Name: navigating marrvel, a web-based tool that integrates human genomics and model organism genetics information
Uploaded: 2019-08-15T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Navigating MARRVEL, a Web-Based Tool that Integrates Human Genomics and Model Organism Genetics Information at JoVE.com

Dr. Rami Al-Ouran, Seon-Young Kim, Yanhui (Claire) Hu, Ying-Wooi Wan, Naveen Manoharan, Sasidhar Pasupuleti, Aram Comjean, Dongxue Mao, Michael Wangler, Hsiao-Tuan Chao, Stephanie Mohr ve Norbert Perrimon'a gelişim deki desteklerinden dolayı teşekkür ederiz. MARRVEL bakımı. Samantha L. Deal ve J. Michael Harnish'e bu el yazmasına yaptıkları katkıları için minnettarız.
MARRVEL'in ilk gelişimi kısmen NIH Commonfund (U54NS093793) ve NIH Araştırma Altyapı Programları Ofisi (ORIP) (R24OD022005) aracılığıyla Teşhis Edilmemiş Hastalıklar Ağ Modeli Organizmalar Tarama Merkezi tarafından desteklenmiştir. JW NIH Eunice Kennedy Shriver Ulusal Çocuk Sağlığı ve İnsangelişimi Enstitüsü (F30HD094503) ve Robert ve Janice McNair Vakfı McNair MD / Doktora Öğrenci Akademik Programı BCM tarafından desteklenmektedir. HJB, NIH Ulusal Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü (R01GM067858) tarafından daha da desteklenir ve Howard Hughes Tıp Enstitüsü'nde araştırmacıdır. ZL, NIH Ulusal Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü (R01GM120033), Ulusal Yaşlanma Enstitüsü (R01AG057339) ve Huffington Vakfı tarafından desteklenir. SY, NIH Ulusal Sağırlık ve Diğer İletişim Bozuklukları Enstitüsü (R01DC014932), Simons Vakfı (SFARI Ödülü: 368479), Alzheimer Derneği (Yeni Araştırmacı Araştırma Bursu: 15-364099), Naman Ailesi'nden ek destek aldı. Temel Araştırma Fonu ve Caroline Wiess Hukuk Fonu Moleküler Tıp Araştırma için.

1. Arama nasıl başlatılalır?
<ol><li>İnsan geni ve varyant tabanlı arama için 1.1.1.-1.1.2 adımlarına gidin. İnsan gen tabanlı arama (varyant girişi yok) için adım 1.2'ye gidin. Model organizma gen tabanlı arama için 1.3.1.-1.3.2 adımlarına bakın.<ol>
<li>http://marrvel.org/ MARRVEL4 ana sayfasına gidin. İnsan gen sembolü girerek başlayın. Aday gen adlarının her karakter girişiyle birlikte giriş kutusunun altında listelendirilmesini sağlayın. Arama negatif çıkars...

<ol>
	<li>Yang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+whole-exome+sequencing+for+the+diagnosis+of+mendelian+disorders.">Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders.</a> New England Journal of Medicine. 369 (16), 1502-1511 (2013).</li><li>Richards, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standards+and+guidelines+for+the+interpretation+of+sequence+variants:+a+joint+consensus+recommendation+of+the+American+College+of+Medical+Genetics+and+Genomics+and+the+Association+for+Molecular+Pathology.">Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology.</a> Genetics in Medicine. 17 (5), 405-424 (2015).</li><li>MacArthur, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guidelines+for+investigating+causality+of+sequence+variants+in+human+disease.">Guidelines for investigating causality of sequence variants in human disease.</a> Nature. 508 (7497), 469-476 (2014).</li><li>Wang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MARRVEL:+Integration+of+Human+and+Model+Organism+Genetic+Resources+to+Facilitate+Functional+Annotation+of+the+Human+Genome.">MARRVEL: Integration of Human and Model Organism Genetic Resources to Facilitate Functional Annotation of the Human Genome.</a> American Journal of Human Genetics. 100 (6), 843-853 (2017).</li><li>Povey, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+HUGO+Gene+Nomenclature+Committee+(HGNC).">The HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC).</a> Human Genetics. 109 (6), 678-680 (2001).</li><li>Lek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+protein-coding+genetic+variation+in+60,706+humans.">Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans.</a> Nature. 536 (7616), 285-291 (2016).</li><li>Wildeman, M., van Ophuizen, E., den Dunnen, J. T., Taschner, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+sequence+variant+descriptions+in+mutation+databases+and+literature+using+the+Mutalyzer+sequence+variation+nomenclature+checker.">Improving sequence variant descriptions in mutation databases and literature using the Mutalyzer sequence variation nomenclature checker.</a> Human Mutation. 29 (1), 6-13 (2008).</li><li>Zhou, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TransVar:+a+multilevel+variant+annotator+for+precision+genomics.">TransVar: a multilevel variant annotator for precision genomics.</a> Nature Methods. 12 (11), 1002-1003 (2015).</li><li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+integrative+approach+to+ortholog+prediction+for+disease-focused+and+other+functional+studies.">An integrative approach to ortholog prediction for disease-focused and other functional studies.</a> BMC Bioinformatics. 12, 357 (2011).</li><li>Amberger, J. S., Hamosh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Searching+Online+Mendelian+Inheritance+in+Man+(OMIM):+A+Knowledgebase+of+Human+Genes+and+Genetic+Phenotypes.">Searching Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM): A Knowledgebase of Human Genes and Genetic Phenotypes.</a> Current Protocols in Bioinformatics. 58, 1 (2017).</li><li>Amberger, J. S., Bocchini, C. A., Scott, A. F., Hamosh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=OMIM.org:+leveraging+knowledge+across+phenotype-gene+relationships.">OMIM.org: leveraging knowledge across phenotype-gene relationships.</a> Nucleic Acids Research. 47, 1038-1043 (2019).</li><li>Liu, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+variants+in+TBX2+are+associated+with+a+syndromic+cardiovascular+and+skeletal+developmental+disorder.">Functional variants in TBX2 are associated with a syndromic cardiovascular and skeletal developmental disorder.</a> Human Molecular Genetics. 27 (14), 2454-2465 (2018).</li><li>Ropers, H. H., Wienker, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Penetrance+of+pathogenic+mutations+in+haploinsufficient+genes+for+intellectual+disability+and+related+disorders.">Penetrance of pathogenic mutations in haploinsufficient genes for intellectual disability and related disorders.</a> European Journal of Medical Genetics. 58 (12), 715-718 (2015).</li><li>Shashi, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=De+Novo+Truncating+Variants+in+ASXL2+Are+Associated+with+a+Unique+and+Recognizable+Clinical+Phenotype.">De Novo Truncating Variants in ASXL2 Are Associated with a Unique and Recognizable Clinical Phenotype.</a> American Journal of Human Genetics. 100 (1), 179 (2017).</li><li>Chen, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+589,306+genomes+identifies+individuals+resilient+to+severe+Mendelian+childhood+diseases.">Analysis of 589,306 genomes identifies individuals resilient to severe Mendelian childhood diseases.</a> Nature Biotechnology. 34 (5), 531-538 (2016).</li><li>Halvorsen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mosaic+mutations+in+early-onset+genetic+diseases.">Mosaic mutations in early-onset genetic diseases.</a> Genetics in Medicine. 18 (7), 746-749 (2016).</li><li>Kohler, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Human+Phenotype+Ontology+in+2017.">The Human Phenotype Ontology in 2017.</a> Nucleic Acids Research. 45 (1), 865-876 (2017).</li><li>Rentzsch, P., Witten, D., Cooper, G. M., Shendure, J., Kircher, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CADD:+predicting+the+deleteriousness+of+variants+throughout+the+human+genome.">CADD: predicting the deleteriousness of variants throughout the human genome.</a> Nucleic Acids Research. 47 (1), 886-894 (2019).</li><li>Sobreira, N., Schiettecatte, F., Valle, D., Hamosh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GeneMatcher:+a+matching+tool+for+connecting+investigators+with+an+interest+in+the+same+gene.">GeneMatcher: a matching tool for connecting investigators with an interest in the same gene.</a> Human Mutation. 36 (10), 928-930 (2015).</li><li>Sobreira, N. L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Matchmaker+Exchange.">Matchmaker Exchange.</a> Current Protocols in Human Genetics. 95 (9), 31-39 (2017).</li><li>Harnish, M., Deal, S., Wangler, M., Yamamoto, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+functional+study+of+disease-associated+rare+human+variants+using+Drosophila.">In vivo functional study of disease-associated rare human variants using Drosophila.</a> Journal of Visualized Experiments. , (2019).</li><li>Harrison, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+ClinVar+as+a+Resource+to+Support+Variant+Interpretation.">Using ClinVar as a Resource to Support Variant Interpretation.</a> Current Protocols in Human Genetics. 89, 11-18 (2016).</li><li>MacDonald, J. R., Ziman, R., Yuen, R. K., Feuk, L., Scherer, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Database+of+Genomic+Variants:+a+curated+collection+of+structural+variation+in+the+human+genome.">The Database of Genomic Variants: a curated collection of structural variation in the human genome.</a> Nucleic Acids Research. 42, 986-992 (2014).</li><li>Firth, H. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DECIPHER:+Database+of+Chromosomal+Imbalance+and+Phenotype+in+Humans+Using+Ensembl+Resources.">DECIPHER: Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources.</a> American Journal of Human Genetics. 84 (4), 524-533 (2009).</li><li>Thurmond, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FlyBase+2.0:+the+next+generation.">FlyBase 2.0: the next generation.</a> Nucleic Acids Research. 47, 759-765 (2019).</li><li>Consortium, G. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+genomics.+The+Genotype-Tissue+Expression+(GTEx)+pilot+analysis:+multitissue+gene+regulation+in+humans.">Human genomics. The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: multitissue gene regulation in humans.</a> Science. 348 (6235), 648-660 (2015).</li><li>Ponten, F., Jirstrom, K., Uhlen, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Human+Protein+Atlas--a+tool+for+pathology.">The Human Protein Atlas--a tool for pathology.</a> Journal of Pathology. 216 (4), 387-393 (2008).</li><li>The Gene Ontology, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Gene+Ontology+Resource:+20+years+and+still+GOing+strong.">The Gene Ontology Resource: 20 years and still GOing strong.</a> Nucleic Acids Research. , (2018).</li><li>Mungall, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Monarch+Initiative:+an+integrative+data+and+analytic+platform+connecting+phenotypes+to+genotypes+across+species.">The Monarch Initiative: an integrative data and analytic platform connecting phenotypes to genotypes across species.</a> Nucleic Acids Research. 45 (1), 712-722 (2017).</li><li>Meehan, T. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Disease+model+discovery+from+3,328+gene+knockouts+by+The+International+Mouse+Phenotyping+Consortium.">Disease model discovery from 3,328 gene knockouts by The International Mouse Phenotyping Consortium.</a> Nature Genetics. 49 (8), 1231-1238 (2017).</li><li>Katoh, K., Rozewicki, J., Yamada, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT+online+service:+multiple+sequence+alignment,+interactive+sequence+choice+and+visualization.">MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization.</a> Brief Bioinform. , (2017).</li><li>Sievers, F., Higgins, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clustal+Omega+for+making+accurate+alignments+of+many+protein+sequences.">Clustal Omega for making accurate alignments of many protein sequences.</a> Protein Science. 27 (1), 135-145 (2018).</li><li>Yoon, W. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+Nardilysin,+a+Mitochondrial+Co-chaperone+for+alpha-Ketoglutarate+Dehydrogenase,+Promotes+mTORC1+Activation+and+Neurodegeneration.">Loss of Nardilysin, a Mitochondrial Co-chaperone for alpha-Ketoglutarate Dehydrogenase, Promotes mTORC1 Activation and Neurodegeneration.</a> Neuron. 93 (1), 115-131 (2017).</li><li>Deal, S., Yamamoto, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unraveling+novel+mechanisms+of+neurodegeneration+through+a+large-scale+forward+genetic+screen+in+Drosophila.">Unraveling novel mechanisms of neurodegeneration through a large-scale forward genetic screen in Drosophila.</a> Frontiers in Genetics. 9, (2019).</li><li>Matamoros, A. J., Baas, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microtubules+in+health+and+degenerative+disease+of+the+nervous+system.">Microtubules in health and degenerative disease of the nervous system.</a> Brain Research Bulletin. 126, 217-225 (2016).</li><li>Theodosiou, A., Arhondakis, S., Baumann, M., Kossida, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+scenarios+of+Notch+proteins.">Evolutionary scenarios of Notch proteins.</a> Molecular Biology and Evolution. 26 (7), 1631-1640 (2009).</li><li>Shayevitz, C., Cohen, O. S., Faraone, S. V., Glatt, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+re-review+of+the+association+between+the+NOTCH4+locus+and+schizophrenia.">A re-review of the association between the NOTCH4 locus and schizophrenia.</a> American Journal of Medical Genetics. Part B: Neuropsychiatric Genetics. 159 (5), 477-483 (2012).</li><li>Wang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+review+and+re-evaluation+of+an+association+between+the+NOTCH4+locus+and+schizophrenia.">A review and re-evaluation of an association between the NOTCH4 locus and schizophrenia.</a> American Journal of Medical Genetics. Part B: Neuropsychiatric Genetics. 141 (8), 902-906 (2006).</li><li>Oriel, C., Lasko, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+Developments+in+Using+Drosophila+as+a+Model+for+Human+Genetic+Disease.">Recent Developments in Using Drosophila as a Model for Human Genetic Disease.</a> International Journal of Molecular Sciences. 19 (7), (2018).</li><li>Hu, Y., Comjean, A., Mohr, S. E., FlyBase, C., Perrimon, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene2Function:+An+Integrated+Online+Resource+for+Gene+Function+Discovery.">Gene2Function: An Integrated Online Resource for Gene Function Discovery.</a> G3. 7 (8), 2855-2858 (2017).</li></ol>

Bu protokoldeki kritik adımlar, ilk girişi (adım 1.1-1.3) ve çıktının sonraki yorumunu içerir. Arama sonuçlarının negatif olmasının en yaygın nedeni, bir genin ve/veya varyantın tanımlanabileceği birçok yololmasıdır. MARRVEL zamanlanan bazda güncelleştirilirken, bu güncelleştirmeler MARRVEL'in bağlantı verdiği farklı veritabanları arasındaki kopukluklara neden olabilir. Bu nedenle, sorun gidermedeki ilk adım, genin veya varyantın alternatif adlarının başarılı bir arama sonucuna yol pa...

Yeni nesil sıralama teknolojisinin kullanımı hem araştırma hem de klinikgenetik laboratuvarlarda genişlemektedir 1. Bütün eksozum (WES) ve tüm genom dizilemesi (WGS) analizleri, bilinen hastalığa neden olan genlerde bilinmeyen önemi (VUS) ve mendeli bir hastalıkla henüz ilişkili olan genlerdeki varyantları (GUS: belirsiz genler) ortaya koymaktadır. önemi). Klinik dizi raporunda gen lerin ve varyantların bir listesini sunan tıbbi genetikçiler, hangi varyantın hastada görülen belirli bir fenotipten sorumlu olabileceğini değerlendirmek için daha fazla bilgi edinmek için birden fazla çevrimiçi kaynağı el ile ziyaret etmelidir. . Bu süreç zaman alıcıdır ve etkinliği son derece bireyin uzmanlığına bağlıdır. Çeşitli kılavuz kağıtları yayınlanmış olmasına rağmen2,3, WES ve WGS yorumu henüz varyant analizi için standart bir metodoloji olduğu için manuel kürleme gerektirir. VUS'un yorumlanması için, daha önce bildirilen genotip-fenotip ilişkisi, kalıtım şekli ve genel popülasyondaki alel frekansları hakkındaki bilgiler değerli hale gelir. Buna ek olarak, varyantın kritik bir protein etki alanını mı etkilediği veya evrimsel olarak korunmuş bir kalıntının patojenizlik olasılığını artırıp azaltabileceği bilgisi de artabilir veya azaltabilir. Tüm bu bilgileri toplamak için, bilgi World Wide Web'e dağılmış olduğundan, genellikle 10-20 insan ve model organizma veritabanlarında gezinmek gerekir.
Benzer şekilde, belirli genler ve yollar üzerinde çalışan model organizma bilim adamları genellikle bulgularını insan hastalığı mekanizmalarına bağlamakla ilgilenirler ve insan genomik alanında üretilen bilgiden yararlanmak isterler. Ancak, insan genomu ile ilgili veri setlerinin hızla genişlemesi ve evrimi nedeniyle, yararlı bilgiler sağlayan veritabanlarını belirlemek zor olmuştur. Buna ek olarak, çoğu model organizma veritabanları günlük olarak belirli bir organizma ile çalışan araştırmacılar için tasarlanmış olduğundan, çok zordur, örneğin, bir fare araştırmacı için bir Drosophila veritabanında belirli bilgileri aramak için ve tam tersi. Tıbbi genetikçiler tarafından yapılan varyant yorumlama araştırmalarına benzer şekilde, yararlı insan ve diğer model organizma bilgilerinin tanımlanması zaman alıcıdır ve model organizma araştırmacısının arka planına büyük ölçüde bağlıdır. MARRVEL (Nadir Varyant Patlaması için Model organizma Toplu Kaynaklar) 4, her iki kullanıcı grubu için de iş akışlarını kolaylaştırmak için tasarlanmış bir araçtır.
MARRVEL (http://marrvel.org) klinisyenler ve araştırmacılar için verimli ve tutarlı bir şekilde sistematik veri toplayan merkezi bir arama motoru olarak tasarlanmıştır. 20 veya daha fazla kamuya açık veritabanlarından gelen bilgilerle, bu program kullanıcıların hızlı bir şekilde bilgi toplamasına ve yinelemeli aramalar yapmadan çok sayıda insan ve model organizma veritabanlarına erişmesine olanak tanır. Arama sonuç sayfaları, bireylerin ham verilere erişmesine ve kaynaklar tarafından sağlanan ek bilgileri toplamasına olanak tanıyan orijinal bilgi kaynaklarına köprüler de içerir.
VCF veya BAM dosyaları ve genellikle tescilli/ticari yazılım yüklemeleri şeklinde büyük sıralama veri girişi gerektiren varyant önceliklendirme araçlarının çoğu aksine, MARRVEL herhangi bir web tarayıcısında çalışır. İnternete bağlı olduğu sürece ücretsiz olarak kullanılabilir ve taşınabilir cihazlarla (örn. akıllı telefonlar, tabletler) uyumludur. Birçok klinisyen ve araştırmacı genellikle bir seferde bir veya birkaç gen ve varyantları aramak gerekir bu yana biz bu biçimi seçti. MarrveL için toplu indirme ve API (uygulama programlama arabirimi) özellikleri geliştirdiğimizi ve kullanıcıların gerekirse özelleştirilmiş sorgu araçları aracılığıyla bir seferde yüzlerce gen ve varyantı bir seferde küratörlük edebilmelerini sağlayacağımızı unutmayın.
Geniş uygulama yelpazesi nedeniyle, bu protokolde, MARRVEL'in görüntülediğimiz farklı veri kümelerinde nasıl gezineceğiniz konusunda geniş kapsamlı bir yaklaşım açıklayacağız. Belirli kullanıcıların ihtiyaçlarına göre uyarlanmış daha fazla hedeflenen örnek Temsilci Sonuçları bölümünde açıklanacaktır. MarrveL çıktısı hala değerli bilgileri ayıklamak için insan genetiği veya model organizmalar da arka plan bilgisi belirli bir düzeyde gerektirir dikkat etmek önemlidir. Okuyucuları, MARRVEL küratörlüğünde bulunan orijinal veritabanlarının her birinin işlevini açıklayan birincil kağıtları listeleyen tabloya yönlendiririz (Tablo 1). Aşağıdaki protokol üç bölüme ayrılmıştır: (1) Bir aramaya nasıl başlanır, (2) MARRVEL insan genetiği çıktılarının nasıl yorumlanacağı ve (3) MARRVEL'deki model organizma verilerinin nasıl kullanılacağı. Temsilci Sonuçları bölümünde daha odaklı ve özel yaklaşımlar açıklanmıştır. MARRVEL aktif olarak güncellenmektedir, bu nedenle veri kaynakları hakkında ayrıntılı bilgi için lütfen geçerli web sitesinin SSS sayfasına bakın. MARRVEL ana sayfasının alt kısmındaki e-posta gönderimi formu aracılığıyla güncelleme bildirimleri almak için MARRVEL kullanıcılarının kaydolmasını önemle tavsiye ederiz.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:753px;" width="752">
	<colgroup>
		<col />
		<col span="2" />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:133px;">Human Genetics</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">ClinVar</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 29165669</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:133px;">Human Genetics</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">DECIPHER</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 19344873&#160;</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://decipher.sanger.ac.uk/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:133px;">Human Genetics</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">DGV</td>
			<td style="width:169px;">PMID:&#160;24174537</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:133px;">Orthology Prediction</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">DIOPT</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 21880147&#160;</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://www.flyrnai.org/cgi-bin/DRSC_orthologs.pl</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Human Gene/Transcript Nomenclature</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">Ensembl</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 29155950&#160;</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://useast.ensembl.org/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:133px;">Human Genetics</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">ExAC&#160;</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 27535533</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://exac.broadinstitute.org/</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Primary Model Organism Databases</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">FlyBase (Drosophila)</td>
			<td style="width:169px;">PMID:26467478</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://flybase.org</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Model Organism Database Integration Tools</td>
			<td style="width:169px;">Gene2Function</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 28663344</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://www.gene2function.org/search/</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:133px;">Human Genetics</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">Geno2MP</td>
			<td>N/A</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://geno2mp.gs.washington.edu/Geno2MP/</td>
		</tr>
		<tr height="106">
			<td height="106" style="height:106px;width:133px;">Human Genetics</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">gnomAD</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 27535533</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://gnomad.broadinstitute.org/</td>
		</tr>
		<tr height="45">
			<td height="45" style="height:45px;width:133px;">Gene Ontology</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">GO Central</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 10802651, 25428369&#160;</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://www.geneontology.org/</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Human Gene/Protein Expression</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">GTEx</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 29019975, 23715323&#160;</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://gtexportal.org/home/</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:133px;">Human Gene Nomenclature</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">HGNC</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 27799471&#160;</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://www.genenames.org/</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Primary Model Organism Databases</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">IMPC (mouse)</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 27626380</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://www.mousephenotype.org/</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Primary Model Organism Databases</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">MGI (mouse)</td>
			<td style="width:169px;">PMID:25348401</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://www.informatics.jax.org/</td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:133px;">Model Organism Database Integration Tools</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">Monarch Initiative</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 27899636</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://monarchinitiative.org/</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:133px;">Human Variant Nomenclature</td>
			<td style="width:169px;">Mutalyzer</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 18000842&#160;</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://mutalyzer.nl/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:133px;">Human Genetics</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">OMIM</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 28654725</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://omim.org/</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Primary Model Organism Databases</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">PomBase (fission yeast)</td>
			<td style="width:169px;">PMID:22039153</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://www.pombase.org/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:133px;">Literature</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">PubMed</td>
			<td style="width:169px;">N/A</td>
			<td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Primary Model Organism Databases</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">RGD (rat)</td>
			<td style="width:169px;">PMID:25355511</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://rgd.mcw.edu/</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Primary Model Organism Databases</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">SGD (budding yeast)</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 22110037</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://www.yeastgenome.org/</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Human Gene/Protein Expression</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">The Human Protein Atlas</td>
			<td style="width:169px;">PMID: 21752111</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://www.proteinatlas.org/</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Primary Model Organism Databases</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">WormBase (C. elegans)</td>
			<td style="width:169px;">PMID:26578572</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">http://wormbase.org</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:133px;">Primary Model Organism Databases</td>
			<td dir="LTR" style="width:169px;">ZFIN (zebrafish)</td>
			<td style="width:169px;">PMID:26097180</td>
			<td dir="LTR" style="width:281px;">https://zfin.org/</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

navigating marrvel, a web-based tool that integrates human genomics and model organism genetics information

İnsan genetikçiler, bütün eksom/genom dizilimi sayesinde hastalık fenomenilerle ayrıştıran nadir varyantları tanımlarlar. Belirli bir varyantın patojenik olup olmadığını değerlendirmek için, ilgi geninin genetik bir hastalıkla bağlantılı olup olmadığını, belirli varyantın daha önce bildirilip bildirilmediğini ve model organizmada hangi işlevsel verilerin mevcut olduğunu belirlemek için birçok veritabanını sorgulamak gerekir. genin insandaki işlevi hakkında ipuçları verebilecek veritabanları. MARRVEL (Nadir Varyant Patlaması için Model organizma Toplu Kaynaklar) fare, fare, zebra balığı, meyve sineği, nematod solucanı, fizyon dahil olmak üzere yedi model organizmada insan genleri ve varyantları ve bunların ortolog genleri için tek noktadan oluşan bir veri toplama aracıdır. maya ve tomurcuklanan maya. Bu Protokol'de, MARRVEL'in ne için kullanılabileceğine genel bir bakış sunmaktayız ve bilinen bir hastalığa neden olan gende (VUS) bilinmeyen öneme (VUS) veya belirsiz öneme sahip bir genin (GUS) varyantının nasıl kullanılabileceğini değerlendirmek için farklı veri kümelerinin nasıl kullanılabileceğini tartışıyoruz. Patojenik. Bu protokol, bir kullanıcı geni ile başlayan ve ilgi nin bir varyantı olmayan birden fazla insan veritabanını aynı anda arayarak bir kullanıcıya rehberlik edecektir. Ayrıca OMIM, ExAC/gnomAD, ClinVar, Geno2MP, DGV ve DECHIPHER'den gelen verilerin nasıl kullanılacağını tartışıyoruz. Ayrıca, her insan geni ile ilişkili model organizmalarda ortolog aday genlerinin, ifade kalıplarının ve GO terimlerinin bir listesini nasıl yorumlanacağımızı gösteriyoruz. Ayrıca, sağlanan değer protein yapısal etki alanı ek açıklamaları tartışmak ve ilgi bir varyant evrimsel olarak korunmuş etki alanı veya amino asit etkiler olup olmadığını değerlendirmek için birden fazla tür protein hizalama özelliği nasıl kullanılacağını açıklar. Son olarak, bu web sitesinin üç farklı kullanım durumlarını tartışacağız. MARRVEL, hem klinik hem de temel araştırmacılar için tasarlanmış kolay erişilebilir bir açık erişim web sitesidir ve fonksiyonel çalışmalar için deneyler tasarlamak için bir başlangıç noktası olarak hizmet vermektedir.

İnsan genetikçiler ve model organizma bilim adamları her farklı şekillerde MARRVEL kullanın, her farklı istenilen sonuçlara sahip. Aşağıda MARRVEL için olası kullanımları üç vinyetler vardır.
Baskın bir hastalıkta varyantın patojenitesinin değerlendirilmesi MARRVEL ziyaret kullanıcıların çoğu nadir bir insan varyantı belirli bir hastalığa neden olabilir olasılığını analiz etmek için bu web sitesini kullanın. Örneğin, TBX2'de b...

Watch this Scientific Journal Video about Navigating MARRVEL, a Web-Based Tool that Integrates Human Genomics and Model Organism Genetics Information at JoVE.com

Navigating MARRVEL, a Web-Based Tool that Integrates Human Genomics and Model Organism Genetics Information

Burada, birçok insan ve model organizma veritabanlarına verimli bir şekilde erişmek ve analiz etmek için bir protokol salıyoruz. Bu protokol, yeni nesil sıralama çalışmalarından tanımlanan hastalığa neden olan aday varyantları analiz etmek için MARRVEL kullanımını göstermektedir.

İnsan Genomik ve Model Organizma Genetiği Bilgilerini Entegre Eden Web Tabanlı Bir Araç olan MARRVEL'de Gezinme

Through whole-exome/genome sequencing, human geneticists identify rare variants that segregate with disease phenotypes. To assess if a specific variant is ...

MARRVEL.org insan genlerinin hastalık alaka genel bir bakış sağlayabilir bilgi toplar, çoğunlukla nadir genetik hastalıklar üzerinde duruluyor. Ayrıca model organizma veritabanlarından biyolojik bilgi toplar. MARRVEL çok zaman ve çaba tasarrufu sağlayabilir.Bu araç olmadan, kullanıcılar MARRVEL'in saniyeler içinde elde edebileceği bilgileri toplamak için farklı veritabanlarında arama yapmak için saatler harcarlar. MARRVEL aktif hekimler ve bilim adamları tarafından tüm dünyada kullanılmaktadır. Bu tanı yı kolaylaştırır ve terapötik çalışmalar için daha fazla bilgi keşfetmek için bir başlangıç noktası olabilir.Kullanıcılarımızın çoğu insan genetiği geçmişine sahip olmasına rağmen, model organizma araştırmacıları da dahil olmak üzere çok çeşitli biyomedikal alanlardan kullanıcı sayısı giderek artmaktadır. İnsan geni ve varyant tabanlı arama için MARRVEL giriş sayfasını açın. Bir arama sadece gen bilgileri, tek başına varyant bilgileri veya hem gen hem de varyant bilgileri ile yapılabilir.Aday gen adlarının her karakter girişiyle birlikte giriş kutusunun altında listeli olduğunu doğrulayın. Arama negatif çıkarsa, kullanılan gen sembolünün güncel olduğundan emin olmak için HGNC web sitesini kullanın. Daha sonra, varyantların Exome Toplama Konsorsiyumu ve Genom Toplama Veritabanı'nda nasıl görüntülendiğine ilişkin bir insan varyantı bilgisi girin veya İnsan Genom Varyasyon Derneği yönergelerine göre transkript tabanlı bir adlandırma kullanın.Genomik konum terminolojisi için koordinatları Homo sapiens genom derlemesi 19'a göre kullanın. MARRVEL'e ilgi çeken insan genine göre model organizma verilerine erişmek için, sekiz model organizma için aşağıdakilerin her birini elde etmek için Gen İşlev Tablosu'nu kullanın. Her gen adı kendi model organizma veritabanlarındaki gen sayfalarına köprü landığından, her model organizma için mevcut olan henotypik bilgi ve kaynaklar hakkında daha fazla bilgi edinmek için bağlantılara tıklayın.Örneğin, FlyBase'de, oluşturulan tüm alellerin, ilgili fenotiplerinin ve her bir alelin ortak stok merkezlerinden kullanılabilirliğinin bir listesi olacaktır. Gen İşlev Tablosu'nda, her organizmanın ilgi geniyle ilgili yayınların listesine gitmek için PubMed bağlantılarını tıklatın. Model organizma geninin ilgi çeken insan geninin ortologu olma olasılığının yüksek olduğu güven düzeyini görmek için, model organizma geninin insan geninin bir ortolog u ğr'ı olması muhtemel olan ortolog tahmin algoritmalarının sayısını ölçmek için DIOPT sütununa bakın.Genellikle her model organizmada mutlaka ortolog olmayan paraloggenler ve homolog genler içeren tüm adayları görüntülemek için Göster'in yalnızca en iyi DIOPT puan gen kutusunun işaretini kaldırın. İlgi çekici gen veya proteinin ekspresyonunu belirlemek için, gen veya proteinin insan veya model organizma veritabanlarında ifade edildiği bildirilen dokuların listesi için İfade sütununa bakın. İnsan transkripsiyonu verileri Genotype-Tissue Expression veya GTEx'ten, insan protein ekspresyonu verileri ise İnsan Protein Atlası'ndan elde edilir.İfade sütununda, bazı verilerde, ısı haritası kullanarak gen veya protein ifade deseni görüntüleyen insan ve sinek verileri gibi açılır bağlantılara sahip bir düğme vardır. Diğer veriler daha fazla araştırma için kendi model organizma veritabanları sayfalarına köprü lenir. Gen Ontoloji koşullarına erişmek için Moleküler fonksiyon, Hücresel bileşen ve Biyolojik proses sütunlarını kontrol edin.Bu veriler deneysel kanıt kodları tarafından filtrelenmiş ve her model organizmada doğrudan deneysel kanıtlara dayanan Gene Ontoloji terimlerini göstermektedir. Belirli bir insan geni için Phenogrid sayfasına gitmek için Monarch Girişimi'ni kullanın. Bilinen insan hastalıkları ile ilgili gen ile ilişkili fenotipler ile fenotipik çakışmaları olan model organizma mutantları arasında hızlı bir karşılaştırma sağlayan bir grafik görüntülenir.Bir fare geninin Uluslararası Fare Fenotibulama Konsorsiyumu tarafından yapılmış veya planlanmış bir nakavt faresi varsa, IMPC'yi tıklatmak nakavt faresinin fenotipini ve halka açık stok merkezlerinden kullanılabilirliğini ayrıntılarıyla açıklayan sayfaya bağlanır. İlgi lenen insan proteininin öngörülen protein etki alanları hakkında bilgi edinmek için İnsan Gen Protein Etki Alanları kutusunu tıklatın. Veriler, protein aileleri ve Korunmuş Etki Alanları Veritabanlarını kullanan DIOPT'den türetilmiştir.Tek bir kalıntı, iki kaynakta açıklamalı etki alanlarında ki bazı çakışma nedeniyle birden fazla açıklama eklenmiş olabilir. Daha sonra her protein için amino asit veya nükleotit dizileri hizalayıcı için birden fazla hizalama programı kullanan DIOPT tarafından oluşturulan amino asit çoklu hizalama elde etmek için Çoklu Protein Hizalama kutusunu kullanın. İlgi amino asit vurgulamak için, kutunun altına aşağı kaydırın ve ilgi amino asit numaraları girin.Model organizma genlerine dayalı MARRVEL'de bir aramaya başlamak için Model Organizmalar Arama'yı tıklatın ve tercih edilen model organizmayı seçin. Bir model organizma gen sembolü girin, ad otomatik olarak tamamlandığında gen simgesine tıklayın ve Ara'yı tıklatın. Arama sonucu negatifse, model organizma veritabanlarında kullanılan resmi gen simgesini kontrol edin.Arama sonucu hala negatifse, ilgi geni için iyi tahmin edilmiş orthologlar olup olmadığını değerlendirmek için DIOPT ve Orthology Predictions Search veritabanına erişin. Arama pozitifse, DIOPT skorunu ve insan geninden model organizma sütununa kadar olan en iyi skoru kontrol edin. Eğer genin diopt skoru üç veya daha fazlaysa ve insan geninden model organizmaya en iyi skor Evet olarak işaretlenmişse, model organizma genine ortolog olan birden fazla gen olması muhtemeldir.Her insan ortolog adayının arama sonuçlarını görüntülemek için MARRVEL bağlantısını tıklatın. Bu durumda, sadece bir aday vardır. Bir gen ve ilgi varyantı için bir MARRVEL insan genetiği çıktı yorumlamak için, Man Online Mendelian Inheritance veya OMIM tıklayın.Gen ve gen ürünü hakkında bilinenlerin kısa bir özetini almak için İnsan Gen Açıklaması kutusunu kullanın. İlgi geninin Mendelian hastalığına neden olan bir gen olarak bilinip bilinmeyeceğini belirlemek için Gen-Fototip İlişkileri kutusunu kullanın. Bu kutu, bilinen hastalıklar ve diğer fenotip çağrışımları ile ilgi geni ile elle küratörlü sağlayacaktır.OMIM kutusundan Bildirilen Aleller, bu veritabanı tarafından küratörlüğünü yaptığı patojenik varyantların bir listesini elde etmek için kullanılabilir. Bu örnekte, bu genin bilinen biyolojik işlevini ve iskelet, kardiyak ve bağışıklık sistemlerini içeren nadir bir hastalığa sahip küçük bir ailede ayrıştırılmaya neden olan gendeki belirli bir yanlış anlamlı varyantın potansiyel fonksiyonel etkisini değerlendirmek için insan TBX2'yi aramak gerçekleştirilmiştir. Burada, TBX2 arama için çıkış görülebilir.MARRVEL'de görüntülenen model organizma bilgilerine dayanarak, bu ilgi geninin C.elegans ve Drosophila'dan insanlara korunduğu ve ilginin amino asidi olan arginin 20'nin de evrim boyunca yüksek oranda korunduğu tespit edilmiştir. Fare TBX2 bu bölgede iyi hizalanmaz unutmayın, büyük olasılıkla hizalama için kullanılan transkript nedeniyle. Farklı türlerdeki TBX2 ortologlarının Gen Ontoloji terimlerine bakıldığında, TBX2'nin kalp morfingenezine ve fare ve zebra balığındaki diğer biyolojik süreçlere karışan bir transkripsiyon faktörünü kodlandığı gözlenebilir.İnsan TBX2 kalp tabanlı genotip doku ekspresyonu ve protein atlasları ve TBX2 varyant ı olan hastalarda ifade edilir gibi, bu varyant deneysel keşfetmek için iyi bir aday olduğu sonucuna varılabilir. Gen adları zaman içinde değişebilir, bu nedenle insan veya model organizma veritabanlarına dayalı en son resmi gen sembollerini kullandığınızı doğrulamak önemlidir. Lütfen yapılabilir daha ileri deneysel çalışmalar için Drosophila kullanarak Hastalık ile Ilişkili Nadir İnsan Varyantları In Vivo Fonksiyonel Çalışma başlıklı bizim eşlik eden JoVE video makalesini izleyin.MARRVEL, hastalık teşhisi ve mekanistik çalışmaların kolaylaştırılmasında klinisyenve araştırmacılara destek vermektedir. İlerledikçe programa yeni özellikler ekleyerek bunu yapmaya devam edeceğiz. MARRVEL sürekli olarak yükseltiliyor, bu nedenle kullanıcıların tanıtılan yeni özellikler hakkında güncel kalmak için Yenilikler bölümüne okumalarını öneririz.

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Molecular Biology

Genetics

Unit 1

DNA, Cells, and Evolution

SCIENTISTS IN ACTION

Parallel Measurement of Circadian Clock Gene Expression and Hormone Secretion in Human Primary Cell Cultures

İnsan Primer Hücre Kültürleri içinde Sirkadyen Saat Gen İfade ve Hormon salgısını Paralel Ölçümü

Circadian clocks are functional in all light-sensitive organisms, allowing for an adaptation to the external world by anticipating daily environmental ...

Genetik

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

En iyi kromozom Location(s) belirlenmesi için yeni bir Transposon-aracılı yaklaşımın kullanarak Escherichia coli DNA öğesinde

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

Determining Genome-wide Transcript Decay Rates in Proliferating and Quiescent Human Fibroblasts

Genom çapında transkript çürüme oranları Proliferasyona ve durgun insan fibroblast belirleme

Quiescence is a temporary, reversible state in which cells have ceased cell division, but retain the capacity to proliferate. Multiple studies, including ...

Highly Efficient Gene Disruption of Murine and Human Hematopoietic Progenitor Cells by CRISPR/Cas9

Fare ve insan hematopoetik progenitör hücre tarafından CRISPR/Cas9 yüksek verimli Gene bozulma

Advances in the hematopoietic stem cell (HSCs) field have been aided by methods to genetically engineer primary progenitor cells as well as animal models. ...

Ultralow Input Genome Sequencing Library Preparation from a Single Tardigrade Specimen

Ultralow giriş genom Kütüphane hazırlık bir tek Tardigrade örnekten sıralama

Tardigrades are microscopic animals that enter an ametabolic state called anhydrobiosis when facing desiccation and can return to their original state ...

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Differentiation, Maintenance, and Analysis of Human Retinal Pigment Epithelium Cells: A Disease-in-a-dish Model for BEST1 Mutations

Farklılaşma, bakım ve insan Retina Pigment epitel hücre Analizi: BEST1 mutasyonlar için bir tabak içinde hastalık modeli

Although over 200 genetic mutations in the human BEST1 gene have been identified and linked to retinal degenerative diseases, the pathological mechanisms ...

CRISPR-mediated Genome Editing of the Human Fungal Pathogen Candida albicans

CRISPR-mediated Genome Editing of the Human Fungal Pathogen Candida albicans

Candida albicans insan mantar patojen genom düzenleme CRISPR-aracılı

This method describes the efficient CRISPR mediated genome editing of the diploid human fungal pathogen Candida albicans. CRISPR-mediated genome editing ...

Novel Sequence Discovery by Subtractive Genomics

Eksiltici genomik tarafından roman sıra bulma

Subtractive genomics can be used in any research where the goal is to identify the sequence of a gene, protein, or general region that is embedded in a ...

Chromogenic In Situ Hybridization as a Tool for HPV-Related Head and Neck Cancer Diagnosis

Kromojenik In situ hybridization HPV Ile Ilgili baş ve boyun kanseri tanısı için bir araç ss

Human papillomavirus (HPV) infection is a major risk factor for a subtype of oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC), which tends to be associated ...

Preparation of Meiotic Chromosome Spreads from Zebrafish Spermatocytes

Zebrabalığı Spermatositlerinden Meiotik Kromozom Spreadlerinin Hazırlanması

Meiosis is the key cellular process required to create haploid gametes for sexual reproduction. Model organisms have been instrumental in understanding ...