Name: silencing the spark: crispr/cas9 genome editing in weakly electric fish
Uploaded: 2019-10-27T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Silencing the Spark: CRISPR/Cas9 Genome Editing in Weakly Electric Fish at JoVE.com

De auteurs erkennen de heroïsche inspanningen van Monica Lucas, Katherine Shaw, Ryan Taylor, Jared Thompson, Nicole Robichaud, en Hope Healey voor hulp bij het verzamelen van vis, gegevensverzameling en vroege Protocol ontwikkeling. We willen ook de drie reviewers bedanken voor hun suggesties voor het manuscript. Wij geloven dat het eindproduct van betere kwaliteit is na het aanpakken van hun opmerkingen. Dit werk werd gefinancierd door de steun van de National Science Foundation #1644965 en #1455405 aan JRG, en de natuurwetenschappen en Engineering Research Council DG subsidie aan VLS.

Alle hier beschreven methoden zijn goedgekeurd door het institutioneel Dierenzorg-en gebruiks Comité (IACUC) van de Michigan State University.
1. sgRNA-doelen selecteren
Opmerking: Een protocol is beschikbaar voorhand matig ontwerp van sgRNAs in stap 1,1. Dit werd gebruikt voor scn4aa doelselectie. Er is een aanvullend protocol ter vergemakkelijking van dit proces (stap 1,2) met behulp van de EFISHGENOMICS webportaal. Het is aangeraden dat g...

De fenotypische rijkdom van zwak elektrische vissen, samen met een recente proliferatie van genomics bronnen, motiveert een sterke behoefte aan functionele genomische gereedschappen in het zwak elektrische vismodel. Dit systeem is bijzonder aantrekkelijk vanwege de convergente evolutie van talrijke fenotypische eigenschappen in parallelle lijn afstanden van vissen, die gemakkelijk in het laboratorium worden bewaard.
Het hier beschreven protocol demonstreert de werkzaamheid van de CRISPR/Cas9 t...

Electroreceptie en elektro genese zijn veranderd in de evolutionaire geschiedenis van gewervelde dieren. Twee lijnen van schip vis, Osteoglossiformes en Siluriformes, evolueerde electroreception parallel, en vijf lijnen van teleosts (Gymnotiformes, mormyrids, en de geslachten astroscopus, Malapterurus en Synodontis) evolueerde elektro genese parallel. Er is een opvallende mate van convergentie in deze onafhankelijk afgeleide fenotypes, die een gemeenschappelijke genetische architectuur delen1,2,3.
Dit wordt misschien het best geïllustreerd door de talrijke convergente kenmerken van gymnotiforms en mormyrids, twee soortenrijke schip-clades, die zwakke elektrische velden produceren en detecteren en zwak elektrische vissen worden genoemd. In de 50 jaar sinds de ontdekking dat zwak elektrische vissen elektriciteit gebruiken om hun omgeving te voelen en4te communiceren, heeft een groeiende Gemeenschap van wetenschappers enorme inzichten opgedaan in de evolutie van ontwikkeling1,5 ,6, systemen en circuits neurowetenschappen7,8,9,10, cellulaire fysiologie11,12, ecologie en energetica13 ,14,15,16,17, gedrag18,19en macro-evolutie3,20,21 .
Meer recentelijk is er een proliferatie van genomische, transcriptomische en proteomische middelen voor elektrische vissen1,22,23,24,25,26, 27,28. Het gebruik van deze middelen heeft al belangrijke inzichten opgeleverd met betrekking tot het verband tussen genotype en fenotype bij deze soorten1,2,3,28,29 ,30. Een belangrijk obstakel voor de integratie van genomics-gegevens met fenotypische gegevens van zwak-elektrische vissen is een aanwezig gebrek aan functionele genomics-tools31.
Een dergelijk hulpmiddel is de recent ontwikkelde geclusterd regelmatig Intergespreide korte palindroom herhalingen gecombineerd met Cas9 endonuclease (CRISPR/Cas9, CRISPR) techniek. Crispr/Cas9 is een genoom editing tool die wijdverbreid gebruik is ingevoerd in zowel model32,33,34 en niet-model organismen35,36,37 alike. CRISPR/Cas9 technologie heeft zich ontwikkeld tot een punt waar een laboratorium dat in staat is tot moleculaire biologie gemakkelijk genspecifieke sondes kan genereren, genaamd Short Guide RNAs (sgRNAs), tegen lage kosten met behulp van een niet-kloon methode38. Crispr heeft voordelen ten opzichte van andere knock-out/knockdown-strategieën, zoals morpholinos39,40, transcriptie Activator-achtige Effector nucleasen (Talens) en zink vinger nucleasen (zfns), die kostbaar zijn en tijdrovend om te genereren voor elk doel gen.
Het CRISPR/Cas9 systeem functioneert om genen knock-outs te maken door een specifieke regio van het genoom te targeten, geregisseerd door de sgRNA-reeks, en waardoor een dubbel-stranded pauze ontstaat. De dubbel-stranded breuk wordt gedetecteerd door de cel en activeert endogene DNA reparatie mechanismen bij voorkeur met behulp van de niet-Homologous end aansluiten (NHEJ) traject. Dit traject is zeer foutgevoelig: tijdens het herstelproces zal het DNA-molecuul vaak inserties of verwijderingen (indels) op de dubbel-streng break site opnemen. Deze indels kunnen resulteren in een verlies van functie door ofwel (1) verschuivingen in het open Lees frame, (2) inbrengen van een voortijdige stop codon, of (3) verschuivingen in de kritische primaire structuur van het genproduct. In dit Protocol maken we gebruik van CRISPR/Cas9 Editing om puntmutaties in doel genen te targeten met behulp van de NHEJ in zwak-elektrische vissoorten. Hoewel deze methode van mutagenese eenvoudiger en efficiënter is dan andere technieken, wordt naar verwachting een bereik van fenotypische ernstcategorieën in F0veroorzaakt, dat wordt toegeschreven aan genetisch mosaicisme41,42,43 ,44.
Selectie van organismen Met het oog op de vergemakkelijking van toekomstige studies naar de vergelijkende genomica van zwak-elektrische vissen, moest een representatieve soort voor zowel gymnotie-en mormyrids voor protocol ontwikkeling worden geselecteerd. Na besprekingen tijdens de 2016 elektrische vissen bijeenkomst in Montevideo, Uruguay, was er consensus in de Gemeenschap om soorten te gebruiken die al in het laboratorium konden worden gefokt en die genomische middelen beschikbaar hadden. De gymnotiform Brachyhypopomus gauderio en de mormyrid Brienomyrus Brachyistius werden geselecteerd als soorten die aan deze criteria voldoen. Bij beide soorten zijn natuurlijke aanwijzingen voor het opwekken en handhaven van fokomstandigheden gemakkelijk in gevangenschap te nabootsen. B. gauderio, een gymnotie soort uit Zuid-Amerika, heeft het voordeel van lage veehouderij eisen: vis kan worden gehouden op relatief hoge dichtheid in relatief kleine (4 L) tanks. B. gauderio heeft ook een snelle generatie omzet onder interne omstandigheden. Onder laboratoriumomstandigheden kan B. gauderio in ongeveer 4 maanden van ei tot volwassen ontwikkelen.
B. Brachyistius, een soort van mormyrid vis uit West-Centraal Afrika, rassen gemakkelijk in gevangenschap. B. Brachyistius is direct beschikbaar via de aquarium handel, is op grote schaal gebruikt in vele studies, en heeft nu een aantal genomische middelen beschikbaar. Hun levenscyclus overspant 1 − 3 jaar, afhankelijk van de laboratoriumcondities. De behoeften van de veehouderij zijn iets intensiever voor deze soort, waarbij een matig grote tank (50 − 100 L) nodig is vanwege hun agressie tijdens de fokkerij.
Laboratoria die andere soorten elektrische vissen bestuderen, moeten dit protocol gemakkelijk kunnen aanpassen zolang de soorten kunnen worden gefokt, en eencellige embryo's kunnen worden verzameld en gekweekt in de volwassenheid. De tarieven voor huisvesting, larvale veehouderij en in-vitro fertilisatie (IVF) zullen waarschijnlijk veranderen met andere soorten; Dit protocol kan echter worden gebruikt als uitgangspunt voor fokpogingen in andere zwak-elektrische vissen.
Een ideale genen target voor proof of concept: scn4aa Zwak elektrische mormyrid en gymnotiform vis genereren elektrische velden (elektro genese) door het ontladen van een gespecialiseerd orgel, genaamd de elektrische orgel. Elektrische orgel lozingen (Eod's) resulteren uit de gelijktijdige productie van actie potentialen in de elektrische orgel cellen genaamd elektro cyten. Eod's worden gedetecteerd door een reeks electroreceptors in de huid om hoge-resolutie elektrische beelden van de omgeving van de vis te creëren45. Zwak elektrische vissen zijn ook in staat om kenmerken van hun condetails te detecteren ' EOD golfvormen18 en hun afvoer snelheden46, waardoor eod's aanvullend kunnen functioneren als een sociaal communicatiesignaal analoog aan Bird Song of kikker vocaliisaties47.
Een belangrijk onderdeel van de actie potentiële generatie in de elektro cyten van zowel mormyrid als gymnotiform zwak elektrische vissen is de spanning-gated natrium kanaal NaV 1.42. Niet-elektrische teleosts uitdrukken twee paralogous gen-kopieën, scn4aa en scn4ab, codering voor de voltage-gated natrium kanaal NAV 1.430. In zowel gymnotiform en mormyrid zwak elektrische vissen kilometerstanden, scn4aa geëvolueerd snel en ondergaan talrijke aminozuursubstituties die invloed hebben op de kinetische eigenschappen48. Het allerbelangrijkste is dat scn4aa in beide lijn lijnen is compartimenaliseerd tot het elektrische orgel2,3. De relatief beperkte uitdrukking van scn4aa aan het elektrische orgel, evenals zijn sleutelrol in de generatie van eod's, maakt het een ideaal doelwit voor crispr/Cas9 knock-out experimenten, omdat het minimale schadelijke pleiotrope effecten heeft. Omdat zwak elektrische vissen beginnen met het ontladen van hun larvale elektrische orgels 6 − 8 dagen na bevruchting (DPF), is targeting van scn4aa uitermate geschikt voor snelle fenotypen na embryo-micro injectie.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>20 mg/mL RNA grade Glycogen</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>R0551</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 bp DNA ladder</td>
			<td>NEB</td>
			<td>N3236L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>borosilicate glass capillary with filament</td>
			<td>Sutter Instrument</td>
			<td>BF100-58-10</td>
			<td>(O.D. 1.0mm, I.D. 0.58 mm, 10 cm length)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cas9 protein with NLS; 1 mg/mL</td>
			<td>PNA Biology</td>
			<td>CP01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dneasy Blood &#38; Tissue Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>69506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf FemptoJet 4i Microinjector</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>E5252000021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Microloader Pipette Tips</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10289651</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hamilton syringe</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-824-654</td>
			<td>referred to as &#34;precision glass syringe&#34; in the protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimwipe</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>06-666</td>
			<td>referred to as &#34;delicate task wipe&#34; in the protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MEGAscript T7 Transcription Kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>AM1334</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBuffer 3</td>
			<td>NEB</td>
			<td>B7003S</td>
			<td>used for in vitro cleavage assay</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OneTaq DNA kit</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M0480L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ovaprim</td>
			<td>Syndel USA</td>
			<td>https://www.syndel.com/ovaprim-ovammmlu010.html</td>
			<td>referred to as &#34;spawning agent&#34; in the protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S37440</td>
			<td>referred to as &#34;thermoplastic&#34; in the protocol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipette puller</td>
			<td>WPI</td>
			<td>SU-P97</td>
			<td>sutter brand</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAquick PCR Purification Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>28106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reusable needle- requires customization</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>7803-02</td>
			<td>Customize to 0.7 inches long; point style 4 and angle 25</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 DNA polymerase</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M0203L</td>
			<td>Use with the 10X NEB buffer that is included</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Teflon coated tools</td>
			<td>bonefolder.com</td>
			<td>T-SPATULA4PIECE</td>
			<td>referred to as &#34;polytetrafluoroethene&#34; in the protocol</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

silencing the spark: crispr/cas9 genome editing in weakly electric fish

Electroreceptie en elektro genese zijn veranderd in de evolutionaire geschiedenis van gewervelde dieren. Er is een opvallende mate van convergentie in deze onafhankelijk afgeleide fenotypes, die een gemeenschappelijke genetische architectuur delen. Dit wordt misschien het best geïllustreerd door de talrijke convergente kenmerken van gymnotiforms en mormyrids, twee soortenrijke schip-clades die zwakke elektrische velden produceren en detecteren en zwak elektrische vissen worden genoemd. In de 50 jaar sinds de ontdekking dat zwak elektrische vissen elektriciteit gebruiken om hun omgeving te voelen en te communiceren, heeft een groeiende Gemeenschap van wetenschappers enorme inzichten opgedaan in de evolutie van ontwikkeling, systemen en circuits neurowetenschappen, cellulaire fysiologie, ecologie, evolutionaire biologie, en gedrag. Meer recentelijk is er een wildgroei van genomische middelen voor elektrische vissen. Het gebruik van deze middelen heeft al belangrijke inzichten vergemakkelijkt met betrekking tot het verband tussen genotype en fenotype bij deze soorten. Een belangrijk obstakel voor de integratie van genomics-gegevens met fenotypische gegevens van zwak-elektrische vissen is een aanwezig gebrek aan functionele genomics-instrumenten. We rapporteren hier een volledig protocol voor het uitvoeren van CRISPR/Cas9-mutagenese die gebruik maakt van endogene DNA-herstelmechanismen in zwak elektrische vissen. We tonen aan dat dit protocol even effectief is in zowel de mormyrid-soort Brienomyrus Brachyistius als de gymnotiform Brachyhypopomus GAUDERIO door crispr/Cas9 te gebruiken om indels en puntmutaties te richten in de eerste Exon van de natrium kanaal gen scn4aa. Met dit protocol werden embryo's van beide soorten verkregen en gegenotypeerd om te bevestigen dat de voorspelde mutaties in de eerste Exon van het natrium kanaal scn4aa aanwezig waren. Het knock-out succes fenotype werd bevestigd met opnames met verminderde elektrische orgel ontlading amplituden in vergelijking met ongeinjecteerde grootte-gematchte controles.

De doellocaties van sgRNA werden geïdentificeerd binnen Exon 1 van scn4aa in zowel b. gauderio als b. Brachyistius , zoals beschreven in punt 1. De Sgrna's werden gegenereerd zoals beschreven in paragraaf 2. Na succesvolle sgRNA selectie en synthese (Figuur 1) werd in vitro decolleté getest (Figuur 2). De sgRNAs die in vitro snijden demonstreerden werd vervolgens geselecteerd voor micro injecties met één cel.
<p class="jove_con...

Watch this Scientific Journal Video about Silencing the Spark: CRISPR/Cas9 Genome Editing in Weakly Electric Fish at JoVE.com

Silencing the Spark: CRISPR/Cas9 Genome Editing in Weakly Electric Fish

Hier wordt een protocol gepresenteerd voor de productie en de achterste CRISPR/Cas9 genoom Knockout elektrische vissen. Gedetailleerd beschreven zijn de vereiste moleculaire biologie-, fok-en veeteelt vereisten voor zowel een gymnotitievorm als een mormyrid, en injectietechnieken om Cas9-geïnduceerde Indel F0 -larven te produceren.

Uitschakeling van de vonk: CRISPR/Cas9 genoom bewerken in zwak elektrische vis

Electroreception and electrogenesis have changed in the evolutionary history of vertebrates. There is a striking degree of convergence in these ...

CRISPR/Cas9 genbewerking bij zwak elektrische vissen, met name in een vergelijkende context, zal onderzoekers in staat stellen hypothesen te testen over hoe specifieke genen en genetische variantie bijdragen aan fenotypische variatie. CRISPR/Cas9 is een efficiënte methode voor het genereren van gemuteerde F-zero embryo's. Dit protocol stelt onderzoekers in staat om CRISPR-Cas9 manipulaties uit te voeren in twee convergent ontwikkelde soorten van zwak elektrische vissen.De sleutel tot het gebruik van deze aanpak met een aantal wijzigingen in andere elektrische vissen of andere vissoorten is de beschikbaarheid van transcriptomische of genomische middelen om sgRNAs te maken. Het uitvoeren van de microinjecties en het visualiseren van de cellen op een 3D-locatie binnen een 2D-vlak kan moeilijk zijn. Verkrijg een kleine zebraviskolonie voor eieren om algemene microinjectietechnieken te oefenen.Het aantonen van de procedure met Savvas Constantinou zal Jared Thompson, een technicus van mijn laboratorium. Na het huisvesten van de vissoorten van belang onder de juiste broedomstandigheden, identificeren vrouwelijke vissen die lijken aangetrokken. In B.gauderio, zal het vrouwtje gezwollen geslachtslieren net caudal aan de opening.In B.brachyistius zullen vrouwtjes gezwollen buiken hebben en diep lijken. Na anesthesie toediening, voeg paaimiddel aan vier keer het volume van DPBS in een PCR buis met grondige mengen. De oplossing zal troebel worden.Gebruik een pipet om de berekende dosis te meten en het verdunde middel af te geven aan een stuk thermoplastisch voordat u de oplossing in een precisieglasspuit trekt die is uitgerust met een 28-meterige naald met een lengte van 19 tot 25 milliliter. Injecteer de oplossing in de rugboomstamspier met een soepel tempo en laat de naald twee tot vier seconden zitten voordat ze worden verwijderd. Plaats vervolgens onmiddellijk vis in zoet systeemwater voor herstel.Voor B.gauderio sperma collectie, na 24 uur, selecteer een grote mannelijke vis en zo snel mogelijk na sedatie, droog de vis grondig, vooral rond het hoofd en Vent. Plaats de gedroogde vis ventrale kant omhoog, voorste naar links in de juiste houder, bedekt met een MS222 geweekte vochtige papieren handdoek met het hoofd zo parallel aan de tafel mogelijk. Onmiddellijk druk uitoefenen in de staart naar rostral richting met licht knijpen onmiddellijk over de geslachtsklieren in de richting van de vent en met behulp van een micropipetter met een tip, zorgvuldig verzamelen van het sperma als het wordt geperst uit de mannelijke in 50-microliter stappen.Voeg aliquot van sperma direct op 500-microliter volumes van sperma extender oplossing op ijs. Direct na de inzameling, plaats vis in slijm jas bescherming product behandeld zoet systeem water. Voor B.gauderio ei collectie, na het drogen van een verdoofde B.gauderio vrouwelijke vis, onmiddellijk plaats de vis op zijn kant met het hoofd geconfronteerd met de niet-weelderige hand en druk uitoefenen in de caudal naar rostral richting met licht knijpen mediaal over de geslachtsklieren in de richting van de ventilatieopening.Met behulp van een polytetrafluorethyleen gereedschap, zorgvuldig verzamelen van de eieren als ze worden geperst uit de cloaca en snel plaats de eieren in een kleine overdekte petrischaal. Als u alleen werkt na het knijpen, raak de eimassa aan de basis van het kleine petrischaaltje aan aangezien zij van het wijfje worden verdreven. Onmiddellijk na het verzamelen van de eieren, plaats de vis in slijm vacht bescherming product behandeld zoet systeem water.Voor B.gauderio in vitro fertilisatie, voeg 100 microliter van de goed gemengde sperma SES oplossing direct over de eimassa, gevolgd door een milliliter vers systeemwater. Meng de gametes vering grondig gedurende 30 tot 60 seconden alvorens een extra een tot twee milliliter van 0,22-micrometer porie gefilterd systeemwater aan de cellen. Label de schotel met de in vitro bevruchtingstijd en plaats de schotel in een 29-graden Celsius incubator, het instellen van een 50-minuten timer om de voortgang van de ontwikkeling te controleren.Gebruik tijdens de bevruchtingsperiode een pipettip voor microladers om twee microliters van de injectieoplossing van belang in een micro-injectienaald te laden en de vloeistof zo dicht mogelijk bij de punt te verdrijven. Wanneer een enkele cel zich heeft gevormd aan de dierenpaal van ten minste één cel, breng de schotel onder een ontledenmicroscoop en gebruik een paar fijne tangen om de naaldpunt in een afgeschuinde hoek te breken naar waar de versmaling van de naald stijfheid begint aan te tonen. De boring van de naald moet zo klein mogelijk blijven met behoud van een stijve taper.Identificeer de ontwikkelende zygotes onder de microscoop en gebruik een plastic transfer pipet met een gesneden tip om 10 tot 20 eieren in zo weinig mogelijk water op de rand van de glazen microscoop dia in de omgekeerde bovenkant van de petrischaal. Druk met behulp van een delicate taak veeg, druk voorzichtig op de dia om het overtollige water te verwijderen zodat de eieren stevig hechten aan de rand van de dia. Water zal slecht zijn onder de glijbaan en trek eieren tegen de rand.Er moet net genoeg water om de eieren vochtig te houden met behoud van weinig stilstaand vocht om eibeweging te voorkomen tijdens de injectie. Lijn de eieren verticaal uit tegen de dia, loodrecht op de naderende naald, en gebruik een micromanipulator om de naald tegen het chorion te plaatsen. Vervolgens, houd de naald in een ongeveer 45-graden hoek, steek de tip eerst in de chorion en vervolgens, in de enkele cel, injecteren door de dooier indien mogelijk.Verwijder alle gebroken eieren tijdens de injectie met fijne tangen. Wanneer alle eieren is geïnjecteerd, gebruik dan een spuitfles van 0,22 micrometer porie gefilterd systeemwater om de eieren voorzichtig spoelen van de injectie fase in een nieuwe 100-millimeter diameter petrischaal. Na een succesvolle korte gids RNAs selectie en synthese, in vitro decolleté kan worden getest voor selectie voor eencellige micro-injecties.Na het opruimen en klonen van PCR werden in dit representatieve experiment CRISPR-Cas9 geïnduceerde mutaties geïdentificeerd in individuele B.gauderio- en B.brachyistius klonen met sterke vermindering van de amplitudereductie van de elektrische orgaanaflazing, terwijl niet-geïnjecteerde controles alleen verwezen genotypes vertoonden. Visualisatie van de elektrische orgaanontladingsamplitude tussen bevestigde CRISPR-mutanten en agentgrootte die overeenkomen met niet-geïnjecteerde controles, toonde aan dat zowel SCN-4 AA mutant B.brachyistius als B.gauderio embryo's aanzienlijk lagere elektrische orgaanaflazingsamplitudes hadden dan controles. Bij het uitvoeren van de micro-injecties, bewegen zo snel en opzettelijk mogelijk om het aantal eencellige geïnjecteerde embryo's die overleven te maximaliseren.Verspil geen tijd met moeilijke eieren. Zodra succesvolle mutanten zijn geïdentificeerd, kunnen traditionele fokmethoden stabiele mutantlijnen creëren, die crspr-gerelateerde mosaicisme-problemen elimineren. Dit protocol zal onderzoekers in staat stellen om vergelijkende genomische studies uit te voeren met functionele validatie in twee convergent ontwikkelde soorten van zwak elektrische vissen.

Research

JoVE Journal

Biology

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases (ZFNs)

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases ZFNs

Genoom bewerken met CompoZr Custom Zinc Finger Nucleasen (ZFNs)

Genome editing is a powerful technique that can be used to elucidate gene function and the genetic basis of disease. Traditional gene editing methods such ...

Digital Inline Holographic Microscopy (DIHM) of Weakly-scattering Subjects

Digital Inline Holographic Microscopy DIHM of Weakly-scattering Subjects

Digitale Inline Holographic Microscopy (Dihm) van zwak-verstrooiing onderwerpen

Weakly-scattering objects, such as small colloidal particles and most biological cells, are frequently encountered in microscopy. Indeed, a range of ...

Generation of Genomic Deletions in Mammalian Cell Lines via CRISPR/Cas9

Generatie van Genomic Deleties in zoogdiercellijnen via CRISPR / Cas9

The prokaryotic clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) 9 system may be re-purposed for site-specific ...

Genome Editing in Astyanax mexicanus Using Transcription Activator-like Effector Nucleases (TALENs)

Genome Editing in Astyanax mexicanus Using Transcription Activator-like Effector Nucleases TALENs

Genome bewerken in<em&gt; Astyanax mexicanus</em&gt; Met behulp van transcriptie Activator-achtige Effector Nucleases (Talens)

Identifying alleles of genes underlying evolutionary change is essential to understanding how and why evolution occurs.  Towards this end, much recent ...

Preparing and Injecting Embryos of Culex Mosquitoes to Generate Null Mutations using CRISPR/Cas9

Preparing and Injecting Embryos of Culex Mosquitoes to Generate Null Mutations using CRISPR/Cas9

Embryo's van Culex-muggen voorbereiden en injecteren om null-mutaties te genereren met CRISPR/Cas9

Culex mosquitoes are the major vectors of several diseases that negatively impact human and animal health including West Nile virus and diseases caused by ...

Genome Engineering of Primary Human B Cells Using CRISPR/Cas9

Genoomtechniek van primaire menselijke B-cellen met CRISPR/Cas9

B cells are lymphocytes derived from hematopoietic stem cells and are a key component of the humoral arm of the adaptive immune system. They make ...

Pupal and Adult Injections for RNAi and CRISPR Gene Editing in Nasonia vitripennis

Pupal and Adult Injections for RNAi and CRISPR Gene Editing in Nasonia vitripennis

Pupal en volwassen injecties voor RNAi en CRISPR Gen editing in Nasonia vitripennis

The jewel wasp, Nasonia vitripennis, has become an efficient model system to study epigenetics of haplo-diploid sex determination, B-chromosome biology, ...

TGF-&#946;-mediated Endothelial to Mesenchymal Transition (EndMT) and the Functional Assessment of EndMT Effectors using CRISPR/Cas9 Gene Editing

TGF-ÃƒÅ½Ã‚Â²-mediated Endothelial to Mesenchymal Transition EndMT and the Functional Assessment of EndMT Effectors using CRISPR/Cas9 Gene Editing

TGF-β-gemedieerde Endotheel naar Mesenchymal Transition (EndMT) en de functionele beoordeling van EndMT-effectoren met crispr/cas9 genbewerking

In response to specific external cues and the activation of certain transcription factors, endothelial cells can differentiate into a mesenchymal-like ...

Identification of Alternative Splicing and Polyadenylation in RNA-seq Data

Identificatie van alternatieve splicing en polyadenylation in RNA-seq-gegevens

As well as the typical analysis of RNA-Seq to measure differential gene expression (DGE) across experimental/biological conditions, RNA-seq data can also ...

Construction of Homozygous Mutants of Migratory Locust Using CRISPR/Cas9 Technology

The migratory locust, Locusta migratoria, is not only one of the worldwide plague locusts that caused huge economic losses to human beings but also an ...