Name: analysis of combinatorial mirna treatments to regulate cell cycle and angiogenesis
Uploaded: 2019-03-30T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Combinatorial miRNA Treatments to Regulate Cell Cycle and Angiogenesis at JoVE.com

Geen belangenconflicten worden gedeclareerd.

1. miR-143 en miR-506 transfectie
Let op: Gebruik latex handschoenen, beschermende brillen en een laboratorium jas tijdens het uitvoeren van de beschreven experimenten. Indien nodig, gebruik de bioveiligheid kabinet met het kabinet ventilator op, zonder het blokkeren van de luchtwegen of verstoren van de laminaire luchtstroming. Altijd ingesteld de beschermende glazen raam op de juiste hoogte, zoals beschreven door de fabrikant.
<ol><li>Zaad NKCLK A549 cellen in een T25 cm2 kolf/6...

<ol>
	<li>Schafer, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+cell+cycle:+a+review.">The cell cycle: a review.</a> Veternary Pathology. 35 (6), 461-478 (1998).</li><li>Barnum, K. J., O'Connell, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+cycle+regulation+by+checkpoints.">Cell cycle regulation by checkpoints.</a> Methods in Molecular Biology. 1170, 29-40 (2014).</li><li>Malumbres, M., Barbacid, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+cycle,+CDKs+and+cancer:+a+changing+paradigm.">Cell cycle, CDKs and cancer: a changing paradigm.</a> Nature Reviews Cancer. 9 (3), 153-166 (2009).</li><li>Chen, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple+CDK+inhibitor+dinaciclib+suppresses+neuroblastoma+growth+via+inhibiting+CDK2+and+CDK9+activity.">Multiple CDK inhibitor dinaciclib suppresses neuroblastoma growth via inhibiting CDK2 and CDK9 activity.</a> Science Repository. 6, 29090 (2016).</li><li>Brown, N. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CDK1+structures+reveal+conserved+and+unique+features+of+the+essential+cell+cycle+CDK.">CDK1 structures reveal conserved and unique features of the essential cell cycle CDK.</a> Nature Communications. 6, 6769 (2015).</li><li>Sanchez-Martinez, C., Gelbert, L. M., Lallena, M. J., de Dios, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cyclin+dependent+kinase+(CDK)+inhibitors+as+anticancer+drugs.">Cyclin dependent kinase (CDK) inhibitors as anticancer drugs.</a> Bioorganic &amp; Medicinal Chemistry Letters. 25 (17), 3420-3435 (2015).</li><li>Shah, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FDA+Approval:+Ribociclib+for+the+Treatment+of+Postmenopausal+Women+with+Hormone+Receptor-Positive,+HER2-Negative+Advanced+or+Metastatic+Breast+Cancer.">FDA Approval: Ribociclib for the Treatment of Postmenopausal Women with Hormone Receptor-Positive, HER2-Negative Advanced or Metastatic Breast Cancer.</a> Clinical Cancer Research. , (2018).</li><li>Asghar, U., Witkiewicz, A. K., Turner, N. C., Knudsen, E. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+history+and+future+of+targeting+cyclin-dependent+kinases+in+cancer+therapy.">The history and future of targeting cyclin-dependent kinases in cancer therapy.</a> Nature Reviews Drug Discovery. 14 (2), 130-146 (2015).</li><li>Mullard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FDA+approves+Novartis's+CDK4/6+inhibitor.">FDA approves Novartis's CDK4/6 inhibitor.</a> Nature Reviews Drug Discovery. 16 (4), 229 (2017).</li><li>Walker, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FDA+Approval+of+Palbociclib+in+Combination+with+Fulvestrant+for+the+Treatment+of+Hormone+Receptor-Positive,+HER2-Negative+Metastatic+Breast+Cancer.">FDA Approval of Palbociclib in Combination with Fulvestrant for the Treatment of Hormone Receptor-Positive, HER2-Negative Metastatic Breast Cancer.</a> Clinical Cancer Research. 22 (20), 4968-4972 (2016).</li><li>Hossian, A., Sajib, M. S., Tullar, P. E., Mikelis, C. M., Mattheolabakis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multipronged+activity+of+combinatorial+miR-143+and+miR-506+inhibits+Lung+Cancer+cell+cycle+progression+and+angiogenesis+in+vitro.">Multipronged activity of combinatorial miR-143 and miR-506 inhibits Lung Cancer cell cycle progression and angiogenesis in vitro.</a> Science Repository. 8 (1), 10495 (2018).</li><li>Inamura, K., Ishikawa, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+In+Lung+Cancer:+Novel+Biomarkers+and+Potential+Tools+for+Treatment.">MicroRNA In Lung Cancer: Novel Biomarkers and Potential Tools for Treatment.</a> Journal of Clinical Medicine. 5 (3), (2016).</li><li>Mizuno, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microRNA+expression+signature+of+small+cell+lung+cancer:+tumor+suppressors+of+miR-27a-5p+and+miR-34b-3p+and+their+targeted+oncogenes.">The microRNA expression signature of small cell lung cancer: tumor suppressors of miR-27a-5p and miR-34b-3p and their targeted oncogenes.</a> Journal of Human Genetics. 62 (7), 671-678 (2017).</li><li>Zhang, B., Pan, X., Cobb, G. P., Anderson, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=microRNAs+as+oncogenes+and+tumor+suppressors.">microRNAs as oncogenes and tumor suppressors.</a> Developmental Biology. 302 (1), 1-12 (2007).</li><li>Peng, Y., Croce, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+MicroRNAs+in+human+cancer.">The role of MicroRNAs in human cancer.</a> Signal Transduction and Targeted Therapy. 1, 15004 (2016).</li><li>Wang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prediction+of+recurrence+in+early+stage+non-small+cell+lung+cancer+using+computer+extracted+nuclear+features+from+digital+H&amp;E+images.">Prediction of recurrence in early stage non-small cell lung cancer using computer extracted nuclear features from digital H&amp;E images.</a> Science Repository. 7 (1), 13543 (2017).</li><li>Siegel, R. L., Miller, K. D., Jemal, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Cancer Statistics, 2017. CA: A Cancer Journal for Clinicians. 67 (1), 7-30 (2017).</li><li>Saxon, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=p52+expression+enhances+lung+cancer+progression.">p52 expression enhances lung cancer progression.</a> Science Repository. 8 (1), 6078 (2018).</li><li>Carpentier, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Angiogenesis+Analyzer+for+ImageJ.">Angiogenesis Analyzer for ImageJ.</a> ImageJ User and Developer Conference. , (2012).</li><li>Robinson, M. D., McCarthy, D. J., Smyth, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=edgeR:+a+Bioconductor+package+for+differential+expression+analysis+of+digital+gene+expression+data.">edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data.</a> Bioinformatics. 26 (1), 139-140 (2010).</li><li>Robinson, M. D., Oshlack, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+scaling+normalization+method+for+differential+expression+analysis+of+RNA-seq+data.">A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data.</a> Genome Biology. 11 (3), R25 (2010).</li><li>DeCicco-Skinner, K. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endothelial+cell+tube+formation+assay+for+the+in+vitro+study+of+angiogenesis.">Endothelial cell tube formation assay for the in vitro study of angiogenesis.</a> Journal of Visualized Experiments. (91), e51312 (2014).</li><li>Kong, D. H., Kim, M. R., Jang, J. H., Na, H. J., Lee, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Review+of+Anti-Angiogenic+Targets+for+Monoclonal+Antibody+Cancer+Therapy.">A Review of Anti-Angiogenic Targets for Monoclonal Antibody Cancer Therapy.</a> International Journal of Molecular Science. 18 (8), (2017).</li><li>Wong, P. P., Bodrug, N., Hodivala-Dilke, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+Novel+Methods+for+Modulating+Tumor+Blood+Vessels+in+Cancer+Treatment.">Exploring Novel Methods for Modulating Tumor Blood Vessels in Cancer Treatment.</a> Current Biology. 26 (21), R1161-R1166 (2016).</li><li>Evan, G. I., Brown, L., Whyte, M., Harrington, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Apoptosis+and+the+cell+cycle.">Apoptosis and the cell cycle.</a> Current Opinion in Cell Biology. 7 (6), 825-834 (1995).</li><li>Haab, B. B., Dunham, M. J., Brown, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+microarrays+for+highly+parallel+detection+and+quantitation+of+specific+proteins+and+antibodies+in+complex+solutions.">Protein microarrays for highly parallel detection and quantitation of specific proteins and antibodies in complex solutions.</a> Genome Biology. 2 (2), RESEARCH0004 (2001).</li><li>Sutandy, F. X., Qian, J., Chen, C. S., Zhu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overview+of+protein+microarrays.">Overview of protein microarrays.</a> Currrent Protocols in Protein Science. 27, 21 (2013).</li><li>St-Pierre, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptome+sequencing+of+neonatal+thymic+epithelial+cells.">Transcriptome sequencing of neonatal thymic epithelial cells.</a> Science Repository. 3, 1860 (2013).</li></ol>

miRNAs kan functioneren als gerichte therapieën voor de behandeling van kanker, herkennen de disregulatie van expressie niveaus in zieke vs. normale weefsels. Deze studie gericht op het bepalen van de miRNAs die potentieel celcyclus tijdens meerdere fasen stoppen. Het werd ontdekt dat miR-143 en miR-506 de celcyclus van kankercellen, en de voorgestelde protocollen gericht op het begrijpen van de activiteit van deze combinatorische miRNA behandeling stoppen.
De beschreven methoden geven een ov...

An erratum was issued for:&#160;<a href="https://www.jove.com/video/59460/analysis-combinatorial-mirna-treatments-to-regulate-cell-cycle">Analysis of Combinatorial miRNA Treatments to Regulate Cell Cycle and Angiogenesis</a>.&#160; An author name was updated.
One of the authors&#39; names was corrected from:
George Matthaiolampakis
to:
George Mattheolabakis

An erratum was issued for: <a href="https://www.jove.com/video/59460/analysis-combinatorial-mirna-treatments-to-regulate-cell-cycle">Analysis of Combinatorial miRNA Treatments to Regulate Cell Cycle and Angiogenesis</a>.&#160; An author name was updated.

Erratum: Analysis of Combinatorial miRNA Treatments to Regulate Cell Cycle and Angiogenesis

De celcyclus is een combinatie van meerdere regelgevende gebeurtenissen waarmee verdubbeling van DNA en cel proliferatie door middel van de mitotische proces1. Cycline-afhankelijk kinases (CDKs) regelen en bevorderen van de celcyclus2. Onder hen hebben de mitotische CDK (CDK1) en de interfase CDKs (CDK2, CDK4 en CDK6) een sleutelrol in de celcyclus progressie3. Eiwit Retinoblastoom (Rb) is door de CDK4/CDK6 complex dat celcyclus progressie4phosphorylated, en CDK1 activering is essentieel voor succesvolle celdeling5. Talrijke CDK-remmers zijn ontwikkeld en geëvalueerd in klinische proeven in de afgelopen paar decennia, met vermelding van het potentieel van de doelgerichtheid van CDKs in de behandeling van kanker. In feite, drie CDK-remmers zijn goedgekeurd voor de behandeling van kanker van de borst onlangs6,7,8,9,10. Dus, CDKs, en in het bijzonder, CDK1 en CDK4/6, zijn van groot belang bij het reguleren van de progressie van kanker cellen.
miRNAs (miRs) zijn kleine, niet-coderende RNAs en post-transcriptional regulatoren van genexpressie, regulering van ongeveer 30% van alle menselijke genen11. Hun activiteit is gebaseerd op translationeel onderdrukking of afbraak van messenger RNAs (mRNAs)12. Illustratief voor hun biologische betekenis, meer dan 5.000 miRNAs geconstateerd en een enkele miRNA molecuul kan meerdere genen11,13regelen. MiRNA expressie geweest en wat nog belangrijker is, gekoppeld aan verschillende ziekten en ziekte statussen, met inbegrip van kanker13. In feite, miRNAs hebben gekenmerkt als oncogene of tumor suppressors, kunnen bevorderen of onderdrukken tumor ontwikkeling en progressie14,15. De relatieve uitdrukking van miRNAs in zieke weefsels kan reguleren de progressie van de ziekte; exogene levering van miRNAs heeft dus therapeutisch potentieel.
Longkanker is de belangrijkste oorzaak van sterfgevallen ten gevolge van kanker en groter is dan 60% van alle longen maligniteiten non-small zijn cell lung kankers16,17, met een 5-jaars overlevingskansen van minder dan 20%18. Het gebruik van miR-143-3 p en miR-506-3 p is onlangs geëvalueerd voor de cel cycli in long kanker cellen11targeting. miR-143 en miR-506 sequenties die complementariteit te CDK1 en CDK4/CDK6 en de gevolgen van deze twee miRs voor A549 cellen werden geanalyseerd. De experimentele gegevens worden gepresenteerd en in dit Groenboek besproken. Genexpressie, celcyclus en apoptosis werden geëvalueerd aan de hand van verschillende experimentele designs en timepoints na transfectie. We gebruikten real-time kwantitatieve PCR (RT-qPCR) methoden samen met microarray analyse voor het meten van specifieke genexpressie, en volgende-generatie RNA sequencing werd gebruikt om te bepalen van globale gene disregulatie11. De laatste methode geeft de relatieve overvloed van afschrift van elk gen met hoge gevoeligheid en reproduceerbaarheid, terwijl duizenden genen van een enkele experimentele analyse kunnen worden geanalyseerd. Bovendien apoptotic analyse als gevolg van miRNA behandeling werd uitgevoerd en hier wordt beschreven. Bioinformatics aangevuld de route-analyse. Hier gepresenteerd worden protocollen gebruikt voor analyse van het therapeutisch potentieel van de combinatorische miR-143 en miR-506.
Het hoofddoel van dit protocol is de effecten van miRNAs in cellen, met een focus op de celcyclus te kunnen identificeren. Het scala aan technieken gepresenteerd hier span van gen expressie analyse voorvertaling (met qPCR) om te werken en nieuwe technieken voor genetische analyse op het niveau van eiwitten, zoals microarray analyse. Gehoopt wordt dat dit verslag nuttig voor onderzoekers die geïnteresseerd is in het werken met miRNAs. Bovendien wordt methodologie voor flow cytometrische analyse van de celcyclus en apoptosis van cellen gepresenteerd.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:2067px;" width="2066">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">-80 &#176;C Freezer</td>
			<td style="width:210px;">VWR</td>
			<td style="width:1167px;">VWR40086A</td>
			<td style="width:172px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">96 well plate</td>
			<td style="width:210px;">CELLTREAT Scientific&#160;</td>
			<td style="width:1167px;">50-607-511</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">96-well Microwell Plates&#160;&#160;</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">12-556-008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">A549 Non Small Cell Lung Cancer Cells</td>
			<td style="width:210px;">ATCC</td>
			<td style="width:1167px;">ATCC&#160;CCL-185</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Agarose</td>
			<td style="width:210px;">VWR</td>
			<td style="width:1167px;">0710-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Agilent 2100 Bioanalyzer</td>
			<td style="width:210px;">Agilent Technologies</td>
			<td style="width:1167px;">G2938c</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ambion Silencer Negative Control No. 1 siRNA</td>
			<td style="width:210px;">Ambion</td>
			<td>AM4611</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Antibiotic-Antimycotic Solution (100x)</td>
			<td style="width:210px;">Gibco</td>
			<td style="width:1167px;">15240-062&#160;&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Antibody Array Assay Kit, 2 Reactions</td>
			<td style="width:210px;">Full Moon Bio</td>
			<td style="width:1167px;">KAS02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Bright field microscope&#160;&#160;</td>
			<td style="width:210px;">Microscoptics&#160;</td>
			<td style="width:1167px;">IV-900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Bright field microscope&#160;&#160;</td>
			<td style="width:210px;">New Star Environment LLC</td>
			<td style="width:1167px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Cell Cycle Antibody Array, 2 Slides</td>
			<td style="width:210px;">Full Moon Bio</td>
			<td style="width:1167px;">ACC058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Cell Logic+ Biosafety Cabinate</td>
			<td style="width:210px;">Labconco</td>
			<td style="width:1167px;">342391100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Cellquest Pro</td>
			<td style="width:210px;">BD bioscience</td>
			<td style="width:1167px;">Steps 5.14; 6.13: Used for calculating the population distrubution according to the cell cycle&#160; phase and for&#160; calculating the population distribution for the analysis of apoptosis&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">CFX96 Real Time System</td>
			<td style="width:210px;">BioRad</td>
			<td style="width:1167px;">CFX96 Optics Module</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Chemidoc Touch Imaging System</td>
			<td style="width:210px;">BioRad</td>
			<td style="width:1167px;">Chemidoc Touch Imaging System</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">CO2 Incubator</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">HERAcell 150i</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Cultrex Reduced Growth Factor Basement Membrane Matrix</td>
			<td style="width:210px;">Trevigen</td>
			<td style="width:1167px;">3433-010-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Digital Camera</td>
			<td style="width:210px;">AmScope&#160;</td>
			<td style="width:1167px;">FMA050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">DMEM 4.5 g/L Glucose, w/out Sodium Pyruvate, w/ L-Glutamine</td>
			<td style="width:210px;">VWR</td>
			<td>VWRL0100-0500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">DNAse I</td>
			<td>Zymo Research</td>
			<td>E1010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Endothelial Cell Growth Supplement (ECGS)</td>
			<td style="width:210px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:1167px;">356006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Eppendorf Pipette Pick-A-Pack Sets</td>
			<td style="width:210px;">Eppendrof</td>
			<td style="width:1167px;">05-403-152</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ethanol, Absolute (200 Proof), Molecular Biology Grade,&#160;</td>
			<td style="width:210px;">Fisher BioReagents</td>
			<td>BP2818500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Ethidium bromide</td>
			<td style="width:210px;">Alfa acar</td>
			<td style="width:1167px;">L07462</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">F-12K Nutrient Mixture (Kaighn&#39;s Mod.) with L-glutamine, Corning</td>
			<td style="width:210px;">Corning</td>
			<td>45000-354</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">FACS Calibur Flowcytometer</td>
			<td style="width:210px;">Becton Dickinson</td>
			<td style="width:1167px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Fetal Bovine Serum - Premium</td>
			<td>Antlanta Biologicals</td>
			<td>S11150</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Fetal Bovine Serum (FBS)</td>
			<td style="width:210px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">10438026</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Fisherbrand Basix Microcentrifuge Tubes with Standard Snap Caps</td>
			<td style="width:210px;">Fisherbrand Basix</td>
			<td style="width:1167px;">02-682-002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Forma Series II water Jacket CO2 incubator</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:1167px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Heparin Solution (5000 U/mL)</td>
			<td style="width:210px;">Hospira</td>
			<td style="width:1167px;">NDC#63739-920-11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Horixontal Electrophoresis system</td>
			<td style="width:210px;">Benchtop lab system</td>
			<td style="width:1167px;">BT102</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">hsa-miR-143-3p miRNA Mimic</td>
			<td style="width:210px;">ABM</td>
			<td>MCH01315</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">hsa-miR-506-3p miRNA Mimic</td>
			<td style="width:210px;">ABM</td>
			<td>MCH02824</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Human Recombinant Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF)</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">PHC9394&#160;&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Human Umbilical Vein Endothelial Cells (HUVEC)</td>
			<td style="width:210px;">Individual donors</td>
			<td style="width:1167px;">IRB# A15-3891</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">HyClone Phosphate Buffered Saline (PBS)</td>
			<td style="width:210px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">SH30256FS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Ingenuity Pathway Analysis</td>
			<td style="width:210px;">Qiagen</td>
			<td style="width:1167px;">Results: Used for bioinformatics pathway analysis</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Invitrogen UltraPure DNase/RNase-Free Distilled Water</td>
			<td style="width:210px;">Invitrogen</td>
			<td>10-977-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Lipofectamine 2000&#160;</td>
			<td style="width:210px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:1167px;">11-668-027</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Loading dye 10X</td>
			<td style="width:210px;">ward&#39;s science+</td>
			<td style="width:1167px;">470024-814</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Medium M199 (with Earle&#8242;s salts, L-glutamine and sodium bicarbonate)</td>
			<td style="width:210px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:1167px;">M4530</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Microscope Digital Camera</td>
			<td style="width:210px;">AmScope&#160;</td>
			<td style="width:1167px;">MU130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Modfit LT</td>
			<td style="width:210px;">Verity Software</td>
			<td style="width:1167px;">Step 5.15: Alternative software for analysis of cell cycle population distributions</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Nanodrop</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">NanoDrop one C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Opti-MEM</td>
			<td style="width:210px;">Gibco by life technologies</td>
			<td>31985-070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Penicillin-streptomycin 10/10</td>
			<td>Antlanta Biologicals</td>
			<td>B21210</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Power UP sybr green master mix</td>
			<td style="width:210px;">Applied Biosystems</td>
			<td>A25780</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Propidium Iodide</td>
			<td style="width:210px;">MP Biochemicals LLC</td>
			<td>IC19545825</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Proscanarray HT Microarray scanner</td>
			<td style="width:210px;">Perkin elmer</td>
			<td style="width:1167px;">ASCNPHRG. We used excitation laser wavelength at 543 nm.</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">q PCR optical adhesive cover</td>
			<td style="width:210px;">Applied Biosystems</td>
			<td style="width:1167px;">4360954</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Quick-RNA Kits</td>
			<td>Zymo Research</td>
			<td>R1055</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Ribonuclease A from Bovine pancreas</td>
			<td style="width:210px;">Sigma</td>
			<td>R6513-50MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">ScanArray Express</td>
			<td>PerkinElmer</td>
			<td style="width:1167px;">Step 7.33: Microarray analysis software</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Shaker</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">2314</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">SimpliAmp Thermal Cycler</td>
			<td style="width:210px;">Applied Biosystems</td>
			<td style="width:1167px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">SpectraTube Centrifuge Tubes 15ml</td>
			<td style="width:210px;">VWR</td>
			<td style="width:1167px;">470224-998</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">SpectraTube Centrifuge Tubes 50ml</td>
			<td style="width:210px;">VWR</td>
			<td style="width:1167px;">470225-004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">TBS Buffer, 20x liquid</td>
			<td style="width:210px;">VWR</td>
			<td>10791-796</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Temperature controlled&#160; centrifuge matchine</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">ST16R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Temperature controlled micro centrifuge matchine</td>
			<td style="width:210px;">Eppendrof</td>
			<td style="width:1167px;">5415R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Thermo Scientific BioLite Cell Culture Treated Flasks</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>12-556-009</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Thermo Scientific Pierce BCA Protein Assay</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">PI23225</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Thermo Scientific Pierce RIPA Buffer</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td>PI89900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Thermo Scientific Thermo-Fast 96-Well Full-Skirted Plates</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:1167px;">AB0800WL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Thermo Scientific Verso cDNA synthesis Kit (100 runs)</td>
			<td style="width:210px;">Thermo Scientific</td>
			<td>AB1453B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">Ultra Low Range DNA Ladder</td>
			<td style="width:210px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:1167px;">10597012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:519px;">VWR standard solid door laboratory refrigerator</td>
			<td style="width:210px;">VWR</td>
			<td style="width:1167px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of combinatorial mirna treatments to regulate cell cycle and angiogenesis

Longkanker (LC) is de belangrijkste oorzaak van kanker sterfgevallen wereldwijd. Gelijkaardig aan andere kankercellen, een fundamenteel kenmerk van LC cellen is ongereguleerde proliferatie en celdeling. Remming van de proliferatie door stopzetting van de celcyclus is aangetoond dat een veelbelovende benadering voor de behandeling van kanker, met inbegrip van LC.
miRNA therapeutics opgedoken als belangrijk post-transcriptional gene regelgevers en worden steeds bestudeerd voor gebruik in de behandeling van kanker. In recente werk gebruikt wij twee miRNAs, miR-143 en miR-506, voor het regelen van de celcyclus. A549 niet-kleincellige longkanker (NKCLK) kankercellen waren transfected, gen expressie veranderingen werden geanalyseerd en apoptotic activiteit als gevolg van de behandeling was ten slotte geanalyseerd. Downregulatie van cycline-afhankelijk kinases (CDKs) werden gedetecteerd (dat wil zeggen, CDK1, CDK4 en CDK6) en celcyclus halt bij de G1/S en G2/M fase-overgangen. Analyse van het traject aangegeven potentiële antiangiogenic activiteit van de behandeling, dat de aanpak met veelzijdige activiteit schenkt. Hier beschreven zijn de methoden voor het identificeren van miRNA activiteit met betrekking tot de celcyclus remming, inductie van apoptosis en effecten van behandeling op de endotheliale cellen door remming van angiogenese. Gehoopt wordt dat de hier gepresenteerde methoden toekomstig onderzoek op miRNA therapeutics en overeenkomstige activiteit steunen zullen en dat de representatieve gegevens andere onderzoekers tijdens de experimentele analyses begeleiden zal.

Gen expressie analyse met behulp van RT-qPCR en gel elektroforese
Differentiële gen expressie analyse met behulp van RT-qPCR aangetoond aanzienlijke Downregulatie van de gerichte genen, CDK1, CDK4 en CDK6. CDK1 en CDK4/6 werden aangetoond dienstig zijn voor de G2/M en G1/S overgangen, respectievelijk. De uitgevoerde analyse toegestaan directe vergelijking tussen individuele miRs en combinatorische miR activitei...

Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Combinatorial miRNA Treatments to Regulate Cell Cycle and Angiogenesis at JoVE.com

Analysis of Combinatorial miRNA Treatments to Regulate Cell Cycle and Angiogenesis

miRNA therapeutics hebben aanzienlijke potentieel bij het reguleren van de progressie van kanker. Hier gedemonstreerd worden analytische benaderingen gebruikt voor de identificatie van de activiteit van een combinatorische miRNA behandeling in het stoppen van de celcyclus en angiogenese.

Analyse van combinatoriële miRNA behandelingen te reguleren celcyclus en angiogenese

Lung cancer (LC) is the leading cause of cancer-related deaths worldwide. Similar to other cancer cells, a fundamental characteristic of LC cells is ...

Deze methode zal helpen begrijpen en uitvoeren lab technieken die nodig zijn om de activiteit van twee microRNA in longkankercellen in vitro te identificeren. Longkanker is wereldwijd de belangrijkste oorzaak van kankergerelateerde sterfgevallen. Hier presenteren we technieken die zich uitstrekken van basislabmethoden tot complexere protocollen, zoals genexpressieanalyse en antilichaameiwitmicroRNA, specifiek gebruikt voor het identificeren van het effect van de acties van microRNA.De volgende methoden zullen ons helpen bij het beantwoorden van belangrijke vragen over het effect van twee microRNAs, microRNA 143 en microRNA 506, op het reguleren van de celcyclus in longkankercellen. We presenteren verschillende laboratoriumtechnieken, zoals celtransfectie, RNA-extractie, kwantitatieve real-time PCR- en microRNA-analyse. We hopen dat onze presentatie zal bijdragen aan het succesvol afronden van deze analyses.Plaats eerst de gekweekte cellen in een geschikte kolf die voldoende is voor RNA- en eiwitextractie, om genexpressie uit te voeren met behulp van qPCR- of micro-arrayanalyse. Dan incubeer 's nachts met media aangevuld met 10 procent FBS en 1 procent penicilline streptomycine. Bereid het microRNA-monster de volgende dag voor op transfectie door microRNA 143 en microRNA 506 in media te verdunnen met een concentratie van elk 100 nanomolar.Haal de kolf uit de couveuse en verwijder de media. Was met 1x PBS. Alle onbehandelde besturingselementen bevatten alleen onvolledige media met cellen.Incubeer de cellen met transfectiemedia gedurende zes uur in een couveuse. Na zes uur, verwijder de media en vervangen door vier milliliter verse, complete media. Oogst de cellen na 24 uur en 48 uur door trypsinisatie.Was vervolgens twee keer met 1x PBS in elke buis en verwijder supernatant. Om RNA-extractie op een later tijdstip uit te voeren, bevriest u de cellen bij min 80 graden Celsius. RNA extractie werd uitgevoerd met behulp van een RNA kit, volgens de instructies van de fabrikant.Verwijder eerst de buizen van min 80 graden Celsius en laat ontdooien. Voeg 300 microliters lysebuffer en pipet op en neer toe om het celmembraan te breken. Voeg gelijk volume van 100 procent ultra-pure ethanol toe.Meng vervolgens goed en plaats in gescheiden kolom. Centrifugeren en verwijder de flow-through. Voeg 400 microliter was- en bufferbuffers toe en centrifuge om de buffer te verwijderen.Voeg 5 microliter DNAse 1 met 75 microliters VNA spijsvertering buffer in elk monster, en incubeer gedurende 15 minuten. Was vervolgens het monster met 400 microliter RNA prep buffer. Was vervolgens twee keer met RNA wasbuffer.Voeg nu nuclease-vrij water toe aan de kolom, centrifuge en verzamel vervolgens het RNA. Meet de RNA-concentratie. In deze fase kunnen twee microgram RNA-monster worden verzonden voor de RNA-sequencing.Bereid de cDNA volgens het protocol beschreven in de tekst sectie, met behulp van thermocycler. Bereid voorwaartse en omgekeerde primeroplossingen voor met DNAse RNAse-vrij water tot een concentratie van 10 micromolar. Bereid een mastermix voor voor elk gen dat moet worden gedetecteerd op basis van het aantal monsters.Voor elk cDNA-monster is de reactiehoeveelheid volgens de tabel beschreven in de tekst. Plaats elk monster in hun respectievelijke putten. Voor qPCR is het altijd goed om een Excel-document met 96 putplaatindeling voor te bereiden, om de monsters bij te houden.Voor elk monster en geanalyseerd gen, voer hun reactie in drievouden, of op zijn minst duplicaten. Sluit de kunststof plaat af met transparante, optisch heldere plastic sealer. Vermijd het aanraken van de dunne, plastic laag met de vingers, omdat dit kan leiden tot vals signaal.Draai snel de plaat om alle reagentia te mengen tot de bodem van hun putten. Voer vervolgens de monsterplaat uit met behulp van een kwantitatieve, real-time PCR-machine. Download de CT-waarden die door de qPCR-machine worden gegenereerd en analyseer voor relatieve genexpressie.Transfecteer de cellen zoals beschreven in het eerdere gedeelte van deze video. Oogst cellen van elk monster in aparte, 15 milliliter steriele buizen voor trypsinisatie. Vervolgens was de cellen twee keer met 1x PBS, door centrifugatie op 751G gedurende vijf minuten, en verwijder vervolgens de supernatant.Het palet opnieuw ophangen en breken door 200 microliter ijskoude 1x PBS toe te voegen via een pipet. Voeg twee milliliter van 70 procent ijskoude ethanol, drop-wise aan de buis, terwijl vortexing de buis zachtjes om de cellen vast te stellen. Incubeerbuizen gedurende 30 minuten op kamertemperatuur en leg ze in vier graden Celsius gedurende een uur.Haal de buizen van vier graden Celsius en centrifuge. Voeg 2ml ijskoude PBS en vortex toe en verwijder vervolgens de supernatant door centrifugatie. Voeg 500 microliter 1x PBS toe met propidiumjodide en ribonuclease A met respectievelijk concentratie 50 en 200 microgram per milliliter in elk monster en broed gedurende 30 minuten bij kamertemperatuur.Breng monsters in de juiste buizen, bescherming tegen licht, en lopen op stroom cytometer. Dit experiment is het identificeren van alle cel cyclus route eiwitten expressie veranderd door de microRNA behandeling. Verzamel eiwitmonsters volgens de procedure beschreven in de transfectie sectie, en kwantificeren met BCA test.Verwijder de dia's van min vier graden Celsius een uur voor het experiment om op kamertemperatuur te brengen en vocht te verwijderen. Neem 70 microgram eiwitmonsters en bereid voorbeelddia's volgens de instructies van de fabrikant, die ook stap voor stap in de tekstsectie wordt beschreven. Hier op te merken, een goede wassen van glijbanen met ultra-zuivere gedeïniseerde water is een andere belangrijke stap, omdat dit zal helpen om de achtergrond van de dia's te verminderen.Bovendien is het in dit experiment zeer kritisch om de voorbeelddia's niet op te drogen tot de laatste stap. Scan ten slotte de dia met behulp van een micro-arraymachine en analyseer de gegevens. De qPCR-analyse van de met microRNA behandelde monsters vond plaats om de genexpressie van CDK1, CDK4 en CDK6 te bepalen.Deze genen reguleren de celcyclus van normale en kankercellen, en zijn gericht als een middel voor het remmen van tumorprogressie. De gegevens toonden het downregulatory effect van deze genen aan als gevolg van de behandeling met microRNA 143 en 506. Celcyclusdistributiegegevens van stroomcytometrie toonden een bevolkingstoename in de G0- en G1-fase en een bevolkingsdaling in de S-fase als gevolg van het effect van combinatorische behandeling van microRNA 143 en 506.De specifieke micro-array analyse van de celcyclus ontdekte veranderingen in de eiwitexpressie van ongeveer 60 genen. De vertegenwoordigde warmtekaart wees op downregulatie op het eiwitniveau van meerdere genen die nodig zijn voor de progressie van de celcyclus en proliferatie, zoals CDK2, Helen 1 en 3, RE2F1. In tegenstelling, eiwitten vaak erkend door hun gekweekte remmende werking werden upregulated.Hoewel de resultaten semi-kwantitatief zijn en verdere analyse vereist is, biedt de micro-arrayanalyse een snel overzicht van de activiteit van het traject. Wij geloven, na het bekijken van deze video, zult u in staat zijn om fundamentele, evenals complexe, lab experimenten die u zullen helpen bij de identificatie van microRNA activiteit in cellen uit te voeren.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

MicroRNA Based Liquid Biopsy: The Experience of the Plasma miRNA Signature Classifier (MSC) for Lung Cancer Screening

MicroRNA Based Liquid Biopsy: The Experience of the Plasma miRNA Signature Classifier MSC for Lung Cancer Screening

MicroRNA gebaseerde vloeibare biopsie: De ervaring van de Plasma miRNA handtekening classificatie (MSC) voor Lung Cancer Screening

The development of a minimally invasive test, such as liquid biopsy, for early lung cancer detection in its preclinical phase is crucial to improve the ...

Preparation of Primary Acute Lymphoblastic Leukemia Cells in Different Cell Cycle Phases by Centrifugal Elutriation

Voorbereiding van primaire Acute lymfatische leukemie cellen in verschillende celcyclus fasen door centrifugaal Elutriation

The ability to synchronize cells has been central to advancing our understanding of cell cycle regulation. Common techniques employed include serum ...

Simple and Rapid Method to Obtain High-quality Tumor DNA from Clinical-pathological Specimens Using Touch Imprint Cytology

Eenvoudige en snelle methode om kwalitatief hoogwaardige Tumor DNA uit klinisch-pathologische monsters met behulp van Touch Impressum cytologie

It is critical to determine the mutational status in cancer before administration and treatment of specific molecular targeted drugs for cancer patients. ...

Generation and Isolation of Cell Cycle-arrested Cells with Complex Karyotypes

Generatie en isolatie van de celcyclus-gearresteerd cellen met complexe Karyotypes

Chromosome mis-segregation leads to aneuploidy, a condition in which cells harbor an imbalanced chromosome number. Several lines of evidence strongly ...

Phospho Flow Cytometry with Fluorescent Cell Barcoding for Single Cell Signaling Analysis and Biomarker Discovery

Phospho Stroom Cytometry met fluorescerende cel Barcoding voor eencellige signalering analyse en ontdekking van Biomarker

Aberrant cell signaling plays a central role in cancer development and progression. Most novel targeted therapies are indeed directed at proteins and ...

Flow Cytometric Analysis of Mitochondrial Reactive Oxygen Species in Murine Hematopoietic Stem and Progenitor Cells and MLL-AF9 Driven Leukemia

Flow cytometrische analyse van mitochondriale reactieve zuurstof soorten in Muriene hematopoietische stam en voorlopercellen en MLL-AF9 gedreven leukemie

We present a flow cytometric approach for analyzing mitochondrial ROS in various live bone marrow (BM)-derived stem and progenitor cell populations from ...

Optimization, Design and Avoiding Pitfalls in Manual Multiplex Fluorescent Immunohistochemistry

Optimalisatie, ontwerp en Vermijd valkuilen in handmatige multiplex fluorescerende immunohistochemie

Microenvironment evaluation of intact tissue for analysis of cell infiltration and spatial organization are essential in understanding the complexity of ...

Cell Cycle-specific Measurement of &#947;H2AX and Apoptosis After Genotoxic Stress by Flow Cytometry

Celcyclus-specifieke meting van γH2AX en apoptosis na genotoxische stress door flow Cytometrie

The presented method or slightly modified versions have been devised to study specific treatment responses and side effects of various anti-cancer ...

Analysis of Side Population in Solid Tumor Cell Lines

Analyse van zijpopulatie in vaste tumorcellijnen

Cancer stem cells (CSCs) are an important cause of tumor growth, metastasis, and recurrence. Isolation and identification of CSCs are of great ...

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells

Celdood evalueren met celvrije supernatant van probiotica in driedimensionale sferoïde culturen van colorectale kankercellen

This manuscript describes a protocol to evaluate cancer cell deaths in three dimensional (3D) spheroids of multicellular types of cancer cells using ...