Name: high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions
Uploaded: 2019-10-15T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

Vi takker Daniel May, Marc Chevrette, og Don Hoang for kritisk læsning af manuskriptet. Dette arbejde, herunder indsatsen fra Cameron R. Currie, blev støttet af University of Wisconsin-Madison, kontor for vice kansler for forskning og graduate uddannelse med finansiering fra Wisconsin Alumni Research Foundation, finansiering også ydet af Nationale institutter for sundhedscentre for Excellence for Translationel forskning (U19-AI109673-01). Reed M. Stubbendieck blev støttet af et nationalt bibliotek for medicin uddannelse tilskud til beregning og informatik i biologi og medicin Trænings program (NLM 5T15LM007359). De finansieringskilder havde ingen rolle i studiet design, dataindsamling, og fortolkning, eller beslutningen om at indsende arbejdet til offentliggørelse.

Informeret samtykke blev indhentet fra donorens forældre, og Udvalget for menneskelige ved University of Wisconsin-Madison godkendte undersøgelsen (institutionel undersøgelses tavle [IRB]-godkendelsesnummer H-2013-1044).
1. prøve kultur
Bemærk: Denne procedure anvendes her til undersøgelse af interaktioner mellem bakterier isolater fra den menneskelige næsehulen. I princippet gælder følgende metoder for enhver dyrknings tilstand. Hjerne-hjert...

<ol>
	<li>Stubbendieck, R. M., Vargas-Bautista, C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Communities:+Interactions+to+Scale.">Bacterial Communities: Interactions to Scale.</a> Frontiers in Microbiology. 7 (August), 1234 (2016).</li><li>Green, J., Bohannan, B. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+scaling+of+microbial+biodiversity.">Spatial scaling of microbial biodiversity.</a> Trends in Ecology &amp; Evolution. 21 (9), 501-507 (2006).</li><li>Fleming, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+Antibacterial+Action+of+Cultures+of+a+Penicillium,+with+Special+Reference+to+their+Use+in+the+Isolation+of+B.+influenz&#230;.">On the Antibacterial Action of Cultures of a Penicillium, with Special Reference to their Use in the Isolation of B. influenz&#230;.</a> British Journal of Experimental Pathology. 10 (3), 226 (1929).</li><li>Stubbendieck, R. M., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Escape+from+Lethal+Bacterial+Competition+through+Coupled+Activation+of+Antibiotic+Resistance+and+a+Mobilized+Subpopulation.">Escape from Lethal Bacterial Competition through Coupled Activation of Antibiotic Resistance and a Mobilized Subpopulation.</a> PLoS Genetics. 11 (12), e1005722 (2015).</li><li>Zipperer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+commensals+producing+a+novel+antibiotic+impair+pathogen+colonization.">Human commensals producing a novel antibiotic impair pathogen colonization.</a> Nature. 535 (7613), 511-516 (2016).</li><li>Currie, C. R., Scott, J. A., Summerbell, R. C., Malloch, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungus-growing+ants+use+antibiotic-producing+bacteria+to+control+garden+parasites.">Fungus-growing ants use antibiotic-producing bacteria to control garden parasites.</a> Nature. 398 (6729), 701-704 (1999).</li><li>Balouiri, M., Sadiki, M., Ibnsouda, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+in+vitro+evaluating+antimicrobial+activity:+A+review.">Methods for in vitro evaluating antimicrobial activity: A review.</a> Journal of Pharmaceutical Analysis. 6 (2), 71-79 (2016).</li><li>Heatley, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+the+assay+of+penicillin.">A method for the assay of penicillin.</a> The Biochemical Journal. 38 (1), 61-65 (1944).</li><li>Clinical and Laboratory Standards Institute. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance standards for antimicrobial disk susceptibility tests; approved standard -11th ed. CLSI document M02-A11. , (2012).</li><li>Adnani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coculture+of+Marine+Invertebrate-Associated+Bacteria+and+Interdisciplinary+Technologies+Enable+Biosynthesis+and+Discovery+of+a+New+Antibiotic,+Keyicin.">Coculture of Marine Invertebrate-Associated Bacteria and Interdisciplinary Technologies Enable Biosynthesis and Discovery of a New Antibiotic, Keyicin.</a> ACS Chemical Biology. 12 (12), 3093-3102 (2017).</li><li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+iChip+for+high+throughput+in+situ+cultivation+of+&amp;#34;uncultivable&amp;#34;+microbial+species.">Use of iChip for high throughput in situ cultivation of &amp;#34;uncultivable&amp;#34; microbial species.</a> Applied and Environmental Microbiology. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li><li>Gonzalez, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+competition+between+Bacillus+subtilis+and+Staphylococcus+aureus+monitored+by+imaging+mass+spectrometry.">Microbial competition between Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus monitored by imaging mass spectrometry.</a> Microbiology (Reading, England). 157 (Pt 9), 2485-2492 (2011).</li><li>Hoefler, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+resistance+to+the+lipopeptide+surfactin+as+identified+through+imaging+mass+spectrometry+of+bacterial+competition.">Enzymatic resistance to the lipopeptide surfactin as identified through imaging mass spectrometry of bacterial competition.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (32), 13082-13087 (2012).</li><li>Hoefler, B. C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+Mass+Spectrometry,+Metabolism,+and+New+Views+of+the+Microbial+World.">Imaging Mass Spectrometry, Metabolism, and New Views of the Microbial World.</a> Natural Products Analysis. , 349-396 (2014).</li><li>Yang, Y. L., Xu, Y., Straight, P., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translating+metabolic+exchange+with+imaging+mass+spectrometry.">Translating metabolic exchange with imaging mass spectrometry.</a> Nature Chemical Biology. 5 (12), 885-887 (2009).</li><li>Stubbendieck, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competition+among+Nasal+Bacteria+Suggests+a+Role+for+Siderophore-Mediated+Interactions+in+Shaping+the+Human+Nasal+Microbiota.">Competition among Nasal Bacteria Suggests a Role for Siderophore-Mediated Interactions in Shaping the Human Nasal Microbiota.</a> Applied and Environmental Microbiology. 85 (10), 1-17 (2019).</li><li>Winkelmann, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+siderophore-mediated+transport.">Microbial siderophore-mediated transport.</a> Biochemical Society transactions. 30 (4), 691-696 (2002).</li><li>Chevrette, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+potential+of+Streptomyces+from+insect+microbiomes.">The antimicrobial potential of Streptomyces from insect microbiomes.</a> Nature Communications. 10 (1), 516 (2019).</li></ol>

Antibiotika og andre sekundære metabolitter, at mægle mikrobielle interaktioner er nyttige for en lang række applikationer, herunder Drug Discovery. Heri præsenteres en protokol for Co-Culture assays til vurdering af et stort antal mikrobielle interaktioner. Disse Co-Culture interaktion assays er en enkel, overkommelig, skalerbar, og høj gennemløb midler til at undersøge mange parvis kombinationer af mikroorganismer i tandem. Målorganismer ses ved siden af testorganismer i en brønd på en 12-brønd plade ved hj?...

I naturen, mikroorganismer sjældent eksisterer i isolation; Derfor er de konstant interagerer med andre organismer. Derfor, at studere, hvordan mikroorganismer interagerer med hinanden er afgørende for at forstå en lang række mikrobielle adfærd1. Mikrobielle interaktioner kan være gensidige, commensal, eller antagonistisk. Disse i og kan påvirke ikke kun mikroorganismerne selv, men også de miljøer og værter, at mikroorganismerne kolonisere1,2.
Mange videnskabsfolk studerer mikrobielle interaktioner for at identificere nye antimikrobielle molekyler. En af de første klinisk vigtige antimikrobielle molekyler blev fundet gennem studiet af mikrobielle interaktioner. Sir Alexander Fleming observeret en kontaminerende Penicillium spp. isolat inhiberet væksten af en Staphylococcus stamme, hvilket førte til opdagelsen af den almindeligt anvendte antibiotika penicillin3. Karakterisering af de mekanismer, som mikroorganismer bruger til at antagonisere deres konkurrenter, er fortsat en frugtbar ressource til opdagelsen af antimikrobielle molekyler. For eksempel, det blev for nylig vist, at Streptomyces Sp. stamme Mg1 producerer antibiotika linearmycins, som har en lytisk og nedbryativ aktivitet mod Bacillus subtilis4.
Yderligere, en ikke-ribosomalt syntetiseret peptid ved navnet lugdunin blev for nylig opdaget efter observation, at nasal kommensal Staphylococcus Lugdunensis hæmmer Staphylococcus aureus5. Undersøgelser har også vist, at gensidige interaktioner mellem mikroorganismer er lige så kraftige som antagonistiske interaktioner for opdagelsen af antimikrobielle molekyler. For eksempel, mange svampe-landbrug myrer i stammen attini Harbor symbiotiske bakterier kaldet pseudonocardia på deres Exoskelet, der producerer svampedræbende molekyler til at hæmme en forpligte patogen af deres svampe afgrøde6. Da studiet af mikrobielle interaktioner har været gavnlig for at opdage antimikrobielle molekyler, kan brugen af højgennemløbs skærme resultere i opdagelsen af nye antimikrobielle molekyler.
Med hensyn til omkostninger og lethed af ydeevne, de metoder, der anvendes til at studere mikrobielle interaktioner spænder fra simple til komplekse. For eksempel er en agar stik analyse en billig og enkel metode, der kan bruges til at undersøge antagonisme mellem flere mikroorganismer7. En agar stik analyse er imidlertid ikke en effektiv procedure og kan være arbejdskraftintensiv for mange parvis kombinationer. For at vurdere virkningerne af mikrobielt producerede produkter på målisolater af interesse i et højt gennemløb, bruger mange laboratorier disk diffusion-assays8. Disse assays er nemme og billige og kan skaleres til et større antal prøver7. Denne analyse kræver imidlertid dannelse af mikrobielle ekstrakter og kan give vildledende resultater for visse kombinationer af målorganismer og antibiotika, såsom salmonella og cephalosporiner9.
De foregående tilgange er afhængige af isolerede komponenter for at fremkalde et respons i en målorganisme i stedet for at tillade mikroorganismer at interagere med hinanden. Dette er af note, fordi interaktioner mellem mikrober kan fremkalde produktionen af "kryptiske" antimikrobielle molekyler, der ikke produceres i monokultur. For eksempel, det blev for nylig vist, at den antimikrobielle keyicin er kun produceret af en Micromonospora Sp. Når Co-kultiveret med en Rhodococcus Sp., der er isoleret fra den samme svamp mikrobiome10. Mere komplekse interaktions metoder omgå denne potentielle monokultur hindring. For eksempel er iChip nyttigt til isolering af sjældne og vanskelige at dyrke bakterier fra miljøprøver og giver mulighed for observation af mikrobielle interaktioner gennem vækst in situ11. For at undersøge interaktioner i detaljer, matrix assisteret Laser Desorption/ionisering tid-of-Flight Imaging massespektrometri (MALDI-TOF-IMS) kan anvendes. Denne fremgangsmåde giver detaljerede oplysninger om sammensætningen og fordelingen af små molekyler og peptider produceret ved at interagere mikrobielle kolonier med høj rumlig opløsning. MALDI-TOF-IMS har også været anvendt i flere undersøgelser af bakterielle interaktioner til at karakterisere mekanismerne i konkurrencen12,13,14,15. Men, MALDI-TOF-IMS kræver ofte omstændelig prøveforberedelse, specialiseret ekspertise til at betjene udstyret, og dyre og specialiserede massespektrometre. Af disse grunde, det er en vanskelig teknik til at bruge til high gennemløb undersøgelser. Således, en enkel, skalerbar, og høj gennemstrømning Co-kultur assay for mikrobielle interaktioner, der overvinder mange begrænsninger af de ovennævnte tilgange ville være gavnlig.
Her præsenteres en protokol for mikrobiel Co-kultur med høj gennemløb. Denne analyse er enkel og let indarbejdet i allerede eksisterende undersøgelser af mikrobielle interaktioner. I modsætning til mange almindeligt anvendte metoder til studiet af mikrobielle interaktioner, vores metode er enkel, billig, og er modtagelig for at undersøge et stort antal interaktioner. Disse assays er ikke kun nemme at udføre, men materialerne er bredt tilgængelige fra de fleste laboratorie leverandører eller offentlige ressourcer (f. eks. biblioteker og make Spaces). Derfor er denne analyse er fordelagtig som en første linje i undersøgelsen for at identificere og analysere interessante mønstre blandt mange parvis kombinationer af mikroorganismer, som kan være særligt nyttig til undersøgelse af mikrobiel økologi.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, blue</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-806</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, yellow</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12-well cell culture plate, sterile with lid</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>665 180</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14 mL polystyrene round bottom tube, 17 x 100mm style, nonpyrogenic, sterile</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352057</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 self standing screw cap tubes with caps, sterile</td>
			<td>USA scientific</td>
			<td>1420-9710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25 mL serological pipet</td>
			<td>Cell Treat</td>
			<td>229225B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar, bacteriological</td>
			<td>VWR</td>
			<td>J637</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brain Heart Infusion Broth</td>
			<td>Dot Scientific</td>
			<td>DSB11000-5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polycarbonate filament, white, 3mm diameter</td>
			<td>Keene Village Plastics</td>
			<td>12.1-3MM-WH-581.2-1KG-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>School Glue</td>
			<td>Elmer&#39;s</td>
			<td>EPIE304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taz 6 3D printer</td>
			<td>Lulzbot</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions

Studiet af interaktioner mellem mikroorganismer har ført til talrige opdagelser, fra nye antimikrobielle stoffer til indsigt i mikrobiel økologi. Mange tilgange, der anvendes til studiet af mikrobielle interaktioner kræver specialiseret udstyr og er dyre og tidskrævende. Dette papir præsenterer en protokol for Co-Culture interaktion assays, der er billige, skalerbare til store prøve numre, og let tilpasses til talrige eksperimentelle designs. Mikroorganismer dyrkes sammen, med hver brønd repræsenterer en parvis kombination af mikroorganismer. En test organisme dyrkes på den ene side af hver brønd og først inkuberet i monokultur. Efterfølgende inokuleres målorganismer samtidigt på den modsatte side af hver brønd ved hjælp af et 3D-trykt inokulations stempel. Efter Co-kulturen, er de afsluttede assays scoret for visuelle fænotyper, såsom vækst eller hæmning. Disse assays kan bruges til at bekræfte fænotyper eller identificere mønstre blandt isolater af interesse. Ved hjælp af denne enkle og effektive metode, kan brugerne analysere kombinationer af mikroorganismer hurtigt og effektivt. Denne samkultur tilgang gælder for antibiotika opdagelse samt kultur baseret mikrobiom forskning og er allerede blevet anvendt med succes på begge applikationer.

Co-Culture interaktions assays kan bruges til at forstå mikrobielle interaktioner, identificere interesse mønstre og afdække mikrobielle isolater med spændende aktiviteter. I disse assays, en test organisme er monokulturer på den ene side af en 12 brønd agar plade og inkuberet i 7 dage. Derefter ses en målorganisme ved siden af testorganismen, og de to mikrober blev co-dyrket i 7 dage, før de scorede for målorganismens vækst fænotype. Assays er scoret baseret på en visuel anal...

Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

Den Co-kultur interaktion assays præsenteret i denne protokol er billig, høj gennemløb, og enkel. Disse analyser kan bruges til at observere mikrobielle interaktioner i co-kultur, identificere interaktionsmønstre og karakterisere det hæmmende potentiale af en mikrobiel stamme af interesse mod menneskelige og miljømæssige patogener.

Co-Culture assays med høj gennemstrømning til undersøgelse af mikrobielle interaktioner

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

Vores protokol giver en høj gennemløbsmetode til screening af et stort antal parvis mikrobielle interaktioner i tandem for at identificere interaktioner af interesse, som kan støtte mikrobiomforskning og antimikrobiel opdagelse. Denne metode kan let anvendes til at studere mikrobielle interaktioner i en række systemer, så længe mikroorganismerne er elskværdige for kulturen under laboratorieforhold. Den største fordel ved denne teknik er, at det giver brugerne mulighed for at screene et stort antal mikrobielle interaktioner i en relativt kort periode.Nye brugere af denne teknik bør tage tid, især når inoculating bioassay plader, da det er afgørende at være omhyggelig med at minimere overvækst eller forurening. Visuel demonstration af denne teknik er kritisk, fordi podning af bioassay plader kræver præcision for at sikre, at organismerne ikke overvænger brøndene, og at co-kulturer ikke er forurenet. Begynd med at forberede natten kulturer.Brug en serologisk pipette til at tilføje tre milliliter BHI bouillon i 14-milliliter kulturrør. Brug derefter en steril en mikroliter inoculating loop til at vaccinere en bakteriekoloni i bouillon. Hvirvle sløjfen for at sikre, at klumpen spredes i bouillon.Kort vortex kulturrør, og inkubere dem natten over ved 37 grader Celsius på en shaker på 250 RPM. Når de bakterielle kulturer nå en OD 600 over en, vortex dem til at bryde op klumper af celler. Forbered PHI medier med 1,5% agar, og sterilisere det ved autoclaving.Derefter afkøles mediet til 55 grader Celsius i et temperaturstyret vandbad, og afspær tre milliliter smeltet BHI-medier i hver af de 12 brønde på en plade, hvilket sikrer, at brøndene er så jævn som muligt. Lad derefter agaren indstille natten over. Inokuler testorganismen på en bioassayplade ved at indsætte en steril 10-mikroliter inokulerende løkke i natten kultur, og striber kultur dråbe over venstre tredjedel af en plade godt.Gentag indtil alle 12 brønde på pladen er blevet podet. Inkuber pladerne på hovedet ved den rette temperatur i syv dage. Hvis inkubering ved temperaturer større end eller lig med 37 grader Celsius, eller i tørrere klimaer, opbevares pladerne i en fugtig beholder for at forhindre dem i at tørre ud.Efter seks dages inkubation af bioassaypladen forberedes målorganismens natlige kulturer som tidligere beskrevet. Forbered målpladen ved at fylde hver brønd af en tom 12-brøndplade med 1,8 milliliter BHI og 200 mikroliter af målkulturen natten over. Anskaf et sterilt inokuleringsstempel i målpladen.Forsigtigt hvirvle kulturerne omkring brøndene, sikre, at de ikke krydsforurenende tilstødende brønde. Løft inokuleringsstemplet, og sørg for, at der er en dråbe fortyndet målkultur på hver frimærkespids. Anbring podningsstemplet på en uinokuleret bioassayplade, og rock forsigtigt frimærket, så kulturklumpen inokulerer hver brønd.Når stemplet er fjernet, skal en dråbe kultur være synlig i brøndene. Hvis nogen brønde ikke podes med inokuleringsstemplet, skal du placere tre mikroliter af fortyndet nattens kultur på brøndene ved hjælp af en pipette. Derefter vaccineres bioassaypladerne som tidligere beskrevet, men juster frimærkespidserne med højre side af 12-brøndpladen, hvilket sikrer, at stemplet ikke kommer i kontakt med den eksisterende bakteriekoloni.Fjern forsigtigt stemplet, og læg det tilbage i målpladen. Hvis agaren har størknet i brøndene ujævnt, skal du forsigtigt klippe stemplet frem og tilbage, men pas på ikke at flytte stemplet ind i testorganismens vækst. Inokuleringen for hver bioassayplade gentages, indtil alle pladerne podes, hvortil inkuberes pladerne på hovedet ved den rette temperatur i syv dage.Efter co-culturing testen og mål organismen i en uge, score interaktioner baseret på visuel vurdering. Score brøndene med målet organisme vækst, der udviser umulig at skelne vækst fra monokultur som nul. Score brønde med formindsket vækst som én, og ingen vækst som to.De co-kultur assays beskrevet her blev brugt til at vurdere den hæmmende aktivitet af actinobakterier testorganismer mod stafylokokker arter mål organismer isoleret fra den menneskelige næsehulen. I alt 812 parvis kombinationer blev testet. Især Corynebacterium propinquum stærkt hæmmet koagulase negative stafylokokker, især i forhold til andre Corynebakterier, der enten svagt hæmmet koagulase negative stafylokokker eller havde ingen hæmmende virkninger.Ved brug af komparativ genomforskning blev der identificeret en biosyntetisk genklynge til siderophoreproduktion i Corynebacterium propinquum-genomet. Co-kultur interaktion assays ved hjælp af standard og jern-suppleret BHI medium fastslået, at hæmning fænotype mellem Corynebacterium propinquum og koagulase negative stafylokokker var faktisk jern-afhængige. Det er vigtigt at være forsigtig, når du stempler pladen.Dobbelttjek hver brønd efter stempling, og sørg for, at inokuleringsstemplet er justeret korrekt for at forhindre kontaminering. Efter at have identificeret interaktioner af interesse, efterfølgende undersøgelser ved hjælp af mikrobielle genetik og genomik, naturlige produkt isolation og karakterisering, eller billeddannelse massespektrometri kan bruges til at karakterisere mekanismer, der ligger til grund for disse interaktioner. Denne protokol er for nylig blevet brugt til at afdække siderophore-medieret konkurrence blandt den menneskelige nasal mikrobiota, og hjulpet i opdagelsen af en ny svampedræbende molekyle kaldet cyphomycin.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

High-throughput Detection Metode til Influenza Virus

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

En mikroskopisk fænotypisk analyse til kvantificering af intracellulære mycobakterier tilpasset til screening med højt gennemløb/højt indhold

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

High-throughput Screening for Bredspektret Chemical hæmmere af RNA virus

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

ScanLag: High-throughput Quantification of Colony Growth and Lag Time

ScanLag: High-throughput Kvantificering af Colony vækst og Latenstid

Growth dynamics are fundamental characteristics of microorganisms. Quantifying growth precisely is an important goal in microbiology. Growth dynamics are ...

Scalable High Throughput Selection From  Phage-displayed Synthetic Antibody Libraries

Skalerbar High Throughput Selection Fra fagpræsenterede Syntetiske antistofbiblioteker

The demand for antibodies that fulfill the needs of both basic and clinical research applications is high and will dramatically increase in the future. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Mikroskopi assays for high-throughput screening af Host faktorer involveret i<em&gt; Brucella</em&gt; Infektion af HeLa-celler

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

Electrochemiluminescence Assays for Human Islet Autoantibodies

Electrochemiluminescence Assays til menneskelige Islet autoantistoffer

Pinpointing islet autoantibodies associated with type 1 diabetes (T1D) leads the way to project and deter this disease in the general population. A novel ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

En høj overførselshastighed Platform for Screening af Salmonella spp. /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

Høj overførselshastighed måling af Plasma membran genforsegling effektivitet i pattedyrceller

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...