Name: evaluation of protein&#8211;protein interactions using an on-membrane digestion technique
Uploaded: 2019-07-19T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Evaluation of Proteinâ€“Protein Interactions using an On-Membrane Digestion Technique at JoVE.com

Denna studie stöddes delvis av Japan Society för främjande av vetenskap KAKENHI Grant Number 17K09869 (till AM), Japan Society för främjande av vetenskap KAKENHI Grant Number 15K09418 (to TM), ett forskningsanslag från Kanehara Ichiro Medical Science Foundation och ett forskningsanslag från Suzuken Memorial Foundation (all to TM).

1. immunoprecipitation
Anmärkning: vi använde icke-natriumdodecylsulfat (SDS) lysis buffert och citrat eluering, som beskrivs i följande avsnitt. Användning av en alternativ egen immunoprecipiteringsteknik kan dock också vara tillämplig för beredning av LC-MS/MS-prover.
<ol><li>Transfect odlade celler med vektorer kodning en epitop tagg ensam eller ett fusionsprotein. För att förvärva representativa data, överföra J774 celler (1 x 106) med vektorer kodning grönt fluor...

<ol>
	<li>Thommen, M., Holtkamp, W., Rodnina, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Co-translational+protein+folding:+progress+and+methods.">Co-translational protein folding: progress and methods.</a> Current Opinion in Structural Biology. 42, 83-89 (2017).</li><li>Miyazaki, T., Miyazaki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defective+protein+catabolism+in+atherosclerotic+vascular+inflammation.">Defective protein catabolism in atherosclerotic vascular inflammation.</a> Frontiers in Cardiovascular Medicine. 4, 79 (2017).</li><li>Miyazaki, T., Miyazaki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dysregulation+of+calpain+proteolytic+systems+underlies+degenerative+vascular+disorders.">Dysregulation of calpain proteolytic systems underlies degenerative vascular disorders.</a> Journal of Atherosclerosis and Thrombosis. 25 (1), 1-15 (2018).</li><li>Steckelberg, A. L., Boehm, V., Gromadzka, A. M., Gehring, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CWC22+connects+pre-mRNA+splicing+and+exon+junction+complex+assembly.">CWC22 connects pre-mRNA splicing and exon junction complex assembly.</a> Cell Reports. 2 (3), 454-461 (2012).</li><li>Turriziani, B., von Kriegsheim, A., Pennington, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-protein+interaction+detection+via+mass+spectrometry-based+proteomics.">Protein-protein interaction detection via mass spectrometry-based proteomics.</a> Advances in Experimental Medicine and Biology. 919, 383-396 (2016).</li><li>Obama, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+modified+apolipoprotein+B-100+structures+formed+in+oxidized+low-density+lipoprotein+using+LC-MS/MS.">Analysis of modified apolipoprotein B-100 structures formed in oxidized low-density lipoprotein using LC-MS/MS.</a> Proteomics. 7 (13), 2132-2141 (2007).</li><li>Matsudaira, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence+from+picomole+quantities+of+proteins+electroblotted+onto+polyvinylidene+difluoride+membranes.">Sequence from picomole quantities of proteins electroblotted onto polyvinylidene difluoride membranes.</a> The Journal of Biological Chemistry. 262 (21), 10035-10038 (1987).</li><li>Yamaguchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+method+for+N-terminal+sequencing+of+proteins+by+MALDI+mass+spectrometry.">High-throughput method for N-terminal sequencing of proteins by MALDI mass spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 77 (2), 645-651 (2005).</li><li>Iwamatsu, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=S-carboxymethylation+of+proteins+transferred+onto+polyvinylidene+difluoride+membranes+followed+by+in+situ+protease+digestion+and+amino+acid+microsequencing.">S-carboxymethylation of proteins transferred onto polyvinylidene difluoride membranes followed by in situ protease digestion and amino acid microsequencing.</a> Electrophoresis. 13 (3), 142-147 (1992).</li><li>Strader, M. B., Tabb, D. L., Hervey, W. J., Pan, C., Hurst, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+and+specific+trypsin+digestion+of+microgram+to+nanogram+quantities+of+proteins+in+organic-aqueous+solvent+systems.">Efficient and specific trypsin digestion of microgram to nanogram quantities of proteins in organic-aqueous solvent systems.</a> Analytical Chemistry. 78 (1), 125-134 (2006).</li><li>Miyazaki, T., Miyazaki, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emerging+roles+of+calpain+proteolytic+systems+in+macrophage+cholesterol+handling.">Emerging roles of calpain proteolytic systems in macrophage cholesterol handling.</a> Cellular and Molecular Life Sciences. 74 (16), 3011-3021 (2017).</li><li>Miyazaki, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calpain-6+confers+atherogenicity+to+macrophages+by+dysregulating+pre-mRNA+splicing.">Calpain-6 confers atherogenicity to macrophages by dysregulating pre-mRNA splicing.</a> Journal of Clinical Investigation. 126 (9), 3417-3432 (2016).</li><li>Tonami, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calpain-6,+a+microtubule-stabilizing+protein,+regulates+Rac1+activity+and+cell+motility+through+interaction+with+GEF-H1.">Calpain-6, a microtubule-stabilizing protein, regulates Rac1 activity and cell motility through interaction with GEF-H1.</a> Journal of Cell Science. 124 (Pt 8), 1214-1223 (2011).</li><li>Rodnina, M. V., Wintermeyer, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+elongation,+co-translational+folding+and+targeting.">Protein elongation, co-translational folding and targeting.</a> Journal of Molecular Biology. 428 (10 Pt B), 2165-2185 (2016).</li><li>Bunai, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+analysis+of+acrylamide+gel+separated+proteins+immobilized+on+polyvinylidene+difluoride+membranes+following+proteolytic+digestion+in+the+presence+of+80%+acetonitrile.">Proteomic analysis of acrylamide gel separated proteins immobilized on polyvinylidene difluoride membranes following proteolytic digestion in the presence of 80% acetonitrile.</a> Proteomics. 3 (9), 1738-1749 (2003).</li></ol>

Vi har tidigare beskrivit en analys av de oxidativa modifieringarna av apolipoprotein B-100 i oxiderat low-density lipoprotein med LC-MS/MS, föregånget av en membran matsmältning teknik6. I den nuvarande studien kombinerade vi denna teknik med immunoprecipitation och har identifierat flera calpain-6-associerade proteiner. Denna nya teknik utgör en bekväm metod för screening för kandidat proteiner. Calpain-6 är en icke-proteolytisk medlem av calpain proteolytiska familj11<...

Även om proteiner spelar konstitutiva roller i levande organismer, de är ständigt syntetiseras, bearbetas, och degraderas i den intracellulära miljön. Vidare samverkar intracellulära proteiner ofta fysiskt och biokemiskt, vilket påverkar funktionen hos en eller båda1,2,3. Till exempel, den direkta bindningen av spliceosome-associerade protein homolog CWC22 med eukaryotisk översättning initierings faktor 4A3 (eIF4A3) är nödvändig för montering av exon Junction Complex4. I överensstämmelse med detta, en eIF4A3 Mutant som saknar samhörighet för CWC22 misslyckas med att underlätta exon Junction Complex-driven mRNA splitsning4. Således är studiet av proteininteraktioner avgörande för den exakta förståelsen av fysiologisk reglering och cellulära funktioner.
De senaste framstegen inom masspektrometri (MS) har tillämpats på den omfattande analysen av protein-proteininteraktioner. Till exempel, samfällning av endogena proteiner eller exogent introducerade märkta proteiner med tillhörande proteiner, följt av MS-analys, möjliggör identifiering av nya proteininteraktioner5. En stor flaskhals av MS/MS-analys är dock dålig återhämtning från tryptic sammandrag av protein prover. För att utföra proteomiska analyser på cell Lysates, i-gel och på membran matsmältningen tekniker är i allmänhet används för att förbereda MS/MS prover. Vi har tidigare jämfört en in-gel rötning förfarande med en on-membran digestionsteknik6, och visade att den senare var förknippad med bättre sekvens täckning. Polyvinylidene difluorid (PVDF) membran kan vara lämplig för detta ändamål eftersom det är mekaniskt robust och motståndskraftig mot höga koncentrationer av organiska lösningsmedel7,8, vilket möjliggör enzymatisk nedbrytning av immobiliserade proteiner i närvaro av 80% acetonitril9. Dessutom kan immobilisering på ett membran inducera kon Formations förändringar i målproteiner, vilket leder till förbättringar i tryptic rötnings effektivitet10. Följaktligen, i denna artikel, vi har beskrivit användningen av immunoprecipitation-LC/MS/MS-analys av proteininteraktioner med hjälp av en on-membran rötnings teknik. Denna enkla metod underlättar den praktiska analysen av protein-protein interaktioner även i icke-specialiserade laboratorier.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Wako</td>
			<td>014-00386</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Citric acid</td>
			<td>Wako</td>
			<td>030-05525</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DiNA</td>
			<td>KYA Tech Co.</td>
			<td></td>
			<td>nanoflow high-performance liquid chromatography</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DiNa AI</td>
			<td>KYA Tech Co.</td>
			<td></td>
			<td>nanoflow high-performance liquid chromatography equipped with autosampler</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DTT</td>
			<td>Nacalai tesque</td>
			<td>14112-94</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads protein G</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>10003D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid</td>
			<td>Wako</td>
			<td>066-00461</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HiQ Sil C18W-3</td>
			<td>KYA Tech Co.</td>
			<td>E03-100-100</td>
			<td>0.10mmID * 100mmL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iodoacetamide</td>
			<td>Wako</td>
			<td>095-02151</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lipofectamine 3000</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>L3000008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Living Colors A.v. Monoclonal Antibody (JL-8)</td>
			<td>Clontech</td>
			<td>632380</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Wako</td>
			<td>191-01665</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NH4HCO3</td>
			<td>Wako</td>
			<td>018-21742</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nonidet P-40</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>N6507</td>
			<td>poly(oxyethelene) octylphenyl ether (n=9)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>peptide standard</td>
			<td>KYA Tech Co.</td>
			<td>tBSA-04</td>
			<td>tryptic digests of bovine serum albumin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PP vial</td>
			<td>KYA Tech Co.</td>
			<td>03100S</td>
			<td>plastic sample tube</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease inhibitor cooctail</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P8465</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ProteinPilot software</td>
			<td>Sciex</td>
			<td>5034057</td>
			<td>software for protein identification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencing Grade Modified Trypsin</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V5111</td>
			<td>trypsin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium orthovanadate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S6508</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium phosphate dibasic dihydrate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>71643</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TFA</td>
			<td>Wako</td>
			<td>206-10731</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>trap column</td>
			<td>KYA Tech Co.</td>
			<td>A03-05-001</td>
			<td>0.5mmID * 1mmL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TripleTOF 5600 system</td>
			<td>Sciex</td>
			<td>4466015</td>
			<td>Hybrid quadrupole time-of-flight tandem mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris</td>
			<td>Wako</td>
			<td>207-06275</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween-20</td>
			<td>Wako</td>
			<td>160-21211</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

evaluation of protein&#8211;protein interactions using an on-membrane digestion technique

Många intracellulära proteiner interagerar fysiskt i enlighet med deras intracellulära och extracellulära omständigheter. Faktum cellulära funktioner beror till stor del på intracellulära protein-protein interaktioner. Därför är forskning om dessa interaktioner oumbärlig för att underlätta förståelsen av fysiologisk processer. Samfällning av associerade proteiner, följt av masspektrometri (MS) analys, möjliggör identifiering av nya proteininteraktioner. I denna studie har vi tillhandahållit Detaljer om den nya tekniken för immunoprecipitation-vätskekromatografi (LC)-MS/MS-analys kombinerat med på-membran nedbrytning för analys av protein-proteininteraktioner. Denna teknik är lämplig för rå immunoprecipitants och kan förbättra genomströmningen av proteomiska analyser. Märkta rekombinanta proteiner fälldes med hjälp av specifika antikroppar; Nästa, immunoprecipitants utblottade på av polyvinylidenklorid vinylidendifluorid membran bitar utsattes för reduktiv alkylering. Efter trypsinization analyserades de smälta proteinhalterna med LC-MS/MS. med hjälp av denna teknik, kunde vi identifiera flera kandidat associerade proteiner. Sålunda, denna metod är bekvämt och användbart för karakterisering av nya protein-protein interaktioner.

Med hjälp av den ovan beskrivna proceduren analyserades immunoprecipitanter med LC-MS/MS (figur 1). Efter uteslutning av exogent härledda proteiner (proteiner från andra arter och IgGs) identifierades 17 proteiner i calpain-6-associerade immunoprecipitanter (tabell 1) och 15 proteiner identifierades i GFP-associerade immunoprecipitanter ( Tabell 2). Av de calpain-6 och GFP-associerade proteiner, 11 identifierades i båda i...

Watch this Scientific Journal Video about Evaluation of Proteinâ€“Protein Interactions using an On-Membrane Digestion Technique at JoVE.com

Evaluation of Protein&#8211;Protein Interactions using an On-Membrane Digestion Technique

Här presenterar vi ett protokoll för en membran matsmältning teknik för beredning av prover för masspektrometri. Denna teknik underlättar den praktiska analysen av protein-proteininteraktioner.

Utvärdering av protein-proteininteraktioner med hjälp av en on-membran rötnings teknik

Numerous intracellular proteins physically interact in accordance with their intracellular and extracellular circumstances. Indeed, cellular functions ...

Att forska i protein-protein interaktion är oumbärlig för att förstå fysiologiska processer inom flera områden. I den här videon introducerar vi på membran matsmältningsteknik som gör det möjligt för forskarna att utföra en omfattande analys av bindande proteiner av MS på ett bekvämt sätt. Den största fördelen med denna teknik är att vi kan förbättra genomströmningen av proteomic analys för rå immunoprecipitants eftersom separation av proteiner genom polyacrylamide gel elektrofores är inte nödvändigt.Börja trolla antikroppen mot de magnetiska pärlorna, genom att blanda anti-GFP-antikroppen med pärlorna i 500 mikroliter av citratfosfatbuffert. Rotera blandningen vid 50 RPM i en timme i rumstemperatur. Och sedan tvätta de konjugerade pärlorna tre gånger med citratfosfatbuffert som innehåller 1%polysorbat 20.Lyse transfected celler enligt manuskriptet riktningar. Skrapa skålen och för över lysate i provröret på 1,5 milliliter. Rensa sedan lysate genom centrifugering på 15, 000 x g i fem minuter och samla supernatanten.Förbered omärkta magnetiska pärlor genom att tvätta dem tre gånger med 500 mikroliter av citratfosfatbuffert. Efter den slutliga tvätten, ta bort bufferten och lägga till cell lysate till pärlorna. Rotera blandningen vid 50 RPM i 30 minuter vid rumstemperatur.Utför magnetisk separation på magnetstativ och samla cellen lysate. För att binda målproteinerna till immunglobulinkonjugerade pärlor, placera pärlorna på magnetstativ i fem minuter. Kassera citratbufferten och lägg cellen lysate till pärlorna.Rotera blandningen i en timme vid 50 RPM. För att separera målproteiner från de fria icke-målproteinerna, tvätta pärlorna tre gånger med 500 mikroliter av citratfosfatbuffert som innehåller 1%polysorbat 20. Efter den slutliga tvätten, tillsätt 30 mikroliter av citratbuffert, och låt pärlorna sitta i fem minuter vid rumstemperatur för att elera målproteinerna.För att förbereda membranet, skär PVDF membran i 3 millimeter med 3 millimeter bitar med hjälp av kirurgiska sax som rengjords omedelbart före användning. Placera bitar av membran på aluminiumfolie och tillsätt två till fem mikroliter etanol till varje bit. Innan membranen är helt torra, tillsätt två till fem mikroliter av proteinet eluent till varje bit och lufttorka dem tills membranytan blir matt.Överför sedan membran i 1,5 milliliter rör och förvara dem i fyra grader Celsius. Om du använder omedelbart, tillsätt två till 30 mikroliter etanol som kommer att göra dem hydrofila. Ta bort etanolen med en pipett, men innan membranen torka, tillsätt helt 200 mikroliter av DTT-baserad reaktionslösning till varje rör, och inkubera dem i 56 grader Celsius i en timme.Efter inkubation, byt ut reaktionslösningen med 300 mikroliter av iodoacetamidlösning, och inkubera i mörker i 45 minuter. Tvätta sedan membranen två gånger med destillerat vatten och en gång med 2%acetonitrile genom att vortexa i minst tio sekunder. Att arbeta med diaphanous-relaterade acetonitril kan vara extremt farligt.En mask, glasögon och handskar ska alltid bäras när du utför på-membran matsmältningen förfarande. Förbered trypsin enligt manuskriptet riktningar, och lägga till 100 mikroliter av trypsin reaktionslösning till varje membran. Inkubera över natten vid 37 grader Celsius för matsmältning.Nästa dag överför du reaktionslösningen till ett rent 1,5 milliliterrör, och lägger till 100 mikroliter tvättlösningar till membranet. Inkubera membranet vid 60 grader Celsius i två timmar, samla sedan tvättlösningen och blanda den med reaktionslösningen. Lägg till ytterligare 100 mikroliter av tvättlösning till membranet och sonikera den i 10 minuter.Samla sedan tvättlösningen och blanda den med reaktionslösningen. Täck över provröret med en bit laboratoriefilm och gör små hål i filmen med en nål. Torka lösningen med hjälp av en vakuumkoncentrator, och lös upp återstoden i 10 mikroliter av 2%myrsyra.Centrifugera röret vid 12, 000 x g i tre minuter, och överför supernatanten till ett provrör. Analysera provet med hjälp av en masspektrometer kopplad till ett nano LC/HPLC-system. Med hjälp av detta protokoll identifierades 17 proteiner i Calpain-6 associerade immunoprecipitant, 15 i GFP-associerade immunoprecipitant och 11 identifierades i båda.Det är viktigt att notera att detektering av minst en high fidelity peptid fragment krävs för positiv identifiering av en kandidat protein. Proteiner som fälls ut i GFP-uttrycker lysate samt histoner, exogena och ribosomala proteiner utelämnades från listan. Tvätta membranen innan tryptic matsmältning med destillerat vatten och 2%acetonitrile är det viktigaste steget i förfarandet för on-membran matsmältning över proteiner.Efter denna metod är det möjligt att bekräfta co-utfällning av målprotein genom att utföra andra experiment, såsom immunoprecipitation och Western blot analys. Denna enkla metod gör det möjligt för forskarna att utforska de nya proteinproteininteraktionerna med bekväm och högkänslig analys.

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Cell Biology

Biochemistry

Unit 1

Protein Function

SCIENTISTS IN ACTION

An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity

En effektiv metod för syntes av Peptoider med blandad lysin-typ / Arginin-monomerer och utvärdering av deras anti-leishmanial aktivitet

This protocol describes the manual solid-phase synthesis of linear peptoids that contain two differently functionalized cationic monomers. In this ...

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Använda Scaffold Liposomer att återskapa Lipid-proximala protein-proteininteraktioner<em&gt; In Vitro</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Mapping the Binding Site of an Aptamer on ATP Using MicroScale Thermophoresis

Kartläggning av bindningsstället för en aptamer på ATP Använda Micro Thermophoresis

Characterization of molecular interactions in terms of basic binding parameters such as binding affinity, stoichiometry, and thermodynamics is an ...

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Tidsupplöst elektrosprayjonisering Väte-deuterium Exchange-masspektrometri för att studera Protein Structure and Dynamics

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Force Spectroscopy of Single Protein Molecules Using an Atomic Force Microscope

Kraft spektroskopi av enda proteinmolekyler genom en Atomic Force Mikroskop

The determination of the folding process of proteins from their amino acid sequence to their native 3D structure is an important problem in biology. ...

Using Three-color Single-molecule FRET to Study the Correlation of Protein Interactions

Använda tre färger singel-molekyl bandet att studera korrelationen av proteininteraktioner

Single-molecule F&#246;rster resonance energy transfer (smFRET) has become a widely used biophysical technique to study the dynamics of biomolecules. For ...

Detection of Detergent-sensitive Interactions Between Membrane Proteins

Påvisande av tvättmedel-känsliga samspelet mellan membranproteiner

Our ability to explore protein-protein interactions is the key to understanding regulatory connections in the cell. However, detection of protein-protein ...

Detection of Heterodimerization of Protein Isoforms Using an in Situ Proximity Ligation Assay

Detection of Heterodimerization of Protein Isoforms Using an in Situ Proximity Ligation Assay

Påvisande av Heterodimerization av Protein isoformer använder en in Situ närhet Ligation Assay

Regulated protein-protein interactions are a guiding principle for many signaling events, and the detection of such events is an important element in ...

Proteomic Profile of EPS-Urine through FASP Digestion and Data-Independent Analysis

Proteomisk profil av EPS-urin genom FASP-matsmältning och dataoberoende analys

Filter-aided sample protocol (FASP) is widely used for proteomics sample preparation because it allows to concentrate diluted samples and it is compatible ...

Studies of Chaperone-Cochaperone Interactions using Homogenous Bead-Based Assay

Studier av förkläde-cokaperoninteraktioner med homogen pärlbaserad analys

Targeting the heat shock protein 90 (Hsp90)-cochaperone interactions provides the possibility to specifically regulate Hsp90-dependent intracellular ...