Name: optimization for sequencing and analysis of degraded ffpe-rna samples
Uploaded: 2020-06-08T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples at JoVE.com

Biz Dr Danielle Carrick için müteşekkiriz (Kanser Kontrol ve Nüfus Bilimleri Bölümü, Ulusal Kanser Enstitüsü) sürekli yardım için, özellikle bu çalışmanın başlatılması için, örnekleri bize sağlayan, ve veri analizi sırasında yararlı öneriler için. Biz içtenlikle örnek hazırlama ve sıralama sırasında yardım için Frederick Ulusal Kanser Araştırma Laboratuvarı'nda CCR Sıralama Tesisi tüm üyelerine teşekkür, örnek QC yardım için özellikle Brenda Ho, oksana Almanca kütüphane QC, Tatyana Smirnova sıralayıcılar çalıştırmak için. Ayrıca Tsai-wei Shen ve Ashley Walton Sıralama Tesisi Biyoinformatik Grubu'nda veri analizi ve RNA-seq boru hattı uygulaması ile yardımcı olmak için teşekkür etmek istiyorum. Ayrıca CCBR ve NCBR'ye RNaseq analiz boru hattı ve en iyi uygulamaların geliştirilmesi ile ilgili yardımları için teşekkür ederiz.

1. RNA miktar ve kalite değerlendirmesi
<ol><li>FFPE örneklerini önceden tanımlanmış kriterlere göre seçin ve uygun bir yöntemle RNA ayıklayın (örneğin, FFPE-çekirdekli asit ekstraksiyon kiti, Malzeme Tablosu). NOT: FFPE-RNA ekstraksiyonu için çok az doku ile çalışabilen ve kaliteli RNA12,13,,14çıkarabilen yeni mikrodiseksiyon yöntemleri de dahil olmak üzere birçok farklı yöntem me...

<ol>
	<li>Carrick, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Robustness+of+Next+Generation+Sequencing+on+Older+Formalin-Fixed+Paraffin-Embedded+Tissue.">Robustness of Next Generation Sequencing on Older Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissue.</a> PLoS One. 10 (7), 0127353 (2015).</li><li>Hedegaard, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+sequencing+of+RNA+and+DNA+isolated+from+paired+fresh-frozen+and+formalin-fixed+paraffin-embedded+samples+of+human+cancer+and+normal+tissue.">Next-generation sequencing of RNA and DNA isolated from paired fresh-frozen and formalin-fixed paraffin-embedded samples of human cancer and normal tissue.</a> PLoS One. 9 (5), 98187 (2014).</li><li>Zhang, P., Lehmann, B. D., Shyr, Y., Guo, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Utilization+of+Formalin+Fixed-Paraffin-Embedded+Specimens+in+High+Throughput+Genomic+Studies.">The Utilization of Formalin Fixed-Paraffin-Embedded Specimens in High Throughput Genomic Studies.</a> International Journal of Genomics. 2017, 1926304 (2017).</li><li>Srinivasan, M., Sedmak, D., Jewell, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+fixatives+and+tissue+processing+on+the+content+and+integrity+of+nucleic+acids.">Effect of fixatives and tissue processing on the content and integrity of nucleic acids.</a> American Journal of Pathology. 161 (6), 1961-1971 (2002).</li><li>von Ahlfen, S., Missel, A., Bendrat, K., Schlumpberger, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determinants+of+RNA+quality+from+FFPE+samples.">Determinants of RNA quality from FFPE samples.</a> PLoS One. 2 (12), 1261 (2007).</li><li>Esteve-Codina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Comparison+of+RNA-Seq+Results+from+Paired+Formalin-Fixed+Paraffin-Embedded+and+Fresh-Frozen+Glioblastoma+Tissue+Samples.">A Comparison of RNA-Seq Results from Paired Formalin-Fixed Paraffin-Embedded and Fresh-Frozen Glioblastoma Tissue Samples.</a> PLoS One. 12 (1), 0170632 (2017).</li><li>Vukmirovic, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+validation+of+differentially+expressed+transcripts+by+RNA-sequencing+of+formalin-fixed,+paraffin-embedded+(FFPE)+lung+tissue+from+patients+with+Idiopathic+Pulmonary+Fibrosis.">Identification and validation of differentially expressed transcripts by RNA-sequencing of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) lung tissue from patients with Idiopathic Pulmonary Fibrosis.</a> BMC Pulmonary Medicine. 17 (1), 15 (2017).</li><li>Adiconis, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+RNA+sequencing+methods+for+degraded+or+low-input+samples.">Comparative analysis of RNA sequencing methods for degraded or low-input samples.</a> Nature Methods. 10 (7), 623-629 (2013).</li><li>Sinicropi, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+transcriptome+RNA-Seq+analysis+of+breast+cancer+recurrence+risk+using+formalin-fixed+paraffin-embedded+tumor+tissue.">Whole transcriptome RNA-Seq analysis of breast cancer recurrence risk using formalin-fixed paraffin-embedded tumor tissue.</a> PLoS One. 7 (7), 40092 (2012).</li><li>Altekruse, S. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SEER+cancer+registry+biospecimen+research:+yesterday+and+tomorrow.">SEER cancer registry biospecimen research: yesterday and tomorrow.</a> Cancer Epidemiology, Biomarkers &amp; Prevention. 23 (12), 2681-2687 (2014).</li><li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Robustness+of+RNA+sequencing+on+older+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue+from+high-grade+ovarian+serous+adenocarcinomas.">Robustness of RNA sequencing on older formalin-fixed paraffin-embedded tissue from high-grade ovarian serous adenocarcinomas.</a> PLoS One. 14 (5), 0216050 (2019).</li><li>Amini, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optimised+protocol+for+isolation+of+RNA+from+small+sections+of+laser-capture+microdissected+FFPE+tissue+amenable+for+next-generation+sequencing.">An optimised protocol for isolation of RNA from small sections of laser-capture microdissected FFPE tissue amenable for next-generation sequencing.</a> BMC Molecular Biology. 18 (1), 22 (2017).</li><li>Amini, P., Nassiri, S., Ettlin, J., Malbon, A., Markkanen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+RNA+sequencing+of+FFPE+subsections+reveals+highly+conserved+stromal+reprogramming+between+canine+and+human+mammary+carcinoma.">Next-generation RNA sequencing of FFPE subsections reveals highly conserved stromal reprogramming between canine and human mammary carcinoma.</a> Disease Models and Mechanisms. 12 (8), (2019).</li><li>Wimmer, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+evaluation+of+RNA+quality,+microarray+data+reliability+and+pathway+analysis+in+fresh,+fresh+frozen+and+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue+samples.">Systematic evaluation of RNA quality, microarray data reliability and pathway analysis in fresh, fresh frozen and formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples.</a> Scientific Reports. 8 (1), 6351 (2018).</li><li>. Babraham Bioinformatics Available from: <a target="_blank" href="https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/">https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/</a> (2019)</li><li>Martin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cutadapt+removes+adapter+sequences+from+high-throughput+sequencing+reads.">Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads.</a> EMBnet.journal. 17 (1), 10-12 (2011).</li><li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trimmomatic:+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data.">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).</li><li>. Babraham Bioinformatics Available from: <a target="_blank" href="https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastq_screen/">https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastq_screen/</a> (2019)</li><li>Wood, D. E., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kraken:+ultrafast+metagenomic+sequence+classification+using+exact+alignments.">Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments.</a> Genome Biology. 15 (3), 46 (2014).</li><li>Dobin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=STAR:+ultrafast+universal+RNA-seq+aligner.">STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner.</a> Bioinformatics. 29 (1), 15-21 (2013).</li><li>Wang, L., Wang, S., Li, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RSeQC:+quality+control+of+RNA-seq+experiments.">RSeQC: quality control of RNA-seq experiments.</a> Bioinformatics. 28 (16), 2184-2185 (2012).</li><li>Ewels, P., Magnusson, M., Lundin, S., Kaller, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MultiQC:+summarize+analysis+results+for+multiple+tools+and+samples+in+a+single+report.">MultiQC: summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report.</a> Bioinformatics. 32 (19), 3047-3048 (2016).</li><li>Li, B., Dewey, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RSEM:+accurate+transcript+quantification+from+RNA-Seq+data+with+or+without+a+reference+genome.">RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome.</a> BMC Bioinformatics. 12, 323 (2011).</li><li>Son, K., Yu, S., Shin, W., Han, K., Kang, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Simple+Guideline+to+Assess+the+Characteristics+of+RNA-Seq+Data.">A Simple Guideline to Assess the Characteristics of RNA-Seq Data.</a> BioMed Research International. 2018, 2906292 (2018).</li><li>McCarthy, D. J., Chen, Y., Smyth, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+expression+analysis+of+multifactor+RNA-Seq+experiments+with+respect+to+biological+variation.">Differential expression analysis of multifactor RNA-Seq experiments with respect to biological variation.</a> Nucleic Acids Research. 40 (10), 4288-4297 (2012).</li><li>Robinson, M. D., McCarthy, D. J., Smyth, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=edgeR:+a+Bioconductor+package+for+differential+expression+analysis+of+digital+gene+expression+data.">edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data.</a> Bioinformatics. 26 (1), 139-140 (2010).</li><li>Ritchie, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=limma+powers+differential+expression+analyses+for+RNA-sequencing+and+microarray+studies.">limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies.</a> Nucleic Acids Research. 43 (7), 47 (2015).</li><li>Subramanian, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+set+enrichment+analysis:+a+knowledge-based+approach+for+interpreting+genome-wide+expression+profiles.">Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America U S A. 102 (43), 15545-15550 (2005).</li><li>Mootha, V. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PGC-1alpha-responsive+genes+involved+in+oxidative+phosphorylation+are+coordinately+downregulated+in+human+diabetes.">PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes.</a> Nature Genetics. 34 (3), 267-273 (2003).</li><li>Ashburner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+ontology:+tool+for+the+unification+of+biology.+The+Gene+Ontology+Consortium.">Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium.</a> Nature Genetics. 25 (1), 25-29 (2000).</li><li>Huang da, W., Sherman, B. T., Lempicki, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+and+integrative+analysis+of+large+gene+lists+using+DAVID+bioinformatics+resources.">Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources.</a> Nature Protocols. 4 (1), 44-57 (2009).</li><li>Huang da, W., Sherman, B. T., Lempicki, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioinformatics+enrichment+tools:+paths+toward+the+comprehensive+functional+analysis+of+large+gene+lists.">Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists.</a> Nucleic Acids Research. 37 (1), 1-13 (2009).</li><li>Evaluating RNA Quality from FFPE Samples. Illumina Available from: <a target="_blank" href="https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/technotes/evaluating-rna-quality-from-ffpe-samples-technical-note-470-2014-001.pdf">https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/technotes/evaluating-rna-quality-from-ffpe-samples-technical-note-470-2014-001.pdf</a> (2016)</li></ol>

Burada açıklanan yöntem FFPE-RNA örneklerinden iyi sıralı veri elde etmek için gereken ana adımları özetlemektedir. Bu yöntemle göz önünde bulundurulması gereken başlıca noktalar şunlardır: (1) Numune işleme ve donma ve çözülme döngüleri en aza indirilerek ekstraksiyondan sonra RNA'nın mümkün olduğunca iyi korunduğundan emin olun. Ayrı QC aliquots çok yararlıdır. (2) Verilen örnek kümesi için en iyi olan QC metrik kullanın. RIN değerleri ve DV200 genellikle bozulmuş numu...

Yeni nesil sıralama yaklaşımlarının kullanımı, çeşitli örnek türlerinden bilgi hazinesi elde etmemizi sağlamıştır. Ancak, eski ve kötü korunmuş örnekler, dizi verileri oluşturmanın yaygın olarak kullanılan yöntemleri için kullanılamaz durumda kalır ve genellikle iyi kurulmuş protokollerde değişiklik yapılmasını gerektirir. FFPE dokuları klinik örnekler1,2,3için yaygın olarak kullanılan böyle bir örnek tipi temsil eder. FFPE koruma doku morfolojisi korurken, FFPE dokularda nükleik asitler genellikle hasar ve bozulma geniş bir yelpazede sergileyen, zor çeşitli bozuklukların altında yatan moleküler mekanizmalar hakkında önemli anlayışlara yol açabilir genomik bilgi almak için yapım.
RNA dizilimi ile oluşturulan gen ekspresyonu verileri genellikle hastalık ve direnç mekanizmalarının incelenmesinde etkilidir ve DNA mutasyon analizini tamamlar. Ancak, RNA bozulmaya daha duyarlıdır, ffpe dokulardan doğru gen ekspresyonu verileri oluşturmak için daha zor hale. Ayrıca, sıralamanın geniş kullanılabilirliği ve karşılanabilirliği nispeten yeni olduğundan, eski numuneler genellikle RNA bütünlüğünü korumak için gerekli koşullarda depolanmadı. FFPE örnekleri için bazı sorunlar parafin gömme nedeniyle RNA bozulması, parçalanma veya sıralama için gerekli enzimatik süreçlere kırılmaya yol açan RNA kimyasal modifikasyon, ve poli-A kuyrukları kaybı, ters transkript için bir astar olarak oligo-dT uygulanabilirliğini sınırlayan4. Bir diğer zorluk da FFPE numunelerinin optimal olmayan koşullarda işlenmesi/depolanmasıdır, bu da dokularda RNA gibi labile moleküllerinin daha da bozulmasına yol açabilir5. Bu, özellikle rna dizilimi ile gen ekspresyonu analizinin numuneler için beklenmediğinin bir zamanda toplanmış olabilecek eski numuneler için geçerlidir. Tüm bunlar, yararlı dizi verileri oluşturmak için kullanılabilir çıkarılan RNA'nın kalitesinin ve miktarının düşmesine yol açar. Başarının düşük olasılığı, sıralamanın yüksek maliyetiyle birleştiğinde, birçok araştırmacıyı potansiyel olarak yararlı FFPE örneklerinden gen ekspresyonu verilerini oluşturmaya ve analiz etmeye çalışmaktan caydırmıştır. Son yıllarda yapılan bazı çalışmalar ffpe dokularının gen ekspresyonu analizi2,6,7,,8,9için kullanılabilirliğini göstermiştir, daha az ve/veya daha yeni örnekler için de olsa.
Bir fizibilite çalışması olarak, Gözetim, Epidemiyoloji ve Son Sonuçlar (SEER) rna sekanslama ve gen ekspresyonu analizi için kanser kayıt larından üç Artık Doku Depolarından FFPE tümör doku örneklerinden elde edilen RNA'yıkullandık 10. Klinik patoloji laboratuvarlarından temin edilen yüksek dereceli yumurtalık seröz adenosinomlarından FFPE dokuları RNA ekstraksiyonundan önce değişen koşullarda 7-32 yaş ları arasında saklandı. Çünkü çoğu durumda bu bloklar gelecekte herhangi bir hassas genetik analiz beklentisi olmadan yıllardır farklı sitelerde saklanmış, nükleik asitleri korumak için çok fazla özen alınmamıştı. Böylece, örneklerin çoğu düşük kaliteli RNA sergiledi, örneklerin büyük bir kısmı bakteri ile kontamine. Bununla birlikte, gen ölçümü yapabildik, gen kapsamının tekdüzeliğini ve sürekliliğini ölçebildik ve tekrarlanabilirliği ölçmek için biyolojik kopyalar arasında Pearson korelasyon analizini yaptık. Anahtar imza gen paneli bir dizi dayanarak, biz Kanser Genom Atlası (TCGA) verileri ile çalışmamızda örnekleri karşılaştırıldığında ve örneklerin yaklaşık% 60 karşılaştırılabilir gen ekspresyonu profilleri11olduğunu doğruladı. Çeşitli QC sonuçları ve örnek meta veriler arasındaki korelasyona dayanarak, kullanılabilir dizi verileri11oluşturma olasılığı daha yüksek olan örnekleri tanımlamak için iyi tahmin değerine sahip anahtar QC ölçümleri belirledik.
Burada FFPE-RNA kalite değerlendirmesi için kullanılan metodolojiyi, çıkarılan RNA örneklerinden başlayarak sıralama kitaplıklarının oluşumunu ve sıralama verilerinin biyoinformatik analizini açıklıyoruz.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>2100 Bioanalyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939BA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent DNA 7500 Kit</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-1506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent High Sensitivity DNA Kit</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-4626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent RNA 6000 Nano Kit</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>5067-1511</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AllPrep DNA/RNA FFPE Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80234</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CFX96 Touch System</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1855195</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Library Quantification kit v2-Illumina</td>
			<td>KapaBiosystems</td>
			<td>KK4824</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>E7765S</td>
			<td>https://www.neb.com/protocols/2017/02/07/protocol-for-use-with-ffpe-rna-nebnext-rrna-depletion-kit</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBNext rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>E6310L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NextSeq 500 Sequencing System</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>SY-415-1001</td>
			<td>NextSeq 500 System guide: https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/system_documentation/nextseq/nextseq-500-system-guide-15046563-06.pdf</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NextSeq PhiX Control Kit</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>FC-110-3002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NSQ 500/550 Hi Output KT v2.5 (150 CYS)</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>20024907</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X Genomics Magnetic Separator</td>
			<td>10X Genomics</td>
			<td>120250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rotator Multimixer</td>
			<td>VWR</td>
			<td>13916-822</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C1000 Touch Thermal Cycler</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1851197</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencing reagent kit</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>20024907</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flow cell package</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>20024907</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Buffer cartridge and the reagent cartridge</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>20024907</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide solution (0.2N)</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>SX0607D-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TRIS-HCL Buffer 1.0M, pH 7.0</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-151-871</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

optimization for sequencing and analysis of degraded ffpe-rna samples

RNA dizilimi (RNA-seq) ile gen ekspresyonu analizi, çeşitli hastalıkların temelinin mekanistik olarak anlaşılmasına ve direnç ve/veya duyarlılık mekanizmalarına yol açabilecek klinik örneklere benzersiz içgörüler sağlar. Ancak klinik örneklerde doku morfolojisini korumak için en yaygın yöntemi temsil eden FFPE dokuları gen ekspresyonu profilanalizi için en iyi kaynaklar değildir. Bu tür örneklerden elde edilen RNA genellikle bozulmuş, parçalanmış ve kimyasal olarak değiştirilmiştir, bu da alt optimal sıralama kitaplıklarına yol açar. Buna karşılık, bu gen ekspresyon analizi ve mutasyon keşfi için güvenilir olmayabilir düşük kaliteli dizi verileri üretir. FFPE örneklerinden en iyi şekilde yararlanabilmek ve düşük kaliteli numunelerden mümkün olan en iyi verileri elde etmek için, deneysel tasarım planlarken, sıralama kitaplıklarını hazırlarken ve veri analizi sırasında bazı önlemler almak önemlidir. Bu, kesin örnek kalite denetimi (QC) için uygun ölçümlerin kullanımını, sıralama kitaplığı oluşturma sırasında çeşitli adımlar için en iyi yöntemleri tanımlamayı ve dikkatli kitaplık QC'sini içerir. Buna ek olarak, rna-seq verilerindeki yapıları belirlemek, kontaminasyonve düşük kaliteli okumaları filtrelemek, gen kapsamının tekdüzeliğini değerlendirmek ve biyolojik çoğaltmalar arasında gen ekspresyonu profillerinin tekrarlanabilirliğini ölçmek için doğru yazılım araçları ve parametrelerinin uygulanması çok önemlidir. Bu adımlar, çok heterojen RNA örneklerinin profillemesi için yüksek doğruluk ve tekrarlanabilirlik sağlayabilir. Burada örnek QC, kütüphane hazırlama ve QC, sıralama ve ffpe-RNA dokularından elde edilen düşük kaliteli RNA elde edilen yararlı veri miktarını artırmak için yardımcı olabilir veri analizi için çeşitli adımları açıklar.

Yukarıda açıklanan metodoloji, 7-32 yıl boyunca çeşitli koşullarda saklanan 67 FFPE numunesine uygulanmıştır (ortanca numune depolama süresi 17,5 yıl idi). Burada sunulan veri seti ve analiz sonuçları daha önce tanımlanmış ve Zhao ve ark.11'deyayınlanmıştır. Daha önce açıklandığı gibi örnek kalitesinin kontrol edilmesinde (örneğin, Şekil 2'dekiörnek izler), DV 100'ün DV200'den daha kullanışlı olduğu bulunmuştur, çünk...

Watch this Scientific Journal Video about Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples at JoVE.com

Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples

Bu yöntem, formalin-sabit parafin gömülü (FFPE) RNA örneklerinden elde edilebilen sıra verilerinin kalitesini ve miktarını artırmaya yönelik adımları açıklar. FFPE-RNA örneklerinin kalitesini daha doğru değerlendirmek, sıralama kitaplıkları hazırlamak ve FFPE-RNA örneklerinden elde edilen verileri analiz etmek için metodolojiyi tanımlıyoruz.

Bozulmuş FFPE-RNA Örneklerinin Dizileştirilmesi ve Analizi için Optimizasyon

Gene expression analysis by RNA sequencing (RNA-seq) enables unique insights into clinical samples that can potentially lead to mechanistic understanding ...

Protokolümüz, ffpe kaynaklı RNA örneklerinden, özellikle de optimal olmayan kalite örneklerinde üretilen gen ekspresyonu verilerinin kalitesini ve miktarını artırmak için kullanılabilir. Bu teknik, FFPE doku örneklerindeki RNA kalitesini değerlendirir ve numune sıralama verilerinin miktarını ve kalitesini artırmak için akış aşağı işlemelerinin optimizasyonuna olanak sağlar. Bu yöntem, biyolojik ve klinik örneklemde bir transkriptin kapsamlı karakterizasyonuna olanak sağlar ve genomun gelişim ve hastalıktaki fonksiyonel unsurları hakkında bilgi sağlayabilir.FFPE-RNA bozulması ve örnek QC, kütüphane hazırlama ve veri analizi için yöntemlerin seçimi tüm çok zor olabilir. Doğru yöntemleri ve uygun kontrolleri seçerken titiz olun. Görsel gösterim, izleyicilerin planlama, değerlendirme ve özellikle kötü korunmuş FFPE örnekleri için sıralama işlemi sırasında gereken küçük ince değişiklikleri ve önlemleri gözlemlemelerini sağlar.RNA numunesinin kalitesini kontrol etmek için, numuneyi üreticinin talimatlarına göre bir RNA QC sisteminde çalıştırın ve numune içindeki RNA parçalarının dağılımını analiz etmek ve 100 ve 200 nükleotitten daha uzun parçaların oranını hesaplamak için uygun biyoanaliz yazılımını kullanın. QC ölçümlerine dayanarak, bu numunelerin işlenmesinden dışlanmasına izin vermek için 100 nükleotitten daha uzun parçaların %40'ından azına sahip örnekleri tanımlayın. Sıralama için, oda sıcaklığındaki su banyosunda çalışma parametrelerine göre uygun sıralama reaktif kitlerini eritin ve çözülmeden sonra reaktif tepsisini dört derece yedirin.Akış hücre paketini oda sıcaklığında 30 dakika yerleştirin. Paket ısınırken, Illumina Deney Yöneticisi uygulamasını açın ve Örnek Sayfa Oluştur'u seçin. Kullanılacak sıralayıcıyı seçin ve İleri'yi tıklatın.Reaktif kiti barkodunu ve diğer uygun iş akışı parametrelerini girin. Ardından, Illumina sıra ölçütlerine göre oluşturulmuş bir örnek sayfa yükleyin. Örnek kitaplığı ve kontrol kütüphanesi PhiX hazırlamak için, dennature ve uygun konsantrasyonlarda kütüphaneler seyreltmek ve% 5 PhiX kontrol hacim oranı elde etmek için örnek ve PhiX kontrol kütüphaneleri karıştırın.Akış hücreleri hazır olduğunda, sarma yıkın, tüy bırakmayan bir alkol mendili ile cam yüzeyi temizleyin ve bardağı düşük bir tiftik laboratuvar dokusuyla kurulayın. Reaktif kartuşu dört santigrat derece depolama dan çıkarın ve reaktifleri karıştırmak için kartuş beş kez ters. Hava kabarcıklarını azaltmak için tezgahtaki kartuşa hafifçe dokunun ve denatüre ve seyreltilmiş numuneyi belirlenen rezervuardaki reaktif kartuşuiçine yükleyin.Akış hücresini, arabellek kartuşu'nu ve reaktif kartuşu'nu sisteme yükleyin. Ardından otomatik bir denetim yapın ve çalışma parametrelerinin sistem kontrolünden geçmesini sağlamak için çıktıyı gözden geçirin. Otomatik denetim tamamlandığında, sıralama çalışmasına başlamak için başlat'ı seçin.İşlem öncesi QC ve hizalama sonrası QC sonuçlarını görselleştirmek için, HTML biçiminde toplu bir rapor oluşturmak için çoklu QC çalıştırın. Toplu iş efektlerini belirlemek ve verilen veri kümesinin kalite haritasını değerlendirmek için, temel bileşen çözümlemesi çalıştırmak için bir R komut dosyası kullanın. Örnek korelasyon analizi daha sonra farklı numuneler arasındaki Pearson korelasyon kullanılarak yapılabilir.100 nükleotitten uzun olan parçaların oranının tahmini, 200 nükleotitten uzun olan parçaların tahmininden daha yararlıdır, çünkü yüksek oranda bozulmuş RNA örnekleri için daha küçük parça boyutlarının oranını doğru bir şekilde ölçmek için daha hassastır. Örnek kümesindeki yüksek bozulma derecesi göz önüne alındığında, toplam RNA kitaplık hazırlama yöntemi önerilir. Örneğin, burada dört farklı örnekten hazırlanan sıralama kitaplıkları gösterilmiştir.Burada, ham FastQ dosya sıralama kalitesi ve örnek bağdaştırıcı içeriğine genel bakışlar gösterilmiştir. FastQC taraması, numuneler içindeki bakteriyel veya fare kontaminasyonu gibi kontaminasyonun saptandırılabiliyor. STAR hizalaması, referans genomuna eşlenen okumaların oranını, referans genomuna benzersiz bir şekilde eşlenen okuma ların yüzdesini ve eşlenmemiş veya birden fazla loci ile eşlenen okuma ların oranını belirlemek için kullanılabilir.Kart ve RSeQC istatistikleri, haritalanmış okumalarda bulunan haberci RNA'ların, intronic ve intergenik üslerin yüzdesini belirlemek için kullanılabilir. Bu temsili analizler için, bazı bozulmuş kütüphaneler, daha fazla okuma beş asal sonuna göre üç asal yakın eşlenen üç asal önyargı vardı. Buna ek olarak, her numunenin biyolojik kopyaları için ana bileşenler tarafından yakalanan toplam varyasyonun yüzdesini belirlemek için temel bileşen analizi yapılabilir.Örnek bozulmasını önlemeye özen, her örnek için çoğaltmalar ve birden fazla kat hazırlamak, örnek kalitesini değerlendirmek için uygun ölçümleri kullanmak ve doğru kitaplık hazırlama yöntemini kullanmak. Bu metodoloji kullanılarak, daha önce kullanılmayan FFPE örnekleri ile çeşitli hastalık durumları hakkında bilgi edinmek için çeşitli depolama süreleri ve koşulları ile daha büyük NGS çalışmaları yapılabilir. Bu teknik, araştırmacıların ffpe numunesinin mevcut büyük arşivlerini zengin klinik bilgilerle incelemelerinin ve nüfusa dayalı kanser çalışmalarını büyük ölçüde geliştirmelerinin yolunu açmıştır.

optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Research

JoVE Journal

Genetics

Flow-sorting and Exome Sequencing of the Reed-Sternberg Cells of Classical Hodgkin Lymphoma

The Hodgkin Reed-Sternberg cells of classical Hodgkin lymphoma are sparsely distributed within a background of inflammatory lymphocytes and typically comprise less than 1% of the tumor mass. Material derived from bulk tumor contains tumor content at a concentration insufficient for characterization. Therefore, fluorescence activated cell sorting using eight antibodies, as well as side- and forward-scatter, is described here as a method of rapidly separating and concentrating with high purity thousands of HRS cells from the tumor for subsequent study. At the same time, because standard protocols for exome sequencing typically require 100-1,000 ng of input DNA, which is often too high, even with flow sorting, we also provide an optimized, low-input library construction protocol capable of producing high-quality data from as little as 10 ng of input DNA. This combination is capable of producing next-generation libraries suitable for hybridization capture of whole-exome baits or more focused targeted panels, as desired. Exome sequencing of the HRS cells, when compared against healthy intratumor T or B cells, can identify somatic alterations, including mutations, insertions and deletions, and copy number alterations. These findings elucidate the molecular biology of HRS cells and may reveal avenues for targeted drug treatments.

Here, we describe a combined flow cytometric cell sorting and low-input, next-generation library construction protocol designed to produce high-quality, whole-exome data from the Hodgkin Reed-Sternberg (HRS) cells of classical Hodgkin lymphoma (CHL).

Klasik Hodgkin Lenfomalı Reed-Sternberg Hücrelerinin Akış-Sıralama ve Ekstraksiyon Sıralaması

The Hodgkin Reed-Sternberg cells of classical Hodgkin lymphoma are sparsely distributed within a background of inflammatory lymphocytes and typically ...

Genetik

Detection of Copy Number Alterations Using Single Cell Sequencing

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and microbial populations. Traditional methods for assessing genetic heterogeneity have been limited by low resolution, low sensitivity, and/or low specificity. Single cell sequencing has emerged as a powerful tool for detecting genetic heterogeneity with high resolution, high sensitivity and, when appropriately analyzed, high specificity. Here we provide a protocol for the isolation, whole genome amplification, sequencing, and analysis of single cells. Our approach allows for the reliable identification of megabase-scale copy number variants in single cells. However, aspects of this protocol can also be applied to investigate other types of genetic alterations in single cells.

Single cell sequencing is an increasingly popular and accessible tool for addressing genomic changes at high resolution. We provide a protocol that uses single cell sequencing to identify copy number alterations in single cells.

Tek Hücre sıralama kullanarak Kopya sayısı Değişmeler Algılama

Detection of genomic changes at single cell resolution is important for characterizing genetic heterogeneity and evolution in normal tissues, cancers, and ...

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic fragments. Organellar genomes also exist in admixtures within a given cell or tissue type (heteroplasmy), and an abundance of subtypes may change throughout development or when under stress (sub-stoichiometric shifting). Next-generation sequencing (NGS) technologies are required to obtain deeper understanding of organellar genome structure and function. Traditional sequencing studies use several methods to obtain organellar DNA: (1) If a large amount of starting tissue is used, it is homogenized and subjected to differential centrifugation and/or gradient purification. (2) If a smaller amount of tissue is used (i.e., if seeds, material, or space is limited), the same process is performed as in (1), followed by whole-genome amplification to obtain sufficient DNA. (3) Bioinformatics analysis can be used to sequence the total genomic DNA and to parse out organellar reads. All these methods have inherent challenges and tradeoffs. In (1), it may be difficult to obtain such a large amount of starting tissue; in (2), whole-genome amplification could introduce a sequencing bias; and in (3), homology between nuclear and organellar genomes could interfere with assembly and analysis. In plants with large nuclear genomes, it is advantageous to enrich for organellar DNA to reduce sequencing costs and sequence complexity for bioinformatics analyses. Here, we compare a traditional differential centrifugation method with a fourth method, an adapted CpG-methyl pulldown approach, to separate the total genomic DNA into nuclear and organellar fractions. Both methods yield sufficient DNA for NGS, DNA that is highly enriched for organellar sequences, albeit at different ratios in mitochondria and chloroplasts. We present the optimization of these methods for wheat leaf tissue and discuss major advantages and disadvantages of each approach in the context of sample input, protocol ease, and downstream application.

The comparison and optimization of two plant organellar DNA enrichment methods are presented: traditional differential centrifugation and fractionation of the total gDNA based on methylation status. We assess the resulting DNA quantity and quality, demonstrate performance in short-read next-generation sequencing, and discuss the potential for use in long-read single-molecule sequencing.

Yeni nesil Sıralama için Uygun Bitki Organelleri DNA Zenginleştirme Yöntemlerinin Optimizasyonu ve Karşılaştırmalı Analizi

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

Generation of Native Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Libraries for Nucleosome Density Analysis

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution based analysis methodology (nucleosome density ChIP-seq; ndChIP-seq) that enables the generation of combined measurements of micrococcal nuclease (MNase) accessibility with histone modification genome-wide. Nucleosome position and local density, and the posttranslational modification of their histone subunits, act in concert to regulate local transcription states. Combinatorial measurements of nucleosome accessibility with histone modification generated by ndChIP-seq allows for the simultaneous interrogation of these features. The ndChIP-seq methodology is applicable to small numbers of primary cells inaccessible to cross-linking based ChIP-seq protocols. Taken together, ndChIP-seq enables the measurement of histone modification in combination with local nucleosome density to obtain new insights into shared mechanisms that regulate RNA transcription within rare primary cell populations.

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) methodology for the generation of sequence datasets suitable for a nucleosome density ChIP-seq analytical framework integrating micrococcal nuclease (MNase) accessibility with histone modification measurements.

Nucleosome yoğunluk analiz için kitaplıklarına sıralama yerli Kromatin Immunoprecipitation nesil

We present a modified native chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) experimental protocol compatible with a Gaussian mixture distribution ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, transcription factors, or chromatin-modifying enzymes at a given locus or on a genome-wide scale. The combination of ChIP assays with next-generation sequencing (i.e., ChIP-Seq) is a powerful approach to globally uncover gene regulatory networks and to improve the functional annotation of genomes, especially of non-coding regulatory sequences. ChIP protocols normally require large amounts of cellular material, thus precluding the applicability of this method to investigating rare cell types or small tissue biopsies. In order to make the ChIP assay compatible with the amount of biological material that can typically be obtained in vivo during early vertebrate embryogenesis, we describe here a simplified ChIP protocol in which the number of steps required to complete the assay were reduced to minimize sample loss. This ChIP protocol has been successfully used to investigate different histone modifications in various embryonic chicken and adult mouse tissues using low to medium cell numbers (5 x 104 - 5 x 105 cells). Importantly, this protocol is compatible with ChIP-seq technology using standard library preparation methods, thus providing global epigenomic maps in highly relevant embryonic tissues.

Chromatin Immunoprecipitation ChIP Protocol for Low-abundance Embryonic Samples

Here, we describe a chromatin immunoprecipitation (ChIP) and ChIP-seq library preparation protocol to generate global epigenomic profiles from low-abundance chicken embryonic samples.

Kromatin Immunoprecipitation (ChIP) protokolü için düşük-bereket embriyonik örnekleri

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a widely-used technique for mapping the localization of post-translationally modified histones, histone variants, ...

Robust DNA Isolation and High-throughput Sequencing Library Construction for Herbarium Specimens

Herbaria are an invaluable source of plant material that can be used in a variety of biological studies. The use of herbarium specimens is associated with a number of challenges including sample preservation quality, degraded DNA, and destructive sampling of rare specimens. In order to more effectively use herbarium material in large sequencing projects, a dependable and scalable method of DNA isolation and library preparation is needed. This paper demonstrates a robust, beginning-to-end protocol for DNA isolation and high-throughput library construction from herbarium specimens that does not require modification for individual samples. This protocol is tailored for low quality dried plant material and takes advantage of existing methods by optimizing tissue grinding, modifying library size selection, and introducing an optional reamplification step for low yield libraries. Reamplification of low yield DNA libraries can rescue samples derived from irreplaceable and potentially valuable herbarium specimens, negating the need for additional destructive sampling and without introducing discernible sequencing bias for common phylogenetic applications. The protocol has been tested on hundreds of grass species, but is expected to be adaptable for use in other plant lineages after verification. This protocol can be limited by extremely degraded DNA, where fragments do not exist in the desired size range, and by secondary metabolites present in some plant material that inhibit clean DNA isolation. Overall, this protocol introduces a fast and comprehensive method that allows for DNA isolation and library preparation of 24 samples in less than 13 h, with only 8 h of active hands-on time with minimal modifications.

This article demonstrates a detailed protocol for DNA isolation and high-throughput sequencing library construction from herbarium material including rescue of exceptionally poor-quality DNA.

Sağlam DNA izolasyon ve yüksek işlem hacmi sıralama kitaplığı inşaat sulak numuneler için

Herbaria are an invaluable source of plant material that can be used in a variety of biological studies. The use of herbarium specimens is associated with ...

Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing

Conventional next-generation sequencing techniques (NGS) have allowed for immense genomic characterization for over a decade. Specifically, NGS has been used to analyze the spectrum of clonal mutations in malignancy. Though far more efficient than traditional Sanger methods, NGS struggles with identifying rare clonal and subclonal mutations due to its high error rate of ~0.5&#8211;2.0%. Thus, standard NGS has a limit of detection for mutations that are &#62;0.02 variant allele fraction (VAF). While the clinical significance for mutations this rare in patients without known disease remains unclear, patients treated for leukemia have significantly improved outcomes when residual disease is &#60;0.0001 by flow cytometry. In order to mitigate this artefactual background of NGS, numerous methods have been developed. Here we describe a method for Error-corrected DNA and RNA Sequencing (ECS), which involves tagging individual molecules with both a 16 bp random index for error-correction and an 8 bp patient-specific index for multiplexing. Our method can detect and track clonal mutations at variant allele fractions (VAFs) two orders of magnitude lower than the detection limit of NGS and as rare as 0.0001 VAF.

Next-generation sequencing (NGS) is a powerful tool for genomic characterization that is limited by the high error rate of the platform (~0.5&#8211;2.0%). We describe our methods of error-corrected sequencing that allow us to obviate the NGS error rate and detect mutations at variant allele fractions as rare as 0.0001.

Nadiren de olsa algılama hatası düzeltildi DNA ve RNA sıralama

Conventional next-generation sequencing techniques (NGS) have allowed for immense genomic characterization for over a decade. Specifically, NGS has been ...

Amplification of Near Full-length HIV-1 Proviruses for Next-Generation Sequencing

The Full-Length Individual Proviral Sequencing (FLIPS) assay is an efficient and high-throughput method designed to amplify and sequence single, near full-length (intact and defective), HIV-1 proviruses. FLIPS allows determination of the genetic composition of integrated HIV-1 within a cell population. Through identifying defects within HIV-1 proviral sequences that arise during reverse transcription, such as large internal deletions, deleterious stop codons/hypermutation, frameshift mutations, and mutations/deletions in cis acting elements required for virion maturation, FLIPS can identify integrated proviruses incapable of replication. The FLIPS assay can be utilized to identify HIV-1 proviruses that lack these defects and are&#160;therefore potentially replication-competent. The FLIPS protocol involves: lysis of HIV-1 infected cells, nested PCR of near full-length HIV-1 proviruses (using primers targeted to the HIV-1 5&#39; and 3&#39; LTR), DNA purification and quantification, library preparation for Next-generation Sequencing (NGS), NGS, de novo assembly of proviral contigs, and a simple process of elimination for identifying replication-competent proviruses. FLIPS provides advantages over traditional methods designed to sequence integrated HIV-1 proviruses, such as single-proviral sequencing. FLIPS amplifies and sequences near full-length proviruses enabling replication competency to be determined, and also uses fewer amplification primers, preventing the consequences of primer mismatches. FLIPS is a useful tool for understanding the genetic landscape of integrated HIV-1 proviruses, especially within the latent reservoir, however, its utilization can extend to any application in which the genetic composition of integrated HIV-1 is required.

Full-length individual proviral sequencing (FLIPS) provides an efficient and high-throughput method for the amplification and sequencing of single, near full-length (intact and defective) HIV-1 proviruses and allows for determination of their potential replication-competency. FLIPS overcomes limitations of previous assays designed to sequence the latent HIV-1 reservoir.

Amplifikasyon tam uzunlukta HIV-1 Proviruses yakınındaki yeni nesil sıralama için

The Full-Length Individual Proviral Sequencing (FLIPS) assay is an efficient and high-throughput method designed to amplify and sequence single, near ...

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented in human embryos. Preimplantation genetic testing for aneuploidy (PGT-A) is a genetic test that significantly improves reproductive outcomes by detecting chromosomal abnormalities of embryos. Next-generation sequencing (NGS) provides a high-throughput and cost-effective approach for genetic analysis and has shown clinical applicability in PGT-A. Here, we present a rapid and low-cost semiconductor sequencing-based NGS method for screening of aneuploidy in embryos. The first step of the workflow is whole genome amplification (WGA) of the biopsied embryo specimen, followed by construction of sequencing library, and subsequent sequencing on the semiconductor sequencing system. Generally, for a PGT-A application, 24 samples can be loaded and sequenced on each chip generating 60&#8722;80 million reads at an average read length of 150 base pairs. The method provides a refined protocol for performing template amplification and enrichment of sequencing library, making the PGT-A detection reproducible, high-throughput, cost-efficient, and timesaving. The running time of this semiconductor sequencer is only 2&#8722;4 hours, shortening the turnaround time from receiving samples to issuing reports into 5 days. All these advantages make this assay an ideal method to detect chromosomal aneuploidies from embryos and thus, facilitate its wide application in PGT-A.

Here, we introduce a semiconductor sequencing method for preimplantation genetic testing for aneuploidy (PGT-A) with the advantages of short turnaround time, low cost, and high throughput.

Aneuploidi için Preimplantasyon Genetik Test için Yarı iletken Sıralama

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

Sequencing of mRNA from Whole Blood using Nanopore Sequencing

Sequencing in remote locations and resource-poor settings presents unique challenges. Nanopore sequencing can be successfully used under such conditions, and was deployed to West Africa during the recent Ebola virus epidemic, highlighting this possibility. In addition to its practical advantages (low cost, ease of equipment transport and use), this technology also provides fundamental advantages over second-generation sequencing approaches, particularly the very long read length, ability to directly sequence RNA, and real-time availability of data. Raw read accuracy is lower than with other sequencing platforms, which represents the main limitation of this technology; however, this can be partially mitigated by the high read depth generated. Here, we present a field-compatible protocol for sequencing of the mRNAs encoding for Niemann-Pick C1, which is the cellular receptor for ebolaviruses. This protocol encompasses extraction of RNA from animal blood samples, followed by RT-PCR for target enrichment, barcoding, library preparation, and the sequencing run itself, and can be easily adapted for use with other DNA or RNA targets.

Nanopore sequencing is a novel technology that allows cost-effective sequencing in remote locations and resource-poor settings. Here, we present a protocol for sequencing of mRNAs from whole blood that is compatible with such conditions.

Nanopore sıralamayı kullanarak tüm kan mRNA sıralaması

Sequencing in remote locations and resource-poor settings presents unique challenges. Nanopore sequencing can be successfully used under such conditions, ...