Name: tissue collection of bats for -omics analyses and primary cell culture
Uploaded: 2019-10-23T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Tissue Collection of Bats for -Omics Analyses and Primary Cell Culture at JoVE.com

<p class="jove_content">Мы благодарим Центр о экологии у Биодиверсидад CEBIO, Эрика Пализа, Милуска Санчес, Хорхе Каррера, Эдгар Ренгифо Васкес, Гарольд Порокарреро Зарриа, Хорхе Руис Лево, Хайме Печеко Кастильо, Карлос Тельо, Фанни Корнехо, и Фанни Фернандес коллекции в Перу возможно. Мы также благодарим всех членов Grupo Jaragua и Иоланда Леон для принятия сбора тканей в Доминиканской Республике возможно, а также Бернал Родригес Эрнандес, Бернал Matarrita, и все в Ла-Сельва биологических исследований станции в Коста-Рике, для принятия выборка возможна. Мы благодарим Элла Lattenkamp и Лутц Wiegrebe для доступа и выборки коллекции крыльев ударов от <em>Phyllostomus обесцвечивать</em> летучих мышей для генерации клеточной культуры. <em>Филлостома разложенные</em> летучие мыши возникли из племенной колонии на кафедре биологии II Университета Людвига-Максимилиана в Мюнхене. Разрешение на хранение и разведение летучих мышей было выдано Мюнхенской районной ветеринарной службой. LMD, SJR, KTJD и LRY финансировались NSF-DEB 1442142. LMD финансировался NSF-DEB 1838273. LRY финансировался NSF-PRFB 1812035. SCV и PD финансировались премией исследовательской группы Макса Планка и научно-исследовательской программой «Человеческие границы» (HFSP) (RGP0058/2016). SJR, JHTP и KTJD финансировались Европейским исследовательским советом (ERC Starting grant 310482 «EVOGENO»), присужденном SJR, ECT финансировалась за счет гранта Европейского исследовательского совета (ERC-2012-StG311000).</p>

<p class="jove_content">Все описанные здесь методы были одобрены Институциональным комитетом по уходу за животными и использованию (IACUC) Университета Стоуни-Брук (протокол #2013-2034).</p>
<p class="jove_title">1. Эвтаназия</p>
<ol><li>Смочите ватный шарик с изофрураном анестезии или другой доступной анестезии.</li>
	<li>Поместите ватн...

<p class="jove_content">В протоколе, обсуждаемом в данной рукописи, описываются лучшие методы отбора проб для различных высокопроизводительных молекулярных анализов летучих мышей. Все успешные исследования требуют высокого качества тканей, но отбор проб тканей летучих мышей, а также других немодельных орга...

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>1.5 mL Eppendorf Safelock tubes</td>
			<td>Fischer Scientific</td>
			<td>10509691</td>
			<td>1.5 mL sterile tubes used during cell culture protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 mL tubes</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>62,554,002</td>
			<td>15 mL sterile tubes used during cell culture protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2 mL cryovials</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>1154P75</td>
			<td>cryogenic vials for tissues to be stored in liquid nitrogen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3-mm biopsy punch</td>
			<td>Medline</td>
			<td>MIL3332</td>
			<td>wing biopsy punch for cell culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>6 well plate</td>
			<td>Greiner</td>
			<td>83,392</td>
			<td>Culture vessle</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Allprotect Tissue Reagent</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>76405</td>
			<td>for fecal samples; tissue stabilizing solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell counting slides for TC10/TC20 cell counter, dual chamber</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>145-0011</td>
			<td>Chambers for the count cells using the automated cell counter TC20 by Bio-Rad</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>collagenase IV</td>
			<td>Stemcell Technologies</td>
			<td>7909</td>
			<td>For dissociation of primary cells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dimethyl sulfoxide (DMSO)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>D2650-5X5ML</td>
			<td>Prevents crystalization of water during freezing of the cells.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMEM&#8211;Dulbecco&#39;s Modified Eagle Medium</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>12491-015</td>
			<td>culture media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#39;s PBS</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>14190169</td>
			<td>Balanced salt solution used for washing cells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum (FBS)</td>
			<td>Fischer Scientific</td>
			<td>10270106</td>
			<td>Serum-supplement for in vitro cell culture of eukaryotic cells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gentamycin sulfate salt</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>G1264-250MG</td>
			<td>Antibiotic for culture media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nalgene Mr. Frosty</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>5100-0050</td>
			<td>Freezing container which provides 1&#176;C/min cooling rate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PARAFILM</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P7793</td>
			<td>Wrapping tubes etc for sealing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-streptomycin (pen-strep), 100x</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15140130</td>
			<td>Antibiotic for culture media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate-buffered saline (PBS) 10x, pH 7.4</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>10010023</td>
			<td>salt buffer used for washes and storage of bone tissue; dilute to 10X using de-ionized water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNAlater</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>AM7021</td>
			<td>RNA stabilizing solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNAse away</td>
			<td>Genetech</td>
			<td>83931-250mL</td>
			<td>breaks down enzymes that lead to RNA degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silica gel</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>7631-86-9</td>
			<td>dessicant agent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TC20 Automated Cell Counter</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1450102</td>
			<td>Automated cell counter</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypan blue</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>145-0013</td>
			<td>Cell stain used to assess cell viability</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>trypsin-EDTA</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T4049</td>
			<td>For dissociation of cells during splitting</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

tissue collection of bats for -omics analyses and primary cell culture

<p class="jove_content">По мере продвижения технологий секвенирования высокой пропускной способности стандартизированные методы приобретения и сохранения тканей высокого качества позволяют распространить эти методы на немоделированные организмы. Для ряда подходов к секвенированию высокой пропускной способности была разработана серия протоколов для оптимизации сбора тканей летучих мышей. Здесь описаны протоколы для захвата летучих мышей, желаемой демографии, которые будут собраны для каждой летучей мыши, и оптимизированные методы, чтобы свести к минимуму нагрузку на летучую мышь во время сбора тканей. Конкретно изложены методы сбора и лечения тканей для получения (i) ДНК для геномного анализа высокого молекулярного веса, (ii) РНК для транскриптомов, специфических тканей, и (iii) белков для протеомического уровня анализа. Наконец, также изложен ы метод, чтобы избежать смертельной выборки путем создания жизнеспособных первичных культур клеток из крыла клипов. Центральной мотивацией этих методов является максимизация количества потенциальных молекулярных и морфологических данных для каждой летучей мыши и предложить оптимальные способы сохранения тканей, чтобы они сохраняли свою ценность по мере развития новых методов в будущем. Эта стандартизация стала особенно важной, поскольку появились инициативы по секвенированию хромосомного уровня, безошибочным геномам видов во всем мире, в которых несколько научных партий возглавляют секвенирование различных таксономических Группы. Протоколы, изложенные в настоящем проекте, определяют идеальные методы сбора тканей и сохранения тканей для Bat1K, консорциума, который секвенирует геномы каждого вида летучих мышей.</p>

<p class="jove_content" fo:keep-together.within-page="1"><strong>Днк</strong><br>Для анализа низкого молекулярного веса (LMW) ДНК была извлечена из трех видов неотропических летучих мышей. Образцы тканей были собраны в поле из Доминиканской Республики и Коста-Рики в соответствии с протоколами, описанными в настоящем документе. После в...

Watch this Scientific Journal Video about Tissue Collection of Bats for -Omics Analyses and Primary Cell Culture at JoVE.com

Tissue Collection of Bats for -Omics Analyses and Primary Cell Culture

<p class="jove_content">Это протокол для оптимальной подготовки тканей для геномных, транскриптомических и протеомных анализов летучих мышей, пойманных в дикой природе. Она включает в себя протоколы для захвата летучих мышей и вскрытия, сохранения тканей, и клеточной культивирования ткани летучих мышей.</p>

Ткань Коллекция летучих мышей для -Омики анализ и первичной культуры клеток

As high-throughput sequencing technologies advance, standardized methods for high quality tissue acquisition and preservation allow for the extension of ...

Research

JoVE Journal

Biology

Actin Co-Sedimentation Assay; for the Analysis of Protein Binding to F-Actin

Актина сотрудничества седиментации Пробирной; для анализа связывание белка с F-актин

The actin cytoskeleton within the cell is a network of actin filaments that allows the movement of cells and cellular processes, and that generates ...

Primary Culture of Adult Rat Heart Myocytes

Первичные культуры взрослых Миоциты сердца крысы

Cultured primary adult rodent heart cells are an important model system for cardiovascular research.  Nevertheless, establishment of robust, viable ...

Electrospinning Fibrous Polymer Scaffolds for Tissue Engineering and Cell Culture

Электропрядения Волокнистые Строительные леса Полимер для тканевой инженерии и клеточной культуры

As the field of tissue engineering evolves, there is a tremendous demand to produce more suitable materials and processing techniques in order to address ...

Induction and Testing of Hypoxia in Cell Culture

Индукция и тестирование Гипоксия в культуре клеток

Hypoxia is defined as the reduction or lack of oxygen in organs, tissues, or cells.  This decrease of oxygen tension can be due to a reduced supply in ...

Isolation and Primary Culture of Rat Hepatic Cells

Выделение и первичной культуре клеток крысы Печеночная

Primary hepatocyte culture is a valuable tool that has been extensively used in basic research of liver function, disease, pathophysiology, pharmacology ...

Isolation and Culture of Mouse Primary Pancreatic Acinar Cells

Выделение и культивирование Мышь первичные клетки поджелудочной Ацинарных

This protocol permits rapid isolation (in less than 1 hr) of murine pancreatic acini, making it possible to maintain them in culture for more than one ...

Nanogold Labeling of the Yeast Endosomal System for Ultrastructural Analyses

Нанозолото Маркировка из дрожжей эндосомных системы для Ультраструктурные Анализы

Endosomes are one of the major membrane sorting checkpoints in eukaryotic cells and they regulate recycling or destruction of proteins mostly from the ...

A Video Protocol of Retroviral Infection in Primary Intestinal Organoid Culture

Видео Протокол ретровирусной инфекции в начальной кишечника Органоид культуры

Lgr5-positive stem cells can be supplemented with the essential growth factors Egf, Noggin, and R-Spondin, which allows us to culture ever-expanding ...

Isolation and Primary Culture of Mouse Aortic Endothelial Cells

Выделение и первичной культуре мышиных эндотелиальных клеток аорты

The vascular endothelium is essential to normal vascular homeostasis. Its dysfunction participates in various cardiovascular disorders. The mouse is an ...

Improved Swiss-rolling Technique for Intestinal Tissue Preparation for Immunohistochemical and Immunofluorescent Analyses

Улучшенная техника швейцарско-прокатка для Кишечные Подготовка ткани для иммуногистохимического и иммунофлуоресцентного анализов

Understanding the role of factors that regulate intestinal epithelial homeostasis and response to injury and regeneration is important. The current ...