרוליטרים של 5%מתנול ומים ו-300 מיקרוליטרים של 80% מתנול ומים כדי לחמק מהניטרופיפטיד. לאחר מכן ייבשו את ה-eluate על ידי ואקום מהירות בהגדרת ברירת המחדל בטמפרטורת החדר.לקבלת אלקילציה אמין ראשוני, reconstitute אבקת ניטרו אנגיוטנסין II ב 100 microliters של 100 מילימולארי Triethylammonium bicarbonate פתרון ולהוסיף 400 microliters של 4% פורמלדהיד לפתרון במכסה המנוע אדים עם ערבוב קצר. לאחר מכן, להוסיף ארבעה microliters של 0.6 נתרן טוחן cyanoborohydride לפתרון עם רועד ב 400 סיבובים לדקה במשך שעה אחת בטמפרטורת החדר. בסוף הדגירה, מרווה את תגובת התיוג עם 16 מיקרוליטרים של תווי אמוניה 1% במשך חמש דקות בטמפרטורת החדר ואחריו חומציות עם שמונה מיקרוליטרים של חומצה פורמית.לאחר מכן התפל את הפתרון בעמודת SPE הפוכה חדשה כפי שהוכח זה בלבד. עבור הפחתת ניטרוטירוסין אמינוטירוסין, מחדש את דימתיל שכותרתו ניטרו אנגיוטנסין II ב 500 microliters של PBS ולהוסיף 10 microliters של נתרן דיתיונט אחד דיתיונט טוחן עבור דגירה של שעה אחת בטמפרטורת החדר. לאחר תגובת ההפחתה, הפתרון הצהוב יתבהר.התפל את הדגימה המופחתת בעמודת SPE הפוכה חדשה כפי שהוכח. עבור ביוטינילציה והעשרה, reconstitute אמינואנגיוטנסין II שכותרתו דימתיל ב 500 microliters של PBS ואחריו תוספת של חמישה microliters של 40 ביוטין NHS-S-S ננו-מולאר מומס דימתיל סולפוקסיד עבור דגירה של שעתיים בטמפרטורת החדר. בסוף הדגירה, מרווה את התגובה עם מיקרוליטר אחד של 5%hydroxylamine ומוסיפים 500 מיקרוליטרים של PBS טרי ל -100 מיקרוליטרים של חסידי סטרפטבידין אגרוז לשווי משקל בשלוש צנטריפוגות נפרדות.לאחר הצנטריפוגה האחרונה, מוסיפים 100 מיקרוליטרים של חרוזים למערכת התגובה עבור דגירה של שעה על שייקר רוטרי בטמפרטורת החדר. בסוף הדגירה, לשטוף את המערכת ארבע פעמים עם 500 microliters של PBS טרי לכל לשטוף ואחריו תוספת של 400 microliters של 10 dithiothreitol מילימול במשך 45 דקות דגירה ב 50 מעלות צלזיוס. בסוף הדגירה, לסובב את העמוד ולהעביר את supernatant לתוך צינור חדש המכיל 20 microliters של 0.5 molar iodoacetamide עבור דגירה 20 דקות בחושך.לאחר מכן התפל את הפתרון בעמודת SPE הפוכה חדשה כפי שהוכח ולפתור את הפפטיד היבש ב 20 microliters של 0.1% חומצה פורמית. לגילוי, לטעון את המוצר על כרומטוגרף נוזלי עם ספקטרומטר מסה דו-מושבית. הפרד את הפפטידים האנגיוטנסין II ששונו על ידי 60 דקות של תבליט הדרגתי בקצב זרימה של 0.3 מיקרוליטרים לדקה עם מערכת הכרומטוגרפיה הנוזלית בלחץ ננו-גבוה המתממשקת ישירות עם ספקטרומטר המסה ברזולוציה גבוהה.במצב רכישה תלוי נתונים, הגדר ספקטרום מסת סריקה מלא יחיד בספקטרומטר המסה, ואחריו 20 סריקות ספקטרומטר מסה דו-מושבית תלויות נתונים ב- 28% אנרגיית התנגשות מנורמלת. לאחר מכן פתח את נתוני ספקטרום המסה וזהה את פסגות המוצר בכל שלב כדי לאשר שהתגובה הכימית בוצעה בהצלחה. כאן, ספקטרום מסה מייצג של אנגיוטנסין II לפני ואחרי כל שינוי כימי כפי שהוכח ניתן לראות.המשקל המולקולרי של המתחם מסומן על ידי ערכי יחס מסה לטעינה של פסגת האיזוטופ מונו, המציין כי השינוי הכימי על אנגיוטנסין II הושג בהצלחה עבור שלב זה. כאן, המוצר הסופי כפי שזוהה ומאופיין כרומטוגרפיה נוזלית עם ספקטרומטריית מסת טנדם מוצג. ניתוח כמותי של הניטרופיפטידים על ידי תיוג דימתיל מאפשר חישוב של הכמויות היחסיות של אור וכבד באמצעות השוואה של עוצמת פסגת האיזוטופ המונו בכל קבוצה, ומאפשר כימות של הניטרופיפטידים המועשרים מקבוצות שונות.בעקבות ההליך, באפשרותך להשתמש במנוע חיפוש תוכנית כגון הספירה המרבית SEQUEST של pFIND כדי לזהות את nitropeptides הפוטנציאלי. לאחר התפתחותה, טכניקה זו סללה את הדרך להתחלת הפונקציות הביולוגיות של אתרי חנקן ספציפיים.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Identification of Small Molecule-binding Proteins in a Native Cellular Environment by Live-cell Photoaffinity Labeling

זיהוי של חלבונים קושרי מולקולה קטנים בסביבה נייד Native ידי תיוג Live- תא Photoaffinity

Identifying the molecular target(s) of small molecules is a challenging but necessary step towards understanding their mechanism of action. While several ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

פתרון מתחמי פרוטאין טהור זיקה לפי דף Native הכחול פרופיל מתאם חלבון

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

פרוטאום עמוק פרופיל על ידי תיוג Isobaric, מקיף כרומטוגרפיה נוזלית, ספקטרומטר מסה תוכנה בסיוע כמת

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Genome-wide Quantification of Translation in Budding Yeast by Ribosome Profiling

הגנום כולו כימות של תרגום ניצני שמרים על-ידי יצירת פרופיל ריבוזום

Translation of mRNA into proteins is a complex process involving several layers of regulation. It is often assumed that changes in mRNA transcription ...

Polysome Profiling in Leishmania, Human Cells and Mouse Testis

Polysome Profiling in Leishmania, Human Cells and Mouse Testis

Polysome פרופיל לישמניה, תאים אנושיים, Testis העכבר

Proper protein expression at the right time and in the right amounts is the basis of normal cell function and survival in a fast-changing environment. For ...

Identification of Cyclin-dependent Kinase 1 Specific Phosphorylation Sites by an In Vitro Kinase Assay

Identification of Cyclin-dependent Kinase 1 Specific Phosphorylation Sites by an In Vitro Kinase Assay

זיהוי של קינאז תלוי-Cyclin 1 אתרי זירחון ספציפיים על-ידי קינאז במבחנה Assay

Cyclin-dependent kinase 1 (Cdk1) is a master controller for the cell cycle in all eukaryotes and phosphorylates an estimated 8 - 13% of the proteome; ...

Capture and Identification of RNA-binding Proteins by Using Click Chemistry-assisted RNA-interactome Capture (CARIC) Strategy

Capture and Identification of RNA-binding Proteins by Using Click Chemistry-assisted RNA-interactome Capture CARIC Strategy

לכידת וזיהוי של RNA-מחייב חלבונים באמצעות לחץ בסיוע כימיה RNA-interactome ללכוד אסטרטגיה (CARIC)

A comprehensive identification of RNA-binding proteins (RBPs) is key to understanding the posttranscriptional regulatory network in cells. A widely used ...

Identification of Orexin and Endocannabinoid Receptors in Adult Zebrafish Using Immunoperoxidase and Immunofluorescence Methods

זיהוי של הקולטנים Orexin ו אנדוקאנאיאיד ב בוגרים Zebrafish באמצעות פרוקסידאז ואימונוofloroiסנס שיטות

Immunohistochemistry (IHC) is a highly sensitive and specific technique involved in the detection of target antigens in tissue sections with labeled ...

DNA Sequence Recognition by DNA Primase Using High-Throughput Primase Profiling

זיהוי רצף דנ א על ידי Primase DNA שימוש בתפוקה גבוהה Primase פרופיל

DNA primase synthesizes short RNA primers that initiate DNA synthesis of Okazaki fragments on the lagging strand by DNA polymerase during DNA replication. ...

High-Resolution Complexome Profiling by Cryoslicing BN-MS Analysis

הפרדה ברזולוציה גבוהה בפרופיל מלא-ניתוח בהקפאה בסון-MS

Proteins generally exert biological functions through interactions with other proteins, either in dynamic protein assemblies or as a part of stably formed ...