Name: nitropeptide profiling and identification illustrated by angiotensin ii
Uploaded: 2019-06-16T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II at JoVE.com

Bu çalışma Amerikan Kanser Derneği kurumsal araştırma Grant ıRG-14-195-01 tarafından desteklenmektedir (M. Sharon Stack asıl araştırmacı; X.L. bir alt alıcı müfettişi). Bu yayın Grant Numbers KL2 TR002530 ve UL1 TR002529 (A. Shekhar, PI) Ulusal Sağlık Enstitüleri, translasyonel Bilimler, klinik ve translasyonel Bilimler Ödülü Ilerleyen Ulusal Merkezi 'nden kısmi destek ile mümkün yapıldı. X. L. Indiana CTSı KL2 genç araştırmacı Ödülü sahibidir. S. F. Walther Cancer Foundation Ilerleyen temel kanser hibe tarafından desteklenmektedir. X. W. Ulusal Doğal Bilim Vakfı Çin genel programı tarafından desteklenmektedir (Grant No. 817773047).

1. Anjiyotensin II nitrasyon
<ol><li>Nitrolanmış peptid oluşturmak için, 390 μL PBS çözeltisi (10 mm Nah2Po4, 150 mm NaCl, pH 7,4) içinde 10 μL angiotensin II (drvyıpf) ebeveyn çözeltisi (su içinde 2 mm), 50 μM son konsantrasyonda seyreltilmiştir.</li>
	<li>10 μL Peroksinitrit ekleyin (200 mm içinde 4,7% NaOH) Anjiyotensin II çözeltisi son konsantrasyon Peroksinitrit 5 mm yapmak. Not: Peroksinitrit dengesiz ve kolay asit formunda olduğunda çözmek için, böylece Peroksinit...

<ol>
	<li>Radi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nitric+oxide,+oxidants,+and+protein+tyrosine+nitration.">Nitric oxide, oxidants, and protein tyrosine nitration.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101, 4003-4008 (2004).</li><li>Radi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+tyrosine+nitration:+biochemical+mechanisms+and+structural+basis+of+functional+effects.">Protein tyrosine nitration: biochemical mechanisms and structural basis of functional effects.</a> Accounts of Chemical Research. 46, 550-559 (2013).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI-induced+fragmentation+of+leucine+enkephalin,+nitro-Tyr-leucine+enkaphalin,+and+d5-Phe-nitro-Tyr-leucine+enkephalin.">MALDI-induced fragmentation of leucine enkephalin, nitro-Tyr-leucine enkaphalin, and d5-Phe-nitro-Tyr-leucine enkephalin.</a> Int. J Mass Spectrometry. 287, 77-86 (2009).</li><li>Batthy&#225;ny, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tyrosine-Nitrated+Proteins:+Proteomic+and+Bioanalytical+Aspects.">Tyrosine-Nitrated Proteins: Proteomic and Bioanalytical Aspects.</a> Antioxidants &amp; Redox Signaling. 26, 313-328 (2017).</li><li>Feeney, M. B., Sch&#246;neich, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+approaches+to+analyze+protein+tyrosine+nitration.">Proteomic approaches to analyze protein tyrosine nitration.</a> Antioxidants &amp; Redox Signaling. 19, 1247-1256 (2013).</li><li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nitroproteins+from+a+human+pituitary+adenoma+tissue+discovered+with+a+nitrotyrosine+affinity+column+and+tandem+mass+spectrometry.">Nitroproteins from a human pituitary adenoma tissue discovered with a nitrotyrosine affinity column and tandem mass spectrometry.</a> Analytical Biochemistry. 354, 279-289 (2006).</li><li>Zhan, X., Wang, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry+analysis+of+nitrotyrosine-containing+proteins.">Mass spectrometry analysis of nitrotyrosine-containing proteins.</a> Mass Spectrometry Reviews. 34, 423-448 (2015).</li><li>Abello, N., Barroso, B., Kerstjens, H. A. M., Postma, D. S., Bischoff, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+labeling+and+enrichment+of+nitrotyrosine-containing+peptides.">Chemical labeling and enrichment of nitrotyrosine-containing peptides.</a> Talanta. 80, 1503-1512 (2010).</li><li>Chiappetta, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+identification+of+protein+nitration+sites.">Quantitative identification of protein nitration sites.</a> Proteomics. 9, 1524-1537 (2009).</li><li>Dekker, F., Abello, N., Wisastra, R., Bischoff, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enrichment+and+detection+of+tyrosine-nitrated+proteins.">Enrichment and detection of tyrosine-nitrated proteins.</a> Current Protocols in Protein Science. , (2012).</li><li>Zhang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+selective+enrichment+and+analysis+of+nitrotyrosine-containing+peptides+in+complex+proteome+samples.">A method for selective enrichment and analysis of nitrotyrosine-containing peptides in complex proteome samples.</a> Journal of Proteome Research. 6, 2257-2268 (2007).</li><li>Feng, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Myeloid-derived+suppressor+cells+inhibit+T+cell+activation+through+nitrating+LCK+in+mouse+cancers.">Myeloid-derived suppressor cells inhibit T cell activation through nitrating LCK in mouse cancers.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 10094-10099 (2018).</li><li>Boersema, P. J., Raijmakers, R., Lemeer, S., Mohammed, S., Heck, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+peptide+stable+isotope+dimethyl+labeling+for+quantitative+proteomics.">Multiplex peptide stable isotope dimethyl labeling for quantitative proteomics.</a> Nature Protocol. 4, 484-494 (2009).</li></ol>

Burada protokol nitropeptid zenginleştirme ve profil açıklar. Model peptid olarak angiotensin II kullanarak, Şekil 1' de gösterilen prosedürü tasvir ettik. Nitro-Anjiyotensin II aldıktan sonra, peptit üzerinde primer Amin protokol içinde en önemli adımlardan biri olan daha fazla Amin konjugasyon, önlemek için engellenmelidir. Geçerli protokolde, dimetil etiketleme, primer aminleri iki nedenden dolayı engellemek için kullanılır: ilk olarak, nicel sonuçların satın alınma...

Proteinleri 3-nitrotirozin oluşturmak için Tirozin kalıntılarının nitrasyon birçok biyolojik süreçleri düzenler. Tirozin ve 3-nitrotirozin arasındaki farklı kimyasal özellikler nedeniyle, nitoy proteini,1,2sinyalizasyon etkinliğini tedirgin olabilir. Bu nedenle, proteinlerin nitrasyon sitelerini verimli bir şekilde zenginleştirebilir ve tanımlayacak yöntemler geliştirmek önemlidir. 3-nitrotirozin, fosforilasyon ve asetilasyon gibi diğer PTM formlarına kıyasla proteinlerde düşük bir bolluk modifikasyonu olduğu için, endojen nitrasyon sitelerini doğrudan hücre hatlarından veya doku örneklerinden tespit etmek zordur. Bununla birlikte, nitrotpeptit parçalanma modelini karakterize etmek için kütle spektrometresi (MS) kullanma metodolojisi geliştirilmiştir (örneğin, Zhan & Desiderio3), yeni nitroproteomik yöntemlerin temelini oluşturur.
Şu anda, MS tarafından izlenen bir zenginleştirme adım nitropeptid profil4,5için en güçlü stratejisidir. Zenginleştirme yöntemleri iki sınıfa sınıflandırılabilir. Bir sınıf, özel olarak 3-nitrotirozin tanıyabilir antikorlar dayanmaktadır, diğer sınıf bir amin grubu için bir nitro grup azaltır kimyasal türetme dayanır ise4,5. Antikor tabanlı yöntem için, nitrotirozin benzeşimi sütun zenginleştirme için kullanılır, hangi elüe malzeme daha da çözülür ve yüksek çözünürlüklü MS ile analiz,6,7. Kimyasal türetme tabanlı yöntem için, peptid veya lizin N-Terminus Amin grupları asetilasyon, göreli ve mutlak niceleme (iTRAQ) veya tandem kütle etiketleri (TMT) reaktifler için isobarik Etiketler tarafından ilk adımda engellenmelidir. Sonra, bir redüksiyoner aminotyrosine nitrotirozin azaltmak için kullanılan yeni oluşturulan amin grubu değiştirerek takip, hangi biotin ligasyon içerir, sülphydril peptid dönüşüm, veya etiketleme sistemleri diğer türleri8,9, 10,11. Şimdiye kadar kurulan protokollerin çoğu, Endogenously nitrolanmış proteinler yerine in vitro Over-nitrolanmış proteinlere dayanmaktadır.
Bu çalışmada, nitrotirozin kimyasal türevisini değiştiren bir prosedür, MS algılama sırasında gelişmiş hassasiyet gösteren ve miktarlama amacı için uygun olan nitropeptid zenginleştirme ve tanımlaması için geliştirilmiştir. Bu yöntemi kullanılan biyolojik sistemlerde yapılan son çalışmamızda, miyeloid türevi bastırıcı hücrelerden (MDSCs) üretilen RNS tarafından Tyr394 de lenfosit-spesifik protein Tirozin kinaz (LCK) nitrasyon, önemli bir rol oynar tümör mikro bağışıklık bastırma12. Bu nedenle, nitropeptid tanımlama yöntemimiz karmaşık biyolojik örneklere de uygulanabilir. Burada, biz model peptid angiotensin II kullanarak protokollerimizi tarif, hangi parçalanma deseni bilinen ve yaygın nitroproteomik çalışmalar kullanılır8,9,10,11, örnek olarak.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:756px;" width="756">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20">Acclaim pepmap 100 C18 column</td>
			<td style="width:197px;">Thermo-Fisher</td>
			<td style="width:119px;">164534</td>
			<td style="width:195px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">1 M TEAB solution</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T7408</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">50% hydroxylamine</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>90115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Acetonitrile</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>A955</td>
			<td>MS Grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">dithiothreitol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>43819</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">formaldehyde</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F8775</td>
			<td>Molecular Biology Grade</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22">formaldehyde-D2</td>
			<td>Toronto Research Chemicals</td>
			<td>F691353</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22">formic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>695076</td>
			<td>ACS reagent</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22">Fusion Lumos mass spectrometer</td>
			<td>Thermo</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">isoacetamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I1149</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Methanol</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>A456</td>
			<td>MS Grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">NHS-S-S-bition</td>
			<td>Thermo-Fisher</td>
			<td>21441</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Oasis HLB column (10 mg)</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186000383</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">peroxynitrite</td>
			<td>Merck-Millipore</td>
			<td>516620</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">sodium cyanoborohydrite</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>42077</td>
			<td>PhamaGrade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">sodium dithionate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>157953</td>
			<td>Technical Grade</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Streptavidin Sepharose</td>
			<td>GE Healcare</td>
			<td>GE17-5113-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20">Ultimate 3000 nanoLC</td>
			<td>Thermo</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

nitropeptide profiling and identification illustrated by angiotensin ii

Protein nitrasyon, Tirozin kalıntılarının en önemli post-translasyonel değişikliklerinden (PTM) biridir ve ökaryotik hücrelerde reaktif oksijen türlerinin (ROS) ve reaktif azot türlerinin (RNS) kimyasal eylemleri ile indüklenir. Proteinlerin nitrasyon sitelerinin kesin tanımlaması, inflamasyon, yaşlanma ve kanser gibi protein nitrasyon ile ilgili fizyolojik ve patolojik süreçleri anlamak için çok önemlidir. Nitrolanmış proteinler indüklenen koşullarda bile hücrelerde düşük bolluk olduğundan, protein nitrasyon sitelerinin profil oluşturma ve tanımlaması için hiçbir evrensel ve verimli yöntem geliştirilmiştir. Burada bir kimyasal azaltma reaksiyonu ve biotin etiketleme kullanarak nitropeptid zenginleştirme için bir protokol açıklayan, yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi izledi. Bizim yöntemimizde, nitropeptid türevleri yüksek doğruluk ile tespit edilebilir. Yöntemimiz daha önce bildirilen yöntemlerle karşılaştırıldığında iki avantaj sergiler. İlk olarak, dimetil etiketleme, nicel sonuçlar oluşturmak için kullanılan nitropeptidler üzerinde primer Amin engellemek için kullanılır. İkincisi, NHS-biotin reaktif içeren bir disülfür bağ, daha fazla azaltılmış ve kütle spektrometresi üzerinde algılama sinyalini artırmak için alkylated zenginleştirme için kullanılır. Bu protokol, geçerli kağıda peptid angiotensin II modeline başarıyla uygulandı.

Bu yazıda nitropeptid profilleme için akış şeması Şekil 1' de gösterilir. Şekil 2, 3, 4 ve 5 anjiyotensin ii kütle spektrumlarını göster, Nitro-Anjiyotensin II, DIMETIL etiketli Nitro-Anjiyotensin II ve dimetil etiketli amino Anjiyotensin II, sırasıyla. Bileşik molekül ağırlığı her rakam mono-izotop zirvesinde m/z değerleri ile yansıtılabilir, angiotensin II kimyasal modifikasyonu belirt...

Watch this Scientific Journal Video about Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II at JoVE.com

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

Anjiyotensin II tarafından gösterilen nitropeptid profil oluşturma ve tanımlama

Tirozin-nitrated proteinlerin proteomik profilleme 3-nitrotirozin modifikasyonunda düşük bolluk nedeniyle zorlu bir teknik olmuştur. Burada, nitropeptid zenginleştirme ve model olarak angiotensin II kullanarak profil oluşturma için yeni bir yaklaşım açıklanmaktadır. Bu yöntem diğer in vitro veya in vivo sistemlerde uzatılabilir.

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Kimyasal bir yaklaşım ve kütle spektrometresi ile azotların nasıl zenginleştirilip tanımlanabileceği ile ilgili anahtar soruların cevaplanabildiği bu mesaj. Bu teknik, kütle spektrometresi ile nitropeptidlerin saptanması nda gelişmiş bir duyarlılığa sahiptir ve hem in vitro biyokimyasal sistemlere hem de endojen biyolojik dokulara uygulanabilir. Nitro-anjiyotensin II tuzsuzlaştırma için, bir mililitrelik pipet kullanarak bir ters faz katı faz ekstraksiyonunu veya SPE kolonunu 500 mikrolitre metanol ve 500 mikrolitre suyun kolon üst lerine eklenmesiyle ön koşula getirin.Tüm su kolon boyunca aktığında, kolon üzerine nitro-anjiyotensin II çözeltisi 410 mikrolitre yükleyin. Nitropeptid'i temizlemek için kolonu %5 metanol ve su 500 mikrolitre ve %80 metanol ve su 300 mikrolitre ile yıkayın. Daha sonra oda sıcaklığında varsayılan ayarda hız vakum tarafından eluate kuru.Primer amin alkiliyasyonu için, 100 milimolar Triethylamonnium bikarbonat çözeltisinin 100 mikrolitresinde toz nitro-anjiyotensin II'yi yeniden oluşturmak ve kısa karıştırma ile bir duman kaputunda çözeltiye 400 mikrolitre 400 mikrolitre formaldehit ekleyin. Daha sonra, oda sıcaklığında bir saat boyunca dakikada 400 rotasyonsal sallayarak çözeltiye 0,6 molar sodyum cyanoborohyride dört mikrolitre ekleyin. Kuluçka sonunda, 16 mikrolitre 1%amonya çözeltisi ile etiketleme reaksiyonunu oda sıcaklığında beş dakika boyunca bastırın ve ardından sekiz mikrolitre formik asit ile asitleşmeyi takip edin.Daha sonra çözeltiyi yeni bir ters faz SPE sütunundaki tuzdan arındırın. Aminotirozin indüksiyonuna kadar nitrotirozin için, 500 mikrolitre PBS'de dimetil etiketli nitro-anjiyotensin II'yi yeniden oluşturun ve oda sıcaklığında bir saatlik kuluçka için bir molar sodyum ditionat 10 mikrolitre ekleyin. Azaltma reaksiyonundan sonra sarı çözelti netleşir.Gösterildiği gibi yeni bir ters faz SPE sütunundaki azaltılmış numuneyi tuzdan arındırın. Biyotinylasyon ve zenginleştirme için, pbs 500 mikrolitre dimetil etiketli aminoanjiyotensin II yeniden ve ardından 40 nanomolar NHS-S-S biyotin beş mikrolitre eklenmesi oda sıcaklığında iki saat kuluçka için dimetil sülfoksit çözünmüş. Kuluçka sonunda reaksiyonu %5 hidroksilin mikrolitresiyle söndürün ve streptavidin Agarose boncuklarının 100 mikrolitresine 500 mikrolitre taze PBS ekleyin.Son santrifüjden sonra, oda sıcaklığında bir Döner Çalkalayıcı üzerinde bir saatlik kuluçka için reaksiyon sistemine 100 mikrolitre boncuk ekleyin. Kuluçka sonunda, yıkama başına taze PBS 500 mikrolitre ile dört kez sistemi yıkayın ve ardından 50 santigrat derecede 45 dakikalık bir kuluçka için 10 milimolar dithiothreitol 400 mikrolitre ilave edin. Kuluçka sonunda, sütun aşağı spin ve karanlıkta 20 dakikalık kuluçka için 0,5 molar iodoacetamide 20 mikrolitre içeren yeni bir tüp içine supernatant aktarın.Daha sonra gösterildiği gibi yeni bir ters faz SPE sütunda çözelti yitin ve% 0.1 formik asit 20 mikrolitre kuru peptid çözmek. Algılama için ürünü tandem kütle spektrometresi olan sıvı bir kromatografa yükleyin. Modifiye anjiyotensin II peptidleri, yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi ile doğrudan arayüz lenen nano-yüksek basınçlı sıvı kromatografi sistemi ile dakikada 0,3 mikrolitre likit bir akış hızıyla 60 dakikalık degrade eluzyon ile ayırın.Veriye bağımlı toplama modunda, kütle spektrometresinde tek bir tam tarama kütle spektrumu ayarlayın ve ardından %28 normalleştirilmiş çarpışma enerjisinde 20 veriye bağımlı tandem kütle spektrometresi tarar. Daha sonra kütle spektrum verilerini açın ve kimyasal reaksiyonun başarıyla gerçekleştirildiğini doğrulamak için her adımda ürünün tepe noktalarını belirleyin. Burada, anjiyotensin II'nin temsili kütle spektrumları her kimyasal modifikasyondan önce ve sonra gözlemlenebilir.Bileşiğin moleküler ağırlığı mono izotop tepenin kütle-yük oranı değerleri ile gösterilir, anjiyotensin II kimyasal modifikasyon u başarılı bir şekilde bu adım için elde edildiğini gösteren. Burada tandem kütle spektrometresi ile sıvı kromatografisi ile saptanan ve karakterize edilen son ürün gösterilmiştir. Dimetil etiketleme ile nitropeptidlerin nicel analizi, her gruptaki mono izotop tepeyoğunluğunun karşılaştırılması yoluyla göreceli ışık ve ağır miktarlarının hesaplanmasına olanak sağlayarak, farklı gruplardan zenginleştirilmiş nitropeptidlerin ölçülmesine olanak tanır.Prosedürü takiben, olası nitropeptidleri belirlemek için pFIND'In SEQUEST max sayısı gibi bir program arama motoru kullanabilirsiniz. Bu teknik, geliştirilmesinden sonra belirli nitrasyon bölgelerinin biyolojik fonksiyonlarının başlamasının önünü açmıştır.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Identification of Small Molecule-binding Proteins in a Native Cellular Environment by Live-cell Photoaffinity Labeling

Canlı hücre fotoafinite Etiketleme tarafından Yerli Hücresel Ortamında Küçük Molekül bağlayıcı proteinlerin belirlenmesi

Identifying the molecular target(s) of small molecules is a challenging but necessary step towards understanding their mechanism of action. While several ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Mavi Yerli PAGE ve Protein İlişkisi Profil Yöntemi ile Affinity Saf protein Kompleksler çözümleniyor

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Derin Proteom izobarik etiketleme, kapsamlı sıvı Kromatografi, kütle spektrometresi ve yazılım destekli miktar tarafından profil oluşturma

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Genome-wide Quantification of Translation in Budding Yeast by Ribosome Profiling

Genom çapında Quantification ribozom profil oluşturma tarafından mayası çeviri

Translation of mRNA into proteins is a complex process involving several layers of regulation. It is often assumed that changes in mRNA transcription ...

Polysome Profiling in Leishmania, Human Cells and Mouse Testis

Polysome Profiling in Leishmania, Human Cells and Mouse Testis

Polysome LEISHMANIA, insan hücreleri ve fare Testis profil oluşturma

Proper protein expression at the right time and in the right amounts is the basis of normal cell function and survival in a fast-changing environment. For ...

Identification of Cyclin-dependent Kinase 1 Specific Phosphorylation Sites by an In Vitro Kinase Assay

Identification of Cyclin-dependent Kinase 1 Specific Phosphorylation Sites by an In Vitro Kinase Assay

Siklin bağımlı kinaz 1 tanımlaması belirli fosforilasyon siteleri bir Vitro kinaz tarafından tahlil

Cyclin-dependent kinase 1 (Cdk1) is a master controller for the cell cycle in all eukaryotes and phosphorylates an estimated 8 - 13% of the proteome; ...

Capture and Identification of RNA-binding Proteins by Using Click Chemistry-assisted RNA-interactome Capture (CARIC) Strategy

Capture and Identification of RNA-binding Proteins by Using Click Chemistry-assisted RNA-interactome Capture CARIC Strategy

Yakalama ve tıklama Kimya destekli RNA-interactome kullanarak RNA bağlanıcı proteinler tanımlaması (CARIC) strateji yakalama

A comprehensive identification of RNA-binding proteins (RBPs) is key to understanding the posttranscriptional regulatory network in cells. A widely used ...

Identification of Orexin and Endocannabinoid Receptors in Adult Zebrafish Using Immunoperoxidase and Immunofluorescence Methods

Immunoperoksidan ve Immünofluoresesan yöntemlerini kullanarak yetişkin Zebrafisinde Orexin ve Endocannabinoid reseptörlerinin tanımlanması

Immunohistochemistry (IHC) is a highly sensitive and specific technique involved in the detection of target antigens in tissue sections with labeled ...

DNA Sequence Recognition by DNA Primase Using High-Throughput Primase Profiling

Dna İlkase tarafından DNA Dizisi Tanıma Yüksek-Throughput Primase Profilleme kullanarak

DNA primase synthesizes short RNA primers that initiate DNA synthesis of Okazaki fragments on the lagging strand by DNA polymerase during DNA replication. ...

High-Resolution Complexome Profiling by Cryoslicing BN-MS Analysis

BN-MS Analizi Cryoslicing tarafından Yüksek Çözünürlüklü Complexome Profilleme

Proteins generally exert biological functions through interactions with other proteins, either in dynamic protein assemblies or as a part of stably formed ...