Name: monitoring extracellular ph in cross-kingdom biofilms using confocal microscopy
Uploaded: 2020-01-30T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Monitoring Extracellular pH in Cross-Kingdom Biofilms using Confocal Microscopy at JoVE.com

Anette Aakjær Thomsen en Javier E. Garcia worden erkend voor uitstekende technische ondersteuning. De auteurs bedanken Rubens Spin-Neto voor vruchtbare discussies over beeldanalyse.

Het protocol voor speekselafname werd herzien en goedgekeurd door de Ethische Commissie van Aarhus County (M-20100032).
1. Teelt van biofilms over het koninkrijk sekoninkrijk
<ol><li>Kweek S. mutans DSM 20523 en C. albicans NCPF 3179 op bloedagarplaten bij 37 °C onder aërobe omstandigheden.</li>
	<li>Breng enkele kolonies van elk organisme over naar reageerbuizen gevuld met 5 mL hersenhartinfusie (BHI). Groei 18 uur onder aërobe omstandigheden bij 37 °C.</li>
	<li>Centr...

<ol>
	<li>Siqueira, J. F., Sen, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungi+in+endodontic+infections.">Fungi in endodontic infections.</a> Oral Surgery, Oral Medicine, Oral Pathology, Oral Radiology, and Endodontics. 97 (5), 632-641 (2004).</li><li>Matic Petrovic, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subgingival+areas+as+potential+reservoirs+of+different+Candida+spp+in+type+2+diabetes+patients+and+healthy+subjects.">Subgingival areas as potential reservoirs of different Candida spp in type 2 diabetes patients and healthy subjects.</a> PloS One. 14 (1), 0210527 (2019).</li><li>De-La-Torre, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+Candida+colonization+in+patients+with+chronic+periodontitis.+Is+there+any+relationship.">Oral Candida colonization in patients with chronic periodontitis. Is there any relationship.</a> Revista Iberoamericana De Micologia. 35 (3), 134-139 (2018).</li><li>Xu, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Streptococcal+co-infection+augments+Candida+pathogenicity+by+amplifying+the+mucosal+inflammatory+response.">Streptococcal co-infection augments Candida pathogenicity by amplifying the mucosal inflammatory response.</a> Cellular Microbiology. 16 (2), 214-231 (2014).</li><li>Xu, H., Sobue, T., Bertolini, M., Thompson, A., Dongari-Bagtzoglou, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Streptococcus+oralis+and+Candida+albicans+Synergistically+Activate+&#956;-Calpain+to+Degrade+E-cadherin+From+Oral+Epithelial+Junctions.">Streptococcus oralis and Candida albicans Synergistically Activate &#956;-Calpain to Degrade E-cadherin From Oral Epithelial Junctions.</a> The Journal of Infectious Diseases. 214 (6), 925-934 (2016).</li><li>Dongari-Bagtzoglou, A., Kashleva, H., Dwivedi, P., Diaz, P., Vasilakos, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+mucosal+Candida+albicans+biofilms.">Characterization of mucosal Candida albicans biofilms.</a> PloS One. 4 (11), 7967 (2009).</li><li>Diaz, P. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synergistic+interaction+between+Candida+albicans+and+commensal+oral+streptococci+in+a+novel+in+vitro+mucosal+model.">Synergistic interaction between Candida albicans and commensal oral streptococci in a novel in vitro mucosal model.</a> Infection and Immunity. 80 (2), 620-632 (2012).</li><li>Xiao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Candida+albicans+and+Early+Childhood+Caries:+A+Systematic+Review+and+Meta-Analysis.">Candida albicans and Early Childhood Caries: A Systematic Review and Meta-Analysis.</a> Caries Research. 52 (1-2), 102-112 (2018).</li><li>Falsetta, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Symbiotic+relationship+between+Streptococcus+mutans+and+Candida+albicans+synergizes+virulence+of+plaque+biofilms+in+vivo.">Symbiotic relationship between Streptococcus mutans and Candida albicans synergizes virulence of plaque biofilms in vivo.</a> Infection and Immunity. 82 (5), 1968-1981 (2014).</li><li>Hwang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Candida+albicans+mannans+mediate+Streptococcus+mutans+exoenzyme+GtfB+binding+to+modulate+cross-kingdom+biofilm+development+in+vivo.">Candida albicans mannans mediate Streptococcus mutans exoenzyme GtfB binding to modulate cross-kingdom biofilm development in vivo.</a> PLoS Pathogens. 13 (6), 1006407 (2017).</li><li>Koo, H., Falsetta, M. L., Klein, M. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+exopolysaccharide+matrix:+a+virulence+determinant+of+cariogenic+biofilm.">The exopolysaccharide matrix: a virulence determinant of cariogenic biofilm.</a> Journal of Dental Research. 92 (12), 1065-1073 (2013).</li><li>Schlafer, S., Dige, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ratiometric+Imaging+of+Extracellular+pH+in+Dental+Biofilms.">Ratiometric Imaging of Extracellular pH in Dental Biofilms.</a> Journal of Visualized Experiments. (109), 53622 (2016).</li><li>Schlafer, S., Kamp, A., Garcia, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+confocal+microscopy-based+method+to+monitor+extracellular+pH+in+fungal+biofilms.">A confocal microscopy-based method to monitor extracellular pH in fungal biofilms.</a> FEMS Yeast Research. 18 (5), (2018).</li><li>Schlafer, S., B&#230;lum, V., Dige, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+pH-ratiometry+for+the+three-dimensional+mapping+of+pH+microenvironments+in+biofilms+under+flow+conditions.">Improved pH-ratiometry for the three-dimensional mapping of pH microenvironments in biofilms under flow conditions.</a> Journal of Microbiological Methods. 152, 194-200 (2018).</li><li>Hidalgo, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+tomographic+fluorescence+imaging+of+pH+microenvironments+in+microbial+biofilms+by+use+of+silica+nanoparticle+sensors.">Functional tomographic fluorescence imaging of pH microenvironments in microbial biofilms by use of silica nanoparticle sensors.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75 (23), 7426-7435 (2009).</li><li>Vroom, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Depth+Penetration+and+Detection+of+pH+Gradients+in+Biofilms+by+Two-Photon+Excitation+Microscopy.">Depth Penetration and Detection of pH Gradients in Biofilms by Two-Photon Excitation Microscopy.</a> Applied and Environmental Microbiology. 65, 3502-3511 (1999).</li><li>Lawrence, J. R., Swerhone, G. D. W., Kuhlicke, U., Neu, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+evidence+for+metabolic+and+chemical+microdomains+in+the+structured+polymer+matrix+of+bacterial+microcolonies.">In situ evidence for metabolic and chemical microdomains in the structured polymer matrix of bacterial microcolonies.</a> FEMS Microbiology Ecology. 92 (11), (2016).</li><li>Franks, A. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+strategy+for+three-dimensional+real-time+imaging+of+microbial+fuel+cell+communities:+monitoring+the+inhibitory+effects+of+proton+accumulation+within+the+anode+biofilm.">Novel strategy for three-dimensional real-time imaging of microbial fuel cell communities: monitoring the inhibitory effects of proton accumulation within the anode biofilm.</a> Energy Environmental Science. 2 (1), 113-119 (2009).</li><li>de Jong, M. H., van der Hoeven, J. S., van OS, J. H., Olijve, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+of+oral+Streptococcus+species+and+Actinomyces+viscosus+in+human+saliva.">Growth of oral Streptococcus species and Actinomyces viscosus in human saliva.</a> Applied and Environmental Microbiology. 47 (5), 901-904 (1984).</li><li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NIH+Image+to+ImageJ:+25+years+of+image+analysis.">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nature Methods. 9 (7), 671-675 (2012).</li><li>Daims, H., L&#252;cker, S., Wagner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Daime,+a+novel+image+analysis+program+for+microbial+ecology+and+biofilm+research.">Daime, a novel image analysis program for microbial ecology and biofilm research.</a> Environmental Microbiology. 8 (2), 200-213 (2006).</li><li>Barbosa, J. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Streptococcus+mutans+Can+Modulate+Biofilm+Formation+and+Attenuate+the+Virulence+of+Candida+albicans.">Streptococcus mutans Can Modulate Biofilm Formation and Attenuate the Virulence of Candida albicans.</a> PloS One. 11 (3), 0150457 (2016).</li><li>Thein, Z. M., Samaranayake, Y. H., Samaranayake, L. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+oral+bacteria+on+growth+and+survival+of+Candida+albicans+biofilms.">Effect of oral bacteria on growth and survival of Candida albicans biofilms.</a> Archives of Oral Biology. 51 (8), 672-680 (2006).</li><li>Krzy&#347;ciak, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+a+Lactobacillus+Salivarius+Probiotic+on+a+Double-Species+Streptococcus+Mutans+and+Candida+Albicans+Caries+Biofilm.">Effect of a Lactobacillus Salivarius Probiotic on a Double-Species Streptococcus Mutans and Candida Albicans Caries Biofilm.</a> Nutrients. 9 (11), 1242 (2017).</li><li>Liu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nicotine+Enhances+Interspecies+Relationship+between+Streptococcus+mutans+and+Candida+albicans.">Nicotine Enhances Interspecies Relationship between Streptococcus mutans and Candida albicans.</a> BioMed Research International. 2017, 7953920 (2017).</li><li>Schlafer, S., Meyer, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Confocal+microscopy+imaging+of+the+biofilm+matrix.">Confocal microscopy imaging of the biofilm matrix.</a> Journal of Microbiological Methods. 138, 50-59 (2017).</li><li>Schlafer, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ratiometric+imaging+of+extracellular+pH+in+bacterial+biofilms+with+C-SNARF-4.">Ratiometric imaging of extracellular pH in bacterial biofilms with C-SNARF-4.</a> Applied and Environmental Microbiology. 81 (4), 1267-1273 (2015).</li><li>Ohle, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+microsensor+measurement+of+local+metabolic+activities+in+ex+vivo+dental+biofilms+exposed+to+sucrose+and+treated+with+chlorhexidine.">Real-time microsensor measurement of local metabolic activities in ex vivo dental biofilms exposed to sucrose and treated with chlorhexidine.</a> Applied and Environmental Microbiology. 76 (7), 2326-2334 (2010).</li><li>Schlafer, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=pH+landscapes+in+a+novel+five-species+model+of+early+dental+biofilm.">pH landscapes in a novel five-species model of early dental biofilm.</a> PloS One. 6 (9), 25299 (2011).</li><li>Divaris, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Supragingival+Biofilm+in+Early+Childhood+Caries:+Clinical+and+Laboratory+Protocols+and+Bioinformatics+Pipelines+Supporting+Metagenomics,+Metatranscriptomics,+and+Metabolomics+Studies+of+the+Oral+Microbiome.">The Supragingival Biofilm in Early Childhood Caries: Clinical and Laboratory Protocols and Bioinformatics Pipelines Supporting Metagenomics, Metatranscriptomics, and Metabolomics Studies of the Oral Microbiome.</a> Methods in Molecular Biology. 1922, 525-548 (2019).</li><li>Stewart, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mini+review:+convection+around+biofilms.">Mini review: convection around biofilms.</a> Biofouling. 28 (2), 187-198 (2012).</li><li>Stoodley, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biofilms:+Flow+disrupts+communication.">Biofilms: Flow disrupts communication.</a> Nature Microbiology. 1, 15012 (2016).</li></ol>

Verschillende protocollen voor de teelt van langlauffolies waarbij C. albicans en Streptococcus spp betrokken zijngeweest . De huidige opstelling richt zich echter op eenvoudige groeiomstandigheden, een tijdschema dat compatibel is met reguliere werkdagen, een evenwichtige soortensamenstelling en de ontwikkeling van een volumineuze b...

Langlaufbiofilms bestaande uit zowel schimmel- als bacteriële soorten zijn betrokken bij verschillende pathologische aandoeningen in de mondholte. Candida spp. zijn vaak geïsoleerd van endodontische infecties1 en van parodontale laesies2,3. Bij slijmvliesinfecties is aangetoond dat streptokokkensoorten uit de mitisgroep de vorming van schimmels biofilm, weefselinvasie en verspreiding in zowel in vitro als murinemodellen4,5,6,7verbeteren. Het meest interessant, mondelinge vervoer van Candida spp. is bewezen te worden geassocieerd met de prevalentie van cariës bij kinderen8. Zoals blijkt uit knaagdiermodellen, verhoogt een symbiotische relatie tussen Streptococcus mutans en Candidas albicans de productie van extracellulaire polysachariden en leidt tot de vorming van dikkere en meer cariogene biofilms9,10.
In alle bovengenoemde omstandigheden, met name voor jonge kinderen, is de pH van de biofilm van belang voor de progressie van de ziekte, en de eminente rol van de biofilmmatrix voor de ontwikkeling van acidogene microomgevingen11 vraagt om methodologieën die het bestuderen van pH-veranderingen in cross-kingdom biofilms mogelijk maken. Eenvoudige en nauwkeurige confocale microscopiegebaseerde benaderingen om pH in bacteriële12 en schimmel13 biofilms te monitoren zijn ontwikkeld. Met de ratiometrische kleurstof C-SNARF-4 en op drempels gebaseerde beeldnabewerking kan extracellulaire pH in real-time worden bepaald in alle drie de dimensies van een biofilm14. In vergelijking met andere gepubliceerde technieken voor op microscopie gebaseerde pH-monitoring in biofilms is pH-ratiometrie met C-SNARF-4 eenvoudig en goedkoop, omdat het niet de synthese vereist van deeltjes of verbindingen die een referentiekleurstof15 of het gebruik van tweefotonexcitatie16bevatten . Het gebruik van slechts een kleurstof voorkomt problemen met sonde compartimentering, fluorescerende bleed-through, en selectief bleken16,17,18 terwijl nog steeds rekening houdend met een betrouwbare differentiatie tussen intra- en extracellulaire pH. Ten slotte wordt incubatie met de kleurstof uitgevoerd na de groei van de biofilm, waardoor zowel laboratorium als in situ-gekweekte biofilms kunnen worden bestudeerd.
Het doel van het huidige werk is om het gebruik van pH-ratiometrie uit te breiden en een methode te bieden om pH-veranderingen in cross-kingdom biofilms te bestuderen. Als proof of concept wordt de methode gebruikt om pH te monitoren in biofilms van twee soorten bestaande uit S. mutanen en C. albicans die aan glucose zijn blootgesteld.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Blood agar plates</td>
			<td>Statens Serum Institut</td>
			<td>677</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brain heart infusion</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>CM1135</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brain heart infusion + 5 % sucrose</td>
			<td>BDH laboratory supplies</td>
			<td>10274</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Candida albicans</td>
			<td>National Collection of Pathogenic Fungi</td>
			<td>NCPF 3179</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>D-(+)-Glucose</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8270</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>daime: digital image analysis in microbial ecology</td>
			<td>Universit&#228;t Wien</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Freeware; V2.1; <a href="https://dome.csb.univie.ac.at/daime" target="_blank">https://dome.csb.univie.ac.at/daime</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dimethyl sulfoxide</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>D12345</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum</td>
			<td>Gibco Life technologies</td>
			<td>10270</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GS-6R refrigerated centrifuge</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ImageJ</td>
			<td>National Institutes of Health</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Freeware; V1.46r; <a href="https://imagej.nih.gov/ij" target="_blank">https://imagej.nih.gov/ij</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Java</td>
			<td>Oracle</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Freeware necessary to run ImageJ; V8.0; <a href="https://java.com/en/download" target="_blank">https://java.com/en/download</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#181;-Plate 96 Well Black</td>
			<td>Ibidi</td>
			<td>89626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MyCurveFit</td>
			<td>MyAssays Ltd.</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid (MES) buffer</td>
			<td>Bioworld</td>
			<td>700728</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PHM210 pH-meter</td>
			<td>Radiometer Analytical</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plan-Apochromat 63x oil immersion objective</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>N/A</td>
			<td>NA=1.4</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SNARF&#174;-4F 5-(and-6)-Carboxylic Acid</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>S23920</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile physiological saline</td>
			<td>VWR</td>
			<td>6404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Streptococcus mutans</td>
			<td>Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen</td>
			<td>DSM 20523</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vis-spectrophotometer V-3000PC</td>
			<td>VWR</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>XL Incubator</td>
			<td>PeCON</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zeiss LSM 510 META</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

monitoring extracellular ph in cross-kingdom biofilms using confocal microscopy

Langlaufbiofilms bestaande uit zowel schimmel- als bacteriële cellen zijn betrokken bij een verscheidenheid aan orale ziekten, zoals endodontische infecties, parodontitis, mucosale infecties en, met name, vroege kindercariës. In al deze omstandigheden beïnvloedt de pH in de biofilmmatrix microbe-host interacties en dus de progressie van de ziekte. Het huidige protocol beschrijft een confocale microscopiegebaseerde methode om de pH-dynamiek te monitoren in cross-kingdom biofilms bestaande uit Candida albicans en Streptococcus mutanen. Het pH-afhankelijke dual-emissiespectrum en de kleureigenschappen van de ratiometrische sonde C-SNARF-4 worden benut om druppels pH te bepalen in extracellulaire gebieden van de biofilms. Het gebruik van pH-ratiometrie met de sonde vereist een zorgvuldige keuze van imaging parameters, een grondige kalibratie van de kleurstof, en zorgvuldige, drempel-gebaseerde nabewerking van de beeldgegevens. Bij correct gebruik maakt de techniek een snelle beoordeling van extracellulaire pH mogelijk in verschillende gebieden van een biofilm en dus de monitoring van zowel horizontale als verticale pH-gradiënten in de tijd. Hoewel het gebruik van confocale microscopie Z-profilering beperkt tot dunne biofilms van 75 μm of minder, is het gebruik van pH-ratiometrie bij uitstek geschikt voor de niet-invasieve studie van een belangrijke virulentiefactor in cross-kingdom biofilms.

Na 24 uur en 48 uur ontwikkelden robuuste cross-kingdom biofilms zich in de putplaten. C. albicans vertoonden verschillende mate van filamenteuze groei en S. mutanen vormden dichte clusters tot 35 μm hoog. Enkele cellen en ketens van S. mutanen gegroepeerd rond schimmel hyphae, en grote intercellulaire ruimten aangegeven de aanwezigheid van een volumineuze matrix (Figuur S1).
Kalibratie van de ratiometrische kleurstof levert een asymmetrische sigmo?...

Watch this Scientific Journal Video about Monitoring Extracellular pH in Cross-Kingdom Biofilms using Confocal Microscopy at JoVE.com

Monitoring Extracellular pH in Cross-Kingdom Biofilms using Confocal Microscopy

Het protocol beschrijft de teelt van cross-kingdom biofilms bestaande uit Candida albicans en Streptococcus mutans en presenteert een confocale microscopie-gebaseerde methode voor het monitoren van extracellulaire pH in deze biofilms.

Monitoring Extracellular pH in Cross-Kingdom Biofilms met behulp van ConfocalMicroscopie

Cross-kingdom biofilms consisting of both fungal and bacterial cells are involved in a variety of oral diseases, such as endodontic infections, ...

Het protocol presenteert een eenvoudig uit te voeren methode voor de teelt van cross-kingdom biofilms bestaande uit StreptococcuS. mutans en Candida albicans. De daaropvolgende confocale microscopiegebaseerde pH-ratiometrie maakt nauwkeurige monitoring van de pH-ontwikkelingen in de extracellulaire matrix van die biofilms mogelijk.De zorgvuldige keuze van de parameters voor het verkrijgen van afbeeldingen is van het grootste belang om beeldgegevens te verkrijgen met voldoende contrast voor latere analyse. pH ratiometrie is een snelle, nauwkeurige en goedkope methode om zowel horizontale als verticale pH-gradiënten in cross-kingdom biofilms in real time te bestuderen. pH ratiometrie kan ook worden uitgevoerd in puur schimmel- en bacteriële biofilms.De methode draagt bij aan het vergroten van ons begrip van microbiële stofwisseling in biofilms. Het aantonen van de procedure voor biofilm groei zal Anette Aakjaer Thomsen, een technicus van mijn laboratorium. Grow S.mutans en C.albicans op bloed agar platen op 37 graden Celsius onder aërobe omstandigheden.Breng vervolgens enkele kolonies van elk organisme over naar reageerbuizen gevuld met vijf milliliter hersenhartinfusie en laat ze nog eens 18 uur groeien. Op de volgende dag, centrifuge de culturen op 1, 200 keer g gedurende vijf minuten en gooi de supernatant. Resuspend de cellen in fysiologische zoutoplossing en pas de OD 550 aan op 0,5 voor zowel C.albicans als S.mutans.Verdun vervolgens de S.mutans suspensie 1 tot 10 om gelijkwaardige concentraties te bereiken. Pipette 50 microliters van steriele speekseloplossing in de putten van een optische bodem 96-put plaat voor microscopie. Incubeer de plaat gedurende 30 minuten bij 37 graden Celsius, was de plaat vervolgens drie keer met 100 microliter steriele fysiologische zoutoplossing en leg de putten leeg.Voeg 100 microliters van C.albicans suspensie toe aan elke put, broed de plaat gedurende 90 minuten op 37 graden Celsius en was de put vervolgens drie keer met zoutoplossing. Voeg vervolgens 100 microliters van warmte-geïnactiveerd foetaal runderserum toe aan elke put. Broed de plaat twee uur uit en was hem vervolgens drie keer met zout.Leeg de putten, maar laat een 20 microliter reservoir om overmatige afschuifkrachten te voorkomen. Voeg 100 microliter S.mutans suspensie en 150 microliter BHI met 5% sacharose toe aan elke put. Dan incubeer de plaat op 37 graden Celsius voor 24 uur of langer.Vervang bij het kweken van oudere biofilms dagelijks het medium. Aan het einde van de groeifase van het kruisrijk, was de plaat vijf keer met steriele fysiologische zoutoplossing. Voor ratiometrische pH-beeldvorming, gebruik maken van een omgekeerde confocale laser scanning microscoop met een 63X olie of water onderdompeling lens, een 543 nanometer laserlijn, en een spectrale imaging systeem.Gebruik een couveuse om de microscoop fase warm tot 35 graden Celsius. Stel de detector voor gelijktijdige detectie van groene fluorescentie van 576 tot 608 nanometer en rode fluorescentie van 629 tot 661 nanometer. Kies vervolgens een geschikte laser kracht en krijgen om te voorkomen dat over en onderbelichting.Stel de pinhole grootte in op een luchtunit of een optisch segment van ongeveer 0,8 micrometer. Stel vervolgens de afbeeldingsgrootte in op 512 bij 512 pixels en de scansnelheid op twee. Kies een regelgemiddelde van twee met de optie gemiddelde.Bereid 100 microliter van steriele fysiologische zoutoplossing met 0,4% glucose getitreerd tot pH zeven. Maak vervolgens een voorraadoplossing van C-SNARF-4 en voeg de kleurstof toe aan een uiteindelijke concentratie van 30 micromolar. Leeg een van de putten met de cross-kingdom biofilm waardoor een 20 microliter reservoir en voeg de zoutoplossing met glucose en ratiometrische kleurstof.Plaats de plaat op de microscoop fase en start beeldvorming. Bereid een reeks van 50 millimolar MES buffer getitreerd tot pH vier tot 7,8 in de stappen van 0,2 pH-eenheden bij 35 graden Celsius. Pipette 150 microliters van elke bufferoplossing in de putten van een optische bodem 96-put plaat.Voeg de kleurstof toe aan de met buffer gevulde putten bij een concentratie van 30 micromolar en laat deze gedurende vijf minuten in evenwicht brengen. Verwarm de microscoopfase tot 35 graden Celsius en kies dezelfde instellingen als voor ratiometrische pH-beeldvorming die eerder werd beschreven. Plaats de 96-well plaat op de microscoop fase en focus op de bodem van de putten.Verkrijg groene en rode kanaalafbeeldingen voor alle bufferoplossingen. Maak regelmatig foto's met de laser uitgeschakeld om de detector te corrigeren. Voer het kalibratieexperiment uit in drievoud en exporteer alle afbeeldingen als TIFF-bestanden.Sla de groene en rode afbeeldingen op in afzonderlijke mappen en hernoemen beide reeksen bestanden met opeenvolgende getallen. Importeer de afbeeldingen in speciale beeldanalysesoftware zoals ImageJ. In de foto's genomen met de laser uit, klik analyseren en histogram om de gemiddelde fluorescentie intensiteit te bepalen.Trek deze waarde af van de biofilmafbeeldingen door op proces, wiskunde en aftrekken te klikken. Importeer vervolgens de twee afbeeldingsreeksen in daime en voer een op drempels gebaseerde segmentatie van de rode kanaalafbeeldingen uit door op segment, automatische segmentatie en aangepaste drempelwaarde te klikken. Stel de lage drempel boven de fluorescentie intensiteit van het schimmelcytoplasma en de hoge drempel onder de intensiteit van de schimmelcelwanden en de bacteriën.Breng vervolgens de objectlaag van de gesegmenteerde afbeeldingsreeks over naar de afbeeldingsreeks van het groene kanaal door op segment te klikken en objectlaag over te brengen. Niet-objectpixels verwijderen in de rode en groene kanaalreeks. Nu worden de biofilmbeelden gewist uit bacteriële en schimmelcellen en kunnen ze worden geëxporteerd als TIFF-bestanden.Importeer de afbeeldingsreeks terug in ImageJ en verdeel de rode beeldreeks zelf. Vermenigvuldig vervolgens het resultaat met de oorspronkelijke afbeeldingsreeks. De resulterende beeldreeks is identiek aan het origineel, behalve dat alle pixels met nulintensiteit worden verwijderd.Herhaal het proces met de groene afbeeldingsreeks. Gebruik vervolgens het gemiddelde filter op beide beeldreeksen om detectorruis te compenseren. Verdeel het groen door de rode beeldreeks die vervolgens de groen-rode verhouding voor alle objectpixels oplevert.Robuuste cross-kingdom biofilms ontwikkeld in de put platen na 24 en 48 uur. Enkele cellen en ketens van S.mutans gegroepeerd rond schimmelhyphae en grote intracellulaire ruimten wezen op de aanwezigheid van een volumineuze matrix. De pH in de extracellulaire ruimte werd gevisualiseerd met behulp van een opzoekttafel.De extracellulaire pH in de biofilms daalde snel in de eerste vijf minuten na blootstelling aan glucose. Daarna vertraagde de verzuring meestal het bereiken van waarden van 5,5 tot 5,8 na 15 minuten. Als gevolg van de lokale pH-veranderingen veranderde de fluorescentieintensiteit in de biofilms in de loop van de tijd.Tijdens beeldsegmentatie werden hoge en lage drempels gekozen om alle gebieden die door bacteriële en schimmelcellen worden bestreken adequaat te elimineren. De blauwe en groene gebieden werden geëlimineerd door respectievelijk de lage en hoge drempels. De zorgvuldige keuze van beeldverwervingsparameters is cruciaal om een goed contrast te verkrijgen tussen bacteriële cellen, schimmelcellen en de biofilmmatrix.Als cross-kingdom biofilms worden gekweekt in stroomcellen, kunnen pH-ontwikkelingen worden gevolgd onder stroomconditie die die in de mondholte nabootsen. pH ratiometrie is gebruikt om lokale gebieden in tandheelkundige biofilms te identificeren met een bijzonder lage pH, de zogenaamde acidogene hotspots.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Neutrophil Extracellular Traps: How to Generate and Visualize Them

Neutrofielen Extracellulaire Traps: Hoe te genereren en te visualiseren

Neutrophil granulocytes are the most abundant group of leukocytes in the peripheral blood. As professional phagocytes, they engulf bacteria and kill them ...

Visualizing Cell-to-cell Transfer of HIV using Fluorescent Clones of HIV and Live Confocal Microscopy

Visualiseren Cel-cel Overdracht van hiv met behulp van TL-Klonen van HIV en Live confocale microscopie

By fusing the green fluorescent protein to their favorite proteins, biologists now have the ability to study living complex cellular processes using ...

A 96 Well Microtiter Plate-based Method for Monitoring Formation and Antifungal Susceptibility Testing of Candida albicans Biofilms

A 96 Well Microtiter Plate-based Method for Monitoring Formation and Antifungal Susceptibility Testing of Candida albicans Biofilms

Een 96 Goed microtiterplaat-gebaseerde methode voor de controle Formation en schimmelwerende gevoeligheid testen van Candida albicans Biofilms

Candida albicans remains the most frequent cause of fungal infections in an expanding population of compromised patients and candidiasis is now the third ...

Intravital Microscopy of the Spleen: Quantitative Analysis of Parasite Mobility and Blood Flow

Intravitale Microscopie van de milt: Kwantitatieve Analyse van Parasite Mobiliteit en Blood Flow

The advent of intravital microscopy in experimental rodent malaria models has allowed major advances to the knowledge of parasite-host interactions 1,2. ...

Single-cell Analysis of Bacillus subtilis Biofilms Using Fluorescence Microscopy and Flow Cytometry

Single-cell Analysis of Bacillus subtilis Biofilms Using Fluorescence Microscopy and Flow Cytometry

Single-cell analyse van Bacillus subtilis Biofilms met fluorescentie microscopie en Flow cytometrie

Biofilm formation is a general attribute to almost all bacteria 1-6. When bacteria form biofilms, cells are encased in extracellular matrix that is mostly ...

Concurrent Quantification of Cellular and Extracellular Components of Biofilms

Concurrent Kwantificering van Cellulaire en extracellulaire componenten van biofilms

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) is a powerful tool for investigation of biofilms. Very few investigations have successfully quantified ...

Measuring Phagosome pH by Ratiometric Fluorescence Microscopy

Meten phagosome pH door Ratiometrische fluorescentie microscopie

Phagocytosis is a fundamental process through which innate immune cells engulf bacteria, apoptotic cells or other foreign particles in order to kill or ...

Ratiometric Imaging of Extracellular pH in Dental Biofilms

Ratiometrische Imaging van extracellulaire pH in Dental biofilms

The pH in bacterial biofilms on teeth is of central importance for dental caries, a disease with a high worldwide prevalence. Nutrients and metabolites ...

Methodologies for Studying B. subtilis Biofilms as a Model for Characterizing Small Molecule Biofilm Inhibitors

Methodologies for Studying B. subtilis Biofilms as a Model for Characterizing Small Molecule Biofilm Inhibitors

Methodologieën voor het bestuderen<em&gt; B. subtilis</em&gt; Biofilms als een model voor het karakteriseren van Small Molecule biofilminhibitoren

This work assesses different methodologies to study the impact of small molecule biofilm inhibitors, such as D-amino acids, on the development and ...

A New Method for Qualitative Multi-scale Analysis of Bacterial Biofilms on Filamentous Fungal Colonies Using Confocal and Electron Microscopy

Een nieuwe methode voor Kwalitatieve Multi-schaal analyse van bacteriële biofilms op draadschimmelcel Koloniën met behulp van confocale en Electron Microscopy