Name: high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions
Uploaded: 2019-10-15T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

Daniel May, Marc Chevrette ve Don Hoang'a makalenin eleştirel okuması için teşekkür ederiz. Cameron R. Currie'nin çabaları da dahil olmak üzere bu çalışma, Wisconsin-Madison Üniversitesi, Araştırma ve Lisansüstü Eğitim Rektör Yardımcısı Ofisi tarafından Wisconsin Mezunlar Araştırma Vakfı'nın finansmanı ile desteklendi. Ulusal Sağlık Enstitüleri Çevirisel Araştırma Için Mükemmeliyet Merkezleri (U19-AI109673-01). Reed M. Stubbendieck Biyoloji ve Tıp Eğitim Programı (NLM 5T15LM007359) Hesaplama ve Enformatik eğitim hibe Tıp Milli Kütüphanesi tarafından desteklendi. Fon layıcıların çalışma tasarımı, veri toplama ve yorumlama da veya çalışmayı yayına sunma kararında hiçbir rolü yoktu.

Donörün ailesinden bilgilendirilmiş onay alındı ve Wisconsin-Madison Üniversitesi İnsan Denekleri Komitesi çalışmayı onayladı (Kurumsal İnceleme Kurulu [IRB] onay numarası H-2013-1044).
1. Örnek Kültür
NOT: Bu prosedür burada insan burun boşluğundan izole bakteriler arasındaki etkileşimlerin incelenmesi için kullanılır. Prensip olarak, aşağıdaki yöntemler herhangi bir kültür koşulu için geçerlidir. Beyin-kalp infüzyo...

<ol>
	<li>Stubbendieck, R. M., Vargas-Bautista, C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Communities:+Interactions+to+Scale.">Bacterial Communities: Interactions to Scale.</a> Frontiers in Microbiology. 7 (August), 1234 (2016).</li><li>Green, J., Bohannan, B. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+scaling+of+microbial+biodiversity.">Spatial scaling of microbial biodiversity.</a> Trends in Ecology &amp; Evolution. 21 (9), 501-507 (2006).</li><li>Fleming, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+Antibacterial+Action+of+Cultures+of+a+Penicillium,+with+Special+Reference+to+their+Use+in+the+Isolation+of+B.+influenz&#230;.">On the Antibacterial Action of Cultures of a Penicillium, with Special Reference to their Use in the Isolation of B. influenz&#230;.</a> British Journal of Experimental Pathology. 10 (3), 226 (1929).</li><li>Stubbendieck, R. M., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Escape+from+Lethal+Bacterial+Competition+through+Coupled+Activation+of+Antibiotic+Resistance+and+a+Mobilized+Subpopulation.">Escape from Lethal Bacterial Competition through Coupled Activation of Antibiotic Resistance and a Mobilized Subpopulation.</a> PLoS Genetics. 11 (12), e1005722 (2015).</li><li>Zipperer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+commensals+producing+a+novel+antibiotic+impair+pathogen+colonization.">Human commensals producing a novel antibiotic impair pathogen colonization.</a> Nature. 535 (7613), 511-516 (2016).</li><li>Currie, C. R., Scott, J. A., Summerbell, R. C., Malloch, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungus-growing+ants+use+antibiotic-producing+bacteria+to+control+garden+parasites.">Fungus-growing ants use antibiotic-producing bacteria to control garden parasites.</a> Nature. 398 (6729), 701-704 (1999).</li><li>Balouiri, M., Sadiki, M., Ibnsouda, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+in+vitro+evaluating+antimicrobial+activity:+A+review.">Methods for in vitro evaluating antimicrobial activity: A review.</a> Journal of Pharmaceutical Analysis. 6 (2), 71-79 (2016).</li><li>Heatley, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+the+assay+of+penicillin.">A method for the assay of penicillin.</a> The Biochemical Journal. 38 (1), 61-65 (1944).</li><li>Clinical and Laboratory Standards Institute. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance standards for antimicrobial disk susceptibility tests; approved standard -11th ed. CLSI document M02-A11. , (2012).</li><li>Adnani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coculture+of+Marine+Invertebrate-Associated+Bacteria+and+Interdisciplinary+Technologies+Enable+Biosynthesis+and+Discovery+of+a+New+Antibiotic,+Keyicin.">Coculture of Marine Invertebrate-Associated Bacteria and Interdisciplinary Technologies Enable Biosynthesis and Discovery of a New Antibiotic, Keyicin.</a> ACS Chemical Biology. 12 (12), 3093-3102 (2017).</li><li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+iChip+for+high+throughput+in+situ+cultivation+of+&amp;#34;uncultivable&amp;#34;+microbial+species.">Use of iChip for high throughput in situ cultivation of &amp;#34;uncultivable&amp;#34; microbial species.</a> Applied and Environmental Microbiology. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li><li>Gonzalez, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+competition+between+Bacillus+subtilis+and+Staphylococcus+aureus+monitored+by+imaging+mass+spectrometry.">Microbial competition between Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus monitored by imaging mass spectrometry.</a> Microbiology (Reading, England). 157 (Pt 9), 2485-2492 (2011).</li><li>Hoefler, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzymatic+resistance+to+the+lipopeptide+surfactin+as+identified+through+imaging+mass+spectrometry+of+bacterial+competition.">Enzymatic resistance to the lipopeptide surfactin as identified through imaging mass spectrometry of bacterial competition.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (32), 13082-13087 (2012).</li><li>Hoefler, B. C., Straight, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+Mass+Spectrometry,+Metabolism,+and+New+Views+of+the+Microbial+World.">Imaging Mass Spectrometry, Metabolism, and New Views of the Microbial World.</a> Natural Products Analysis. , 349-396 (2014).</li><li>Yang, Y. L., Xu, Y., Straight, P., Dorrestein, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translating+metabolic+exchange+with+imaging+mass+spectrometry.">Translating metabolic exchange with imaging mass spectrometry.</a> Nature Chemical Biology. 5 (12), 885-887 (2009).</li><li>Stubbendieck, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competition+among+Nasal+Bacteria+Suggests+a+Role+for+Siderophore-Mediated+Interactions+in+Shaping+the+Human+Nasal+Microbiota.">Competition among Nasal Bacteria Suggests a Role for Siderophore-Mediated Interactions in Shaping the Human Nasal Microbiota.</a> Applied and Environmental Microbiology. 85 (10), 1-17 (2019).</li><li>Winkelmann, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+siderophore-mediated+transport.">Microbial siderophore-mediated transport.</a> Biochemical Society transactions. 30 (4), 691-696 (2002).</li><li>Chevrette, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+potential+of+Streptomyces+from+insect+microbiomes.">The antimicrobial potential of Streptomyces from insect microbiomes.</a> Nature Communications. 10 (1), 516 (2019).</li></ol>

Antibiyotikler ve mikrobiyal etkileşimler aracılık diğer ikincil metabolitleri ilaç keşfi de dahil olmak üzere çok sayıda uygulama için yararlıdır. Burada, çok sayıda mikrobiyal etkileşimi değerlendirmek için ortak kültür tahlilleri için bir protokol sunulmuştur. Bu ortak kültür etkileşim iratları basit, uygun fiyatlı, ölçeklenebilir ve yüksek iş elde etme anlamına gelir, birlikte mikroorganizmaların birçok çift yönlü kombinasyonları araştırmak anlamına gelir. Hedef organizmalar, a...

Doğada, mikroorganizmalar nadiren izole olarak bulunurlar; sonuç olarak, sürekli diğer organizmalar ile etkileşim vardır. Bu nedenle, mikroorganizmaların birbirleriyle nasıl etkileştiğini incelemek çok sayıda mikrobiyal davranışı anlamak için gereklidir1. Mikrobiyal etkileşimler karşılıklı, commensal veya antagonistik olabilir. Bu teractions sadece mikroorganizmaların kendilerini etkileyebilir ama aynı zamanda ortamlar ve barındıran mikroorganizmalar1,2kolonize .
Birçok bilim adamı yeni antimikrobiyal molekülleri tanımlamak için mikrobiyal etkileşimleri çalışma. Klinik olarak önemli ilk antimikrobiyal moleküllerden biri mikrobiyal etkileşimlerin incelenmesi ile bulunmuştur. Sir Alexander Fleming bir kontamine Penisilyum spp gözlenen bir Staphylococcus suşu büyümesini inhibe izole, hangi yaygın olarak kullanılan antibiyotik penisilin keşfine yol açtı3. Mikroorganizmaların rakiplerini kızdırmak için kullandıkları mekanizmaların karakterizasyonu antimikrobiyal moleküllerin keşfi için verimli bir kaynak olmaya devam etmektedir. Örneğin, son zamanlarda Streptomyces sp. suş Mg1 antibiyotik linearmycins üretir gösterilmiştir, Hangi Bacillus subtiliskarşı bir litik ve bozsal aktiviteye sahip4.
Ayrıca, non-ribozomally sentezlenmiş peptid lugdunin adlı son zamanlarda burun kommensal Staphylococcus lugdunensis Staphylococcus aureusinhibe gözlem sonra keşfedildi5. Çalışmalar ayrıca mikroorganizmalar arasındaki karşılıklı etkileşimlerin antimikrobiyal moleküllerin keşfi için antagonistik etkileşimler kadar güçlü olduğunu göstermiştir. Örneğin, kabile Attini birçok mantar tarım karıncalar kendi mantar ürün zorunlu bir patojen inhibe etmek için antifungal molekülleri üreten dış iskelet üzerinde Pseudonocardia denilen simbiyotik bakteriler liman6. Mikrobiyal etkileşimlerin incelenmesi antimikrobiyal moleküllerin keşfi için yararlı olmuştur, yüksek iş elde ekranlarının kullanımı yeni antimikrobiyal moleküllerin keşfi ne neden olabilir.
Maliyet ve performans kolaylığı ile ilgili olarak, mikrobiyal etkileşimleri incelemek için kullanılan metodolojiler basitten komplekse kadar değişmektedir. Örneğin, bir agar fiş tsay birden fazla mikroorganizmalar arasında antagonizm araştırmak için kullanılabilecek ucuz ve basit bir yöntemdir7. Ancak, bir agar fiş teşp verimli bir prosedür değildir ve birçok çift yönlü kombinasyonları için emek yoğun olabilir. Mikrobiyal olarak üretilen ürünlerin yüksek iş akışı açısından hedef izolasyonlar üzerindeki etkilerini değerlendirmek için birçok laboratuvar 8diskdifüzyon tahlilleri kullanmalıdır. Bu tahliller kolay ve ucuzdur ve7. Ancak, bu tahnı mikrobiyal özlerin nesil gerektirir ve hedef organizmalar ve antibiyotiklerin belirli kombinasyonları için yanıltıcı sonuçlar üretebilir, Salmonella ve sefalosporinler gibi9.
Önceki yaklaşımlar, mikroorganizmaların birbirleriyle etkileşime girmesine izin vermek yerine, hedef organizmada bir tepki ortaya çıkarmak için izole bileşenlere dayanır. Mikroplar arasındaki etkileşimler monokültürde üretilmeyen "şifreli" antimikrobiyal moleküllerin üretimini ortaya çıkarmak olabilir, çünkü bu dikkat budur. Örneğin, son zamanlarda antimikrobiyal keyicin sadece bir Micromonospora sp tarafından üretilen gösterilmiştir. eş-aynı sünger mikrobiyom izole edilir bir Rhodococcus sp. ile kültürlü10. Daha karmaşık etkileşim metodolojileri bu potansiyel monokültür engelini aşar. Örneğin, iChip nadir ve zor çevresel örneklerden bakteri yetiştirmek için izole etmek için yararlıdır ve yerinde büyüme yoluyla mikrobiyal etkileşimlerin gözlem sağlar11. Etkileşimleri ayrıntılı olarak araştırmak için matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon zaman-of-flight görüntüleme kütle spektrometresi (MALDI-TOF-IMS) kullanılabilir. Bu yaklaşım, mikrobiyal kolonilerin yüksek uzamsal çözünürlüğe sahip etkileşiminde bulunan küçük molekül ve peptidlerin bileşimi ve dağılımı hakkında ayrıntılı bilgi sağlar. MALDI-TOF-IMS de rekabet mekanizmaları karakterize etmek için bakteriyel etkileşimleri birden fazla çalışmada kullanılmıştır12,13,14,15. Ancak, MALDI-TOF-IMS genellikle zahmetli numune hazırlama, ekipman çalıştırmak için özel uzmanlık ve pahalı ve özel kütle spektrometregerektirir. Bu nedenlerden dolayı, yüksek iş artışı çalışmaları için kullanımı zor bir tekniktir. Böylece, yukarıdaki yaklaşımların birçok sınırlamasını aşan mikrobiyal etkileşimler için basit, ölçeklenebilir ve yüksek iş ortağı ortak kültür tayini yararlı olacaktır.
Burada, yüksek iş artışı mikrobiyal co-kültür için bir protokol sunulmaktadır. Bu tetki basit ve kolayca mikrobiyal etkileşimler önceden varolan çalışmalara dahil edilmiştir. Mikrobiyal etkileşimlerin incelenmesi için yaygın olarak kullanılan birçok yöntemin aksine, yöntemimiz basit, ucuz ve çok sayıda etkileşimin araştırılmasıiçin uygundur. Bu tahlilleri gerçekleştirmek sadece kolay değil, aynı zamanda malzemelerin çoğu laboratuvar tedarikçisi veya kamu kaynaklarından (örn. kütüphaneler ve makerspaces) yaygın olarak mevcuttur. Sonuç olarak, bu araştırma, mikroorganizmaların birçok çift yönlü kombinasyonları arasında ilginç desenleri belirlemek ve ayrıştırmak için ilk araştırma satırı olarak avantajlıdır, mikrobiyal ekolojinin araştırılması nda özellikle yararlı olabilecek.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, blue</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-806</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 &#956;L disposable polystyrene inoculating loops, yellow</td>
			<td>VWR</td>
			<td>12000-810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12-well cell culture plate, sterile with lid</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td>665 180</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14 mL polystyrene round bottom tube, 17 x 100mm style, nonpyrogenic, sterile</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352057</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 self standing screw cap tubes with caps, sterile</td>
			<td>USA scientific</td>
			<td>1420-9710</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25 mL serological pipet</td>
			<td>Cell Treat</td>
			<td>229225B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar, bacteriological</td>
			<td>VWR</td>
			<td>J637</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brain Heart Infusion Broth</td>
			<td>Dot Scientific</td>
			<td>DSB11000-5000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polycarbonate filament, white, 3mm diameter</td>
			<td>Keene Village Plastics</td>
			<td>12.1-3MM-WH-581.2-1KG-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>School Glue</td>
			<td>Elmer&#39;s</td>
			<td>EPIE304</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taz 6 3D printer</td>
			<td>Lulzbot</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high throughput co-culture assays for the investigation of microbial interactions

Mikroorganizmalar arasındaki etkileşimlerin incelenmesi, yeni antimikrobiyallerden mikrobiyal ekolojideki içgörülere kadar çok sayıda keşfe yol açmıştır. Mikrobiyal etkileşimlerin incelenmesinde kullanılan birçok yaklaşım özel ekipman gerektirir ve pahalı ve zaman yoğundur. Bu makale, ucuz, büyük örnek sayılara ölçeklenebilir ve çok sayıda deneysel tasarımlara kolayca uyarlanabilen ortak kültür etkileşim idermeleri için bir protokol sunar. Mikroorganizmalar birlikte kültürlenir, her biri mikroorganizmaların bir çift taraflı kombinasyonunu temsil eder. Bir test organizması her kuyunun bir tarafında kültürlenir ve ilk olarak monokültürde kuluçkaya yatırılır. Daha sonra, hedef organizmalar aynı anda her kuyunun karşı tarafına 3D baskılı aşı damgası kullanılarak aşılanır. Ortak kültürden sonra, tamamlanan tahliller büyüme veya inhibisyon gibi görsel fenotipler için puanlandırılır. Bu tahliller fenotipleri onaylamak veya ilgi izole arasında desenleri tanımlamak için kullanılabilir. Bu basit ve etkili yöntemi kullanarak, kullanıcılar mikroorganizmaların kombinasyonlarını hızlı ve verimli bir şekilde analiz edebilirler. Bu ortak kültür yaklaşımı antibiyotik keşfi nin yanı sıra kültür tabanlı mikrobiyom araştırmaları için de geçerlidir ve her iki uygulamaya da başarıyla uygulanmıştır.

Ortak kültür etkileşimi tahlilleri mikrobiyal etkileşimleri anlamak, ilgi kalıplarını belirlemek ve ilginç etkinliklerle mikrobiyal izolasyonları ortaya çıkarmak için kullanılabilir. Bu tahlillerde, bir test organizması 12 kuyulu agar plakanın bir tarafında monokültürlü ve 7 gün boyunca kuluçkaya yatırılır. Daha sonra, bir hedef organizma test organizmasının yanında tespit edilir ve iki mikrop hedef organizmanın büyüme fenotip için puanlama önce 7 gün boyu...

Watch this Scientific Journal Video about High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions at JoVE.com

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

Bu protokolde sunulan ortak kültür etkileşimi tahlilleri ucuz, yüksek iş ortası ve basittir. Bu tahliller, ortak kültürdeki mikrobiyal etkileşimleri gözlemlemek, etkileşim kalıplarını belirlemek ve insan ve çevresel patojenlere karşı mikrobiyal bir ilgi nin önleyici potansiyelini karakterize etmek için kullanılabilir.

Mikrobiyal Etkileşimlerin İncelemi için Yüksek İş-İş Ortağı Tahlilleri

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

Protokolümüz, mikrobiyom araştırmalarına ve antimikrobiyal keşiflere yardımcı olabilecek ilgi etkileşimlerini belirlemek için çok sayıda çift yönlü mikrobiyal etkileşimin birlikte taranması için yüksek bir üretim yöntemi sunmaktadır. Bu yöntem, mikroorganizmalar laboratuvar koşullarında kültüre sevimli olduğu sürece, çeşitli sistemlerdeki mikrobiyal etkileşimlerin incelenmesi için kolayca uygulanabilir. Bu tekniğin en büyük avantajı, kullanıcıların nispeten kısa bir süre içinde mikrobiyal etkileşimleri çok sayıda ekran sağlar.Bu tekniğin yeni kullanıcıları zaman almalıdır, özellikle biyoassay plakaları aşılarken, aşırı büyüme veya kontaminasyonu en aza indirmek için dikkatli olmak çok önemlidir. Bu tekniğin görsel gösterimi çok önemlidir, çünkü biyoassay plakalarının aşılandırılması, organizmaların kuyuları aşmamasını ve ortak kültürlerin kirlenmemesini sağlamak için hassasiyet gerektirir. Bir gecede kültürler hazırlayarak başlayın.14 mililitrelik kültür tüpleri içine BHI suyu üç mililitre eklemek için bir serolojik pipet kullanın. Sonra et suyu içine bir bakteri koloniaşılamak için steril bir mikrolitre aşılama döngü kullanın. Kümenin et suyuna dağılmasını sağlamak için döngüyü döndürün.Kısaca kültür tüplerini girdap ve 250 RPM'de bir çalkalayıcıyla bir gecede 37 santigrat derecede kuluçkaya yatırın. Bakteri kültürleri bir od 600 yukarıda ulaşmak kez, onları girdap hücrelerin kümeleri kırmak için. PHI ortamını %1,5 agar ile hazırlayın ve otoklavlayarak sterilize edin.Daha sonra ortamları sıcaklık kontrollü bir su banyosunda 55 dereceye kadar soğutun ve bir tabaktaki 12 kuyunun her birine üç mililitre erimiş BHI media dağıtın ve kuyuların mümkün olduğunca eşit olmasını sağlar. Sonra agar bir gecede ayarlamak için izin verin. Bir gecede kültür içine steril 10 mikrolitre aşılı döngü ekleyerek bir biyoassay plaka üzerinde test organizma aşılamak, ve iyi bir plaka nın sol üçte üzerinde kültür damlacık çizgili.Plakadaki 12 kuyunun tümü aşılanana kadar tekrarlayın. Plakaları yedi gün boyunca uygun sıcaklıkta baş aşağı kuluçkaya yatırın. 37 santigrat derecenin üzerinde veya daha kuru iklimlerde kuluçkaya yalıyorsanız, kurumasını önlemek için plakaları nemli bir kapta saklayın.Biyoassay plakasının altı günlük kuluçkadan sonra, daha önce açıklandığı gibi hedef organizmanın gece kültürlerini hazırlayın. BhI 1.8 mililitre ve hedef gece kültürü 200 mikrolitre ile boş bir 12-kuyu plaka her kuyu doldurarak hedef plaka hazırlayın. Hedef plakaya steril aşı damgası yerleştirin.Yan kuyuları çapraz kirletmemelerini sağlayarak, kuyuların etrafındaki kültürleri yavaşça döndürün. Aşı lama damgasını kaldırın ve her pul ucunda seyreltilmiş hedef kültür damlacıkları olduğundan emin olun. Aşılama damgasını aşılanmamış bir biyoassay plakasına yerleştirin ve pulu nazikçe sallayın, böylece kültür damlacığı her kuyuyu aşılatır.Pul kaldırıldıktan sonra, kuyularda bir kültür damlası görülmelidir. Aşı damgası ile aşılanan herhangi bir kuyu yoksa, bir pipet kullanarak kuyulara seyreltilmiş bir gecede kültür üç mikrolitre nokta. Daha sonra bioassay plakalarını daha önce açıklandığı gibi aşılama, ancak pulun mevcut bakteri kolonisiyle temas etmediğinden emin olmak için pul uçlarını 12 kuyulu plakanın sağ tarafıyla hizalayın.Pulu dikkatlice çıkarın ve hedef plakaya geri yerleştirin. Agar kuyularda eşit olmayan bir şekilde katılaşmışsa, pulu yavaşça ileri geri sallayın, ancak damgayı test organizması büyümesine kaydırmamaya dikkat edin. Tüm plakalar aşılanana kadar her biyoassay plakası için aşıyı tekrarlayın, ardından plakaları yedi gün boyunca uygun sıcaklıkta baş aşağı kuluçkaya yatırın.Bir hafta boyunca test ve hedef organizmayı bir arada yaptıktan sonra, görsel değerlendirmeye dayalı etkileşimleri puan. Tekkültürden ayırt edilemez bir büyüme gösteren hedef organizma büyümesi ile kuyuları sıfır olarak puan. Bir olarak azalmış büyüme ile kuyupuan ve iki olarak büyüme yok.Burada açıklanan ortak kültür tahlilleri, insan burun boşluğundan izole edilmiş stafilokok türlerine doğru aktinobakteri test organizmalarının inhibitör aktivitesini değerlendirmek için kullanılmıştır. Toplam 812 çift biliş test edildi. Özellikle, Corynebacterium propinquum kuvvetle koagülaz negatif stafilokoki inhibe, diğer Corynebacteria karşılaştırıldığında özellikle ya zayıf koagülaz negatif stafilokok inhibe veya hiçbir inhibitör etkisi yoktu.Karşılaştırmalı genomik kullanımı sayesinde Corynebacterium propinquum genomunda siderofor üretimi için biyosentetik bir gen kümesi tanımlanmıştı. Standart ve demir takviyesi BHI ortamı kullanılarak yapılan co-kültür etkileşim iratları, Corynebacterium propinquum ve koagülaz negatif stafilokokları arasındaki inhibisyon fenotipinin aslında demire bağımlı olduğunu belirlemiştir. Plakayı damgalarken dikkatli olmak önemlidir.Damgalamadan sonra her bir kuyuyu iki kez kontrol edin ve kontaminasyonu önlemek için aşılama damgasının doğru şekilde hizalandığından emin olun. İlgi etkileşimleri tespit edildikten sonra, mikrobiyal genetik ve genomik, doğal ürün izolasyonu ve karakterizasyonu veya bu etkileşimlerin altında yatan mekanizmaları karakterize etmek için görüntüleme kütle spektrometresi kullanılarak yapılan sonraki çalışmalar kullanılabilir. Bu protokol son zamanlarda insan nazal mikrobiyota arasında siderophore aracılı rekabet ortaya çıkarmak için kullanılan ve sifomisin denilen yeni bir antifungal molekülün keşfi yardımcı oldu.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

Gribi için yüksek verimlilik Tespit Yöntemi

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

Yüksek Verimli/Yüksek İçerikli Taramaya Uyarlanmış Hücre İçi Mikobakterilerin Nicelleştirilmesi için Mikroskobik Fenotipik Bir Tahlil

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

RNA Virüslerinin geniş spektrumlu Kimyasal Önleyicileri için yüksek verimli tarama

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

ScanLag: High-throughput Quantification of Colony Growth and Lag Time

ScanLag: Yüksek verim Colony Büyüme niceliksel ve Zaman Lag

Growth dynamics are fundamental characteristics of microorganisms. Quantifying growth precisely is an important goal in microbiology. Growth dynamics are ...

Scalable High Throughput Selection From  Phage-displayed Synthetic Antibody Libraries

Faj-görüntülenen Sentetik Antikor Kütüphaneler itibaren Ölçeklenebilir Yüksek Verim Seçimi

The demand for antibodies that fulfill the needs of both basic and clinical research applications is high and will dramatically increase in the future. ...

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Microscopy-based Assays for High-throughput Screening of Host Factors Involved in Brucella Infection of Hela Cells

Yer Alan Ana Faktörler yüksek verimli tarama mikroskopisi bazlı deneyler<em&gt; Brucella</em&gt; Hela Hücrelerinin Enfeksiyon

Brucella species are facultative intracellular pathogens that infect animals as their natural hosts. Transmission to humans is most commonly caused by ...

Electrochemiluminescence Assays for Human Islet Autoantibodies

Electrochemiluminescence deneyleri için insan adacık otoantikorlar

Pinpointing islet autoantibodies associated with type 1 diabetes (T1D) leads the way to project and deter this disease in the general population. A novel ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

Salmonella spp. testi ile taranması için yüksek üretilen iş platformu /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

High-throughput Measurement of Plasma Membrane Resealing Efficiency in Mammalian Cells

Plazma zarı verimliliği memeli hücrelerinde yeniden mühürlemeden yüksek üretilen iş ölçümü

In their physiological environment, mammalian cells are often subjected to mechanical and biochemical stresses that result in plasma membrane damage. In ...